cBot 2 시스템 안내서( )

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1 cbot 2 시스템안내서 연구전용입니다. 진단절차에는사용할수없습니다. ILLUMINA 소유 문서번호 v02 KOR 2017 년 2월 맞춤프로토콜선택기로간단한전체작업흐름안내서사용자지정 support.illumina.com/custom-protocol-selector.html

2 이문서와이문서에수록된내용은 Illumina, Inc. 및그자회사 ("Illumina") 의재산이며여기에설명된제품의사용과관련하여전적으로계약에보증된고객의사용만을위한것이며그외의목적으로는사용할수없습니다. 이문서와이문서에수록된내용은다른목적으로사용되거나배포될수없으며, Illumina 로부터사전서면승인없이는어떤방식으로도전달, 공개또는복제될수없습니다. Illumina 에서는이문서를통해특허, 상표, 저작권또는관습법적권한또는타사의유사권한에따라어떠한라이선스도양도하지않습니다. 이문서에설명된제품의올바르고안전한사용을위해적절한교육을받았고자격을갖춘사람이이문서의지침을엄격하고정확하게준수해야합니다. 해당제품을사용하기전에이문서의모든내용을철저히읽고숙지해야합니다. 여기에포함된모든지침을완전히읽거나명확하게따르지않을경우제품손상, 사용자나다른사람의신체부상, 기타재산상의손해가발생할수있습니다. Illumina 는여기에설명된제품 ( 그부품이나소프트웨어포함 ) 을잘못사용하여발생하는일에대해어떠한책임도지지않습니다 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, HiSeq, HiSeq X, Nextera, TruSeq, 호박빛주황색및하단흐름디자인은미국및 / 또는다른국가에서 Illumina, Inc. 및 / 또는그자회사의상표입니다. 그밖의모든이름, 로고및기타상표는해당소유자의재산입니다. ii 문서번호 v02 KOR

3 개정내역 문서날짜변경내용설명 문서번호 v02 자료번호 문서번호 v01 파트번호 수정버전 A 2016 년 11 월 2016 년 1 월 2015 년 7 월 HiSeq Rapid 플로우셀을위한프라이머가들어있는 8 튜브스트립의방향이제거되었습니다. Rapid 프라이머는 HiSeq 에장착됩니다. cbot 2 바코드스트립튜브의 Illumina 카탈로그번호가 으로수정되었습니다. HiSeq 3000/4000 SR 클러스터키트를지원하는 cbot 소프트웨어 v3.0 에대한설명이업데이트되었습니다. 다음과같은정보가추가되었습니다. HiSeq 3000/4000 SR 플로우셀에대한레시피및클러스터링시간 HiSeq 3000/4000 플로우셀에클러스터링된라이브러리에대한 PhiX 주입절차의 PhiX 및라이브러리용량 연례예방관리서비스에대한권장사항플로우셀보관옵션을포함하도록실행컴포넌트분리지침이업데이트되었습니다. 문제해결정보가부록 A 로이동되었습니다. 안내서맨앞의소프트웨어설명부분이간략하게줄었습니다. 추가리소스에 cbot 시스템구성안내서 ( 문서번호 ) 가기입되었습니다. 최초릴리스 cbot 2 시스템안내서 iii

4 iv 문서번호 v02 KOR

5 목차 개정내역목차 iii v 1 장개요 1 소개 2 추가리소스 3 cbot 2 컴포넌트 4 Illumina 소모품 7 cbot 시약판 9 2 장시작 11 cbot 2 시작 12 실행컴포넌트의버전호환성 13 사용자공급소모품 14 3 장시약준비 15 소개 16 HiSeq X 플로우셀 17 HiSeq 3000/4000 플로우셀 21 HiSeq 높은아웃풋플로우셀 25 HiSeq Rapid 플로우셀 26 4 장샘플추적기능을사용하는클러스터링 27 소개 28 샘플추적기능을사용하는클러스터링작업흐름 29 실행전세척수행 30 소모품장착 31 매니폴드장착 33 프로토콜선택 35 소모품스캔 36 실행전검사수행 37 실행모니터링 38 실행컴포넌트분리 39 실행후세척수행 41 시약공급확인 ( 선택사항 ) 42 5 장샘플추적기능을사용하지않는클러스터링 43 소개 44 샘플추적기능을사용하지않는클러스터링작업흐름 45 실행전세척수행 46 프로토콜선택 47 소모품장착 48 실행전검사수행 52 실행모니터링 53 실행컴포넌트분리 54 실행후세척수행 56 시약공급확인 ( 선택사항 ) 57 6 장관리 59 cbot 2 시스템안내서 주기적관리수행 60 v

6 월별관리세척수행 61 맞춤판변경 63 소프트웨어업그레이드 64 레시피업그레이드 65 cbot 2 종료 66 부록 A 문제해결 67 실행일시중지또는중단 68 플로우검사실패문제해결 69 실행문제해결 71 외부바코드스캐너재설정 72 프로토콜편집 73 인덱스 75 기술지원 79 vi 문서번호 v02 KOR

7 1 장개요개요 1 장 소개 2 추가리소스 3 cbot 2 컴포넌트 4 Illumina 소모품 7 cbot 시약판 9 cbot 2 시스템안내서 1

8 개요 소개 cbot 2 는증폭을사용해수억개의단일분자 DNA 템플레이트를동시에만들수있습니다. cbot 소프트웨어는시약을공급하고반응시간과플로우속도, 온도를제어합니다. 설정및작동은소프트웨어인터페이스에서터치스크린모니터를사용해기기상에서수행합니다. 기기내바코드리더는각실험에사용된시약, 플로우셀및템플레이트를기록합니다. 양성샘플추적옵션은 HiSeq 에서시퀀싱할라이브러리의제어성능을강화하는내부바코드스캐닝을제공합니다. 소모품이장착되고기기뚜껑이닫히면내부스캐너가시약판, 플로우셀, 8 튜브스트립의 ID 를기록합니다. 그림 1 cbot 2 cbot 에서여러개의클러스터키트를사용할수있습니다. 시퀀싱기기및수행할시퀀싱실행의유형과호환되는키트를사용하십시오. 사용가능한키트목록은 7 페이지의 Illumina 소모품을참조하시기바랍니다. Illumina SeqLab 의작업흐름차이점 cbot 2 를 Illumina SeqLab 의컴포넌트로사용하는경우의작업흐름은이안내서에설명된작업흐름과차이가있습니다. Clarity LIMS X Edition 에의해생긴차이점은라이브러리준비부터시퀀싱에이르는모든단계에영향을미칩니다. Illumina 웹사이트의 Illumina SeqLab 지원페이지에서실험에적합한사용자지정작업흐름안내서를만드십시오. 2 문서번호 v02 KOR

9 추가리소스 다음설명서는 Illumina 웹사이트에서다운로드할수있습니다. 리소스 cbot 시스템현장준비안내서 ( 문서번호 ) 설명 실험실공간, 전기요건, 환경에대한고려사항및기기구성지침에대한구체적인내용을담고있습니다. 추가리소스 cbot 2 시스템안전및규정준수안내서 ( 문서번호 ) HiSeq, GAIIx 시스템 Denaturation 및희석라이브러리안내서 ( 문서번호 ) 기기라벨지정, 규정준수인증및안전고려사항에대한내용을담고있습니다. 시퀀싱전에준비한라이브러리를 denaturation 및희석하고 PhiX 컨트롤을준비하기위한지침을담고있습니다. 이단계는대부분의라이브러리유형과플로우셀에적용됩니다. 설명서, 소프트웨어다운로드, 온라인교육및자주묻는질문과답변 (FAQ) 등의정보를이용하려면 Illumina 웹사이트의 cbot 2 지원페이지를방문하시기바랍니다. cbot 2 시스템안내서 3

10 개요 cbot 2 컴포넌트 cbot 2 는센서를사용하여실행컴포넌트가있는지감지하고, 컴포넌트가없거나잘못설치된경우메시지를표시합니다. 기기뚜껑아래에 Thermal 대와시약대가위치해있어서자석스위치가뚜껑이열리지않게해주며뚜껑이열리면센서가이를감지합니다. 안전을위해실행을진행하기전에뚜껑을닫으라는메시지가표시됩니다. 그림 2 cbot 2 컴포넌트 Thermal 대 A Thermal 대 - 플로우셀이들어가며전체실행에걸쳐플로우셀온도를제어합니다. B 시약대 - cbot 시약판, 라이브러리템플레이트, 특수프라이머를보관합니다. 샘플추적기능을사용하는실행의경우시약대뒤에위치한바코드스캐너가시약판과템플레이트가포함된 8튜브스트립의 ID를기록합니다. C 폐기물병부분 - 폐시약을수집하는센서제어폐기물병이들어갑니다. D 외부바코드스캐너 - 시약판과샘플추적기능을사용하지않는각실행에사용된플로우셀의고유한 ID를기록합니다. E 전원스위치 - 기기를켭니다. 폐기물병부분왼쪽에위치한시작버튼을누르면기기소프트웨어가시작됩니다. F 터치스크린모니터 - 기기내실행설정기능을제공하고클러스터생성과정을시각적으로표시합니다. G 플로우셀바코드스캐너 - 각샘플추적실행에사용된플로우셀의고유한 ID를기록합니다. thermal 대는플로우셀과플로우셀위에놓인매니폴드를수용합니다. 플로우셀클램프는플로우셀과매니폴드를제자리에잠급니다. 경고 thermal 대의알루미늄 thermal 블록을만지지마십시오. 가열기는작동중에심각한화상위험이있습니다. 자세한안전정보는 cbot 2 시스템안전및규정준수안내서 ( 문서번호 ) 를참조하시기바랍니다. 4 문서번호 v02 KOR

11 그림 3 Thermal 대 cbot 2 컴포넌트 A B C D E 출력클램프플로우셀맞춤판및매니폴드플로우셀클램프 Thermal 대 Sipper 빗 매니폴드는시약판에서플로우셀로시약을공급하는일회용컴포넌트입니다. Sipper 빗의 Sipper 는시약판에놓인알루미늄포장지에싸인시약튜브에구멍을뚫습니다. 매니폴더의배출구끝은폐기물을폐기물용기로전달합니다. 배출구클램프는매니폴드의배출구끝을제자리에단단히고정합니다. 플로우셀맞춤판 cbot 은 GAIIx 및 HiSeq 플로우셀에서클러스터생성을수행합니다. 플로우셀유형을전환할때플로우셀대의맞춤판을변경합니다. 자세한내용은 63 페이지의맞춤판변경을참조하시기바랍니다. 시약대 시약대는 cbot 시약판을받치고있습니다. 시약판은시약판레버를사용하여제자리에잠깁니다. 시약판전면에있는 2 개의 8 튜브스트립홀더에는준비된라이브러리템플레이트와추가프라이머가들어있습니다. 샘플추적작업흐름에사용되는 8 튜브스트립을올바른방향으로장착할수있도록템플레이트행의왼쪽이요철로되어있습니다. 그림 4 cbot 2 시약대 A B C D 시약판레버템플레이트행프라이머행 cbot 시약판 cbot 2 시스템안내서 5

12 개요 cbot 소프트웨어 cbot 소프트웨어인터페이스는기기를설정하고클러스터링프로세스를모니터링할수있는메시지를표시합니다. 클러스터생성을실행하는동안 Start( 시작 ) 화면, Run Setup( 실행설정 ) 화면, Run Status( 실행상태 ) 화면이사용됩니다. 소프트웨어인터페이스를사용하여양성샘플추적, 입력요건, 세척기본설정, 이메일알림, 원격모니터링을구성할수있습니다. 센서상태아이콘 화면아래쪽에표시되는센서상태아이콘은컴포넌트가적절히설치되어있고실행할준비가되었는지여부를나타냅니다. 아이콘 의미 GAIIx 플로우셀맞춤판이설치되었습니다. HiSeq 플로우셀맞춤판이설치되었습니다. 플로우셀맞춤판유형을알수없습니다. 기기뚜껑이열려있습니다. 기기뚜껑이닫혀있습니다. 폐기물병이있으며사용가능한상태입니다. 폐기물병이가득찼습니다. 폐기물병이없습니다. 냉각수가흐르고냉각수수위가양호합니다. 경고 : 냉각수가흐르지만냉각수수위가낮습니다. 오류 : 냉각수가흐르지않지만냉각수수위는양호합니다. 오류 : 냉각수가흐르지않고냉각수수위가낮습니다. 매니폴드가장착되었고 Sipper 빗이잘고정되어있습니다. 매니폴드가없거나 Sipper 빗이잘고정되어있지않습니다. 구성 소프트웨어인터페이스를사용하여양성샘플추적, 시스템설정, 입력요건및세척기본설정을구성할수있습니다. 네트워크연결을사용하면원격모니터링, 이메일경보및 LIMS 지원을설정할수있습니다. 필요할경우각실행을시작하기전에이러한구성설정을수정할수있습니다. 구성지침은 cbot 시스템구성안내서 ( 문서번호 ) 를참조하시기바랍니다. 6 문서번호 v02 KOR

13 Illumina 소모품 cbot 시약은해동후기기에직접장착되는시약판에서제공되며, cbot 시약판을제공하는 Illumina 키트는다음과같습니다. 키트내용물과다른키트설명서에대한설명은 Illumina 웹사이트의 cbot 2 지원페이지에서확인할수있습니다. 시약준비지침은 15 페이지의시약준비를참조하시기바랍니다. HiSeq 용클러스터키트 각키트에는 HiSeq 플로우셀, 플로우셀별매니폴드, cbot 에서플로우셀을클러스터링하는데필요한시약이들어있습니다. Illumina 소모품 키트명 HiSeq 3000/4000 SR 클러스터키트 HiSeq 3000/4000 PE 클러스터키트 HiSeq SR 클러스터키트 v4 HiSeq PE 클러스터키트 v4 TruSeq SR 클러스터키트 v3 - HS TruSeq PE 클러스터키트 v3 - HS HiSeq Rapid Duo cbot 샘플장착키트 키트카탈로그번호카탈로그번호 GD 카탈로그번호 PE 카탈로그번호 GD 카탈로그번호 PE 카탈로그번호 GD 카탈로그번호 PE 카탈로그번호 CT HiSeq X 용클러스터키트 각키트에는여러개의 HiSeq X 플로우셀, 플로우셀별매니폴드, cbot 에서각플로우셀을클러스터링하는데필요한시약이들어있습니다. 단일팩에는 2 개의플로우셀을클러스터링할수있는소모품이들어있고, 10 팩키트에는 20 개의플로우셀을클러스터링할수있는소모품이들어있습니다. 키트명 HiSeq X Ten 시약키트 v2.5 HiSeq X Ten 시약키트 v2.5(10팩 ) HiSeq X Five 시약키트 v2.5 HiSeq X Five 시약키트 v2.5(10팩 ) 키트카탈로그번호카탈로그번호 FC 카탈로그번호 FC 카탈로그번호 FC 카탈로그번호 FC GAIIx 용클러스터키트 각키트에는 GA 플로우셀, 플로우셀별매니폴드, cbot 에서플로우셀하나를클러스터링하는데필요한시약이들어있습니다. 키트내용물및시약준비지침에대한설명은키트설명서를참조하십시오. 키트명 TruSeq PE 클러스터키트 v2 - GA(cBot) TruSeq SR 클러스터키트 v2 - GA(cBot) 키트카탈로그번호 카탈로그번호 PE 카탈로그번호 GD cbot 2 시스템안내서 7

14 개요 재혼성화키트 실행을복구하거나장기간보관된플로우셀을다시사용할목적으로 cbot 재혼성화키트를사용하여리드 1 프라이머재혼성화를수행할수있습니다. 키트명 HiSeq X cbot 다중프라이머재혼성화키트 v2 HiSeq 3000/4000 cbot 다중프라이머재혼성화키트 TruSeq v2 cbot 다중프라이머재혼성화키트 카탈로그번호카탈로그번호 GD 카탈로그번호 GD 카탈로그번호 GD 자세한내용은다음과같은플로우셀재혼성화안내서를참조하시기바랍니다. } HiSeq X - HiSeq X 플로우셀에서리드 1 프라이머재혼성화 ( 문서번호 ) } HiSeq 3000/ HiSeq 3000/4000 플로우셀에서리드 1 프라이머재혼성화 ( 문서번호 ) } TruSeq v3 또는 TruSeq v2(gaiix) - TruSeq v3 또는 TruSeq v2 플로우셀에서리드 1 프라이머재혼성화 ( 문서번호 ) Nextera 라이브러리용리드 1 시퀀싱프라이머 다음키트에서제공되는리드 1 시퀀싱프라이머 (HP6) 는 Nextera 라이브러리와호환되지않습니다. } TruSeq 클러스터키트 v3 - HS } TruSeq 클러스터키트 v2 - GA Nextera 라이브러리를시퀀싱하는경우수행하는실행유행에상관없이리드 1 시퀀싱프라이머 (HP10) 를사용합니다. HP10 은 TruSeq 듀얼인덱스시퀀싱프라이머상자로제공됩니다. 키트명 TruSeq 듀얼인덱스시퀀싱프라이머상자, 단일리드 TruSeq 듀얼인덱스시퀀싱프라이머상자, 페어드엔드 카탈로그번호 카탈로그번호 FC 카탈로그번호 PE 그밖의모든 cbot 키트에는 TruSeq 및 Nextera 라이브러리와호환되는 HP10 이들어있습니다. 8 문서번호 v02 KOR

15 cbot 시약판 시약이포함된행수를포함하여시약판의구성은키트유형에따라다릅니다. 각 8 튜브스트립에는시약이름과번호가차례로표시된라벨이부착되어있습니다. 이번호는튜브스트립이시약판에서차지하고있는행을나타냅니다. 8 튜브스트립의위치가잘못된경우라벨의행번호를사용하여튜브스트립을해당위치로되돌릴수있습니다. cbot 시약판 플로우셀유형 HiSeq X 및 HiSeq 3000/4000 시약판설명 각각깊은웰 8 개가있는 12 개의행이포함되어있습니다. 각시약이 8 개웰로이루어진하나의행전체를차지합니다. 모든행에시약이포함되어있는것은아닙니다. HiSeq 높은아웃풋 (HiSeq v4) 8 개의행이포함되어있고, 각행에는클러스터생성시약이채워진 8 튜브스트립이알루미늄포장지에싸여있습니다. 행 9~12 는비어있습니다. HiSeq 높은아웃풋 (TruSeq v3) 11 개의행이포함되어있고, 각행에는클러스터생성시약이채워진 8 튜브스트립이알루미늄포장지에싸여있습니다. 행 12 는비어있습니다. HiSeq Rapid 3 개의행이포함되어있고, 각행에는템플레이트혼성화및첫번째확장시약이채워진 8 튜브스트립이알루미늄포장지에싸여있습니다. 행 4~12 는비어있습니다. 경고 HiSeq Rapid 시약판을제외하고, 이러한시약에는생식계에영향을줄수있는독성물질인포름아마이드 ( 지방족아마이드 ) 가들어있습니다. 흡입, 섭취하거나피부또는눈에접촉할경우인체에상해를입을수있습니다. 용기와사용하지않은내용물은현지정부안전기준에따라폐기하시기바랍니다. 자세한내용은 support.illumina.com/sds.html 에서본키트에관한 SDS 를참조하십시오. cbot 2 시스템안내서 9

16 10 문서번호 v02 KOR

17 2 장시작시작 2 장 cbot 2 시작 12 실행컴포넌트의버전호환성 13 사용자공급소모품 14 cbot 2 시스템안내서 11

18 시작 cbot 2 시작 A B Start( 시작 ) 버튼전원스위치 1 기기오른쪽에있는전원스위치를 ON( 켜기 ) 위치로전환합니다. 2 폐기물병부분왼쪽에있는 Start( 시작 ) 버튼을눌러소프트웨어를시작합니다. 시작루틴이완료되면 Start( 시작 ) 화면이나타납니다. 12 문서번호 v02 KOR

19 실행컴포넌트의버전호환성 최고의성능과결과를얻을수있도록항상호환되는 cbot 소프트웨어및키트버전을사용하십시오. 키트버전레시피버전소프트웨어버전 HiSeq 3000/4000 클러스터키트 버전 1.0 레시피 cbot v 이상 (SR 키트 ) cbot v 이상 (PE 키트 ) HiSeq X Ten 시약키트 v2.5 버전 2.0 레시피 cbot v 이상 HiSeq X Five 시약키트 v2.5 버전 2.0 레시피 cbot v 이상 HiSeq 클러스터키트 v4 버전 9.0 레시피 cbot v 이상 HiSeq Rapid Duo cbot 샘플장착키트 TruSeq 듀얼인덱스시퀀싱프라이머상자 버전 R 레시피 버전 8.0 레시피 (HiSeq) 버전 7.0 레시피 (GA) cbot v1.5 이상 cbot v 이상 실행컴포넌트의버전호환성 TruSeq 클러스터키트 v3 - HS 버전 8.0 레시피 cbot v1.4 이상 TruSeq 클러스터키트 v2 - GA 버전 7.0 레시피 cbot v1.3 이상 cbot 레시피및플로우셀유형 플로우셀 HiSeq 3000/4000 패턴화된플로우셀 HiSeq X Ten v2.5 패턴화된플로우셀 HiSeq X Five v2.5 패턴화된플로우셀 HiSeq v4 플로우셀 TruSeq v3 플로우셀 HiSeq Rapid v2 플로우셀 GAIIx v2 플로우셀 기본레시피이름 HiSeq_3000_4000_SR_HD_Exclusion_Amp_v1.0 HiSeq_3000_4000_HD_Exclusion_Amp_v1.0 HiSeq_X_HD_Exclusion_Amp_v2.0 HiSeq_X_HD_Exclusion_Amp_v2.0 SR_HiSeq_Cluster_Kit_v4_cBot_recipe_v9.0 PE_HiSeq_Cluster_Kit_v4_cBot_recipe_v9.0 SR_Amp_Lin_Block_TubeStripHyb_v8.0 PE_Amp_Lin_Block_TubeStripHyb_v8.0 SR_Amp_Lin_Block_Hyb_v8.0 PE_Amp_Lin_Block_Hyb_v8.0 RR_TemplateHyb_FirstExt_vR¹ SR_Amp_Lin_Block_TubeStripHyb_v7.0² PE_Amp_Lin_Block_TubeStripHyb_v7.0² SR_Amp_Lin_Block_Hyb_v7.0² PE_Amp_Lin_Block_Hyb_v7.0² ¹ Rapid Duo 키트에만사용됩니다. ² v7 레시피를사용하려면기기드라이브의 C:\Illumina\cBot\bin\Recipes\Hidden 으로이동합니다. 레시피를 C:\Illumina\cBot\bin\Recipes 에복사합니다. cbot 2 시스템안내서 13

20 시작 사용자공급소모품 HiSeq X 및 HiSeq 3000/4000 키트에제공된시약클러스터링준비에는다음사용자공급소모품이사용됩니다. 작업흐름에적절한 8 튜브스트립을사용하도록합니다. HiSeq X 및 HiSeq 3000/4000 키트는 cbot 2 에서클러스터링을수행하기전에 denaturation 단계를수행합니다. 이러한키트를사용하면 ExAmp 반응믹스를첨가하기전에 8 튜브스트립에서라이브러리가 denaturation 됩니다. 컴포넌트공급업체용도 1N NaOH 일반실험용품공급업체라이브러리 Denaturation 8 캡스트립, 평형 Fisher Scientific, 카탈로그번호 AB 튜브스트립, 0.2ml Fisher Scientific, 카탈로그번호 AB-0264 cbot 로로드되지않은경우라벨이없는 8 튜브스트립캡핑 cbot 에서의 ExAmp 반응및라이브러리믹스 ( 샘플추적기능을사용하지않는클러스터링작업흐름 ) 200mM Tris-HCl, ph8.0 cbot 2 바코드스트립튜브 ( 웰 8 개 ) 일반실험실용순수 원심분리기튜브, 1.5ml 일반실험용품공급업체 Illumina, 카탈로그번호 Millipore 또는일반실험용품공급업체 VWR, 카탈로그번호 * 0.1N NaOH 로희석한후라이브러리 Denaturation cbot 에서의 ExAmp 반응및라이브러리믹스 ( 샘플추적기능을사용하는클러스터링작업흐름 ) 라이브러리 Denaturation ExAmp 반응마스터믹스준비 * 또는동급의액체를사용할수있습니다 14 문서번호 v02 KOR

21 3 장시약준비시약준비 3 장 소개 16 HiSeq X 플로우셀 17 HiSeq 3000/4000 플로우셀 21 HiSeq 높은아웃풋플로우셀 25 HiSeq Rapid 플로우셀 26 cbot 2 시스템안내서 15

22 시약준비 소개 시약준비지침은사용하는시약키트에따라다릅니다. 지침은플로우셀유형별로구성되어있으며 HiSeq X, HiSeq 3000/4000, HiSeq 높은아웃풋, HiSeq rapid 가포함됩니다. GAIIx 플로우셀을위한시약준비에대한지침은사용중인클러스터키트의안내서를참조하시기바랍니다. } TruSeq PE 클러스터키트 v2 시약준비안내서 ( 문서번호 ) } TruSeq SR 클러스터키트 v2 시약준비안내서 ( 문서번호 ) 준비후소프트웨어에서메시지가표시되면클러스터링시약을 cbot 에장착할준비가완료된것입니다. 모범사례 } 클러스터링시약을준비할때는새장갑을착용하십시오. } cbot 에시약을장착할준비가될때까지투명플라스틱보호뚜껑을시약판에서제거하지마십시오. 알루미늄포장지에구멍을뚫지마십시오. } 시약튜브가빠지지않도록 8 튜브스트립이들어있는시약판의바닥을잡으십시오. 교반하거나뒤집기전과후에튜브가시약판에단단히장착되어있는지확인하십시오. 튜브가헐거워지면 cbot 매니폴드가손상될수있습니다. } HiSeq X 또는 HiSeq 3000/4000 플로우셀에서클러스터생성을수행하려면항상새로희석된라이브러리 Denaturation 용 NaOH 를준비하십시오. 이단계는 denaturation 프로세스에반드시필요합니다. 작은피펫작업오류를방지하기위해최소한 1ml 이상의깨끗하게희석된 0.1N NaOH 를준비하십시오. 16 문서번호 v02 KOR

23 HiSeq X 플로우셀 HiSeq X 패턴화된플로우셀을준비한후클러스터링시약을준비합니다. 클러스터링시약을준비하려면 cbot 시약판을해동하고 ExAmp 마스터믹스를준비합니다. 10 팩키트를사용할경우플로우셀 4 개를준비하고 cbot 시약판 4 개를해동합니다. cbot 기기 4 대를사용할수있는지확인합니다. 준비후에는시약을보관할수없습니다. 참고이안내서에설명된시약준비지침은 Illumina SeqLab 에사용되는자동화된작업흐름에는적용되지않습니다. Illumina SeqLab 작업흐름지침은 support.illumina.com/custom-protocolselector.html 을참조하시기바랍니다. HiSeq X 플로우셀 플로우셀준비 시약정보 } ExAmp 시약, 특히 EPX2 및 EPX3 는점성이있습니다. 정확한피펫작업을위해시약을천천히흡입하고공급합니다. } EPX3 는뒤집어도점성때문에흐르지않습니다. } ExAmp 시약을교반하지말고해동후에재냉동하지마십시오. } ExAmp 마스터믹스가탁해질수있으며, 이는정상입니다. 용액이탁한부분과투명한부분으로분리될경우천천히피펫작업을수행하여섞습니다. 1 2 ~8 의보관소에서새플로우셀패키지를꺼냅니다. 2 플로우셀패키지를실온에서최소한 30 분간따로둡니다. 참고알루미늄포장지를그대로둘경우플로우셀은최대 12 시간동안실온상태에서유지됩니다. 포장된플로우셀을 2 ~8 보관소에다시넣어두면나중에한번만더사용할수있습니다. 플로우셀을반복적으로얼렸다녹이지마십시오. 3 새비분말성 (powder-free) 장갑을착용합니다. 4 각진포장지의끝에서부터알루미늄포장지를벗겨서개봉합니다. 알루미늄포장지를벗긴후 4 시간이내에플로우셀을사용합니다. 그림 5 플로우셀포장열기 5 알루미늄포장지에서개폐형포장을꺼냅니다. cbot 2 시스템안내서 17

24 시약준비 그림 6 알루미늄포장지에서꺼내기 6 개폐형포장을열고플로우셀을꺼냅니다. 그림 7 개폐형포장에서플로우셀꺼내기 cbot 시약판해동 7 보풀없는알코올천으로플로우셀을닦습니다. 보풀없는티슈로물기를닦아냅니다. 8 실온에서따로둡니다 ~-15 인보관소에서 cbot 시약판을꺼냅니다. 2 실온의수조넣어약 60 분동안해동합니다. EPX1, EPX2, EPX3, RSB 해동 1 다음시약의튜브를 -25 ~-15 인보관소에서한개씩꺼냅니다. } 단일팩키트 - EPX1, EPX2, EPX3, RSB. 각튜브에는 1 개의플로우셀에충분한시약이들어있습니다. } 10 팩키트 - EPX1M, EPX2M, EPX3M, RSB. 각튜브에는 4 개의플로우셀에충분한시약이들어있습니다. 2 실온에서 10 분동안해동합니다. 3 얼음위에따로둡니다. 18 문서번호 v02 KOR

25 새 NaOH 희석액준비 1 미량원심분리기튜브에다음과같은양을혼합합니다. } 일반실험실용순수 (900µl) } 조제한용액 1N NaOH(100µl) 이러한용량으로 1ml 의 0.1N NaOH 가만들어집니다. 2 뒤집어서혼합합니다. 라이브러리 Denaturation 및 PhiX 컨트롤 ( 선택사항 ) 첨가 라이브러리장착농도는시퀀싱할라이브러리에따라다릅니다. 다음지침은전체 TruSeq Nano DNA (350bp) 또는 TruSeq DNA PCR 미사용 (350bp) 라이브러리에적용됩니다. 해당라이브러리유형에적합한농도로희석합니다. } DNA 장착농도가너무높으면 %PF 가감소합니다. } DNA 장착농도가너무낮으면 %PF 가감소되며, 중복률이높아져시퀀싱범위에부정적인영향을미칩니다. 시퀀싱할각플로우셀에다음지침을반복합니다. 1 라이브러리또는풀라이브러리를다음과같이적합한농도로희석합니다. } TruSeq Nano DNA 라이브러리 - RSB 에서 2~3nM 로희석합니다. } TruSeq DNA PCR 미사용라이브러리 - RSB 에서 1~2nM 로희석합니다. 2 [ 선택사항 ] 1% 의 Denaturation 되지않은 Illumina PhiX 컨트롤을 Denaturation 되지않은라이브러리에주입합니다. } TruSeq Nano DNA 라이브러리 - 0.5µl 2~3nM PhiX 를 50µl 2~3nM 라이브러리에첨가합니다. } TruSeq DNA PCR 미사용라이브러리 - 0.5µl 1~2nM PhiX 를 50µl 1~2nM 라이브러리에첨가합니다. 3 8 튜브스트립의튜브수 : } 샘플추적기능을사용하는클러스터링 키끝에서시작해 8 번튜브부터 1 번튜브까지라벨을붙입니다. HiSeq X 플로우셀 } 샘플추적기능을사용하지않는클러스터링 1 번튜브부터 8 번튜브까지라벨을붙입니다. 플로우셀 4 개를준비할경우올바르게추적할수있도록 8 튜브스트립에또다른지정자를추가합니다. 4 다음과같이 8 튜브스트립에서라이브러리를 Denaturation 합니다. a 5μl 의 Denaturation 되지않은라이브러리를각웰의바닥에첨가합니다. b 깨끗하게희석된 0.1N NaOH 5µl 를첨가합니다. 천천히피펫작업을수행하여섞습니다. c 실온에서 8 분동안배양합니다. d 5μl 의 200mM Tris-HCl ph 8.0 을첨가합니다. 5 ExAmp 마스터믹스를첨가할준비가될때까지얼음위에따로둡니다. 주의 30 분이내에 ExAmp 마스터믹스를준비해서첨가하십시오. cbot 2 시스템안내서 19

26 시약준비 cbot 시약판준비 1 뒤집어서혼합합니다. 2 교반하여갇힌공기방울을제거합니다. 3 단단한표면을두드려시약물방울을수집합니다. 또는펄스원심분리기에돌립니다. 4 얼음위에따로둡니다. ExAmp 반응준비 사용하기직전에 ExAmp 반응마스터믹스를준비합니다. 준비중인플로우셀에해당하는지침을따르십시오. 플로우셀 1 개의 ExAmp 반응 ( 단일팩키트 ) 1 EPX1 과 EPX2 를뒤집어서혼합합니다. 2 EPX1, EPX2, EPX3 를짧게원심분리합니다. 3 다음과같이 1.5ml 튜브에 ExAmp 마스터믹스를준비합니다. a 210μl의 EPX1을첨가합니다. b 30μl의 EPX2를첨가합니다. 천천히피펫작업을수행하여섞습니다. c 110μl의 EPX3를첨가합니다. 천천히피펫작업을수행하여섞습니다. 튜브바닥에기포가없는지확인합니다. 4 8 튜브스트립의각웰바닥에마스터믹스 35µl 를첨가합니다. } 천천히피펫작업을수행하여섞습니다. } 샘플을바꿀때마다팁을교체하십시오. 5 짧게원심분리한다음 cbot 을장착할준비가될때까지얼음위에따로둡니다. 주의 15 분이내에 8 튜브스트립을 cbot 에장착합니다. 플로우셀 4 개의 ExAmp 반응 (10 팩키트 ) 1 EPX1M 과 EPX2M 을뒤집어서혼합합니다. 2 PX1M, EPX2M, EPX3M 을짧게원심분리합니다. 3 다음과같이 1.5ml 튜브에 ExAmp 마스터믹스를준비합니다. a 756μl 의 EPX1M을첨가합니다. b 108μl의 EPX2M을첨가합니다. 천천히피펫작업을수행하여섞습니다. c 396μl 의 EPX3M을첨가합니다. 천천히피펫작업을수행하여섞습니다. 튜브바닥에기포가없는지확인합니다. 4 8 튜브스트립의각웰의바닥에마스터믹스 35µl 를첨가합니다. } 천천히피펫작업을수행하여섞습니다. } 샘플을바꿀때마다팁을교체하십시오. 5 8 튜브스트립을짧게원심분리한다음 cbot 을장착할준비가될때까지얼음위에따로둡니다. 주의 15 분이내에 ExAmp 마스터믹스와라이브러리용액을 cbot 에장착하십시오. 20 문서번호 v02 KOR

27 HiSeq 3000/4000 플로우셀 플로우셀준비 HiSeq 3000/4000 패턴화된플로우셀을준비한후클러스터링시약을준비합니다. 클러스터링시약을준비하려면 cbot 시약판을해동하고 ExAmp 반응마스터믹스를준비합니다. 시약정보 } ExAmp 시약, 특히 EPX2 및 EPX3 는점성이있습니다. 정확한피펫작업을위해시약을천천히흡입하고공급합니다. } EPX3 는뒤집어도점성때문에흐르지않습니다. } ExAmp 시약을교반하지말고해동후에재냉동하지마십시오. } ExAmp 마스터믹스가탁해질수있으며, 이는정상입니다. 용액이탁한부분과투명한부분으로분리될경우천천히피펫작업을수행하여섞습니다. 1 2 ~8 의보관소에서새플로우셀패키지를꺼냅니다. 2 플로우셀패키지를실온에서최소한 30 분간따로둡니다. 참고알루미늄포장지를그대로둘경우플로우셀은최대 12 시간동안실온상태에서유지됩니다. 포장된플로우셀을 2 ~8 보관소에다시넣어두면나중에한번만더사용할수있습니다. 플로우셀을반복적으로얼렸다녹이지마십시오. 3 새비분말성 (powder-free) 장갑을착용합니다. 4 각진포장지의끝에서부터알루미늄포장지를벗겨서개봉합니다. 알루미늄포장지를벗긴후 4 시간이내에플로우셀을사용합니다. HiSeq 3000/4000 플로우셀 그림 8 플로우셀포장열기 5 알루미늄포장지에서개폐형포장을꺼냅니다. cbot 2 시스템안내서 21

28 시약준비 그림 9 알루미늄포장지에서꺼내기 6 개폐형포장을열고플로우셀을꺼냅니다. 그림 10 개폐형포장에서플로우셀꺼내기 cbot 시약판해동 7 보풀없는알코올천으로플로우셀을닦습니다. 보풀없는티슈로물기를닦아냅니다. 8 실온에서따로둡니다 ~-15 인보관소에서 cbot 시약판을꺼냅니다. 2 실온의수조에넣어 60 분동안해동합니다. EPX1, EPX2, EPX3, RSB 해동 1 EPX1, EPX2, EPX3, RSB 를 -25 ~-15 인보관소에서꺼냅니다. 2 실온에서 10 분동안해동합니다. 3 얼음위에따로둡니다. 새 NaOH 희석액준비 1 미량원심분리기튜브에다음과같은양을혼합합니다. } 일반실험실용순수 (900µl) } 조제한용액 1N NaOH(100µl) 이러한용량으로 1ml 의 0.1N NaOH 가만들어집니다. 2 뒤집어서혼합합니다. 22 문서번호 v02 KOR

29 라이브러리 Denaturation 및 PhiX 컨트롤 ( 선택사항 ) 첨가 라이브러리장착농도는시퀀싱할라이브러리에따라다릅니다. 다음지침은지원되는 Illumina 라이브러리에적용되며관련라이브러리유형에대한일반적인삽입크기를가정합니다. 해당라이브러리유형에적합한농도로희석합니다. } DNA 장착농도가너무높으면 %PF 가감소합니다. } DNA 장착농도가너무낮으면 %PF 가감소되며, 중복률이높아져시퀀싱범위에부정적인영향을미칩니다. 1 라이브러리또는풀라이브러리를적합한농도로희석합니다. 라이브러리유형희석 TruSeq DNA PCR 미사용 RSB에서 1~2nM로희석합니다. TruSeq Nano DNA RSB에서 2~3nM로희석합니다. Nextera 고속캡처엑솜 TruSeq Stranded Total RNA TruSeq Stranded mrna 2 [ 선택사항 ] 1% 의 Denaturation 되지않은 Illumina PhiX 컨트롤을 Denaturation 되지않은라이브러리에주입합니다. HiSeq 3000/4000 플로우셀 라이브러리유형 TruSeq DNA PCR 미사용 TruSeq Nano DNA Nextera 고속캡처엑솜 TruSeq Stranded Total RNA TruSeq Stranded mrna 주입 5µl 100~200pM PhiX를 45µl 1~2nM 라이브러리에첨가합니다. 5µl 200~300pM PhiX를 45µl 2~3nM 라이브러리에첨가합니다. 3 8 튜브스트립의튜브수 : } 샘플추적기능을사용하는클러스터링 키끝에서시작해 8 번튜브부터 1 번튜브까지라벨을붙입니다. } 샘플추적기능을사용하지않는클러스터링 1 번튜브부터 8 번튜브까지라벨을붙입니다. 4 다음과같이 8 튜브스트립에서라이브러리를 Denaturation 합니다. a 5μl 의 Denaturation 되지않은라이브러리를각웰의바닥에첨가합니다. b 깨끗하게희석된 0.1N NaOH 5µl 를첨가합니다. 천천히피펫작업을수행하여섞습니다. c 실온에서 8 분동안배양합니다. d 5μl 의 200mM Tris-HCl ph 8.0 을첨가합니다. 5 ExAmp 마스터믹스를첨가할준비가될때까지얼음위에따로둡니다. 주의 30 분이내에 ExAmp 마스터믹스를준비해서첨가하십시오. cbot 2 시스템안내서 23

30 시약준비 cbot 시약판준비 1 뒤집어서혼합합니다. 2 교반하여갇힌공기방울을제거합니다. 3 단단한표면을두드려시약물방울을수집합니다. 또는펄스원심분리기에돌립니다. 4 얼음위에따로둡니다. ExAmp 반응준비 사용하기직전에 ExAmp 반응마스터믹스를준비합니다. 1 EPX1 과 EPX2 를뒤집어서혼합합니다. 2 EPX1, EPX2, EPX3 를짧게원심분리합니다. 3 다음과같이 1.5ml 튜브에 ExAmp 마스터믹스를준비합니다. a 210μl의 EPX1을첨가합니다. b 30μl의 EPX2를첨가합니다. 천천히피펫작업을수행하여섞습니다. c 110μl의 EPX3를첨가합니다. 천천히피펫작업을수행하여섞습니다. 튜브바닥에기포가없는지확인합니다. 4 8 튜브스트립의각웰바닥에마스터믹스 35µl 를첨가합니다. } 천천히피펫작업을수행하여섞습니다. } 샘플을바꿀때마다팁을교체하십시오. 5 튜브캡을덮고짧게원심분리합니다. 6 cbot 을장착할준비가될때까지얼음위에따로둡니다. 주의 15 분이내에 8 튜브스트립을 cbot 에장착합니다. 24 문서번호 v02 KOR

31 HiSeq 높은아웃풋플로우셀 cbot 시약판해동 cbot 시약판준비 시약을준비하려면시약판을해동한후검사합니다. 실온의수조에서시약판을녹이려면약 60 분이걸립니다. 또는 2 ~8 에서하룻밤동안 (16 시간을넘지않도록함 ) 시약을해동해도됩니다. 시약정보 } cbot 시약판을교반하거나뒤집을때는튜브위쪽에손을계속놓아두십시오 ~-15 인보관소에서 cbot 시약판을꺼냅니다. 2 튜브스트립이판에단단히장착되었는지확인합니다. 3 실온의수조에넣어 60 분동안해동합니다. 1 cbot 판을뒤집어서시약을혼합합니다. 2 교반하여갇힌공기방울을제거합니다. 3 단단한표면을두드려튜브바닥에서시약물방울을수집합니다. 또는펄스원심분리기에돌립니다. 4 튜브에공기방울이없고, 튜브가번호순으로단단히장착되었는지확인합니다. 5 즉시 cbot 설정을진행합니다. 6 TruSeq v3 플로우셀에서 Nextera 라이브러리를시퀀싱할경우 cbot 을설정하기전에 HP10 (TruSeq v3) 준비를진행합니다. HiSeq 높은아웃풋플로우셀 HP10(TruSeq v3) 준비 TruSeq v3 플로우셀에서 Nextera 라이브러리를사용할경우에만 cbot 에서사용할 HP10 을준비합니다. HP10 은다른 Illumina 라이브러리유형과도호환됩니다 ~-15 보관소에서 HP10 을꺼냅니다. 2 실온의탈이온수가채워진비커에서 20 분동안해동합니다. 3 8 튜브스트립의각튜브에 150µl HP10 을첨가합니다. 4 얼음위에따로둡니다. 5 즉시 cbot 설정을진행합니다. cbot 2 시스템안내서 25

32 시약준비 HiSeq Rapid 플로우셀 시약을준비하려면시약판을해동한후검사합니다. 실온의수조에서시약판을녹이려면약 30 분이걸립니다. 또는 2 ~8 에서하룻밤동안 (16 시간을넘지않도록함 ) 시약을해동해도됩니다. 시약정보 } cbot 시약판을교반하거나뒤집을때는튜브위쪽에손을계속놓아두십시오. cbot 시약판해동 cbot 시약판준비 1-25 ~-15 인보관소에서 cbot 시약판을꺼냅니다. 2 튜브스트립이판에단단히장착되었는지확인합니다. 3 실온의수조에넣어 60 분동안해동합니다. 1 cbot 시약판을뒤집어서시약을혼합합니다. 2 교반하여갇힌공기방울을제거합니다. 3 단단한표면을두드려튜브바닥에서시약물방울을수집합니다. 또는펄스원심분리기에돌립니다. 4 검사하여튜브에공기방울이없고, 튜브가라벨에표시된번호순으로단단히장착되었는지확인합니다. 5 즉시 cbot 설정을진행합니다. 26 문서번호 v02 KOR

33 4 장샘플추적기능을사용하는클러스터링샘플추적기능을사용하는클러스터링 4 장 소개 28 샘플추적기능을사용하는클러스터링작업흐름 29 실행전세척수행 30 소모품장착 31 매니폴드장착 33 프로토콜선택 35 소모품스캔 36 실행전검사수행 37 실행모니터링 38 실행컴포넌트분리 39 실행후세척수행 41 시약공급확인 ( 선택사항 ) 42 cbot 2 시스템안내서 27

34 샘플추적기능을사용하는클러스터링 소개 라이브러리준비 모든 HiSeq 플로우셀에대해샘플추적기능을사용하는클러스터링을수행할수있습니다. 시퀀싱하기위한라이브러리준비와시약준비과정을제외한모든클러스터링단계는 cbot 에서수행됩니다. HiSeq Rapid v2 플로우셀의클러스터링단계는템플레이트혼성화와첫번째확장으로만구성됩니다. 나머지단계는 HiSeq 에서수행됩니다. 샘플추적기능을사용하는클러스터생성을위한 cbot 설정에는실행컴포넌트를장착하고, 프로토콜을선택하고, 소모품을스캔하는단계가포함됩니다. 내부스캐너는소모품이장착되고기기뚜껑이닫힌후시약 ID, 플로우셀 ID 와같은필수입력을기록합니다. 필요한경우수동입력과시스템입력이화면에표시됩니다. 샘플추적을위한 cbot 구성에대한정보는 cbot 시스템구성안내서 ( 문서번호 ) 를참조하시기바랍니다. 클러스터생성을위해 cbot 을설정하기전에시퀀싱용라이브러리를준비합니다. 이프로세스는라이브러리유형과플로우셀유형에따라달라집니다. } TruSeq 플로우셀및 HiSeq 플로우셀의대부분의라이브러리에는 denaturation 및희석단계가필요합니다. 자세한내용은 HiSeq, GAIIx 시스템 Denaturation 및희석라이브러리안내서 ( 문서번호 ) 를참조하시기바랍니다. } Denaturation 프로토콜은 HiSeq X 및 HiSeq 3000/4000 패턴화된플로우셀의경우다릅니다. 플로우셀유형에대한시약준비지침에설명된대로이러한플로우셀유형에만사용할수있도록라이브러리를 Denaturation 합니다. 자세한내용은 15 페이지의시약준비를참조하시기바랍니다. 28 문서번호 v02 KOR

35 샘플추적기능을사용하는클러스터링작업흐름 시약판과플로우셀을준비합니다. 15 페이지의시약준비를참조하시기바랍니다. 시퀀싱용라이브러리를준비하고바코드라벨이붙은 8 튜브스트립에라이브러리를장착합니다. 실행전세척을수행합니다. 소모품과 cbot 매니폴드를장착하고기기뚜껑을닫습니다. 프로토콜을선택하고소모품을스캔합니다. Pre-Run Check( 실행전검사 ) 를선택해자동실행전검사를시작합니다. Start( 시작 ) 를선택합니다. Run Status( 실행상태 ) 화면에서실행진행상황을모니터링합니다. 샘플추적기능을사용하는클러스터링작업흐름 [ 선택사항 ] 실행컴포넌트를분리하고시약공급을확인합니다. 실행후세척을수행합니다. cbot 2 시스템안내서 29

36 샘플추적기능을사용하는클러스터링 실행전세척수행 cbot 에서클러스터링을수행하기전에세척을수행하는것이좋습니다. 1 User Name( 사용자이름 ) 을선택합니다. 2 화상키보드를사용하여이름을입력한후 Enter 를선택합니다. 3 Start( 시작 ) 를선택합니다. 4 Wash( 세척 ) 화면에서 Manifold removed( 매니폴드제거됨 ) 체크박스가선택되어있지않으면매니폴드를제거합니다. 5 뚜껑상단의컷아웃에서기기뚜껑을들어올립니다. 6 세척함에탈이온수약 12ml 를채웁니다. 7 기기뚜껑을닫습니다. 8 Reservoir filled with water( 세척함에물이차있음 ) 체크박스를선택합니다. 9 Wash( 세척 ) 를선택합니다. 10 세척이완료되면보풀이적게이는티슈로세척함에남아있는물기를완전히제거합니다. 그림 11 세척함을건조시킵니다. 11 Wash reservoir dry( 세척함건조 ) 체크박스를선택합니다. 12 Next( 다음 ) 를선택합니다. 30 문서번호 v02 KOR

37 소모품장착 시약판장착 Load Consumables( 소모품장착 ) 화면에서다음지침에따라준비된라이브러리가포함되어있으며바코드라벨이붙은 8 튜브스트립과 cbot 시약판, 플로우셀을장착할수있습니다. 선택한프로토콜에따라추가프라이머의 8 튜브스트립을장착하라는메시지가표시됩니다. 1 cbot 시약판에서투명플라스틱뚜껑을제거합니다. 2 시약판에 8 튜브스트립이들어있는경우튜브를조심스럽게눌러판에단단히장착합니다. 3 기기뚜껑을들어올립니다. 4 [TruSeq v3(hs) 시약판 ] 다음과같이빨간색알루미늄포장지를제거합니다. 소모품장착 a 튜브스트립의각끝을 10 행에놓고 8 튜브스트립에서빨간색알루미늄포장지를제거합니다. 알루미늄포장지를적절한방법으로폐기합니다. b 포장지가제거되었음을나타내는체크박스를선택합니다. 5 시약판레버를몸쪽으로당겨서바코드라벨이기기뒤쪽을향하도록하여시약판을시약대에놓습니다. 그림 12 시약판배치 플로우셀장착 6 레버를풀어서시약판을고정합니다. 1 플로우셀클램프를들어올립니다. 2 소량의탈이온수로 Thermal 대의맞춤판을세척합니다. 보풀없는티슈로물기를닦아냅니다. 액체가기기내부로들어가지않도록주의하십시오. 3 다음과같이보관소에서플로우셀을꺼냅니다. } HiSeq X 및 HiSeq 3000/4000 을제외한모든플로우셀 - 플라스틱핀셋을사용하여보관소튜브에서플로우셀을제거합니다. 탈이온수로세척한다음, 렌즈클린징티슈를사용하여쓸듯이닦는동작으로닦아줍니다. 나중에보관소에사용할튜브와완충제를남겨둡니다. } HiSeq X 및 HiSeq 3000/4000 플로우셀 - 패턴화된플로우셀은플로우셀이준비되는즉시사용할수있습니다. 4 플로우셀포트구멍이위를향하게 Thermal 대에플로우셀을놓습니다. 레인 1 이요철모서리가있는오른쪽에위치합니다. cbot 2 시스템안내서 31

38 샘플추적기능을사용하는클러스터링 템플레이트장착 프라이머장착 1 라이브러리가들어있는 8 튜브스트립을튜브스트립홀더의템플레이트행에장착합니다. 단단히장착되었는지확인합니다. 2 다음과같이진행합니다. } 사용하려는프라이머가더있을경우프라이머장착을진행합니다. } 사용하려는프라이머가더없을경우 Consumables Loaded( 소모품장착 ) 체크박스를선택하고 33 페이지의매니폴드장착을진행합니다. 사용자지정프라이머를사용할수있는작업흐름또는추가프라이머가필요한작업흐름의 Load Primers( 프라이머장착 ) 화면이표시됩니다. TruSeq v3 플로우셀에서 Nextera 라이브러리를시퀀싱하려면 HP10 이들어있는 8 튜브스트립을장착해야합니다. 1 프라이머가들어있는 8 튜브스트립을튜브스트립홀더의프라이머행에장착합니다. 플로우셀의레인방향에맞춰오른쪽에서왼쪽으로튜브번호가매겨집니다. HiSeq X, HiSeq 3000/4000, HiSeq v4 및 TruSeq v3(hiseq) 2 Consumables Loaded( 소모품장착 ) 체크박스를선택합니다. 3 Next( 다음 ) 를선택합니다. 32 문서번호 v02 KOR

39 매니폴드장착 Manifold( 매니폴드 ) 화면에서플로우셀과같은클러스터키트의매니폴드를장착하십시오. 1 Sipper 빗의 Sipper 가손상되지않았는지검사합니다. 검은색고무개스킷이고르게장착되었는지확인합니다. 2 Sipper 빗이 cbot 전면을향한상태로매니폴드를플로우셀위에배치합니다. 3 매니폴드를 thermal 대의가이드핀과나란히맞추고매니폴드를플로우셀위에놓습니다. 고르게장착하여완전히밀봉합니다. 4 Manifold seated over flow cell( 플로우셀위에놓인매니폴드 ) 체크박스를선택합니다. 5 플로우셀클램프를닫아서매니폴드를고정합니다. 매니폴드장착 그림 13 플로우셀클램프닫기 6 Flow cell clamp closed( 플로우셀클램프닫힘 ) 체크박스를선택합니다. 7 매니폴드의배출구끝부분을세척함의배출구포트에연결합니다. 배출구가평평하게장착되었는지확인합니다. 그림 14 배출구끝부분고정 A B 배출구포트출력클램프 8 찰칵소리가나게배출구클램프를닫아서매니폴드배출구끝부분을고정합니다. 9 Outlet clamp closed( 배출구클램프닫힘 ) 체크박스를선택합니다. 10 Sipper 빗을 thermal 대전면의 2 개금속가이드핀과나란히맞춥니다. cbot 2 시스템안내서 33

40 샘플추적기능을사용하는클러스터링 그림 15 A B Sipper 빗고정 금속가이드핀플라스틱탭 11 빗측면의플라스틱탭을사용하여 Sipper 빗을제위치에고정합니다. 12 Sipper 가시약판과직선및수직을이루고 Sipper comb in place(sipper 빗이제위치에고정됨 ) 체크박스가선택되어있는지확인합니다. 13 기기뚜껑을닫고 Next( 다음 ) 를선택합니다. 참고소프트웨어에서메시지가표시되는경우외에는뚜껑을다시열지마십시오. 뚜껑이열려있으면실행전검사시각소모품을다시스캔하고검증해야합니다. 실행전검사도중실행을취소하면검증이실패합니다. 34 문서번호 v02 KOR

41 프로토콜선택 1 Experiment Name( 실험명 ) 을선택합니다. 2 화상키보드를사용하여실험명을입력한후 Enter 를선택합니다. 3 프로토콜목록에서실험에적합한레시피를선택합니다. 스크롤하여사용가능한모든프로토콜을확인합니다. 4 Next( 다음 ) 를선택합니다. 프로토콜선택 cbot 2 시스템안내서 35

42 샘플추적기능을사용하는클러스터링 소모품스캔 스캐닝오류 내부바코드스캐너로모든소모품 ID 를스캔하고기록할수있습니다. 소프트웨어가 Reagents( 시약 ) 화면에서시작해연속되는화면을통해각스캔을안내합니다. 스캔에성공하면해당소모품 ID 가화면에나타납니다. 1 다음각화면에서 Scan( 스캔 ) 을선택한후 Next( 다음 ) 를선택합니다. } Reagents( 시약 ) - 시약키트 ID 를기록합니다. } Flow Cell( 플로우셀 ) - 플로우셀 ID 를기록합니다. } Tube Strips( 튜브스트립 ) - 라이브러리템플레이트 ID 를기록합니다. 2 사용자지정프라이머또는추가프라이머를사용중인경우다음과같이프라이머이름을기록합니다. a Primers( 프라이머 ) 화면에서 Enter Primer Name( 프라이머이름입력 ) 을선택합니다. b 화상키보드를사용하여프라이머이름을입력한후 Enter 를선택합니다. 3 Pre Check( 사전검사 ) 를선택합니다. 스캔이실패할경우다음단계를수행합니다. 1 기기뚜껑을열고오류가표시된소모품을제거합니다. 2 보풀없는클린징티슈로바코드를닦습니다. 3 소모품을다시장착하고뚜껑을닫습니다. 4 Scan( 스캔 ) 을선택하여스캔을반복합니다. 5 스캔에 2 번더실패하면 6~8 단계를진행합니다. 그렇지않으면실행설정을진행합니다. 6 기기뚜껑을열고소모품을제거합니다. 7 Scan( 스캔 ) 을선택하여외부바코드스캐너를활성화한후소모품바코드를스캔합니다. 또는키보드아이콘을선택하고 ID 를입력한후 Enter 를선택합니다. 삐소리가나면스캔이성공했다는뜻이며화면에해당 ID 가나타납니다. 참고양성샘플추적은소모품이내부에서스캔되는경우에만발생합니다. 외부바코드스캐너또는화상키보드를사용하여소모품 ID 를기록하면해당소모품에대해샘플추적이중지됩니다. 8 소모품을다시장착한후뚜껑을닫아실행설정을진행합니다. 36 문서번호 v02 KOR

43 실행전검사수행 실행전검사에서는기기센서를읽어서실행컴포넌트가올바르게설치되었는지확인한후방울센서로플로우검사를수행하여튜브속의공기를감지합니다. Manifold( 매니폴드 ) 화면이표시된후에뚜껑을열면실행전검사가소모품을다시스캔하고소모품 ID 가초기스캔과일치하는지도확인합니다. 실행전검사는약 3 분이걸립니다. 1 실행전검사가완료되면 Start( 시작 ) 를선택합니다. Run Status( 실행상태 ) 화면이열리고실행이시작됩니다. 실행컴포넌트오류 실행컴포넌트와관련된오류로인해또는뚜껑이열려있어실행전검사에실패하면다음단계를수행합니다. 1 오류가표시된모든실행컴포넌트를검사하여컴포넌트가있고올바르게장착되었는지확인합니다. 2 Rerun Check( 검사재실행 ) 를선택하여검사를반복합니다. 3 검사에계속실패할경우 Cancel Run( 실행취소 ) 을선택하여실행을종료하고새실행을설정합니다. 실행전검사수행 플로우검사실패 플로우셀이잘못장착되었거나매니폴드에결함이있거나라인이막힌경우플로우셀검사가실패할수있습니다. 플로우검사를건너뛰기전에 69 페이지의플로우검사실패문제해결을참조하시기바랍니다. cbot 2 시스템안내서 37

44 샘플추적기능을사용하는클러스터링 실행모니터링 1 진행중인실행은 Run Status( 실행상태 ) 화면을통해모니터링합니다. Run Status( 실행상태 ) 화면에는실행상태와다음세부정보가제공됩니다. } 시작날짜및시간, 종료날짜및시간, 남은시간 } 클러스터생성프로토콜단계와각단계의상태표시줄 } 현재사용되는시약 } 현재온도 ( ) } 현재단계의명령상태 그림 16 실행상태화면 2 실행이완료될때까지다음과같이기다립니다. } HiSeq v4, HiSeq 3000/4000 PE 또는 HiSeq X - 약 3 시간동안기다립니다. } HiSeq 3000/4000 SR - 약 4 시간동안기다립니다. } HiSeq Rapid v2 - 약 1 시간동안기다립니다. } TruSeq v3 - 약 5 시간동안기다립니다. 3 실행이완료되면하룻밤동안기기에플로우셀을그대로두어도됩니다. 그렇지않은경우실행컴포넌트분리를진행합니다. cbot 2 는플로우셀을 20 로유지합니다. 실행데이터보고서 실행데이터보고서는진행중인실행에대한요약정보를제공합니다. 표시되는정보는다음과같습니다. } 프로토콜이름 } 플로우셀 ID } 시약 ID } 템플레이트이름 } 시작시간및완료시간 실행이끝나면실행데이터보고서가자동으로열려실행이완료되었음을알립니다. 1 실행중에보고서를보려면 Menu( 메뉴 ) Run Data( 실행데이터 ) 를선택합니다. 38 문서번호 v02 KOR

45 실행컴포넌트분리 1 실행이완료되면 Unload( 분리 ) 를선택하여계속진행합니다. 그림 17 실행완료, 컴포넌트분리 실행컴포넌트분리 2 기기뚜껑을들어올립니다. 3 매니폴드의배출구끝부분을고정하는배출구클램프를해제합니다. 4 세척함의배출구포트에서매니폴드의배출구끝부분을분리합니다. 5 Sipper 빗측면의플라스틱탭을이용하여금속가이드핀에서 Sipper 빗을제거합니다. 6 플로우셀클램프를해제합니다. 7 매니폴드를제거합니다. 플로우셀이 Thermal 대에남아있는지확인합니다. 8 Thermal 대에서플로우셀을들어올립니다. 9 플로우셀을적절히보관합니다. } TruSeq v2, TruSeq v3 및 HiSeq v4 플로우셀 - 2 ~8 에서플로우셀튜브의보관완충제에넣어서보관합니다. 플로우셀은프라이머혼성화후플로우셀튜브에넣어적절하게보관할경우최대 10 일동안안정적인상태를유지합니다. } HiSeq Rapid v2 플로우셀 - 라이브러리를장착한날과같은날에시퀀싱실행을수행합니다. } HiSeq X 및 HiSeq 3000/4000 플로우셀 - 2 ~8 에서최대 48 시간동안보관완충제에넣어보관합니다. 10 시약판레버를몸쪽으로당겨서시약판을해제합니다. 시약대에서시약판을제거합니다. 경고이시약에는생식계에영향을미칠수있는독성지방족아마이드인포름아마이드가들어있습니다. 흡입, 섭취하거나피부또는눈에접촉할경우인체에상해를입을수있습니다. 보안경, 장갑, 실험실가운등의보호장비를착용하십시오. 사용한시약은화학폐기물로취급하고현지정부안전표준에따라폐기하시기바랍니다. 환경, 보건건강, 및안전정보는 support.illumina.com/sds.html 에서본키트에관한 SDS 를참조하십시오. cbot 2 시스템안내서 39

46 샘플추적기능을사용하는클러스터링 11 라이브러리가들어있는 8 튜브스트립을제거합니다. 12 추가프라이머가들어있는 8 튜브스트립을제거합니다 ( 해당되는경우 ). 13 시약, 템플레이트, 프라이머를분리했음을나타내는체크박스를선택합니다. 14 다음중에서세척옵션을선택합니다. } Wash( 세척 ) 를선택하여실행후세척을진행합니다. } 해당옵션을사용할수있는경우 Exit( 종료 ) 를선택하여실행후세척을건너뜁니다. 40 문서번호 v02 KOR

47 실행후세척수행 1 탈이온수로 thermal 대의판을세척하여염분을완전히제거합니다. 보풀없는클린징티슈로닦습니다. 2 세척함에탈이온수약 12ml 를채우고기기뚜껑을닫습니다. 3 물이있음을나타내는체크박스를선택한후 Wash( 세척 ) 를선택합니다. 4 세척이완료되면세척함에남아있는물기를완전히제거합니다. 섬유가구멍에들어갈수있으니배출구포트는닦지마십시오. 5 세척함이건조되었음을나타내는체크박스를선택한후 Exit( 종료 ) 를선택합니다. Start( 시작 ) 화면이열리고 cbot 2 를사용해또다른실행을수행할수있습니다. 실행후세척수행 cbot 2 시스템안내서 41

48 샘플추적기능을사용하는클러스터링 시약공급확인 ( 선택사항 ) HiSeq X 및 HiSeq 3000/4000 을제외한키트에서제공되는시약판에서각각의시약공급을확인할수있습니다. 1 알루미늄포장지에싸인각튜브스트립상단을검사하여구멍이뚫려있는지확인합니다. 2 다음과같이시약판바닥에서각튜브스트립을풀어줍니다. a 손가락끝으로시약판바닥을꼭쥡니다. b 튜브스트립가운데튜브를위쪽으로지그시누릅니다. 3 각튜브에비슷한양이남아있는지검사합니다. 약간차이가있는것은정상입니다. 그림 18 성공적인시약공급의예 (8 레인플로우셀 ) 그림 19 성공적인시약공급의예 (2 레인플로우셀 ) 4 시약이제대로공급되지않고시약튜브의알루미늄포장지에구멍이뚫려있으면 Illumina 기술지원부서에문의하십시오. 5 라이브러리템플레이트가들어있는 8 튜브스트립을검사합니다. 6 실행에추가프라이머를사용한경우프라이머가들어있는 8 튜브스트립을검사합니다. 42 문서번호 v02 KOR

49 5 장샘플추적기능을사용하지않는클러스터링샘플추적기능을사용하지않는클러스터링 5 장 소개 44 샘플추적기능을사용하지않는클러스터링작업흐름 45 실행전세척수행 46 프로토콜선택 47 소모품장착 48 실행전검사수행 52 실행모니터링 53 실행컴포넌트분리 54 실행후세척수행 56 시약공급확인 ( 선택사항 ) 57 cbot 2 시스템안내서 43

50 샘플추적기능을사용하지않는클러스터링 소개 라이브러리준비 시퀀싱하기위한라이브러리준비와 cbot 시약판준비과정을제외한모든클러스터링단계는 cbot 에서수행됩니다. Rapid 플로우셀클러스터링단계는템플레이트재혼성화및첫번째확장으로만구성됩니다. 나머지단계는시퀀싱기기에서수행됩니다. 샘플추적기능을사용하지않는클러스터생성을위한 cbot 설정에는프로토콜을선택한다음소모품을장착하는것이포함됩니다. 모든소모품은외부바코드스캐너를사용해스캔되거나수동으로입력됩니다. 클러스터생성을위해 cbot 을설정하기전에시퀀싱용라이브러리를준비합니다. 이프로세스는라이브러리유형과플로우셀유형에따라달라집니다. } TruSeq 플로우셀및 HiSeq 플로우셀의대부분의라이브러리에는 denaturation 및희석단계가필요합니다. 자세한내용은 HiSeq, GAIIx 시스템 Denaturation 및희석라이브러리안내서 ( 문서번호 ) 를참조하시기바랍니다. } Denaturation 프로토콜은 HiSeq X 및 HiSeq 3000/4000 패턴화된플로우셀의경우다릅니다. 플로우셀유형에대한시약준비지침에설명된대로이러한플로우셀유형에만사용할수있도록라이브러리를 Denaturation 합니다. 자세한내용은 15 페이지의시약준비를참조하시기바랍니다. 44 문서번호 v02 KOR

51 샘플추적기능을사용하지않는클러스터링작업흐름 시약판과플로우셀을준비합니다. 15 페이지의시약준비를참조하시기바랍니다. 시퀀싱하기위한라이브러리를준비하고라이브러리를 8 튜브스트립에장착합니다. 실행전세척을수행합니다. 프로토콜을선택하고, 소모품을스캔및장착하고, 준비한라이브러리가들어있는튜브스트립을장착합니다. Pre-Run Check( 실행전검사 ) 를선택해자동실행전검사를시작합니다. Start( 시작 ) 를선택합니다. Run Status( 실행상태 ) 화면에서실행진행상황을모니터링합니다. 실행컴포넌트를분리하고시약공급을확인합니다. 실행후세척을수행합니다. 샘플추적기능을사용하지않는클러스터링작업흐름 cbot 2 시스템안내서 45

52 샘플추적기능을사용하지않는클러스터링 실행전세척수행 cbot 에서클러스터링을수행하기전에세척을수행하는것이좋습니다. 1 User Name( 사용자이름 ) 을선택합니다. 2 화상키보드를사용하여이름을입력한후 Enter 를선택합니다. 3 Start( 시작 ) 를선택합니다. 4 Wash( 세척 ) 화면에서 Manifold removed( 매니폴드제거됨 ) 체크박스가선택되어있지않으면매니폴드를제거합니다. 5 뚜껑상단의컷아웃에서기기뚜껑을들어올립니다. 6 세척함에탈이온수약 12ml 를채웁니다. 7 기기뚜껑을닫습니다. 8 Reservoir filled with water( 세척함에물이차있음 ) 체크박스를선택합니다. 9 Wash( 세척 ) 를선택합니다. 10 세척이완료되면보풀이적게이는티슈로세척함에남아있는물기를완전히제거합니다. 그림 20 세척함을건조시킵니다. 11 Wash reservoir dry( 세척함건조 ) 체크박스를선택합니다. 12 Next( 다음 ) 를선택합니다. 46 문서번호 v02 KOR

53 프로토콜선택 1 Experiment Name( 실험명 ) 을선택합니다. 2 화상키보드를사용하여실험명을입력한후 Enter 를선택합니다. 3 프로토콜목록에서실험에적합한레시피를선택합니다. 스크롤하여사용가능한모든프로토콜을확인합니다. 4 Next( 다음 ) 를선택합니다. 프로토콜선택 cbot 2 시스템안내서 47

54 샘플추적기능을사용하지않는클러스터링 소모품장착 시약판장착 소프트웨어가 cbot 시약판, 플로우셀, cbot 매니폴드, 준비된라이브러리가포함된 8 튜브스트립을장착하는단계를안내합니다. 선택한클러스터링프로토콜에따라소프트웨어에서추가프라이머의 8 튜브스트립을장착하라는메시지가표시됩니다. 1 cbot 시약판에서투명플라스틱뚜껑을제거합니다. 2 Scan Reagent ID( 시약 ID 스캔 ) 를선택하여외부바코드스캐너를활성화합니다. 3 뚜껑상단의컷아웃에서기기뚜껑을들어올립니다. 4 [TruSeq v3 및 TruSeq v2 시약 ] 다음과같이빨간색알루미늄포장지를제거합니다. a 튜브스트립의각끝을 10 행에놓고 8 튜브스트립에서빨간색알루미늄포장지를제거합니다. 알루미늄포장지를적절한방법으로폐기합니다. b 포장지가제거되었음을나타내는체크박스를선택합니다. 5 시약판레버를몸쪽으로당겨서시약판을시약대에놓습니다. } HiSeq X 및 HiSeq 3000/4000 을제외한모든시약판 - 1 행이튜브스트립홀더바로뒤에오도록놓습니다. 판의경사진모서리가오른쪽전방모서리에위치합니다. } HiSeq X 및 HiSeq 3000/4000 시약판 - 바코드라벨이기기뒤쪽을향하도록놓습니다. 판의경사진모서리가튜브스트립홀더바로뒤에위치하도록합니다. 그림 21 시약판배치 플로우셀장착 6 레버를풀어서시약판을고정합니다. 7 시약판이장착되었음을나타내는체크박스를선택한후 Next( 다음 ) 를선택합니다. 1 플로우셀클램프를들어올립니다. 2 소량의탈이온수로 Thermal 대의맞춤판을세척합니다. 보풀없는클린징티슈로닦습니다. 3 다음과같이보관소에서플로우셀을꺼냅니다. } HiSeq X 및 HiSeq 3000/4000 을제외한모든플로우셀 - 플라스틱핀셋을사용하여보관소튜브에서플로우셀을제거합니다. 탈이온수로플로우셀을세척한후렌즈클린징티슈로살살닦아줍니다. 나중에보관소에사용할튜브와완충제를남겨둡니다. } HiSeq X 및 HiSeq 3000/4000 플로우셀 - 패턴화된플로우셀은플로우셀이준비되는즉시사용할수있습니다. 4 Scan Flow Cell ID( 플로우셀 ID 스캔 ) 를선택하여외부바코드스캐너를활성화합니다. 48 문서번호 v02 KOR

55 5 플로우셀 ID 를스캔하려면라벨이붙은플로우셀패키지또는튜브를바코드가기기를향하도록하여스캐너트레이에바짝댑니다. 6 플로우셀포트구멍이위를향하게 Thermal 대에플로우셀을놓습니다. } HiSeq 및 HiSeq X 플로우셀 - 레인 1 이요철모서리가있는오른쪽에위치합니다. } GAIIx 플로우셀 - 레인 8 이바코드 ID 가있는오른쪽에위치합니다. 7 플로우셀이장착되었음을나타내는체크박스를선택한후 Next( 다음 ) 를선택합니다. 소모품장착 매니폴드장착 플로우셀과같은클러스터키트의매니폴드를사용하십시오. 1 Sipper 빗의 Sipper 가손상되지않았는지검사합니다. 검은색고무개스킷이고르게장착되었는지확인합니다. 2 Sipper 빗이 cbot 전면을향한상태로매니폴드를플로우셀위에배치합니다. 3 매니폴드를 thermal 대의가이드핀과나란히맞추고매니폴드를플로우셀위에놓습니다. 고르게장착하여완전히밀봉합니다. 4 Manifold seated over flow cell( 플로우셀위에놓인매니폴드 ) 체크박스를선택합니다. 5 플로우셀클램프를닫아서매니폴드를고정합니다. 그림 22 플로우셀클램프닫기 6 Flow cell clamp closed( 플로우셀클램프닫힘 ) 체크박스를선택합니다. 7 매니폴드의배출구끝부분을세척함의배출구포트에연결합니다. 배출구가평평하게장착되었는지확인합니다. 그림 23 배출구끝부분고정 A B 배출구포트출력클램프 8 찰칵소리가나게배출구클램프를닫아서매니폴드배출구끝부분을고정합니다. 9 Outlet clamp closed( 배출구클램프닫힘 ) 체크박스를선택합니다. cbot 2 시스템안내서 49

56 샘플추적기능을사용하지않는클러스터링 10 Sipper 빗을 thermal 대전면의 2 개금속가이드핀과나란히맞춥니다. 그림 24 A B 템플레이트장착 Sipper 빗고정 금속가이드핀플라스틱탭 11 빗측면의플라스틱탭을사용하여 Sipper 빗을제위치에고정합니다. Sipper 가시약판과직선및수직을이루어야합니다. 12 Sipper comb in place(sipper 빗이제위치에고정됨 ) 체크박스를선택한후 Next( 다음 ) 를선택합니다. 1 Enter Template Name( 템플레이트이름입력 ) 을선택합니다. 2 화상키보드를사용하여템플레이트 ID 를입력한후 Enter 를선택합니다. 3 준비한 10~20pM 라이브러리가들어있는 8 튜브스트립을템플레이트행에장착합니다. 4 템플레이트가장착되었음을나타내는체크박스를선택합니다. 5 사용하려는프라이머가더있을경우프라이머장착을진행합니다. 그렇지않으면 cbot 뚜껑을닫고 Next( 다음 ) 를선택해 52 페이지의실행전검사수행을진행합니다. 50 문서번호 v02 KOR

57 프라이머장착 사용자지정프라이머를사용할수있는작업흐름또는추가프라이머가필요한작업흐름의 Load Primers( 프라이머장착 ) 화면이표시됩니다. TruSeq v3 또는 TruSeq v2 플로우셀에서 Nextera 라이브러리를시퀀싱하려면 HP10 이포함된 8 튜브스트립을장착해야합니다. 1 Enter Primer Name( 프라이머이름입력 ) 을선택합니다. 2 화상키보드를사용하여프라이머이름을입력한후 Enter 를선택합니다. 3 프라이머가들어있는 8 튜브스트립을프라이머행에장착합니다. 튜브번호순서가플로우셀의레인방향과일치해야합니다 : } HiSeq 및 HiSeq X 플로우셀 - 오른쪽에서왼쪽으로튜브번호가매겨집니다. } GAIIx 플로우셀 - 왼쪽에서오른쪽으로튜브번호가매겨집니다. 소모품장착 HiSeq X, HiSeq 3000/4000, HiSeq v4 및 TruSeq v3(hiseq) TruSeq v2(gaiix) 4 프라이머가장착되었음을나타내는체크박스를선택합니다. 5 기기뚜껑을닫습니다. 6 Next( 다음 ) 를선택합니다. cbot 2 시스템안내서 51

58 샘플추적기능을사용하지않는클러스터링 실행전검사수행 실행전검사에서는기기센서를읽어서실행컴포넌트가올바르게설치되었는지확인한후방울센서로플로우검사를수행하여튜브속의공기를감지합니다. 실행전검사는약 3 분이걸립니다. 1 실행전검사가완료되면 Start( 시작 ) 를선택합니다. Run Status( 실행상태 ) 화면이열리고실행이시작됩니다. 실행컴포넌트오류 플로우검사실패 실행컴포넌트와관련된오류로인해실행전검사가실패하면다음단계를수행합니다. 1 오류가표시된모든실행컴포넌트를검사하여컴포넌트가있고올바르게장착되었는지확인합니다. 2 Rerun Check( 검사재실행 ) 를선택하여센서검사를반복합니다. 3 검사에계속실패할경우 Cancel Run( 실행취소 ) 을선택하여실행을종료하고새실행을설정합니다. 플로우셀이잘못장착되었거나매니폴드에결함이있거나라인이막힌경우플로우셀검사가실패할수있습니다. 플로우검사를건너뛰기전에 69 페이지의플로우검사실패문제해결을참조하시기바랍니다. 52 문서번호 v02 KOR

59 실행모니터링 1 진행중인실행은 Run Status( 실행상태 ) 화면을통해모니터링합니다. Run Status( 실행상태 ) 화면에는실행상태와다음세부정보가제공됩니다. } 시작날짜및시간, 종료날짜및시간, 남은시간 } 클러스터생성프로토콜단계와각단계의상태표시줄 } 현재사용되는시약 } 현재온도 ( ) } 현재단계의명령상태 실행모니터링 그림 25 실행상태화면 2 실행이완료될때까지다음과같이기다립니다. } HiSeq v4, HiSeq 3000/4000 PE 또는 HiSeq X - 약 3 시간동안기다립니다. } HiSeq 3000/4000 SR - 약 4 시간동안기다립니다. } HiSeq Rapid v2 - 약 1 시간동안기다립니다. } TruSeq v2 또는 TruSeq v3 - 약 5 시간동안기다립니다. 3 실행이완료되면하룻밤동안기기에플로우셀을그대로두어도됩니다. 그렇지않은경우실행컴포넌트분리를진행합니다. 기기는플로우셀을 20 로유지합니다. 실행데이터보고서 실행데이터보고서는진행중인실행에대한요약정보를제공합니다. 표시되는정보는다음과같습니다. } 프로토콜이름 } 플로우셀 ID } 시약 ID } 템플레이트이름 } 시작시간및완료시간 실행이끝나면실행데이터보고서가자동으로열려실행이완료되었음을알립니다. 1 실행중에보고서를보려면 Menu( 메뉴 ) Run Data( 실행데이터 ) 를선택합니다. cbot 2 시스템안내서 53

60 샘플추적기능을사용하지않는클러스터링 실행컴포넌트분리 1 실행이완료되면 Unload( 분리 ) 를선택하여계속진행합니다. 그림 26 실행완료, 컴포넌트분리 2 기기뚜껑을들어올립니다. 3 매니폴드의배출구끝부분을고정하는배출구클램프를해제합니다. 4 세척함의배출구포트에서매니폴드의배출구끝부분을분리합니다. 5 Sipper 빗측면의플라스틱탭을이용하여금속가이드핀에서 Sipper 빗을제거합니다. 6 플로우셀클램프를해제합니다. 7 매니폴드를제거합니다. 플로우셀이 Thermal 대에남아있는지확인합니다. 8 Thermal 대에서플로우셀을들어올립니다. 9 플로우셀을적절히보관합니다. } TruSeq v2, TruSeq v3 및 HiSeq v4 플로우셀 - 2 ~8 에서플로우셀튜브의보관완충제에넣어서보관합니다. 플로우셀은프라이머혼성화후플로우셀튜브에넣어적절하게보관할경우최대 10 일동안안정적인상태를유지합니다. } HiSeq Rapid v2 플로우셀 - 라이브러리를장착한날과같은날에시퀀싱실행을수행합니다. } HiSeq X 및 HiSeq 3000/4000 플로우셀 - 2 ~8 에서최대 48 시간동안보관완충제에넣어보관합니다. 10 시약판레버를몸쪽으로당겨서시약판을해제합니다. 시약대에서시약판을제거합니다. 경고이시약에는생식계에영향을미칠수있는독성지방족아마이드인포름아마이드가들어있습니다. 흡입, 섭취하거나피부또는눈에접촉할경우인체에상해를입을수있습니다. 보안경, 장갑, 실험실가운등의보호장비를착용하십시오. 사용한시약은화학폐기물로취급하고현지정부안전표준에따라폐기하시기바랍니다. 환경, 보건건강, 및안전정보는 support.illumina.com/sds.html 에서본키트에관한 SDS 를참조하십시오. 54 문서번호 v02 KOR

61 11 라이브러리가들어있는 8 튜브스트립을제거합니다. 12 추가프라이머가들어있는 8 튜브스트립을제거합니다 ( 해당되는경우 ). 13 시약, 템플레이트, 프라이머를분리했음을나타내는체크박스를선택합니다. 14 다음중에서세척옵션을선택합니다. } Wash( 세척 ) 를선택하여실행후세척을진행합니다. } 해당옵션을사용할수있는경우 Exit( 종료 ) 를선택하여실행후세척을건너뜁니다. 실행컴포넌트분리 cbot 2 시스템안내서 55

62 샘플추적기능을사용하지않는클러스터링 실행후세척수행 1 탈이온수로 thermal 대의판을세척하여염분을완전히제거합니다. 보풀없는클린징티슈로닦습니다. 2 세척함에탈이온수약 12ml 를채우고기기뚜껑을닫습니다. 3 물이있음을나타내는체크박스를선택한후 Wash( 세척 ) 를선택합니다. 4 세척이완료되면세척함에남아있는물기를완전히제거합니다. 섬유가구멍에들어갈수있으니배출구포트는닦지마십시오. 5 세척함이건조되었음을나타내는체크박스를선택한후 Exit( 종료 ) 를선택합니다. Start( 시작 ) 화면이열리고 cbot 2 를사용해또다른실행을수행할수있습니다. 56 문서번호 v02 KOR

63 시약공급확인 ( 선택사항 ) HiSeq X 및 HiSeq 3000/4000 을제외한키트에서제공되는시약판에서각각의시약공급을확인할수있습니다. 1 알루미늄포장지에싸인각튜브스트립상단을검사하여구멍이뚫려있는지확인합니다. 2 다음과같이시약판바닥에서각튜브스트립을풀어줍니다. a 손가락끝으로시약판바닥을꼭쥡니다. b 튜브스트립가운데튜브를위쪽으로지그시누릅니다. 3 각튜브에비슷한양이남아있는지검사합니다. 약간차이가있는것은정상입니다. 그림 27 성공적인시약공급의예 (8 레인플로우셀 ) 시약공급확인 ( 선택사항 ) 그림 28 성공적인시약공급의예 (2 레인플로우셀 ) 4 시약이제대로공급되지않고시약튜브의알루미늄포장지에구멍이뚫려있으면 Illumina 기술지원부서에문의하십시오. 5 라이브러리템플레이트가들어있는 8 튜브스트립을검사합니다. 6 실행에추가프라이머를사용한경우프라이머가들어있는 8 튜브스트립을검사합니다. cbot 2 시스템안내서 57

64 58 문서번호 v02 KOR

65 6 장관리관리 6 장 주기적관리수행 60 월별관리세척수행 61 맞춤판변경 63 소프트웨어업그레이드 64 레시피업그레이드 65 cbot 2 종료 66 cbot 2 시스템안내서 59

66 관리 주기적관리수행 이섹션에설명된기본관리단계를수행하여최적의성능을보장하십시오. 관리 빈도 설명 기기세척 실행할때마다, 그리고기기가하루 매번실행한후에항상기기세척을수행하여기기하드웨어에서염분과효소를제거하고기기가막히지않도록합니다. 넘게유휴상태인기기가 24시간넘게유휴상태였다면실행전세척을수행하경우는것이좋습니다. 자세한정보는 46페이지의실행전세척수 행을참조하시기바랍니다. 폐기물병비우기 실행할때마다 실행이중단되지않도록하려면실행이끝날때마다폐기물병을비웁니다. 표면세척 1주일에한번 탈이온수와보풀없는클린징티슈를사용하여 thermal 대와시약대의표면을닦습니다. 프라이머튜브스트립홀더와템플레이트의표면을닦습니다. 외부및플로우셀바코드스캐너창을세척합니다. 1 주일에한번탈이온수와보풀없는클린징티슈를사용하여외부및플로우셀바코드스캐너창을닦습니다. 관리세척 1개월에한번 5% DECON( 또는 100mM NaOH) 을사용하여내부 cbot 컴포넌트에서시약자국을제거하고세균증식을억제합니다. 자세한정보는 61페이지의월별관리세척수행을참조하시기바랍니다. 냉각수수위확인 3개월마다 녹색냉각수가기기후면패널의냉각수창을통해보이는지확인합니다. 필요할경우거울을사용하여냉각수창을봅니다. 냉각수수위가낮으면넙적한코인또는표준드라이버를사용하여냉각수저장소캡을제거하고저장소탭바로아래까지저장소를채웁니다. Illumina 냉각수 ( 파트번호 ) 만사용합니다. 추가냉각수가필요하면 Illumina FAS 또는 FSE에문의하시기바랍니다. 예방관리 Illumina 에서는매년예방관리서비스를예약할것을권장합니다. 서비스계약기간이지난경우해당지역계정관리자나 Illumina 기술지원부서에연락해유료예방관리서비스를요청하십시오. 60 문서번호 v02 KOR

67 월별관리세척수행 물세척 5% DECON 을사용하여내부 cbot 컴포넌트에서시약자국을제거하고세균증식을억제하는월별관리세척을수행합니다. DECON 을사용할수없으면 100mM NaOH 로대체합니다. 관리세척은조작시간이약 10 분정도걸리며, 물세척, DECON 또는 NaOH 세척, 추가물세척 2 회의총 4 가지세척단계로구성됩니다. 1 모든실행컴포넌트가제거되었는지확인합니다. 2 Start( 시작 ) 화면에서 Menu( 메뉴 ) 를선택한후 Manual Commands( 수동명령 ) 를선택하여 Manual Commands( 수동명령 ) 화면을엽니다. 3 Commands( 명령 ) 를선택하여 Commands( 명령 ) 탭을엽니다. 4 세척함에탈이온수약 12ml 를채웁니다. 5 Wash( 세척 ) 를선택합니다. 6 세척이완료되면보풀이적게이는티슈로세척함에남아있는물기를완전히제거합니다. 섬유가구멍에들어갈수있으니배출구포트는닦지마십시오. 월별관리세척수행 DECON( 또는 NaOH) 세척 물세척 ( 최초세척 ) 1 5% DECON 10ml 또는 100mM NaOH 로세척함을채웁니다. 2 Wash( 세척 ) 를선택합니다. 3 세척이완료되면새장갑을착용합니다. 4 보풀이적게이는티슈로세척함에남아있는 5% DECON 을완전히제거합니다. 배출구포트는닦지마십시오. 주의 DECON 은알칼리성이강합니다. 5 즉시물세척을진행하여 DECON 이말라서세척함구멍을막지않도록하십시오. 1 세척함에탈이온수약 12ml 를채웁니다. 2 Wash( 세척 ) 를선택합니다. 3 세척이완료되면보풀이적게이는티슈로세척함에남아있는물기를완전히제거합니다. 배출구포트는닦지마십시오. cbot 2 시스템안내서 61

68 관리 물세척 ( 최종세척 ) 1 세척함에탈이온수약 12ml 를채웁니다. 2 Wash( 세척 ) 를선택합니다. 3 세척이완료되면보풀이적게이는티슈로세척함에남아있는물기를완전히제거합니다. 배출구포트는닦지마십시오. 4 기기뚜껑을닫습니다. 5 폐기물병을비우십시오. 이제 cbot 을사용해다음클러스터생성을실행할수있습니다. 62 문서번호 v02 KOR

69 맞춤판변경 cbot 에 HiSeq 플로우셀또는 GAIIx 플로우셀을사용할수있습니다. 각플로우셀유형에는특정맞춤판이설치되어있어야합니다. Start( 시작 ) 화면의아이콘은설치되어있는맞춤판을나타냅니다. 참고 cbot 은 HiSeq 맞춤판이설치된상태로제공됩니다. 1 뚜껑상단의컷아웃에서천천히들어올려기기뚜껑을엽니다. 2 플로우셀클램프를들어올립니다. 3 맞춤판을고정하고있는계류십자나사 2 개를풉니다. 맞춤판변경 그림 29 플로우셀맞춤판 A B 계류나사맞춤판 4 thermal 대에서기존맞춤판을들어올려서옆으로치워둡니다. 5 Thermal 대에염분이남아있으면보풀없는클린징티슈에물을살짝묻혀서닦아줍니다. 6 새맞춤판을 Thermal 대에배치합니다. Thermal 대오른쪽에있는해당슬롯에센서팔을맞춥니다. 그림 30 센서팔위치 A B C GAIIx 맞춤판 HiSeq 맞춤판맞춤판센서팔 7 나사 2 개를조여맞춤판을고정합니다. 최적의열전도를위해맞춤판을평평하게놓고나사를균등하게조여주십시오. 8 보풀없는클린징티슈에물을묻혀서설치된맞춤판을닦아줍니다. 깨끗한티슈로물기를닦아냅니다. cbot 2 시스템안내서 63

70 관리 소프트웨어업그레이드 cbot 소프트웨어 v1.3 이상을사용하는경우 USB 플래시드라이브로기기소프트웨어를업그레이드할수있습니다. 1 새로운소프트웨어버전설치프로그램 ( 예 : cbotsetupx86_ exe) 이들어있는 USB 플래시드라이브를기기전면의두 USB 포트중하나에삽입합니다. 설치프로그램이 USB 플래시드라이브의폴더가아닌루트디렉터리에있어야합니다. 주의업그레이드가진행되는동안 USB 슬롯에서 USB 드라이브를제거하지마십시오. 업그레이드가진행되는동안기기를조작하지마십시오. 2 Start( 시작 ) 화면왼쪽상단의 Menu( 메뉴 ) 를선택한후 Configure( 구성 ) 를선택합니다. 그림 31 Start( 시작 ) 화면메뉴 3 화상키보드를사용하여기본암호인 admin 을입력한후 Enter 를선택합니다. 4 Menu( 메뉴 ) 를선택하고 Upgrade( 업그레이드 ) 를선택합니다. 5 소프트웨어버전정보메시지가포함된대화상자가열립니다. 메시지 The software installer version is greater than the version currently installed on the cbot( 소프트웨어설치프로그램버전이현재 cbot에설치된버전보다상위버전임 ) cbot cannot find a valid software installer(cbot이유효한소프트웨어설치프로그램을찾을수없음 ) The software installer version is greater than the version currently installed on the cbot( 소프트웨어설치프로그램버전이현재 cbot 에설치된버전과같은버전이거나하위버전임 ) 조치 OK( 확인 ) 를선택하여새버전설치를계속진행합니다. 유효한 cbot 업그레이드를삽입하고 OK( 확인 ) 를선택하여다시시도하거나, Cancel( 취소 ) 을선택하여업그레이드를중단할수있습니다. Cancel( 취소 ) 을선택하여업그레이드를중단하거나, OK( 확인 ) 를선택하여이전버전설치를계속진행합니다. 6 업그레이드가완료되고기기가재시작되면 USB 플래시드라이브를제거합니다. 7 BOOTMGR 오류가나타나면키보드와마우스를 cbot 에연결하고 Ctrl+Alt+Del 을눌러기기를다시시작합니다. 64 문서번호 v02 KOR

71 레시피업그레이드 레시피설치프로그램이들어있는 USB 플래시드라이브를사용하여소프트웨어업그레이드와관계없이레시피버전을업그레이드할수있습니다. 1 새로운레시피설치프로그램이들어있는 USB 플래시드라이브를기기전면의두 USB 포트중하나에삽입합니다. 설치프로그램이 USB 플래시드라이브의폴더가아닌루트디렉터리에있어야합니다. 2 Start( 시작 ) 화면왼쪽상단의 Menu( 메뉴 ) 를선택한후 Configure( 구성 ) 를선택합니다. 그림 32 Start( 시작 ) 화면메뉴 레시피업그레이드 3 화상키보드를사용하여기본암호인 admin 을입력한후 Enter 를선택합니다. 4 Menu( 메뉴 ) 를선택한후 Upgrade Recipes( 레시피업그레이드 ) 를선택합니다. 업그레이드가완료되면 cbot 이자동으로다시시작됩니다. 다시시작프로세스는 10 분정도소요됩니다. 주의업그레이드가진행되는동안 USB 슬롯에서 USB 드라이브를제거하지마십시오. 업그레이드가진행되는동안기기를조작하지마십시오. 5 재시작이완료되고로그인화면이열리면 USB 플래시드라이브를제거합니다. cbot 2 시스템안내서 65

72 관리 cbot 2 종료 cbot 2 는 Start( 시작 ) 화면의유휴상태에서실행하도록설계되었으므로실행사이에종료할필요가없습니다. 1 Start( 시작 ) 화면왼쪽상단의 Menu( 메뉴 ) 를선택한후 Configure( 구성 ) 를선택합니다. 그림 33 Start( 시작 ) 화면메뉴 2 화상키보드를사용하여기본암호인 admin 을입력한후 Enter 를선택합니다. 3 Configuration( 구성 ) 화면에서 Menu( 메뉴 ) 를선택한후 Shut Down Station( 스테이션종료 ) 을선택합니다. cbot 소프트웨어가종료됩니다. 그림 34 Station 종료 4 소프트웨어가종료되면전원스위치를 OFF( 끄기 ) 위치로전환합니다. FSE 모드에서재부팅 FSE 모드에서재부팅하는옵션은교육받은 Illumina FAS( 현장응용과학자 ) 또는 FSE( 현장서비스엔지니어 ) 가소프트웨어를업데이트하거나기기를정비하기위해사용합니다. 66 문서번호 v02 KOR

73 부록 A 문제해결문제해결 부록 A 실행일시중지또는중단 68 플로우검사실패문제해결 69 실행문제해결 71 외부바코드스캐너재설정 72 프로토콜편집 73 cbot 2 시스템안내서 67

74 문제해결 실행일시중지또는중단 Run Status( 실행상태 ) 화면에서명령을사용하여실행을일시중지또는중단할수있습니다. } Pause( 일시중지 ) - 프로토콜에서현재명령을완료한후실행을일시중지합니다. 실행이일시중지될때까지약간의시간이필요합니다. 실행이일시중지되면시약튜브에서 Sipper 가들려올라가고시약대가원래위치로돌아갑니다. 그리고 Pause( 일시중지 ) 버튼이 Resume( 다시시작 ) 버튼으로바뀝니다. } 실행이활성상태인경우 Pause( 일시중지 ) 를선택하여실행을일시중지합니다. } 실행이일시중지상태인경우 Resume( 다시시작 ) 을선택하여실행을다시시작합니다. } Abort Run( 실행중단 ) - 다시시작옵션없이실행을종료합니다. Unload( 분리 ) 를선택하여실행컴포넌트를분리합니다. 68 문서번호 v02 KOR

75 플로우검사실패문제해결 다음절차를통해플로우검사실패문제를해결할수있습니다. 이절차를완료하여다음조건을확인할때까지플로우검사건너뛰기옵션을선택하지마십시오. } 플로우셀이기기에올바르게장착되어있습니다. } 매니폴드및하드웨어가정상적으로작동합니다. 참고플로우검사를건너뛰면일부레인의클러스터링에실패할수있습니다. 플로우셀유형마다각기다른플로우검사를사용하므로올바른레시피, 매니폴드및플로우셀조합을사용하고있는지확인하십시오. 1 시약판의 1 행에 HT1 이충분해야하며필요에따라보충하십시오. 2 어떤레인이플로우검사에실패하는지잘보십시오. 이정보는인터페이스화면의왼쪽상단모서리에표시됩니다. } 8 개레인이모두실패하면플로우셀이잘못장착된것일수있습니다. 매니폴드를제거하고플로우셀구멍이위를향하고있는지, 플로우셀방향이맞는지확인하십시오. } 일부레인만실패한경우플로우셀이장착되지않은것일수있습니다. 매니폴드를제거하고플로우셀을다시놓은후매니폴드를다시설치하십시오. 3 Rerun Check( 검사재실행 ) 를선택하여플로우검사를다시실행합니다. 4 두번째플로우검사도실패하면어떤레인에서플로우검사에실패했는지확인한후다음중하나를수행합니다. } 8 개레인이모두실패한경우에는매니폴드결함일확률이높습니다. 새매니폴드로교체하십시오. } 다른레인이실패한경우에는매니폴드결함이아닐확률이높습니다. 1 행의 HT1 용량을검사하여튜브의 HT1 용량을똑같이맞추십시오. 5 Rerun Check( 검사재실행 ) 를선택하여세번째플로우검사를실행합니다. } 매니폴드를교체한후이플로우검사에실패하면 6 단계로이동합니다. } 이플로우검사에실패하고매니폴드를교체할필요가없었다면 7 단계로이동합니다. 6 매니폴드를교체한후세번째플로우검사에실패하면하드웨어가막힌것일수있습니다. 플로우검사실패문제해결 a 1행의 HT1 용량을검사하여튜브의 HT1 용량을똑같이맞추십시오. 플로우검사가반복해서실패한레인에해당하는튜브의 HT1 양이더많으면하드웨어가막혔다는의미입니다. b 실행컴포넌트를분리하고관리세척을수행합니다. c 세척후, 전원스위치를사용하여기기를끕니다. 몇초후에전원스위치를켜고 Start( 시작 ) 버튼을눌러소프트웨어를다시시작합니다. 기기를껐다켜면허용가능한실행전검사시도횟수가재설정됩니다. d 소프트웨어에표시되는메시지에따라실행컴포넌트를다시장착하고실행을설정합니다. 7 세번째플로우검사에실패하면다음과같이안전하게플로우검사를건너뛸수있습니다. a Bypass Flow Check( 플로우검사건너뛰기 ) 를선택하여실행을계속진행합니다. b 실행후, 모든튜브의시약공급상태를검사합니다. cbot 2 시스템안내서 69

76 문제해결 문제해결순서도 다음순서도는문제해결절차를보여줍니다. 플로우검사를반복하는단계에는절차의해당지점에서수행된허용된플로우검사횟수를나타내는숫자가포함되어있습니다. 그림 35 문제해결순서도 70 문서번호 v02 KOR

77 실행문제해결 다음표를사용하여클러스터생성을실행하는동안발생한문제를해결할수있습니다. 문제 가능한원인 조치 온도범위이탈 대개 cbot이예상시간내에설정온도에도달하지못했음을나타냅니다. 제어판에잠재적문제가있음을나타낼수도있습니다. Illumina 기술지원부에이메일을보내십시오. 냉각수가흐르고냉각수수위가낮음 냉각수가흐르지않고냉각수수위가낮음 냉각수가흐르지않고냉각수수위가낮지않음기기가잠금상태임 냉각수가서서히증발되어수위가낮아진것입니다. 냉각수수위가너무낮아서흐르지않는것입니다. 냉각수펌프고장일가능성이있습니다. 소프트웨어오류일가능성이있습니다. 냉각수저장소에 Illumina 냉각수 ( 파트번호 ) 를보충하십시오. 냉각수저장소에 Illumina 냉각수 ( 파트번호 ) 를보충하십시오. Illumina 기술지원부에이메일을보내십시오. Illumina 기술지원부에이메일을보내십시오. 실행문제해결 cbot 2 시스템안내서 71

78 문제해결 외부바코드스캐너재설정 cbot 을받는즉시외부바코드스캐너를사용할수있습니다. 바코드스캐너가잘못된구성으로재설정될경우다음지침에따라기본구성으로복원할수있습니다. 1 바코드를인쇄합니다. 그림 36 기본바코드복원 2 Start( 시작 ) 화면에서 Menu( 메뉴 ) 를선택한후 Manual Commands( 수동명령 ) 를선택합니다. 3 General( 일반 ) 탭을선택하여바코드리더수동컨트롤입력에액세스합니다. 그림 37 Manual Commands( 수동명령 ), General( 일반 ) 탭 4 Turn Off( 끄기 ) 를선택한후 Turn On( 켜기 ) 을선택하여바코드스캐너를활성화합니다. LCD 화면아래의스캐너판에레이저라인이보입니다. 5 바코드를외부바코드스캐너밑에놓습니다. 6 Turn Off( 끄기 ) 를선택한후 Turn On( 켜기 ) 을선택하여바코드를스캔합니다. 삐소리가나면스캔이성공적으로완료되었다는뜻입니다. 72 문서번호 v02 KOR

79 프로토콜편집 프로토콜편집기를사용하여필요에맞춰프로토콜을편집할수있습니다. 프로토콜의단계를반복하거나화학섹션의증폭주기수를변경할수있습니다. 각프로토콜은다음과같은 2 개의주요섹션으로구성됩니다. } 화학섹션 - 시약펌핑, 온도변화, 대기시간에대한지침이포함되어있습니다. 이섹션은프로토콜편집기화면의상단에표시됩니다. } 프로토콜섹션 - 화학정의로구성된일련의단계가포함되어있습니다. 이섹션은프로토콜편집기화면의하단에표시됩니다. 기존프로토콜을편집하는경우프로토콜이름을반드시변경하십시오. 프로토콜편집 프로토콜편집기 1 Start( 시작 ) 화면에서 Menu( 메뉴 ) 를선택하고 Protocol Editor( 프로토콜편집기 ) 를선택합니다. 2 프로토콜편집기에서 Menu( 메뉴 ) 를선택한후해당명령을선택합니다. } Open( 열기 ) - 기존프로토콜을엽니다. } Load from Library( 라이브러리에서로드 ) 선택 - cbot 라이브러리에저장된기존화학정의또는프로토콜단계를로드합니다. } New Chemistry Definition( 새화학정의 ) 또는 New Protocol Step( 새프로토콜단계 ) 선택 - 정의또는단계를만들어 cbot 라이브러리에저장합니다. 3 단계왼쪽에있는아래쪽화살표를사용하여단계의명령을확장합니다. 위쪽화살표를사용하여명령을축소합니다. 4 화학정의의단계를편집하려면해당단계를강조표시합니다. 오른쪽패널에펌프, 온도상승또는대기명령을변경할수있는선택항목이나타납니다. 5 프로토콜의단계를편집하려면해당단계를강조표시합니다. 오른쪽패널에선택한화학정의의주기수를변경할수있는선택항목이나타납니다. cbot 2 시스템안내서 73

80 문제해결 6 단계이름오른쪽의프로토콜편집기아이콘을사용하여단계및명령을재정렬, 삭제또는복사할수있습니다. 그림 38 프로토콜편집기, 확장된단계 A B C 화학섹션확장된화학섹션프로토콜섹션 프로토콜편집기아이콘 아이콘 설명강조표시된단계를프로토콜의다음단계아래로이동합니다. 강조표시된단계를프로토콜의이전단계위로이동합니다. 강조표시된단계를삭제합니다. 강조표시된단계를반복합니다. 프로토콜라이브러리에변경사항을저장합니다. 74 문서번호 v02 KOR

81 인덱스 인덱스 5 5% DECON 튜브스트립제거 42, 57 C cbot 시약판 9 Clarity LIMS X Edition 2 D DECON 61 DECON 대체 61 Denaturation 28, 44 E ExAmp 마스터믹스 24 ExAmp 반응준비, 1 플로우셀 20 준비, 4 플로우셀 20 ExAmp 시약정보 17, 21 준비 24 준비, 1 플로우셀 20 준비, 4 플로우셀 20 해동 18, 22 F FSE 모드 66 H HP10, 준비 25 I Illumina SeqLab 2 M Manual Commands( 수동명령 ) 61 N NaOH 61 P PhiX 주입 % 19, 23 첨가 19, 23 R Run Status( 실행상태 ) 화면 38, 53 T Thermal 대 4 세척 41, 56 개개요샘플추적작업흐름 29 클러스터링작업흐름 45 고고객지원 79 공공급된용량 42, 57 관관리 41, 56, 61 주기적관리 60 관리세척시간 61 관리, 예방 60 구구성 6 구성, 도움말 28 기기기세척 41, 56 기술지원 79 끄끄기 66 냉냉각수수위 60 냉각수문제 71 냉각수부품번호 71 도도움말설명서 3 도움말, 기술 79 라라이브러리 denaturation 19, 23 장착 32, 50 장착농도 19, 23 희석 19, 23 라이브러리 Denaturation 19, 23 라이브러리장착 32 cbot 2 시스템안내서 75

82 인덱스 레레시피목록 13 업그레이드 65 맞맞춤판 63 세척 31, 48 매매니폴드 33, 49 Sipper 빗 4, 33, 49 배출구클램프 33, 49 매니폴드문제 71 모모범사례시약준비 16 문문제해결플로우검사실패 69 바바코드스캐너, 외부세척 60 재설정 72 바코드스캐닝오류 36 버버전호환성소모품 13 소프트웨어 13 부부품번호냉각수 71 빨빨간색알루미늄포장지 31, 48 사사용자공급소모품시약준비 14 샘샘플추적구성 28 정보 2 플로우셀호환성 28 샘플추적구성 28 서서비스 66 설설명서 3, 79 세세척 30, 46 맞춤판 31, 48 빈도 60 세척함 30, 46 센센서 4 센서검사다시실행 37 센서상태아이콘 6 소소모품버전호환성 13 분리 39, 54 소모품, 사용자공급시약준비 14 소프트웨어버전호환성 13 업그레이드 64 소프트웨어오류 71 스스캐너 4 스캔실패 36 시시스템상태 6 시약바코드스캐닝 36 시약공급, 실패 42, 57 시약대 5 시약준비모범사례 16 시약판 5 구성 9 배치 31, 48 준비 20, 24 해동 18, 22, 시약판해동 18, 22 시약판, rapid 준비 26 시약판, 높은아웃풋준비 25 시약, 준비 GAIIx 플로우셀 16 HiSeq 3000/ HiSeq X 플로우셀 17 rapid 26 높은아웃풋 25 실실행시작 52 실행다시시작 68 실행데이터보고서 38, 53 실행요건구성 6 실행요약 38, 53 실행전검사수행 52 오류 52 실행전검사실패 문서번호 v02 KOR

83 실행전세척 60 실행종료 68 실행중지 68 실행진행상황 38, 53 실행컴포넌트오류 52 실행후세척 60 실행후절차 39, 54 아아이콘센서상태 6 알알루미늄포장지에구멍이뚫리지않음 42, 57 염염분, 제거 41, 56 예예방관리 60 오오류메시지 71 온온도범위 71 온도범위이탈 71 외외부바코드스캐너세척 60 재설정 72 외부바코드활성화 36 유유휴상태 66 종종료 66 컴컴포넌트 4 클클러스터링단계 38, 53 클러스터링시간 38, 53 클러스터링시약준비 16 키키트설명서 7 템템플레이트장착 50 템플레이트행 32 폐폐기물병 60 포포장지, 빨간색알루미늄 31, 48 포장지에구멍이뚫리지않음 42, 57 프프라이머사용자지정 51 이름, 입력 36, 51 장착 51 튜브스트립방향 51 프로토콜선택 35, 47 프로토콜편집기 73 아이콘 74 프로토콜, 편집 73 플플로우검사 52 실패문제해결 69 플로우검사건너뛰기 69 플로우검사실패 71 문제해결 70 플로우셀맞춤판 63 바코드스캐닝 36 배치 31, 49 보관 38, 53 샘플추적호환성 28 세척 17, 21 장착준비 31, 48 준비 17, 21 포장 17, 21 호환되는레시피 13 플로우셀배치 31, 49 플로우셀보관 31, 38-39, 48, 화화학프로토콜 73 희희석 28, 44 인덱스 cbot 2 시스템안내서 77

84 인덱스 78 문서번호 v02 KOR

85 기술지원 기술지원을받으려면 Illumina 기술지원부서에문의하십시오. 표 1 Illumina 일반문의정보웹사이트 기술지원 이메일 techsupport@illumina.com 표 2 Illumina 고객지원센터전화번호 지역 연락번호 지역 연락번호 북아메리카 아일랜드 네덜란드 영국 노르웨이 오스트리아 뉴질랜드 이탈리아 대만 일본 덴마크 중국 독일 프랑스 벨기에 핀란드 스웨덴 홍콩 스위스 호주 스페인 기타국가 싱가포르 SDS( 안전보건자료 ) Illumina 웹사이트 (support.illumina.com/sds.html) 에서확인할수있습니다. 제품설명서 Illumina 웹사이트에서 PDF 로다운로드할수있습니다. support.illumina.com 에서제품을선택한다음, Documentation & Literature( 설명서및문헌 ) 를선택하십시오. cbot 2 시스템안내서 79

86 * * * * Illumina 5200 Illumina Way San Diego, California U.S.A ILMN(4566) ( 북미이외지역 ) techsupport@illumina.com