Database Search 편 * Database Explorer 8개의카테고리로구성되어있으며, 데이터베이스의폴더역할을하는 subset ( 혹은 subbase) 을생성하여데이터를조직및관리하게된다. 클릭! DNA/RNA Molecules : feature map의데이터

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태평 영
5 years ago
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1 Database Search 편 * Database Explorer 8개의카테고리로구성되어있으며, 데이터베이스의폴더역할을하는 subset ( 혹은 subbase) 을생성하여데이터를조직및관리하게된다. 클릭! DNA/RNA Molecules : feature map의데이터정보를 annotation하고, 다른소스로부터가져온데이터를 VectorNTI 내부포맷으로저장시킨다. 사용자는데이터의조작여부에따라 Constructed 혹은 Basic 형태의데이터를저장하게된다. Protein Molecules : DNA/RNA molecule과같이 feature map 정보를저장시키고, DNA/RNA molecule의포맷과일치되도록데이터를저장및관리한다. Enzymes : REBASE database로부터데이터를 import하여관리하며, VectorNTI 내부데이터포맷으로저장한다. 또한 REBASE database로부터 VectorNTI 데이터베이스에포함되어있지않은다른제한효소를추가할수있다. ( 추가방법은아래 Database Search -> Enzymes편에기재 )

2 Oligos : 데이터의실제적인분석실행 (Primer design) 으로생성된 oligo 데이터들을사용자의도에따라취합및관리한다. Gel Markers : 분자생물연구실에서주로사용되는일반적인 gel 표시 marker로소프트웨어상에서 in silico 결과를실험에앞서확인하기위해사용될수있고, 새로운 gel marker의경우사용자임의로쉽게생성할수있도록하는데이터베이스이다. Citations : 연구논문이나, 참고문헌을외부데이터베이스로부터다운로드받아관리하고저장하는데이터베이스이다. BLAST Results : BLAST 검색결과로얻어진독립적인데이터결과들을저장하여관리한다. Analysis Results : DNA/RNA 데이터의 PCR 분석혹은 Protein molecule의 PFAM 분석등을실행하여분석된결과들을관리저장하는데이터베이스이다. * Database Search DNA/RNA Molecules. 툴바에서 Database -> Search를누르거나아래그림처럼하면된다. 클릭!

예 ) Storage Type은 Basic이고, size와 Replicon Type, Extra-Chromosome Replication에상관없이 DNA이고,

3 . 검색하기위한 7 가지의 filter 로구성되어있다. Start Search 누르기전에어느데이터베이스를선택했는지확인한다. Attribute Filter 아래와같은속성을갖는 molecule 을검색한다. 예 ) Storage Type은 Basic이고, size와 Replicon Type, Extra-Chromosome Replication에상관없이 DNA이고, Linear한형태를가진것을검색한다. 접근경로 : Database -> Search -> Attribute Setup : 6 가지의속성 (Storage Type, Nucleic Acid, Replicon Type, Size, Form, Extra-Chromosome Replication) 중에내가찾고싶은옵션에만체크한다.

4 Text Filter 이름값을가지고 molecule을검색한다. 예) Author fields에서 UNKNOWN을검색한다. 접근경로 : Database -> Search -> Text Search Setup : 아래에찾고자하는 fields를체크하고, 그위에문자열을적고, Add를누른다. ( 중복선택가능 ) Match Case에체크하면 00% 맞는것만찾아준다. 체크안하면대소문자구분하지않는다. ( 다른검색의 Match Case 역시동일 )

5 Keyword Filter 제공되어지는 keyword 를가지고 molecule 을검색한다. 예 ) actin 관련검색을한다. 4 접근경로 : Database -> Search -> Keywords Setup -> Add 4 : 찾고자하는 keywords 를체크하고, ok 를누른다. ( 중복선택가능 ) keyword 는추가할수없다..

6 4 Ancestor Filter 부모 - 자식관계에있는 molecule 을검색한다. 예 ) BaculoDirect Linear DNA 의부모 - 자식관계를 마우스클릭 -> Properties에서확인 ) 검색한다. ( 데이타오른쪽 4 접근경로 : Database -> Search -> Ancestor Setup -> Add 4 : 찾고자하는 molecule 을체크하고, ok 를누른다. ( 중복선택가능 )

7 5 Oligo & Peptide Filter oligo sequence 또는 peptide sequence 를입력해서 molecule 을검색한다.. Oligo Search 접근경로 : Database -> Search -> Oligo & Peptides Setup -> Add Oligos -> Add New (or Oligo Databases) - : 새로운 oligo의이름을적어주고, oligo 탭에서 sequence를적어준다. 4- : 기존에있는 oligo 데이터베이스를이용한다.

8 . Peptide Search 4 접근경로 : Database -> Search -> Oligo & Peptides Setup -> Add Peptides 4 : Name 부분에해당이름을적어주고, Amino Acid Sequence 부분에서열을적어주고, Description 부분에는설명을적어준다. (Description은안적어줘도상관없음 )

9 6 Feature Filter 아래와같은특징을갖는 molecule 을검색한다. 예 ) feature type 이 CDS -> 00K 인 molecule 을 검색한다. 4 접근경로 : Database -> Search -> Features Setup -> Add 4 : 왼쪽패널이 VectorNTI에서제공하는 feature들이고, 오른쪽패널은해당 feature 에따른부수적인내용이다.

10 7 Name (Wildcard characters * and? are allowed) 데이터베이스안에이름을검색하고자할때사용한다. 접근경로 : Database -> Search :? -> 모르는문자하나를대체한다. * -> 모르는문자전체를대체한다. 예 ) B* : B로시작하는모든 Name을찾아준다. Match Case에체크하면 00% 맞는것만찾아준다. 체크안하면대소문자구분하지않는다.

11 Protein Molecules DNA/RNA Molecules 와검색하는방법이거의비슷하다. 단, Keyword Filter는사용하지않는다. Attribute Filter DNA/RNA Molecules 검색과사용방법이동일하다. 접근경로 : Database -> Search -> Attributes Setup : 가지의속성 (Storage Type, Size) 중에내가검색하고싶은옵션에만체크한다.

12 Text Filter DNA/RNA Molecules 검색과사용방법이동일하다. 접근경로 : Database -> Search -> Text Search Setup

13 Ancestor Filter DNA/RNA Molecules 검색과사용방법이동일하다. 4 접근경로 : Database -> Search -> Ancestors Setup -> Add

14 4 Oligo & Peptide Filter DNA/RNA Molecules 검색과사용방법이동일하다 접근경로 : Database -> Search -> Oligo & Peptides Setup -> Add Oligos -> Add new (or Oligo Databases)

15 5 Feature Filter DNA/RNA Molecules 검색과사용방법이동일하나, 왼쪽에 Feature Type( ) 은다르다. 접근경로 : Database -> Search -> Features Setup -> Add

16 6 Name (Wildcard characters * and? are allowed) DNA/RNA Molecules 검색과사용방법이동일하다. 접근경로 : Database -> Search

Enzymes 4 접근경로 : Database -> Search -> Add Recognition String Filter () : 검색하고자 하는 sequence 를입력한다. Attributes Filter () : 검색하고자하는속성을체크한다. Ambiguous는 G, C 이외에다른문자열까지찾아준다.

17 Enzymes 4 접근경로 : Database -> Search -> Add Recognition String Filter () : 검색하고자 하는 sequence 를입력한다. Attributes Filter () : 검색하고자하는속성을체크한다. Ambiguous는 G, C 이외에다른문자열까지찾아준다. A, T, Text Filter () : 위에서했던 Text Filter와동일하다. Keywords Filter (4): 지원하지않는다. Enzyme 업데이트하는방법 : ftp://ftp.neb.com/pub/rebase/ 에서 bairoch.### 파일을다운로드한후, Enzymes 카테고리에서 Table -> Import -> E nzymes from REBASE database 다운로드한파일을업데이트한다.

18 Oligos 4 접근경로 : Database -> Search -> Add Nucleotide String Filter (): Direct Strand 인지 Complementary 인지선택후, 검색하고자하는 sequence를입력한다. Attributes Filter (): DNA 인지 RNA 인지 둘다인지선택한다. Text Filter (): 위에서했던 Text Filter 와동일하다. Keywords Filter (4): Add를누른후, ANTISENSE_PRIMER, PCR_PRIMER, SENSE_PRIMER 개의 keyword에서검색하고자하는것을선택한다. ( 복수선택가능 )

19 Gel Marker 접근경로 : Database -> Search -> Add Attributes Filter (): 검색하고자하는 size 에체크한다. Text Filter (): 위에서했던 Text Filter 와동일하다. Keywords Filter (): 지원하지않는다.

20 Citations 4 접근경로 : Database -> Search Citation (): Citation 체크후, 검색하고자하는 fields를체크하고 (4), 그위에문자열을적고, Add를누른다. ( 중복선택가능 ) Text Search (): 위에서했던 Text Filter 와 동일하다. Keywords (): 지원하지않는다.

21 BLAST Results 접근경로 : Database -> Search Attributes (): Attributes 체크후, Query Name contains following substring 에서는검색하고자하는 Name을적어주거나 ( 대소문자구분 ), Hit count 에서는검색하고자하는 Hit수를체크한다. Text Search (): 위에서했던 Text Filter와동일하다. Keywords (): 지원하지않는다.

22 Analysis Results 접근경로 : Database -> Search Attributes (): Attributes 체크후, Analysis ID contains following substring 에서는검색하고자하는 Name을적어주거나 ( 대소문자구분 ), Analysis Object Type 에서는검색하고자하는것을체크한다. Text Search (): 위에서했던 Text Filter와동일하다. Keywords (): 지원하지않는다.

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