Mnova 사용법 (in text) # 설치방법 1. Mnova 를설치한다. A. Mnova 홈페이지에서다운로드받는다. i. http://mestrelab.com/software/mnova/download/ KAIST는 14.0.1 버전을받는다. ( 해당버전이상에대한 license 미보유 ) B. 캠퍼스라이센스파일을데이터서버에서다운로드받는다. i. 데이터서버접속정보 : NMR실 processing 컴퓨터모니터상단에기재 위치 : /opt/mnova_license/version_14_0_1/ KAIST_Campus_License_2018.zip C. Mnova 를설치후에, 라이선스압축파일을끌어다붙인후, 프로그램을재시작한다.
# 단축키 - FID 열기 : Ctrl + O - 기본상태 : ESC - Apodization : W - Baseline correction : B - Phase Correction : Shift + P - Referencing : L or R - Zoom in : Z ( 가로 / 세로 /2D) - Full spectrum : F - Peak picking : K or Ctrl + K - Integration : I - Multiplet analysis : J - 서브창추가 : E - 화면줄임 / 복원 : X, V - Cursor 정보 : C - 새로운 page 추가 : Ctrl + M
# 사용방법 1. 파일열기 ( 단축키 : Ctrl + O) A. Bruker의 1D 스펙트럼, Agilent( 구 varian) 의경우폴더내 fid 파일을연다. B. Bruker의 2D 스펙트럼일경우폴더내 ser 파일을연다. C. 탐색기에서데이터가있는폴더째끌어다붙여도됨 2. 환경설정 A. 스펙트럼에서오른쪽마우스를클릭하여 Properties 를클릭한다. B. 원하는화면표시설정을설정한후 OK 선택한다.
3. Processing A. Mnova는 load시바로 FT(Fourier Transfom) 을하여스펙트럼을보여준다. B. Apodization ( 단축키 : W) // 1D, 2D 모두적용 i. 스펙트럼의 S/N를강화하거나 Resolution을강화시킨다. 1. Raw data에만족할경우, 적용하지않아도됨 2. Trade off : Sensitivity를강화할경우, Resolution이나빠진다. ( 반대도동일 ) 3. 2D의경우 F2와 F1을모두적용하여야한다. 추천하는 function 1. (1D) Exponential : S/N 을강화할경우많이사용됨 (1D 에서많이사용 ) A. 일반적으로 ( 계산하지않을경우 ) 아래의수치이하를많이사용 i. 1D proton NMR 일경우에는 0.2Hz 이하권장 1D Carbon 일경우에는 2 Hz 이하권장 B. 최적화할경우에는 Matched filter 1/AQ 를계산하여입력 i. AQ = TD / (2* SW) 2. (1D, 2D) Gaussian + Exponential 함수와같이사용 A. View에서 Full view를켜놓고, 적용되는함수를확인하면서적용 3. (2D) Sine Square : 75 또는 90 degree를권장 A. 값이 90에가까울수록 S/N이좋아지고, 0에가까울수록 resolution이좋 아진다. B. 2D에서는실험종류에따라적용하는 degree가다름 i. Magnitude : 0 degree ( 예 > COSY, HMBC) Phase-sensitive : 90 degree ( 예 > NOESY, HSQC) C. C. Zero filling (2D만적용 ) i. Digital resolution을강화하는작업 1. FID의말단에 0을추가하여 peak shape을좀더자연스럽게한다.
A. 장점 : peak의형태가더자연스러워진다. B. 단점 : 데이터의용량이증가한다. 권장 : Original size 보다한단계위 ( 보통 2배사이즈 ) D. Linear prediction(2d만적용. NUS 적용시에는필수 ) i. Truncate된 FID 말단을기존패턴으로부터예측하여생성하는작업 1. Non-uniform sampling 적용시에는반드시적용해야함 2. 장점 : resolution이증가한다. 3. 단점 : 데이터의용량이증가한다. 권장 : Original size보다한단계위 ( 보통 2배사이즈 ) 1. To Spectrum size 를선택한후 LP filling 을적용하면됨 E. Phase correction (1D, 2D 공통 ) i. 스펙트럼의 phase를조정하는작업 Mnova는각 NMR컴퓨터에서보정한값을그대로가져온다. ( 기본설정일경우 ) i 자동으로보정된 phase가만족스럽지않을경우에는다음과같이한다. 1. 자동으로할경우에는 Auto Phase Correction 을클릭한다. 2. 수동으로할경우에는아래와같이한다. A. Manual Phase( Shift +P) 를선택한다. B. 기준으로삼을 peak를고른다. (Pivot point에서 position을움직여결정 ) i. 보통가장큰 peak를선택하거나, 가장자리에있는 peak를선택 C. PH0을조절하여기준 peak를대칭이되게조절 D. PH1을조절하여기준과멀리떨어져있는 peak의 phase를조절. E. 만족스럽지않을경우, 기준 peak를변경하여다시시도하여반복 F. Baseline correction( 단축키 : B) (1D, 2D 모두적용 ) i. Baseline을보정하는작업 ( 정확한 integral 계산 ) Polynomial Fit을선택한후적당한 order을입력한후 OK 버튼을클릭한다. 1. 다항식 (ax+bx^2+cx^3+ ) 을이용하여보정하는방식으로 interactive하게
보여지는파란색 baseline을보면서결정한다. A. 스펙트럼가장자리의절벽은신경쓰지않아도된다. B. Order를변경하면서맞춘다. ( 보통 0~3) i. qnmr일경우에는 0으로설정 C. order만으로맞추지못할경우 Filter를조절하여맞춘다. D. (2D) F2, F1에같은설정을적용하고싶을경우 Apply to All dimensions 를체크하고적용한다. i Whitaker smoother 가더효율적으로 baseline 을다듬지만 broad 한 peak 를없앨 수있으므로, exchangeable proton(-oh, -NH) 이있을경우에는사용을피한다. 1. Filter 를잘조절할경우, 더정확한 baseline 을맞출수도있다. 2. 19F, 29Si, 11B 등 Background signal 이있는실험의스펙트럼의 baseline 에효 과적임
4. Analysis A. Referencing ( 단축키 : L 혹은 R) i. 기준점을새로설정하는작업 1. TMS를넣은경우에는 TMS의 peak를 0으로설정 2. Solvent를기준으로할경우에는온도에따른 peak위치를확인하고설정 B. Peak picking ( 단축키 : K 혹은 Shift + K ) i. Peak로선택하는작업 Automatic : Noise 가많지않거나간단하게작업할때 1. Mnova 는 noise 값을자동으로계산한다. 2. Options : standard 에서 noise factor 는 noise 의 X 배이상의 signal 만 peak 로 picking 하는 threshold 임 i iv. Manual Threshold : 특정위치만 peak picking 할때영역을 drag 하여설정 Peak by peak : peak 를커서로선택하여지정할때 v. Table을이용하여 peak정보를쉽게스프레드시트로복사할수있다. C. Integration ( 단축키 : I) i. Peak의적분값을구하는작업 적분을원하는영역을 drag한다. 1. 첫번째 integration하는영역은 1로자동 normailze된다. 2. 적분값이적힌곳위에서오른쪽마우스를클릭하여, Edit Integral 을선택하 여적분값을바꿀수있음 3. Table을이용하여 integral 표를볼수있다. D. Multiplet analysis ( 단축키 : J) i. J coupling을측정하는작업 측정을원하는영역을 drag한다. 1. 오른쪽마우스를클릭하여, Edit multiplet 을선택하여값을바꿀수있음 2. Table 을이용하여 j-couping 표를볼수있다. 논문형식변경가능
5. 화면조작 A. Intensity : 마우스휠로 intensity 조절 i. Fit to height : 단축키 H B. Zoom : ( 단축키 : 화면확대 z, 화면축소 : shift +z ) i. Z를 1번누르면 drag한가로로화면확대 i iv. Z 를 2 번누르면 drag 한세로로화면확대 Z 를 3 번누르면 drag 한박스로화면확대 ESC 를누르면 zoom mode 해제됨 v. 화면축소도위와동일 C. 전체화면 : 단축키 f 6. 화면추가 A. Full spectrum view i. 전체스펙트럼을별도로보여주는기능 메뉴 : View Full view 체크후생기는박스를스펙트럼위에 drag 하여붙임 B. 부분확대화면추가 ( 단축키 : E) i. 강조해야할 peak를추가화면으로보여주는기능 C. 스펙트럼축소 i. 중간부분을생략해서보여줘야할때사용하는기능 i 화면줄이기 : 단축키 X 누른후사라지게할부분을 drag 화면복원 : 단축키 V 누른후에사라졌던부분을 drag
7. Stack Plot A. 겹칠 spectrum들을 processing하고 reference를맞춘후에 stack한다. B. 새로운 page를만든후, ( 단축키 : Ctrl + M) Pages 패널에새로생긴페이지를확인한다. i. Pages 패널이보이지않을경우에는메뉴 View Pages 체크 C. Stack하기원하는페이지들을선택한다. i. Shift + 클릭, Ctrl + 클릭, Ctrl+A 페이지순서대로아래부터 stack되니겹치기전에배열할순서를확인한다. D. 메뉴 Stack Stack Spectra를클릭 E. 메뉴 View Table Stacked Spectra를선택하면 stacked spectrum의 table을볼수 있다. i. Multiply / Divide : 각각의 spectrum의 intensity 조절 i Show : 보여줄스펙트럼선택 Select: 기능을적용할스펙트럼을선택 iv. Invert : 역순으로정렬한다.