Elsevier R&D Solutions User Manual Reaxys REAXYS is a trademark of Reed Elsevier Properties SA, used under license. Copyright 2015 Elsevier B.V. All rights reserved. May 2015..
목차 PART I. WHAT IS REAXYS? PART II. REAXYS를이용하려면먼저 -----------------------------------------------------------3 1. 설치환경 2. 구조식그리기프로그램 3. REAXYS 접속방법사용자등록및접속방법 ( 로그인 ) 4. MY SETTING ( 개인설정 ) 5. REAXYS 홈페이지 ( 시작페이지주요기능소개 ) 6. ASK REAXYS ( 키워드검색기능 ) 7. MOLECULAR FORMULAR ( 분자식을통한검색기능 ) PART III. 반응검색 (REACTIONS) ----------------------------------------------------------------12 1. 반응검색화면 2. 반응검색 구조식그리기및편집 3. 반응검색 검색옵션설정방법 4. 반응검색결과화면 1 5. 반응검색결과화면 2 PART IV. 물질, 물성검색 ( SUBSTANCES) ------------------------------------------------------19 1. 물질물성검색화면 2. 물질검색 구조식그리기및편집 3. 물질검색 유사물질검색방법 4. 물질검색결과화면 1 5. 물질검색결과화면 2 PART V. 문헌검색 (LITERATURES) ---------------------------------------------------------------28 1. 문헌검색화면 2. 문헌검색 검색옵션설정방법 3. 물질검색결과화면 1 4. 고급검색 ( ADVANCED SEARCH) 5. 특허검색 PART VI. 합성설계 (SYNTHESIS PLANNING) -------------------------------------------------32 1. 합성경로설계 (Synthesis planning): Auto plan 2. 합성경로설계 (Synthesis planning): Auto plan 3. 합성경로저장및불러오기 PART VII. 각종편리한기능 --------------------------------------------------------------------- 36 1. 작업이력기록 2. ALERT 설정및삭제 3. 물질, 물성, 반응, 문헌검색 FILTER 기능 3-1. 필터활용예 : SUB-STRUCTURE 3-2. 필터활용예 : REAGENT/ CATALYST 외 4. 문헌정보링크 5. 도구모음 검색결과출력 (OUTPUT) 6. 검색결과의분석및통계 (ANALYSIS VIEW) 7. HISTORY ( 검색기록 ) 8. 집합연산검색 (HISTORY HITSETS) 9. 리포트및공유기능 (REPORT) PART VIII. APPENDIX. -----------------------------------------------------------------------------49 1. 화합물표기방법 2. MARVIN SKETCH GENERIC GROUP 2
PART I. WHAT IS REAXYS? 화학및제약, 바이오, 재료분야연구자를위한최상의 WORKFLOW SOLUTION! Reaxys는 Organic & Inorganic, organometallic 분야핵심 Title 400여종의화학반응, 물성정보, 물질정보를포함하여, 관련분야연구자들의합성경로및추가연구를위한 DB이며, 화학및의학, 바이오등의인접분야의 16,000여종 contents를추가하여, 화학및신약개발관련연구자들이쉽고빠르게화학관련정보검색에도움을주며, 관련분야의신뢰성있고특화된저널과데이터를바탕으로정확한검색을제공하여연구자들이필요로하는구체적이고, 관련성높은결과를제공및불필요한실험과정을줄여연구효율성증대시켜줍니다. Chemical Core Contents / 유기화학, 생명과학, 무기 & 유기금속화학, 고분자, 광물, 재료과학분야연구논문및서지및특허 (Patent) 검색 Chemical Literature search / 초록과논문제목만으로화학인접분야에대한문헌검색가능 검증된반응과물질데이터및검색결과의순위와필터링결과확인 Synthesis Chem / 화학반응및합성루트최적화 물질의물성정보확인 ; 활성, 독성, 분광학적데이터, 임상데이터, 환경독성데이터, 7억건의인증된데이터제공 논문, 특허, 서지검색 화합물유기화합물 (1771 년이후 ) 무기화합물유기금속착화합물 (1772 년이후 ) 특허 서지정보 WIPO ( 세계지적재산권기구 1978 년이후 ) / USPTO ( 미국특허상표청 1976 년이후 ) / EPO ( 유럽특허청, 1978 년이후 ) 에출원특허 ( 영문 ) 대상분류 : C07 ( 유기화학 ), A01N ( 소독약살충제제초제 ), A61K ( 의약품 치과용또는화장용제품 ), C09B ( 염료 ) 생명과학, 엔지니어링, 약리학, 환경과대학의도서및학회초록등 16,000 여종위의정기간행물 ( 제목, 초록, 키워드 ) 를키단어검색대상으로포함 반응정보, 물질, 물성정보, 문헌정보 Interoperation Reactions ( 반응검색 ) Substances, Names, Formulas ( 물질검색 ) 구조식및화합물이름, 분자식, CAS 번호등명칭및조성등물질검색 Literature ( 문헌검색 ) 저자, 특허번호, 출판년도등서지정보검색 3
PART II. Reaxys 를이용하려면먼저 I. 설치환경 Reaxys 의이용에필요한시스템요구사항은다음과같습니다. (2014 년 8 월기준 ) a. Windows 사양 운영체제 (OS) Windows 2000 Windows Vista Windows 7 인터넷브라우져 Microsoft Internet Explorer 7 Microsoft Internet Explorer 8 (Java 1.6.0_11 이상 ) Microsoft Internet Explorer 9-11 Mozilla Firefox 3 ~ 3.5, Mozilla Firefox 3.6 (Java 1.6.0_11 이상 ) Mozilla Firefox4 또는이상 Google Chrome10 또는이상참고 : JavaScript 와 cookies 가유효여부. Java Runtime Environment(JRE) 구조식그리기소프트웨어 Oracle Java Version 5.0 또는이상 (JRE Version 1.5.0) 이상 Java Version 6 update 10 (JRE Version 1.6.0_10) 을제외 MarvinSketch (ChemAxon) ISIS / Draw 2.5 또는이전 (Accelys) Accelrys / Symyx Draw 4.1 또는각각이전 (Accelrys) CrossFire Structure Editor 7 이전 (Elsevier) ChemDraw Pro12 (Perkinelmer) ICEdit (InfoChem) MarvinSketch 이외는별도 plug-in 이필요합니다. 최신정보및다운로드사이트 : http://www.elsevier.com/online-tools/reaxys/training-and-support b. Macintosh 컴퓨터 운영체제 (OS) 인터넷브라우저 Java Runtime Environment(JRE) Mac OS X 10.4 또는이상 Safari 4.0 또는이상 Firefox 3.X / 4 또는이상 Google Chrome10 또는이상참고 : JavaScript 와 cookies 가유효여부. Apple Java Version 5.0 또는이상 4
2. 구조식그리기프로그램 구조식그리기프로그램 Dotmatics Elemental ChemAxon MarvinSketch GGA Ketcher Mac OS X 10.5 또는이상 기타 Reaxys 결과를 Microsoft Word 또는 Excel 형식으로추출을위해서는 Microsoft Office 의 version 2003 또는그이상이필요합니다. 5
3. Reaxys 접속방법 ( 사용자등록 ) Reaxys 는 http://www.reaxys.com 에서시작합니다. IP 주소인증의경우바로접속은가능하지만, 추가로로그인후이용할경우다양하고편리한기능을사용할 수있어 IP 주소인증이더라도로그인후사용을권장하고있습니다. 로그인할경우 6 시간동안로그인이 유지되며, 다양한설정 ( 다음페이지참조 ) 및 Alert 등편리한기능을사용할수있습니다. ( 비로그인세션 유지시간은 30 분임 ) Academic 사용자의경우도서관홈페이지 > Reaxys ( 캠퍼스외의장소에서는도서관홈페이지를통해접속 ) 로그인설정방법 1. 처음로그인하는경우에는 Register 를클릭하여등록작업을합니다. 2. 아래는 Registration 화면입니다. 모든항목을입력한후, Register 버튼을클릭합니다. (Password 는 7 문자이상으로알파벳소문자, 대문자, 숫자, 기호각 1 개이상씩지정필요.) 6
3. Reaxys 접속방법 ( 로그인 ) 1. 로그인화면 (IP 인증의경우 ) 1 버튼을클릭합니다. 2 User Name, Password를입력합니다. 3 Remember me on this computer에체크시다음로그인시자동으로로그인됩니다. 2. 로그인화면 (ID / PW 인증의경우 ) 1 User Name, Password 를입력합니다. 2 Remember me on this computer 에체크시, 다음로그인시자동으로로그인됩니다. 7
4. My Settings ( 개인설정 ) My Settings 기능을사용하면개인의작업에맞게응용프로그램설정, 개인설정, 비밀번호변경이가능합니다. 1 로그인후 My Settings 탭을클릭합니다. My Settings 화면입니다. 응용프로그램설정, 개인설정, 암호변경이가능합니다. "Modify Application Settings" 을선택합니다. 응용프로그램의설정화면구조식그리는소프트웨어, 반응검색옵션, 프로그램물질검색옵션을변경할수있습니다. 필요한항목에체크를하고, Save 버튼을클릭합니다. MarvinSketch 이외의구조식을그리는툴을이용하기위해서는추가구조식그리는소프트웨어와플러그인설치가필요합니다 2 구조검색옵션 "As drawn" 를선택시, 정확하게동일한구조가없을경우, 기본적으로자동으로부분구조 ( 유사한구조 ) 를검색합니다. 이옵션을취소하려면여기에 합니다. 3 8
5. Reaxys 홈페이지 ( 시작페이지주요기능소개 ) 1. 반응 물질 문헌검색기능 Reaxys 는반응화합물 물질에관한여러문헌에서정보를함께제공합니다. 반응정보, 물질정보, 문헌정보는서로연결되어있으므로레코드를오가며검토할수있습니다. 1 탐색모음 : 화면전환가능 웹세미나 / 교육일정안내 개인 ID/ PW 등록 빠른주제및키워드검색 상세 Biodata, 와 MedChem 관련검색 2 반응검색 1) 물성 2) Chemical identifiers 검색 3) 천연물검색 4) 고급검색 물질검색 문헌및서지검색 용어분류체계 (taxonomies ) 를 통한검색 도움말또는기타관련링크로이동할수있도록바닥글은모든결과페이지에표시됩니다. 1 상단메뉴모음 : 화면전환가능 Query : 검색화면 Results : 검색결과화면 Synthesis Plans : 합성계획화면 History : 검색기록 My Alerts : Alert 기능 My Settings : 개인설정 Help : 도움말 2 검색모드전환 Reactions : 반응검색 Substances : 물질물성검색 Literature : 문헌검색 Reaxys Tree : 반응의종류, 분석방법항목별검색 Physical : 물성검색 Spectra : 스펙트럼검색 Natural Product : 천연물검색 Advanced : 고급검색 9
6. Ask Reaxys ( 키워드검색 ) Ask Reaxys는일반웹검색엔진과마찬가지로간단하게찾고자하는키워드와문구를입력함으로쉽게검색을할수있습니다. 검색단어의의미를 Ask Reaxys의문맥검색알고리즘이자동으로해석하고반응물질 물성데이터, 문헌등최적의검색결과를제공합니다. < 검색예 > 1 검색예 : 1H NMR lenalidomide" 검색대상물질이름과스펙트럼정보를이해하고실제의값을검색 2 검색예 : "preparation of esomeprazole" 단어의문맥을바탕으로합성방법반응검색 10
7. 분자식 (Molecular Formular bulider) 를통해검색 무기화합물의경우구조식이아니라 Molecular Formula Field 에분자식을입력하여검색하는방법을권장합니다 Reaxys 에서는주기율표를기본으로한 Molecular Formula Builder 를통해검색하고자하는물질의분자식을쉽게입력하여검색가능하도록 Molecular Formular builder 를지원합니다. < Appendix: 화합물표기방법참조 > 11
1 PART III. 반응검색 (REACTIONS) 1. 반응검색화면 2. 반응검색 구조식그리기및편집 3. 반응검색 검색옵션설정방법 4. 반응검색결과화면 1 5. 반응검색결과화면 2 1 2
1. 반응검색 조건설정 : 검색옵션을설정후 Search 버튼을클릭합니다 반응검색은생성물이나원료지정뿐만아니라, 전체반응, 반반응도검색가능합니다 1 1 검색모드를선택 Reactions 반응검색 Substances 물질검색 Literature 문헌검색 2 검색하고자하는구조식을그리거나이름으로구조식을그립니다. 2 4 3 검색조건설정 3 4 Options 옵션설정 ( 상세설명 : P15, 16) As Drawn 그려진구조대로검색 Substructure 부분구조검색 Similarity 유사반응검색 (P.15) 반응에서역할선택 : Product: 생성물 Starting Material: 출발물질 Reagent/Catalyst: 시약 / 촉매 Any role: 생성물또는출발물질 5 기타조건을설정 Reaction data 추가설정검색 ( 수득율, 용매등 ) 기타조건추가삭제 Add/Remove 에서항목추가삭제 6 13
2. 반응검색 - 구조식그리기및편집 구조식그리기 (structure editor) 에서검색대상물질과반응을구조식으로그려서검색할수있습니다. 그리고구조식그림을그리지않고, 화학이름을넣어바로그림으로구조를확인하거나편집, 변형하여검색이가능합니다. 구조식을그리기위해더블클릭하면소프트웨어가시작됩니다. 검색예 : Esomeprazole 과연관체의합성법찾기 1. 이름으로구조그리기 Create Structure Template from Name ( 이름으로구조검색 ) 아이콘을클릭합니다. 2. 이름입력화면입니다. "esomeprazole" 를입력하고 Submit 버튼을클릭합니다. < 참고 > 문구와동일한것을찾고싶을때 : is 앞문구에들어가는것을찾을때 : start with 뒷문구에들어가는것을찾을때 : ends with 부분일치 : contains 1 여러후보화합물이나타나는경우필요한것을선택합니다. 2 3 3. Submit 을누르면, Marvinsketch 에자동으로구조식이그려집니다. 구조편집하기 4. 만약 esomeprazole 의구조와유사한다른물질을그리고싶을경우 EDIT 를클릭하여편집후 Transfer query 버튼을클릭하면변경된값으로구조식이 Reaxys Marvinsketch 에표시됩니다. 4 14
3. 검색옵션설정방법 반응검색과물질검색에서옵션이일부다릅니다. 1 2 1 구조검색옵션 As Drawn : 그린물질의구조검색 Substructure : 부분구조검색 on heteroatoms : 헤테로원자검색 on all atoms : 모든아톰검색 Similarity : 유사한반응검색 2 기타검색옵션 Include tautomers : 호변이성체를포함 Ignore stereo : 입체무시 No isotopes : 동위원소를포함하지않는것 No charges : 전하를띠는분자를포함하지않는것 No radicals : 라디칼을포함하지않는것 No ring closures : 추가압축고리를불허 Ignore Atom Mapping : Atom 매핑을무시 Align results with query : 얻어진결과의구조를 Query 의구조와같은배치로표시 Keep Fragments separate : 조각의분리를유지 Similarity 검색 Reaxys 는반응과물질의유사성을기반으로검색이가능합니다. 위의검색옵션을설정하여검색을수행합니다. < 유사반응의표시예 : Vioxx 의경우 > Reaction 선택 -> 검색옵션중 Similarity 선택 -> Create structure template from name-> Vioxx 넣고, submit-> Search reaction 클릭시, 아래와같이창이뜹니다. 1 유사성정도에따라건수가표시됩니다. ( 유사성정도내용은에서확인할수있습니다 ) 2 건수를클릭하면각각의결과가표시됩니다. 15
3. 반응검색옵션 (Reactions Query Constraints) Option Definition Example Include tautomers 호변이성체를포함 Tautomers are placed in separate records, use classic conjugated double bonds, and only cover the movement of real atoms (not charges and valences). Included: Ignore stereo 입체무시 When this box is checked, any stereochemistry displayed in the query will be ignored and the substances retrieved may or may not depict specific stereochemistry. Included: No isotopes 동위원소를포함하지않는것 When this box is checked, isotopes will not appear in your results. Excluded: No charges 전하를띠는분자를포함하지않는것 When this box is checked,charged compounds will be excluded from your results. Excluded: No radicals 라디칼을포함하지않는것 When this box is checked, compounds containing radicals will not appear in your results. Excluded: No ring closures 추가압축고리를불허 When this box is checked, ring closures between atoms or groups with free sites will be excluded from your results. Ignore atom mapping Atom 매핑을무시 Align Results with Query Keep fragments...separat e, together 조각의분리를유지 If atom-atom mappings are defined in a query, this option will ignore those mappings in the search Checking this option ensures that the structures in the results will have the same general orientation as the structure in the query When the query contains more than one isolated component, checking separate ensures that they are to be retrieved as separate components. Together means that the fragments will be part of the same structure. 16
4. 반응검색결과화면 1 검색결과는표형식으로표시됩니다. 다른논문 특허유래의반응조건이차례로표시되므로 ( 기본적으로 3 개표시 ) 조건끼리쉽게비교 검토할수있습니다. 검색결과의분석및재검색을위해각종필드를활용한필터기능도준비되어있습니다검색결과에서원문과서지정보등에액세스할수있는링크도부여되어있습니다. 1 작업이력기록 / Alert 설정 2 4 Reactions / Substance / Citations 확인가능 7 결과분석 / 통계 5 도구모음 6 결과정렬 반응결과 8 3 필터기능 : 결과내정렬및재검색 1 작업한 history 를기록하여전에작업한내용을클릭하여열람할수있습니다. 2 Create Alert : Alert 설정합니다 (Part VII 참조 ) 3 필터기능 ( Part VII 참조 ) 4Reactions / Substance / Citations 확인가능 5 도구모음 : 확대, 축소, 인쇄, 숨기기기능등 6 검색결과정렬 : 7 Analysis View : 검색결과의통계분석기능 ( Part VII 참조 ) 8 반응결과 : 다른논문 특허유래의반응조건이나란히 3 개씩표시됩니다. 여기에서는 Show All Remaining Details 를클릭하여다른반응조건을표시합니다. Reaxys Ranking 은 다양한지표에서반응정보의유용성을점수화하여순위를표시한것입니다. 17
반응검색결과화면 2 6 1 Yield 수율 2 Conditions: 반응조건 4 References 출처정보 ( 저널 / 특허 ) 특허기록중실험내용부분을확인 제목 / 초록 전문 인용정보 - 문헌상세정보 3 5 기타반응조건 1 Yield 수율 2 Conditions 반응조건 반응조건, 정제방법등자세한실험방법표시, 특허및학술논문기재내용에서확인할수있습니다 학술논문은일부제목만대상임. 3 Show / Hide Experimental Procedure: 특허기록중실험해당부분을확인할수있습니다. 4 References 출처정보 ( 저널 / 특허 ) Title / Abstract : 제목 / 초록 Full Text : 문헌의전체텍스트 View citing articles : Scopus 에서피인용정보 Show Details 문헌별정보 ( 수록반응화합물등 ) 5 Show All Remaining Details 기타반응조건 6 아이콘 화합물의시판정보사이트안내화합물의하위메뉴뷰어기능화합물을다른데이터베이스 (PubChem 또는 emolecules) 로표시 Reaxys 번호 분자식 분자량 CAS 등록번호 화합물에대한자세한믈성데이터 구조식을클립보드에복사 (mol 형식 ) 구조식을검색화면에복사 부분구조필터로사용 반응식을검색화면에복사 관련 Markush 구조확인 Synthesize 화합물의합성경로만들기 ( 합성경로설계도구, 자세한내용은 p.8 C-9) Find similar reactions 유사한반응검색 18
1 PART IV. 물질, 물성검색 ( SUBSTANCES) 1. 물질물성검색화면 2. 물질검색 구조식그리기및편집 3. 물질검색 유사물질검색방법 4. 물질검색결과화면 1 5. 물질검색결과화면 2 6. 물질결과화면에서 Physical Data 확인 7. 결과화면에서 Spectra Data 확인 8. 결과화면 : 필터기능을활용해 NMR Spectra data 검색결과좁히기 1 9
1. 물질물성검색화면 물질물성검색에서는구조식, 화학물질정보, 관련반응식정보, 물질에대한데이터 (Physical Data, Spectra 등 ) 을확인할수있으며, 클릭하여바로정보도확인가능합니다. 1 검색모드를선택 Reactions 반응검색 Substances 물질검색 Literature 문헌검색 1 2 검색하고자하는구조식을그리거나이름으로구조식을그립니다. 2 3 3 검색조건설정 Options 옵션설정 ( 상세설명 : P35) As Drawn 그려진구조대로검색 Substructure 부분구조검색 Similarity 유사반응검색 4 기타조건을설정 Identification 추가설정검색 (chemical name, CAS number 등 ) 4 기타조건추가삭제 Add/ Remove 에서항목추가삭제 5 20
2. 물질물성검색 - 구조식그리기및편집 구조식그리기 (structure editor) 에서검색대상물질과반응을구조식으로그려서검색할수있습니다. 그리고구조식그림을그리지않고, 화학이름을넣어바로그림으로구조를확인하거나편집, 변형하여검색이가능합니다. 구조식을그리기위해더블클릭하면소프트웨어가시작됩니다. 검색예 : Mevastatin 유사화합물검색 1. 이름으로구조그리기 Create Structure Template from Name ( 이름으로구조검색 ) 아이콘을클릭합니다. Reaction Search 와정보공유하지않습니다. 필요에따라구조식을붙여넣기 (paste) 하십시오. 1 2. 이름입력화면입니다. Mevastatin " 를입력하고 Submit 버튼을클릭합니다. 2 < 참고 > 문구와동일한것을찾고싶을때 : is 앞문구에들어가는것을찾을때 : start with 뒷문구에들어가는것을찾을때 : ends with 부분일치 : contains 3 여러후보화합물이나타나는경우필요한것을선택합니다. 3. Submit 을누르면, Marvinsketch 에자동으로구조식이그려집니다. 구조편집하기 4. 만약 esomeprazole 의구조와유사한다른물질을그리고싶을경우 EDIT 를클릭하여편집후 Transfer query 버튼을클릭하면변경된값으로구조식이 Reaxys Marvinsketch 에표시됩니다. 4 21
유사물질 (Similarity) 검색방법 반응검색과물질검색에서옵션이일부다릅니다. 1 2 1 구조검색옵션 As Drawn : 그린물질의구조검색 Substructure : 부분구조검색 on heteroatoms : 헤테로원자검색 on all atoms : 모든아톰검색 Similarity : 유사한반응검색 2 기타검색옵션 (P.34 참조 ) Similarity 검색 Reaxys 는반응과물질의유사성을기반으로검색이가능합니다. 위의검색옵션을설정하여검색을수행합니다. < 유사물질의표시예 : Vioxx 의경우 > Substance 선택 -> 검색옵션중 Similarity 선택 -> Create structure template from name-> Vioxx 넣고, submit-> Search reaction 클릭시, 아래와같이창이뜹니다. 1 유사성정도에따라건수가표시됩니다. ( 유사성정도내용은에서확인할수있습니다 ) 2 건수를클릭하면각각의결과가표시됩니다. 22
물질검색결과화면 1 II. 검색보기검색결과는표형식으로표시됩니다. 구조식, 화학이름, 수록되어있는데이터항목등다른각화합물의합성법유도체의합성방법도한번의클릭으로확인가능합니다. 검색결과의엄선등의궤적을탐색하는기능과각종수수료필드를활용한필터기능도포함되어있습니다. 검색결과에서전체텍스트인용정보등에액세스할수있도록링크가제공됩니다. 1 4 작업이력기록 / Alert 설정 2 7 결과분석 / 통계 Reactions / Substance / Citations 확인가능 5 도구모음 6 결과정렬 3 필터기능 : 결과내정렬및재검색 1 작업한 history 를기록하여전에작업한내용을클릭하여열람할수있습니다. (Part VII 참조 ) 2 Create Alert : Alert 설정합니다 (Part VII 참조 ). 3 필터기능 (Part VII 참조 ) 4Reactions / Substance / Citations 확인가능 7 Analysis View : 검색결과의통계분석기능 ( Part VII 참조 ) Reaxys Ranking 은 다양한지표에서반응정보의유용성을점수화하여순위를표시한것입니다. 5 도구모음 : 확대, 축소, 인쇄, 숨기기기능등 6 검색결과정렬 : 23
물질검색결과화면 2 물질결과화면은구조식, 화학물질정보, 관련반응식정보, 물질에대한데이터 (Physical Data, Spectra 등 ) 을확인할수있으며, 클릭하여바로정보도확인가능합니다. 1 구조식 2 화학물질정보 3 관련반응의수와링크 4 수록된데이터 5 참조문헌수 2 3 1 반응데이터로이동 문헌정보로이동 구조식 / 수록된데이터화합물의시판정보사이트안내화합물의하위메뉴뷰어기능다른데이터베이스의화합물정보 (PubChem 또는 emolecules) 로표시 Synthesis planner로이동 Show / Hide Details = Available data : 화합물에대한자세한정보 ( 각항목을클릭하면내용이나타납니다 ) <- 약품유사성 <- 바이오활성데이터 <- 화합물의기본정보 <- 물성정보 <- 스펙트럼정보 (NMR, IR, UV/VIS, MASS spectroscopy) <- 생물활성환경독성 <- 용도및응용분야정보 <- 관련천연물정보 24
물질결과화면에서 Physical Data 확인 원포인트다양한논문 특허에서실제실험측정값이수록되어있습니다. 다양한문헌으로부터값을검색하여보여주므로, 비교 검토가용이합니다. (physical data 종류는물질별로수록된데이터의양이다릅니다.) 25
결과화면에서 Spectra Data 확인 원포인트 Reaxys 에서는 NMR, MASS, UV/VIS, IR 등다양한스펙트라데이터를제공하고있습니다. NMR 스펙트럼데이터는핵종 용매등의측정조건이외에, NMR shift 값도수록되어있기때문에 ( 특허로부터정보 ), 원문을참조하지않고자세한정보를얻을수있습니다. 핵종 용매 NMR shift 값 26
결과화면 : 필터기능을활용해 NMR Spectra data 검색결과좁히기 필터기능 "Spectroscopic Data " 를열고 More 를클릭해좌측과같은상세화면팝업창이열립니다. 여기에서 NMR 측정핵종을 "13C" 를설정하고 Limit to 를클릭합니다. 자세한레코드를확인하기위해는 Hit Data 아래의 "NMR Spectroscopy" 를클릭합니다여기에서는핵종이 13C 데이터 ( 검색조건에일치하는것 ) 만표시되어있습니다. 모든데이터를표시하기위해는 "view all" 을클릭합니다. Hit Data 는 검색조건을만족하는항목의데이터만표시할수있습니다. 27
1 PART V. 문헌검색 (LITERATURES) 1. 문헌검색화면 2. Reaxys Tree 문헌검색 3. 특허번호검색 2 8
1. 문헌검색화면 문헌이나특허의서지정보를검색할수있습니다. Advanced Search 에서더자세한검색을할수있습니다 1 검색모드를선택 Reactions 반응검색 Substances 물질검색 Literature 문헌검색 1 2 Bibliographic Data Document Type ( 문헌 특허등 ) 과 Author 등으로검색합니다. 검색항목은필요에따라추가하거나제거할수있습니다 2 3 Search Literature : 검색시작 연산자버튼 3 문헌검색항목추가삭제 Add/ Remove 에서항목추가삭제 4 원포인트 : 연산자의종류 Reaxys에서사용가능한연산자는다음의 6 종류입니다. ( 일부해당필드가한정되어있는연산자도있습니다.) AND : A AND B A, B의양자를포함하는 OR : A OR B A, B 중하나를포함하는 NOT : A NOT B A - B NEXT : A NEXT B A와 B가순서대로인접하여있는것 NEAR : A NEAR B A와 B가순서에관계없이인접해있는것 PROXIMITY : A PROXIMITY B A와 B가해당데이터무슨 29
2. Reaxys Tree Reaxys Tree 는반응이름및분석방법에대한텍소노미를트리구조로정리한탐색기능입니다. 정리된정보를계층구조를따라열람하여검색하고싶은단어의상위개념과하위개념을쉽게파악하는것이가능합니다. Reaxys Tree 를이용하여여러반응이름및분석방법을상호참조하면서검색을실행하여원하는컨셉과관련있는정보를얻을수있습니다. 1 검색예 : Suzuki Coupling 에관련된 Source 찾기 30
3. 특허번호에서검색 1 Search for 상자에찾고싶은특허번호를입력합니다. 후보어가표시되므로필요한것을선택택하고 2 버튼을클릭합니다. 검색화면으로돌아왔습니다. 선택한특허번호가붙여있습니다. 버튼을클릭합니다. 검색결과화면입니다. 원포인트 : 특허번호입력주의사항 1 연호뒤에오는숫자부분은처음에 "0" 이있는경우생략하고입력합니다. 2 연호와번호사이에 "/" 를선택합니다. <Sample> 특허번호 Reaxys에서입력방법 WO2008011007 WO2008 / 11007 이 "0" 은생략 "/" 슬래시를삽입 31
1 PART VI. 합성설계 (SYNTHESIS PLANNING) 1. 합성경로설계 (Synthesis planning): Auto plan 2. 합성경로설계 (Synthesis planning): Auto plan 3. 합성경로저장및불러오기 3 2
1. 합성경로설계 (Synthesis planning): Auto plan Reaxys 는자체기능으로합성경로설계 (Synthesis Planner) 기능이준비되어있습니다. 합성경로설계기능을이용하면물질을최종생성물부터합성루트를역합성으로계획할수있습니다. 또한여러합성루트후보를한화면에표시할수있어비교검토에유용합니다. 화합물검색결과에서도합성설계기능을바로사용할수있습니다. < 검색예 : Esomeprazole 의합성법찾기 > 1. 반응검색결과에서합성루트작성합성계획도구기점으로원하는반응하단에표시되는 Synthesize 를클릭하고 Manually, By AutoPlan 또는 AutoPlan (with options) 을선택. 2. By AutoPlan By AutoPlan 을선택하면자동으로가능한합성루트가설계됩니다. 1 By AutoPlan (with options) 을선택스텝수등을미리지정하여검색이가능합니다. 2 불필요하게된합성루트는 Remove 에서삭제할수있습니다. 3. Auto plan 결과 3 반응경로에대한자세한정보 33
2. 합성경로설계 (Synthesis planning): Manually plan 4. Maually을선택한경우에구조식하단의 synthesize를클릭하여합성경로를계속추가합니다. 이전화면에서추가한합성경로가표시되어있습니다. 1 경로표시는기본적으로왼쪽 오른쪽이지만, 를클릭하면위 아래의표시변경가능합니다. 4 5 구조식하단의 Synthesize 를클릭하면더거슬러올라가합성루트를검토할수있습니다 2 합성루트의확대 축소표시위치이동이가능합니다. 드래그하여표시위치의이동이가능합니다. 3 Add를클릭하거나또는다른합성루트를추가가능 5. Manually를선택하면합성법의알려진후보목록이표시됩니다. 반응식을비교하고, 사용하고자하는반응식에 을넣고버튼을클릭하면 6 합성루트화면에자동으로추가됩니다. 이단계를반복하여합성루트를설계할수있습니다. Maually 을선택한경우에반응경로의하단에각각의반응정보가표시됩니다. 6. 포인트 : 유사한화합물의역합성법의제시선택한화합물의역합성경로가데이터베이스에수록되어있지않은경우, 자동으로유사화합물의합성경로가제시됩니다. 34
합성경로저장및불러오기 합성경로설계화면상단에는다양한기능을가진도구모음이준비되어있습니다. 설정예 : 합성경로저장및불러오기만든합성루트의출력및저장이가능합니다. 다른이용자와합성경로정보를공유루트를검증할때유용합니다. 버튼기능버튼기능 새로운합성경로를설계 저장되어있는합성루트를불러옴 썸네일에서표시영역을선택택 / 숨기기 설계한합성루트저장 합성루트를복제 루트표시영역크기변경추가 만든합성루트를 PDF, Word 등의파일형태로반출가능 도움말 표시 7. 합성루트의저장 7 버튼을클릭하여합성루트저장합니다. 메시지에따라파일를저장합니다. 저장된파일은메일등으로다른동료에게보낼수있음. 8. 합성루트불러오기 1 버튼을클릭 2 찾아보기를클릭하여로드파일을지정 3 Open 을클릭해저장된합성루트를화면에표시 8 35
1 PART VII. 각종편리한기능 1. 작업이력기록 2. ALERT 설정및삭제 3. 물질, 물성, 반응, 문헌검색 FILTER 기능 3-1. 필터활용예 : 3-2. 필터활용예 : 4. 문헌정보링크 5. 도구모음 검색결과출력 (OUTPUT) 6. 검색결과의분석및통계 (ANALYSIS VIEW) 7. HISTORY ( 검색기록 ) 8. 집합연산검색 (HISTORY HITSETS) 9. 리포트및공유기능 (REPORT) 3 6
1. 작업이력기록 검색결과등의기록이화면상단에표시되어있습니다. 이전결과에돌아가고싶은경우에는해당부분을클릭합니다. 37
2. Alert 설정 Alert 는검색조건을등록해두면데이터베이스의업데이트시점에따라조건에일치하는검색결과가자동으로전달되는서비스입니다. 동일한조건에서반응이나물질물성에관한정보를모니터링할경우에유용합니다. Alert 결과는등록된 Email 주소로배달됩니다. 다른이용자에게도같은 Alert 결과를전달할수있습니다. Alert 이용하려면로그인이필요합니다. ( 로그인방법은 P. 7 을참조하십시오.) 1. Alert 설정 Alert 설정은검색결과화면혹은 History 화면에서할수있습니다. Creat Alert 를클릭하여등록화면으로이동합니다. 2. Alert 설정화면 1 Query : 검색조건확인 2 Name of Alert : Alert 명칭설정 3 E-mail Address : 대상메일주소등록여러주소지정가능 4 Comment / Description : 댓글입력 5 Frequency : 배달빈도설정 6 E-mail format : html / text 7 Save 를클릭하여등록완료 3. Alert 삭제 1 삭제등록번호를선택 2 을클릭 38
3. 필터기능 결과내재검색 < 필터기능을이용한반응검색의경우 > 부분구조 ( 다음페이지참조 ) 수율 레코드종류 ( 전체반응 반반응 다단계반응등 ) 시약촉매 용매 반응의종류 반응단계수 Product 측화합물의능력 Reactant 측화합물의능력 다른데이터베이스에수록 분자량 조각수 물성 분광스펙트럼데이터 생물활성데이터 환경학적데이터 천연물유래화합물 능력 다른데이터베이스에수록 자료의종류 ( 문헌 특허 ) 저자 특허출원인 저널이름 발행년 원포인트필터기능은많은검색결과에서맞는조건이내림차순으로표시되어있습니다. 가장연구자가얻고자하는결과를얻을수있도록엄선기능이외에, 경향을알수있는도구로도사용할수있습니다. 원포인트 : 부분구조에의한검색검색결과에특정구조를갖는것으로한정하거나, 특정구조를갖는것을제외할수있습니다. 필터기능에서선택하거나검색결과의구조식에서설정가능합니다. 39
3-1. 필터활용예 -sub-structure < 구조검색의각종기능 > Query 화면에서구조식을복사. Query 화면에구조식을복사. 그려진구조만을포함하는검색결과 그려진구조를제외한검색결과 <Filter 기능에서이용 > 검색예 : Na 생성물과반응에만좁히면 3 1 검색결과목록화면의왼쪽부분의필터기능 "Sub-structure" 를선택합니다. 2 구조검색이시작됩니다. 그리고, 선택하고자하는물질의구조를그립니다. 3 검색옵션을설정하고 4 Limit to 버튼을클릭합니다 1 2 4 < 목적화합물에서이용 > 검색예 : 라세미체로부터광학분긋고있는반응을제외 1 결과내재검색 query 로이용하고싶은후보화합물의구조식을클릭합니다. 하위메뉴가표시되므로 "Use as Sub-structure filter" 를선택하고구조검색대화를시작합니다. 2 구조를필요에따라편집합니다. 3 검색옵션을설정하고 4 Exclude 버튼을클릭합니다. 1 3 2 4 40
3-2. 필터활용예 Reagent/ catalyst/ reaction type/ No. of step/ solvent/ doc type 수율, 시약 용매등필드에서우선순위검색을할수있습니다. 를클릭하면선택가능항목이표시됩니다. More을클릭하면더많은선택항목이표시됩니다. 여기에서는시약 촉매로사용된상위 3 종을제외한검색조건을추가했습니다. 아래예처럼용매 / 반응의종류 / 문헌의종류필터를이용해포함 / 제외할수있습니다. 41
4. 문헌정보링크 1 문헌의전체텍스트 (Full-text) 전문 (full-text) 의소스에링크 2Scopus 인용문헌정보, 3 특허명세서 1 ScienceDirect는엘스비어에서제공하는전문을제공하는데이터베이스입니다. Reaxys에서찾은자료를포함하는전문을확인할수있습니다. (license 필요함 ) Scopus는엘스비어에서제공하는세계최대의서지 인용정보데이터베이스입니다. Reaxys에서찾은자료를인용하여작성된자료조사를확인할수있습니다. (license필요함) 2 3 4 문헌정보 (show detail) 문헌의제목, 초록, 그문헌에서수록된모든반응 화합물의목록도볼수있습니다. 특허내용은전면페이지정보, 특허패밀리내용도수록되어있습니다. 4 42
5. 도구모음 검색결과출력 (Output) 검색결과를 PDF 형식이나 XML, Word, Excel 등의파일형식으로검색결과에서원하는레코드나필드를선택하고내보낼수있습니다. 검색결과출력검색결과화면을클릭합니다. 설정화면 ( 설정방법에대한자세한내용은아래참조 ) 1 에서 5 까지의설정이완료되면 OK 를클릭합니다. 검색결과출력이완료되면 다운로드를클릭하면, 결과가원하는파일형태로 (PDF 파일 ) 로출력이되어저장 / 인쇄가가능합니다. 1 2 3 4 5 7 6 43
도구모음 검색결과출력 (Output) 설정 물질 / 물성 (substances) 검색결과출력설정 항목 내용 1 Output 내보내기결과의유형을다음 3 가지중에서선택합니다. Substance Grid : 구조식그리드표시 Substance Detail Table : 화합물에대한자세한데이터 Substance Citation Table : 문헌마다 2 to 3 include 내보낼파일형식을다음에서선택합니다. PDF / Print RD File XML SD / Molfile Microsoft Word Smiles Microsoft Excel Literature Management Systems 체크박스에체크를제목으로설정하고싶은문자열을입력합니다하면, 대상의모든문서에머리글이삽입됩니다. 4 Output range 내보내기할레코드를선택합니다. All Hits : 모든검색결과 Range : 필요한범위를 "1,2-5,10" 등과같이선택가능 5 Output contains 내보내기대상에포함할항목을선택합니다. include structures : 구조식을포함 All available data : 모든사용가능한데이터 Identification data only : 물질의기본정보 Hit data only : 검색조건에일치하는데이 반응 (reaction) 검색결과출력설정 항목 내용 1 Output 내보낼결과의유형을다음의 2 종류에서선택합니다. Reaction Table : 반응마다 Reaction Citation Table : 문헌마다 2 to 내보낼파일형식을다음 5 종류중에서선택합니다. PDF / Print XML Microsoft Word Microsoft Excel RD File Literature Management Systems 3 include 4 Output range 체크박스에제목으로설정하고싶은문자열을입력하면대상문서에제목이삽입됩니다 내보내기할레코드를선택합니다. All Hits : 모든검색결과 Range : 필요한범위를 "1,2-5,10" 등과같이선택가능 5Output contains 내보내기대상에포함할항목을선택합니다. include structures : 구조식을포함 include Experimental Procedure : 특허실시예를포함 All available data : 모든사용가능한데이터 Identification data only : 반응의기본정보 Hit data only : 검색조건에맞는데이터 44
6. 검색결과의분석 (Analysis View) 반응검색과물질물성검색 Analysis View 기능을이용하면검색결과를 histogram 으로각기준간의상관관계를분석가능하고한눈에경향을볼수있도록시각화할수있습니다. 분석하고자하는항목을선택하면 ( 왼쪽빨간색부분 ) 해당부분이 ( 왼쪽노란색부분 ) 표시됩니다. 1 Open / Close Analysis View Analysis View 기능을열기 / 닫힘 2 Histogram A / B 분석시각화하는항목. 반응검색및물질물성검색에서선택할수있는항목이다릅니다. 3Sort by 항목정렬합니다. 4Limit to / Exclude : 선택한항목을포함또는제외한결과를검색합니다.. 2 3 1 4 Histogram 에서선택할수있는항목 : Catalyst(classified) Reactions(classified) Reagent/Catalyst Solvent Solvent(classified) Yield Compounds(classified) Boiling Point Density Melting Point Molecular Formula Molecular Weight Pharmacological Effects Physical Data Solubility Spectroscopic Data Document Type Authors Patent Assignee Journal Title Publication Year 단, Molecular Weight 물질검색결과화면에서만선택할수있습니다. 45
7. HISTORY ( 검색기록 ) History 화면에서는동일한세션내검색기록이자동으로저장되어있습니다 ( 세션종료후삭제됩니다 ). 검색조건편집, Alert 설정, 검색보기, 검색결과저장을할수있습니다 1. History 화면개요 History 화면입니다. 검색기록이자동으로저장되어있습니다. 1 Edit : 검색조건을검색화면에재현 2 Create Alert : Alert 설정 3 View : 검색보기 4 Store : 검색결과저장여기에서는 Store 를클릭하여검색결과를저장합니다. 5 명칭과설명을입력하고 Save 버튼을클릭합니다. 6 저장된기록은구분아래에표시됩니다. 46
8. 집합연산 (Combine hitsets) History 에저장된검색결과들중선택하여집합연산으로재검색할수있습니다. ( 세션종료후삭제됩니다 ). 4 종류의연산패턴이나타납니다여기에서는 "Overlap 15 with 12" 를선택하고양자를포함하는것을검색합니다. 집합연산을한결과도검색기록으로저장됩니다. 1 연산의대상이원하는결과번호를선택 2 하고 을클릭하면집합 연산을수행할수있습니다 < 집합연산의종류 > 중하나를포함하는 (OR) 6-7 (NOT) 양자를포함하는 (AND) 7 6 (NOT) 3 개이상의집합에서연산할수있습니다. 이경우 "AND", "OR" 중하나를선택합니다. 47
9. 리포트에저장및공유 (Report/ 메일보내기 ) 검색결과에서원하는레코드를저장할수있습니다. 저장된레코드는 Report 화면으로볼수있습니다 ( 세션종료후에도삭제되지않습니다 ). 1. Report 에저장 1 Report 에저장할반응식의왼쪽하단에마우스를가까이있습니다. 가표시됩니다. 2 을클릭합니다. 3 This reaction 은반응식만저장됩니다. This reaction including all (up to 10) details 를누르고클릭하면반응식과반응조건을 Report 에저장합니다. 2. Report 조회 5 Report 를클릭하고 Report 화면을엽니다. 6 Report 에저장된레코드가오래된날짜순서대로표시됩니다. 7 Move Down, Move Up : 여러레코드 Report 에저장된경우에표시됩니다. 레코드표시순서를바꿀수있습니다. 8 Remove : 저장되어있는레코드를제거합니다. 9 Annotation : 저장되어있는레코드 3. 공유하기 ( 메일보내기기능 ) 메일보내기기능으로검색된자료를쉽게공동연구자, 동료들과공유할수있습니다. 48
Appendix 화합물의표기방법 무기화합물의경우구조식이아니라 Molecular Formula Field 에분자식을입력하여검색하는방법을권장합니다 (Molecular Formula Field 표시방법은 P.11 참조 ). 여기에서분자식의입력예를기재하고있습니다. 검색표기방법검색식예검색결과 원소 Fe Fe 간단한분자 HCI HCI 무기물 NaCl NaCl 부가화합물부가분자를 * 로연결 CoCl2*4NH3 배위화합물 Fe(C5H5)2 고용체 혼합분자를 # 로연결 Na2SO4#Cs2SO4 CaCO3#CaMg(CO3)2 Mixture Solid Solution 모든금속원소 M MX NaCl, KI, KBr 등 할로겐 여러원자를허용예 ) H2SeO4 여러원자단을허용예 )(CH3)20 (C2H5)20 주기율표번호또는그룹이름표기 전이원소 붍특정의원소를포함하는물질 특정원소를포함하는물질 특정원소만구성물질 X 또는 (hal) 허용하는원자 (xx, yy) 으로열거하고표기 허용하는원자단을 (XX, YY) 와열거해표기 (1b), (alk), (act) (trm)?? 에서 1 종류,???? 에서 2 종류의원소를표기 h2(s, se)o4 (ch3, c2h5)2o (1b)Cl (alk)cl Pb???? Pb 외에 2 종류의원소를포함하는화화합물 (HO)2SO2, H2SeO4, (H2O)SO3 등 AgCl, CuCl 등 KCl, LiCl, NaCl 등 PbSO4, Pb(NO3)2, 등 PbTiO3 * 에서표기 Tm* Tm, TmCl3 등? 로표기 ( 수의제한은없음 ) 전하를가진물질양전하 : (? +) 또는 (* +) 음전하 : (? -) 또는 (* -) 제로전하 (?) 또는 (*) S? S, S2, S8 등 (?+)Na 또는 (*+)Na Na3+, Na2+ 49
검색표기방법검색식예검색결과 전하를갖지않은것 (0+) (0+)Na Na 원자의수를범위로지정 (x-y) FeCl(2-3) FeCl2, FeCl3, FeCl4 원자의수를손가락 (x,y) FeCl(2,4) FeCl2, FeCl4 여러원소에대해각각의원자식수를지정 Fe 를포함하는합금도핑물질등 Fe 와 Ni 을포함하는합금 다성분계 AxBy, x=2,3 y=2-4 AnB1-n n=0-1 수의표기 Fe# 혼합하는원소를 # 로연결 FexOy x=2,3 y=2-4 FenPd1-n n=0-1 Fe# Fe#Ni Fe2O2, Fe2O3, Fe3O2, Fe3O4 등 FePd, Fe0.2Pd0.8, Fe0.5Pd0.5 등 물질의종류검색식결과보기 ZnO#TiO2 PbSO4#PbO#SiO2 mixture (composition partially given): Titaium(IV) oxide zinc oxide mixture (composition partially given): lead (II) oxide silica gel lead (II) sulfate 용액 NaCl#H2O mixture (composition partially given): water sodium chloride 수화물 CoCl2,(H2O)? cobaltous chloride hexahydrate cobalt(ii) chloride hexahydrate CoCl2, 6H2O 유리, 세라믹물자 (10-15 % 의 B2O3 및 10-15 % 의 AlO3 을포함 Silica spheres) 합금 (96 % Fe 및 4 % Cr 을포함한합금 ) B2O3(10-15W%)#Al2O3(10-15W%)#SiO2# Fe(96W%)#Cr(4W%) mixture (composition partially given): lithium oxide aluminum oxide diboron trioxide silica gel Titanium(IV) oxide mixture (composition partially given): iron chromium 50
APPENDIX2. MARVIN SKETCH - ATOM GENERICS 51
APPENDIX 3. Marvin Sketch - Group Generics The Generic Groups G and GH will retrieve any group (G) and any group or hydrogen (GH). Group names that are marked with an asterisk (G*, GH*) retrieve the same as G and GH, but they also retrieve structures in which an atom in the group can be linked with an atom in the original structure to form a ring (ring closure). G and GH will not allow such implicit ring closures. G and G* are unique among the Reaxys Generics because they will accept more than 1 attachment point. Please note: the Reaxys Query Form setting "No additional rings" must not be checked if you want to allow G* or GH* to form a ring with the rest of the structure. It is recommended that you perform a substructure search if you want to retrieve substances with this type of ring closure 52
APPENDIX 4. Marvin Sketch- Acyclic Generic Groups Group names that end in H allow either the group or hydrogen at that position. For example, ALK represents an alkyl group, while ALH represents an alkyl group or hydrogen. 53
APPENDIX 5. Marvin Sketch - Cyclic Generic Groups Group names that end in H allow either the group or hydrogen at that position. For example, CYC represents a cyclic group, while CYH represents a cyclic group or hydrogen. Please note: an "ARY" group (aryl) is defined as a structure of n (n>0) optionally fused benzene rings and their respective substituted systems. The Aryl system must be directly attached to the parent. an "HAR" group (heteroaryl) is defined as a structure of n (n>0) optionally fused aromatic rings and their respective substituted systems. An aromatic ring is defined as a six-membered ring with alternating single and double bonds. At least one of the aromatic rings must contain one or more hetero-atoms. The Heteroaryl system must be directly attached to the parent. 54
APPENDIX6. Marvin Sketch- No Carbon Group names that end in H allow either the group or hydrogen at that position. For example, CXX represents a cyclic group with no carbon, while CXH represents a cyclic group with no carbon or hydrogen. 55
기술및교육문의 Elsevier Korea L.L.C korea.elsevier.com 김혜령과장 ( 02-6714-3134 / email: he.kim@elsevier.com ) REAXYS is a trademark of Reed Elsevier Properties SA, used under license. Copyright 2015 Elsevier B.V. All rights reserved. May 2015..