NovaSeq 6000 시퀀싱 시스템 안내서( )

NovaSeq 6000 시퀀싱시스템안내서 2017 년 9 월 ILLUMINA 소유

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개정내역 문서날짜변경내용설명 자료번호 20020483 문서번호 1000000019358 v03 자료번호 20018871 문서번호 1000000019358 v02 자료번호 20018406 문서번호 1000000019358 v01 자료번호 20015871 문서번호 1000000019358 v00 2017 년 9 월 2017 년 4 월 2017 년 3 월 2017 년 2 월 S1 및 S4 플로우셀지원을포함한 NovaSeq 제어소프트웨어 v1.2 에대한소프트웨어설명을업데이트했습니다. S1 및 S4 플로우셀의이중플로우셀실행에대한디스크공간요건을추가했습니다. 특정 *.json 파일에대한이름지정요건을지정했습니다. 키트및부속품장의키트개요정보를재구성했습니다. 이장에서는시약및라이브러리장착키트에대한구성, 컴포넌트및호환성라벨지정에대해설명합니다. 사용자제공소모품에 thenovaseq 5000/6000 시약키트를추가했습니다. S1 및 S4 플로우셀에대한정보를포함하도록라이브러리풀링및 denaturation 지침을업데이트했습니다. S1 및 S2 에 2 시간수조, S4 에 4 시간수조를사용하도록시약카트리지에해동에대한지침을업데이트했습니다. S4 컴포넌트를포함하도록라이브러리튜브, 시약카트리지및플로우셀의설명을업데이트했습니다. 관리장에자동소프트웨어업데이트에대한섹션을추가했습니다. 전체게놈데이터저장공간줄이기 ( 발행번호 970-2012-013) 를 NovaSeq 시리즈및 HiSeq X Ten 데이터품질비교 ( 발행번호 770-2017-010) 로교체했습니다. S1 및 S4 타일정보를포함하도록플로우셀타일섹션을업데이트했습니다. 다음과같은정보가추가되었습니다. 실행에필요한 Illumina 공급소모품 시약키트컴포넌트의보관조건 라이브러리장착농도에대한권장사항 2 개의플로우셀에대한 NaOH 희석액 장착하기전에플로우셀을실온으로전환하는단계 사용한시약병을비운후장갑변경단계 타사 LIMS 시스템에대한 LIMS 아웃풋구성 샘플시트이름지정규칙 프로세스관리아이콘및문제해결 Windows 보안기능및구성지침이포함된부록 기술지원연락처정보 4 시간으로증가한시약카트리지해동시간 1% PhiX 주입용량을 0.9µl 로변경하고 10mM Tris-HCl, ph 8.5 를사용하여 10nM PhiX 를희석하도록업데이트된 PhiX 주입지침미립자가보이는경우에만플로우셀및플로우셀대를세척하도록업데이트된지침 14 일로업데이트된관리세척빈도연속성을개선하기위해재구성및통합된소모품준비지침프렌치도어를액체부분도어로이름변경 Process Management ( 프로세스관리 ) 화면에있는열의이름을 Sequencing( 시퀀싱 ) 으로수정했습니다. 최초릴리스 iii

목차 1장개요 1 소개 1 추가리소스 2 시퀀싱개요 2 시퀀싱작업흐름 3 기기구성요소 4 2장키트및부속품 9 키트개요 9 시약키트컴포넌트 10 3장시작 14 기기시작 14 설정구성 14 사용자공급소모품및장비 18 4장소모품준비 20 방법 20 라이브러리지침 20 SBS 및클러스터카트리지해동 20 시퀀싱을위한라이브러리풀링및 denaturation 21 5장시퀀싱 25 리드주기수 25 시퀀싱실행설정 25 실행진행률모니터링 31 실행삭제 32 위치 30번제거 32 자동실행후세척 33 6장관리 34 예방관리 34 관리세척수행 34 플로우셀 A 및플로우셀 B의교차실행 37 소프트웨어업데이트 37 부록 A 문제해결 39 문제해결리소스 39 문제해결파일 39 실행전검사오류 39 프로세스관리문제해결 40 클러스터링하기전실행실패 40 iv

실행종료 41 기기종료 42 부록 B 실시간분석 43 실시간분석개요 43 실시간분석작업흐름 45 부록 C 아웃풋폴더및파일 48 시퀀싱아웃풋폴더구조 48 시퀀싱아웃풋파일 48 부록 D Windows 보안 50 보안구성 50 암호요건 50 Windows 방화벽 50 Enhanced Mitigation Experience Toolkit 50 Windows 소프트웨어제한정책 51 인덱스 53 기술지원 58 v

1 장개요 소개 1 추가리소스 2 시퀀싱개요 2 시퀀싱작업흐름 3 기기구성요소 4 소개 Illumina NovaSeq 6000 시퀀싱시스템은확장가능한처리량과유연한시퀀싱기술을효율적이고경제적인벤치탑시스템을통해생산규모플랫폼에담았습니다. 기능 u 확장가능한시퀀싱 NovaSeq 6000 은다양한분야에서고품질데이터가포함된프로덕션수준의시퀀싱까지확장할수있습니다. u 조정가능한아웃풋 NovaSeq 6000 은넓은아웃풋범위를가진이중플로우셀시스템입니다. 플로우셀 1 개를시퀀싱하거나서로다른리드길이를가진플로우셀 2 개를동시에시퀀싱합니다. 3 가지유형의플로우셀과다른리드길이를혼합하여일치시킵니다. u 패턴화된플로우셀 패턴화된플로우셀은공간을적게차지하는클러스터를생성합니다. 나노웰사이줄어든공간덕분에클러스터밀도와데이터아웃풋이증가합니다. u 온보드 ExAmp 혼합 NovaSeq 6000 은 ExAmp 시약과라이브러리를혼합하고라이브러리를증폭시킵니다. 또한클러스터를생성하여시퀀싱작업흐름을간소화합니다. u u u u 고처리량라인스캐닝 - NovaSeq 6000 은양방향스캐닝기술이적용된카메라 1 대를사용하여 2 개의색상채널에서동시에플로우셀이미지를빠르게생성합니다. RTA( 실시간분석 ) NovaSeq 6000 은 RTA3 라고하는 RTA 구현을사용합니다. 이통합소프트웨어는이미지와 base calls 를분석합니다. BaseSpace 시퀀스허브통합 데이터분석, 저장및협업을위한 Illumina 유전체학컴퓨팅환경인 BaseSpace 시퀀스허브와시퀀싱작업흐름이통합되었습니다. 실행이진행되는동안실시간으로아웃풋파일이해당환경으로스트리밍됩니다. BaseSpace Clarity LIMS 사용가능 샘플과시약의엔드투엔드추적, 자동화된작업흐름및통합기기작동을통해작업효율성을향상시킵니다. 1

추가리소스 소프트웨어다운로드, 교육리소스, Illumina 호환제품정보, 최신버전의이시스템안내서및다음설명서에대한자세한내용은 Illumina 웹사이트에서 NovaSeq 6000 시퀀싱시스템지원페이지를참조하십시오. 리소스 custom 프로토콜선택기 NovaSeq 시리즈현장준비안내서 ( 문서번호 1000000019360) NovaSeq 시리즈안전및규정준수안내서 ( 문서번호 1000000019357) RFID 리더규정준수안내서 ( 문서번호 1000000002699) NovaSeq 시리즈사용자지정프라이머안내서 ( 문서번호 1000000022266) 설명 시퀀싱실행에사용되는라이브러리준비방법, 실행매개변수및분석방법에맞게사용자지정된통합설명서를생성하기위한마법사입니다. 실험실공간, 전기적요건, 환경및네트워크고려사항에대한구체적내용을담고있습니다. 작업안전고려사항, 규정준수설명서, 기기라벨지정에대한내용을담고있습니다. 규정준수인증, 안전고려사항등기기의 RFID 리더에대한내용을담고있습니다. Illumina 시퀀싱프라이머를사용자지정시퀀싱프라이머로교체하는데대한정보를담고있습니다. 시퀀싱개요 클러스터생성 클러스터생성중에단일 DNA 분자는플로우셀표면에매여있다가동시에증폭을거쳐클러스터를형성합니다. 이과정을준비하는동안 ExAmp 마스터믹스는기기의온보드라이브러리와혼합됩니다. 용량은플로우셀에따라다릅니다. 시퀀싱 클러스터이미지는양방향스캐닝및 2 채널시퀀싱화학반응을사용하여생성됩니다. 카메라는빨간색및녹색빛을감지하는센서를사용하여각스와스이미지를생성하는동시에전체스와스의빨간색과녹색이미지를생성합니다. 이미지생성후, 패턴화된플로우셀에의해결정된위치를기반으로하는각클러스터에대한빨간색과녹색신호비율에따라각타일내클러스터에대해 base calls 가수행됩니다. 이프로세스가시퀀싱주기마다반복됩니다. 분석 실행이진행되는동안제어소프트웨어에서데이터분석을위해지정된아웃풋폴더위치로 base calls(*.cbcl) 파일을자동으로전송합니다. 애플리케이션에따라여러분석방법을사용할수있습니다. 자세한내용은 Illumina 웹사이트에있는 BaseSpace 시퀀스허브지원페이지를방문하십시오. 2

시퀀싱작업흐름 SBS 및클러스터시약카트리지를해동합니다. 라이브러리를풀링및 denaturation 합니다. 해동한클러스터카트리지에라이브러리튜브를장착합니다. 소프트웨어인터페이스에서 Sequence( 시퀀스 ) 를선택하고이중또는단일플로우셀실행을지정합니다. 이전실행에서소모품을분리하고현재실행에사용할새소모품을장착합니다. 사용한시약병을비우고다시장착합니다. Run Setup( 실행설정 ) 화면에서실행매개변수를지정합니다. BaseSpace 시퀀스허브를구성한경우 Log In( 로그인 ) 화면에서로그인합니다. 실행전검사후실행이자동으로시작됩니다. Sequence( 시퀀스 ) 화면, BaseSpace 시퀀스허브 ( 실행모니터링이활성화된경우 ) 또는시퀀싱분석뷰어를사용하는네트워크컴퓨터에서실행을모니터링합니다. 데이터는지정된아웃풋폴더로전송됩니다. 시퀀싱이완료되면기기세척이자동으로시작됩니다. 3

기기구성요소 NovaSeq 6000 시퀀싱시스템은터치스크린모니터, 상태표시줄, USB 포트가인접해있는전원버튼및 3 개의구성요소로구성되어있습니다. 그림 1 외부구성요소 A 터치스크린모니터 - 시스템구성및실행설정을위해제어소프트웨어인터페이스를표시합니다. B 광학부분 플로우셀의이중표면이미지생성을활성화하는광학구성요소가포함되어있습니다. C 액체부분 시약, 완충제및시약에사용한병이포함되어있습니다. D 플로우셀부분 플로우셀을수용합니다. E 상태표시줄 플로우셀상태를시퀀싱준비완료 ( 녹색 ), 처리중 ( 파란색 ) 또는주의필요 ( 주황색 ) 로나타냅니다. F 전원및 USB 포트 전원버튼및 USB 에접근하여주변구성요소를연결할수있습니다. 플로우셀부분 플로우셀부분에는플로우셀대가포함되어있는데, 플로우셀 A 는왼쪽에, 그리고플로우셀 B 는오른쪽에수용합니다. 양쪽에는플로우셀을자동으로배치하고고정하는 4 개의클램프가있습니다. 플로우셀대에장착된광학배열대상은광학문제를진단하고해결합니다. 제어소프트웨어에서메시지를표시하면광학배열대상이시스템을다시배열하고카메라초점을조정하여시퀀싱결과를향상시킵니다. 그림 2 플로우셀대 4

A 플로우셀홀더 A측 B 플로우셀홀더 B 측 C 플로우셀클램프 ( 각측당 1개 ) D 광학배열대상 소프트웨어는플로우셀부분도어의열고닫음을제어합니다. 도어는플로우셀을장착하여실행이나관리세척을수행하기위해자동으로열립니다. 장착되면소프트웨어에서부분도어를닫고플로우셀을제자리로이동시킨다음클램프와진공실링을유지합니다. 센서는플로우셀의존재와호환성을확인합니다. 액체부분 실행을설정하려면액체부분에접근하여시약과완충제를장착하고사용한시약병을비워야합니다. 액체부분은프렌치도어가감싸고있으며플로우셀 A 및플로우셀 B 와일치하는두부분으로분할되어있습니다. 그림 3 액체부분컴포넌트 A 소용량시약병 - 사용한클러스터카트리지의시약을수용하며, 캡홀더에캡을쉽게보관할수있습니다. B 대용량시약병 - 사용한 SBS 및완충제카트리지의시약을수용하며, 캡홀더에캡을쉽게보관할수있습니다. C 시약냉각기 SBS 및클러스터카트리지를냉장합니다. D 시약냉각기서랍 색상으로구분된위치는 SBS 카트리지를왼쪽 ( 회색라벨 ) 에그리고클러스터카트리지를오른쪽 ( 주황색라벨 ) 에수용합니다. E 완충제서랍 사용한대용량시약병을왼쪽에그리고완충제카트리지를오른쪽에수용합니다. 사용한시약 플루이딕시스템은클러스터카트리지시약 ( 잠재적으로위험할수있음 ) 을사용한소용량시약병으로보내도록설계되었습니다. SBS 및완충제카트리지의시약은사용한대용량시약병으로보내집니다. 하지만, 사용한시약스트림간교차오염이발생할수있습니다. 안전을위해사용한두시약병에는위험할수있는유해화학물이들어있다고가정합니다. SDS( 안전보건자료 ) 에서자세한화학물정보를제공합니다. 5

참고 시스템이사용한시약을외부에서수집하도록구성된경우사용한대용량시약병스트림은외부로보내집니다. 클러스터카트리지시약은계속사용한소용량시약병으로이동합니다. 시스템소프트웨어 기기소프트웨어제품군에는시퀀싱실행, 기기내분석및관련기능을수행하는통합애플리케이션이포함되어있습니다. u u u NVCS(NovaSeq 제어소프트웨어 ) - 시퀀싱실행을설정하기위한단계를안내하고, 기기작동을제어하고, 실행이진행될때통계를표시합니다. 소모품의적절한분리와장착을보여주기위해 NVCS 는실행설정중지침동영상을재생합니다. RTA( 실시간분석 ) 실행중에이미지분석및 base calls 를수행합니다. NovaSeq 6000 은구성, 보안및기타기능을강화하여성능을최적화하는 RTA3 를사용합니다. 자세한내용은 43 페이지의실시간분석을참조하십시오. 범용복사서비스 실행중 RTA3 및 NVCS 의아웃풋파일을아웃풋폴더로복사합니다. 이서비스도 BaseSpace 시퀀스허브로데이터를전송합니다 ( 해당하는경우 ). 실행동안범용복사서비스가중단되면서비스에서다시연결하고데이터전송을자동으로다시시작하려고여러차례시도합니다. 상태아이콘 제어소프트웨어인터페이스의상태아이콘은실행상태를나타냅니다. 아이콘에있는숫자는상태조건개수를나타냅니다. 실행상태가변경되면아이콘이깜박이면서경고합니다. 아이콘을선택하면상태에대한설명을볼수있습니다. Acknowledge( 확인 ) 를선택하여메시지를지운다음 Close( 닫기 ) 를선택하여대화상자를닫습니다. 6

표 1 NVCS 상태아이콘 상태아이콘 상태이름 설명 상태양호 시스템이정상입니다. 처리중시스템이처리중입니다. 경고경고가발생하여주의가필요합니다. 경고는실행을중지시키지않으며진행하기전에조치를취할필요가없습니다. 오류오류가발생했습니다. 오류가발생하면실행을진행하기전에조치를취해야합니다. 프로세스관리 Process Management( 프로세스관리 ) 화면을통해 CE( 계산엔진 ) 및하드드라이브 (C:\) 에액세스할수있습니다. ( 프로세스관리 ) 화면을사용하여실행진행률을모니터링하고실행을삭제하거나디스크공간을관리합니다. C:\ 에서바로파일및폴더를삭제하지마십시오. 프로세스관리는사용가능한디스크공간, CE 및 C:\ 에서사용중인공간및디스크공간을사용하는실행상태를표시합니다. 실행날짜및이름열은각실행을식별합니다. Run Status( 실행상태 ), BaseSpace 및 Network( 네트워크 ) 열에실행의각프로세스에대한상태가표시됩니다. 표 2 프로세스관리상태아이콘 과정아이콘설명 실행상태실행이진행중입니다. 실행에서시퀀싱을완료했습니다. Network( 네트워크 ) 네트워크의아웃풋폴더에파일을복사하는중입니다. 모든파일을네트워크의아웃풋폴더에복사했습니다. 실행이네트워크아웃풋폴더에업로드하도록구성되지않았거나업로드상태를알수없으므로해당사항이없습니다. 문제를해결하려면 1 페이지의 40 페이지의프로세스관리문제해결. 7

과정아이콘설명 BaseSpace BaseSpace 시퀀스허브에파일을업로드하는중입니다. 모든파일을 BaseSpace 시퀀스허브에업로드했습니다. 실행이 BaseSpace 시퀀스허브에업로드하도록구성되지않았거나업로드상태를알수없으므로해당사항이없습니다. 문제를해결하려면 1 페이지의 40 페이지의프로세스관리문제해결. 이중플로우셀실행이시작되려면 CE 및 C:\ 에대한최소공간요구사항을충족해야합니다. 플로우셀 주기당 CE 공간 C:\ 공간 S1 1.35GB 20GB S2 2.7GB 20GB S4 4.3GB 40GB 디스크공간확보에대한자세한내용은 1페이지의 32페이지의실행삭제. 8

2 장키트및부속품 키트개요 9 시약키트컴포넌트 10 키트개요 NovaSeq 6000 에서실행을수행하려면 NovaSeq 5000/6000 시약키트가필요합니다. 이러한키트는다음구성으로제공됩니다. 실행에필요한전체품목목록은 18 페이지의사용자공급소모품및장비. 표 3 키트명 키트구성 NovaSeq 5000/6000 S4 시약키트 (300 주기 ) 20012866 NovaSeq 5000/6000 S2 시약키트 (300 주기 ) 20012860 NovaSeq 5000/6000 S2 시약키트 (200 주기 ) 20012861 NovaSeq 5000/6000 S2 시약키트 (100 주기 ) 20012862 NovaSeq 5000/6000 S1 시약키트 (300 주기 ) 20012863 NovaSeq 5000/6000 S1 시약키트 (200 주기 ) 20012864 NovaSeq 5000/6000 S1 시약키트 (100 주기 ) 20012865 호환성라벨지정 Illumina 카탈로그번호 호환되는키트컴포넌트를식별하기위해플로우셀과카트리지는키트모드를표시하는기호로라벨이지정됩니다 ( S1, S2 또는 S4). 매니폴드는여러모드를지원하며 S1 및 S2 또는 S4 로라벨이지정됩니다. 모드가다른컴포넌트는실행을위해혼합및일치시킬수없습니다. 예를들어 S1 카트리지와 S2 플로우셀을페어링하지마십시오. 키트모드 S1 키트컴포넌트 S2 키트컴포넌트 S4 키트컴포넌트 라벨에표시된내용 설명 S1 플로우셀은 2x150bp 에서최대 500Gb 의출력으로최대 16 억개의리드를생성합니다. S1 키트는가장높은처리량이필요한사례를위해더적은수의시료로빠른시퀀싱을제공합니다. S2 플로우셀은 2x150bp 에서최대 1000Gb 의출력으로최대 33 억개의리드를생성합니다. S2 플로우셀은가장높은처리량이필요한사례를위해더많은시퀀싱출력으로 S1 플로우셀보다더많은수의리드를생성하며빠른시퀀싱을제공합니다. S4 플로우셀은 2x150bp 에서최대 3000Gb 의출력으로최대 100 억개의리드를생성합니다. 최대출력을위해설계된플로우셀의 4 레인버전입니다. 다양한종과적용범위깊이에서경제적인전체게놈시퀀싱을수행할수있습니다. Illumina 웹사이트의 NovaSeq 시약키트제품페이지에각모드에대한자세한사양이나와있습니다. 9

시약키트컴포넌트 각 NovaSeq 5000/6000 시약키트에는다음컴포넌트가들어있습니다. 각컴포넌트는정확한소모품추적및호환성을위해 RFID( 무선주파수식별 ) 를사용합니다. 키트를받는즉시명시된온도에서키트컴포넌트를보관해야성능에지장이없습니다. 표 4 키트컴포넌트 수량키트컴포넌트보관온도 1 라이브러리튜브 * 15 C~30 C* 1 플로우셀 2 C~8 C 1 완충제카트리지 15 ~30 1 클러스터카트리지 -25 C~-15 C 1 SBS 카트리지 -25 C~-15 C * 사용하기전에라이브러리튜브는실온 (15 C~30 C) 에서보관됩니다. 라이브러리튜브 NovaSeq 5000/6000 라이브러리튜브는클러스터카트리지의위치 8 번에맞는 16mm 튜브입니다. 위치 8 번에는라이브러리튜브라는라벨이지정되어있으며쉽게식별할수있도록주황색동그라미가표시되어있습니다. 튜브에는필요한경우라이브러리를보관할수있는나사식캡이있습니다. 시퀀싱전에캡이제거되었는지확인하십시오. 그림 4 라이브러리튜브 플로우셀 NovaSeq 5000/6000 플로우셀은카트리지에들어있는패턴화된플로우셀입니다. 플로우셀은유리기반기질로, 정돈된정렬의수십억개의나노웰을포함하고이어아웃풋리드수와시퀀싱데이터양을증가시킵니다. 나노웰에서클러스터가생성되고이어서시퀀싱이수행됩니다. 각플로우셀에는풀링된라이브러리를시퀀싱하기위한여러개의레인이있습니다. S1 및 S2 플로우셀에는각각 2 개레인이있고, S4 플로우셀에는 4 개레인이있습니다. 여러스와스에서각레인의이미지가생성되면소프트웨어가각스와스이미지를타일이라고하는더작은부분으로분할합니다. 자세한내용은 44 페이지의플로우셀타일을참조하십시오. 10

그림 5 플로우셀 A 플로우셀카트리지 B 4레인플로우셀 (S4) C 2레인플로우셀 (S1 및 S2) 각플로우셀의하부에는 4 개의개스킷이있습니다라이브러리및시약은플로우셀의주입구끝의개스킷을통해플로우셀레인으로들어갑니다. 배출구끝의개스킷은레인에서사용된라이브러리및시약을배출합니다. 플로우셀처리시개스킷을건드리지않도록하십시오. 그림 6 뒤집은플로우셀 A 배출구끝 B 주입구끝 C 개스킷 (4개중 1개 ) 11

완충제, 클러스터및 SBS 카트리지 NovaSeq 5000/6000 완충제, 클러스터및 SBS 카트리지에는시약, 완충제및세척액이사전충전된알루미늄포장지에싸인저장소가있습니다. 시약키트에는각카트리지유형이하나씩들어있습니다. 카트리지는기기에바로장착되며장착오류를줄이기위해색상으로구분되어라벨이지정되어있습니다. 시약냉각기및완충제서랍에있는가이드를통해올바른방향을확인할수있습니다. 표 5 시약카트리지카트리지 NovaSeq 5000/6000 완충제카트리지 설명 시퀀싱완충제가사전충전되어있으며무게가최대 6.8kg(15lbs) 입니다. 플라스틱손잡이를사용하면운반, 장착및분리가용이합니다. 상판에있는움푹들어간자리에카트리지를채울수있습니다. NovaSeq 5000/6000 클러스터카트리지클러스터링, 인덱싱및페어드엔드시약과세척액이사전충전되어있으며, 라이브러리튜브에대한지정된위치가포함되어있습니다. 주황색라벨을통해 SBS 카트리지와클러스터카트리지를구별합니다. NovaSeq 5000/6000 SBS 카트리지 키트에서지원하는주기수 (300, 200 또는 100) 에특정한용량의시퀀싱시약이사전충전되어있습니다. 3 개의시약위치는각각자동실행후세척용으로예약된위치에인접해있습니다. 회색라벨이 SBS 카트리지를클러스터카트리지와구별합니다. 클러스터카트리지저장소 제거가능한저장소 위치 30 번의 denaturation 시약에는생식계에영향을미칠수있는독성유기아마이드인포름아마이드가들어있습니다. 시퀀싱실행후사용되지않은시약을안전하게폐기할수있도록이저장소를제거할수있습니다. 참고 SBS 카트리지는클러스터카트리지상단에쌓아놓지마십시오. 위치 30 번을해제할수있습니다. 12

준비된저장소 3 개의저장소가사용자지정프라이머용으로예약되어있으며, 빈위치는라이브러리튜브용으로예약되어있습니다. 실행설정중샘플추적을위해라이브러리튜브가클러스터카트리지에장착되며이후실행이종료될때까지카트리지에그대로남아있습니다. 그림 7 숫자가매겨진저장소 위치 설명 5, 6, 7 사용자지정프라이머 ( 선택사항 ) 용으로예약됨 8 라이브러리튜브 사용자지정프라이머에대한자세한내용은 NovaSeq 시리즈사용자지정프라이머안내서 ( 문서번호 1000000022266) 를참조하십시오. 13

3 장시작 기기시작 14 설정구성 14 사용자공급소모품및장비 18 기기시작 1 기기뒤쪽에있는전원스위치를 ( 켜기 ) 위치로전환합니다. 그림 8 전원스위치위치 2 기기오른쪽에있는전원스위치가파란색으로켜질때까지기다렸다가누릅니다. 그림 9 전원버튼위치 3 운영체제가로드되면해당사이트의사용자이름과암호를사용하여 Windows 에로그인합니다. 4 NovaSeq 제어소프트웨어를엽니다. 소프트웨어가시작되어시스템을초기화합니다. 초기화가완료되면 Home( 홈 ) 화면이나타납니다. 설정구성 제어소프트웨어에는수동또는파일기반실행모드를구성하는설정이포함되어있습니다. u Manual( 수동 ) 후속분석을위해데이터를지정된아웃풋폴더로보내는기본모드입니다. u File-Based( 파일기반 ) BaseSpace Clarity LIMS 또는다른 LIMS 시스템의파일을사용하여실행매개변수를정의하는대안모드입니다. 자세한내용은 15 페이지의 LIMS 아웃풋구성. 실행모드를구성할때는아웃풋폴더또는실행설정폴더의기존위치를지정해야합니다. 이러한폴더는필수이며잘못된위치는지정된위치가존재하지않는다는뜻입니다. 두실행모드모두분석을위해데이터를 BaseSpace 시퀀스허브로보내는옵션이있습니다. 14

수동모드구성 1 Main Menu( 메인메뉴 ) 에서 Settings( 설정 ) 를선택합니다. Settings( 설정 ) 화면이 Mode Selection( 모드선택 ) 탭으로열립니다. 2 Manual( 수동 ) 을선택합니다. 3 아웃풋폴더의기본설정네트워크위치를입력하거나이동합니다. C:\, D:\ 또는 Z:\ 드라이브에위치를지정하지마십시오. 그렇게하면잘못된드라이브오류가발생합니다. 이설정은기본위치입니다. 아웃풋폴더위치는실행할때마다변경할수있습니다. 참고 실행모니터링및저장에 BaseSpace 시퀀스허브를사용중인경우아웃풋폴더는선택사항입니다. 4 [ 선택사항 ] 로그파일을 Illumina 에보내지않으려면 Send Instrument Performance Data to Illumina (Illumina 에기기성능데이터보내기 ) 체크박스를선택취소하십시오. 활성화한경우이옵션을사용하려면외부인터넷연결이필요합니다. 5 Save( 저장 ) 를선택합니다. 파일기반모드구성 1 Main Menu( 메인메뉴 ) 에서 Settings( 설정 ) 를선택합니다. Settings( 설정 ) 화면이 Mode Selection( 모드선택 ) 탭으로열립니다. 2 File-Based( 파일기반 ) 를선택합니다. 3 LIMS 파일이포함된실행설정폴더의기본설정네트워크위치를입력하거나찾습니다. 실행을설정하기전에적절한 LIMS 파일이실행설정폴더에추가되었는지확인합니다. 실행설정중에소프트웨어는라이브러리튜브 RFID 를사용하여현재실행에대한파일을찾습니다. 4 [ 선택사항 ] 아웃풋폴더의기본설정네트워크위치를입력하거나이동합니다. C:\, D:\ 또는 Z:\ 드라이브에위치를지정하지마십시오. 그렇게하면잘못된드라이브오류가발생합니다. 아웃풋폴더위치는실행할때마다변경할수있습니다. 5 [ 선택사항 ] 로그파일을 Illumina 에보내려면 Send Instrument Performance Data to Illumina(Illumina 에기기성능데이터보내기 ) 체크박스를선택취소하십시오. 활성화한경우이옵션을사용하려면외부인터넷연결이필요합니다. 6 Save( 저장 ) 를선택합니다. LIMS 아웃풋구성 시스템이파일기반모드로구성된경우 BaseSpace Clarity LIMS 가아닌다른 LIMS 소프트웨어를사용하려면 *.json 형식의실행설정파일을생성하도록 LIMS 를구성합니다. 파일이름은라이브러리튜브 ID 와일치해야합니다. 이파일은다음필드를포함해야하며, 파일이름과값은대소문자를구분하지않습니다. 15

필드이름 값 run_name run_mode 다음모드중하나 : S1 S2 S4 workflow_type librarytube_id rehyb* Flowcell_ID paired_end read1 read2 index_read1 index_read2 영문자, 숫자, 하이픈및밑줄을포함할수있는기본설정실행이름 NoIndex, SingleIndex 또는 DualIndex 라이브러리튜브의 RFID True 또는 False 플로우셀의 ID True 또는 False 151 이하의값 151 이하의값 20 이하의값 20 이하의값 output_folder 아웃풋폴더의경로 ( 이스케이프시퀀스에두개의백슬래시사용 ) attachment 샘플시트또는기타 *.csv 형식파일의경로 ( 이스케이프시퀀스에두개의백슬래시사용 ) use_basespace basespace_mode use_custom_read1_primer use_custom_read2_primer use_custom_index_read1_primer True 또는 False RunMonitoringOnly 또는 RunMonitoringAndStorage True 또는 False True 또는 False True 또는 False * NovaSeq 제어소프트웨어 v1.0 에서는재혼성화를사용할수없습니다. 이름이 VY9999999-TMP.json 인 *.json 파일예 : "run_name":"test Experiment", "run_mode":"s2", "workflow_type":"dualindex", "librarytube_id":"vy9999999-tmp", "rehyb":false, "paired_end":true, "read1":151, "read2":151, "index_read1":8, "index_read2":8, "output_folder":"z:\\outputfolder", "attachment":"z:\\samplesheet.csv", "use_basespace":true, "basespace_mode":"runmonitoringandstorage", "use_custom_read1_primer":false, "use_custom_read2_primer":false, "use_custom_index_read1_primer":false 16

BaseSpace 시퀀스허브구성 다음지침을사용하여 BaseSpace 시퀀스허브의기본설정을구성합니다. 실행설정중에현재실행에대한 BaseSpace 시퀀스허브를비활성화하고실행모니터링및저장설정을변경할수있습니다. BaseSpace 시퀀스허브에연결하려면인터넷연결이필요합니다. 1 Main Menu( 메인메뉴 ) 에서 Settings( 설정 ) 를선택합니다. Settings( 설정 ) 화면이 Mode Selection( 모드선택 ) 탭으로열립니다. 2 BaseSpace Sequence Hub(BaseSpace 시퀀스허브 ) 체크박스를선택합니다. 3 다음중에서 Configuration( 구성 ) 옵션을선택합니다. u Run Monitoring and Storage( 실행모니터링및저장 ) 원격모니터링과데이터분석을위해실행데이터를 BaseSpace 시퀀스허브로전송합니다. 이옵션을사용하려면실행이포함된 SampleSheet.csv라는샘플시트를업로드해야합니다. u Run Monitoring Only( 실행모니터링만 ) 실행을원격으로모니터링할수있도록 InterOp, 로그및기타비CBCL 실행파일을 BaseSpace 시퀀스허브로전송합니다. 4 Hosting Location( 호스팅위치 ) 드롭다운메뉴에서 EU (Frankfurt) 또는 USA (N. Virginia) 를선택합니다. 이옵션은데이터를업로드할위치를결정합니다. 5 BaseSpace Enterprise 가입자인경우, a Private Domain( 개인도메인 ) 체크박스를선택합니다. b BaseSpace 시퀀스허브로 SSO( 통합인증 ) 하는데사용되는도메인이름을입력합니다. 6 Save( 저장 ) 를선택합니다. 샘플시트이름 NovaSeq 6000 실행에사용되고 BaseSpace 시퀀스허브에업로드되는샘플시트는이름을 SampleSheet.csv ( 대소문자구분 ) 로지정해야합니다. 샘플시트이름을잘못지정하고 Run Monitoring and Storage( 실행모니터링및저장 ) 를사용하는경우 BaseSpace 시퀀스허브에실행에대한주의플래그가지정됩니다. 플래그가지정된실행은 More( 자세히 ) Fix Sample Sheet and Requeue( 샘플시트수정및리큐 ) 를선택한다음적절한샘플시트를입력하여 FASTQ 생성을대기상태로전환할수있습니다. 이경우샘플시트를제공할때까지시퀀싱데이터를 FASTQ 파일로변환할수없습니다. bcl2fastq2 변환소프트웨어 v2.19 이상을사용하여데이터를로컬로 FASTQ 파일로변환하는경우명령줄옵션 --sample-sheet 를사용하여원하는위치에원하는 CSV 파일을지정할수있습니다. 명령줄에는모든파일이름을사용할수있습니다. 소프트웨어업데이트구성 소프트웨어업데이트자동확인은기본적으로활성화되어있습니다. Settings( 설정 ) 에서업데이트에대한자동확인을비활성화하거나활성화할수있습니다. 1 Main Menu( 메인메뉴 ) 에서 Settings( 설정 ) 를선택합니다. 2 Software Update( 소프트웨어업데이트 ) 를선택합니다. 3 If enabled, the instrument will display a notification when a Software Updates is available( 활성화된경우소프트웨어업데이트가사용가능하면기기에서알림표시 ) 확인란을선택합니다. 4 Save( 저장 ) 를선택합니다. 17

사용자공급소모품및장비 사용자공급소모품준비, 시퀀싱및시스템관리에사용되는소모품과장비는다음과같습니다. 소모품 소모품공급업체용도 1N NaOH( 수산화나트륨 ) 일반실험용품공급업체라이브러리변성을위해 0.2N 으로희석. 10mM Tris-HCl, ph 8.5 일반실험용품공급업체 Denaturation 전라이브러리및 PhiX 제 어 ( 선택사항 ) 희석 400mM Tris-HCl, ph 8.0 일반실험용품공급업체 변성후라이브러리중화및선택적 PhiX 제어 이소프로필알코올일반실험용품공급업체대물렌즈세척카트리지지원 시약또는분광광도계등급이소프로필알코올 (99%), 100ml 병 일반실험용품공급업체 주기적으로광학컴포넌트세척 원심분리병, 500ml 일반실험용품공급업체관리세척용트윈 20 희석. 원심분리튜브, 30ml 일반실험용품공급업체 관리세척용 NaOCl( 차아염소산나트륨 ) 희석. 이소프로필알코올천, 70% 또는에탄올, 70% VWR, 카탈로그번호 95041-714 또는동급일반실험용품공급업체 일회용장갑, 비분말성 (powder-free) 일반실험용품공급업체일반용도. 보풀이적게이는실험실용티슈 VWR, 카탈로그번호 21905-026 또는동급 실행전에컴포넌트세척및일반용도. 플로우셀대건조및일반용도. 미량원심분리기튜브, 1.5ml VWR, 카탈로그번호 20170-038( 또는동급 ) NaOH 및라이브러리희석시용량혼합. NaOCl, 5% Sigma-Aldrich, 카탈로그번호 239305 관리세척수행. NovaSeq 5000/6000 시약키트 Illumina, 카탈로그번호는 1 페이지의 9 페이지의키트개요참조 시퀀싱실행수행 트윈 20 Sigma-Aldrich, 카탈로그번호 P7949 관리세척수행. 일반실험실용순수 (1 페이지의 19 페이지의일반실험실용순수지침 ) [ 선택사항 ] PhiX 제어 v3 Illumina, 카탈로그번호 FC-110-3001 일반실험용품공급업체라이브러리변성을위해 NaOH 희석. 관리세척을위해트윈 20 및차아염소산나트륨희석. PhiX 제어주입. 18

Illumina 키트의소모품 플로우셀하나를시퀀싱하려면하나의 NovaSeq 5000/6000 시약키트가필요합니다. 각키트는다음표에나열된여러소모품으로구성됩니다. 이중플로우셀실행의경우 2 개의키트를사용합니다. 표 6 NovaSeq 5000/6000 시약키트의소모품 소모품 ( 각각하나 ) 용도 완충제카트리지실행을위한시퀀싱완충제를제공합니다. 클러스터카트리지실행을위한클러스터링, 인덱싱및페어드엔드시약을제공합니다. 플로우셀클러스터링및시퀀싱반응이플로우셀에서일어납니다. SBS 카트리지실행을위한시퀀싱시약을제공합니다. 라이브러리튜브 일반실험실용순수지침 시퀀싱을위한풀링및 denaturation 된라이브러리 ( 고객제공 ) 를수용하는데사용되는비어있는튜브. 항상일반실험실용순수또는탈이온수를사용하여기기절차를수행합니다. 수돗물을사용해서는안됩니다. 사용가능한물등급또는동급의물은다음과같습니다. u u u u u u 장비 탈이온수 Illumina PW1 18 메그옴 (MΩ) 수 Milli-Q 수 Super-Q 수 분자생물실험용순수 품목냉동고, -25 C~-15 C 얼음통피펫, 단일채널, 20µl 피펫, 단일채널, 200µl 피펫, 단일채널, 1000µl 냉장고, 2 C~8 C 통, 수조 * 공급원일반실험용품공급업체일반실험용품공급업체일반실험용품공급업체일반실험용품공급업체일반실험용품공급업체일반실험용품공급업체일반실험용품공급업체 * 2 개의시약카트리지와적절한수위의물을수용할수있는통을사용하십시오. 예 : 61cm(24 in) 91.4cm(36 in) 25.4 cm(10 in) 19

4 장소모품준비 방법 20 라이브러리지침 20 SBS 및클러스터카트리지해동 20 시퀀싱을위한라이브러리풀링및 denaturation 21 방법 u 필요한소모품과장비가있는지확인합니다. 1 페이지의 18 페이지의사용자공급소모품및장비. u 소모품을준비할때항상라벨을검사하여컴포넌트간의호환성을확인합니다. S1, S2 및 S4 컴포넌트를혼합및일치시키지마십시오. u 지정된용량, 온도및기간을사용하여표시된순서대로지침을따릅니다. u 지침에중지시점이지정된경우를제외하고다음단계로즉시이동하십시오. 라이브러리지침 모든지침은지원되는라이브러리준비방법에적용되며, 지원되는 NovaSeq 6000 애플리케이션에일반적인삽입크기를가정합니다. u 최상의결과를얻으려면라이브러리를풀링및변성하여즉각적으로시퀀싱하십시오. u u 라이브러리를애플리케이션에적절한장착농도로희석하십시오. 장착농도가너무낮거나너무높으면필터통과클러스터의비율 (%PF) 에부정적인영향을미칩니다. 라이브러리농도가낮으면시퀀싱중복률이증가합니다. 최적 %PF 를달성하려면정확한라이브러리정량화및적절한품질관리가필요합니다. 권장사항은라이브러리준비키트설명서를참조하십시오. SBS 및클러스터카트리지해동 1 SBS 및클러스터카트리지를 -25 C~-15 C 보관소에서꺼냅니다. 2 각카트리지를해동용와이어랙에둡니다. 랙은기기와함께제공되고수조에서카트리지가뒤집히지않도록해줍니다. 그림 10 해동용와이어랙에있는카트리지 20

3 실온의수조 (19 C~25 C) 에넣어해동합니다. 절반정도만담급니다. 아래표를사용하여해동기간을결 정합니다. 카트리지 S1 및 S2 클러스터카트리지 S1 및 S2 SBS 카트리지 S4 클러스터카트리지 S4 SBS 카트리지 해동기간최대 2시간 4시간최대 4시간최대 4시간 참고 시약을다시냉동해야하는경우해동직후냉동하십시오. 시약은한번만다시냉동할수있습니다. 4 종이타월을사용하여카트리지바닥의물기를완전히제거합니다. 웰사이의물기를완전히제거합니다. 5 알루미늄포장지에물기가있는지검사합니다. 물기가있을경우보풀없는티슈로물기를완전히닦아냅니다. 6 시약을 4 시간이내에기기에장착할수없는경우최대 24 시간동안 2 C~8 C 에서보관합니다. 시퀀싱을위한라이브러리풀링및 denaturation 정규화된라이브러리풀만들기 다음지침을사용하여라이브러리를최소 1nM 로정규화한다음풀링합니다. 플로우셀에자동장착된라이브러리는정규화된풀 1 개로결합해야합니다. 정규화된풀의총용량은모드 (S1, S2, S4) 에따라 85µl, 150µl 또는 310µl 입니다. 풀링할라이브러리정규화 1 원하는최종장착농도를기반으로필요한풀링된라이브러리농도를결정합니다. 자세한내용은권장장착농도를참조하십시오. 표 7 플로우셀 1 개의농도 최종장착농도 (pm) 풀링된라이브러리농도 (nm) 총용량 (µl) S1 S2 S4 200 1 85 150 310 250 1.25 85 150 310 300 1.5 85 150 310 350 1.75 85 150 310 400 2 85 150 310 450 2.25 85 150 310 500 2.5 85 150 310 550 2.75 85 150 310 600 3 85 150 310 2 10mM Tris-HCl ph, 8.5 를사용하여원하는풀링된라이브러리농도로라이브러리를정규화합니다. 라이브러리를적절한농도로희석하는방법에대한도움이필요하면 support.illumina.com/help/poolingcalculator/pooling-calculator.html 에서풀링계산기를참조하십시오. 21

권장장착농도 최적 DNA 장착농도는라이브러리유형및삽입크기에따라다릅니다. 다음표에는삽입크기가 450bp 이하인 Illumina 라이브러리를기준으로권장되는 DNA 장착농도가나와있습니다. 권장범위의하한에해당하는보다작은삽입크기로라이브러리를장착하십시오. 450bp 를초과하는라이브러리의경우보다높은장착농도가필요할수도있습니다. 라이브러리유형 최종장착농도 (pm) 풀링된장착농도 (nm) PhiX*, 소프트웨어버전 v1.0.3 이하버전 300 1.5 PhiX*, 소프트웨어버전 v1.1 175 1.5 DNA PCR 미사용라이브러리풀 250~350 1.25~1.75 DNA PCR 증폭라이브러리풀 400~600 2.0~3.0 * PhiX 전용실행에만해당 HiSeq X, HiSeq 4000 또는 HiSeq 3000 에대한장착농도를최적화한경우 NovaSeq 6000 에는해당농도의 1.5 배를사용하십시오. 예를들어, HiSeq X 의장착농도가 200pM 인경우 NovaSeq 6000 에는 300pM 을사용합니다. 정규화된라이브러리풀링및 PhiX 제어 ( 선택사항 ) 추가 1 새미량원심분리기튜브에서 1nM 이상으로정규화된각라이브러리의적절한용량을혼합하여다음최종용량중하나로만듭니다. 모드 최종용량 (µl) S1 85 S2 150 S4 310 예를들어, 6 플렉스라이브러리풀및 S2 모드의경우동일한농도로정규화된라이브러리각각을 25µl 씩혼합합니다. 또는 4 플렉스라이브러리풀및 S1 모드의경우 denaturation 되지않은정규화된 21.25µl 의라이브러리각각을혼합합니다. 2 [ 선택사항 ] 풀링되지않은 1nM 이상의나머지라이브러리는 -25 C~-15 C 에서보관합니다. 3 [ 선택사항 ] denaturation 되지않은 1% PhiX 를다음과같이주입합니다. a 10mM Tris-HCl, ph 8.5를사용하여 10nM PhiX를 2.5nM로희석합니다. b 적절한용량의 denaturation되지않은 2.5nM PhiX를 denaturation되지않은라이브러리풀의튜브에첨가합니다. 모드 denaturation 되지않은 2.5nM PhiX(µl) denaturation 되지않은라이브러리풀 (µl) S1 0.5 85 S2 0.9 150 S4 1.9 310 PhiX 를주입할때라이브러리의밸런스를잘맞추기위해권장되는양은 1% 입니다. 다이버시티가낮은라이브러리에서는더필요할수있습니다. 다이버시티가낮은라이브러리에서 PhiX 제어를사용하려면 Illumina 기술지원부에지원을문의합니다. 새 NaOH 희석액준비 시퀀싱을위해라이브러리를 denaturation 할 0.2N NaOH 의새희석액을준비합니다. 작은피펫작업오류가최종 NaOH 농도에영향을미치지않도록하기위해추가용량이준비됩니다. 22

주의 Denaturation 프로세스에는깨끗하게희석된 0.2 N NaOH 가필요합니다. Denaturation 이적절하지않으면수율이감소할수있습니다. 1 미량원심분리기튜브의다음용량을혼합하여 1N NaOH 를 0.2N 으로희석합니다. 표 8 S1/S2 모드 시약플로우셀 1 개의용량 (µl) 플로우셀 2 개의용량 (µl) 일반실험실용순수 40 80 조제한용액 1N NaOH 10 20 이러한용량을혼합하면플로우셀 1 개의경우 50µl 0.2N NaOH, 플로우셀 2 개의경우 100µl 0.2N NaOH 가만들어집니다. 표 9 S4 모드 시약플로우셀 1 개의용량 (µl) 플로우셀 2 개의용량 (µl) 일반실험실용순수 80 160 조제한용액 1N NaOH 20 40 이러한용량을혼합하면플로우셀 1 개의경우 100µl 0.2N NaOH, 플로우셀 2 개의경우 200µl 0.2N NaOH 가만들어집니다. 2 여러차례뒤집어계속혼합하거나소용돌이를만듭니다. 캡을닫은상태로튜브를보관하고 12 시간이내로사용하십시오. 라이브러리풀및 PhiX 제어 ( 선택사항 ) denaturation 1 다음과같이 denaturation 되지않은라이브러리풀튜브및 PhiX( 선택사항 ) 에 0.2N NaOH 를첨가합니다. 플로우셀 0.2 N NaOH denaturation 되지않은라이브러리풀 (µl) 만들어지는용량 S1 21 85 106µl 또는 106.7µl(PhiX 포함 ) S2 37 150 187µl 또는 187.9µl(PhiX 포함 ) S4 77 310 387µl 또는 388.9µl(PhiX 포함 ) 2 캡을덮고잠시소용돌이를만듭니다. 3 280 g 에서최대 1 분간원심분리합니다. 4 denaturation 하려면실온에서 8 분동안배양합니다. 5 중화하려면다음과같이 400mM Tris-HCl, ph 8.0 을첨가합니다. 모드 400 Tris-HCl, ph 8.0 (µl) 만들어지는용량 S1 21.5 127.5µl 또는 128.2µl(PhiX 포함 ) S2 38 225µl 또는 225.9µl(PhiX 포함 ) S4 78 465µl 또는 466.9µl(PhiX 포함 ) 6 캡을덮고잠시소용돌이를만듭니다. 7 280 g 에서최대 1 분간원심분리합니다. 23

8 denaturation 라이브러리또는 denaturation 라이브러리및 PhiX 의전체용량을키트와함께제공된라이브러리튜브에옮깁니다. 주의 즉시라이브러리튜브를클러스터카트리지에장착하고실행을설정하십시오. 라이브러리튜브가포함된시약카트리지를 30 분이내에기기에장착해야합니다. 9 [ 선택사항 ] 실행을즉시진행할수없는경우라이브러리튜브의캡을닫고 -25 C~-15 C 에서최대 3 주동안보관할수있습니다. 해동후에는다시냉동하지마십시오. 주의 필요한경우에만라이브러리튜브를보관하십시오. -25 C~-15 C 에서장기간보관하면중복률이증가하여수율이감소할수있습니다. 라이브러리튜브장착 1 바닥에있는라이브러리가섞이지않도록하면서클러스터카트리지의라이브러리튜브위치 (8 번 ) 에캡을닫지않은라이브러리튜브를삽입합니다. 그림 11 위치 8 번에장착된캡을닫지않은라이브러리튜브 24

5 장시퀀싱 리드주기수 25 시퀀싱실행설정 25 실행진행률모니터링 31 실행삭제 32 위치 30번제거 32 자동실행후세척 33 리드주기수 시퀀싱실행시리드및리드 2 에서수행된주기수는분석한주기수보다하나가더많습니다. 예를들어, 페어드엔드 150 주기를실행하려면총 302 주기 (2 151) 가되도록리드 1 및리드 2 필드에 151 을입력하십시오. 실행이끝날때 2 150 주기가분석됩니다. 각리드에서여분의주기는계산을위상화및사전위상화하는데사용됩니다. 각인덱스리드에대해최대 20 주기가허용됩니다. 그러나리드 1, 리드 2 및인덱스리드의총주기수는키트주기수 (300, 200 또는 100) 에 25 를더한값을초과할수없습니다. 추가 25 개주기는 7 개의어두운주기를포함하는듀얼인덱싱에사용됩니다. 시퀀싱실행설정 1 다음과같이플로우셀을준비합니다. a 2 C~8 C 의보관소에서새플로우셀패키지를꺼냅니다. b 응축을방지하기위해개봉하지않은패키지를실온에서 10~15 분간따로보관합니다. 2 다음과같이 SBS 및클러스터카트리지를준비합니다. a 각카트리지의하부를검사하여저장소에얼음이없는지확인합니다. ice이는시약이해동되었음을나타냅니다. b 각카트리지를 10번뒤집어시약을혼합합니다. c 작업대에서각카트리지바닥을가볍게두드려공기방울을제거합니다. 3 기기표면에서모든항목을제거합니다. 시퀀싱실행중에는표면을깨끗하게유지하고기기에기대지마십시오. 플로우셀도어에압력을가하면도어가열릴수있으며도어가열릴경우실행이중지됩니다. 중지된실행은다시시작할수없습니다. 4 Home( 홈 ) 화면에서 Sequence( 시퀀스 ) 를선택한다음단일또는이중플로우셀실행을선택합니다. u A+B 이중플로우셀실행을설정합니다. u A A 측에서단일플로우셀실행을설정합니다. u B B 측에서단일플로우셀실행을설정합니다. 소프트웨어는장착부터시작하여일련의실행설정화면을초기화합니다. 참고 단일플로우셀을교차실행합니다. 자세한내용은 37 페이지의플로우셀 A 및플로우셀 B 의교차실행을참조하십시오. 5 OK( 확인 ) 를선택하여경고를확인하고플로우셀도어를엽니다. 25

플로우셀장착 1 이전실행에서플로우셀을제거합니다 ( 있는경우 ). 2 플로우셀대에미립자가보이면알코올천으로전체대와광학배열대상의유리표면을닦습니다. 보풀없는티슈로물기를닦아냅니다. 그림 12 플로우셀대 3 다음과같이포장에서플로우셀을꺼냅니다. a 새비분말성 (powder-free) 장갑을착용하여플로우셀의유리표면이오염되지않도록합니다 b 알루미늄포장지를평평한표면위에두고각진포장지의끝에서부터벗겨서개봉합니다. c 알루미늄포장지에서개폐형케이스를꺼냅니다. d 개폐형케이스를열고플로우셀을꺼냅니다. 유리나개스킷하부를건드리지않도록플로우셀측면을꼭쥡니다. e 유리표면에미립자가보이는경우보풀없는알코올천으로해당하는표면을닦고보풀이적게이는실험실용티슈로물기를완전히닦아냅니다. 참고 플로우셀의일부스크래치와기타사소한표면적결함은정상이며데이터품질에영향을미치지않습니다. 4 플로우셀을 4 개의볼록한클램프위에맞추고플로우셀대에놓습니다. 그림 13 클램프위에맞춰장착한플로우셀 5 Close Flow Cell Door( 플로우셀도어닫기 ) 를선택합니다. 플로우셀도어가닫히고센서및 RFID 를확인한후화면에플로우셀 ID 가표시됩니다. 26

SBS 및클러스터카트리지장착 1 액체부분도어를연다음시약냉각기도어를엽니다. 2 사용한 SBS 및클러스터카트리지를제거합니다. 사용한카트리지에는구멍이뚫린알루미늄포장지가있습니다. 3 해당표준에따라사용하지않은내용물을폐기합니다. 클러스터카트리지의위치 30 번을안전하게폐기하려면 32 페이지의위치 30 번제거를참조하십시오. 4 Insert( 삽입 ) 라벨이기기뒤쪽을향하도록시약냉각기서랍에다음과같이준비된카트리지를장착합니다. u SBS 카트리지 ( 회색라벨 ) 는왼쪽에둡니다. u 캡을닫지않은라이브러리튜브가포함된클러스터카트리지 ( 주황색라벨 ) 는오른쪽에둡니다. 그림 14 장착된시약카트리지 5 서랍을냉각기로밀어넣은다음시약냉각기도어를닫습니다. 센서및 RFID 가확인됩니다. 라이브러리튜브및카트리지 2 개의 ID 가화면에표시됩니다. 완충제카트리지장착 1 금속손잡이를당겨완충제서랍을엽니다. 2 완충제서랍오른쪽에서사용한완충제카트리지를제거합니다. 사용한완충제카트리지에는구멍이뚫린알루미늄포장지가있습니다. 사용한완충제카트리지는재활용할수있는유일한카트리지입니다. 3 Illumina 라벨이기기전면을향하도록새완충제카트리지를완충제서랍에넣습니다. 카트리지를서랍바닥과측면에있는볼록한가이드에맞춥니다. 적절하게장착되면완충제카트리지가평평하게장착되고서랍을닫을수있습니다. 27

그림 15 완충제카트리지장착 사용한시약병비우기 다음지침을사용하여시퀀싱실행을할때마다사용한시약병을비웁니다. 시스템이사용한시약을외부로보내도록구성된경우에도소용량병은사용한시약을수집하고대용량병은제자리에있어야합니다. 경고 이시약세트에는위험할수있는유해화학물이들어있습니다. 흡입, 섭취하거나피부또는눈에접촉할경우인체에상해를입을수있습니다. 노출위험에적합한보안경, 장갑, 실험실가운등의보호장비를착용하십시오. 사용한시약은화학폐기물로처리하고해당되는국가및지역법률과규정에따라폐기하십시오. 자세한환경, 보건건강, 및안전정보는 support.illumina.com/sds.html 에서 SDS 를참조하십시오. 1 다음과같이사용한소용량시약병을꺼내서비웁니다. a 레버를올리고알코브에서사용한소용량시약병을꺼냅니다. 병의측면을꼭쥡니다. b 병의전면에있는캡홀더에서나사식캡을제거합니다. c 병입구를캡으로밀폐하여엎질러지지않도록합니다. d 내용물은다른병의내용물과따로보관하고관련기준에따라폐기합니다. e 캡을닫지않은병을알코브에다시넣은다음레버를내립니다. 캡을캡홀더에보관합니다. 2 다음과같이사용한대용량시약병을꺼내서비웁니다. a 상단손잡이를사용하여완충제카트리지왼쪽에서사용한대용량시약병을꺼냅니다. b 병의전면에있는캡홀더에서나사식캡을제거합니다. c 병입구를나사식마개로밀폐하여엎질러지지않도록합니다. d 관련기준에따라내용물을폐기합니다. 비울때는두손잡이를잡습니다. e 캡을닫지않은병은완충제서랍에다시넣습니다. 캡을캡홀더에보관합니다. 28

그림 16 빈병다시넣기 3 새비분말성 (powder-free) 장갑을착용하여기기의표면이오염되지않도록합니다. 4 완충제서랍을닫은다음액체부분도어를닫습니다. 센서및 RFID 를확인한후화면에완충제카트리지 ID 가표시됩니다. 5 사용한두시약병이비어있다는것을확인하는체크박스를선택합니다. 경고 사용한시약병이비워지지않을경우실행이종료되고흘러넘칠수있으며기기가손상되어안전위험에노출됩니다. 6 다음중사용가능한버튼을선택합니다. u Log In( 로그인 ) - BaseSpace 시퀀스허브에로그인할수있는 Log In( 로그인 ) 화면을엽니다. BaseSpace 시퀀스허브로그인을계속합니다. u Run Setup( 실행설정 ) - BaseSpace 시퀀스허브를건너뛰고실행매개변수를입력할수있는 Run Setup ( 실행설정 ) 화면을엽니다. 1페이지의 30페이지의실행매개변수입력. 사용가능한버튼은시스템이 BaseSpace 시퀀스허브에대해구성되었는지여부에따라다릅니다. BaseSpace 시퀀스허브로그인 1 [ 선택사항 ] 현재실행에맞게 BaseSpace 시퀀스허브설정을업데이트합니다. u BaseSpace 시퀀스허브를비활성화하려면 BaseSpace Sequence Hub(BaseSpace 시퀀스허브 ) 체크박스를선택취소한다음 Run Setup( 실행설정 ) 을선택하여로그인하지않고진행합니다. u 원격모니터링및데이터분석을위해 BaseSpace 시퀀스허브로실행데이터를보내려면 Run Monitoring and Storage( 실행모니터링및저장 ) 를선택합니다. 이옵션에는샘플시트가필요합니다. u InterOp 파일, runinfo.xml 및 runparameters.xml을 BaseSpace 시퀀스허브로전송하여실행을원격으로모니터링하려면 Run Monitoring( 실행모니터링만 ) 을선택합니다. 2 BaseSpace 시퀀스허브사용자이름과암호를입력한다음 Sign In( 로그인 ) 을선택합니다. 3 메시지가표시되면실행데이터를업로드할작업그룹을선택한다음 Run Setup( 실행설정 ) 을선택합니다. 여러작업그룹에속해있는경우에만메시지가표시됩니다. 29

실행매개변수입력 1 Run Name( 실행이름 ) 필드에원하는실행이름을입력하여현재실행을식별합니다실행이름은영숫자, 하이픈및밑줄을포함할수있습니다. 2 시퀀싱실행에서각리드의주기수를입력합니다. u Read 1( 리드 1) 최대 151 주기값을입력합니다. u Index 1( 인덱스 1) 인덱스 1(i7) 프라이머에대해최대 20 주기값을입력합니다. u Index 2( 인덱스 2) 인덱스 2(i5) 프라이머에대해최대 20 주기값을입력합니다. u Read 2( 리드 2) 최대 151 주기값을입력합니다. 보통이값은 Read 1( 리드 1) 값과동일합니다. 3 Advanced Options( 고급옵션 ) 를확장하여현재실행에설정을적용합니다. 이러한설정은별도의표시가없을경우선택사항입니다. u Custom Primers( 사용자지정프라이머 ) - Custom Primers( 사용자지정프라이머 ) 체크박스를선택한후다음중적절한체크박스를선택합니다. u Read 1( 리드 1) - 리드 1에사용자지정프라이머를사용합니다. u Read 2( 리드 2) - 리드 2에사용자지정프라이머를사용합니다. u Custom Index( 사용자지정인덱스 ) - 리드 1에사용자지정인덱스를사용합니다. u Output Folder( 아웃풋폴더 ) Browse( 찾아보기 ) 를선택하여현재실행에대한아웃풋폴더를변경합니다. 저장을위해해당실행을 BaseSpace 시퀀스허브에연결하지않은경우아웃풋폴더는필수입니다. u Attachment( 첨부파일 ) - Browse( 찾아보기 ) 를선택하여샘플시트를업로드합니다. 이는실행모니터링및저장또는기타 CSV 파일에 BaseSpace 시퀀스허브를사용중인경우필수입니다.CSV 파일은아웃풋폴더로복사되며실행매개변수에영향을주지않습니다. 4 Review( 검토 ) 를선택합니다. 소프트웨어는지정된매개변수가레시피로적절한지확인합니다. 실행매개변수확인 1 Review( 검토 ) 화면에실행매개변수확인이표시됩니다. 2 [ 선택사항 ] Run Setup( 실행설정 ) 화면으로돌아가서실행매개변수를편집하려면 Back( 뒤로 ) 을선택하십시오. 3 Start Run( 실행시작 ) 을선택합니다. 실행전검사가자동으로시작됩니다. 실행전검사검토 실행전검사에성공하면시퀀싱실행이자동으로시작되며약 5 분이소요됩니다. 실행을시작하려면모든오류를해결해야합니다. 1 페이지의 39 페이지의실행전검사오류. 참고 하드드라이브용량을초과하지않으려면실행시작후데이터를 C:\ 로복사하지마십시오. 1 실행전검사에실패한경우 Retry( 재시도 ) 를선택하여실패한검사를다시시작하거나 Retry All( 모두재시도 ) 을선택하여모든검사를다시시작합니다. 오류세부정보를보려면 Error( 오류 ) 아이콘을선택하십시오. 30

2 배열검사에실패한경우다음과같이오류를해결하십시오. a Reload( 다시장착 ) 를선택한다음 OK( 확인 ) 를선택하여 Load( 장착 ) 화면으로돌아가는것을확인합니다. b 기기표면에서모든항목을제거한다음 OK( 확인 ) 를선택합니다. c 플로우셀을다시장착한다음 Run Setup( 실행설정 ) 을선택합니다. d 각화면을진행하여각 RFID 를다시읽고 Pre-Run Check( 실행전검사 ) 화면으로돌아갑니다. e 검사를다시수행합니다. 실행진행률모니터링 1 메트릭이화면에표시되면실행진행률, 인텐시티및 quality score 를모니터링합니다. 실행메트릭에대한자세한내용은 43 페이지의실시간분석을참조하십시오. 그림 17 시퀀싱실행진행률및메트릭 A Time to completion( 완료시간 ) 실행완료날짜및시간 (yyyy-mm-dd hh:mm) 입니다. B Run progress( 실행진행률 ) 현재실행단계입니다. 진행률표시줄은각단계의실행률에비례하지않습니다. C Q-Score(Q- 점수 ) quality score(q- 점수 ) 분포입니다. D Intensity( 인텐시티 ) 90 번째백분위수로각타일의클러스터인텐시티값입니다. 그래프색상은빨간색및녹색채널을나타냅니다. E Clusters Passing Filter( 필터통과클러스터 )(%) 필터를통과한클러스터의백분율입니다. F Estimated Yield( 추정수율 )(Gb) 실행에대한예상염기수입니다. G Q30 Q- 점수가 30 이상인실행의 base calls 백분율입니다. 실행메트릭 소프트웨어에실행하는동안생성된메트릭이표시됩니다. 메트릭은 RTA3 에서생성된후 InterOp 파일에기록되는데이터를기반으로도면, 그래프및표형식으로표시됩니다. 클러스터링에는약 2 시간이소요되며이후주기 1 로시퀀싱이시작됩니다. 시퀀싱이진행되면메트릭이업데이트됩니다. 26 주기후에는필터통과클러스터, 수율및 quality score(q- 점수 ) 를사용할수있습니다. 처리상태 Process Management( 프로세스관리 ) 화면에는각실행상태가나열됩니다. Main Menu( 메인메뉴 ) 에서 Process Management( 프로세스관리 ) 를선택합니다. 31

각실행이름에대해프로세스관리에상태가표시되는프로세스는다음과같습니다. u Run Status( 실행상태 ) CBCL 파일처리를기반으로합니다. u Network 범용복사서비스를사용한파일전송을기반으로합니다. u BaseSpace BaseSpace 시퀀스허브로의파일업로드를기반으로합니다 ( 해당되는경우 ). 프로세스가완료되면녹색확인표시가나타납니다. 자세한정보는 1 페이지의 7 페이지의프로세스관리. 실행삭제 데이터전송이완료되면 Process Management( 프로세스관리 ) 에서현재실행을삭제하여후속실행을위한공간을확보할수있습니다. 실행을삭제하면시스템관리파일을제거하거나네트워크또는 BaseSpace 시퀀스허브복사에영향을주지않고 CE 및 C:\ 가지워집니다. 시퀀싱중인실행은삭제할수없습니다. 1 Main Menu( 메인메뉴 ) 에서 Process Management( 프로세스관리 ) 를선택합니다. 2 [ 선택사항 ] 각실행프로세스에데이터전송이완료되었음을나타내는녹색확인표시가표시되는지확인합니다. 네트워크또는 BaseSpace 시퀀스허브로전송이완료되지않은실행도삭제할수있지만모든실행데이터가손실됩니다. 3 Delete Run( 실행삭제 ) 을선택한다음 Yes( 예 ) 를선택하여확인합니다. 4 Done( 완료 ) 을선택합니다. 위치 30 번제거 클러스터카트리지의위치 30 번저장소에는포름아마이드가들어있습니다. 포름아마이드는사용한클러스터카트리지에서제거되며별도로폐기합니다. 경고 이시약세트에는위험할수있는유해화학물이들어있습니다. 흡입, 섭취하거나피부또는눈에접촉할경우인체에상해를입을수있습니다. 노출위험에적합한보안경, 장갑, 실험실가운등의보호장비를착용하십시오. 사용한시약은화학폐기물로처리하고해당되는국가및지역법률과규정에따라폐기하십시오. 자세한환경, 보건건강, 및안전정보는 support.illumina.com/sds.html 에서 SDS 를참조하십시오. 1 장갑을착용하고 Detach after use( 사용후제거 ) 라는라벨이지정된흰색플라스틱탭을오른쪽으로누릅니다. 2 손으로또는저장소아래표면으로투명플라스틱탭을 Illumina 라벨쪽으로눌러클러스터카트리지아래에서저장소를해제합니다. 참고 보관시클러스터카트리지를쌓아놓지마십시오. 쌓아놓으면저장소가우발적으로분리될수있습니다. 그림 18 제거가능한위치 30 번 32

A B 제거할흰색플라스틱탭해제할투명플라스틱탭 3 해당표준에따라저장소를폐기합니다. 자동실행후세척 시퀀싱이완료되면소프트웨어가약 80 분이소요되는자동실행후세척을시작합니다. 위치 17 번에서 0.24% 차아염소산나트륨 (NaOCl) 이펌프되어 0.12% 로희석됩니다. 0.12% NaOCl 은 ExAmp 시약및라이브러리위치로펌프된다음플로우셀을통해사용된시약병으로펌프됩니다. 교차오염을방지하기위해시스템에서템플레이트를세척합니다. 세척이완료되면시스템이안전상태가되면서 Home( 홈 ) 버튼이활성화됩니다. 다음실행을수행할때까지소모품을제자리에둡니다. 세척이후에는 Sipper 를 SBS 및클러스터카트리지에그대로둬시스템에공기가유입되지않도록합니다. 사용된시약병을비울수있도록완충제카트리지에있는 Sipper 를올립니다. 33

6 장관리 예방관리 34 관리세척수행 34 플로우셀 A 및플로우셀 B의교차실행 37 소프트웨어업데이트 37 예방관리 Illumina 에서는매년예방관리서비스를예약할것을권장합니다. 서비스계약기간이지난경우해당지역계정관리자나 Illumina 기술지원부서에연락해유료예방관리서비스를요청하십시오. 관리세척수행 14 일마다사용자공급희석액 Tween 20 및 NaOCl 로시스템을세척하는관리세척을수행하라는메시지가표시됩니다. 희석액은모든 Sipper 를세척하기위해세척카트리지에서플로우셀, 사용한시약병및각카트리지저장소로펌프됩니다. 세척시간은약 80 분입니다. 관리세척에는사용한완충제카트리지와 SBS 세척카트리지, 클러스터세척카트리지및기기와함께제공된레인세척플로우셀이필요합니다. 시약카트리지와마찬가지로세척카트리지도장착오류를방지하기위해색상으로구분되어있습니다. SBS 세척카트리지에는트윈 20 희석액을위한중앙웰이있습니다. NaOCl 희석액은클러스터세척카트리지에있는저장소에추가됩니다. 그림 19 SBS 세척카트리지 ( 왼쪽 ) 및클러스터세척카트리지 ( 오른쪽 ) 세척액준비 1 일반실험실용순수 400ml 를 500ml 원심분리병에추가합니다. 2 100% 트윈 20 0.2ml 를추가하면 0.05% 트윈 20 세척액 400ml 를만듭니다. 새로준비한트윈 20 희석액을사용하여플루이딕시스템에미생물이들어가는것을방지합니다. 3 뒤집어서혼합합니다. 4 SBS 세척카트리지의중앙웰에서뚜껑을제거합니다. 34

5 중앙웰에세척액을추가합니다. 채움라인 ( 필요한최소용량을나타냄 ) 까지채웁니다. 다른저장소는빈채로둡니다. 그림 20 400ml 까지채운중앙웰 6 30ml 원심분리튜브에다음용량을섞어 20ml의 0.25% NaOCl를준비합니다. u 5% NaOCl(1ml) u 탈이온수 (19ml) 7 뒤집어서혼합합니다. 8 0.25% NaOCl 5ml 를클러스터세척카트리지에추가합니다. 올바른저장소는사전충전시약카트리지의위치 17 번에해당합니다. 다른모든저장소는빈채로둡니다. 그림 21 0.25% NaOCl 위치 세척플로우셀장착 1 기기표면에서모든항목을제거합니다. 관리세척실행중에는표면을깨끗하게유지하고기기에기대지마십시오. 플로우셀도어에압력을가하면도어가열릴수있고그렇게되면세척이중지됩니다. 2 Home( 홈 ) 화면에서 Wash( 세척 ) 를선택한후다음중에서세척할면을선택합니다. u A+B 양측을동시에세척합니다. u A A 측만세척합니다. u B B 측만세척합니다. 소프트웨어에서일련의세척화면을표시합니다. 35

3 OK( 확인 ) 를선택하여경고를확인하고플로우셀도어를엽니다. 4 세척플로우셀이아직없는경우하나를장착합니다. 5 Close Flow Cell Door( 플로우셀도어닫기 ) 를선택합니다. 도어가닫히고센서및 RFID 를확인한후화면에플로우셀 ID 가표시됩니다. 세척카트리지장착 세척카트리지및플로우셀은관리세척에필요합니다. 사용한실행소모품은사용하지마십시오. 1 액체부분도어를연다음시약냉각기도어를엽니다. 2 사용한 SBS 및클러스터시약카트리지를제거합니다. 해당표준에따라사용하지않은내용물을폐기합니다. 클러스터카트리지의위치 30 번을안전하게폐기하려면 32 페이지의위치 30 번제거를참조하십시오. 3 Insert( 삽입 ) 라벨이기기뒤쪽을향하도록시약냉각기서랍에세척카트리지를장착합니다. u SBS 카트리지 ( 회색라벨 ) 는왼쪽에둡니다. u 클러스터카트리지 ( 주황색라벨 ) 는오른쪽에둡니다. 4 서랍을냉각기로밀어넣은다음시약냉각기도어를닫습니다. 센서를확인하고각카트리지의 RFID 를스캔한후화면에표시합니다. 5 완충제서랍을엽니다. 6 완충제서랍이아직없다면사용한완충제카트리지를장착합니다. 사용한시약병비우기 다음지침을사용하여관리세척을할때마다사용한시약병을비웁니다. 시스템이사용한시약을외부로보내도록구성된경우에도소용량병은사용한시약을수집하고대용량병은제자리에있어야합니다. 경고 이시약세트에는위험할수있는유해화학물이들어있습니다. 흡입, 섭취하거나피부또는눈에접촉할경우인체에상해를입을수있습니다. 노출위험에적합한보안경, 장갑, 실험실가운등의보호장비를착용하십시오. 사용한시약은화학폐기물로처리하고해당되는국가및지역법률과규정에따라폐기하십시오. 자세한환경, 보건건강, 및안전정보는 support.illumina.com/sds.html 에서 SDS 를참조하십시오. 1 사용한소용량시약병을꺼내서해당표준에따라내용물을폐기합니다. 내용물은다른병의내용물과따로보관합니다. 2 사용한소용량시약용기는알코브에둡니다. 3 사용한대용량시약병을꺼내서해당표준에따라내용물을폐기합니다. 4 사용한대용량시약병은완충제서랍에둡니다. 5 새비분말성 (powder-free) 장갑을착용합니다. 6 완충제서랍을닫은다음액체부분도어를닫습니다. 센서및 RFID 가확인됩니다. 각세척컴포넌트 ID 가화면에표시됩니다. 36

세척시작 1 사용한두시약병이비어있음을확인하는체크박스를선택한다음 Start Wash( 세척시작 ) 를선택합니다. 세척시작및예상세척완료시간이표시됩니다. 경고 사용한시약병이비워지지않을경우세척이종료되고흘러넘칠수있으며기기가손상되어안전위험에노출됩니다. 2 세척이완료되면 Home( 홈 ) 을선택합니다. 3 다음실행을수행할때까지소모품을제자리에둡니다. Sipper 를 SBS 및클러스터카트리지에그대로둬시스템에공기가유입되지않도록합니다. 사용된시약병을비울수있도록완충제카트리지에있는 Sipper 를올립니다. 플로우셀 A 및플로우셀 B 의교차실행 소프트웨어는플로우셀 A 와플로우셀 B 에서교차실행을허용합니다. 새실행을설정하면소프트웨어가필요에따라인접한플로우셀에서실행을자동으로일시중지한다음다시시작합니다. 일시중지되면시스템이안전상태가됩니다. 1 Home( 홈 ) 화면에서 Sequence( 시퀀스 ) 를선택한다음 A 또는 B 를선택합니다. 2 인접한플로우셀이일시중지될때까지다음과같이기다립니다. 새실행을취소하고일시중지를막으려면 Cancel( 취소 ) 을선택합니다. 인접한실행에서클러스터생성, 페어드엔드재합성, 이미지생성또는세척을수핸중인경우소프트웨어에서일시중지되기전에현재단계를완료합니다. 3 인접한실행이일시중지되고플로우셀도어가열리면새실행을설정합니다. 새실행이시작되면일시중지된실행이자동으로다시시작된다음새실행을시작합니다. 소프트웨어업데이트 참고 소프트웨어업데이트를확인하고업데이트를다운로드하기위해서는 NovaSeq 6000 이인터넷에연결되어있어야합니다. 소프트웨어업데이트는제어소프트웨어에서다운로드및설치할수있습니다. 소프트웨어업데이트자동확인은기본적으로활성화되어있습니다. Settings( 설정 ) 에서자동업데이트를활성화하거나비활성화할수있습니다. 업데이트자동확인은 24 시간마다수행됩니다. 업데이트가사용가능하면 Main Menu( 메인메뉴 ) 에알림이표시됩니다. 참고 시퀀싱실행, 세척, 실행설정또는출력폴더나 BaseSpace 시퀀스허브로의파일전송이진행중이면소프트웨어를업데이트할수없습니다. 37

업데이트를수동으로확인하거나업데이트를다운로드및설치하려면다음을수행하십시오. 1 Main Menu( 메인메뉴 ) 에서 Software Update( 소프트웨어업데이트 ) 를선택합니다. Software Update( 소프트웨어업데이트 ) 화면이표시됩니다. 소프트웨어업데이트자동확인이활성화되지않으면업데이트를수동으로확인하거나자동확인을활성화할수있습니다. 2 업데이트를다운로드및설치하기하려면다운로드및설치에약 30 분이걸린다는확인란을선택합니다. 3 Download and Install( 다운로드및설치 ) 을선택합니다. 다운로드가완료되면제어소프트웨어가닫히고설치프로그램이실행됩니다. 설치프로그램지침에따라설치를완료합니다. 다운로드또는설치동안오류가발생하면 Illumina 기술지원부서에문의하십시오. 38

부록 A 문제해결 문제해결리소스 39 문제해결파일 39 실행전검사오류 39 프로세스관리문제해결 40 클러스터링하기전실행실패 40 실행종료 41 기기종료 42 문제해결리소스 기술관련문의사항이있는경우 Illumina 웹사이트의 NovaSeq 6000 시퀀싱시스템지원페이지를방문하시기바랍니다. 지원페이지에서설명서, 다운로드, 자주묻는질문과답변에액세스할수있습니다. 지원게시판에접근하려면사용자의 MyIllumina 계정으로로그인하십시오. 실행품질이나성능문제는 Illumina 기술지원부서에문의하시기바랍니다. 58 페이지의기술지원을참조하십시오. 문제를수월하게해결할수있도록 BaseSpace 시퀀스허브의실행요약링크를 Illumina 기술지원부서와공유하는것이좋습니다. 문제해결파일 주요파일폴더설명 실행정보파일 (RunInfo.xml) 실행매개변수파일 (RunParameters.xml) 루트폴더다음과같은실행설정을포함합니다. 실행의주기수 실행의리드수 리드가인덱스인지여부 플로우셀의스와스 (swath) 및타일수 루트폴더 실행이름, 실행매개변수정보및일련번호, 제품번호, 유효기간및카탈로그번호와같은 RFID 정보를비롯한실행컴포넌트를포함합니다. InterOp 파일 (*.bin) InterOp 시퀀싱분석뷰어에사용되는이진보고파일입니다. InterOp 파일은실행과정에걸쳐업데이트됩니다. 로그파일 로그 로그파일은주기마다기기에서수행되는각단계 ( 사용한시약포함 ) 를설명하고, 실행에사용되는소프트웨어및펌웨어버전이표시됩니다. [InstrumentName]_CurrentHardware.csv라는파일에는기기구성요소의일련번호가표시됩니다. 실행전검사오류 실행전검사중에오류가발생하는경우다음조치를통해오류를해결하십시오. 이중플로우셀실행을설정했는데한쪽이실패한경우실패한쪽을취소하고통과한쪽을진행하면됩니다. 실행전검사에실패한경우플로우셀, 시약및완충제의 RFID 가잠기기때문에후속실행에서소모품을사용할수있습니다. 실행이시작되면 Sipper 가시약카트리지의알루미늄포장지에구멍을뚫고모든 RFID 가잠깁니다. 39

시스템검사실패이유권장조치 센서 디스크공간 시스템연결상태 부분도어가열려있거나, 소모품이적절하게장착되지않았거나, 최소 1 개의센서가작동하지않습니다. 아웃풋폴더의지정된위치가꽉차서디스크공간이부족합니다. RTA3, 플루이딕시스템에대한연결또는다른연결이중단되었습니다. Retry( 재시도 ) 를선택하고화면의메시지에따라오류를해결합니다. Process Management( 프로세스관리 ) 화면을사용하여지정된아웃풋폴더위치에서디스크공간을확보합니다. Retry( 재시도 ) 를선택하고화면의메시지에따라오류를해결합니다. 배열 플로우셀위치가이미지생성을차단합니다. 화면의메시지에따라플로우셀을다시장착합니 다. 누수함 누수함은누수된시약이나냉각수를수집하고사용한시약병에서흘러넘친액체를수집하기위해기기바닥에장착되어있습니다. 정상적인상태에서는누수함이말라있습니다. 누수가있다는것은기기에문제가있다는뜻이고사용한시약병을정기적으로비우지않을경우흘러넘칩니다. 실행전검사중센서가누수함에액체가있는지여부를감지합니다. u 누수함에액체가있지만가득차지는않은경우실행을계속할수있지만 Illumina 기술지원부서에문의해야합니다. u 누수함이가득찬경우실행을계속할수없으며 Illumina 기술지원부서에문의해야합니다. 경고 사용한시약병은실행할때마다비웁니다. 사용한소용량시약병이가득차면실행이중지됩니다. 사용한대용량시약병이흘러넘쳐기기가손상된경우 Illumina 담당자가현장을방문하여안전위험을제기해야합니다. 프로세스관리문제해결 다음표에는 Process Management( 프로세스관리 ) 화면의 N/A( 해당없음 ) 아이콘에대한문제해결옵션이나와있습니다. u u 실행이 BaseSpace 시퀀스허브에업로드하도록구성되었는데 BaseSpace 열에 N/A( 해당없음 ) 아이콘이표시됩니다. 실행이네트워크의아웃풋폴더에업로드하도록구성되었는데 Network( 네트워크 ) 열에 N/A( 해당없음 ) 아이콘이표시됩니다. 실행상태 문제해결조치 실행이진행중인경우 Process Management( 프로세스관리 ) 화면을닫고약 5 분간기다린후화면을다시엽니다. 실행이진행중이지않은경우 기기를종료했다가다시시작한후 Process Management( 프로세스관리 ) 화면을다시엽니다. 문제해결조치를완료한후에도 N/A( 해당없음 ) 아이콘이표시되면 Illumina 기술지원부서에문의하십시오. 클러스터링하기전실행실패 소프트웨어에서클러스터링을시작하기전에실행에실패할경우새실행을위해시약카트리지와라이브러리튜브를저장할수있습니다. 클러스터링이시작되면 Sipper 가알루미늄포장지에구멍을뚫기때문에다른실행에시약과라이브러리를사용할수없습니다. 40

실패한실행으로부터저장한시약카트리지와라이브러리튜브를사용하여새실행을설정하는방법에는 2 가지가있습니다. u u 새실행을즉시설정 실행실패후 4 시간이내에새실행을설정합니다. 시약카트리지와라이브러리튜브는그대로장착되어있습니다. Set up a new run later( 나중에새실행설정 ) 실행실패후 3 주이내에새실행을설정합니다. 시약카트리지와라이브러리튜브는기기에서분리되어보관됩니다. 카트리지, 라이브러리및플로우셀은날짜로라벨이지정되고원래조건에서보관되어야합니다. 새실행을즉시설정 1 실행에실패한경우 Home( 홈 ) 을선택합니다. 참고 실행에실패하면기술지원부서에연락하여교체용플로우셀을받습니다. 2 새실행을설정합니다. 3 메시지가표시되면새플로우셀을장착합니다. 4 시약냉각기도어및완충제서랍을열었다가닫아서제어소프트웨어가시약카트리지 RFID 를다시읽도록합니다. 카트리지와라이브러리튜브는실행실패후최대 4 시간까지기기에그대로둘수있습니다. 5 사용한시약병을비우고빈시약병을기기에다시장착합니다. 6 실행설정을진행합니다. 나중에새실행설정 1 실행에실패한경우 Home( 홈 ) 을선택합니다. 2 새실행이나관리세척을설정하여기기에서소모품을해제합니다. 3 메시지가표시되면다음과같이소모품을제거하여보관합니다. u 라이브러리튜브의캡을닫아 -25 C~-15 C 에서최대 3 주동안보관합니다. u SBS 및클러스터카트리지를 -25 C~-15 C 보관소에다시넣어둡니다. u 완충제카트리지를빛이차단되는실온보관소에다시넣어둡니다. 4 End( 종료 ) 를선택하여실행이나관리세척을취소한다음 Yes( 예 ) 를선택하여명령을확인합니다. 실행종료 NovaSeq 6000 시스템에서실행종료는최종조치입니다. 소프트웨어는실행을다시시작하거나시퀀싱데이터를저장할수없으며소모품은재사용할수없습니다. 1 End( 종료 ) 를선택한다음 Yes( 예 ) 를선택하여명령을확인합니다. 실행이리드 1 이후에종료되면소프트웨어에서자동실행후세척을시작합니다. 2 메시지가표시되면다음세척옵션중에서선택합니다. u End Run Without Wash( 세척없이실행종료 ) 실행을종료하고관리세척을시작합니다. u End Run and Wash( 실행종료후세척 ) 실행을종료하고자동실행후세척을수행합니다. u Cancel( 취소 ) 현재실행을계속합니다. 클러스터링완료와리드 1 완료사이에실행이종료된경우세척옵션이표시됩니다. 그렇지않으면, 소프트웨어에서자동실행후세척을시작합니다. 41

3 End Run Without Wash( 세척없이실행종료 ) 를선택한경우소프트웨어에나타나는메시지에따라관리세척을설정합니다. 기기종료 기기를종료하면모든소프트웨어와시스템이안전하게종료되고기기의전원이꺼집니다. 상태표시줄이녹색에서흰색으로희미해지면종료가진행중이라는뜻입니다. 정상적인상태에서는기기종료가필요하지않습니다. 1 Main Menu( 메인메뉴 ) 에서 Shutdown Instrument( 기기종료 ) 를선택합니다. 2 기기뒤쪽에있는전원스위치를끄기위치로전환합니다. 3 60 초이상기다렸다가기기를다시켭니다. 주의 기기를재배치하지마십시오. 잘못이동하면광학배열에영향을미치고데이터무결성이손상될수있습니다. 재배치에도움이필요한경우 Illumina 담당자에게문의하십시오. 42

부록 B 실시간분석 실시간분석개요 43 실시간분석작업흐름 45 실시간분석개요 NovaSeq 6000 시퀀싱시스템은기기 CE( 계산엔진 ) 에서 RTA3 라는실시간분석소프트웨어구현을실행합니다. RTA3 는카메라로부터수신한이미지에서인텐시티를추출하고 base calls 를수행하며 base calls 에 quality score(q- 점수 ) 를지정합니다. 또한 PhiX 에대해배열하고시퀀싱분석뷰어에서볼수있도록 InterOp 파일에있는데이터를보고합니다. RTA3 는처리시간을최적화하기위해정보를메모리에저장합니다. RTA3 가종료되면처리가다시시작되지않고메모리에서처리되고있는실행데이터가손실됩니다. RTA3 입력 RTA3 에서는로컬시스템메모리에포함된타일이미지를처리해야합니다. RTA3 는제어소프트웨어에서실행정보및명령을수신합니다. RTA3 아웃풋 각색상채널에대한이미지가메모리에서 RTA3 에타일로전달됩니다. 이러한이미지에서 RTA3 는 Q- 점수가매겨진 base calls 파일과필터파일세트를아웃풋합니다. 다른모든아웃풋은아웃풋파일을지원합니다. 파일유형 설명 base calls 파일 분석된각타일은연결된 base calls(*.cbcl) 파일에포함되어있습니다. 동일한레인및표면에있는타일은각레인및표면에대해 1 개의 *.cbcl 파일에집계됩니다. 필터파일각타일은클러스터가필터를통과했는지여부를지정하는필터파일 (*.filter) 을생성합니다. 클러스터위치파일 클러스터위치 (*.locs) 파일에는타일의모든클러스터에대한 X, Y 좌표가포함됩니다. 각실행에대해클러스터위치파일이생성됩니다. 아웃풋파일은 BaseSpace 시퀀스허브에서다운스트림을분석하는데사용됩니다. 또는 FASTQ 변환용 bcl2fastq 변환소프트웨어와타사분석솔루션을사용할수있습니다. NovaSeq 파일에는 bcl2fastq2 변환소프트웨어 v2.19 이상이필요합니다. 최신버전의 fastq2 를다운로드하려면 Illumina 웹사이트에서 NovaSeq 6000 시퀀싱시스템다운로드페이지를방문하십시오. RTA3 는 InterOp 파일 ( 타일, 주기및리드수준메트릭을포함하는이진아웃풋 ) 로저장된실행품질의실시간메트릭을제공합니다. 시퀀싱분석뷰어를사용하여실시간메트릭을보려면 InterOp 파일이필요합니다. 최신버전의시퀀싱분석뷰어를다운로드하려면 Illumina 웹사이트에서시퀀싱분석뷰어다운로드페이지를방문하십시오. 오류처리 RTA3 는로그파일을생성하여이를 Logs( 로그 ) 폴더에기록합니다. 오류는 *.log 파일형식의텍스트파일에기록됩니다. 처리종료시다음과같은로그파일이최종아웃풋대상위치로전송됩니다. u info_00000.log 는중요한실행이벤트를요약합니다. u error_00000.log 는실행중에발생한오류를열거합니다. u warning_00000.log 는실행중에발생한경고를열거합니다. 43

플로우셀타일 타일은플로우셀의작은이미지생성구역입니다. 카메라에서각스와스이미지를한장촬영하면소프트웨어에서 RTA3 처리를위해타일로분할합니다. 총타일수는플로우셀에서레인, 스와스및표면이미지가생성되는양에따라다릅니다. u S1 플로우셀은총타일수가 624 개입니다. u S2 플로우셀은총타일수가 1408 개입니다. u S4 플로우셀은총타일수가 3744 개입니다. 표 10 플로우셀타일 플로우셀부분 S1 S2 S4 설명 레인 2 2 4 레인은주입구포트와배출구포트가있는물리적채널입니 다. 표면 2 2 2 플로우셀은상단과하단의두표면에서이미지가생성됩니 다. 타일의상단표면에서먼저이미지가생성됩니다. 레인당스와스 (swath) 2 4 6 스와스는카메라에서하나의이미지로포착되는플로우셀 레인의열입니다. 스와스당타일 78 88 78 타일은스와스의일부이며플로우셀에서이미지가생성된 영역을나타냅니다. 생성된총타일수 624 1408 3744 스와스당레인 표면 스와스 타일은총타일수와같 습니다. 타일이름지정 타일이름은플로우셀에서의타일위치를나타내는 5 자리숫자입니다. 예를들어, 타일이름 1_1205 는레인 1, 상단표면, 스와스 2, 타일 5 를나타냅니다. u 첫번째숫자는레인번호입니다. u S1 또는 S2 플로우셀의경우 1 또는 2 입니다. u S4 플로우셀의경우 1, 2, 3 또는 4 입니다. u 두번째숫자는표면을나타냅니다 (1 은상단, 2 는하단 ). u 세번째숫자는스와스번호를나타냅니다. u S1 플로우셀의경우 1 또는 2 입니다. u S2 플로우셀의경우 1, 2, 3 또는 4 입니다. u S4 플로우셀의경우 1, 2, 3, 4, 5 또는 6 입니다. u 마지막두자리는타일번호를나타냅니다. 타일번호매기기는플로우셀의배출구끝에서 01 로시작하여주입구끝으로 88 또는 78 까지이어집니다. u S1 또는 S4 플로우셀의경우 01 에서 78 입니다. u S2 플로우셀의경우 01 에서 88 입니다. 44

실시간분석작업흐름 등록패턴화된플로우셀에각클러스터위치를기록합니다. 인텐시티추출각클러스터의인텐시티값을결정합니다. 위상화수정위상화및사전위상화의효과를수정합니다. base calls 모든클러스터의 base calls 를결정합니다. quality score(q- 점수 ) 평가모든 base calls 에 quality score 를지정합니다. 등록 등록하면패턴화된플로우셀에있는 6 각형의나노웰배열에이미지를배열합니다. 나노웰의정렬된배열때문에타일에있는각클러스터의 X 및 Y 좌표가미리결정됩니다. 클러스터위치는각실행에대한하나의클러스터위치 (s.locs) 파일에기록됩니다. 주기내이미지등록에실패할경우그주기의해당타일에대한 Base Calls 가생성되지않습니다. 시퀀싱분석뷰어를사용하여등록에실패한이미지를확인합니다. 인텐시티추출 등록후인텐시티추출에서지정된이미지에있는각나노웰의인텐시티값을계산합니다. 등록에실패한경우해당타일의인텐시티를추출할수없습니다. 위상화수정 시퀀싱반응중클러스터의각 DNA 스트랜드가주기당한염기씩늘어납니다. 가닥이현재결합주기단계를벗어나게되면위상화및사전위상화가발생합니다. u 염기가뒤로처질때위상화가일어납니다. u 염기가앞서나갈때사전위상화가일어납니다. 그림 22 위상화및사전위상화 A B 위상화중인염기가있는리드사전위상화중인염기가있는리드 RTA3 에서는위상화및사전위상화의효과를수정함으로써전체실행과정의모든주기에서데이터품질을극대화합니다. 45

base calls base calls 에따라특정주기에서지정된타일의모든클러스터에대한염기 (A, C, G, T) 가결정됩니다. NovaSeq 6000 시퀀싱시스템에서는두가지이미지 ( 빨간색채널에서 1 개, 녹색채널에서 1 개 ) 만으로네가지 DNA 염기에대한데이터를인코딩하는 2 채널시퀀싱을사용합니다. No-Call 은 N 으로식별됩니다. No-Call 은클러스터가필터를통과하지않고등록에실패하거나클러스터가이미지에서벗어난경우발생합니다. 빨간색및녹색이미지에서각클러스터에대한인텐시티가추출되어서로비교된후 4 개의고유한모집단이생성되며, 각모집단은염기에해당합니다. base calls 과정에서는각클러스터가속한모집단을결정합니다. 그림 23 클러스터인텐시티시각화 표 11 염기 2 채널시퀀싱의 base calls 빨간색채널녹색채널결과 A 1( 켜짐 ) 1( 켜짐 ) 빨간색채널과녹색채널에모두인텐시티가표시된클러스터입니다. C 1( 켜짐 ) 0( 꺼짐 ) 빨간색채널에만인텐시티가표시된클러스터입니다. G 0( 꺼짐 ) 0( 꺼짐 ) 알려진클러스터위치에표시된인텐시티가없는클러스터입니다. T 0( 꺼짐 ) 1( 켜짐 ) 녹색채널에만인텐시티가표시된클러스터입니다. 필터통과클러스터 실행중에 RTA 3 는원시데이터를필터링하여데이터품질임계값을충족하지않는리드를제거합니다. 중첩되고품질이낮은클러스터가제거됩니다. 2 채널분석의경우 RTA3 는모집단기반시스템을사용하여 base calls 의 chastity( 인텐시티순도측정 ) 를결정합니다. 처음 25 주기에 chastity 가고정임계값미만인 base calls 가 1 개이하인경우클러스터가필터를통과 (PF) 합니다. PhiX 배열은필터를통과한클러스터의타일하위집합에서 26 주기에수행됩니다. 필터를통과하지않는클러스터는 base calls 및배열되지않습니다. Quality Score(Q- 점수 ) Quality score(q- 점수 ) 는잘못된 base calls 가능성에대한예측값입니다. Q- 점수가높을수록 base calls 의품질이더높고 base calls 가정확할확률이더높습니다. Q- 점수가결정되면 base calls(*.cbcl) 파일에결과가기록됩니다. Q- 점수는사소한오류가능성을간단하게전달합니다. quality score 는 Q(X) 로나타내며, 여기서 X 가점수입니다. 다음표에는 quality score 와오류가능성간의관계가나와있습니다. 46

Q- 점수 Q(X) 오류가능성 Q40 0.0001(1/10,000) Q30 0.001(1/1000) Q20 0.01(1/100) Q10 0.1(1/10) Quality Score(Q- 점수 ) 평가및보고 quality score 평가에서는각 base calls 에대한예측값세트를계산한다음, 예측값을사용하여품질표에서 Q- 점수를조회합니다. 품질표는시퀀싱플랫폼및화학반응버전의특정구성에따라생성되는실행에대해가장정확한품질예측을제공하도록만들어졌습니다. 참고 quality score 는수정된버전의 Phred 알고리즘을기초로평가됩니다. RTA 는 base calls 의신뢰도를기반으로 3 개의 Q- 점수중하나를각 base call 에지정합니다. 이 Q- 점수보고모델은정확도나성능에영향을주지않고보관공간및대역폭요건을감소시킵니다. Quality Score(Q- 점수 ) 평가대한자세한내용은 NovaSeq 시리즈및 HiSeq X Ten 데이터품질비교 ( 발행번호 770-2017-010) 를참조하십시오. 47

부록 C 아웃풋폴더및파일 시퀀싱아웃풋폴더구조 48 시퀀싱아웃풋파일 48 시퀀싱아웃풋폴더구조 제어소프트웨어가아웃풋폴더이름을자동으로생성합니다. Config( 구성 ) 실행에대한구성설정입니다. Logs( 로그 ) 작업단계, 기기분석및 RTA3 이벤트를설명하는로그파일입니다. Data( 데이터 ) 인텐시티 (Intensities) BaseCalls L00[X] 레인, 표면및주기당 1 개의파일에집계된 Base calls 파일 (*.cbcl) 입니다. s.locs 실행을위한클러스터위치파일입니다. InterOp 시퀀싱분석뷰어에서사용되는이진파일입니다. Recipe( 레시피 ) 실행별레시피파일입니다. Thumbnail Images( 섬네일이미지 ) 섬네일이미지는 10 번째타일마다있습니다. LIMS 실행설정파일 (*.json) 입니다 ( 해당하는경우 ). RTA3.cfg RunInfo.xml RunParameters.xml RTAComplete.txt CopyComplete.txt Samplesheet.csv 샘플시트또는기타첨부된파일입니다 ( 해당하는경우 ). SequenceComplete.txt 시퀀싱아웃풋파일 파일유형 Base Calls 파일 파일설명, 위치및이름 분석된각클러스터는레인, 표면및주기당하나의파일로집계되는 base calls 파일에포함됩니다. 집계된파일에는모든클러스터에대한 base calls 와인코딩된 quality score 가포함됩니다. base calls 파일은 BaseSpace 시퀀스허브또는 bcl2fastq2 에서사용됩니다. Data\Intensities\BaseCalls\L001\C1.1 L[lane]_[surface].cbcl, for example L001_1.cbcl 클러스터위치파일각플로우셀에서이진클러스터위치파일에는한타일에있는클러스터의 XY 좌표가포함되어있습니다. 플로우셀의나노웰레이아웃과일치하는 6 각형레이아웃이좌표를사전정의합니다. Data\Intensities s_[lane].locs 48

파일유형 필터파일 파일설명, 위치및이름 필터파일은클러스터가필터를통과했는지여부를지정합니다. 필터파일은데이터의 25 개주기를사용하여 26 주기에생성됩니다. 각타일에서 1 개의필터파일이생성됩니다. Data\Intensities\BaseCalls\L001 s_[lane]_[tile].filter InterOp 파일시퀀싱분석뷰어에사용되는이진보고파일입니다. InterOp 파일은실행과정에걸쳐업데이트됩니다. InterOp 폴더 실행정보파일 실행이름, 각리드의주기수, 리드가인덱스리드인지여부, 플로우셀의스와스 (swath) 및타일수가나와있습니다. 실행정보파일은실행을시작할때만들어집니다. [ 루트폴더 ], RunInfo.xml 섬네일파일활성화되면섬네일이미지는각색상채널 ( 빨간색과녹색 ) 에서 10 번째타일마다있습니다. Thumbnail_Images\L001\C[X.1] 각주기의하위폴더에저장된파일입니다. s_[lane]_[tile]_[channel].jpg 섬네일이미지에는타일번호가있습니다. 49

부록 D Windows 보안 보안구성 50 암호요건 50 Windows 방화벽 50 Enhanced Mitigation Experience Toolkit 50 Windows 소프트웨어제한정책 51 보안구성 기기제어컴퓨터를실행하는 Windows 운영체제에는불필요한소프트웨어의실행을방지하는보안구성이포함되어있습니다. 이부록의정보는이러한구성을설명하고사용자요구에맞게구성을사용자지정하는방법을보여줍니다. 정상적인상황에서는기본보안구성을변경할필요가없습니다. 구성을변경해야하는경우신중한계획후숙련된관리자가변경을관리해야합니다. 주의 암호요건 이러한구성은시스템성능에영향을주고보안을손상시킬수있으므로설정을편집해야하는지불분명하거나영향을알수없는경우 Illumina 기술지원부서에문의하십시오. 다음표에는제어컴퓨터에필요한암호정책이나와있습니다. 처음로그인하면암호를변경하라는메시지가표시됩니다. 표 12 기본암호정책정책최근암호기억최대암호사용기간최소암호사용기간최소암호길이암호는복잡성조건을만족해야함해독가능한암호화를사용하여암호저장 보안설정 5개암호기억됨 180일 0일 10자비활성화됨비활성화됨 Windows 방화벽 Windows 방화벽은들어오는트래픽을필터링하여잠재적위협을제거하는방식으로제어컴퓨터를보호합니다. 방화벽은모든인바운드연결을차단하도록기본적으로사용됩니다. 방화벽을사용되는상태로유지하고아웃바운드연결을허용하십시오. 아웃바운드연결에대한자세한내용은 NovaSeq 시리즈현장준비안내서 ( 문서번호 1000000019360) 를참조하십시오. Enhanced Mitigation Experience Toolkit EMET(Enhanced Mitigation Experience Toolkit) 는소프트웨어취약점악용을방지하며인증서신뢰기능을제공합니다. 이기능은악성인증서를사용하는공격을탐지하고중지합니다. 50

Windows 소프트웨어제한정책 Windows 소프트웨어제한정책에서는지정된소프트웨어의실행만허용하는규칙을사용합니다. NovaSeq 6000 의경우소프트웨어제한정책규칙은파일확장명, 파일이름, 인증서또는디렉토리를기반으로할수있습니다. 소프트웨어제한정책은불필요한소프트웨어가제어컴퓨터에서실행되는것을방지하기위해기본적으로사용됩니다. 이러한규칙을추가및제거하여보안수준을사용자지정할수있습니다. 특정한상황에서는소프트웨어제한정책을사용하지않도록설정할수있습니다. 주의 소프트웨어제한정책을해제하면정책에서제공되는보호가차단됩니다. 규칙을변경하면기본보호가재정의됩니다. 소프트웨어제한정책은기본적으로다음규칙을허용합니다. 파일이름 Portmon.exe Procmon.exe Procmon64.exe Tcpview.exe 인증서 DigitalSystems Illumina, Inc. 파일확장명 디렉토리 *.bin %HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\ProgramFilesDir% *.cbcl %HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\SystemRoot% *.cfg C:\CrashDumps\* *.config C:\Illumina\* *.csv C:\Illumina Maintenance Logs\* *.dat C:\LocalSymbols\* *.focus C:\Program Files (x86)\chromium\application\* *.imf1 C:\Program Files (x86)\emet 5.5\* *.ims C:\Program Files (x86)\illumina\* *.jpg C:\Program Files (x86)\internet Explorer\* *.json C:\Program Files (x86)\libreoffice 5\* *.lnk C:\Program Files\Illumina\* *.locs C:\ProgramData\Illumina\* *.log C:\ProgramData\Package Cache\* *.manifest C:\Users\sbsuser\AppData\Local\Temp\Citrix\* *.sdf C:\Users\sbsuser\AppData\Local\Temp\CitrixLogs\* *.tif C:\Users\sbsuser\Desktop\FSE turn over to customer.bat *.txt D:\Illumina\* *.xml 규칙추가 1 Start( 시작 ) 를선택한다음 Run( 실행 ) 을선택합니다. 2 secpol 을입력하여 Local Security Policy( 로컬보안정책 ) 를엽니다. 3 Software Restriction Policies( 소프트웨어제한정책 ) 를선택합니다. 4 Additional Rules( 추가규칙 ) 를마우스오른쪽버튼으로클릭하고 New Path Rule( 새경로규칙 ) 을선택합니다. 5 Path( 경로 ) 필드에허용할디렉토리또는파일확장명을입력합니다. 6 [ 선택사항 ] Description( 설명 ) 필드에규칙을만드는이유를입력합니다. 7 Security level( 보안수준 ) 목록에서 Unrestricted( 제한없음 ) 를선택합니다. 51

8 OK( 확인 ) 를선택하여소프트웨어제한정책에규칙을추가합니다. 규칙제거 1 Start( 시작 ) 를선택한다음 Run( 실행 ) 을선택합니다. 2 secpol 을입력하여 Local Security Policy( 로컬보안정책 ) 를엽니다. 3 Software Restriction Policies( 소프트웨어제한정책 ) 를선택합니다. 4 Additional Rules( 추가규칙 ) 를선택합니다. 5 삭제할규칙을마우스오른쪽버튼으로클릭하고 Delete( 삭제 ) 를선택합니다. 6 Yes( 예 ) 를선택하여삭제를확인하고소프트웨어제한정책에서실행을제거합니다. 소프트웨어제한정책설정 / 해제 지원및사용자지정목적으로만소프트웨어제한정책을해제하십시오. 예를들어시스템에서사용자지정보안을설정하거나일회성설치를수행하는경우가여기에해당됩니다. 1 C:\Illumina\Security 디렉토리로이동합니다. 2 적절한파일을두번클릭합니다. u 소프트웨어제한정책을설정하려면 Enable.reg 를두번클릭합니다. u 소프트웨어제한정책을해제하려면 Disable.reg 를두번클릭합니다. 52

인덱스 % %PF 20 2 2 채널시퀀싱, 빨간색채널, 녹색채널, 뉴클레오티드, No-Call 46 2 채널시퀀싱, 이미지생성, 타일, 스와스, 스캐닝 2 B BaseSpace Enterprise, 도메인, BaseSpace 시퀀스허브, 호스팅위치, 샘플시트, 기본설정 17 BaseSpace 시퀀스허브 17 연결및분리 29 bcl2fastq2 17 bcl2fastq2, FASTQ 변환, base calls 파일, 필터파일, 클러스터위치, 실행메트릭, InterOp 파일, 시퀀싱분석뷰어 43 C CBCL 파일, 분석방법, BaseSpace 시퀀스허브, 지원 2 CE 7 CE, 계산엔진, 이미지생성, PhiX, 배열 43 E EMET 50 ExAmp 시약, 클러스터카트리지 10 F FASTQ 변환 17 P PhiX 주입 22 Phred 알고리즘 47 Plexity, 정규화 21 Q Q- 점수 31, 47 Q- 점수, CBCL 파일, 오류, 가능성 46 R RFID 10 RFID, 자동검사, 센서, 실행전검사, 배열실패, 디스크공간, 센서, 시스템연결상태 39 RunInfo.xml, InterOp 파일, 파일, 실행별, 로그파일, 오류 39 S Sipper 위치, 소모품, 분리 37 Sipper 위치, 실행후활동, 세척, 시간, 소모품, 분리, 교차오염, 차아염소산나트륨, NaOCl 33 SRP 51 경 경고등, 상태표시줄, 광학, 구성요소, USB 포트 4 계 계산엔진 7 고 고객지원 58 관 관리세척, 세척액, 세척카트리지, 차아염소산나트륨, 트윈 20, NaOCl, 플루이딕시스템 34 관리, 예방 34 그 그래프색상 31 53

기 기술지원 58 냉 냉각기, 시약냉각기, 사용한시약 5 냉동고사양, 냉장고사양, 피펫 19 넘 넘침, 누수, 액체함, 플루이딕문제 40 넘침, 사용한시약 28 단 단일리드런, 인덱스리드, 주기수, 사용자지정프라이머, 샘플시트 30 단일실행설정 25 데 데이터저장 29 데이터전송 7 데이터전송, 계산엔진, 하드드라이브, 시퀀싱실행, 삭제 32 도 도움말설명서 2 도움말, 기술 58 도움말, 지원페이지, 지원게시판, 웹사이트, 지원 39 디 디스크공간 7 라 라이브러리정량화 20 품질관리 20 라이브러리튜브보관 10 카트리지내보관 41 라이브러리튜브저장, 라이브러리, 저장, 라이브러리튜브, 보관 41 라이브러리튜브, 시약카트리지, 보관, 시약카트리지보관 40 라이브러리튜브, 저장, 라이브러리희석, 라이브러리, 희석, 라이브러리, 저장, 라이브러리저장 23 로 로그파일, 오류로그 43 리 리드 1 41 리드길이, 위상화및사전위상화, 주기수 25 모 모드, 리드, 수, 라벨, 키트컴포넌트, 시약카트리지, 라벨지정, 플로우셀, 라벨지정, 사양, 플로우셀, 사양 9 방 방화벽 50 백 백서 47 범 범용복사서비스, 프로세스관리, CBCL 파일 31 변 변성시약, 희석액, 차아염소산나트륨, 희석, 차아염소산나트륨희석 22 보 보안디렉토리 52 보안설정 50 분 분석 17 54

사 사용자지정프라이머 2 사용자지정프라이머, 라이브러리튜브, 샘플추적 13 삽 삽입크기 22 샘 샘플시트 29 샘플시트형식 17 설 설명서 2, 58 설정, 보안 50 섬 섬네일, RunInfo.xml, base calls 파일, 필터파일, 클러스터위치, InterOp 파일 48 세 세척카트리지, 완충제카트리지, 위치 30 번 36 세척, 시간, 세척, 빈도, 소모품, 관리세척, 세척플로우셀, 세척카트리지, 관리세척, 소모품 34 세척액 12 센 센서 36 소 소모품일반실험실용순수 19 소프트웨어제품군, 제어소프트웨어, 실시간분석, InterOp 파일, 범용복사서비스 6 소프트웨어제한정책규칙제거 52 규칙추가 51 수 수율 31 수조 20 시 시간관리세척 34 시퀀싱실행 31 자동실행후세척 33 클러스터생성 31 시약카트리지라벨지정 12 보관 10 준비 20 시약카트리지, 분리, 시약카트리지분리, 사용한시약 27 시약키트보관 10 시퀀싱단계 2 시퀀싱분석뷰어, 등록실패, No-Call, 템플레이트생성 45 시퀀싱소모품, 관리세척, 소모품, 공급업체, 소모품, 변성및희석, PhiX, 카탈로그번호, 카탈로그번호, 사용자공급소모품 18 시퀀싱화면 31 실 실행교차 25 교차실행 37 다시시작 41 메트릭 31 모니터링 17, 29 범용복사서비스삭제 7 일시중지 37 실행다시시작 41 실행매개변수, LIMS 15 실행모드, LIMS, 실행설정, 분석설정 14 실행설정폴더 14-15 실행시간 31 실행일시중지 37 실행전검사오류, 오류, 실행전검사, 플로우셀다시장착, 배열실패 30 아 아웃바운드연결 50 55

아웃풋폴더 14 아웃풋폴더이름 48 아이콘 7 아이콘깜박임, 아이콘, 깜박임, 경고, 오류 6 암 암호정책 50 액 액체부분 12 예 예방관리 34 오 오류가능성 47 온 온라인교육 2 와 와이어랙 20 완 완충제부분, 완충제카트리지 27 운 운영체제 50 운영체제, 초기화, 전원, 켜기 14 위 위상화및사전위상화 45 위치 30 번, 포름아마이드폐기, 소모품, 분리 32 이 이미지, 타일 43 이중실행설정 25 인 인덱스리드 25 인바운드연결 50 인증서신뢰 50 인텐시티값, 클러스터인텐시티, 나노웰 45 일 일반실험실용순수지침 19 장 장갑, 변경 28, 36 장착농도 20 재 재혼성화 15 전 전원차단, 종료후다시시작, 기기재배치, 기기이동, 상태표시줄, 경고등 42 정 정량화 20 제 제어컴퓨터 50 주 주입, PhiX 22 증 증폭, ExAmp 마스터믹스, 장착농도, 장착볼륨 2 카 카메라, 스와스, 레인, 이미지생성 44 카메라, 패턴화된플로우셀, 애플리케이션, LIMS, 실시간분석, BaseSpace 시퀀스허브 1 카탈로그번호, 키트구성 9 56

캡 캡홀더 28 클 클러스터링시간, 시퀀싱주기, 주기수 31 키 키트컴포넌트 19 타 타사 LIMS 15 타일번호매기기, 스와스, 표면번호매기기 44 타일, 스와스, 레인, 이미지생성, 패턴화된플로우셀, 2 레인플로우셀, 4 레인플로우셀, 개스킷 10 포 포름아마이드폐기, 카트리지채우기, 카트리지, 채우기 12 풀 필 필터통과클러스터 20, 31 필터통과 (PF), %PF, chastity 필터, 데이터품질, 클러스터필터링 46 하 하드드라이브 7 하드드라이브, 기기성능데이터, 상태데이터, 아웃풋폴더, 실행설정폴더, LIMS 설정 15 하드드라이브, 기본설정, 기기성능데이터, 상태데이터, 아웃풋폴더 15 해 해동용랙 20 허 허용목록 51 현 현장준비 2, 50 풀링계산기, 계산기, 풀링, 도움말, 라이브러리풀링, 라이브러리풀링 21 품 품질관리 20 품질표 47 플 플로우셀보관 10, 25 플로우셀대, 클램프, 플로우셀, 센서, 광학배열대상, 진단, 카메라 4 플로우셀대, 플로우셀홀더, 광학배열대상, 플로우셀세척, 개스킷, 독, 플로우셀스크래치, 스크래치, 플로우셀 26 플로우셀도어 25 플루이딕시스템, 사용한시약폐기, 안전보건자료, 유해화학물, 교차오염 5 57

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