MiSeq 시스템 안내서

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1 MiSeq 시스템안내서 연구전용. 진단절차에는사용할수없음 ILLUMINA 소유권카탈로그번호 SY DOC 문서번호 v01 KOR 2015년 9월 맞춤프로토콜선택기로간단한전체작업흐름안내서사용자지정 support.illumina.com/custom-protocol-selector.html

2 이문서와이문서에수록된내용은 Illumina, Inc. 및그자회사 ("Illumina") 의재산으로, 여기에설명된제품의사용과관련하여전적으로계약상보증된고객만을위해사용할수있으며그외의목적으로는사용할수없습니다. 이문서와이문서에수록된내용은다른목적으로사용되거나배포될수없으며, Illumina 의사전서면승인없이는어떤방식으로도전달, 공개하거나복제할수없습니다. Illumina 에서는이문서를통해특허, 상표, 저작권또는관습법적권한이나유사한타사권한에따라어떠한사용권도양도하지않습니다. 이문서의지침은여기에설명된제품의올바르고안전한사용을위해적절한교육을받은자격을갖춘사람을통해서엄격하고정확하게준수되어야합니다. 해당제품을사용하기에앞서이문서의모든내용을철저히읽고숙지해야합니다. 여기에포함된모든지침을완전히읽거나명확하게따르지않을경우제품손상, 사용자나다른사람의인체부상, 기타재산에대한손해가발생할수있습니다. Illumina 는여기에설명된제품 ( 그부품이나소프트웨어포함 ) 을잘못사용하여발생하는일에대해어떠한책임도지지않습니다 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, 24sure, BaseSpace, BeadArray, BlueFish, BlueFuse, BlueGnome, cbot, CSPro, CytoChip, DesignStudio, Epicentre, ForenSeq, Genetic Energy, GenomeStudio, GoldenGate, HiScan, HiSeq, HiSeq X, Infinium, iscan, iselect, MiSeq, MiSeqDx, MiSeq FGx, NeoPrep, NextBio, Nextera, NextSeq, Powered by Illumina, SureMDA, TruGenome, TruSeq, TruSight, Understand Your Genome, UYG, VeraCode, verifi, VeriSeq, 호박빛주황색및하단흐름디자인은미국및 / 또는다른국가에서 Illumina, Inc. 및 / 또는해당자회사의상표입니다. 여기에포함된그밖의모든이름, 로고및기타상표는해당소유자의재산입니다. ii 문서번호 v01 KOR

3 개정내역 문서번호날짜변경내용설명 문서번호 _KOR v01 파트번호 _KOR 수정버전 O 2015 년 9 월 MiSeq 시스템사용자안내서에서 MiSeq 시스템안내서로안내서의이름을변경했습니다. MCS v2.6 의새로운기능, BaseSpace Onsite 정보가추가되었습니다. 화면이아닌작업주위에집중되도록안내서정보를재정렬했습니다. Welcome( 시작 ) 화면의모든레퍼런스가 Home ( 홈 ) 화면의레퍼런스로변경되었습니다. MiSeq 시약키트시약준비안내서에플로우셀유형, 시약카트리지내용물, 시약카트리지해동방법등의정보가추가되었습니다. 다른모든 MiSeq 시약키트정보를확인하려면 Illumina 웹사이트 (support.illumina.com/sequencing/sequencing_ kits/miseq_reagent_kit.html) 를방문하시기바랍니다. 관리세척시예상되는세척용량이 17.25ml 에서 51.75ml 로수정되었습니다. 먼저시약카트리지를준비한다음필요한경우라이브러리 Denaturation 및희석작업을진행하는작업흐름단계의순서를업데이트하였습니다. 문제해결정보가부록 A 로이동했습니다. 아웃풋폴더정보및플로우셀타일정보가부록 B 로이동했습니다. 파일관리에대한정보가관리장으로이동했습니다. 실행후세척지침이관리장에서시퀀싱장으로이동했습니다. 실행수행장의이름은이제시퀀싱입니다. 일차분석에서 RTA 소프트웨어분석으로레퍼런스가변경되었습니다. 템플레이트라인세척을사용하는실행후세척절차에대한희석지침이 6% NaOCl 에서 5% NaOCl 로업데이트되었습니다. NaOCl, 5% 파트번호를사용자공급소모품목록에추가했습니다 년 9 월업데이트된정보는다음과같습니다. MCS v2.5 의새로운기능 : 템플레이트라인세척을포함하도록실행후세척옵션업데이트 차아염소산나트륨을사용하는실행후세척에대한지침이템플레이트라인세척으로업데이트 실행후세척에필요한예상세척용량추가추가리소스, 실행옵션, 이차분석옵션, 기기세척, 플로우셀캡색상에관한 VeriSeq PGS 작업흐름정보가추가되었습니다. MiSeq 시스템안내서 iii

4 문서번호날짜변경내용설명 파트번호 수정버전 N 파트번호 _KOR 수정버전 M 파트번호 수정버전 L 파트번호 _KOR 수정버전 K 파트번호 수정버전 J 2014 년 6 월영어버전만제공됨. VeriSeq PGS 작업흐름에해당하는정보가추가되었습니다. 클러스터생성및밀도에대한실행메트릭정보가업데이트되었습니다. 백신소프트웨어정보가제거되었습니다. MiSeq 시스템현장준비안내서를참조하십시오 년 1 월 MCS v2.4 에서업데이트된기능 : 문제해결파일을보내기위한로그번들기능이추가되었습니다 년 10 월 영어버전만제공됨. 시스템소프트웨어재부팅이실행전단계로추가되었습니다. 사용자공급소모품목록에미량원심분리기튜브가추가되었습니다. 전체안내서에서별도의장및여러장의일부로제공된 MiSeq 소프트웨어가제거되었습니다. Custom 레시피폴더에대한정보가제거되었습니다. MiSeq 시약키트의권장클러스터밀도범위에대한정보가제거되었습니다. MiSeq 시약키트에대한세부정보를제거하고시약키트기능에대한개요가추가되었습니다. 자세한지침은사용중인키트에대한시약준비설명서를참조하시기바랍니다. 상표권고지사항에내용이추가되었습니다 년 8 월서식오류를수정했습니다 년 8 월영어버전만제공됨. MCS v2.3 및 MiSeq 시약키트 v3 에대한실행설명이추가되었습니다. 업데이트된정보는다음과같습니다. MiSeq 시약키트 v3 을포함하도록시약키트및버전호환성업데이트 v3 하위폴더를포함하도록 Custom 방법폴더설명업데이트 v2 에대한클러스터밀도범위변경, v3 에대한범위추가 이미지파일에대한아웃풋경로업데이트나노플로우셀 (D) 및마이크로플로우셀 (G) 에대한플로우셀바코드를수정했습니다. 내용및플로우셀유형을포함하여 MiSeq 시약키트에대한정보를제거했습니다. 자세한정보는 MiSeq 시약준비안내서 ( 문서번호 ) 를참조하시기바랍니다. iv 문서번호 v01 KOR

5 문서번호날짜변경내용설명 파트번호 _KOR 수정버전 H 파트번호 수정버전 G 파트번호 _KOR 수정버전 F 파트번호 수정버전 E 2013 년 3 월분석작업흐름, 매니페스트파일및샘플시트를소개하는 MiSeq 개념정리라는섹션이추가되었습니다. FASTQ 파일생성, 매니페스트파일형식, 분석작업흐름세부정보및샘플시트세부정보에대한정보를제외했습니다. 이러한주제에대한내용은 MiSeq Reporter 사용자안내서 ( 파트번호 ) 또는 MiSeq 샘플시트빠른레퍼런스안내서 ( 파트번호 ) 를참조하시기바랍니다. Custom 프라이머준비지침을제외했습니다. 자세한정보는 MiSeq 에서 Custom 프라이머사용 ( 파트번호 ) 을참조하시기바랍니다 년 1 월 DNA 라이브러리 denaturation 및희석지침과 Illumina PhiX 컨트롤준비지침을제외했습니다. MiSeq 에서시퀀싱하기위한 DNA 라이브러리준비 ( 파트번호 ) 를참고하시기바랍니다. 일반실험실용순수 500ml 대신일반실험실용순수 475ml 에 10% 트윈 20 을 25ml 추가하도록기기세척지침을업데이트했습니다 년 11 월 2012 년 10 월 새로추가된정보는다음과같습니다. 새 MiSeq 시약키트인 MiSeq 시약나노키트및 MiSeq 시약마이크로키트에대한키트설명추가 플로우셀유형에대한개요추가 Enrichment 분석작업흐름에대한설명추가업데이트된정보는다음과같습니다. MCS v2.1 의새로운기능 : Sipper 를올리는실행후세척옵션및명령을추가하여 Perform Wash( 세척수행 ) 화면업데이트 나노및마이크로키트종속성을포함하도록버전호환성표업데이트 새시약키트를포함하도록버전호환성정보업데이트 영어버전만제공됨. 업데이트된정보는다음과같습니다. PhiX 컨트롤준비지침수정, 준비된 PhiX 컨트롤의클러스터예상밀도를 1000~1200K/mm² 로수정 라이브러리 Denaturation 및희석절차인라이브러리준비는 Nextera XT 라이브러리와 TruSeq 엠프리콘라이브러리에적용되지않음 업그레이드이름을 MiSeq 확장팩에서 MiSeq 하드웨어업그레이드로변경 MiSeq Reporter 사용자안내서를추가리소스목록에추가 개정내역 MiSeq 시스템안내서 v

6 문서번호날짜변경내용설명 파트번호 _KOR 수정버전 D 파트번호 수정버전 C 2012 년 7 월소프트웨어설명이 MCS v2.0 으로업데이트됨새로추가된정보는다음과같습니다. 새로운소프트웨어기능, 인터페이스변경사항및작업흐름변경사항에대해설명한 MCS 의새로운내용제목의섹션이추가됨 MiSeq 시약키트 v2, 500 사이클의카탈로그번호와설명이추가됨 버전호환성및요건섹션이추가됨 14 타일이중표면플로우셀이미지생성에필요한 MiSeq 확장팩설명이추가됨 이중표면플로우셀타일번호매기기에대한설명이추가됨 Nextera XT 라이브러리에대한 PCR 엠프리콘분석작업흐름이추가됨 세척절차및예상되는세척용량에 10% 트윈 20 사용이추가됨 RFID 리드오류절차에시약카트리지버전이추가됨업데이트된정보는다음과같습니다. 시약약어 IMF, CMF, AMX 가 v2 시약명에서 IMS, CMS, AMS 로각각변경됨 8pM 에서 12.5pM 으로 PhiX 농도를변경함 최종용액의 NaOH 최대권장농도를 1mM 으로변경함 기기가대기모드로전환되지않고, 다음실행을위한설정단계로바로시작하려면관리세척이필요함 작업흐름에서샘플시트파라미터섹션과샘플시트설정단계가제거됨. Illumina 에서는샘플준비전에샘플시트를만들것을권장함. 자세한정보는 MiSeq 샘플시트빠른레퍼런스안내서 ( 파트번호 ) 와 Illumina 실험관리자사용자안내서 ( 파트번호 ) 참조 2012 년 4 월영어버전만제공됨. 소프트웨어설명이 MCS v1.2 로업데이트되었습니다. 새로추가된절차와섹션 : BaseSpace 개요, Custom 프라이머사용, FASTQ 파일생성, 플로우속도오류문제해결, 볼륨테스트수행, 관리세척수행, 대기세척이포함된기기유휴업데이트된정보는다음과같습니다. 엠프리콘작업흐름명을 Custom 엠프리콘으로업데이트, DenovoAssembly 작업흐름명을 Assembly 로업데이트, GenerateFASTQ 작업흐름추가 실행폴더및파일설명추가, 실행폴더명지정업데이트, 아웃풋파일크기추가 샘플시트파라미터의엠프리콘시퀀싱에서게놈폴더를필수로표시 NaOH 희석및라이브러리 Denaturation 지침추가 RFID 리드오류해결방법에 MiSeq 셀프서비스지침포함 실행성능문제해결에사용되는파일및폴더나열 vi 문서번호 v01 KOR

7 문서번호날짜변경내용설명 파트번호 _KOR 수정버전 B 파트번호 수정버전 A 2011 년 12 월 소프트웨어설명이 MCS v1.1 로업데이트되었습니다. 백신소프트웨어정보가추가되었습니다. 업데이트된정보는다음과같습니다. RFID 오류해결지침 라이브러리준비 - 0.2N NaOH 로변경 실행폴더명지정규칙 필요한디스크공간및저장용량 실행설정단계 - 샘플시트설정에대한정보추가 실행설정단계 - 남은 PR2 의폐기에대한참고사항추가 분석기간 - 2 시간을초과하는분석에대한내용추가 분석입력요건 - TruSeq Custom 엠프리콘라이브러리에서매니페스트파일을필수로표시 MiSeq 시약키트내용물에서 HT1 튜브크기수정 MyIllumina 에대한 icom 레퍼런스변경 2011 년 9 월영어버전만제공됨. 최초릴리스 개정내역 MiSeq 시스템안내서 vii

8 viii 문서번호 v01 KOR

9 목차 개정내역목차 iii ix 1 장개요 1 소개 2 추가리소스 3 컴포넌트 4 MiSeq 개념정리 7 MiSeq 소프트웨어 8 이차분석옵션 10 시퀀싱분석뷰어 12 필수디스크공간 13 MiSeq 시약키트개요 14 2 장시작 17 MiSeq 시작 18 시스템설정사용자지정 19 BaseSpace 업데이트의알림구성 20 이메일기본설정지정 20 기본폴더위치설정 20 사용자공급소모품 21 3 장시퀀싱 23 소개 24 실행시간 25 MiSeq 작업흐름 26 시약카트리지해동 28 시약카트리지검사 29 라이브러리 Denaturation 및희석 30 샘플라이브러리장착 31 MCS 를사용하여실행설정 32 플로우셀세척 33 플로우셀장착 35 시약장착 36 실행시작 39 실행모니터링 40 실행후세척수행 42 4 장관리 47 관리빈도 48 VeriSeq PGS 작업흐름의관리빈도 49 관리세척수행 50 대기세척수행 53 파일관리 55 소프트웨어업데이트 57 기기종료 58 부록 A 문제해결 59 소개 60 문제해결을위한로그번들 61 시스템검사수행 62 MiSeq 시스템안내서 ix

10 실시간도움말 63 일시중지또는정지 64 수동으로시약카트리지 Sipper 올리기 65 실행설정오류해결 66 RFID 리드오류해결 67 플로우속도오류문제해결 68 볼륨테스트수행 69 예상되는세척용량측정 71 시스템설정구성 72 부록 B 아웃풋파일및폴더 73 실행폴더 74 MiSeqOutput 폴더내용 75 RTA 폴더및파일 76 인덱스 79 기술지원 83 x 문서번호 v01 KOR

11 1 장개요개요 1 장 소개 2 추가리소스 3 컴포넌트 4 MiSeq 개념정리 7 MiSeq 소프트웨어 8 이차분석옵션 10 시퀀싱분석뷰어 12 필수디스크공간 13 MiSeq 시약키트개요 14 MiSeq 시스템안내서 1

12 개요 소개 Illumina MiSeq 시스템은효과가검증된 SBS(Sequencing By Synthesis: 합성을통한시퀀싱 ) 기술을불과 8 시간안에 DNA 에서분석데이터추출까지끝낼수있는혁신적인작업흐름에결합했습니다. MiSeq 는클러스터생성, 시퀀싱, 데이터분석을하나의기기에통합했습니다. 기능 } 전자동화 - 사전충전시약카트리지, 완충액병, 플로우셀을장착하는등의실행을설정한후에는조작시간이추가로소요되지않습니다. } 사전충전시약카트리지 - 특수설계된일회용사전충전시약카트리지는페어드엔드 (paired-end) 시퀀싱시약과인덱싱 (indexing) 시약등클러스터생성과시퀀싱용시약을제공합니다. 통합 RFID( 무선주파수식별 ) 추적기능으로정확한소모품추적이가능합니다. } 인터페이스제어 - MCS(MiSeq 제어소프트웨어 ) 인터페이스에는기기구성, 실행설정및모니터링, 관리절차수행에필요한제어기능이있습니다. } 편리한플로우셀장착 기기에플로우셀이장착될때클램핑장치가플로우셀의위치를자동으로잡아줍니다. 통합 RFID( 무선주파수식별 ) 추적기능으로정확한소모품추적이가능합니다. } 혁신적인플루이딕구성 - MiSeq 플루이딕시스템을통해시퀀싱이진행되는동안화학사이클시간의효율성이매우높아졌습니다. } RTA( 실시간분석 ) - 통합분석소프트웨어는시퀀싱이실행되는동안기기내에서이미지분석, Base Calls 등실시간데이터분석을수행하여귀중한다운스트림분석시간을절약합니다. } MiSeq Reporter - 통합이차분석소프트웨어는 RTA 분석데이터를처리하여배열을수행하고분석한각샘플에대한정보를제공합니다. 2 문서번호 v01 KOR

13 추가리소스 Illumina 웹사이트에서다음설명서를다운로드할수있습니다. 리소스 MiSeq 시스템현장준비안내서 설명 실험실공간, 전기적요건및환경적고려사항에대한내용을담고있습니다. 추가리소스 MiSeq 시스템안전및규정준수안내서 Illumina 실험관리자사용자안내서 BlueFuse 작업과정관리자레퍼런스안내서 MiSeq 샘플시트빠른레퍼런스안내서 MiSeq 에서시퀀싱하기위한 DNA 라이브러리준비 MiSeq 에서 Custom 프라이머사용 MiSeq Reporter 사용자안내서 BlueFuse Multi 레퍼런스안내서 기기라벨지정, 규정준수인증및안전고려사항에대한내용을담고있습니다. 다른작업흐름과라이브러리유형에대한샘플판및샘플시트의생성지침을담고있습니다. VeriSeq PGS 작업흐름에서사용할샘플판및샘플시트의생성지침을담고있습니다. 샘플시트에샘플시트설정을추가하는방법에대한정보를제공합니다. MiSeq 에서시퀀싱하기전에준비된샘플라이브러리를 denaturation 및희석하고 PhiX 컨트롤을준비하기위한지침을담고있습니다. 이단계는대부분의라이브러리유형에적용됩니다. Custom 프라이머를준비및장착하고 Custom 프라이머에대한샘플시트를편집하기위한지침을담고있습니다. MiSeq Reporter 를통한분석절차, 분석작업과정및아웃풋파일에대해포괄적인개요와함께컴퓨터요건, 기기외부설치방법및문제해결에대한정보를담고있습니다. BlueFuse Multi 에서생성된파일, 분석절차, 분석작업흐름에대한포괄적인개요와컴퓨터요건및문제해결에대한정보를담고있습니다. 이안내서를 VeriSeq PGS 작업흐름과함께사용하십시오. MiSeq Reporter 온라인도움말 MiSeq Reporter 소프트웨어사용지침을제공합니다. BaseSpace 사용자안내서 BaseSpace Onsite 시스템안내서 BaseSpace 사용지침과각분석작업과정에서생성된그래프에대한설명을담고있습니다. BaseSpace Onsite 시스템의사용지침을담고있습니다. 설명서, 소프트웨어다운로드, 온라인교육, 자주묻는질문과답변 (FAQ) 등의정보를이용하려면 Illumina 웹사이트 (support.illumina.com/sequencing/sequencing_ instruments/miseq.html) 의 MiSeq 시스템지원페이지를방문하시기바랍니다. MiSeq 시스템안내서 3

14 개요 컴포넌트 MiSeq 에는다음과같은외부컴포넌트가있습니다. A 플로우셀부분 실행내내플로우셀이담기는플로우셀대가들어있는곳입니다. 플로우셀대모터는플로우셀장착을위해폐쇄광학모듈밖으로대를이동시키고실행이시작되면이를제자리로돌려놓습니다. B 폐쇄광학모듈 플로우셀이미지를촬영하는광학컴포넌트가들어있는곳입니다. C 상태표시줄 세가지색상으로기기상태를나타냅니다. 파란색은기기가처리중임을나타내고, 주황색은기기를살펴보아야함을나타내며, 초록색은다음실행준비가완료되었음을나타냅니다. D 터치스크린모니터 소프트웨어인터페이스를사용하여기기구성및실행관련설정을할수있습니다. E 외부 USB 포트 터치스크린모니터에서기기컴퓨터로파일과데이터의전송을용이하게합니다. F 시약부분 적절한온도로유지된시약, 세척액, 폐기물병이들어있습니다. 시약부분도어는자석걸쇠로닫혀있습니다. MiSeq 인터페이스가터치스크린모니터를통해실행설정단계를안내합니다. 실행에필요한컴포넌트를장착하기위해서시약부분과플로우셀부분에액세스해야합니다. 4 문서번호 v01 KOR

15 플로우셀부분 컴포넌트 A B C D E 플로우셀대플로우셀부분도어플로우셀걸쇠플로우셀플로우셀걸쇠해제버튼 시약부분 플로우셀부분에는플로우셀대, thermal station, 플로우셀과의플루이딕연결부가들어있습니다. 플로우셀대에플로우셀이놓이고, 플로우셀걸쇠로플로우셀이고정및배치됩니다. 플로우셀걸쇠를걸면걸쇠경첩옆의핀두개가자동으로플로우셀의위치를잡아줍니다. 플로우셀대아래에위치한 thermal station 은클러스터생성과시퀀싱에필요한플로우셀온도변화를제어합니다. A 시약냉각기 B Sipper 손잡이 ( 올라가있는상태 ) C PR2 병 D 폐기물병 E 시약카트리지 시약부분에는시약냉각기가들어있으며세척제 (PR2) 병과폐기물병이들어갈자리가마련되어있습니다. 일정한온도를유지하려면지침이있을경우에만시약냉각기를열었다닫으십시오. 실행이진행되는동안시약냉각기에는일회용시약카트리지가들어갑니다. 기기세척중에는시약냉각기에세척함이들어갑니다. 수행되고있는진행상황에따라소프트웨어가자동으로적절한시기에 Sipper 를시약카트리지의각저장소에넣습니다. MiSeq 시스템안내서 5

16 개요 시약냉각기오른쪽에는 PR2 병과폐기물병이각각들어가기에적합한형태의슬롯이있습니다. Sipper 손잡이가이병들을제자리에잠그고각병에적합한빨대를넣습니다. Sipper 와플루이딕라인을통해시약이펌프된다음플로우셀로펌프됩니다. 시약폐기물은진행되는동안폐기물병으로들어갑니다. 6 문서번호 v01 KOR

17 MiSeq 개념정리 다음용어와개념은 MiSeq 의실행설정단계에서일반적으로사용됩니다. 개념 분석작업흐름 매니페스트 설명 MiSeq Reporter 에서수행된이차분석절차. 각실행에대한분석작업흐름은샘플시트에명시되어있습니다. 배열단계에서사용될레퍼런스게놈및목표레퍼런스영역을지정하는파일. 매니페스트가필요한작업흐름의경우매니페스트파일이샘플시트에명시되어있으며 MCS 에서지정된매니페스트폴더로복사됩니다. MiSeq 개념정리 레퍼런스게놈 실행폴더 샘플시트 분석도중사용된게놈시퀀스를포함하는 FASTA 형식파일. 대부분분석작업흐름의경우레퍼런스게놈파일이샘플시트에명시되어있습니다. RTA 소프트웨어로작성한폴더구조 (MiSeqOutput 폴더 ) 또는 MiSeq Reporter 로작성한폴더 (MiSeqAnalysis). 자세한정보는 74 페이지의실행폴더를참조하십시오. 샘플및샘플의인덱스시퀀스목록을포함하여시퀀싱실행을설정하고분석하는데필요한정보를포함하는쉼표로구분된값파일 (*.csv). MiSeq 의실행설정단계를진행하는중에샘플시트를제공해야합니다. 실행이시작된후샘플시트는 SampleSheet.csv 로이름이바뀌고실행폴더인 MiSeqTemp, MiSeqOutput 및 MiSeqAnalysis 에복사됩니다. 분석작업흐름및매니페스트파일형식에대한자세한정보는 MiSeq Reporter 소프트웨어안내서 ( 문서번호 ) 를참조하십시오. 샘플시트에대한자세한정보는 MiSeq 샘플시트빠른레퍼런스안내서 ( 문서번호 ) 를참조하십시오. MiSeq 시스템안내서 7

18 개요 MiSeq 소프트웨어 기기컴퓨터에는다음소프트웨어애플리케이션이사전설치되어있습니다. } MCS(MiSeq 제어소프트웨어 ) - 기기작동을제어합니다. MCS(MiSeq 제어소프트웨어 ) 인터페이스는실행을시작하기전에플로우셀과시약을장착하기위한단계를안내합니다. 실행이진행되는동안품질통계에대한개요가표시됩니다. } 실행중에 MCS 는플로우셀대를작동하고, 시약을공급하고, 플로우셀온도를제어하고, 플로우셀의클러스터이미지를캡처합니다. MCS 는샘플시트에명시된파라미터에따라실행을수행합니다. } RTA( 실시간분석 ) 소프트웨어 - RTA( 실시간분석 ) 는이미지분석및 Base Calls 를수행하고각주기의모든염기에대한 Quality Score 를부여하는통합소프트웨어입니다. 이미지는 RTA 를통해처리될수있도록실행폴더에임시저장되었다가 RTA 분석이완료되면자동으로삭제됩니다. } MiSeq Reporter 이차분석을수행합니다. MiSeq Reporter 분석소프트웨어는 RTA 소프트웨어에서생성되는 Base Calls 를처리하고요청된각게놈에대한배열, 변이체, 콘틱어셈블리에대한정보를생성합니다. 샘플시트에지정된분석작업과정에따라수행되는분석유형이결정됩니다. 자세한정보는 11 페이지의 MiSeq Reporter 개요를참조하시기바랍니다. 기기외부에서사용되는소프트웨어 ( 선택사항 ) 는시퀀싱분석뷰어 (SAV) 를포함합니다. 자세한정보는 12 페이지의시퀀싱분석뷰어를참조하시기바랍니다. 상태아이콘 Home( 홈 ) 화면의우측상단에는실행설정중또는실행중의상태변화를나타내는상태아이콘이있습니다. 상태아이콘 상태명 설명 상태양호 변화없음. 시스템이정상입니다. 주의중요한정보. 조치가권장됩니다. 경고 오류 경고가발생해도실행이중단되지는않습니다. 하지만, 일부경고의경우계속하기전에조치가필요합니다. 오류는대개실행을중단하며일반적으로실행진행에앞서조치가필요합니다. 상태변경이발생하면아이콘이관련이미지로변경되고사용자에게이를알릴수있도록깜박입니다. 아이콘을선택하여상태창을열고상태설명을확인하십시오. 해당되는경우목록에나와있는항목을선택하면상태에대한자세한설명및상태해결방법을확인할수있습니다. Acknowledge( 확인 ) 를선택해메시지를수락하고 Close( 닫기 ) 를선택하여대화상자를닫습니다. 창상단여백에있는아이콘을선택하여상태창에나타나는메시지유형을걸러낼수있습니다. 아이콘을선택할때마다상태가표시혹은숨기기로전환됩니다. 8 문서번호 v01 KOR

19 작업표시기 각인터페이스화면의오른쪽하단모서리에여러개의아이콘이표시되어있습니다. 각아이콘은기기에서수행되고있는작업을보여주는작업표시기입니다. 그림 1 작업표시기 왼쪽에서오른쪽방향으로작업표시기가나타내는작업은다음과같습니다. } Y 단계이동 } Z 단계이동 } 전자장치기능활성화 } 카메라사용 } 플루이딕시스템을통한펌프 MiSeq 소프트웨어 센서표시기 각인터페이스화면하단에있는센서표시기는각기기컴포넌트의상태를나타냅니다. 그림 2 센서표시기 왼쪽에서오른쪽으로방향으로센서표시기가나타내는컴포넌트는다음과같습니다. } 플로우셀부분도어 ( 열림또는닫힘위치 ) } 시약냉각기온도 ( C) } 플로우셀온도 ( C) } BaseSpace 연결상태 ( 연결되지않음상태 ) MiSeq 시스템안내서 9

20 개요 이차분석옵션 MiSeq 시퀀싱데이터는 MiSeq Reporter 를사용해기기컴퓨터에서분석하거나, BaseSpace Onsite 를사용해네트워크서버에서분석하거나, BaseSpace 를사용해클라우드에서분석할수있습니다. VeriSeq PGS 작업흐름을수행하는경우분석용 BlueFuse Multi 소프트웨어를사용하십시오. BaseSpace, BaseSpace Onsite 및 MiSeq Reporter 는여러샘플실행의각샘플및요청된각게놈에대한배열, 변이체, 콘틱어셈블리관련정보를생성합니다. BaseSpace 및 BaseSpace Onsite 개요 BaseSpace 는 Illumina 클라우드컴퓨팅환경입니다. BaseSpace Onsite 는전용서버의컴퓨팅환경을제공하며실행설정도구와분석옵션을갖추고있습니다. 시퀀싱실행을설정할때에는 BaseSpace 또는 BaseSpace Onsite 에로그인합니다. BaseSpace 또는 BaseSpace Onsite 를사용할때에는실행데이터를로컬에저장하는추가옵션이제공됩니다. 자세한정보는 19 페이지의시스템설정사용자지정을참조하시기바랍니다. 시퀀싱실행을시작하면 MiSeq 가 BaseSpace 또는 BaseSpace Onsite 에연결되어있고데이터파일이지정된위치로전송중임을나타내도록아이콘이바뀝니다. 그림 3 BaseSpace 와연결아이콘 그림 4 BaseSpace Onsite 연결아이콘 BaseSpace 를사용하면전송시데이터파일이암호화되고, 분석중에는암호해독되며, 저장시다시암호화됩니다. BaseSpace Onsite 를사용하여전송시데이터파일이암호화되고, 분석중에는암호해독되었다가저장될때선택적으로다시암호화됩니다. BaseSpace 및 BaseSpace Onsite 는실행이끝나거나모든 RTA 분석파일의전송이완료되는즉시 MiSeq 에서자동으로연결이해제됩니다. 인터넷연결이중단되면연결이복원된후분석파일은중단상태가발생한요소부터이어서업로드됩니다. 마지막 Base Calls 파일이 BaseSpace 또는 BaseSpace Onsite 에업로드되면바로데이터이차분석이시작됩니다. MiSeq Reporter 를사용한기기내분석과동일한분석작업흐름이 BaseSpace 및 BaseSpace Onsite 에서지원됩니다. MiSeq Reporter 설치와함께여러개의게놈이제공됩니다. BaseSpace 및 BaseSpace Onsite 는 MiSeq Reporter 를포함하는게놈만지원합니다. BaseSpace 웹사이트 (basespace.com) 에접속할수있습니다. MyIllumina 계정로그인을사용하여로그인하십시오. BaseSpace 에대한자세한정보는 BaseSpace 사용자안내서 ( 문서번호 ) 와 Illumina 웹사이트의 BaseSpace 지원페이지를참조하시기바랍니다. BaseSpace Onsite 에대한자세한정보는 BaseSpace Onsite 시스템안내서 ( 문서번호 ) 와 Illumina 웹사이트의 BaseSpace Onsite 지원페이지를참조하시기바랍니다. 10 문서번호 v01 KOR

21 MiSeq Reporter 개요 MiSeq Reporter 는 RTA 소프트웨어에서생성된 Base Calls 를처리하는 Windows Service 애플리케이션입니다. MiSeq Reporter 는 RTA 소프트웨어에서시퀀싱실행의분석이완료된직후에이차분석을시작합니다. MiSeq Reporter 는기기컴퓨터에서실행됩니다. 그러나 MiSeq Reporter 와동일한네트워크에연결된다른컴퓨터상의웹브라우저를통해소프트웨어인터페이스를살펴야합니다. 이차분석이완료되면 CompletedJobInfo.xml 이라는파일이실행폴더에작성됩니다. 자세한정보는 MiSeq Reporter 소프트웨어안내서 ( 문서번호 ) 를참조하십시오. 이차분석옵션 분석중시퀀싱 MiSeq 시스템컴퓨팅리소스는시퀀싱또는분석전용입니다. 먼저수행된시퀀싱실행의이차분석이완료되기전에 MiSeq 에서새시퀀싱실행을시작하면 MiSeq Reporter 분석이자동으로중지됩니다. MiSeq Reporter 에서수행하는분석을다시시작하려면새로운시퀀싱실행이완료된후 MiSeq Reporter 인터페이스에서 Requeue( 리큐 ) 기능을사용하십시오. 이때이차분석은처음부터시작됩니다. MiSeq 시스템안내서 11

22 개요 시퀀싱분석뷰어 Illumina SAV( 시퀀싱분석뷰어 ) 를이용하면간섭없이실행을보다상세히모니터링할수있습니다. MiSeq 가네트워크에연결되어있어야 SAV 로일차분석결과를볼수있습니다. 메트릭이생성되면 SAV 를통해실행중에메트릭을확인할수있고, 실행이완료된후나중에확인할수도있습니다. 기기에연결된동일한네트워크에액세스할때 MiSeq 와상관없이컴퓨터에 SAV( 시퀀싱분석뷰어 ) 를설치합니다. 소프트웨어를시작한후아웃풋폴더로이동하여실행할수있습니다. 시퀀싱분석뷰어 (SAV) 는템플레이트생성후 RTA 에의해생성된메트릭을제공하고메트릭을도면, 그래프, 표로구성합니다. 참고시퀀싱분석뷰어는 Illumina 시퀀싱시스템의일반적인기능이며시퀀싱시스템대부분은 8 레인플로우셀을이용합니다. 일부보기에는레인 1~8 을보여주는드롭다운목록이포함됩니다. MiSeq 플로우셀은단일레인이기때문에 All( 모두 ) 또는 Lane 1( 레인 1) 을선택합니다. 자세한정보는 SAV( 시퀀싱분석뷰어 ) 사용자안내서 ( 문서번호 ) 를참조하십시오. 12 문서번호 v01 KOR

23 필수디스크공간 통합기기컴퓨터의저장용량은약 550GB 입니다. 소프트웨어는실행을시작하기에앞서이용가능한디스크공간을확인합니다. 실행을위한디스크공간이충분하지않으면소프트웨어메시지가나타납니다. 메시지에는실행에필요한디스크공간과실행을진행하기위해지워야하는디스크공간이표시됩니다. 디스크공간을확보하라는메시지가나타나면필요에따라이전실행폴더를이동하거나삭제합니다. 자세한정보는 1 페이지의 55 페이지의파일관리. 적당한디스크공간을지운후 Restart Check( 검사재시작 ) 를선택합니다. 필수디스크공간 MiSeq 시스템안내서 13

24 개요 MiSeq 시약키트개요 MiSeq 에서실행을수행하려면일회용 MiSeq 시약키트가필요합니다. 이키트는다양한유형과크기로제공됩니다. MiSeq 시약키트의각유형에는실행을수행하는데필요한모든시약과키트별플로우셀유형이포함됩니다. 키트에제공된플로우셀, PR2 병및시약카트리지는정확한소모품추적및호환성을위해 RFID(Radio-Frequency IDentification) 를사용합니다. 항상해당플로우셀유형과연관된시약카트리지를사용합니다. 시약카트리지가호환되지않는경우실행설정동안호환되는시약카트리지를장착하라는메시지가표시됩니다. 제공되는시약키트에대한설명은 Illumina 웹사이트 (support.illumina.com/sequencing/sequencing_kits/miseq_reagent_kit.html) 를참조하시기바랍니다. 플로우셀 A B C 배출구포트이미지생성구역주입구포트 MiSeq 플로우셀은일회용유리기반기질로, 클러스터가생성되고시퀀싱반응이일어납니다. 시약은주입구포트를통해플로우셀로들어가이미지생성구역을지나배출구포트로배출됩니다. 플로우셀밖으로배출된폐기물은폐기물병으로들어갑니다. 실행을설정하기전에라이브러리를시약카트리지에장착하면실행이시작된후라이브러리가플로우셀에자동으로이동됩니다. 플로우셀캡색상 플로우셀용기의캡색상으로플로우셀유형을구분합니다. 플로우셀표준플로우셀 PGS 플로우셀마이크로플로우셀나노플로우셀 플로우셀캡색상투명녹색노란색 14 문서번호 v01 KOR

25 시약카트리지개요 MiSeq 시약카트리지는플로우셀하나를시퀀싱하기위한클러스터링및시퀀싱시약으로사전충전된여러개의저장소가알루미늄포장지에싸여구성된일회용소모품입니다. 카트리지의각저장소에는번호가매겨져있습니다. Load Samples( 샘플장착 ) 라벨이붙어있는위치 17 의카트리지에샘플라이브러리를장착합니다. 경고본시약에는생식계에영향을줄수있는독성물질지방족아마이드인포름아마이드가들어있습니다. 흡입, 섭취하거나피부또는눈에접촉할경우인체에상해를입을수있습니다. 보안경, 장갑, 실험실가운등의보호장비를착용하십시오. 사용한시약은화학폐기물로취급하고현지정부안전표준에따라폐기하시기바랍니다. 환경, 건강및안전정보는 support.illumina.com/sds.html 에서본키트에관한 SDS 를참조하십시오. 준비된저장소 MiSeq 시약키트개요 그림 5 번호가매겨진저장소가있는시약카트리지 표 1 시약카트리지저장소 위치 시약명 설명 8 LDR 변성시약 ( 포름아마이드함유 ) 17 예약됨 샘플장착 ( 샘플라이브러리용으로예약됨 ) 18 예약됨 Custom 리드 1 프라이머용으로예약됨 [ 선택사항 ] 19 예약됨 Custom 인덱스리드프라이머용으로예약됨 [ 선택사항 ] 20 예약됨 Custom 리드 2 프라이머용으로예약됨 [ 선택사항 ] MiSeq 시스템안내서 15

26 개요 참고 MiSeq 시약카트리지의 Custom 프라이머를사용하는방법에대한자세한정보는 MiSeq 에서 Custom 프라이머사용 ( 문서번호 ) 을참조하십시오. 16 문서번호 v01 KOR

27 2 장시작시작 2 장 MiSeq 시작 18 시스템설정사용자지정 19 BaseSpace 업데이트의알림구성 20 이메일기본설정지정 20 기본폴더위치설정 20 사용자공급소모품 21 MiSeq 시스템안내서 17

28 시작 MiSeq 시작 참고최고의성능을얻으려면기기를계속켜두십시오. 그러나기기를꺼야하는경우 58 페이지의기기종료를참조하시기바랍니다. 최소 60 초동안기다렸다가전원스위치를 ON( 켬 ) 위치로되돌려놓으십시오. 1 MiSeq 가아직켜지지않은경우기기오른쪽에서후면패널에있는전원스위치를확인합니다. 전원스위치는하단모서리의전원코드바로위에있습니다. 그림 6 전원스위치위치 2 전원스위치를 ON( 켬 ) 위치에둡니다. 통합기기컴퓨터가시작됩니다. 3 기본사용자명과암호를사용하여운영체제에로그인합니다. } 사용자명 : sbsuser } 암호 : sbs123 운영체제가로딩을완료할때까지기다립니다. 시스템이준비되면 MCS(MiSeq 제어소프트웨어 ) 가실행되면서시스템이자동으로초기화됩니다. 초기화단계가완료되면 Home( 홈 ) 화면이나타납니다. 18 문서번호 v01 KOR

29 시스템설정사용자지정 1 Home( 홈 ) 화면에서 Run Options( 실행옵션 ) 를선택합니다. 2 Run Settings( 실행설정 ) 탭을선택합니다. 3 Post Run Wash( 실행후세척 ) 또는 Maintenance Wash( 관리세척 ) 를선택합니다. 매번실행한후에는항상기기세척을수행해야합니다. 소프트웨어가후속실행을설정하기전에세척을수행해야합니다. Post-Run Wash( 실행후세척 ) 옵션은기본적으로수행되는세척유형을지정합니다. 실행후세척은약 30 분이소요됩니다. 관리세척은약 1 시간이소요됩니다. 4 BaseSpace Onsite 서버위치의주소를입력합니다. BaseSpace Onsite 를사용할경우 BaseSpace Onsite Server 설정이필요합니다. 5 Send instrument health information to Illumina to aid technical support( 기술지원을받기위해 Illumina 로기기상태정보보내기 ) 를선택하거나선택취소합니다. Send Instrument Health( 기기상태전송 ) 는 Illumina 기술지원부서에문제해결에필요한도움을제공해주는옵션입니다. 로그파일 (InterOp 파일및로그파일 ) 만 Illumina 로전송됩니다. 이기능을이용하려면기기가인터넷사용이가능한네트워크에연결되어있어야합니다. 6 When using BaseSpace or BaseSpace Onsite, replicate analysis locally on MiSeq (BaseSpace 또는 BaseSpace Onsite 사용시 MiSeq 에로컬로분석복제 ) 를선택하거나선택취소합니다. Replicate Analysis Locally( 로컬로분석복제 ) 설정은 BaseSpace 또는 BaseSpace Onsite 사용시분석처리위치를지정합니다. 이설정은 BaseSpace 또는 BaseSpace Onsite 를통해서나기기에서로컬로모두분석을수행할수있는옵션을제공합니다. BaseSpace 또는 BaseSpace Onsite 를사용할때이옵션을선택하면실행후 MiSeq Reporter 가자동으로시작되고로컬로분석을수행합니다. BaseSpace 또는 BaseSpace Onsite 를사용할때이옵션을선택하지않으면실행후 MiSeq Reporter 가자동으로시작되지않으며 BaseSpace 또는 BaseSpace Onsite 에서만분석이수행됩니다. BlueFuse Multi 를사용하여 VeriSeq PGS 작업흐름을수행하는경우이옵션을선택합니다. 시스템설정사용자지정 MiSeq 시스템안내서 19

30 시작 BaseSpace 업데이트의알림구성 1 Home( 홈 ) 화면에서 Manage Instrument( 기기관리 ) 를선택합니다. 2 Software Update( 소프트웨어업데이트 ) 를선택합니다 3 Automatically check for new software updates on BaseSpace(BaseSpace 에대한새로운소프트웨어업데이트자동확인 ) 를선택합니다. 이메일기본설정지정 MiSeq 는 RTA 분석완료시, 기기내이차분석이완료시또는중대한 MiSeq 소프트웨어오류발생시이메일알림을받도록구성할수있습니다. 1 Home( 홈 ) 화면에서 Run Options( 실행옵션 ) 를선택합니다. 2 Folder Settings( 폴더설정 ) 탭을선택합니다. 3 다음정보를입력합니다. } Local SMTP server address( 로컬 SMTP 이메일서버주소 ) - 화상키보드를사용하여로컬 SMTP 이메일서버주소를입력합니다. 이정보에대해문의하고싶은경우시설관리자에게연락하시기바랍니다. } Sender address( 보내는사람이메일주소 ) - 화상키보드를사용하여보내는사람이메일주소를입력합니다. 이이메일주소는본인이메일주소또는이메일알림전송설정에서지정한다른주소가될수있습니다. 보내는사람이메일주소는이메일서버주소와동일한도메인이름이어야합니다. } addresses( 이메일주소 ) - 화상키보드를사용하여알림을받을사람의이메일주소를입력합니다. 각이메일주소를콤마로구분합니다. Test( 테스트 ) 를선택하여알림수신자에게테스트이메일을보낼수있습니다. } Notify via when( 이메일알림시기 ) - 알림을발생시킬각실행이벤트의체크박스를선택합니다. 기본폴더위치설정 폴더는로컬네트워크또는기기컴퓨터에서찾을수있습니다. 1 Home( 홈 ) 화면에서 Run Options( 실행옵션 ) 를선택합니다. 2 Folder Settings( 폴더설정 ) 탭을선택합니다. 3 다음폴더에대한기본위치를입력합니다. } Recipes( 레시피 ) - 레시피의기본위치를설정합니다. 레시피는소프트웨어가시퀀싱실행을수행할때사용하는 XML 파일입니다. 레시피는샘플시트의파라미터를바탕으로실행이시작될때작성되었다가아웃풋폴더에복사됩니다. } Sample Sheets( 샘플시트 ) - 샘플시트의기본위치를설정합니다. 샘플시트는라이브러리준비전에생성되고실행할파라미터를포함합니다. } 매니페스트 - 일부라이브러리유형에는매니페스트파일이필요합니다. 샘플준비키트에대한샘플준비설명서및샘플시트빠른레퍼런스안내서 ( 문서번호 ) 를참조하십시오. } MiSeqOutput - 분석아웃풋파일의기본위치를설정합니다. 공유, 장기보관, MiSeq Reporter 오프라인사용 ( 선택사항 ) 에이용할기본아웃풋폴더를네트워크위치로변경합니다. 자세한정보는 74 페이지의실행폴더를참조하십시오. 20 문서번호 v01 KOR

31 사용자공급소모품 실행을시작하기전에다음과같은사용자공급소모품을사용할수있는지확인하십시오. 소모품 공급업체 용도 조제한용액 1.0N NaOH, 분자생물실험용 일반실험용품공급업체 샘플라이브러리및 PhiX 컨트롤 DNA Denaturation 알코올천, 70% 이소프로 VWR, 카탈로그번 플로우셀홀더세척 필혹은에탄올 70% 호 * 일반실험용품공급업체 일회용장갑, powderfree 일반실험용품공급 일반용도 업체 실험실용티슈 ( 저발진성 ) VWR, 카탈로그번호 * 플로우셀대및샘플장착저장소를덮고있는알루미늄포장지세척 렌즈페이퍼, 10cm x VWR, 카탈로그번 플로우셀세척 15cm 호 * 미량원심분리기튜브 일반실험용품공급업체 샘플라이브러리및 PhiX 컨트롤 DNA Denaturation 및희석 MiSeq 튜브 NaOCl, 5% 트윈 20 핀셋, 끝이직각으로된플라스틱제품 ( 선택사항 ) 물, 실험실등급 Illumina, 파트번호 MS Sigma-Aldrich, 카탈로그번호 * Sigma-Aldrich, 카탈로그번호 P7949 McMaster-Carr, 카탈로그번호 7003A22* 일반실험용품공급업체 VeriSeq PGS 작업흐름에서사용할템플레이트라인세척 ( 다른작업흐름의경우선택사항 ) VeriSeq PGS 작업흐름에서사용할템플레이트라인세척 ( 다른작업흐름의경우선택사항 ) 기기세척 플로우셀배송용기에서플로우셀제거 기기세척 사용자공급소모품 * 또는일반실험실용동급 일반실험실용순수지침 항상일반실험실용순수를사용하여기기절차를수행합니다. 수돗물이나탈이온수를사용하면안됩니다. 다음은사용가능한일반실험실용순수의예입니다. } Illumina PW1 } 18 메그옴 (MΩ) 수 } Milli-Q 수 } Super-Q 수 } 분자생물실험용순수 MiSeq 시스템안내서 21

32 22 문서번호 v01 KOR

33 3 장시퀀싱시퀀싱 3 장 소개 24 실행시간 25 MiSeq 작업흐름 26 시약카트리지해동 28 시약카트리지검사 29 라이브러리 Denaturation 및희석 30 샘플라이브러리장착 31 MCS를사용하여실행설정 32 플로우셀세척 33 플로우셀장착 35 시약장착 36 실행시작 39 실행모니터링 40 실행후세척수행 42 MiSeq 시스템안내서 23

34 시퀀싱 소개 MiSeq 에서실행을수행하려면이장에설명된설정단계를따르십시오. 실행이시작된후사용자가해야할일은전혀없습니다. 시퀀싱실행은 Sequencing( 시퀀싱 ) 화면에서모니터링하거나 Illumina 웹사이트에서다운로드가능한옵션소프트웨어애플리케이션인 SAV( 시퀀싱분석뷰어 ) 를사용하여원격으로모니터링할수있습니다. 시퀀싱실행이완료되면기기세척을수행합니다. 24 문서번호 v01 KOR

35 실행시간 실행시간은수행하는사이클수에따라달라집니다. MCS v2.3 을사용하면최대 2 x 251 사이클의페어드엔드런시퀀싱과인덱스리드까지수행할수있습니다. 뿐만아니라실행시간은사용하는 MiSeq 시약버전과기기에설치된성능강화업그레이드에따라다릅니다. 예상시간과기타자세한정보는 Illumina 웹사이트 ( 에서 MiSeq 시스템에관한페이지를참조하시기바랍니다. 실행시간 리드사이클수 리드에서수행된주기수는분석한주기수보다하나가더많습니다. 이여분의주기는단계및사전단계를계산하는데필요합니다. 예를들어 300 주기페어드엔드런인경우 301 주기리드가 2 번수행되어총 602 주기 (= 2 x 301) 가됩니다. 실행이끝날때 2 x 300 사이클이분석됩니다. MiSeq 시스템안내서 25

36 시퀀싱 MiSeq 작업흐름 사전충전시약카트리지를사용할수있게준비합니다. 라이브러리를 Denaturation 및희석합니다 ( 일부라이브러리유형에는적용되지않음 ). MiSeq 에서시퀀싱하기위한라이브러리준비 ( 문서번호 ) 를참조하시기바랍니다. 라이브러리믹스를지정된저장소의시약카트리지에장착합니다. 소프트웨어인터페이스에서 Sequence( 시퀀스 ) 를선택하여실행설정단계를시작합니다. [ 선택사항 ] BaseSpace 또는 BaseSpace Onsite 와연결합니다. 플로우셀을세척한후완전히건조합니다. 플로우셀을장착합니다. PR2 병을장착하고폐기물병이비었는지확인합니다. 시약카트리지를장착합니다. 실행파라미터와실행전검사결과를검토합니다. Start Run( 실행시작 ) 을선택합니다. MCS 인터페이스또는 SAV( 시퀀싱분석뷰어 ) 를사용하는다른컴퓨터에서실행을모니터링합니다. 실행후세척을수행합니다. 클러스터생성 클러스터를생성하는동안단일 DNA 분자는플로우셀표면에매여있다가브리지증폭을거쳐클러스터를형성합니다. 시퀀싱 클러스터생성후, 형광라벨이붙은네개의디디옥시뉴클레오티드에는각각고유한필터조합과 LED 를이용하여이미지가생성됩니다. 타일의이미지를생성한후플로우셀은다음타일을노출시키기위해해당위치로이동합니다. 이프로세스가시퀀싱주기마다반복됩니다. 이미지분석후에는소프트웨어에서염기호출, 필터링및 Quality Score 를평가합니다. 26 문서번호 v01 KOR

37 분석 실행이완료되면 MiSeq Reporter 분석소프트웨어가자동으로시작되어이차분석을수행합니다. 이차분석에는배열및 Variant Call 이포함됩니다. 다른컴퓨터에서인터넷에연결하여이차분석을모니터링할수있습니다. 자세한정보는 11 페이지의 MiSeq Reporter 개요를참조하시기바랍니다. MiSeq 작업흐름 MiSeq 시스템안내서 27

38 시퀀싱 시약카트리지해동 다음지침에는실온의수조에서시약카트리지를해동하는방법이설명되어있습니다. 참고시약을온도가 2 C ~ 8 C 인보관소에서하룻밤동안녹이는방법도있습니다. 이온도로보관할경우 1 주일까지시약을보존할수있습니다. 1 시약카트리지를온도가 -25 C ~ -15 C 인보관소에서꺼냅니다. 2 충분한양의실온탈이온수가든수조에시약카트리지를바닥이잠기도록넣습니다. 물의양이시약카트리지에인쇄된최대물표시선을넘지않도록합니다. 그림 7 최대물표시선 3 완전히녹을때까지시약카트리지를실온의수조에서해동합니다. } MiSeq v3 카트리지 ~ 60 분 -90 분. } MiSeq v2 카트리지 ~ 60 분. 4 수조에서카트리지를꺼낸후작업대에가볍게두드려카트리지바닥에들어간물을빼냅니다. 카트리지바닥을말립니다. 28 문서번호 v01 KOR

39 시약카트리지검사 1 시약카트리지를열번정도뒤집어녹은시약이섞이도록한후모든위치에서해동되었는지확인합니다. 2 1, 2, 4 위치의시약이완전히혼합되어침전물이남아있지않도록합니다. 3 작업대의카트리지를가볍게두드려시약의공기방울을제거합니다. 참고 MiSeq Sipper 튜브는각저장용기의바닥에들어가시약을흡입하기때문에저장소에기포가없도록하는것이중요합니다. 4 시약카트리지를최대 6 시간동안얼음위에놓거나실행설정준비가될때까지 2 C ~ 8 C 상태에둡니다. 최상의결과를얻으려면바로샘플을장착하고실행을설정하는것이좋습니다. 경고본시약에는생식계에영향을줄수있는독성물질지방족아마이드인포름아마이드가들어있습니다. 흡입, 섭취하거나피부또는눈에접촉할경우인체에상해를입을수있습니다. 보안경, 장갑, 실험실가운등의보호장비를착용하십시오. 사용한시약은화학폐기물로취급하고현지정부안전표준에따라폐기하시기바랍니다. 환경, 건강및안전정보는 support.illumina.com/sds.html 에서본키트에관한 SDS 를참조하십시오. 시약카트리지검사 MiSeq 시스템안내서 29

40 시퀀싱 라이브러리 Denaturation 및희석 라이브러리유형에필요한경우라이브러리를 Denaturation 및희석하고 PhiX 컨트롤 ( 선택사항 ) 을추가합니다. MiSeq 에서시퀀싱하기위한라이브러리준비 ( 문서번호 ) 를참조하시기바랍니다. VeriSeq PGS 작업흐름을수행하는경우 VeriSeq PGS 라이브러리준비안내서 ( 문서번호 ) 를참조하십시오. 일부라이브러리유형에는이단계가적용되지않습니다. 일부 Illumina 샘플준비방법의경우바로사용할수있도록정규화된농도의라이브러리풀이마련됩니다. 샘플라이브러리를준비하는데사용된키트의샘플준비안내서를참고하시기바랍니다. 참고 Custom 프라이머를사용하는경우 MiSeq 에서 Custom 프라이머사용 ( 문서번호 ) 에설명된대로프라이머를준비하고샘플시트를설정하십시오. 30 문서번호 v01 KOR

41 샘플라이브러리장착 시약카트리지가완전히녹아서사용할준비가되면준비된라이브러리를카트리지에올려놓을준비가된것입니다. 1 저발진성실험실용티슈로 Load Samples( 샘플장착 ) 라벨이붙은저장소의알루미늄포장지를깨끗하게닦습니다. 2 깨끗한 1ml 피펫으로알루미늄포장지에구멍을뚫습니다. 3 준비된라이브러리 600µl 를피펫으로 Load Samples( 샘플장착 ) 저장소에넣습니다. 알루미늄포장지를건드리지않도록하십시오. 그림 8 라이브러리장착 샘플라이브러리장착 4 MCS(MiSeq 제어소프트웨어 ) 인터페이스를사용하여실행설정단계를바로진행합니다. MiSeq 시스템안내서 31

42 시퀀싱 MCS 를사용하여실행설정 1 Home( 홈 ) 화면에서 Manage Instrument( 기기관리 ) 를선택합니다. 2 Reboot( 재부팅 ) 을선택하여시스템소프트웨어를재부팅합니다. 3 [ 선택사항 ] Run Options( 실행옵션 ) 화면에서방법, 샘플시트, 매니페스트및 MiSeqOutput 폴더의폴더위치를확인합니다. 자세한정보는 20 페이지의기본폴더위치설정을참조하시기바랍니다. 4 Home( 홈 ) 화면에서 Sequence( 시퀀스 ) 를선택하여실행설정단계를시작합니다. BaseSpace Options(BaseSpace 옵션 ) 화면이열립니다. Home( 홈 ) 화면에서 Sequence( 시퀀스 ) 를선택하면 BaseSpace Option(BaseSpace 옵션 ), Load Flow Cell( 플로우셀장착 ), Load Reagents( 시약장착 ), Pre-Run Check( 실행전검사 ) 순으로실행설정화면이차례로나타납니다. BaseSpace 또는 BaseSpace Onsite 옵션설정 1 BaseSpace Options(BaseSpace 옵션 ) 화면에서 Use BaseSpace for storage and analysis( 저장및분석시 BaseSpace 사용 ) 와 Use BaseSpace Onsite for storage and analysis( 저장및분석시 BaseSpace Onsite 사용 ) 체크박스를선택하거나선택취소합니다. 2 Next( 다음 ) 를선택합니다. 32 문서번호 v01 KOR

43 플로우셀세척 1 새비분말성 (powder-free) 장갑을착용합니다. 2 플라스틱핀셋을이용하여플라스틱카트리지아래부분으로플로우셀을잡아플로우셀용기에서제거합니다. 그림 9 플로우셀제거 플로우셀세척 3 유리와플라스틱카트리지에서모두과도한염분이완전히씻겨나갈때까지일반실험실용순수로플로우셀을가볍게닦습니다. 과도한염분은기기의플로우셀배치에영향을미칠수있습니다. 이미지생성구역의염분이마르게되면이미지생성에도영향을미칠수있습니다. 그림 10 플로우셀씻어내기 4 검정플로우셀포트개스킷주변을조심스럽게다루면서보풀없는렌즈클린징티슈로플로우셀과카트리지의물기를완전히제거합니다. 개스킷과주변유리부분은가볍게두드려물기를제거합니다. 그림 11 플로우셀포트및개스킷 5 알코올천으로플로우셀유리를닦습니다. 유리에얼룩, 지문, 보풀이나티슈섬유가없는지확인합니다. 참고플로우셀포트개스킷에는알코올천을사용하지마십시오. MiSeq 시스템안내서 33

44 시퀀싱 그림 12 플로우셀건조 6 과도한알코올은보풀없는렌즈클린징티슈로닦아냅니다. 7 플로우셀포트에이물질이없도록하고, 개스킷이플로우셀포트주변에올바르게놓여있도록합니다. 개스킷의위치가잘못된것으로보이면개스킷을부드럽게눌러플로우셀포트주변에정확하게들어가도록합니다. 34 문서번호 v01 KOR

45 플로우셀장착 1 플로우셀부분도어를들어올린후플로우셀걸쇠오른쪽에있는해제버튼을누릅니다. 플로우셀걸쇠가열립니다. 그림 13 플로우셀걸쇠열기 플로우셀장착 2 플로우셀대에보풀이없는지확인합니다. 보풀등의잔여물이있는경우알코올천이나에탄올, 이소프로판올에적신보풀없는티슈로플로우셀대를닦습니다. 완전히깨끗하게건조될때까지플로우셀대의표면을조심스럽게닦아냅니다. 3 플로우셀의가장자리를잡고플로우셀대에놓습니다. 그림 14 대에플로우셀놓기 4 플로우셀위로닫힐때까지플로우셀걸쇠를부드럽게누릅니다. 플로우셀걸쇠를걸면배열핀이플로우셀을배치합니다. 딸깍소리가나면플로우셀걸쇠가고정된것입니다. 그림 15 플로우셀걸쇠걸기 5 소프트웨어가플로우셀 RFID 를식별하지못하는경우 67 페이지의 RFID 리드오류해결을참조하시기바랍니다. 6 플로우셀부분도어를닫습니다. 7 Next( 다음 ) 를선택합니다. MiSeq 시스템안내서 35

46 시퀀싱 시약장착 PR2 장착과폐기물병확인 1 2 C ~ 8 C의보관소에서 PR2 병을꺼냅니다. 뒤집어혼합한다음뚜껑을제거합니다. 2 시약부분도어를엽니다. 3 잠길때까지 Sipper 손잡이를들어올립니다. 4 세척병을제거하고 PR2 병을장착합니다. 그림 16 PR2 병장착 5 적절한폐기물용기에폐기물병의내용물을비웁니다. 6 Sipper 손잡이를천천히내립니다. Sipper 가 PR2 병과폐기물병까지내려오도록합니다. 그림 17 Sipper 손잡이내리기 7 소프트웨어가 PR2 병의 RFID 를식별하지못하는경우 67 페이지의 RFID 리드오류해결을참조하시기바랍니다. 8 Next( 다음 ) 를선택합니다. 36 문서번호 v01 KOR

47 시약카트리지장착 참고시약냉각기도어를장시간동안열어둔채로두지마십시오. 1 시약냉각기도어를엽니다. 2 Illumina 라벨이붙은쪽으로시약카트리지의끝부분을잡고카트리지가멈출때까지시약냉각기로시약카트리지를밀어넣습니다. 항상장착한플로우셀유형과연관된시약카트리지를사용하십시오. 시약카트리지가호환되지않는경우화면에메시지가나타납니다. Back( 뒤로 ) 을선택하여해당시약카트리지를장착하거나 Exit( 종료 ) 를선택하여 Home( 홈 ) 화면으로돌아갑니다. 시약장착 그림 18 시약카트리지장착 3 시약냉각기도어를닫습니다. 4 소프트웨어가시약카트리지의 RFID 를식별하지못하는경우 67 페이지의 RFID 리드오류해결을참조하시기바랍니다. 5 시약카트리지가플로우셀과호환되지않으면메시지가나타납니다. Back( 뒤로 ) 을선택하여호환가능한카트리지를장착하거나, Exit( 종료 ) 를선택하여 Home( 홈 ) 화면으로돌아갑니다. 6 시약부분도어를닫습니다. 7 Next( 다음 ) 를선택합니다. 8 다른샘플시트를선택하라는메시지가나타나면 38 페이지의샘플시트변경 MiSeq 시스템안내서 37

48 시퀀싱 샘플시트변경 다음의경우 Change Sample Sheet( 샘플시트변경 ) 명령을선택합니다. } 이름이시약카트리지바코드번호와일치하지않는샘플시트를선택하는경우 } Review( 검토 ) 화면에서다른샘플시트를선택하라는소프트웨어메시지가나타나는경우 모든실행에는반드시샘플시트가있어야합니다. 기본적으로기기에장착된시약카트리지의바코드번호와일치하는이름을가진샘플시트파일이검색됩니다. 샘플시트가발견되지않으면실행에필요한올바른샘플시트의위치를찾도록요청하는메시지가나타납니다. 검색에실패하지않으려면 Load Reagents( 시약장착 ) 화면의 Change Sample Sheet( 샘플시트변경 ) 명령을사용하여소프트웨어에올바른샘플시트를연결합니다. 1 Load Reagents( 시약장착 ) 화면에서 Change Sample Sheet( 샘플시트변경 ) 를선택합니다. 2 Browse( 찾아보기 ) 를선택하여샘플시트를지정합니다. 3 Open( 열기 ) 을선택합니다. 4 Save and Continue( 저장후계속 ) 를선택합니다. 5 Next( 다음 ) 를선택합니다. 38 문서번호 v01 KOR

49 실행시작 플로우셀및시약을장착한후, 실행파라미터를검토하고실행을시작하기전에실행전검사를수행합니다. 실행파라미터검토 1 실험명, 분석작업과정, 리드길이를검토합니다. 본파라미터는샘플시트에명시되어있습니다. 2 좌측하단모서리에서폴더위치를검토합니다. 변경사항이필요한경우 Change Folders( 폴더변경 ) 를선택합니다. 변경이완료되면 Save ( 저장 ) 를선택한후 Next( 다음 ) 를선택합니다. 3 Next( 다음 ) 를선택합니다. Pre-Run Check( 실행전검사 ) 화면이열립니다. 실행시작 폴더변경 Review( 검토 ) 화면좌측하단모서리에방법, 샘플시트, 매니페스트, 아웃풋폴더의현폴더위치가표시됩니다. 폴더위치를변경하려면 Change Folders( 폴더변경 ) 를선택한후원하는위치를찾습니다. Review( 검토 ) 화면에서이옵션을사용하면현재실행에대한폴더위치만변경됩니다. 실행전검사검토 실행을시작하기전에시스템에서모든실행컴포넌트, 디스크공간, 네트워크연결부의검사를수행합니다. 실행전검사를통과하지못하는항목이있으면오류수정방법에대한지침이화면에나타납니다. 자세한정보는 66 페이지의실행설정오류해결을참조하시기바랍니다. 모든항목이성공적으로실행전검사를통과하면 Start Run( 실행시작 ) 을선택합니다. 실행시작전중요참고사항 경고 MiSeq 는진동에민감합니다. 실행을시작한후기기를만지면시퀀싱결과에안좋은영향을미칠수있습니다. Start Run( 실행시작 ) 을선택한후에는실행을중단하려는경우가아니면플로우셀부분이나시약부분도어를열거나기기모니터를만지지말아야합니다. 자세한정보는 64 페이지의실행일시중지를참조하시기바랍니다. 경고실행을시작하기전에 MiSeq 의모든파일을닫아주시고, 실행하는동안에는열지마십시오. MiSeq 시스템안내서 39

50 시퀀싱 실행모니터링 1 실행이진행되는동안 Sequencing( 시퀀싱 ) 화면에나타나는실행진행상황, 인텐시티및 quality score 를모니터링합니다. Sequencing( 시퀀싱 ) 화면은보기전용입니다. 기기컴퓨터와는별도의다른컴퓨터에설치된시퀀싱분석뷰어 (SAV) 를사용하여실행을보다상세히모니터링할수있습니다. 네트워크연결이필요합니다. 또는 BaseSpace 에연결된경우 BaseSpace 에서 SAV 를사용하여실행을모니터링할수있습니다. } Run Progress( 실행진행상황 ) - 상태표시줄에실행진행상황과완료된주기수가표시됩니다. } Intensity( 인텐시티 ) - 90 번째백분위수로각타일의클러스터인텐시티값이표시됩니다. Intensity( 인텐시티 ) 영역의그래픽은이미지생성중인타일수와표면수를나타냅니다. } 상단표면에만플로우셀이미지가생성되는경우하나의열로된그래픽이나타납니다. } 상단표면과하단표면에플로우셀이미지가생성되는경우두열로이루어진그래픽이나타납니다. A 2 개타일이나타남 ( 상단표면만나타남 ) B 4 개타일이나타남 ( 상단및하단표면 ) } Q-Score All Cycle(Q- 점수모든주기 ) - Q30 보다큰염기의평균백분율이표시됩니다. 이것은 quality score(q- 점수 ) 측정입니다. Q- 점수는잘못된 Base Calls 가능성에대한예측값입니다. Q- 점수는 25 주기이후계산됩니다. Q-점수 잘못된 Base Calls 가능성 Q40 1/10,000 Q30 1/1,000 Q20 1/100 Q10 1/10 } Cluster Density( 클러스터밀도 )(K/mm²) - 실행에서제곱밀리미터당클러스터수를나타냅니다. } Clusters Passing Filter( 필터통과클러스터 )(%) - 품질을측정하는 Illumina chastity 필터를바탕으로필터를통과한클러스터의백분율이표시됩니다. 본데이터는 25 주기후에만나타납니다. 참고 Base Calls 의 Chastity 는최대신호의인텐시티를최대신호두개의합으로나눈비율입니다. 리드는최초 25 주기에서 Chastity 값이 0.6 미만인 Base Calls 가두개이상있을경우품질필터를통과하지못합니다. } Estimated Yield( 추정산출량 )(Mb) - 실행에대한 base calls 의수이며, 메가염기쌍 (megabase) 단위로측정됩니다. 본데이터는 25 주기후에만나타납니다. 2 실행이완료되면 Next( 다음 ) 버튼이나타납니다. 계속하기전에 Sequencing( 시퀀싱 ) 화면의결과를검토하십시오. 40 문서번호 v01 KOR

51 템플레이트생성 참고 Next( 다음 ) 를선택할때까지 Sequencing( 시퀀싱 ) 화면을볼수있습니다. Next( 다음 ) 를선택한후에는 Sequencing( 시퀀싱 ) 화면으로돌아갈수없습니다. 3 Next( 다음 ) 를선택하여 Sequencing( 시퀀싱 ) 화면을끝내고실행후세척을계속수행합니다. 템플레이트생성은전체플로우셀표면의클러스터위치가 X 와 Y 좌표위치에따라정의되는과정입니다. RTA( 실시간분석 ) 는실행의초기사이클로템플레이트를생성합니다. 클러스터위치템플레이트가생성되면이후진행되는모든이미지주기에서생성된이미지가템플레이트를기준으로배열됩니다. 네개의뉴클레오티드색상채널에서모두개별클러스터인텐시티를추출하고정규화된클러스터인텐시티로부터 Base Calls 를생성합니다. 실행모니터링 실행메트릭 실행메트릭은한실행에서서로다른시점에 Sequencing( 시퀀싱 ) 화면에나타납니다. 클러스터생성단계에서는어떤메트릭도나타나지않습니다. 시퀀싱이시작된후에는다음과같은메트릭이지정된사이클로나타납니다. 메트릭키트사이클 인텐시티 RTA 분석결과 인텐시티및클러스터밀도 인텐시티, 클러스터밀도, % PF, 산출량, Q- 점수 MiSeq 시약키트, v3 MiSeq 시약키트, v2 MiSeq 시약키트, v1 MiSeq 시약키트, v3 MiSeq 시약키트, v2 MiSeq 시약키트, v1 MiSeq 시약키트, v3 MiSeq 시약키트, v2 MiSeq 시약키트, v1 사이클 1-7 사이클 1-4 사이클 1-4 사이클 8 25 사이클 5 25 사이클 5 25 사이클 26-실행완료 MiSeq 실행에대한자세한정보는 Illumina 웹사이트 ( 에서 MiSeq 시스템관련페이지를참조하시기바랍니다. 시퀀싱실행의 RTA 분석아웃풋값은 quality score(q- 점수 ) 로된 base calls 파일 (*.bcl 파일 ) 세트로, 원본이미지파일에서생성됩니다. RTA 파일및폴더목록은 76 페이지의 RTA 폴더및파일을참조하십시오. MiSeq 시스템안내서 41

52 시퀀싱 실행후세척수행 실행후세척은시퀀싱실행사이에수행되는표준기기세척입니다. 실행을완료한후에는항상기기세척을수행합니다. 소프트웨어메시지에따라세척컴포넌트를장착하고세척을수행합니다. 실행후세척은약 20 분이소요됩니다. 실행을완료한직후에세척을시작합니다. 후속실행을설정하려면기기세척을해야합니다. 실행직후가아닌시간에실행후세척을수행하려면 Perform Wash( 세척수행 ) 화면의명령을사용하여세척을시작합니다. 참고사용한플로우셀을기기에그대로둡니다. 플로우셀이기기에장착되어있어야기기세척을수행할수있습니다. 다음과같은방법에따라기기를정기적으로세척하면지속적인성능이보장됩니다. } 플루이딕라인과 Sipper 에남은시약을씻어냅니다. } 플루이딕라인과 Sipper 에염분이축적되고결정화되지않도록합니다. } 이전실행으로인한교차오염을방지합니다. MCS v2.5 이상을사용중이라면차아염소산나트륨용액 (NaOCl) 을이용한템플레이트라인세척이포함된실행후세척을수행하는옵션이있습니다. 세척에는약 30 분이소요됩니다. 1 페이지의 43 페이지의템플레이트라인세척관련절차를참조하십시오. 참고 VeriSeq PGS 작업흐름을사용중이라면템플레이트세척이포함된실행후세척을수행하십시오. 43 페이지의템플레이트라인세척관련절차를참조하시기바랍니다. 소모품 } 트윈 20 } 일반실험실용순수 } NaOCl( 템플레이트라인세척이포함된실행후세척에사용 ) } MiSeq 튜브 ( 파트번호 MS )( 템플레이트라인세척이포함된실행후세척용 ) 절차 1 다음과같이트윈 20 및일반실험실용순수를혼합한새세척액을준비하십시오. a 일반실험실용순수 45 ml에 100% 트윈 20을 5ml 첨가합니다. 용량을이렇게하면 10% 트윈 20이됩니다. b 일반실험실용순수 475 ml에 10% 트윈 20을 25ml 첨가합니다. 용량을이렇게하면 0.5% 트윈 20 세척액이됩니다. c 다섯번뒤집어용액을혼합합니다. 2 다음과같이새로운세척액을담은세척컴포넌트를준비합니다. a 세척함의각저장소에 6ml 세척액을첨가합니다. b 500ml 세척병에 350ml 세척액을첨가합니다. 3 실행이완료되면 Start Wash( 세척시작 ) 를선택합니다. 소프트웨어가자동으로시약냉각기에있는 Sipper 를들어올립니다. Post-Run Wash( 실행후세척 ) 화면에서 Perform optional template line wash( 템플레이트라인세척수행 ( 선택사항 )) 를선택하지마십시오. 템플레이트라인세척의경우다른절차를수행해야합니다. 1 페이지의 43 페이지의템플레이트라인세척관련절차를참조하십시오. 42 문서번호 v01 KOR

53 4 시약부분도어와시약냉각기도어를열고, 사용한시약카트리지를냉각기에서밀어냅니다. 5 세척함을시약냉각기에끝까지밀어넣은다음시약냉각기도어를닫습니다. 6 PR2 병과폐기물병앞에있는 Sipper 손잡이를잠길때까지들어올립니다. 7 PR2 병을제거하고세척병으로교체합니다. 참고각실행후에 PR2 병은폐기합니다. 남은 PR2 를재사용하지마십시오. 8 폐기물병을제거한후내용물을적절히폐기합니다. 폐기물병을시약부분에다시넣습니다. 경고본시약에는생식계에영향을줄수있는독성물질지방족아마이드인포름아마이드가들어있습니다. 흡입, 섭취하거나피부또는눈에접촉할경우인체에상해를입을수있습니다. 보안경, 장갑, 실험실가운등의보호장비를착용하십시오. 사용한시약은화학폐기물로취급하고현지정부안전표준에따라폐기하시기바랍니다. 환경, 건강및안전정보는 support.illumina.com/sds.html 에서본키트에관한 SDS 를참조하십시오. 9 Sipper 손잡이를천천히내려 Sipper 가세척병과폐기물병에들어가도록합니다. 10 시약부분도어를닫습니다. 11 Next( 다음 ) 를선택합니다. 실행후세척이시작됩니다. 세척을끝내고사용한플로우셀, 세척함, 그리고세척액이남아있는세척병은기기에그대로둡니다. 참고 Sipper 는아래쪽에남게되며, 이것은정상입니다. 세척함에들어있는미사용세척액과세척병은그대로두어 Sipper 가마르지않고시스템안에공기가들어가지않도록합니다. 실행후세척수행 템플레이트라인세척관련절차 1 다음과같이트윈 20 및일반실험실용순수를혼합한새세척액을준비하십시오. a 일반실험실용순수 45 ml에 100% 트윈 20을 5ml 첨가합니다. 용량을이렇게하면 10% 트윈 20이됩니다. b 일반실험실용순수 475 ml에 10% 트윈 20을 25ml 첨가합니다. 용량을이렇게하면 0.5% 트윈 20 세척액이됩니다. c 다섯번뒤집어용액을혼합합니다. 2 다음과같이일반실험실용순수로 NaOCl 세척액을준비합니다. a 일반실험실용순수 864µl에 5% NaOCl 36µl를추가합니다. 이러한용량으로 1:25 NaOCl 희석액이만들어집니다. b 1:25 NaOCl 희석액 50µl를 MiSeq 튜브 ( 파트번호 MS ) 에있는일반실험실용순수 950µl에추가합니다. 참고정확한농도의 NaOCl 을사용하는것이중요합니다. 제품라벨에서 NaOCl 의백분율을확인하십시오. 농도가너무높으면이로인해후속실행에서클러스터생성이실패할수있습니다. 5% NaOCl 을사용할수없으면일반실험실용순수에 0.01% NaOCl 이담긴용액 1ml 를만듭니다. 관리세척또는대기세척에 NaOCl 을사용하지마십시오. 3 다음과같이새로운세척액을담은세척컴포넌트를준비합니다. a 세척함의각저장소에 6ml 세척액을첨가합니다. b 500ml 세척병에 350ml 세척액을첨가합니다. MiSeq 시스템안내서 43

54 시퀀싱 % NaOCl 세척액이담긴 MiSeq 튜브를튜브넥이세척함을통해세척될때까지세척함위치 17 에끼워넣습니다. 이튜브가위치 17 에서트윈 20 과일반실험실용순수세척액을대체합니다. 그림 19 세척함위치 17 의 MiSeq 튜브 참고 NaOCl 이담긴 MiSeq 튜브는세척함위치 17 에만삽입해야합니다. 튜브를다른위치에삽입하면후속실행시클러스터를생성하지못하고 MiSeq 기기의플루이딕시스템이손상될수있습니다. 5 실행이완료되면 Start Wash( 세척시작 ) 를선택합니다. 소프트웨어가자동으로시약냉각기에있는 Sipper 를들어올립니다. 6 Post-Run Wash( 실행후세척 ) 화면에서 Perform optional template line wash( 템플레이트라인세척수행 ( 선택사항 )) 를선택합니다. VeriSeq PGS 작업흐름을사용하는경우 Perform optional template line wash( 템플레이트라인세척수행 ( 선택사항 )) 옵션이미리선택됩니다. MCS 는각실행후수행되는실행후세척유형을추적합니다. Perform optional template line wash( 템플레이트라인세척수행 ( 선택사항 )) 가실행후세척으로선택되어있지않으면다음에시퀀싱실행을시작할때 Run Review( 검토실행 ) 화면에메시지가표시됩니다. 7 시약부분도어와시약냉각기도어를열고, 사용한시약카트리지를냉각기에서밀어냅니다. 8 세척함을시약냉각기에끝까지밀어넣은다음시약냉각기도어를닫습니다. 9 PR2 병과폐기물병앞에있는 Sipper 손잡이를잠길때까지들어올립니다. 10 PR2 병을제거하고세척병으로교체합니다. 참고각실행후에 PR2 병은폐기합니다. 남은 PR2 를재사용하지마십시오. 11 폐기물병을제거한후내용물을적절히폐기합니다. 폐기물병을시약부분에다시넣습니다. 경고본시약에는생식계에영향을줄수있는독성물질지방족아마이드인포름아마이드가들어있습니다. 흡입, 섭취하거나피부또는눈에접촉할경우인체에상해를입을수있습니다. 보안경, 장갑, 실험실가운등의보호장비를착용하십시오. 사용한시약은화학폐기물로취급하고현지정부안전표준에따라폐기하시기바랍니다. 환경, 건강및안전정보는 support.illumina.com/sds.html 에서본키트에관한 SDS 를참조하십시오. 44 문서번호 v01 KOR

55 12 Sipper 손잡이를천천히내려 Sipper 가세척병과폐기물병에들어가도록합니다. 13 시약부분도어를닫습니다. 14 Next( 다음 ) 를선택합니다. 실행후세척이시작됩니다. 세척을끝내고사용한플로우셀, 세척함, 그리고세척액이남아있는세척병은기기에그대로둡니다. 참고 Sipper 는아래쪽에남게되며, 이것은정상입니다. 세척함에들어있는미사용세척액과세척병은그대로두어 Sipper 가마르지않고시스템안에공기가들어가지않도록합니다. 실행후세척수행 MiSeq 시스템안내서 45

56 46 문서번호 v01 KOR

57 4 장관리관리 4 장 관리빈도 48 VeriSeq PGS 작업흐름의관리빈도 49 관리세척수행 50 대기세척수행 53 파일관리 55 소프트웨어업데이트 57 기기종료 58 MiSeq 시스템안내서 47

58 관리 관리빈도 권장된간격으로다음관리절차를수행합니다. 참고 VeriSeq PGS 작업흐름을수행하는경우 VeriSeq PGS 관리빈도지침을따르십시오. 49 페이지의 VeriSeq PGS 작업흐름의관리빈도를참조하시기바랍니다. 표 2 정상작동중관리작업실행후세척관리세척대기세척기기종료 빈도 매실행후 매월 (7 일이상사용하지않은경우 ) 유휴상태모드를준비, 기기가 30 일마다유휴상태가됨 필요에따름 표 3 유휴상태모드중관리 (7 일이상사용안함 ) 작업 빈도 대기세척 기기종료 매월 필요에따름 48 문서번호 v01 KOR

59 VeriSeq PGS 작업흐름의관리빈도 VeriSeq PGS 작업흐름을수행하는경우권장간격으로다음관리절차를수행하십시오. 표 4 작업 정상작동중관리 실행후세척 관리세척 Perform Wash( 세척수행 ) 화면에서실행후세척 빈도 매실행후 매월 유휴상태모드후 (3 일이상사용안함 ) 대기세척 (7 일이상사용하지않은경우 ) 유휴상태모드를준비, 기기가 30 일마다유휴상태가됨 기기종료 표 5 유휴상태모드중관리 (7 일이상사용안함 ) 작업 대기세척 기기종료 필요에따름 빈도 매월 필요에따름 VeriSeq PGS 작업흐름의관리빈도 MiSeq 시스템안내서 49

60 관리 관리세척수행 성능을최적화하려면 30 일마다관리세척을수행합니다. 관리세척은완료하는데약 90 분이소요됩니다. 세척에는시스템을철저하게세척하는일련의세가지세척단계가포함됩니다. 실행사이에관리세척을수행하도록기기를구성할수있습니다. 자세한정보는 19 페이지의시스템설정사용자지정을참조하시기바랍니다. 사용자공급소모품 } 트윈 20(Sigma-Aldrich, 카탈로그번호 P7949) } 일반실험실용순수 절차 1 사용한플로우셀이기기에장착되어있어야합니다. 2 Home( 홈 ) 화면에서 Perform Wash( 세척수행 ) 를선택합니다. 3 Perform Wash( 세척수행 ) 화면에서 Maintenance Wash( 관리세척 ) 를선택합니다. 소프트웨어가자동으로시약냉각기에있는 Sipper 를들어올립니다. 일차세척수행 1 다음과같이트윈 20 및일반실험실용순수를혼합한새세척액을준비하십시오. a 일반실험실용순수 45 ml에 100% 트윈 20을 5ml 첨가합니다. 용량을이렇게하면 10% 트윈 20이됩니다. b 일반실험실용순수 475 ml에 10% 트윈 20을 25ml 첨가합니다. 용량을이렇게하면 0.5% 트윈 20 세척액이됩니다. c 다섯번뒤집어용액을혼합합니다. 2 다음과같이새로운세척액을담은세척컴포넌트를준비합니다. a 세척함의각저장소에 6ml 세척액을첨가합니다. b 500ml 세척병에 350ml 세척액을첨가합니다. 3 기기에세척함과세척병을장착합니다. a 시약부분도어와시약냉각기도어를열고사용한시약카트리지나세척함을냉각기에서밀어냅니다. b 세척함을시약냉각기에멈출때까지밀어넣습니다. 시약냉각기도어를닫습니다. c PR2 병과폐기물병앞에있는 Sipper 손잡이를잠길때까지들어올린후 PR2 병을세척병으로교체합니다. 참고각실행후에 PR2 병은폐기합니다. 남은 PR2 를재사용하지마십시오. d 폐기물병을제거한후내용물을적절히폐기합니다. 폐기물병을시약부분에다시넣습니다. e Sipper 손잡이를천천히내려 Sipper가세척병과폐기물병에들어가도록합니다. f 시약부분도어를닫습니다. 4 Next( 다음 ) 를선택합니다. 일차세척이시작됩니다. 50 문서번호 v01 KOR

61 이차세척수행 참고각세척단계마다새세척액을사용해야합니다. 이전세척에서사용한세척액을재사용하면플루이딕라인에폐기물이다시유입될수있습니다. 1 다음과같이트윈 20 및일반실험실용순수를혼합한새세척액을준비하십시오. a 일반실험실용순수 45 ml에 100% 트윈 20을 5ml 첨가합니다. 용량을이렇게하면 10% 트윈 20이됩니다. b 일반실험실용순수 475 ml에 10% 트윈 20을 25ml 첨가합니다. 용량을이렇게하면 0.5% 트윈 20 세척액이됩니다. c 다섯번뒤집어용액을혼합합니다. 관리세척수행 2 일차세척이끝나면세척함과세척병을꺼내고남은세척액은폐기합니다. 3 다음과같이새로운세척액으로세척컴포넌트를다시채웁니다. a 세척함의각저장소에 6ml 세척액을첨가합니다. b 500ml 세척병에 350ml 세척액을첨가합니다. 4 세척함과세척병을다음과같이장착합니다. a 세척함을시약냉각기에멈출때까지밀어넣습니다. 시약냉각기도어를닫습니다. b 세척병을장착하고 Sipper 손잡이를천천히내려 Sipper가세척병과폐기물병에들어가도록합니다. c 시약부분도어를닫습니다. 5 Next( 다음 ) 를선택합니다. 이차세척이시작됩니다. 최종세척수행 1 다음과같이트윈 20 및일반실험실용순수를혼합한새세척액을준비하십시오. a 일반실험실용순수 45 ml에 100% 트윈 20을 5ml 첨가합니다. 용량을이렇게하면 10% 트윈 20이됩니다. b 일반실험실용순수 475 ml에 10% 트윈 20을 25ml 첨가합니다. 용량을이렇게하면 0.5% 트윈 20 세척액이됩니다. c 다섯번뒤집어용액을혼합합니다. 2 이차세척이끝나면세척함과세척병을꺼내고남은세척액은폐기합니다. 3 다음과같이새로운세척액으로세척컴포넌트를다시채웁니다. a 세척함의각저장소에 6ml 세척액을첨가합니다. b 500ml 세척병에 350ml 세척액을첨가합니다. 4 세척함과세척병을다음과같이장착합니다. a 세척함을시약냉각기에멈출때까지밀어넣습니다. 시약냉각기도어를닫습니다. b 세척병을장착하고 Sipper 손잡이를천천히내려 Sipper가세척병과폐기물병에들어가도록합니다. c 시약부분도어를닫습니다. 5 Next( 다음 ) 를선택합니다. 최종세척이시작됩니다. MiSeq 시스템안내서 51

62 관리 세척이후 세척을끝내고사용한플로우셀, 세척함, 그리고세척액이남아있는세척병은기기에그대로둡니다. 참고 Sipper 는아래쪽에남게되며, 이것은정상입니다. 세척함에들어있는미사용세척액과세척병은그대로두어 Sipper 가마르지않고시스템안에공기가들어가지않도록합니다. 52 문서번호 v01 KOR

63 대기세척수행 향후 7 일이내에기기를사용할계획이없는경우대기세척을수행하여기기와기기플루이딕라인을유휴상태로보관할수있도록준비하십시오. 30 일마다대기세척을수행하여기기를유휴상태로보관합니다. 대기세척은완료하는데약 2 시간이걸립니다. 세척은남은시액또는축적된염분이있는모든부분을씻어내는세척을두번연속수행합니다. 각세척에는약 60 분이소요되므로, 대기세척이완료되면기기가대기모드로전환되고 Home( 홈 ) 화면에기기상태를알려주는메시지가나타납니다. 기기가대기모드에있을때시퀀싱실행을시작하려면관리세척을수행해야합니다. 대기세척수행 사용자공급소모품 } 트윈 20(Sigma-Aldrich, 카탈로그번호 P7949) } 일반실험실용순수 절차 1 사용한플로우셀이기기에장착되어있어야합니다. 2 Home( 홈 ) 화면에서 Perform Wash( 세척수행 ) 를선택합니다. 3 Wash Options( 세척옵션 ) 화면에서 Standby Wash( 대기세척 ) 를선택합니다. 소프트웨어가자동으로시약냉각기에있는 Sipper 를들어올립니다. 일차세척수행 1 다음과같이트윈 20 및일반실험실용순수를혼합한새세척액을준비하십시오. a 일반실험실용순수 45 ml에 100% 트윈 20을 5ml 첨가합니다. 용량을이렇게하면 10% 트윈 20이됩니다. b 일반실험실용순수 475 ml에 10% 트윈 20을 25ml 첨가합니다. 용량을이렇게하면 0.5% 트윈 20 세척액이됩니다. c 다섯번뒤집어용액을혼합합니다. 2 다음과같이새로운세척액을담은세척컴포넌트를준비합니다. a 세척함의각저장소에 6ml 세척액을첨가합니다. b 500ml 세척병에 350ml 세척액을첨가합니다. 3 기기에세척함과세척병을장착합니다. a 시약부분도어와시약냉각기도어를열고사용한시약카트리지나세척함을냉각기에서밀어냅니다. b 세척함을시약냉각기에멈출때까지밀어넣습니다. 시약냉각기도어를닫습니다. c PR2 병과폐기물병앞에있는 Sipper 손잡이를잠길때까지들어올린후 PR2 병을세척병으로교체합니다. 참고각실행후에 PR2 병은폐기합니다. 남은 PR2 를재사용하지마십시오. d 폐기물병을제거한후내용물을적절히폐기합니다. 폐기물병을시약부분에다시넣습니다. e Sipper 손잡이를천천히내려 Sipper가세척병과폐기물병에들어가도록합니다. f 시약부분도어를닫습니다. MiSeq 시스템안내서 53

64 관리 4 Next( 다음 ) 를선택합니다. 일차세척이시작됩니다. 이차세척수행 참고각세척단계마다새세척액을사용해야합니다. 이전세척에서사용한세척액을재사용하면플루이딕라인에폐기물이다시유입될수있습니다. 1 다음과같이트윈 20 및일반실험실용순수를혼합한새세척액을준비하십시오. 세척이후 a 일반실험실용순수 45 ml에 100% 트윈 20을 5ml 첨가합니다. 용량을이렇게하면 10% 트윈 20이됩니다. b 일반실험실용순수 475 ml에 10% 트윈 20을 25ml 첨가합니다. 용량을이렇게하면 0.5% 트윈 20 세척액이됩니다. c 다섯번뒤집어용액을혼합합니다. 2 일차세척이끝나면세척함과세척병을꺼내고남은세척액은폐기합니다. 3 다음과같이새로운세척액으로세척컴포넌트를다시채웁니다. a 세척함의각저장소에 6ml 세척액을첨가합니다. b 500ml 세척병에 350ml 세척액을첨가합니다. 4 세척함과세척병을다음과같이장착합니다. a 세척함을시약냉각기에멈출때까지밀어넣습니다. 시약냉각기도어를닫습니다. b 세척병을장착하고 Sipper 손잡이를천천히내려 Sipper가세척병과폐기물병에들어가도록합니다. c 시약부분도어를닫습니다. 5 Next( 다음 ) 를선택합니다. 이차세척이시작됩니다. 세척을끝내고사용한플로우셀, 세척함, 그리고세척액이남아있는세척병은기기에그대로둡니다. 참고 Sipper 는아래쪽에남게되며, 이것은정상입니다. 세척함에들어있는미사용세척액과세척병은그대로두어 Sipper 가마르지않고시스템안에공기가들어가지않도록합니다. 54 문서번호 v01 KOR

65 파일관리 파일삭제 Home( 홈 ) 화면의 Manage Files( 파일관리 ) 기능에액세스하여기기컴퓨터에서파일을이동, 업로드, 삭제하거나샘플시트이름을변경합니다. 1 Manage Files( 파일관리 ) 화면의아무탭에서 Browse( 찾아보기 ) 를선택하여기기에액세스할수있는파일을지정합니다. 2 다음옵션중에서선택합니다. } 목록에서개별파일또는폴더옆의체크박스를선택합니다. } Delete( 삭제 ) 버튼왼쪽의체크박스를선택하여목록의모든파일과폴더를삭제합니다. Delete all( 모두삭제 ) 명령은샘플시트, 매니페스트, 게놈, 레시피에사용할수있습니다. 3 Delete( 삭제 ) 를선택합니다. 참고 Bundle Logs( 로그번들 ) 를제외한모든탭에서 Delete( 삭제 ) 명령을사용할수있습니다. 파일관리 실행폴더이동 파일업로드 Move( 이동 ) 명령은실행폴더를새로운위치로복사한후이전위치에서해당폴더를삭제합니다. 1 Manage Files( 파일관리 ) 화면의 Runs( 실행 ) 탭에서 Browse( 찾아보기 ) 를선택하여기기에액세스할수있는파일을지정합니다. 2 목록에서개별파일또는폴더옆의체크박스를선택합니다. 3 Move( 이동 ) 를선택합니다. 4 Browse Network( 네트워크찾아보기 ) 를선택하고파일또는폴더의새위치를선택합니다. 5 OK( 확인 ) 를선택합니다. Upload( 업로드 ) 명령은샘플시트, 매니페스트, 게놈, 레시피에사용할수있습니다. MiSeq 가네트워크에연결되어있지않은경우이기능을사용하여 USB 드라이브에서기기컴퓨터로파일을업로드합니다. 1 Manage Files( 파일관리 ) 화면의탭에서 Browse( 찾아보기 ) 를선택하여기기에액세스할수있는파일을지정합니다. 2 Upload( 업로드 ) 를선택합니다. 3 Browse Network( 네트워크찾아보기 ) 를선택하고파일이있는 USB 드라이브의위치를찾습니다. 4 OK( 확인 ) 를선택합니다. 파일은 Directory( 디렉터리 ) 필드에표시된폴더로업로드됩니다. MiSeq 시스템안내서 55

66 관리 샘플시트이름변경 1 Manage Files( 파일관리 ) 화면의 Sample Sheets( 샘플시트 ) 탭에서다음옵션을선택합니다. } 개별샘플시트옆의체크박스를선택합니다. } Delete( 삭제 ) 버튼왼쪽의체크박스를선택하여목록의모든샘플시트이름을변경합니다. 2 Rename( 이름변경 ) 을선택합니다. 3 키보드아이콘을선택하고화면키보드를사용하여샘플시트의이름을변경합니다. 4 Next( 다음 ) 를선택합니다. 5 Back( 뒤로 ) 을선택합니다. 56 문서번호 v01 KOR

67 소프트웨어업데이트 시스템이인터넷액세스를통해네트워크에연결되어있으면 Home( 홈 ) 화면을통해기기소프트웨어가자동으로업데이트되도록할수있습니다. BaseSpace 업데이트를자동으로확인하도록소프트웨어를구성할수도있습니다. 자세한정보는 20 페이지의 BaseSpace 업데이트의알림구성을참조하시기바랍니다. 기기가인터넷액세스를통해네트워크에연결되어있지않은경우수동으로소프트웨어를업데이트할수있습니다. 소프트웨어자동업데이트 소프트웨어업데이트를사용할수있을때 Home( 홈 ) 화면에 Update Available( 업데이트사용가능 ) 버튼이나타납니다. 그렇지않은경우에는이버튼이나타나지않습니다. MiSeq 가이옵션을활성화할수있도록하려면인터넷액세스를통해네트워크에연결되어있게합니다. 1 Home( 홈 ) 화면에서 Update Available( 업데이트사용가능 ) 을선택합니다. 2 업데이트할명령을대화상자에서확인합니다. 기기를재부팅해야합니다. 업데이트설치는재부팅후자동으로시작됩니다. 소프트웨어업데이트 소프트웨어수동업데이트 Manual Update( 수동업데이트 ) 기능을통해설치가능한소프트웨어파일의위치를찾아 MiSeq 인터페이스로부터기기제어소프트웨어및분석소프트웨어를업데이트합니다. 1 Home( 홈 ) 화면에서 Manage Instrument( 기기관리 ) 를선택합니다. 2 Software Update( 소프트웨어업데이트 ) 를선택합니다. 3 Browse( 찾아보기 ) 를선택하여새로운소프트웨어버전의설치파일위치를지정합니다. 4 설치가능한소프트웨어파일경로가화면에나타나면 Save and Update( 저장및업데이트 ) 를선택합니다. 5 업데이트할명령을대화상자에서확인합니다. 기기를재부팅해야합니다. 업데이트설치는재부팅후자동으로시작됩니다. MiSeq 시스템안내서 57

68 관리 기기종료 기기를항상켠상태로두는것이가장좋습니다. 하지만기기를꺼야하는경우에는다음절차에따라 Windows 를종료하고플루이딕라인을준비하십시오. 1 관리세척을수행합니다. 자세한정보는 50 페이지의관리세척수행을참조하시기바랍니다. 2 폐기물병을제거한후내용물을적절히폐기합니다. 폐기물병을시약부분에다시넣습니다. 3 시약부분도어를닫습니다. 4 Home( 홈 ) 화면에서 Manage Instrument( 기기관리 ) 를선택합니다. 5 Shut Down( 종료 ) 을선택합니다. 이명령은소프트웨어를종료합니다. 6 전원스위치를전환해기기를끕니다. 참고기기를꺼야할경우최소 60 초동안기다렸다가전원스위치를 ON( 켬 ) 위치로되돌려놓습니다. 58 문서번호 v01 KOR

69 부록 A 문제해결문제해결 부록 A 소개 60 문제해결을위한로그번들 61 시스템검사수행 62 실시간도움말 63 일시중지또는정지 64 수동으로시약카트리지 Sipper 올리기 65 실행설정오류해결 66 RFID 리드오류해결 67 플로우속도오류문제해결 68 볼륨테스트수행 69 예상되는세척용량측정 71 시스템설정구성 72 MiSeq 시스템안내서 59

70 문제해결 소개 이섹션에는 Illumina 기술지원부서에문의하기전에수행할수있는일반적인문제해결방법이설명되어있습니다. 오류가발생하면대부분오류수정방법이담긴메시지가화면에나타납니다. 기술적인문제는 Illumina 웹사이트의 MiSeq 지원페이지를방문하여자주묻는질문과답변 (FAQ) 을참조하거나, MyIllumina 계정에로그인하여지원게시판을참조하시기바랍니다. 실행품질또는성능관련문제는 Illumina 기술지원부서에문의하십시오. 자세한정보는 1 페이지의 83 페이지의기술지원을참조하시기바랍니다. 일반적으로 Illumina 기술지원담당자는문제해결을위해실행별파일복사본을요청합니다. Manage Files( 파일관리 ) 화면의 Bundle Logs( 로그번들 ) 탭을사용하여문제해결에필요한파일을함께압축할수있습니다. 61 페이지의문제해결을위한로그번들을참조하시기바랍니다. 60 문서번호 v01 KOR

71 문제해결을위한로그번들 Bundle Logs( 로그번들 ) 는문제를해결하기위해 Illumina 기술지원부서에보낼파일을번들링하는기능입니다. Manage Files( 파일관리 ) 화면의 Bundle Logs( 로그번들 ) 탭을사용하여번들이라는파일그룹을선택할수있습니다. 번들은자동으로압축됩니다. Bundle Logs( 로그번들 ) 기능은한번의실행을통해파일들을한번에한가지번들유형으로그룹화합니다. Illumina 기술지원부서에서요청하는각실행및번들유형에대해 Bundle Logs ( 로그번들 ) 절차를반복합니다. 1 Manage Files( 파일관리 ) 화면에서 Bundle Logs( 로그번들 ) 탭을선택합니다. 2 Browse( 찾아보기 ) 를선택하여 MiSeqOutput 폴더위치로이동합니다. 3 실행옆의파란색상자와 Illumina 기술지원부서에서요청한번들유형옆의파란색원을클릭합니다. 4 Bundle Logs( 로그번들 ) 를선택합니다. 번들에포함된개별파일목록을비롯하여번들에대한정보가표시된 Bundle Files( 파일번들 ) 화면이열립니다. Bundle Logs( 로그번들 ) 기능의개별폴더및파일에대한자세한정보는 MiSeq 아웃풋및분석폴더빠른레퍼런스카드 ( 문서번호 ) 를참조하시기바랍니다. 5 Next( 다음 ) 를선택합니다. 6 압축된번들파일을저장할위치로이동합니다. 7 Save( 저장 ) 를선택합니다. 파일번들이완료되면 Bundle Logs( 로그번들 ) 탭이다시열립니다. 8 압축된번들을 Illumina 기술지원부서로보냅니다. 문제해결을위한로그번들 그림 20 Bundle Logs( 로그번들 ) 탭 MiSeq 시스템안내서 61

72 문제해결 시스템검사수행 System Check( 시스템검사 ) 화면은일반적으로 Live Help( 실시간도움말 ) 세션중 Illumina 기술지원담당자와연결하는데사용합니다. 본기능은일반적인작동시나기기관리시에는사용할필요가없습니다. Volume Test( 볼륨테스트 ) 와같은일부시스템검사는 Illumina 기술지원부서로연락하기전에수행할수있습니다. 볼륨테스트는물방울이센서를통과할때유량을추정하여플루이딕시스템의상태를검사합니다. 자세한정보는 69 페이지의볼륨테스트수행을참조하시기바랍니다. 1 Home( 홈 ) 화면에서 Manage Instrument( 기기관리 ) 를선택합니다. 2 System Check( 시스템검사 ) 를선택합니다. 3 수행하려는테스트를선택합니다. 4 Next( 다음 ) 를선택합니다. 완료되면테스트결과가화면에나타납니다. 5 [ 선택사항 ] 소프트웨어인터페이스의결과요약내용을확인하려면 Show Details( 자세한정보표시 ) 를선택합니다. 6 [ 선택사항 ] *.csv 파일형식으로 USB 드라이브에결과를내보내려면 Export Results( 결과내보내기 ) 를선택합니다. 7 Done( 완료 ) 을선택합니다. 62 문서번호 v01 KOR

73 실시간도움말 MiSeq 가인터넷사용이가능한네트워크에연결되어있어야만실시간도움말을이용할수있습니다. 실시간도움말기능은 Illumina 기술지원부담당자가고객의허락을받아 MiSeq 화면을보며기기제어기능을공유할수있는온라인지원도구입니다. 사용자본인의제어에우선권이있으며어느때나화면공유세션을종료할수있습니다. Home( 홈 ) 화면의도움말아이콘을통해 Live Help( 실시간도움말 ) 에액세스합니다. 그림 21 도움말메뉴 실시간도움말 연결을허용하려면 Illumina 기술지원부서에서고유액세스코드를받고, Live Help( 실시간도움말 ) 화면에서해당코드를입력한다음 Next( 다음 ) 를선택합니다. 그림 22 Live Help( 실시간도움말 ) 화면 MiSeq 시스템안내서 63

74 문제해결 일시중지또는정지 실행일시중지 MiSeq 는사용자가개입하지않고도처음부터끝까지실행을완료하도록설계되었습니다. 그러나 Sequencing( 시퀀싱 ) 화면에서실행을일시중지하거나정지할수있습니다. 실행이완료되기전에일시중지할수있습니다. 예를들어, 폐기물병이꽉찼다고생각되는경우실행을일시중지할수있습니다. 일시중지된실행은다시시작할수있습니다. 주의클러스터를생성중이거나첫 8 주기의시퀀싱을수행하는동안에는실행을일시중지하지마십시오. 이시간동안일시중지된실행은다시시작할수없습니다. 41 페이지의실행메트릭에서 MiSeq 시약카트리지키트에대한주기정보를참조하십시오. Pause( 일시중지 ) 를선택하면현재명령이완료된후실행이일시중지되고플로우셀은안전한상태로배치됩니다. Sequencing( 시퀀싱 ) 화면에서실행을일시중지하려면 Pause( 일시중지 ) 를선택합니다. 버튼이 Resume( 다시시작 ) 으로바뀝니다. 실행을다시시작할준비가되면 Resume( 다시시작 ) 을선택합니다. 그림 23 일시중지된실행을보여주는시퀀스화면 실행정지 Sequencing( 시퀀싱 ) 화면에서 Stop( 정지 ) 버튼을사용하여완료되기전실행을중단할수있습니다. 실행설정이올바르지않은경우, 데이터품질이좋지못한경우, 하드웨어오류가발생한경우실행을중단할수있습니다. 실행이중단되면현재명령이완료되지않은채플로우셀대가앞쪽위치로이동합니다. 실시간분석소프트웨어는마지막으로완료된주기를계속분석합니다. 64 문서번호 v01 KOR

75 그림 24 실행정지 실행정지는변경이불가능합니다. 중지된실행은다시시작할수없습니다. 기기세척을진행하기위한옵션만표시됩니다. 수동으로시약카트리지 Sipper 올리기 예기치않게실행이중단되거나실행도중오류가발생하면시약카트리지 Sipper 가자동으로들려올라가지않을수있습니다. 시약카트리지를제거하려면수동으로시약카트리지 Sipper 를들어올리십시오. 1 Home( 홈 ) 화면에서 Perform Wash( 세척수행 ) 를선택합니다. 2 Raise Sippers(Sipper 올리기 ) 를선택합니다. 3 시약카트리지를제거합니다. 수동으로시약카트리지 Sipper 올리기 MiSeq 시스템안내서 65

76 문제해결 실행설정오류해결 실행전검사에서오류가발생하면빨간색아이콘 ( ) 이해당항목옆에표시됩니다. 화면에오류및오류해결방법을설명하는메시지가나타납니다. 오류조치플로우속도측정플로우속도검사화면이열립니다. 드롭다운목록또는화상키보드를사용하여다음정보를입력합니다. 용액 : PR2 용량 : 250 흡입속도 : 2500 공급속도 : 2500 Pump( 펌프 ) 를선택합니다. 오류가지속되면 PR2 양을 500µl로펌프하도록설정하고이프로세스를반복합니다. 액체를펌프했으면 Restart Check( 검사재시작 ) 를선택합니다. 실행전검사가성공적으로완료되면 Start Run( 실행시작 ) 버튼이활성화됩니다. 플로우검사가다시실패할경우플로우셀을다시배치하여플로우가잘못된배열로인해중단되지않았는지확인합니다. 보풀이나다른이상이있는지플로우셀개스킷을확인합니다. 사용가능한디스크공간디스크공간이부족하면메시지가나타나필요한디스크공간을표시합니다. Manage Files( 파일관리 ) 기능을사용하여기기컴퓨터에필요한공간을마련합니다. 네트워크연결활성화기기에네트워크케이블이꽂혀있는지확인합니다. 네트워크연결이복원되지않은경우 Manage Instrument( 기기관리 ) 화면에서 Reboot( 재부팅 ) 를선택하여소프트웨어를재부팅합니다. 연결이여전히복원되지않을경우 Manage Instrument( 기기관리 ) 화면에서 Shut Down( 종료 ) 을선택한후전원스위치를사용하여기기의전원을끕니다. 최소 60 초동안기다린후기기전원스위치를켜고소프트웨어를시작합니다. 일차분석준비이전실행의일차분석이완료되지않았습니다. 일차분석완료에소요되는기본시간은 1시간이며, 화면에카운트다운이표시됩니다. 1시간을기다리거나 Terminate Analysis( 분석종료 ) 를선택할수있습니다. 미완료사이클이있으면이차분석이중단됩니다. 샘플시트제공실행의시약카트리지 ID로샘플시트명을지정하지않은경우에는기기가적합한샘플시트를자동으로찾을수없습니다. 실행을위한샘플시트를찾습니다. 실행의시약카트리지 ID로샘플시트명을지정한경우에는샘플시트가기본샘플시트폴더에있는지확인합니다. Home( 홈 ) 화면의 Run Options( 실행옵션 ) 에서기본폴더위치를확인합니다. 샘플시트파일확장자는 *.csv입니다. 샘플시트가없으면새로만들어서 Run Options( 실행옵션 ) 에지정된샘플시트위치에복사합니다. 샘플시트를찾았으면 Restart Check( 검사재시작 ) 를선택합니다. 66 문서번호 v01 KOR

77 RFID 리드오류해결 시스템이소모품의 RFID 를읽지못하는경우 Illumina 웹사이트에서임시바이패스코드를받을수있습니다. 임시바이패스코드의유효기간은 7 일입니다. 1 진행하기전에항상 Retry( 재시도 ) 를선택합니다. 두번째에도 RFID 가되지않은경우 Get Code( 코드가져오기 ) 를선택합니다. 2 인터넷사용이가능한컴퓨터에서 my.illumina.com 에접속해본인의 MyIllumina 계정으로로그인합니다. 3 MyIllumina 페이지에서 Account( 계정 ) 를클릭합니다. Resources( 리소스 ) 열에서 MiSeq Self-Service(MiSeq 셀프서비스 ) 를클릭합니다. 4 MiSeq Self-Service(MiSeq 셀프서비스 ) 페이지에서 MiSeq 일련번호를입력합니다. 5 Type of Override Code( 재지정코드유형 ) 드롭다운목록에서 RFID Override(RFID 재지정 ) 를선택합니다. RFID 리드오류해결 그림 25 MiSeq Self-Service(MiSeq 셀프서비스 ) 페이지 6 코드를생성하려면 Get Code( 코드가져오기 ) 를선택합니다. 7 MCS 인터페이스로돌아가서 Enter Code( 코드입력 ) 를선택합니다. 8 화상키보드를사용하여임시바이패스코드를입력한후 Next( 다음 ) 를선택합니다. 9 플로우셀, PR2 병또는시약카트리지의바코드번호를입력합니다. 소모품바코드번호위치플로우셀플로우셀용기라벨의바코드위. 플로우셀바코드번호는 A( 표준 ), G( 마이크로 ) 또는 D( 나노 ) 로시작합니다. 예 : A0E61 PR2 병 PR2 병라벨의바코드아래. 예 : MS PR2 시약카트리지시약카트리지라벨의바코드아래. 예 : MS 시약카트리지의바이패스코드를입력할때키트버전번호를입력합니다. Enter Reagent Kit Barcode( 시약키트바코드입력 ) 를선택하여시약카트리지바코드번호와키트버전번호를수동으로입력합니다. 주의시약키트버전을잘못입력할경우시퀀싱데이터에부정적인영향을미칠수있습니다. 11 Enter( 입력 ) 를선택합니다. MiSeq 시스템안내서 67

78 문제해결 플로우속도오류문제해결 플로우속도는유체가플루이딕시스템을통과하는속도 (µl/min) 입니다. 이속도는실행전검사과정에서각실행전에측정됩니다. 시스템에서플로우속도를측정할수없는경우, 플로우속도를다시검사하기전에시스템으로시약 (PR2) 의용량을펌프하라는메시지가나타납니다. 1 드롭다운목록또는화상키보드를사용하여다음정보를입력합니다. } 용액 : PR2 } 용량 : 250µl } 흡입속도 : 2500µl/min } 공급속도 : 2500µl/min 2 Pump( 펌프 ) 를선택합니다. 3 펌프단계가완료되면 Restart Check( 검사재시작 ) 를선택합니다. 4 오류가계속발생하면 PR2 용량을 500µl 로펌프하도록설정하고이프로세스를한번더반복합니다. 두번째시도에서도오류가해결되지않으면 Illumina 기술지원부서에문의하시기바랍니다. 68 문서번호 v01 KOR

79 볼륨테스트수행 플루이딕라인에이물질이있을경우시약전달이잘안되거나시퀀싱결과에영향을미칠수있습니다. 플루이딕라인에이물질이있는것으로의심되는경우볼륨테스트를수행하십시오. 용량테스트에서는방울이센서를통과할때방울간의용량을추정하여플루이딕시스템의상태를검사합니다. 볼륨테스트를수행하려면일반실험실용순수를담은세척함및세척병을준비해두고사용된플로우셀을준비해야합니다. 화면의메시지에따라테스트를수행하십시오. 1 사용한플로우셀이기기에장착되어있어야합니다. 2 Home( 홈 ) 화면에서 Manage Instrument( 기기관리 ) 를선택합니다. 3 System Check( 시스템검사 ) 를선택합니다. 4 Conduct Volume Test( 볼륨테스트수행 ) 를선택한후 Next( 다음 ) 를선택합니다. 볼륨테스트수행 그림 26 시스템검사화면 5 세척함의각저장소에일반실험실용순수를 6ml 씩채웁니다. 6 일반실험실용순수 350ml 를더해세척병을 500ml 까지채웁니다. 7 기기에세척함과세척병을장착합니다. a 시약부분도어와시약냉각기도어를열고세척함을시약냉각기에멈출때까지밀어넣습니다. 시약냉각기도어를닫습니다. b 잠길때까지 Sipper 손잡이를들어올리고세척병을장착합니다. c 폐기물병을제거한후내용물을적절히폐기합니다. 폐기물병을시약부분에다시넣습니다. d Sipper 손잡이를천천히내려 Sipper가세척병과폐기물병에들어가도록합니다. 8 화면에표시되는메시지를참고하여다음과같이세척병 Sipper 에있는물방울을모두제거합니다. a b c 메시지가나타나면 Sipper 손잡이를천천히들어올리고세척병 Sipper에큰물방울이있는지확인합니다. 메시지가나타나면표면장력이물방울을제거할수있도록 Sipper 손잡이를물깊숙이천천히내립니다. 메시지가나타나면 Sipper 손잡이를천천히들어올리고세척병 Sipper에큰물방울이있는지확인합니다. MiSeq 시스템안내서 69

80 문제해결 d 그림 27 메시지가나타나면 Sipper 손잡이를천천히완전히내려 Sipper 가세척병과폐기물병에들어가도록합니다. Sipper 물방울제거 9 Next( 다음 ) 를선택합니다. 볼륨테스트가시작됩니다. 볼륨테스트가완료되면화면에결과가나타납니다. 테스트를통과하지못한경우관리세척을수행합니다. 50 페이지의관리세척수행을참조하시기바랍니다. 10 관리세척이완료되면볼륨테스트를반복합니다. 70 문서번호 v01 KOR

81 예상되는세척용량측정 예상되는세척용량측정을통해플루이딕이효율적으로수행중인지알수있습니다. 1 세척을시작하기전에폐기물병을비웁니다. 2 세척이끝나면폐기물병의세척용량을측정합니다. 세척유형 예상되는세척용량 실행후세척 17.25ml 템플레이트라인세척을포함하는실행후세척 25.5ml 대기세척 46ml 관리세척 51.75ml 예상되는세척용량측정 MiSeq 시스템안내서 71

82 문제해결 시스템설정구성 MCS 에는시스템을구성하는명령에액세스하는여러화면이포함되어있습니다. 일반적으로소프트웨어설정은 MiSeq 설치를진행하는동안구성됩니다. IP 및 DNS 설정구성 네트워크나시설변경으로인해필요한경우 IP 주소와 DNS 서버주소를구성합니다. 1 Home( 홈 ) 화면에서 Manage Instrument( 기기관리 ) 를선택합니다. 2 System Settings( 시스템설정 ) 를선택합니다. } Obtain an IP address automatically( 자동으로 IP 주소받기 ) 또는 Use the following IP address( 다음 IP 주소사용 ) 를선택합니다. Use the following IP address( 다음 IP 주소사용 ) 를선택하는경우 IP 주소, 서브넷마스크및기본게이트웨이를입력합니다. } Obtain an DNS address automatically( 자동으로 DNS 주소받기 ) 또는 Use the following DNS server address( 다음 DNS 서버주소사용 ) 를선택합니다. Use the following DNS server addresses( 다음 DNS 서버주소사용 ) 를선택하는경우기본설정및대체 DNS 서버주소를입력합니다. 3 Save and Continue( 저장후계속 ) 를선택합니다. 시스템자격증명변경 Systems Settings( 시스템설정 ) 화면에서시스템사용자이름과암호를변경할때 MiSeq Reporter 및 BaseSpace 또는 BaseSpace Onsite 에대한자격증명도업데이트됩니다. 1 Home( 홈 ) 화면에서 Manage Instrument( 기기관리 ) 를선택합니다. 2 System Settings( 시스템설정 ) 를선택합니다. 3 Save and Continue( 저장및계속 ) 를선택하여일련의화면에서세번째화면으로진행합니다. 4 This account( 이계정 ) 를선택합니다. 5 도메인이름 ( 예 : Domain\MiSeq1) 과암호를입력합니다. 6 Save and Continue( 저장후계속 ) 를선택합니다. 72 문서번호 v01 KOR