MiniSeq 시스템 안내서( )

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1 MiniSeq 시스템안내서 연구전용입니다. 진단절차에사용할수없습니다. ILLUMINA 소유 문서번호 v01 KOR 2016년 12월 맞춤프로토콜선택기로간단한전체작업흐름안내서사용자지정 support.illumina.com/custom-protocol-selector.html

2 이문서와이문서에수록된내용은 Illumina, Inc. 및그자회사 ("Illumina") 의재산이며여기에설명된제품의사용과관련하여전적으로계약에보증된고객의사용만을위한것이며그외의목적으로는사용할수없습니다. 이문서와이문서에수록된내용은다른목적으로사용되거나배포될수없으며, Illumina 로부터사전서면승인없이는어떤방식으로도전달, 공개또는복제될수없습니다. Illumina 에서는이문서를통해특허, 상표, 저작권또는관습법적권한또는타사의유사권한에따라어떠한라이선스도양도하지않습니다. 이문서에설명된제품의올바르고안전한사용을위해적절한교육을받았고자격을갖춘사람이이문서의지침을엄격하고정확하게준수해야합니다. 해당제품을사용하기전에이문서의모든내용을철저히읽고숙지해야합니다. 여기에포함된모든지침을완전히읽거나명확하게따르지않을경우제품손상, 사용자나다른사람의신체부상, 기타재산상의손해가발생할수있습니다. Illumina 는여기에설명된제품 ( 그부품이나소프트웨어포함 ) 을잘못사용하여발생하는일에대해어떠한책임도지지않습니다 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, BaseSpace, MiniSeq, 호박빛주황색및하단흐름디자인은미국및 / 또는다른국가에서 Illumina, Inc. 및 / 또는그자회사의상표입니다. 그밖의모든이름, 로고및기타상표는해당소유자의재산입니다. ii 문서번호 v01 KOR

3 개정내역 문서날짜변경내용설명 문서번호 v01 자료번호 문서번호 v 년 9 월 2016 년 1 월 데모모드를포함하는 MiniSeq Control Software v1.1.8 에대한소프트웨어설명을업데이트했습니다. 자동실행후세척기간을 60 분으로업데이트했습니다. 분석을위해 BaseSpace 를선택하기위한지침에서버구성단계를추가했습니다. 로컬실행관리자소프트웨어는매핑된드라이브를지원하지않는다는사실을유녑해주시기바랍니다. 최초릴리스 MiniSeq 시스템안내서 iii

4 iv 문서번호 v01 KOR

5 목차 개정내역목차 iii v 1 장개요 1 소개 2 추가리소스 3 기기구성요소 4 시퀀싱소모품개요 7 사전설치된데이터베이스및게놈 9 2 장시작 11 기기시작 12 시스템설정사용자지정 13 분석설정구성 16 사용자공급소모품및장비 19 3 장시퀀싱 21 소개 22 시퀀싱작업흐름 23 소모품준비 25 시퀀싱용라이브러리준비 26 시퀀싱실행설정 27 실행진행률모니터링 35 자동실행후세척 37 위치 9 번에서사용한저장소제거 38 4 장관리 39 소개 40 수동기기세척수행 41 소프트웨어업데이트 44 부록 A 문제해결 47 문제해결파일 48 자동검사오류 50 RTA 오류 52 재혼성화작업흐름 53 시스템검사 55 네트워크구성설정 58 Custom 게놈 59 기기종료 60 부록 B 실시간분석 61 실시간분석개요 62 인풋및아웃풋파일 63 실시간분석작업흐름 64 부록 C 아웃풋파일 67 시퀀싱아웃풋파일 68 MiniSeq 시스템안내서 v

6 아웃풋폴더구조시퀀싱 69 분석인풋파일요건 70 인덱스 71 기술지원 75 vi 문서번호 v01 KOR

7 1 장개요개요 1 장 소개 2 추가리소스 3 기기구성요소 4 시퀀싱소모품개요 7 사전설치된데이터베이스및게놈 9 MiniSeq 시스템안내서 1

8 개요 소개 Illumina MiniSeq 시스템은은사용하기쉽고경제적인데스크톱시스템의편리함을갖춘고품질의업계표준 Illumina 시퀀싱기술을제공합니다. 기능 } 고품질시퀀싱 - MiniSeq 시스템에서는적은라이브러리용량을사용하여소규모게놈, 엠프리콘, 목표 enrichment 및 RNA 시퀀싱을수행할수있습니다. } MiniSeq System 소프트웨어 - MiniSeq 시스템에는기기작동을제어하고이미지를처리하고 base calls 를생성하는통합소프트웨어제품군이포함되어있습니다. 이제품군에는 BaseSpace 와같은기타옵션을사용하여분석하기위한기기내데이터분석소프트웨어및데이터전송도구가포함되어있습니다. } 기기내데이터분석 - 로컬실행관리자소프트웨어는실행에대해지정된분석모듈에따라실행데이터를분석합니다. 분석모듈세트가소프트웨어에포함되어있습니다. } BaseSpace 통합 - 실행모니터링, 데이터분석, 저장및협업을위한 Illumina 유전체학컴퓨팅환경인 BaseSpace 와시퀀싱작업흐름이통합되었습니다. 분석을위해아웃풋파일이실시간으로 BaseSpace 또는 BaseSpace Onsite 로스트리밍됩니다. } 편리한소모품장착 - 기기에플로우셀이장착될때클램핑장치가플로우셀의위치를잡아줍니다. 일회용사전충전시약카트리지는실행및후속기기세척에필요한시약을제공합니다. 플로우셀및시약카트리지에는정확한추적을가능하게하는통합 ID 가포함되어있습니다. 2 문서번호 v01 KOR

9 추가리소스 호환되는 Illumina 제품에대한설명서, 소프트웨어다운로드, 교육리소스및정보를이용하려면 Illumina 웹사이트의 MiniSeq 지원페이지를방문하십시오. 다음설명서는 Illumina 웹사이트에서이용할수있습니다. 리소스 설명 추가리소스 custom 프로토콜선택기 MiniSeq 시스템현장준비안내서 ( 문서번호 ) MiniSeq 시스템안전및규정준수안내서 ( 문서번호 ) 외부안테나규정준수안내서가포함된 RFID 리더 ( 문서번호 ) MiniSeq 시스템 Denaturation 및희석라이브러리안내서 ( 문서번호 ) 로컬실행관리자소프트웨어안내서 ( 문서번호 ) 시퀀싱실행에사용되는라이브러리준비방법, 실행매개변수및분석방법에맞게사용자지정된통합설명서를생성하기위한마법사입니다. 실험실공간, 전기적요건및환경적고려사항에대한구체적내용을담고있습니다. 작업안전고려사항, 규정준수설명서, 기기라벨지정에대한내용을담고있습니다. 기기의 RFID 리더, 규정준수인증및안전고려사항에대한내용을담고있습니다. 시퀀싱실행시준비된라이브러리를 Denaturation 및희석하고 PhiX 컨트롤 ( 선택사항 ) 을준비하기위한지침을담고있습니다. 로컬실행관리자소프트웨어및사용가능한분석옵션사용에대한내용을담고있습니다. MiniSeq 시스템안내서 3

10 개요 기기구성요소 MiniSeq 시스템에는터치스크린모니터, 상태표시줄, 플로우셀부분및시약부분이포함되어있습니다. 그림 1 기기구성요소 A 터치스크린모니터 - 제어소프트웨어인터페이스를사용하여기기구성과설정을활성화합니다. B 전원버튼 통합기기컴퓨터와운영체제를켭니다. C USB 포트 - 주변구성요소를편리하게연결할수있습니다. D 플로우셀부분 - 시퀀싱실행동안플로우셀을수용합니다. E 상태표시줄 - 처리중 ( 파란색 ), 기기를살펴보아야함 ( 주황색 ), 시퀀싱준비완료 ( 녹색 ) 또는다음 24 시간내에세척예정 ( 노란색 ) 으로기기상태를나타냅니다. F 시약부분 - 시약카트리지및폐시약병을수용합니다. 플로우셀부분 플로우셀대에는플로우셀걸쇠가있어서, 닫으면플로우셀이안전하게고정됩니다. 걸쇠가닫히면걸쇠바닥에있는핀이플루이딕연결을통해플로우셀포트에맞춰집니다. 그림 2 플로우셀부분 A B C D E 플로우셀부분도어플로우셀걸쇠플로우셀대플로우셀플로우셀걸쇠해제버튼 4 문서번호 v01 KOR

11 시약부분 플로우셀대아래에위치한 thermal station 은클러스터생성과시퀀싱에필요한온도변화를제어합니다. 참고기기의플로우셀부분에는물체를올려놓지마십시오. MiniSeq System 에서시퀀싱실행을설정하려면시약부분에접근하여실행소모품을장착하고폐시약병을비워야합니다. 기기구성요소 그림 3 시약부분 A 폐시약병 - 운반시엎질러지지않도록나사식마개가포함되어있습니다. B 시약카트리지 - 일회용사전충전소모품에포함된시약을제공합니다. C 시약부분도어 - 이도어를통해시약부분에접근할수있습니다. 시약부분도어는기기아래쪽가장자리에있는경첩에서바깥쪽으로열립니다. 이도어를열려면도어의측면가장자리에서앞쪽으로부드럽게당기십시오. 참고시약부분도어에는물체를올려놓지마십시오. 이부분도어는선반으로사용하도록설계되지않았습니다. 전원버튼 기기전면의전원버튼으로기기와기기컴퓨터의전원을켤수있습니다. 기기의전원상태에따라전원버튼은다음과같은동작을수행합니다. 전원상태 동작 기기의전원이꺼짐버튼을짧게누르면전원이켜집니다. 기기의전원이켜짐 기기의전원이켜짐 버튼을짧게누르면전원이꺼집니다. 정상적인기기종료를확인하는대화상자가화면에표시됩니다. 전원버튼을 10 초간누르고있으면기기와기기컴퓨터가강제종료됩니다. 기기가응답하지않는경우에만이방법으로기기의전원을끕니다. MiniSeq 시스템안내서 5

12 개요 참고정상적인상태에서는기기전원을끄지마십시오. 시퀀싱실행중에기기의전원을끄면실행이즉시종료됩니다. 실행종료는최종명령입니다. 실행소모품을다시사용할수없으며시퀀싱데이터가저장되지않습니다. 시스템소프트웨어 기기소프트웨어제품군에는시퀀싱실행및기기내분석을수행하는통합애플리케이션이포함되어있습니다. } MiniSeq 제어소프트웨어 - 이제어소프트웨어는시퀀싱실행을설정하기위한단계를안내하고, 기기작동을제어하고, 실행이진행될때실행통계개요를표시합니다. } RTA( 실시간분석 ) 소프트웨어 - RTA 는실행중에이미지분석및 base calls 를수행합니다. 62 페이지의실시간분석개요를참조하십시오. } 로컬실행관리자 - 시퀀싱하기전에로컬실행관리자를사용하여실행매개변수및분석방법을지정합니다. 시퀀싱후에기기내데이터분석이자동으로시작됩니다. 자세한내용은로컬실행관리자소프트웨어안내서 ( 문서번호 ) 를참조하십시오. 상태아이콘 제어소프트웨어인터페이스화면의상단오른쪽모서리에있는상태아이콘은실행설정또는실행중에나타나는상태변경을나타냅니다. 상태아이콘 상태이름 설명 상태양호 시스템이정상입니다. 처리중시스템이처리중입니다. 주의주의가필요합니다. 경고경고가발생했습니다. 경고는실행을중지시키지않으며진행하기전에조치를취할필요가없습니다. 오류오류가발생했습니다. 오류가발생하면실행을진행하기전에조치를취해야합니다. 상태가변경되면이를알리기위해아이콘이깜박입니다. 아이콘을선택하면상태에대한설명을볼수있습니다. Acknowledge( 확인 ) 를선택하여메시지를수락하고 Close( 닫기 ) 를선택하여대화상자를닫습니다. 6 문서번호 v01 KOR

13 시퀀싱소모품개요 플로우셀 MiniSeq System 에서시퀀싱실행을수행하려면일회용 MiniSeq 키트가필요합니다. 각키트에는시퀀싱실행에필요한시약과플로우셀하나가들어있습니다. 플로우셀및시약카트리지는정확한소모품추적및지정된실행매개변수와의호환성을위해 RFID( 무선주파수식별 ) 를사용합니다. 플로우셀은유리기반기질로, 클러스터가생성되고시퀀싱반응이일어납니다. 플로우셀은플로우셀카트리지에들어있습니다. 시퀀싱소모품개요 그림 4 플로우셀부분 A B C D 이미지생성구역플로우셀개스킷배출구포트주입구포트 시약은주입구포트를통해플로우셀로들어가단일레인의이미지생성구역을지나배출구포트로배출됩니다. 플로우셀은알루미늄포장지로싼플로우셀튜브안에건조된상태로배송됩니다. 플로우셀은사용할때까지밀폐한알루미늄포장지에넣은상태로 2 C ~ 8 C 로보관하십시오. 자세한내용은 25 페이지의플로우셀준비를참조하십시오. 시약카트리지개요 시약카트리지는클러스터링, 시퀀싱및세척시약으로미리채워져있으며알루미늄포장지에싸인저장소로구성된일회용소모품입니다. 그림 5 시약카트리지 시약카트리지에는준비된라이브러리를장착할수있는지정된저장소가포함되어있습니다. 실행이시 MiniSeq 시스템안내서 7

14 개요 작되면라이브러리가시약카트리지에서플로우셀로자동으로전송됩니다. 경고이시약에는생식계에영향을미칠수있는독성지방족아마이드인포름아마이드가들어있습니다. 흡입, 섭취하거나피부또는눈에접촉할경우인체에상해를입을수있습니다. 보안경, 장갑, 실험실가운등의보호장비를착용하십시오. 사용한시약은화학폐기물로취급하고현지정부안전표준에따라폐기하시기바랍니다. 환경, 보건건강, 및안전정보는 support.illumina.com/sds.html 에서본키트에관한 SDS 를참조하십시오. 시약카트리지는사용하기전까지 -25 C ~ -15 C 에보관합니다. 자세한내용은 25 페이지의시약카트리지준비를참조하십시오. 준비된저장소 그림 6 숫자가매겨진저장소 위치 설명 13, 14, 15 Custom 프라이머 ( 선택사항 ) 용으로예약됨 16 라이브러리장착 위치 9 번에서제거가능한저장소 사전충전시약카트리지에는포름아마이드가함유된 denaturation 시약이위치 9 번에들어있습니다. 시퀀싱실행후사용되지않은시약을안전하게폐기할수있도록이저장소를제거할수있습니다. 자세한내용은 38 페이지의위치 9 번에서사용한저장소제거를참조하십시오. 8 문서번호 v01 KOR

15 사전설치된데이터베이스및게놈 대부분의분석방법에서정렬을수행하려면레퍼런스가필요합니다. 몇가지레퍼런스데이터베이스및게놈이기기컴퓨터에사전설치되어있습니다. 사전설치 데이터베이스 게놈 설명 인간마이크로 RNA 데이터베이스 (mirbase) 인간단일염기변이데이터베이스 (dbsnp) 인간레퍼런스유전자 (RefGene) 애기장대 소 ( 소과 ) 대장균세포주 DH10B 대장균세포주 MG1655 초파리 ( 노랑초파리 ) 인간 ( 호모사피엔스 ) 빌드 hg19 쥐 ( 생쥐 ) PhiX 쥐 ( 시궁쥐 ) 로도박터스페로이드스 이스트 ( 맥주효모균 S288C) 황색포도상구균 NCTC 8325 사전설치된데이터베이스및게놈 MiniSeq 시스템안내서 9

16 10 문서번호 v01 KOR

17 2 장시작시작 2 장 기기시작 12 시스템설정사용자지정 13 분석설정구성 16 사용자공급소모품및장비 19 MiniSeq 시스템안내서 11

18 시작 기기시작 기기가제대로설치되고초기화되었는지와기기설정이완료되었는지확인하십시오. 준비되기전에기기를시작하면시스템이손상될수있습니다. 1 전원스위치를 I( 켜짐 ) 위치로놓습니다. 그림 7 기기뒷면의전원스위치 2 시약부분위에있는전원버튼을누릅니다. 전원버튼을누르면통합기기컴퓨터와운영체제가켜집니다. 그림 8 기기전면의전원버튼 3 운영체제의로드가완료될때까지기다립니다. MiniSeq 제어소프트웨어가시작되고시스템이자동으로초기화됩니다. 초기화단계가완료되면 Home( 홈 ) 화면이열립니다. 4 기본사용자이름과암호를사용하여로그인합니다. } 사용자이름 : sbsuser } 암호 : sbs123 그렇지않으면사이트에지정된자격증명을사용하여로그인합니다. 12 문서번호 v01 KOR

19 시스템설정사용자지정 제어소프트웨어에기기식별을위한사용자지정가능설정과함께포함된작업흐름기본설정은다음과같습니다. } Purging consumables at end of run( 실행종료시소모품제거 ) } Skipping pre-run check confirmation to start the run automatically( 실행전검사확인을건너뛰고자동으로실행시작 ) } Using the on-screen keyboard for run setup steps( 실행설정단계에화상키보드사용 ) } Enabling audio indicators( 오디오표시기사용 ) } Performing a simulated run( 시뮬레이션된실행수행 ) 기기 ID 사용자지정 1 Manage Instrument( 기기관리 ) 화면에서 System Customization( 시스템사용자지정 ) 을선택합니다. 2 기기의아바타이미지를지정하려면 Browse( 찾아보기 ) 를선택하고기본설정이미지로이동합니다. 3 Nick Name( 별칭 ) 필드에기기의기본설정이름을입력합니다. 4 Save( 저장 ) 를선택하여설정을저장하고다음화면으로이동합니다. 이미지와이름이각화면의왼쪽상단모서리에표시됩니다. 시스템설정사용자지정 자동제거옵션설정 1 Manage Instrument( 기기관리 ) 화면에서 System Customization( 시스템사용자지정 ) 을선택합니다. 2 Purge consumables at end of run( 실행종료시소모품제거 ) 체크박스를선택합니다. 이설정을사용하면각실행후에시약카트리지의미사용시약이폐시약병으로자동으로이동됩니다. 이설정이비활성화되면미사용시약이시약카트리지에남아있습니다. 참고소모품을제거하면작업흐름에시간이자동으로추가됩니다. 예를들어 300 주기실행 (2 151) 후에시약을제거하는데약 50 분이걸립니다. 3 Save( 저장 ) 를선택하여설정을저장하고화면을종료합니다. 자동시작옵션설정 1 Manage Instrument( 기기관리 ) 화면에서 System Customization( 시스템사용자지정 ) 을선택합니다. 2 Skip pre-run check confirmation( 실행전검사확인건너뛰기 ) 체크박스를선택합니다. 이설정을지정하면자동검사가성공적으로수행된후에시퀀싱실행이자동으로시작됩니다. 이설정이비활성화된경우실행전검사후에수동으로실행을시작하십시오. 3 Save( 저장 ) 를선택합니다. MiniSeq 시스템안내서 13

20 시작 소프트웨어업데이트의자동확인설정 1 Manage Instrument( 기기관리 ) 화면에서 System Customization( 시스템사용자지정 ) 을선택합니다. 2 Automatically check for software updates on BaseSpace(BaseSpace 에대한소프트웨어업데이트자동확인 ) 체크박스를선택합니다. 인터넷연결이필요합니다. 3 Save( 저장 ) 를선택하여설정을저장하고화면을종료합니다. 화상키보드옵션설정 1 Manage Instrument( 기기관리 ) 화면에서 System Customization( 시스템사용자지정 ) 을선택합니다. 2 Use on-screen keyboard( 화상키보드사용 ) 체크박스를선택합니다. 이설정을지정하면실행설정단계동안입력을위해화상키보드가활성화됩니다. 3 Save( 저장 ) 를선택합니다. 오디오표시기사용 데모모드사용 1 Manage Instrument( 기기관리 ) 화면에서 System Customization( 시스템사용자지정 ) 을선택합니다. 2 다음과같은경우에오디오표시기를켜려면 Play audio( 오디오재생 ) 체크박스를선택합니다. } 기기를초기화할때 } 실행이시작될때 } 오류가발생할때 } 사용자상호작용이필요할때 } 실행이완료되었을때 3 Save( 저장 ) 를선택합니다. Demo Mode( 데모모드 ) 에서는시퀀싱실행을시뮬레이션하여기기기능의데모를제공합니다. 데모모드를사용하여시약, 플로우셀또는기타소모품없이실행설정을비슷하게진행합니다. 1 Manage Instrument( 기기관리 ) 화면에서 System Customization( 시스템사용자지정 ) 을선택합니다. 2 Enable Demo Mode( 데모모드사용 ) 체크박스를선택합니다. 3 Save( 저장 ) 를선택합니다. 4 [ 선택사항 ] 4 자리 PIN 을입력합니다. 이필드를비워둘경우기존데모모드에는 PIN 이필요하지않습니다. 5 OK( 확인 ) 를선택하여데모모드에서소프트웨어를다시시작합니다. 다시시작한후에 MiniSeq 제어소프트웨어배너에 Demonstration Only( 데모전용 ) 라고표시됩니다. 14 문서번호 v01 KOR

21 데모모드종료 1 Manage Instrument( 기기관리 ) 화면에서 System Customization( 시스템사용자지정 ) 을선택합니다. 2 Enable Demo Mode( 데모모드사용 ) 체크박스선택을해제합니다. 3 Save( 저장 ) 를선택합니다. 4 PIN 이필요한경우해당메시지가표시되면입력합니다. 5 OK( 확인 ) 를선택하여표준모드에서소프트웨어를다시시작합니다. 시스템설정사용자지정 MiniSeq 시스템안내서 15

22 시작 분석설정구성 BaseSpace 선택 제어소프트웨어에서데이터전송및후속분석을위해제공하는옵션은다음과같습니다. } BaseSpace - BaseSpace 에서분석하기위해 Illumina BaseSpace 로데이터를보냅니다. } BaseSpace Onsite - 서버에서분석하기위해데이터를 BaseSpace Onsite LT 서버로보냅니다. } Local Run Manager( 로컬실행관리자 ) - 로컬실행관리자모듈을사용하여분석하기위해지정된아웃풋폴더위치로데이터를보냅니다. } Standalone( 독립실행형 ) - 후속분석을위해데이터를지정된아웃풋폴더위치에저장합니다. 1 Manage Instrument( 기기관리 ) 화면에서 System Configuration( 시스템구성 ) 을선택합니다. 2 Analysis Configuration( 분석구성 ) 을선택합니다. 3 BaseSpace 를선택합니다. 4 [ 선택사항 ] 다음과같이기본 BaseSpace 로그인자격증명을지정합니다. a 사용자이름및암호를입력합니다. b Save the credentials as the default( 자격증명을기본값으로저장 ) 체크박스를선택합니다. c Bypass Analysis Method login screen( 분석방법로그인화면건너뛰기 ) 체크박스를선택합니다. 5 Server Name( 서버이름 ) 필드에 BaseSpace 서버의전체경로를입력합니다. EU 서버의경우 US 서버이름을 으로바꿉니다. 기본 US 서버는 입니다. 6 [ 선택사항 ]Output Folder( 아웃풋폴더 ) 체크박스를선택하고 Browse( 찾아보기 ) 를선택한후기본아웃풋폴더위치로이동합니다. 이설정을사용하면 Base Calls(BCL) 파일의복사본이지정된위치에저장됩니다. 7 [ 선택사항 ] Send instrument health information to Illumina(Illumina 에기기상태정보보내기 ) 를선택하여로그파일을 Illumina 에보냅니다. 인터넷연결이필요합니다. 8 Save( 저장 ) 를선택합니다. BaseSpace Onsite 를선택합니다 1 Manage Instrument( 기기관리 ) 화면에서 System Configuration( 시스템구성 ) 을선택합니다. 2 Analysis Configuration( 분석구성 ) 을선택합니다. 3 BaseSpace Onsite 를선택합니다. 4 [ 선택사항 ] 다음과같이기본 BaseSpace Onsite 로그인자격증명을지정합니다. a 사용자이름및암호를입력합니다. b Save the credentials as the default( 자격증명을기본값으로저장 ) 체크박스를선택합니다. c Bypass Analysis Method login screen( 분석방법로그인화면건너뛰기 ) 체크박스를선택합니다. 5 Server Name( 서버이름 ) 필드에 BaseSpace Onsite 서버의전체경로를입력합니다. 16 문서번호 v01 KOR

23 6 [ 선택사항 ] Output Folder( 아웃풋폴더 ) 체크박스를선택하고 Browse( 찾아보기 ) 를선택한후기본아웃풋폴더위치로이동합니다. 이설정을사용하면 Base Calls(BCL) 파일의복사본이지정된위치에저장됩니다. 7 [ 선택사항 ] Send instrument health information to Illumina(Illumina 에기기상태정보보내기 ) 를선택하여로그파일을 Illumina 에보냅니다. 인터넷연결이필요합니다. 8 Save( 저장 ) 를선택합니다. 로컬실행관리자선택 1 Manage Instrument( 기기관리 ) 화면에서 System Configuration( 시스템구성 ) 을선택합니다. 2 Analysis Configuration( 분석구성 ) 을선택합니다. 3 Local Run Manager( 로컬실행관리자 ) 를선택합니다. 4 [ 선택사항 ] 다음과같이기본로컬실행관리자로그인자격증명을지정합니다. 분석설정구성 독립실행형선택 a 사용자이름및암호를입력합니다. b Save credentials as the default( 자격증명을기본값으로저장 ) 체크박스를선택합니다. c Bypass Analysis Method login screen( 분석방법로그인화면건너뛰기 ) 체크박스를선택합니다. 5 [ 선택사항 ] BaseSpace 에서시각화도구를사용하여내용물을모니터링하려면 Use Run Monitoring( 실행모니터링사용 ) 을선택합니다. BaseSpace 에로그인해야하고인터넷에연결되어있어야합니다. 6 [ 선택사항 ] 다음과같이기본 BaseSpace 로그인자격증명을지정합니다. a 사용자이름및암호를입력합니다. b Save credentials as the default( 자격증명을기본값으로저장 ) 체크박스를선택합니다. 7 Browse( 찾아보기 ) 를선택하여기본설정아웃풋폴더위치로이동합니다. 8 아웃풋폴더위치의 Contents( 내용물 ) 창에서 Runs 폴더를생성합니다. 참고로컬실행관리자는매핑된드라이브를지원하지않습니다. 9 [ 선택사항 ] Send instrument health information to Illumina(Illumina 에기기상태정보보내기 ) 를선택하여로그파일을 Illumina 에보냅니다. 인터넷연결이필요합니다. 10 Save( 저장 ) 를선택합니다. 1 Manage Instrument( 기기관리 ) 화면에서 System Configuration( 시스템구성 ) 을선택합니다. 2 Analysis Configuration( 분석구성 ) 을선택합니다. 3 Standalone( 독립실행형 ) 을선택합니다. 4 [ 선택사항 ] BaseSpace 에서시각화도구를사용하여실행을모니터링하려면 Use Run Monitoring( 실행모니터링사용 ) 을선택합니다. BaseSpace 에로그인해야하고인터넷에연결되어있어야합니다. MiniSeq 시스템안내서 17

24 시작 5 [ 선택사항 ] 다음과같이기본 BaseSpace 로그인자격증명을지정합니다. a 사용자이름및암호를입력합니다. b Save credentials as the default( 자격증명을기본값으로저장 ) 체크박스를선택합니다. 6 Browse( 찾아보기 ) 를선택하여기본설정아웃풋폴더위치로이동합니다. 7 [ 선택사항 ] Send instrument health information to Illumina(Illumina 에기기상태정보보내기 ) 체크박스를선택하여로그파일을 Illumina 에보냅니다. 인터넷연결이필요합니다. 8 Save( 저장 ) 를선택합니다. 18 문서번호 v01 KOR

25 사용자공급소모품및장비 MiniSeq System 에서사용되는소모품과장비는다음과같습니다. 시퀀싱실행용사용자공급소모품 소모품 공급업체 용도 1N NaOH ( 수산화나트륨 ) 일반실험용품공급업체 라이브러리 Denaturation(0.1N로희석 ) 200mM Tris-HCl, ph7 일반실험용품공급업체 denaturation 후라이브러리중화 이소프로필알코올천, 70% VWR, 카탈로그번호 플로우셀세척및일반용도 또는에탄올, 70% ( 또는동급 ) 일반실험용품공급업체 일회용장갑, 비분말성 (powderfree) 일반실험용품공급업체 일반용도 보풀이적게이는실험실용티슈 VWR, 카탈로그번호 ( 또는동급 ) 플로우셀세척 사용자공급소모품및장비 기기관리용사용자공급소모품 소모품공급업체용도 NaOCl, 5% ( 차아염소산나트륨 ) 트윈 20 사용자공급장비 Sigma-Aldrich, 카탈로그번호 ( 또는일반실험실용동급 ) Sigma-Aldrich, 카탈로그번호 P7949 수동실행후세척수행, 0.12% 로희석 수동기기세척수행, 0.05% 로희석 물, 일반실험실용순수일반실험용품공급업체수동기기세척수행 일반실험실용순수 (Laboratory-Grade Water) 지침 항상일반실험실용순수또는탈이온수를사용하여기기절차를수행합니다. 수돗물을사용해서는안됩니다. 사용가능한물등급또는동급의물은다음과같습니다. } 탈이온수 } Illumina PW1 } 18 메그옴 (MΩ) 수 } Milli-Q 수 } Super-Q 수 } 분자생물실험용순수 품목냉동고, -25 C~-15 C, 성에방지형얼음통냉장고, 2 C~8 C 공급원일반실험용품공급업체일반실험용품공급업체일반실험용품공급업체 MiniSeq 시스템안내서 19

26 20 문서번호 v01 KOR

27 3 장시퀀싱시퀀싱 3 장 소개 22 시퀀싱작업흐름 23 소모품준비 25 시퀀싱용라이브러리준비 26 시퀀싱실행설정 27 실행진행률모니터링 35 자동실행후세척 37 위치 9번에서사용한저장소제거 38 MiniSeq 시스템안내서 21

28 시퀀싱 소개 MiniSeq 시스템에서시퀀싱실행을수행하려면실행소모품을준비한다음소프트웨어의메시지에따라시퀀싱실행을설정합니다. 작업흐름개요 클러스터생성 클러스터생성중에단일 DNA 분자는플로우셀표면에매여있다가증폭을거쳐클러스터를형성합니다. 시퀀싱 클러스터에서는형광라벨이붙은각사슬종결자별필터조합과 2 채널시퀀싱화학반응을사용하여이미지가생성됩니다. 플로우셀의타일하나에대한이미지생성이완료되면다음타일의이미지가생성됩니다. 이프로세스가시퀀싱주기마다반복됩니다. 이미지분석후에는소프트웨어에서 base calls, 필터링을수행하고 quality score 를평가합니다. 분석 시퀀싱실행시간 리드주기수 실행이진행되는동안제어소프트웨어에서데이터분석을위해지정된아웃풋위치로 base calls(bcl) 파일을자동으로전송합니다. 시스템에대해선택된분석구성및애플리케이션에따라여러분석방법을사용할수있습니다. 자세한내용은 16 페이지의분석설정구성을참조하십시오. 시퀀싱실행시간은수행하는주기수에따라달라집니다. 최대실행길이는 150 주기페어드엔드런에각각 8 주기에해당하는최대 2 개의인덱스리드를더한길이입니다. 예상시간과기타시스템사양은 Illumina 웹사이트의 MiniSeq 시스템사양페이지를참조하십시오. 시퀀싱실행시리드에서수행된주기수는분석한주기수보다하나가더많습니다. 예를들어 150 주기페어드엔드런을수행하려면리드당 151 주기, 총 302 주기 (2 151) 를수행하도록실행을설정합니다. 실행이끝날때 2x150 주기가분석됩니다. 각리드에서여분의주기는계산을위상화및사전위상화하는데사용됩니다. 22 문서번호 v01 KOR

29 시퀀싱작업흐름 실행설정단계는실행에대해지정된분석구성에따라달라집니다. } 독립실행형 - 소모품을준비하고장착한후에 MiniSeq 제어소프트웨어인터페이스를사용하여모든실행매개변수를지정합니다. } BaseSpace 또는 BaseSpace Onsite 또는로컬실행관리자 - 기기에서실행을설정하기전에 BaseSpace Prep(BaseSpace 준비 ) 탭또는로컬실행관리자소프트웨어를사용하여실행이름을할당하고실행매개변수를지정합니다. 소모품을준비한후에 MiniSeq 제어소프트웨어에서실행이름을선택하고실행을위한소모품을장착합니다. 시퀀싱작업흐름 작업흐름 ( 독립실행형구성 ) 새시약카트리지준비 : 해동한후검사합니다. 새플로우셀준비 : 온도를실온에맞추고포장을풉니다. 라이브러리를 denaturation 및희석합니다. MiniSeq 시스템 Denaturation 및희석라이브러리안내서 ( 문서번호 ) 를참조하십시오. 라이브러리희석액을 16 번저장소의시약카트리지에장착합니다. 소프트웨어인터페이스에서 Sequence( 시퀀스 ) 를선택합니다. 플로우셀과시약카트리지를장착합니다. 폐시약병을비우고다시장착합니다. Run Setup( 실행설정 ) 화면에서실행매개변수를지정합니다. 자동검사후에 Start( 시작 ) 를선택합니다. 시퀀싱분석뷰어를사용하는네트워크연결컴퓨터의기기화면이나 ( 실행모니터링이활성화된경우 ) BaseSpace 의기기화면에서실행을모니터링합니다. 데이터는지정된아웃풋폴더로전송됩니다. 시퀀싱이완료되면기기세척이자동으로시작됩니다. MiniSeq 시스템안내서 23

30 시퀀싱 작업흐름 (BaseSpace 또는로컬실행관리자구성 ) BaseSpace, BaseSpace Onsite 또는로컬실행관리자를사용하여실행매개변수를지정합니다. 새시약카트리지준비 : 해동한후검사합니다. 새플로우셀준비 : 온도를실온에맞추고포장을풀어검사합니다. 라이브러리를 denaturation 및희석합니다. MiniSeq 시스템 Denaturation 및희석라이브러리안내서 ( 문서번호 ) 를참조하십시오. 라이브러리희석액을 16 번저장소의시약카트리지에장착합니다. 소프트웨어인터페이스에서 Sequence( 시퀀스 ) 를선택하여실행설정단계를시작합니다. BaseSpace, BaseSpace Onsite 또는로컬실행관리자에지정된실행이름을선택합니다. 플로우셀을장착합니다. 시약카트리지를장착합니다. 폐시약병을비우고다시장착합니다. Run Setup( 실행설정 ) 화면에서실행매개변수를검토합니다. 자동검사후에 Start( 시작 ) 를선택합니다. 시퀀싱분석뷰어를사용하는네트워크연결컴퓨터또는 BaseSpace 의기기화면에서실행을모니터링합니다. 데이터는 BaseSpace, BaseSpace Onsite 또는지정된아웃풋폴더로전송됩니다. 시퀀싱이완료되면기기세척이자동으로시작됩니다. 24 문서번호 v01 KOR

31 소모품준비 시약카트리지준비 1 시약카트리지를 -25 C~-15 C 인보관소에서꺼냅니다. 2 다음수조옵션을사용하여시약을녹이십시오. 카트리지를완전히담그지마십시오. 해동하기전에먼저바닥을말리십시오. 소모품준비 플로우셀준비 방법 해동시간 안정성제한 37 C 수조 35분 최대 2시간 실온수조 (19 C~25 C) 90분 최대 24시간 여러카트리지를같은수조에서해동하는경우추가적인해동시간이필요합니다. 또는다음옵션을사용하여시약을해독하십시오. 방법 해동시간 안정성제한 실온공기 5시간 최대 24시간 (19 C~25 C) 2 C ~ 8 C에서냉각 18시간 최대 72시간 3 카트리지를 5 번뒤집어시약을혼합합니다. 4 카트리지아래쪽의큰저장소를검사하여시약이해동되었는지와저장소에얼음결정이없는지확인합니다. 5 작업대에서가볍게두드려공기방울을제거합니다. 1 2 C~8 C 의보관소에서새플로우셀패키지를꺼냅니다. 2 열지않은플로우셀패키지를실온에서 30 분간따로둡니다. 참고플로우셀을반복적으로얼렸다녹이지마십시오. 3 알루미늄포장에서플로우셀용기를꺼냅니다. 4 새비분말성 (powder-free) 장갑을착용합니다. 5 플로우셀의플라스틱카트리지를잡고용기에서꺼냅니다. 그림 9 플로우셀제거 6 보풀없는알코올천으로플로우셀의유리표면을깨끗하게닦습니다. 7 보풀없는렌즈클린징티슈로닦습니다. 검정플로우셀개스킷주변을조심스럽게다룹니다. 8 이물질이있는지플로우셀포트를확인합니다. 개스킷이제대로장착되었는지확인합니다. MiniSeq 시스템안내서 25

32 시퀀싱 시퀀싱용라이브러리준비 라이브러리 Denaturation 및희석 시약카트리지에라이브러리를장착하기전에라이브러리를 Denaturation 및희석하고 PhiX 컨트롤 ( 선택사항 ) 을추가합니다. 자세한내용은 MiniSeq System Denaturation 및희석라이브러리안내서 ( 문서번호 ) 를참조하십시오. MiniSeq System 의장착볼륨은 1.8pM 의장착농도에서 500µl 입니다. 그렇지만장착농도는라이브러리준비및정량방법에따라달라질수있습니다. 시약카트리지에라이브러리장착 1 보풀이적게이는티슈를사용하여 Load Library Here( 여기에라이브러리장착 ) 라고기재된라벨이붙은 16 번저장소를덮고있는알루미늄포장지를깨끗하게닦습니다. 2 깨끗한 1ml 피펫팁으로포장지에구멍을뚫습니다 번저장소에준비된 1.8pM 라이브러리 500µl 를추가합니다. 라이브러리를공급할때알루미늄포장지를건드리지않도록하십시오. 그림 10 라이브러리장착 26 문서번호 v01 KOR

33 시퀀싱실행설정 실행설정단계는시스템구성에따라다릅니다. } 독립실행형구성 - 제어소프트웨어 Run Setup( 실행설정 ) 화면에서실행매개변수를정의하라는메시지가표시됩니다. } BaseSpace 또는로컬실행관리자구성 - 로그인한후 BaseSpace 또는로컬실행관리자에서사전정의된실행목록중에서선택하라는메시지가표시됩니다. 실행설정 ( 독립실행형구성 ) 1 Home( 홈 ) 화면에서 Sequence( 시퀀스 ) 를선택합니다. Sequence( 시퀀스 ) 명령을선택하면이전실행의소모품이해제되고일련의 Run Setup( 실행설정 ) 화면이열립니다. 시퀀싱실행설정 플로우셀장착 1 플로우셀부분도어를엽니다. 2 플로우셀걸쇠오른쪽에위치한해제버튼을누릅니다. 그림 11 플로우셀걸쇠열기 3 이전실행에서사용한플로우셀이있으면제거합니다. 4 플로우셀대가깨끗한지확인합니다. 잔여물이남아있으면알코올천으로플로우셀대를닦습니다. 5 플로우셀대의배열핀위에플로우셀을놓습니다. 그림 12 대에플로우셀놓기 MiniSeq 시스템안내서 27

34 시퀀싱 6 플로우셀걸쇠를닫아서플로우셀을고정합니다. 그림 13 플로우셀걸쇠걸기 7 플로우셀부분도어를닫습니다. 시약카트리지장착 1 시약부분도어를엽니다. 2 사용한시약카트리지가있는경우제거합니다. 참고포름아마이드가포함된사용되지않은시약을안전하게폐기할수있도록위치 9 번의저장소를꺼낼수있습니다. 38 페이지의위치 9 번에서사용한저장소제거를참조하십시오. 3 시약카트리지를시약부분에멈출때까지밀어넣습니다. 그림 14 시약카트리지장착 28 문서번호 v01 KOR

35 폐시약병비우기 1 부분에서폐시약병을제거합니다. 그림 15 폐시약병제거 시퀀싱실행설정 2 폐시약병을이동하면서흘리지않으려면나사식마개로병입구를밀폐하십시오. 그림 16 폐시약병밀폐 3 관련기준에따라내용물을폐기합니다. 경고이시약에는생식계에영향을미칠수있는독성지방족아마이드인포름아마이드가들어있습니다. 흡입, 섭취하거나피부또는눈에접촉할경우인체에상해를입을수있습니다. 보안경, 장갑, 실험실가운등의보호장비를착용하십시오. 사용한시약은화학폐기물로취급하고현지정부안전표준에따라폐기하시기바랍니다. 환경, 보건건강, 및안전정보는 support.illumina.com/sds.html 에서본키트에관한 SDS 를참조하십시오. 4 나사식마개를제거한후에는빈폐시약병을해당부분에멈출때까지밀어넣습니다. 5 부분도어를닫고 Next( 다음 ) 를선택합니다. 실행매개변수입력 1 원하는실행이름을입력합니다. 2 [ 선택사항 ] 원하는라이브러리 ID 를입력합니다. 3 Recipe( 레시피 ) 드롭다운목록에서레시피를선택합니다. 호환되는레시피만표시됩니다. 4 리드유형 (Single read( 단일리드 ) 또는 Paired end( 페어드엔드 )) 를선택합니다. MiniSeq 시스템안내서 29

36 시퀀싱 5 시퀀싱실행에서각리드의주기수를입력합니다. } Read 1( 리드 1) 최대 151 주기값을입력합니다. } Index 1( 인덱스 1) 인덱스 1(i7) 프라이머에필요한주기수를입력합니다. } Index 2( 인덱스 2) 인덱스 2(i5) 프라이머에필요한주기수를입력합니다. } Read 2( 리드 2) 최대 151 주기값을입력합니다. 이값은일반적으로리드 1 과같은주기수입니다. 제어소프트웨어에서는다음조건을사용하여지정한주기수를확인합니다. } 총주기수가실행을위해장착된시약카트리지에따라허용되는최대주기수를초과하지않습니다. } 리드 1 주기수가템플레이트생성에필요한 5 주기보다큽니다. } 인덱스리드주기수가리드 1 과리드 2 주기수를초과하지않습니다. 참고시퀀싱중인라이브러리에대해적절한인덱스리드주기수를지정해야합니다. 자세한내용은라이브러리준비설명서를참조하십시오. 6 [ 선택사항 ] Custom 사용자지정프라이머를사용하는경우사용된프라이머에대한체크박스를선택합니다. } Read 1( 리드 1) - 리드 1 의 Custom 사용자지정프라이머 } Index 1( 인덱스 1) - 인덱스 1 의 Custom 사용자지정프라이머 } Index 2( 인덱스 2) - 인덱스 2 의 Custom 사용자지정프라이머 } Read 2( 리드 2) - 리드 2 의 Custom 사용자지정프라이머 7 [ 선택사항 ] Advanced Settings( 고급설정 ) 를선택하여현재실행에대한설정을변경합니다. } Purge consumables for this run( 이실행에대한소모품제거 ) - 현재실행후에소모품을자동으로제거하려면이설정을변경합니다. } Use run monitoring for this run( 이실행에대해실행모니터링사용 ) - BaseSpace 에서실행모니터링을사용하려면이설정을변경합니다. 활성화된경우 BaseSpace 에로그인해야하고인터넷에연결되어있어야합니다. } Recipe( 레시피 ) - 이실행에대해 Custom 레시피를선택합니다. } Output folder ( 아웃풋폴더위치 ) - 현재실행의아웃풋폴더위치를변경합니다. Browse( 찾아보기 ) 를선택하여폴더위치로이동합니다. 8 Next( 다음 ) 를선택합니다. 참고자동검사또는시퀀싱실행동안시약부분도어또는플로우셀부분도어를열지마십시오. 자동검사검토 1 자동검사결과를검토합니다. } 진행중인검사를중지하려면 Cancel( 취소 ) 을선택합니다. } 검사를통과하지못한모든항목에대한조치를취해야계속진행할수있습니다.50 페이지의자동검사오류을참조하십시오. } 검사를다시시작하려면 Retry( 재시도 ) 를선택합니다. 검사가처음으로미완료되었거나실패하면검사가다시시작됩니다. 2 실행을시작하려면다음옵션중에서선택합니다. } 시스템이검사성공후에자동으로시작되도록구성되지않은경우 Start( 시작 ) 를선택합니다. } 시스템이성공적인검사후에자동으로시작되도록구성된경우시퀀싱실행이자동으로시작됩니다. 사용자가있을필요는없습니다. 단, 검사중오류가발생하면실행이자동으로시작되지않습니다. 30 문서번호 v01 KOR

37 실행설정 (BaseSpace 또는로컬실행관리자구성 ) 1 Home( 홈 ) 화면에서 Sequence( 시퀀스 ) 를선택합니다. Sequence( 시퀀스 ) 명령을선택하면이전실행의소모품이해제되고일련의 Run Setup( 실행설정 ) 화면이열립니다. BaseSpace 또는로컬실행관리자로그인 1 사용자이름및암호를입력합니다. 2 Next( 다음 ) 를선택합니다. 시퀀싱실행설정 사용가능한실행선택 1 사용가능한실행목록에서실행이름을선택합니다. 위쪽 / 아래쪽화살표를사용하여목록을스크롤하거나 Search( 검색 ) 필드에실행이름을입력합니다. 2 Next( 다음 ) 를선택합니다. 플로우셀장착 1 플로우셀부분도어를엽니다. 2 플로우셀걸쇠오른쪽에위치한해제버튼을누릅니다. 그림 17 플로우셀걸쇠열기 3 이전실행에서사용한플로우셀이있으면제거합니다. 4 플로우셀대가깨끗한지확인합니다. 잔여물이남아있으면알코올천으로플로우셀대를닦습니다. 5 플로우셀대의배열핀위에플로우셀을놓습니다. 그림 18 대에플로우셀놓기 MiniSeq 시스템안내서 31

38 시퀀싱 6 플로우셀걸쇠를닫아서플로우셀을고정합니다. 그림 19 플로우셀걸쇠걸기 7 플로우셀부분도어를닫습니다. 시약카트리지장착 1 시약부분도어를엽니다. 2 사용한시약카트리지가있는경우제거합니다. 참고포름아마이드가포함된사용되지않은시약을안전하게폐기할수있도록위치 9 번의저장소를꺼낼수있습니다. 38 페이지의위치 9 번에서사용한저장소제거를참조하십시오. 3 시약카트리지를시약부분에멈출때까지밀어넣습니다. 그림 20 시약카트리지장착 32 문서번호 v01 KOR

39 폐시약병비우기 1 부분에서폐시약병을제거합니다. 그림 21 폐시약병제거 시퀀싱실행설정 2 폐시약병을이동하면서흘리지않으려면나사식마개로병입구를밀폐하십시오. 그림 22 폐시약병밀폐 3 관련기준에따라내용물을폐기합니다. 경고이시약에는생식계에영향을미칠수있는독성지방족아마이드인포름아마이드가들어있습니다. 흡입, 섭취하거나피부또는눈에접촉할경우인체에상해를입을수있습니다. 보안경, 장갑, 실험실가운등의보호장비를착용하십시오. 사용한시약은화학폐기물로취급하고현지정부안전표준에따라폐기하시기바랍니다. 환경, 보건건강, 및안전정보는 support.illumina.com/sds.html 에서본키트에관한 SDS 를참조하십시오. 4 나사식마개를제거한후에는빈폐시약병을해당부분에멈출때까지밀어넣습니다. 5 부분도어를닫고 Next( 다음 ) 를선택합니다. 실행매개변수확인 1 실행매개변수를확인합니다. 제어소프트웨어에서는다음조건을사용하여지정한주기수를확인합니다. } 총주기수가실행을위해장착된시약카트리지에따라허용되는최대주기수를초과하지않습니다. } 리드 1 주기수가템플레이트생성에필요한 5 주기보다큽니다. } 인덱스리드주기수가리드 1 과리드 2 주기수를초과하지않습니다. 참고 MiniSeq 시스템안내서 33

40 시퀀싱 시퀀싱중인라이브러리에대해적절한인덱스리드주기수를지정해야합니다. 자세한내용은라이브러리준비설명서를참조하십시오. 2 [ 선택사항 ] 실행매개변수를변경하려면 Edit( 편집 ) 를선택합니다. 작업을마치면 Save( 저장 ) 를선택합니다. } Purge consumables for this run( 이실행에대한소모품제거 ) - 현재실행후에소모품을자동으로제거하려면이설정을변경합니다. } Run parameters( 실행매개변수 ) - 리드유형또는리드당주기수를변경합니다. } Custom primers(custom 프라이머 ) - Custom 프라이머에대한설정을변경합니다. 3 Next( 다음 ) 를선택합니다. 참고자동검사또는시퀀싱실행동안시약부분도어또는플로우셀부분도어를열지마십시오. 자동검사검토 1 자동검사결과를검토합니다. } 진행중인검사를중지하려면 Cancel( 취소 ) 을선택합니다. } 검사를통과하지못한모든항목에대한조치를취해야계속진행할수있습니다.50 페이지의자동검사오류을참조하십시오. } 검사를다시시작하려면 Retry( 재시도 ) 를선택합니다. 검사가처음으로미완료되었거나실패하면검사가다시시작됩니다. 2 실행을시작하려면다음옵션중에서선택합니다. } 시스템이검사성공후에자동으로시작되도록구성되지않은경우 Start( 시작 ) 를선택합니다. } 시스템이성공적인검사후에자동으로시작되도록구성된경우시퀀싱실행이자동으로시작됩니다. 사용자가있을필요는없습니다. 단, 검사중오류가발생하면실행이자동으로시작되지않습니다. 34 문서번호 v01 KOR

41 실행진행률모니터링 1 메트릭이화면에표시되면실행진행률, 인텐시티및 quality score를모니터링합니다. 그림 23 시퀀싱실행진행률및메트릭 실행진행률모니터링 A Run progress( 실행진행률 ) 현재단계와각리드에대해완료된주기수를표시합니다. 진행률표시줄은각단계의실행률에비례하지않습니다. B Q-Score(Q-점수 ) quality score(q-점수 ) 분포를표시합니다. 66페이지의 quality score(q-점수 ) 평가를참조하십시오. C Intensity( 인텐시티 ) 90 번째백분위수로각타일의클러스터인텐시티값이표시됩니다. 그래프색상은각염기를나타냅니다. 빨간색은 A, 녹색은 C, 파란색은 G, 검은색은 T입니다. D Cluster Density( 클러스터밀도 )(K/mm²) 실행에서감지된클러스터수를나타냅니다. E Clusters Passing Filter( 필터통과클러스터 )(%) 필터를통과한클러스터의백분율을표시합니다. 66페이지의필터통과클러스터를참조하십시오. F Estimated Yield( 추정수율 )(Gb) 실행에대한예상염기수를표시합니다. G Data transfer status( 데이터전송상태 ) 분석구성에따라데이터전송상태를표시합니다. H Time to completion( 완료시간 ) 실행완료날짜및시간 (yyyy-mm-dd hh:mm) 을표시합니다. 참고 Home( 홈 ) 을선택한후에는실행메트릭을보기위해돌아갈수없습니다. 그렇지만 BaseSpace 에서시퀀싱분석뷰어를사용하여네트워크로연결된컴퓨터를통해, 또는로컬실행관리자를사용하여네트워크로연결된컴퓨터를통해실행메트릭에액세스할수있습니다. 실행메트릭주기 시퀀싱분석뷰어 실행중여러시점에실행메트릭이표시됩니다. } 클러스터생성단계에서는어떤메트릭도나타나지않습니다. } 처음 5 주기는템플레이트생성용으로예약됩니다. } 6 주기에서는원시클러스터밀도및 1 주기인텐시티를사용할수있습니다. } 25 주기후에는필터통과클러스터, 산출량및 quality score(q- 점수 ) 를사용할수있습니다. 시퀀싱분석뷰어소프트웨어는실행중에생성되는시퀀싱메트릭을표시합니다. 메트릭은 RTA 에서생성된후 InterOp 파일에기록되는데이터를기반으로도면, 그래프및표형식으로표시됩니다. 실행이진행되면메트릭이업데이트됩니다. 실행중에언제든지 Refresh( 새로고침 ) 를선택하여업데이트된 MiniSeq 시스템안내서 35

42 시퀀싱 메트릭을확인할수있습니다. 자세한내용은 SAV( 시퀀싱분석뷰어 ) 사용자안내서 ( 파트번호 ) 를참조하십시오. 시퀀싱분석뷰어는기기컴퓨터에설치된소프트웨어에포함되어있습니다. 기기와동일한네트워크에연결된또다른컴퓨터에시퀀싱분석뷰어를설치하여원격으로실행메트릭을모니터링할수도있습니다. 데이터전송상태 선택한분석구성에의거하여연결상태를나타내는아이콘이실행중에화면에표시됩니다. 상태 연결됨 BaseSpace BaseSpace Onsite 로컬실행관리자 독립실행형 데이터전송중 연결끊김 비활성화됨 화면에여러개의아이콘이나타날수도있습니다. 예를들어실행데이터가 BaseSpace 및추가아웃풋폴더위치로전송되고있으면 BaseSpace 아이콘과독립실행형아이콘이표시됩니다. 복사실행서비스 MiniSeq System Software Suite 에는복사실행서비스가포함되어있습니다. RTA 가파일을생성하면이서비스는파일을지정된출력폴더위치로복사합니다. 실행중에데이터전송이중단된경우데이터가기기컴퓨터에일시적으로저장됩니다. 연결이복원되면실행중에데이터전송이자동으로재개됩니다. 실행이끝나기전에연결이복원되지않으면데이터를기본설정위치로수동으로이동하십시오. BaseSpace 로전송 BaseSpace Broker 는실행데이터를 BaseSpace 로전송합니다. BaseSpace 에대한연결이중단되면 BaseSpace Broker 는 7 일동안데이터를업로드하려고시도합니다. 7 일이지나도연결이복원되지않으면실행데이터가삭제됩니다. 실행데이터에대한추가위치를지정하는경우 BaseSpace Broker 상태에관계없이데이터가해당위치로전송됩니다. 36 문서번호 v01 KOR

43 자동실행후세척 세척이후 시퀀싱실행이완료되면소프트웨어가시약카트리지에제공된세척액과 NaOCl 을사용하여자동실행후세척을시작합니다. 자동실행후세척은약 60 분이소요됩니다. 세척이완료되면 Home( 홈 ) 버튼이활성화됩니다. 시퀀싱결과는세척하는동안화면에계속표시됩니다. 세척이후에는 sipper 를아래쪽위치에그대로둬시스템에공기가유입되지않도록합니다. 다음번실행을수행할때까지카트리지를제자리에둡니다. 자동실행후세척 MiniSeq 시스템안내서 37

44 시퀀싱 위치 9 번에서사용한저장소제거 시약카트리지의위치 9 번저장소에는포름아마이드가들어있습니다. 사용한시약카트리지를폐기하기전에위치 9 번에서저장소를제거하여따로폐기할수있습니다. 1 장갑을착용하고위치 9 번의흰색분리탭을아래로눌러 3 개의연결점을분리합니다. 그림 24 위치 9 번의분리탭 A B 누르지않은상태의분리탭저장소클립 2 분리탭을카트리지왼쪽가장자리쪽으로밀어분리탭이카트리지덮개아래로들어가도록합니다. 그림 25 분리탭이제거됨, 저장소클립이나타남 A B 카트리지덮개아래에보이는분리탭저장소클립 3 투명한플라스틱저장소클립을오른쪽아래로누릅니다. 저장소가시약카트리지아래의위치에서분리됩니다. 4 해당표준에따라저장소를폐기합니다. 경고이시약에는생식계에영향을미칠수있는독성지방족아마이드인포름아마이드가들어있습니다. 흡입, 섭취하거나피부또는눈에접촉할경우인체에상해를입을수있습니다. 보안경, 장갑, 실험실가운등의보호장비를착용하십시오. 사용한시약은화학폐기물로취급하고현지정부안전표준에따라폐기하시기바랍니다. 환경, 보건건강, 및안전정보는 support.illumina.com/sds.html 에서본키트에관한 SDS 를참조하십시오. 38 문서번호 v01 KOR

45 4 장관리관리 4 장 소개 40 수동기기세척수행 41 소프트웨어업데이트 44 MiniSeq 시스템안내서 39

46 관리 소개 예방관리 관리절차에는수동기기세척과시스템소프트웨어업데이트 ( 해당하는경우 ) 가포함됩니다. 기타주기적관리가필요하지않습니다. } 기기세척 시퀀싱실행후에항상자동실행후세척을수행하면기기성능이유지됩니다. 그러나특정조건에서는수동기기세척을수행해야합니다. 41 페이지의수동기기세척수행을참조하십시오. } 소프트웨어업데이트 새시스템소프트웨어제품군버전을사용할수있는경우 BaseSpace 에연결하여자동으로소프트웨어를업데이트하거나, Illumina 웹사이트에서설치프로그램을다운로드한후수동으로업데이트를설치할수있습니다. 44 페이지의소프트웨어업데이트를참조하십시오. Illumina 에서는매년예방관리서비스를예약할것을권장합니다. 서비스계약기간이지난경우해당지역계정관리자나 Illumina 기술지원부서에연락해유료예방관리서비스를요청하십시오. 40 문서번호 v01 KOR

47 수동기기세척수행 수동기기세척옵션에는 Quick Wash( 빠른세척 ) 와 Manual Post-Run Wash( 수동실행후세척 ) 가있습니다. 세척유형 빠른세척 지속시간 : 20 분 수동실행후세척 지속시간 : 90 분 설명 기기를종료한후에는즉시, 또는기기가유휴상태인경우에는 7 일마다빠른세척을수행해야합니다. 일반실험실용순수와트윈 20 을혼합한사용자공급세척액으로시스템을세척합니다. 실행이미리끝나거나나중에재혼성화를위해플로우셀을보관한경우처럼, 자동실행후세척이수행되지않는경우수동실행후세척을수행해야합니다. 일반실험실용순수와트윈 20 을혼합한세척액및사용자공급 0.12% 차아염소산나트륨으로시스템을세척합니다. 수동기기세척수행 참고항상 24 시간이내에준비된새 NaOCl 희석액을사용하십시오. 용량이 1ml 보다많은경우다음 24 시간이내에사용하려면남은희석액을 2 C~8 C 로보관하고, 그렇지않으면남은 NaOCl 희석액을폐기합니다. 수동기기세척을수행하려면기기와함께제공된세척카트리지와세척플로우셀이필요합니다. 또는사용했던플로우셀을세척에사용할수도있습니다. 그림 26 세척카트리지 수동실행후세척준비 1 다음용량을혼합하여 0.12% NaOCl 을만듭니다. } 5% NaOCl(31µl) } 일반실험실용순수 (1269µl) 2 1.3ml 의 0.12% NaOCl 을세척카트리지에추가합니다. 올바른저장소는사전충전시약카트리지의위치 31 번에해당합니다. MiniSeq 시스템안내서 41

48 관리 그림 27 NaOCl 및세척액의위치 A B 0.12% NaOCl 세척액 빠른세척준비 3 다음용량을혼합해 0.05% 트윈 20 세척액을만듭니다. } 100% 트윈 20(40µl) } 일반실험실용순수 (80ml) 4 세척카트리지에 80ml 세척액을추가합니다. 올바른저장소는사전충전시약카트리지의위치 40 번에해당합니다. 5 Home( 홈 ) 화면에서 Perform Wash( 세척수행 ) 를선택한후 Manual post-run wash( 수동실행후세척 ) 를선택합니다. 1 다음용량을혼합해 0.05% 트윈 20 세척액을만듭니다. } 100% 트윈 20(20µl) } 일반실험실용순수 (40ml) 2 세척카트리지에 40ml 세척액을추가합니다. 올바른저장소는사전충전시약카트리지의위치 40 번에해당합니다. 42 문서번호 v01 KOR

49 그림 28 세척액위치 수동기기세척수행 A 세척액 3 Home( 홈 ) 화면에서 Perform Wash( 세척수행 ) 를선택한후 Quick Wash( 빠른세척 ) 를선택합니다. 세척플로우셀및세척카트리지장착 세척시작 세척이후 1 세척플로우셀을장착합니다. 플로우셀클램프와플로우셀도어를차례로닫습니다. 참고또는사용한플로우셀을장착할수도있습니다. 2 이전실행에서사용한시약카트리지가있으면제거합니다. 3 준비된세척카트리지를장착합니다. 4 폐시약병을꺼내서해당표준에따라내용물을폐기합니다. 경고이시약에는생식계에영향을미칠수있는독성지방족아마이드인포름아마이드가들어있습니다. 흡입, 섭취하거나피부또는눈에접촉할경우인체에상해를입을수있습니다. 보안경, 장갑, 실험실가운등의보호장비를착용하십시오. 사용한시약은화학폐기물로취급하고현지정부안전표준에따라폐기하시기바랍니다. 환경, 보건건강, 및안전정보는 support.illumina.com/sds.html 에서본키트에관한 SDS 를참조하십시오. 5 빈폐시약병을해당부분에멈출때까지밀어넣습니다. 6 시약부분도어를닫습니다. 7 Next( 다음 ) 를선택합니다. 1 검사가완료되면 Start( 시작 ) 를선택합니다. 2 세척이완료되면 Home( 홈 ) 을선택합니다. 세척이후에는 sipper 를아래쪽위치에그대로둬시스템에공기가유입되지않도록합니다. 다음번실행을수행할때까지카트리지를제자리에둡니다. MiniSeq 시스템안내서 43

50 관리 소프트웨어업데이트 소프트웨어업데이트는 System Suite 라고하는소프트웨어번들에패키징되어있는데, 여기에포함된소프트웨어는다음과같습니다. } MiniSeq 제어소프트웨어 } MiniSeq 레시피 } RTA2 } 로컬실행관리자 } MiniSeq 서비스소프트웨어 } 시퀀싱분석뷰어 } BaseSpace Broker 소프트웨어릴리스정보는 Illumina 웹사이트의 MiniSeq 시스템지원페이지에서확인할수있습니다. 인터넷에연결하여자동으로, 또는네트워크나 USB 위치에서수동으로소프트웨어를업데이트할수있습니다. } Automatic updates( 자동업데이트 ) 기기가인터넷에액세스된네트워크에연결되어있으면업 데이트를사용할수있을때 Home( 홈 ) 화면의 Manage Instrument( 기기관리 ) 버튼에경보이콘이나타납니다. } Manual updates( 수동업데이트 ) Illumina 웹사이트의 MiniSeq 시스템지원페이지에서 System Suite 설치프로그램을다운로드합니다. 자동소프트웨어업데이트 참고설치가완료되기전에업데이트를취소하면설치의현재지점에서업데이트가중지됩니다. 취소시점까지수행된변경사항은제거되거나이전버전으로복귀되지않습니다. 1 Manage Instrument( 기기관리 ) 를선택합니다. 2 Software Update( 소프트웨어업데이트 ) 를선택합니다. 3 Install the update already downloaded from BaseSpace(BaseSpace 에서이미다운로드한업데이트설치 ) 를선택합니다. 4 Update( 업데이트 ) 를선택하여업데이트를시작합니다. 명령을확인하는대화상자가열립니다. 5 다음과같은설치마법사의메시지를따릅니다. a 라이선스계약에동의합니다. b 업데이트에포함된소프트웨어목록을검토합니다. 업데이트가완료되면제어소프트웨어가자동으로다시시작됩니다. 참고펌웨어업데이트가포함된경우에는펌웨어가업데이트된후시스템을자동으로다시시작해야합니다. 아 수동소프트웨어업데이트 1 Illumina 웹사이트에서 System Suite 설치프로그램을다운로드하여네트워크위치에저장합니다. 또는소프트웨어설치파일을휴대용 USB 드라이브에복사합니다. 2 Manage Instrument( 기기관리 ) 를선택합니다. 3 Software Update( 소프트웨어업데이트 ) 를선택합니다. 44 문서번호 v01 KOR

51 4 Manually install the update from the following location( 다음위치에서수동으로업데이트설치 ) 을선택합니다. 5 Browse( 찾아보기 ) 를선택하여소프트웨어설치파일의위치를지정한다음, Update( 업데이트 ) 를선택합니다. 6 다음과같은설치마법사의메시지를따릅니다. a 라이선스계약에동의합니다. b 업데이트에포함된소프트웨어목록을검토합니다. 업데이트가완료되면제어소프트웨어가자동으로다시시작됩니다. 참고펌웨어업데이트가포함된경우에는펌웨어가업데이트된후시스템을자동으로다시시작해야합니다. 소프트웨어업데이트 MiniSeq 시스템안내서 45

52 46 문서번호 v01 KOR

53 부록 A 문제해결문제해결 부록 A 문제해결파일 48 자동검사오류 50 RTA 오류 52 재혼성화작업흐름 53 시스템검사 55 네트워크구성설정 58 Custom 게놈 59 기기종료 60 MiniSeq 시스템안내서 47

54 문제해결 문제해결파일 주요파일폴더설명 실행정보파일 (RunInfo.xml) 루트폴더다음과같은정보를포함합니다. 실행이름 실행의주기수 각리드의주기수 리드가인덱스리드인지여부 플로우셀의스와스 (swath) 및타일수 실행매개변수파일 (RunParameters.xml) 루트폴더 실행매개변수및실행구성요소에대한정보를포함합니다. 정보에는 RFID, 일련번호, 제품번호및유효기간이포함됩니다. RTA 구성파일 (RTAConfiguration.xml) Data\Intensities 실행에대한 RTA 구성설정을포함합니다. RTAConfiguration.xml 파일은실행이시작될때생성됩니다. InterOp 파일 (*.bin) InterOp 시퀀싱분석뷰어에사용되는이진보고파일입니다. InterOp 파일은실행과정에걸쳐업데이트됩니다. 로그파일 로그 로그파일은주기마다동안기기에서수행되는각단계를설명하고, 실행에사용되는소프트웨어및펌웨어버전이표시됩니다. [InstrumentName]_ CurrentHardware.csv 라는파일에는기기구성요소의일련번호가표시됩니다. 오류로그파일 (*ErrorLog*.txt) 글로벌로그파일 (*GlobalLog*.tsv) 레인로그파일 (*LaneLog*.txt) RTA 로그 RTA 오류의로그입니다. 오류로그파일은오류가발생할때마다업데이트됩니다. RTA 로그모든 RTA 이벤트의로그입니다. 글로벌로그파일은실행과정에서업데이트됩니다. RTA 로그 RTA 처리이벤트의로그입니다. 레인로그파일은실행과정에서업데이트됩니다. 문제해결리소스 기술관련문의사항이있는경우 Illumina 웹사이트의 MiniSeq System 지원페이지를방문하시기바랍니다. 지원페이지에서설명서, 다운로드, 자주묻는질문과답변에액세스할수있습니다. MyIllumina 계정에로그인하여지원게시판에액세스하십시오. 실행품질이나성능문제는 Illumina 기술지원부서에문의하시기바랍니다. 75 페이지의기술지원을참조하십시오. 문제를수월하게해결할수있도록 BaseSpace 의실행요약링크를 Illumina 기술지원부서와공유하는것이좋습니다. 48 문서번호 v01 KOR

55 프로세스상태 MiniSeq 제어소프트웨어는시스템 Temp 폴더에 3 개이상의실행에대한상태를나열합니다. Manage Instrument( 기기관리 ) 화면에서 Process status( 프로세스상태 ) 를선택합니다. 각실행이름에대해시스템에상태가표시되는컴포넌트는다음과같습니다. } RTA( 실시간분석 ) - BCL 파일처리기반 } 로컬실행관리자 - 로컬실행관리자가실행에사용된경우 } 파일복사 - 복사실행서비스를사용하는파일전송기반 } BaseSpace - BaseSpace 가실행에사용된경우 문제해결파일 시퀀싱보관폴더 MiniSeq 제어소프트웨어는기기에서수행된각실행에대한실행요약파일을시스템컴퓨터의 D:\Illumina\MiniSeq Sequencing Archive 에저장합니다. 이폴더에는기기에서수행된각실행에대한하위폴더가있는데, 여기에포함된파일은다음과같습니다. } RunCompletionStatus.xml - 완료상태, 실행폴더이름, 계획및수행된주기수, 클러스터밀도, 필터통과클러스터및실행의예상산출량을포함합니다. } RunParameters.xml - 실행매개변수및실행컴포넌트에대한정보를포함합니다. 정보에는 RFID, 일련번호, 제품번호및유효기간이포함됩니다. MiniSeq 시스템안내서 49

56 문제해결 자동검사오류 자동실행전검사중에오류가발생하는경우다음권장조치를통해오류를해결합니다. 실행전검사에실패하면시약카트리지 RFID 가잠기지않고후속실행에사용될수있습니다. 그러나 RFID 는알루미늄포장지에구멍이뚫리면잠깁니다. 시스템검사 권장조치 도어닫힘부분도어가닫혀있는지확인합니다. 소모품장착 소모품센서는등록되지않습니다. 각소모품이제대로장착되어있는지확인합니다. Run Setup( 실행설정 ) 화면에서 Back( 뒤로 ) 을선택하여장착단계로돌아가실행설정을반복합니다. 필수소프트웨어소프트웨어의중요컴포넌트가누락되어있습니다. 수동소프트웨어업데이트를수행하여모든소프트웨어컴포넌트를복원합니다. 기기디스크공간 네트워크연결 네트워크디스크공간 기기하드드라이브의디스크공간이부족하여실행을수행할수없습니다. 기기하드드라이브에서실행데이터를지웁니다. 아웃풋폴더의지정된위치에대한연결이중단되었습니다. 검사라벨이네트워크연결로지정되어있더라도시스템은서버, 외장하드드라이브또는로컬드라이브에있는아웃풋폴더의지정된위치에대한연결을검사합니다. 지정된아웃풋폴더위치에대한연결상태를확인하십시오. 아웃풋폴더의지정된위치가꽉찼습니다. 검사라벨이네트워크디스크공간으로지정되어있더라도시스템은서버, 외장하드드라이브또는로컬드라이브에있는아웃풋폴더의지정된위치를검사합니다. 지정된아웃풋폴더위치의디스크공간을비우십시오. 온도 권장조치 온도램프 Illumina 기술지원부서에문의합니다. 온도센서 Illumina 기술지원부서에문의합니다. 팬 Illumina 기술지원부서에문의합니다. 이미지생성시스템 권장조치 이미지생성제한 Illumina 기술지원부서에문의합니다. Z 단계및해결 Illumina 기술지원부서에문의합니다. 비트오류율 Illumina 기술지원부서에문의합니다. 플로우셀등록플로우셀이제대로장착되지않았을수있습니다. Run Setup( 실행설정 ) 화면에서 Back( 뒤로 ) 을선택하여플로우셀단계로돌아갑니다. 플로우셀을분리했다가다시장착하여제대로장착되었는지확인합니다. 50 문서번호 v01 KOR

57 시약공급 하드드라이브공간 권장조치 밸브응답 Illumina 기술지원부서에문의합니다. 펌프 Illumina 기술지원부서에문의합니다. 기기컴퓨터하드드라이브는다음실행매개변수를사용하여한실행에서생성된데이터를기준으로약 45 개의실행을포함할수있습니다. } 150 주기페어드엔드런을위해서는약 5~6GB 의공간이필요합니다. } 로컬실행관리자재시퀀싱분석모듈을사용할때는분석파일을위해 10GB 의공간이추가로필요합니다. 수행되는각실행에대해, 소프트웨어작업의일부로임시실행폴더가만들어집니다. 파일은임시실행폴더에기록될때아웃풋폴더로복사됩니다. 따라서기기하드드라이브에아웃풋폴더위치를지정하면해당실행의복사본 2 개가하드드라이브에기록됩니다. 또한소프트웨어는가장최근의임시실행폴더 3 개를저장합니다. 분석을위해로컬실행관리자를사용할경우기본적으로임시파일이삭제되지않습니다. Local Run Manager System Settings( 로컬실행관리자시스템설정 ) 화면에서보존정책이수동으로설정됩니다. 결국에는임시파일때문에하드드라이브공간이꽉찰수도있습니다. 수행하는실행수에따라적절한로컬실행관리자보존정책을설정하고실행데이터에대해네트워크위치를사용하는것을고려하십시오. 자동검사오류 MiniSeq 시스템안내서 51

58 문제해결 RTA 오류 RTA 오류를해결하려면먼저 RTALogs 폴더에저장된 RTA 오류로그를확인합니다. 실행이성공한경우에는이파일이없습니다. Illumina 기술지원부서에문제를보고할때이오류로그를포함해야합니다. 오류처리 RTA2 는로그파일을생성하여 RTALogs 폴더에기록합니다. 오류는 *.tsv 파일형식의오류파일에기록됩니다. 처리종료시다음과같은로그및오류파일이최종아웃풋대상위치로전송됩니다. } *GlobalLog*.tsv 는중요한실행이벤트를요약합니다. } *LaneNLog*.tsv 는처리이벤트목록을제공합니다. N 은 MiniSeq 플로우셀에서항상 1 입니다. } *Error*.tsv 는실행중에발생한오류를열거합니다. } *WarningLog*.tsv 는실행중에발생한경고를열거합니다. 52 문서번호 v01 KOR

59 재혼성화작업흐름 처음일부주기동안생성된메트릭이 2500 보다낮은인텐시티를보일경우재혼성화실행이필요할수있습니다. 일부낮은다이버시티덜다양한라이브러리는 1000 보다낮은인텐시티를보일수있습니다. 이러한수치는예상된것이며재혼성화로해결할수없습니다. 참고 End Run( 실행종료 ) 명령은최종명령입니다. 실행을다시시작할수없고, 실행소모품을다시사용할수없으며, 실행의시퀀싱데이터가저장되지않습니다. 실행을종료하고플로우셀을저장하면실행이끝나기전에소프트웨어에서다음단계가수행됩니다. } 플로우셀이안전상태가됩니다. } 나중에실행할수있도록플로우셀 RFID 의잠금을해제합니다. } 플로우셀에재혼성화유효기간을지정합니다. } 완료된주기에대한실행로그를기록합니다. 지연되는것은정상적인동작입니다. } 자동실행후세척을건너뜁니다. 재혼성화실행을시작하면실행을수행하기위해다음과같은단계가수행됩니다. } 고유한실행이름에따라실행폴더를만듭니다. } 플로우셀재혼성화날짜가만료되지않았는지확인합니다. } 시약을프라이밍합니다. 지연되는것은정상적인동작입니다. } 클러스터링단계를건너뜁니다. } 이전리드 1 프라이머를제거합니다. } 새로운리드 1 프라이머를혼성화합니다. } 리드 1 까지계속하고지정된실행매개변수에따라나머지실행부분을계속합니다. 재혼성화작업흐름 재혼성화실행을끝내는시점 필수소모품 현재실행종료 다음과같은시점에실행을끝낼경우에만나중에재혼성화를수행할수있습니다. } 5 주기후 템플레이트등록후에인텐시티가나타납니다. 이를위해서는시퀀싱의처음 5 주기가필요합니다. 1 주기후에실행을끝내도안전하지만 5 주기후에종료하는것이좋습니다. 클러스터생성중에는실행을끝내지마십시오. } 리드 1 또는인덱스 1 리드 페어드엔드재합성이시작되기전에실행을끝냅니다. 페어드엔드재합성이시작된후에는차후재혼성화용으로플로우셀을저장할수없습니다. 재혼성화를실행하려면실행을언제중단했든상관없이새로운 MiniSeq 시약카트리지가필요합니다. 1 End Run( 실행종료 ) 을선택합니다. 명령을확인하라는메시지가표시되면 Yes( 예 ) 를선택합니다. 2 플로우셀을저장할지묻는메시지가표시되면 Yes( 예 ) 를선택합니다. 재혼성화유효기간을적어둡니다. 3 재혼성화실행을설정할준비가될때까지저장된플로우셀을꺼내 2 C~8 C 상태에서보관합니다. 참고플로우셀은마개가닫힌플로우셀용기에 2 C ~ 8 C 로최대 7 일동안보관할수있습니다. 최상의결과를얻으려면저장된플로우셀을 3 일이내에재혼성화하십시오. MiniSeq 시스템안내서 53

60 문제해결 수동세척수행 1 Home( 홈 ) 화면에서 Perform Wash( 세척수행 ) 를선택합니다. 2 Wash Selection( 세척선택 ) 화면에서 Manual Post-Run Wash( 수동실행후세척 ) 를선택합니다. 41 페이지의수동기기세척수행을참조하십시오. 참고중지된실행에서시약카트리지를아직제거하지않은경우수동세척에사용할수있습니다. 그렇지않은경우에는세척카트리지를사용하여수동세척을수행하십시오. BaseSpace Prep(BaseSpace 준비 ) 탭에서새실행설정 1 기기가 BaseSpace 또는 BaseSpace Onsite 용으로구성된경우원래실행과동일한매개변수를사용하여 Prep( 준비 ) 탭에서새실행을설정합니다. 기기에서실행설정 팁 Pools( 풀 ) 탭을클릭하고해당풀 ID 를선택하여이전실행설정을그대로적용한다음새실행에고유한이름을지정하십시오. 1 새시약카트리지를준비합니다. 2 저장된플로우셀을보관한경우실온에도달할때까지둡니다 (15~30 분 ). 3 저장된플로우셀을세척하여장착합니다. 시스템은플로우셀 RFID 를저장된플로우셀로읽고유효한재혼성화날짜를확인합니다. 4 폐시약병을꺼내서내용물을적절히폐기한다음빈용기를다시장착합니다. 5 새시약카트리지를장착합니다. 6 Run Setup( 실행설정 ) 화면의다음과같은옵션중에서선택합니다. } BaseSpace, BaseSpace Onsite, or Local Run Manager configuration(basespace, BaseSpace Onsite 또는로컬실행관리자구성 ) 실행을선택하고실행매개변수를확인합니다. } Standalone configuration( 독립실행형구성 ) 실행의이름을입력하고원래실행과동일한매개변수를지정합니다. 7 Next( 다음 ) 를선택하여실행전검사를진행하고실행을시작합니다. 54 문서번호 v01 KOR

61 시스템검사 정상작동시또는기기관리시에는시스템검사를수행할필요가없습니다. 그러나 Illumina 기술지원담당자가문제를해결하기위해귀하에게시스템검사를수행하도록요청할수도있습니다. 참고기기세척이예정된경우시스템검사를시작하기전에세척을수행합니다. 시스템검사가자동으로시작되면제어소프트웨어가닫히고 MiniSeq 서비스소프트웨어가실행됩니다. 서비스소프트웨어가실행되고고급장착옵션을사용하도록구성된 Load( 장착 ) 화면이열립니다. 시스템검사 그림 29 사용가능한시스템검사 소모품을장착한후에는사용가능한시스템검사를표시하는 Select( 선택 ) 화면이열립니다. Select( 선택 ) 화면에서비활성체크박스는 Illumina 현장담당자의지원이필요한테스트임을나타냅니다. MiniSeq 시스템안내서 55

62 문제해결 시스템검사수행 1 Manage Instrument( 기기관리 ) 화면에서 System Check( 시스템검사 ) 를선택합니다. 제어소프트웨어를닫으라는메시지가표시되면 Yes( 예 ) 를선택합니다. 2 세척카트리지에 40ml 탈이온수를추가합니다. 올바른저장소는사전충전시약카트리지의위치 40 번에해당합니다. 그림 30 세척액위치 A 세척액 3 다음과같이소모품을장착합니다. a 사용한플로우셀이아직기기에없는경우사용한플로우셀을장착합니다. b 폐시약병을비우고빈시약병을기기에다시장착합니다. c 세척카트리지를장착합니다. 4 Load( 장착 ) 를선택합니다. 플로우셀과세척카트리지가제자리로이동됩니다. 5 Next( 다음 ) 를선택합니다. 시스템검사가시작됩니다. 6 [ 선택사항 ] 시스템검사가완료되면검사이름옆의 View( 보기 ) 를선택하여각검사와연관된값을확인합니다. 7 Next( 다음 ) 를선택합니다. 시스템검사보고서가열립니다. 8 Save( 저장 ) 를선택하여보고서를 zip 파일로저장합니다. 파일을저장할네트워크위치를지정합니다. 9 작업을마치면 Exit( 종료 ) 를선택합니다. 10 서비스소프트웨어를닫고제어소프트웨어를다시시작하라는메시지가표시되면 Yes( 예 ) 를선택합니다. 제어소프트웨어가자동으로다시시작됩니다. 56 문서번호 v01 KOR

63 동작검사 시스템검사 FCLM 및 FAM 설명 FCLM(Flow Cell Load Mechanism) 과 FAM(Fluidics Automation Module) 의게인및거리를검사하여모듈이제대로작동하는지확인합니다. 시스템검사 대테스트 XY 단계와 Z 단계에대한이동제한및성능을검사합니다. 광학검사 시스템검사 플로우셀등록 설명 광학평면에서의플로우셀기울기를측정하고, 카메라기능을테스트하며, 이미지생성모듈을테스트하고, 플로우셀이올바른이미지생성위치에등록되었는지확인합니다. 플루이딕검사 시스템검사밸브응답압력감소플로우속도 설명 밸브및펌프이동의정확성을검사하고펌프시린지이동범위를테스트합니다. 밀봉된플루이딕시스템의누수율을검사하여플로우셀이시퀀싱위치에올바르게장착되었는지확인합니다. 시약라인에서공기가있는지감지하는데사용되는방울센서의기능을검사합니다. 플로우속도를측정하여폐색또는누수를확인합니다. 열검사 시스템검사 팬 열프로브 설명 PPM( 분당펄스수 ) 단위의시스템팬속도를검사하여팬이제대로작동하는지확인합니다. 작동하지않는팬은음수값을반환합니다. 각열센서의평균온도를검사합니다. 작동하지않는열센서는음수값을반환합니다. MiniSeq 시스템안내서 57

64 문제해결 네트워크구성설정 네트워크설정은설치중에구성됩니다. 시스템을재구성해야하는경우 Network Configuration( 네트워크구성 ) 화면에서설정을변경하거나다시설정할수있습니다. 구성설정에는 IP 주소, DNS( 도메인이름서버 ) 주소및도메인이름이포함됩니다. 네트워크구성설정 1 Manage Instrument( 기기관리 ) 화면에서 System Configuration( 시스템구성 ) 을선택합니다. 2 Network Configuration( 네트워크구성 ) 을선택합니다. 3 Obtain an IP address automatically( 자동으로 IP 주소받기 ) 를선택하여 DHCP 서버에서 IP 주소를받습니다. 참고 DHCP(Dynamic Host Configuration Protocol) 는네트워크구성매개변수를동적으로배포하기위해 IP 네트워크에서사용하는표준네트워크프로토콜입니다. 또는 Use the following IP address( 다음 IP 주소사용 ) 를선택하여다음과같이기기를다른서버에수동으로연결합니다. 네트워크관리자에게시설에해당하는주소를문의합니다. } IP 주소를입력합니다. IP 주소는점으로구분된일련의숫자 4 개입니다 ( 예 : ). } IP 네트워크의하위분류인서브넷마스크를입력합니다. } 인터넷에연결된네트워크의라우터인기본값게이트웨이를입력합니다. 4 Obtain a DNS server address automatically( 자동으로 DNS 서버주소받기 ) 를선택하여기기를 IP 주소와연결된도메인이름서버에연결합니다. 또는 Use the following DNS server addresses( 다음 DNS 서버주소사용 ) 를선택하여다음과같이기기를도메인이름서버에수동으로연결합니다. } 기본설정 DNS 주소를입력합니다. DNS 주소는도메인이름을 IP 주소로전환하는데사용되는서버이름입니다. } 대체 DNS 주소를입력합니다. 대체주소는기본설정 DNS 에서특정도메인이름을 IP 주소로전환할수없는경우에사용됩니다. 5 Save( 저장 ) 를선택합니다. 컴퓨터도메인구성 참고기기컴퓨터이름은제조시기기컴퓨터에할당되는이름입니다. 컴퓨터이름을변경하면연결에영향을미쳐네트워크관리자의도움이필요할수있습니다. 1 다음과같이기기컴퓨터를도메인또는작업그룹에연결합니다. } 인터넷에연결된기기 Member of domain( 도메인구성원 ) 을선택하고시설의인터넷연결과관련된도메인이름을입력합니다. 참고도메인을변경하려면관리자의사용자이름과암호가필요합니다. } 인터넷에연결되지않은기기 Member of work group( 작업그룹구성원 ) 을선택하고작업그룹이름을입력합니다. 시설에고유한작업그룹이름을사용합니다. 2 Save( 저장 ) 를선택합니다. 58 문서번호 v01 KOR

65 Custom 게놈 FASTA 형식의자체레퍼런스를기기컴퓨터에업로드할수있습니다. 여러개의단일 FASTA 파일또는하나의다중 FASTA 파일 ( 권장 ) 을업로드할수있지만두가지파일을조합해서업로드할수는없습니다. custom 게놈파일의문제를해결하려면다음요건을확인하십시오. 1 파일이 *.fa 또는 *.fasta 확장자를사용하는지와레퍼런스전용폴더에저장되는지확인하십시오. 2 염색체이름에포함되지말아야되는문자는다음과같습니다. # -? ( ) [ ] / \ = + < > : ; " ', * ^ & 최상의결과를위해염색체이름에영숫자만사용하십시오. Custom 게놈 MiniSeq 시스템안내서 59

66 문제해결 기기종료 정상적인작동상태에서는기기를종료할이유가없습니다. 1 Manage Instrument( 기기관리 ) 를선택합니다. 2 Shutdown options( 종료옵션 ) 를선택합니다. 3 Shut Down( 종료 ) 을선택합니다. 이명령을선택하면안전하게소프트웨어가종료되고기기의전원이꺼집니다. 60 초이상기다렸다가기기를다시켭니다. 다음번시퀀싱실행전에세척을수행해야합니다. 주의기기를재배치하지마십시오. 기기를잘못이동하면광학배열에영향을미치며데이터무결성이손상될수있습니다. 기기를다른곳으로재배치해야할경우 Illumina 담당자에게문의하십시오. 60 문서번호 v01 KOR

67 부록 B 실시간분석실시간분석 부록 B 실시간분석개요 62 인풋및아웃풋파일 63 실시간분석작업흐름 64 MiniSeq 시스템안내서 61

68 실시간분석 실시간분석개요 실시간분석은기기컴퓨터에서실행되고이미지에서인텐시티를추출하여 base calls 를수행하고 base calls 에 quality score(q- 점수 ) 를지정하는소프트웨어입니다. MiniSeq System 에서는 RTA2 라는실시간분석구현을사용합니다. 시스템제어소프트웨어및 RTA2 는웹 HTTP 인터페이스및공유메모리파일을통해통신합니다. RTA2 가종료된경우처리가다시시작되지않고실행데이터가저장되지않습니다. 62 문서번호 v01 KOR

69 인풋및아웃풋파일 인풋파일 아웃풋파일 실시간분석소프트웨어에는처리를위해다음과같은인풋이필요합니다. } 로컬시스템메모리에포함된타일이미지 } 실행시작시자동으로생성되고실행이름, 주기수, 리드의인덱스여부및플로우셀의타일수를제공하는 RunInfo.xml 실시간분석소프트웨어는옵션아웃풋폴더의지정여부및 RunInfo.xml 위치에대한명령을제어소프트웨어로부터수신합니다. 각채널에대한이미지가메모리에서타일로전달됩니다. 타일은카메라의시야로정의되는플로우셀의작은이미지생성구역입니다. 이러한이미지에서이소프트웨어는 quality score 가매겨진 base calls 파일과필터파일세트로아웃풋을생성합니다. 아웃풋파일은 BaseSpace 또는로컬실행관리자분석모듈의다운스트림분석에사용됩니다. 인풋및아웃풋파일 파일유형 base calls 파일필터파일클러스터위치파일 base calls 인덱스파일 설명 분석된각타일은레인및주기별로집계되는 base calls(*.bcl) 파일에포함됩니다. 집계된 base calls 파일에는해당레인의모든클러스터에대한 base calls 와관련 quality score 가포함됩니다. 각타일은레인당하나의필터 (*.filter) 파일로집계되는필터정보를생성합니다. 필터파일은클러스터가필터를통과했는지여부를지정합니다. 클러스터위치 (*.locs) 파일에는타일의모든클러스터에대한 X, Y 좌표가포함됩니다. 템플레이트생성중에레인당하나의클러스터위치파일이생성됩니다. 원래타일정보를보존하기위해레인당하나의 base calls 인덱스 (*.bci) 파일이생성됩니다. 인덱스파일에는각타일의타일번호와해당타일의클러스터수로구성된값쌍이포함됩니다. RTA2 는 InterOp 파일로저장된실행품질의실시간메트릭을제공합니다. InterOp 파일은타일, 주기및리드수준메트릭을포함하는이진아웃풋이며, 시퀀싱분석뷰어소프트웨어에서실시간메트릭을보는데사용됩니다. MiniSeq 시스템안내서 63

70 실시간분석 실시간분석작업흐름 템플레이트생성클러스터위치를매핑합니다. 등록및인텐시티추출 플로우셀에서각클러스터의위치를기록하고각클러스터의인텐시티값을결정합니다. 위상화수정위상화및사전위상화의효과를수정합니다. base calls 모든클러스터의 base calls 를결정합니다. quality score(q- 점수 ) 평가모든 base calls 에 quality score 를지정합니다. 템플레이트생성 RTA 작업흐름의첫번째단계는 X/Y 좌표를이용하여타일에서각클러스터의위치를정의하는템플레이트를생성하는것입니다. 템플레이트를생성하려면실행의처음 5 주기에서가져온이미지데이터가필요합니다. 타일의마지막템플레이트주기에대한이미지가생성된후템플레이트가생성됩니다. 참고템플레이트생성중에클러스터를감지하려면처음 5 주기에 G 이외의염기가하나이상있어야합니다. 템플레이트는등록및인텐시티추출의후속단계에대한참조로사용됩니다. 전체플로우셀의클러스터위치는레인당하나의클러스터위치 (*.locs) 파일에기록됩니다. 등록및인텐시티추출 위상화수정 템플레이트가생성된후등록및인텐시티추출이시작됩니다. } 등록은템플레이트에대한이미지생성의모든후속주기에서생성되는이미지를배열합니다. } 인텐시티추출에서는지정된이미지의템플레이트에서각클러스터에대한인텐시티값이결정됩니다. 주기내이미지등록에실패할경우인텐시티가추출되지않고모든염기가그주기의해당타일에대해 N 으로호출됩니다. 시퀀싱분석뷰어소프트웨어를사용하여등록에실패한타일및주기를식별하십시오. 등록이실패하면 Imaging( 이미지생성 ) 탭에서 P90 열에타일및주기값이 0 으로표시되므로쉽게알수있습니다. 시퀀싱반응이진행되는동안클러스터내의각 DNA 가닥이주기당 1 염기씩연장됩니다. 가닥이현재결합주기단계를벗어나게되면위상화및사전위상화가발생합니다. } 염기가뒤로처질때위상화가일어납니다. } 염기가앞서나갈때사전위상화가일어납니다. 64 문서번호 v01 KOR

71 그림 31 위상화및사전위상화 A 위상화중인염기가있는리드 B 사전위상화중인염기가있는리드 실시간분석작업흐름 base calls RTA 2 에서는위상조정및사전위상조정의효과를바로잡음수정함으로써전체실행과정의모든주기에서데이터품질을극대화합니다. base calls 에따라특정주기에서지정된타일의모든클러스터에대한염기 (A, C, G, T) 가결정됩니다. MiniSeq System 에서는두가지이미지 ( 빨간색채널에서 1 개, 녹색채널에서 1 개 ) 만으로네가지 DNA 염기에대한데이터를인코딩하는 2 채널시퀀싱을사용합니다. 다른이미지와비교하기위해하나의이미지에서인텐시티를추출하면각각뉴클레오티드에해당하는고유한모집단네개가생성됩니다. base calls 과정에서는각클러스터가속한모집단을결정합니다. 그림 32 클러스터인텐시티시각화 표 1 2 채널시퀀싱의 base calls 염기빨간색채널녹색채널결과 A 1( 켜짐 ) 1( 켜짐 ) 빨간색채널과녹색채널에모두인텐시티가표시된클 러스터입니다. C 1( 켜짐 ) 0( 꺼짐 ) 빨간색채널에만인텐시티가표시된클러스터입니다. G 0( 꺼짐 ) 0( 꺼짐 ) 알려진위치에인텐시티가표시되지않는클러스터입 니다. T 0( 꺼짐 ) 1( 켜짐 ) 녹색채널에만인텐시티가표시된클러스터입니다. MiniSeq 시스템안내서 65

72 실시간분석 필터통과클러스터 실행중에 RTA2 는원시데이터를필터링하여데이터품질임계값을충족하지않는클러스터를제거합니다. 2 채널분석의경우 RTA 2 는모집단기반시스템을사용하여 base calls 의 chastity 를결정합니다. 처음 25 주기에허용되지않는 chastity 값을갖는 base calls 가 1 개이하인경우클러스터가필터를통과 (PF) 합니다. 이후주기에서필터를통과하지않는클러스터는 base calls 되지않습니다. 인덱싱고려사항 base calls 인덱스리드에대한처리방법은다른리드중의 base calls 와다릅니다. 인덱스리드는처음 2 주기중하나에있는 G 이외의염기 1 개이상을사용하여시작해야합니다. 인덱스리드가 G 의 2 base calls 로시작되면신호인텐시티가생성되지않습니다. 역다중화성능을보장하려면처음 2 주기중하나에신호가있어야합니다. 역다중화성능을높이려면모든주기에대해 1 개이상의채널 ( 가급적양쪽채널 ) 에신호를제공하는인덱스시퀀스를선택하십시오. 주기에서 G 염기만생성하는인덱스조합을피하려면다음지침을따르십시오. } 빨간색채널 A 또는 C } 녹색채널 A 또는 T 이 base calls 프로세스는로우플렉스샘플을분석할때정확도를보장합니다. quality score(q- 점수 ) 평가 quality score(q- 점수 ) 는잘못된 base calls 가능성에대한예측값입니다. Q- 점수가높을수록 base calls 의품질이더높고 base calls 가정확할확률이더높습니다. Q- 점수는사소한오류가능성을전달하는간단한방식입니다. quality score 는 Q(X) 로나타내며, 여기서 X 가점수입니다. 다음표에는 Quality Score 와오류가능성간의관계가나와있습니다. Q-점수 Q(X) 오류가능성 Q (1/10,000) Q (1/1,000) Q (1/100) Q10 0.1(1/10) 참고 quality score 는수정된버전의 Phred 알고리즘을기초로평가됩니다. quality score 평가에서는각 base calls 에대한예측값세트를계산한다음, 예측값을사용하여품질표에서 Q- 점수를조회합니다. 품질표는시퀀싱플랫폼및화학반응버전의특정구성에따라생성되는실행에대해가장정확한품질예측을제공하도록만들어졌습니다. Q- 점수가결정되면 base calls(*.bcl) 파일에결과가기록됩니다. 66 문서번호 v01 KOR

73 부록 C 아웃풋파일아웃풋파일 부록 C 시퀀싱아웃풋파일 68 아웃풋폴더구조시퀀싱 69 분석인풋파일요건 70 MiniSeq 시스템안내서 67

74 아웃풋파일 시퀀싱아웃풋파일 파일유형 Base Calls 파일 파일설명, 위치및이름 분석된각타일은각주기에대해하나의파일로집계되는 base calls 파일에포함됩니다. 집계된파일에는모든클러스터에대한 base calls 와인코딩된 quality score 가포함됩니다. Data\Intensities\BaseCalls\L001 [Cycle].bcl.bgzf, 여기서 [Cycle] 은 4 자리주기번호를나타냅니다. base calls 파일은블록 gzip 으로압축됩니다. base calls 인덱스파일하나의이진인덱스파일에각타일의값쌍 ( 타일번호와타일의클러스터수 ) 으로원래타일정보가나열됩니다. Base calls 인덱스파일은 base calls 파일이처음생성될때만들어집니다. Data\Intensities\BaseCalls\L001 s_[lane].bci 클러스터위치파일필터파일 InterOp 파일 RTA 구성파일실행정보파일 각타일의모든클러스터에대한 XY 좌표가하나의클러스터위치파일에집계됩니다. 템플레이트가생성되면클러스터위치파일이생깁니다. Data\Intensities\L001 s_[lane].locs 필터파일은클러스터가필터를통과했는지여부를지정합니다. 필터정보는리드당하나의필터파일에집계됩니다. 필터파일은데이터의 25 개주기를사용하여 26 주기에생성됩니다. Data\Intensities\BaseCalls\L001 s_[lane].filter 시퀀싱분석뷰어에사용되는이진보고파일. InterOp 파일은실행과정에걸쳐업데이트됩니다. InterOp 폴더 실행을시작할때만들어지는 RTA 구성파일에는실행관련설정이열거됩니다. [ 루트폴더 ], RTAConfiguration.xml 실행이름, 각리드의주기수, 리드가인덱스리드인지여부, 플로우셀의스와스 (swath) 및타일수가나와있습니다. 실행정보파일은실행을시작할때만들어집니다. [ 루트폴더 ], RunInfo.xml 68 문서번호 v01 KOR

75 아웃풋폴더구조시퀀싱 제어소프트웨어가아웃풋폴더이름을자동으로생성합니다. Configs Data( 데이터 ) 인텐시티 (Intensities) BaseCalls L001 - 주기당집계되는 Base calls 파일 L001 - 집계되는 *.locs 파일 Images( 이미지 ) Focus( 포커스 ) L001 -포커스이미지 InstrumentAnalyticsLogs - 기기분석단계를설명하는로그파일 InterOp - 시퀀싱분석뷰어에서사용되는이진파일 Logs - 작업단계를설명하는로그파일 Recipe( 레시피 ) - 시약카트리지 ID로이름이지정된실행별레시피파일 RTALogs - 분석단계를설명하는로그파일 RTAComplete.xml RTAConfiguration.xml RunInfo.xml RunNotes.xml RunParameters.xml 아웃풋폴더구조시퀀싱 MiniSeq 시스템안내서 69

76 아웃풋파일 분석인풋파일요건 로컬실행관리자에서분석을수행하거나분석을다시대기시키려면시퀀싱실행중에다음파일이생성되어야합니다. 분석수행을위해일부분석모듈에는추가인풋파일이필요합니다. 자세한내용은사용중인분석모듈에대한작업흐름안내서를참조하시기바랍니다. 파일이름 / 유형 설명 RTAComplete.txt RunInfo.xml Base calls 파일 (*.bcl) 필터파일 (*.filter) 클러스터위치파일 (*.locs) RTA 처리가완료되었음을나타내는표시파일입니다. 이파일이존재할경우로컬실행관리자에서분석을큐에대기합니다. 시퀀싱실행에서리드및사이클의수및리드인덱스여부와같은고급실행정보가포함되어있습니다. 주기별로하나의파일에집계되는각타일의모든클러스터에대한 base calls 와인코딩된 quality score(q- 점수 ) 가포함됩니다. 클러스터가필터를통과했는지여부를지정합니다. 필터정보는리드당하나의필터파일에집계됩니다. 클러스터위치파일에집계되는각타일의모든클러스터에대한 XY 좌표가포함됩니다. 70 문서번호 v01 KOR

77 인덱스 인덱스 2 2 채널이미지생성 65 B base calls 2 채널 65 인덱싱고려사항 66 base calls 파일 68 BaseSpace 2 로그인 31 전송아이콘 36 BaseSpace Broker 36 BaseSpace 구성 31 C chastity 필터 66 D dbsnp 데이터베이스 9 Demo Mode( 데모모드 ) 13 I InterOp 파일 48, 68 L locs 파일 68 M mirbase 데이터베이스 9 Q Q- 점수 66 quality score 66 Phred 알고리즘 66 R RefGene 데이터베이스 9 RFID 추적 7 RTA v2 개요 62 종료 62 RTA2 오류처리 52 RunInfo.xml 48, 68 고고객지원 75 고급장착옵션 13 관관리, 예방 40 구구성설정 58 구성요소상태표시줄 4 시약부분 4 이미지생성부분 4 기기기구성설정 58 시작 12 전원버튼 5 기기관리소모품 19 종료 60 기기세척 41 기기종료 60 기술지원 75 데데이터전송 BaseSpace Broker 36 복사실행서비스 36 작업아이콘 36 데이터베이스, 사전설치됨 9 도도움말설명서 3 도움말, 기술 75 독독립실행형구성 29 레레퍼런스게놈 custom 게놈 59 사전설치됨 9 파일형식 9 로로그파일 GlobalLog 52 LaneNLog 52 로컬실행관리자 6 리리드길이 22 리드주기 22 메메트릭 base calls 65 MiniSeq 시스템안내서 71

78 인덱스 인텐시티주기 35 클러스터밀도주기 35 문문제해결문의옵션 48 시스템검사 55 실행전검사 50 실행별파일 48 저품질메트릭 53 하드드라이브공간 51 복복사실행서비스 36 분분석소프트웨어 6 아웃풋파일 68 분석구성 27 분석, 일차신호순도 66 사사용자공급소모품 19 사용자이름및암호 12 사전위상화 64 상상태경보 6 상태표시줄 4 설설명서 3, 75 세세척사용자공급소모품 41 세척컴포넌트 41 수동세척 41 자동 37 소소모품 7 기기관리 19 사용자공급 19 세척소모품 41 소모품세척 41 시약카트리지 7 시퀀싱실행 19 일반실험실용순수 19 플로우셀 7 소모품제거 13 소프트웨어구성설정 58 기기제어 6 분석 6 수동업데이트 44 실행시간 22 업데이트확인 14 이미지분석, base calls 6 자동업데이트 44 초기화 12 소프트웨어업데이트 44 시시스템검사 55 시스템사용자이름및암호 12 시약적절한폐기 28, 32 키트형 7 시약부분 4 시약카트리지개요 7 저장소 28 번 41 준비 25 시퀀싱분석뷰어 22 시퀀싱작업흐름 64 실실시간분석위상화 64 실시간분석소프트웨어 2, 6 결과 68 실증적위상화 64 실행매개변수 BaseSpace 모드 31 독립실행형모드 29 매개변수편집 31 실행메트릭 35 실행설정, 고급옵션 13 실행시간 22 실행전검사 30, 34 실행전검사오류 50 실행후세척 37 아아웃풋파일 68 아웃풋파일, 시퀀싱 68 아이콘상태 6 오류및경고 6 예예방관리 40 오오류가능성 66 오류및경고 6 아웃풋파일 52 온온라인교육 3 위위상화 64 이이미지생성부분 4 이미지생성, 2 채널시퀀싱 65 인인덱싱고려사항 66 인텐시티 65 일일반실험실용순수지침 문서번호 v01 KOR

79 작작업흐름 BaseSpace 로그인 31 BaseSpace 모드 31 개요 고급장착옵션 13 독립실행형모드 29 분석구성 27 시약카트리지 25, 28, 32 시퀀싱 64 실행메트릭 35 실행시간 22 실행전검사 30, 34 인덱싱고려사항 66 차아염소산나트륨 41 폐시약 29, 33 재재혼성화, 리드 1 53 전전원버튼 5, 12 전원스위치 12 제제어소프트웨어 6 차차아염소산나트륨, 세척 41 컴컴포넌트플로우셀부분 4 클클러스터위치템플레이트생성 64 파일 68 템템플레이트생성 64 폐폐시약폐기 29, 33, 43 준비 25 플로우셀부분 4 플로우셀클램프 4 필필터통과클러스터 66 필터통과 (PF) 66 필터파일 68 하하드드라이브공간 51 호호환성 RFID 추적 7 플로우셀, 시약카트리지 7 인덱스 포포름아마이드, 위치 6 38 폴폴더위치 29 프프라이머재혼성화 53 플플로우셀개요 7 유형 2 재혼성화 53 MiniSeq 시스템안내서 73

80 인덱스 74 문서번호 v01 KOR

81 기술지원 기술지원을받으려면 Illumina 기술지원부서에문의하십시오. 표 2 Illumina 일반문의정보웹사이트 기술지원 이메일 techsupport@illumina.com 표 3 Illumina 고객지원센터전화번호 지역 연락번호 지역 연락번호 북아메리카 아일랜드 네덜란드 영국 노르웨이 오스트리아 뉴질랜드 이탈리아 대만 일본 덴마크 중국 독일 프랑스 벨기에 핀란드 스웨덴 홍콩 스위스 호주 스페인 기타국가 싱가포르 SDS( 안전보건자료 ) Illumina 웹사이트 (support.illumina.com/sds.html) 에서확인할수있습니다. 제품설명서 Illumina 웹사이트에서 PDF 로다운로드할수있습니다. support.illumina.com 에서제품을선택한다음, Documentation & Literature( 설명서및문헌 ) 를선택하십시오. MiniSeq 시스템안내서 75

82 Illumina 5200 Illumina Way San Diego, California U.S.A ILMN (4566) ( 북미이외지역 ) techsupport@illumina.com