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1 PerkinElmer Desktop Product 사용자교육 ChemBioFinder Database 생성 manual 바이텍켐스홍경석경기도안양시동안구학의로 282 ( 관양동 ) 금강펜테리움 IT 타워 A 동 2008 호 TEL / kshong@bitekchems.com

2 목차 Database 소개 Database 생성과정소개 Database 생성실습 2

3 Database Database 관련용어 Database 구조 DATABASE 3

4 Database Organized collection of data Specific Categories, Purposes 4

5 Database (Table) MolTable (Field) Mol_ID Structure Formula MolWeight MolName Project Notebook Comment (Root) (Table) AssayResult (Field) Assay_ID AssayType Concentration Percent Inhibition IC50 Notebook Comment Root : Database 의최상위단계 Table : Field 의집합체 Field : 같은종류의의미를갖는 Data 를저장 5

6 Database Table - 일정한기준에따라구성된 Field 의집합 Field - 특정한목적에따라구성된 Data 의집합 Record - Database 의각열로구성되는 Data Primary Key - 각각의 Record 를식별할수있는고유값 6

7 Chemical Compound Library Field Table Table Record 7

8 Primary Key Identify each Column in table Unique Value & Not Null ex)personal ID 8

9 Primary Key in ChemBioFinder MolTable : Mol_ID Other Tables : ID 9

10 Flat Database 평면적구조 단일 Table 아래에모든 Field 나열 10

11 Hierarchical Database Tree 형태의계층형구조 1:N 관계의 Data 구조 특정계층만을선택하여검색, 관리 효율적이고신속한 Data 관리가능 11

12 Supported File Formats Database File MDB : Database File Containing Molecule Structure ChemBioFinder Form File CFX, CFW : Form Style, Form Design Chemical Table File CDX, MOL, SDF, RDF 12

13 Delimited Text File Import/Export Available.txt File.csv File : Assay data can be exchanged with MS Excel 13

14 Chemical Table File Format File formats Extensions Functions SDfile RDfile *.sdf *.rdf Structure/Data file multiple 레코드의 structure 와관련된데이터 DB 계층구조상 Root-level 의필드정보만표현 Reaction/Data file multiple 레코드의 structure 와관련된데이터 DB 계층구조상 Sub-Root 필드를포함한모든필드정보표현 Molfile *.mol 단일화학구조를포함하는파일포맷 CDfile *.cdx ChemDraw Data file ChemDraw 에서저장된 Structure 및관련데이터 14

15 SDFile 15

16 Workflow Database Fields Database Structure Forming, SubForm DATABASE CREATION 16

17 ChemBioFinder Workflow 실험설계 실험에적합한 Database 구축 실험및연구활동을통한 Data 획득 Database 내부 Field 에 Data 저장 기존의 Data 검색및관리 Data Import/Export 17

18 실험에적합한 Database? 어떤외형과기능을갖출것인가 어떤 Database 구조를갖출것인가 어떤 Database 관계를갖출것인가 18

19 Database Outline 임의로작성한 Database 의 Outline 입니다. Structure 를기준으로각각의 Property 및 Assay Data 를입력하였습니다. 19

20 Database Structure Root MolTable AssayResults Mol_ID Relation Assay_ID Structure AssayType Formula Concentration MolWeight PercentInhibition MolName IC50 Project Notebook CasNO Comment CatalogNO Notebook Supplier Comment 전과같은 Database 를만들기위해사전에정의한 Table 과 Field 의구조도입니다. 각 Table 에다음과같은 Field 들을만들계획입니다. 20

21 Database Organization 1 Structure1 : Assay1 N Chemical Information Assay2 Assay3 하나의 Compound에하나의 Assay Data가있거나혹은그 Structure2 이상의 Assay Data가있을수있습니다 Assay1. 이런관계를 Chemical 일대다관계, 1:N 관계라고합니다. Information 21

22 Database Framework Database File 생성 Table 생성 Field 생성 Form 형성 Data Import 그외 기능추가 Database File 생성및저장 MolTable 기본생성 AssayResult 테이블추가 Chemical Information Field MolTable 에생성 Main Table 인 MolTable Generating Subform 추가 Assay Information Field AssayResult 에생성 다음의순서에맞추어 Database 를만들어나가도록하겠습니다. 22

23 Fields 구분종류형식예 Text 텍스트 254 자이내 ( 최대입력길이지정가능 ) Formula, Synonyms Memo / Rich Text 텍스트 255 자이상 Condition, Notebook, Comments Structure 구조 Molecule Structure Integer 정수 ~ Mol_ID, Assay_ID Double 실수소수점둘째자리까지표현 Boiling Point Picture 그림 Tissue, Cell Image Date 날짜컴퓨터에설정된날짜형식에맞춤 Boolean 논리 True/False 23

24 Subform 관련된 Field 들을함께나타내고관리 : Data 관리의간편화및시간절약 하나의 Form 에일괄형성 : Data 간관련성파악이쉽고이해에용이함 Main Form & Sub Form : Relation 형성의주체와객체 24

25 Subform AssayResult 테이블의 Assay Data 들은 MolTable 의 Mol_ID 에맞춰변경됩니다. 이때 Assay Data 가하나인경우는하나, 둘이상인경우전부나타나는데요. 이것을종속관계라고합니다. 25

26 Subform Subform 의필요성 : Form 에 Table 형성 하나의 Table 만가능 Assay 와같이 Data 의유무, 개수가일정하지않은경우 Database 의 Outline 을고정적으로표현하기어려움 26

27 Database 형성 Database 관리 부가기능사용 DATABASE 생성실습 27

28 Create Database File Create Tables Create Fields Generating Form DATABASE 형성 28

29 Database Framework Database File 생성 Table 생성 Field 생성 Form 형성 Data Import 그외 기능추가 Database File 생성및저장 MolTable 기본생성 AssayResult 테이블추가 Chemical Information Field MolTable 에생성 Main Table 인 MolTable Generating Subform 추가 Assay Information Field AssayResult 에생성 29

30 ChemBioFinder ChemBioFinder 는다음과같은구성요소를가지고있습니다. Explorer Window 를통해현재구성된 Database 의구조를확인할수있으며, Form Window 에 Field 를나타내 Data 를작성, 관리하게됩니다. 또한 Status Bar 에서현재 Data 의번호, 전체 Data 의수등을확인할수있습니다. 30

31 Create Database ChemBioFinder 를실행하게되면빈 Form 창만나타납니다. 빈 Form 창에나타낼 Database 파일을먼저만듭니다. 31

32 Create Database 미리준비해둔 Database 파일이있다면 Open 을, 새로생성하는경우에는 Create Databse 를선택합니다. 파일을저장하는창이나타나면원하는경로에이름을입력하여 mdb 파일을생성합니다. 32

33 Database Framework Database File 생성 Table 생성 Field 생성 Form 형성 Data Import 그외 기능추가 Database File 생성및저장 MolTable 기본생성 AssayResult 테이블추가 Chemical Information Field MolTable 에생성 Main Table 인 MolTable Generating Subform 추가 Assay Information Field AssayResult 에생성 33

34 Create Database Mdb 파일을생성하게되면기본적으로 MolTable 이생성됩니다. 여기서별도의 AssayResult 테이블이필요하므로 File-Database 에서 Table 탭으로넘어가 Create Table 을선택하여 Table 의이름을입력합니다. 34

35 Create Database 그러면다음과같이 AssayResult 테이블이생성됩니다. 35

36 Create Database Root MolTable AssayResults 만들고자하는 Table 의뼈대가갖추어졌습니다. 그러면이제각 Table 에들어갈 Field 를만들도록하겠습니다. 36

37 Database Framework Database File 생성 Table 생성 Field 생성 Form 형성 Data Import 그외 기능추가 Database File 생성및저장 MolTable 기본생성 AssayResult 테이블추가 Chemical Information Field MolTable 에생성 Assay Information Field AssayResult 에생성 Main Table 인 MolTable Generating Subform 추가 37

38 Create Database MolTable Field AssayResults Field Structure Structure Assay_ID Integer Mol_ID Integer AssayType Text MolWeight Double Concentration Double Formula Text PercentInhibition Double MolName Text IC50 Double Project Text Notebook Memo CasNO Text Comment Memo CatalogNO Text 각테이블에들어갈필드들의이름과그필드의종류입니다. Supplier MolTable에서붉게 Text 하이라이트된부분은 mdb 파일을생성하면 Notebook 기본적으로생성되는 Memo 필드이므로나머지필드들을생성합니다. Comment Memo 38

39 Create Database File Database 에서 Field 탭을선택한뒤, 왼쪽창에서 Field 를만들고자하는 Table 을선택합니다. AssayResult 테이블에 Field 를만들것이므로 AssayResult 테이블선택후 Create Field 을클릭합니다. 39

40 Create Database Name 란에 Field 의이름을입력하고, Type 에 Field 의속성을선택합니다. Assay Data 를구분하는번호를설정할것이므로 Integer( 실수 ) 를선택합니다. 40

41 Create Database 그러면보시는바와같이 AssayResult 테이블아래에 Assay_ID 라는숫자필드가생성됩니다. 41

42 Create Database MolTable Field AssayResults Field Structure Structure Assay_ID Integer Mol_ID Integer AssayType Text MolWeight Double Concentration Double Formula Text PercentInhibition Double MolName Text IC50 Double Project Text Notebook Memo CasNO Text Comment Memo CatalogNO Supplier Notebook Comment Text Text Memo Memo 나머지 Field 들도해당 Table 에속성을맞춰생성하도록합니다. 42

43 Create Database Root MolTable Mol_ID Structure Formula MolWeight MolName Project CasNO CatalogNO Notebook Supplier Comment AssayResults Assay_ID AssayType Concentration PercentInhibition IC50 Notebook Comment 제가계획했던구조대로 Table 과 Field 를생성하게되었습니다. 이제생성한 Field 들을 Form 창에나타낼차례입니다. 43

44 Database Framework Database File 생성 Table 생성 Field 생성 Form 형성 Data Import 그외 기능추가 Database File 생성및저장 MolTable 기본생성 AssayResult 테이블추가 Chemical Information Field MolTable 에생성 Main Table 인 MolTable Generating Subform 추가 Assay Information Field AssayResult 에생성 44

45 Create Database 만들어둔 Table 의 Field 들을 Form 창에나타내 Data 를입력하고관리하도록합니다. File Database 에서 Form 탭으로간뒤, Table 을먼저선택후 Generate form 을체크하고확인을합니다. 45

46 Create Database 그러면지금까지비어있던 Form 에해당 Table 이가지고있던 Field 들이나타나게됩니다. 46

47 Data Input Case By Case Data Import Data Export DATABASE 관리 47

48 Add Record 생성한 Field 에 Data 를입력해보도록하겠습니다. 툴바에다음과같이 Add Record 아이콘을클릭하면 Data 를입력할수있습니다. 48

49 Add Record Structure Field 에 compound 를그려넣고빈화면부분을클릭하여빠져나오면 Formula 와 MolWeight 가자동으로분석되어입력됩니다. 49

50 Add Record 확인후 Commit 버튼이나툴바의체크아이콘을클릭하면 Mol_ID Field 에번호가부여되며 Data 가저장이됩니다. 50

51 Database Framework Database File 생성 Table 생성 Field 생성 Form 형성 Data Import 그외 기능추가 Database File 생성및저장 MolTable 기본생성 AssayResult 테이블추가 Chemical Information Field MolTable 에생성 Main Table 인 MolTable Generating Subform 추가 Assay Information Field AssayResult 에생성 51

52 Data Import Data importing from Sdfile, Excel File Only Generated Table Available Recommend to create Fields to be imported Auto-create Output Fields Sdfile 혹은 Excle file 을통해 Database 에대량의 Data 를한번에입력할수있습니다. 이때 Form 에형성되어있는 Table 의 Field 에 Data 가 import 되며, Import 하게될 Field 가존재하지않는경우에는자동으로해당 Field 가형성되어 Data 가 import 됩니다. 52

53 Data Import 53

54 Data Import Import 하고자하는 file 을선택하면다음과같이 import 하는방법및 import 할 Field 를선택하게됩니다. 덮어쓰기맨뒤부터넣기병합하기 Import 하고자하는 Field 를체크박스를통해선택하고어느 Field 에넣을지설정할수있습니다. 54

55 Data Import SDFile 에있던각 Field 의 Data 들은하이라이트된이름의 Field 에 import 됩니다. 55

56 Data Import MolTable SDFile Mol_ID Mol_ID Structure MolWeight Structure 제가만들어둔 Field와이름이다르기때문에 Formula Formula 이대로 Import하게되면원치않는 Field들이생겨나게됩니다. MolWeight MolName IUPAC Project Use_ CasNO CASRN1 CatalogNO CodeNos Notebook RefNumber Supplier Bsupp Comment CommanNameApp 56

57 Data Import 해당 Field 를더블클릭하면다음과같이 Data 를 import 할 Field 의이름과속성을변경할수있습니다. 57

58 Data Import 제가미리만들어둔 Field 에 Data 가 import 될수있도록 Output Column 의이름을정확히입력합니다 ( 대소문자, 공백 ). 58

59 Data Import 59

60 Data Import with MS Excel File Field Name Excel file 을 import 하기위해서는다음과같이첫째열에각 Field 의이름이위치하도록표를작성합니다. 현재 Data 들은 AssayResult 테이블에입력될 Assay data 입니다. 60

61 Data Import with MS Excel File Excel file 을저장할때파일형식을 CSV 로저장합니다. 61

62 Data Import with MS Excel File 이번 Data 는 AssayResults 에 import 할예정이므로새로운 Form 창에 AssayResults 테이블을먼저형성합니다. 62

63 Data Import with MS Excel File AssayResult 테이블을형성한후동일하게 Import 작업을수행합니다. 63

64 Data Import with MS Excel File 64

65 Data Import with MS Excel File 65

66 Calculation Properties ChemBioFinder 에서해당 Compound 의 Property 를계산하여바로필드를생성해 data 를입력할수있습니다. Form 의빈화면에마우스오른쪽버튼을눌러 Calculate Properties 를선택합니다. 66

67 Calculation Properties Calculation Modules CFW ChemPorp(Std, Pro) CLogP Driver Molecular Topology 다음과같이나타나는대화상자에서원하는 Property 들을선택한뒤 Populate 를하면계산을하여입력하게됩니다. 67

68 Calculation Properties 현재저장된 Record 의값을분석 Data 입력시자동으로분석되지않음 이기능은 Data 에저장되어있는 Compound 들을분석하여계산결과를재입력하는방식이기때문에새로운 Data 를입력할때마다자동으로입력되지는않습니다. 따라서 Data 를모두입력한다음마지막단계에서수행하기를권장합니다. 68

69 Database Framework Database File 생성 Table 생성 Field 생성 Form 형성 Data Import 그외 기능추가 Database File 생성및저장 MolTable 기본생성 AssayResult 테이블추가 Chemical Information Field MolTable 에생성 Main Table 인 MolTable Generating Subform 추가 Assay Information Field AssayResult 에생성 69

70 Subform Subform 을설정하게됨으로써 Main Table 의 Data 에맞춰 Sub Table 의 Data 가표시됩니다. 70

71 Subform 특히나해당 Data 의수가일정치않은경우에는불필요한 Field 생성을막을수있고, Data 간의연계성을쉽게확인할수있습니다. 71

72 Database Structure Root MolTable AssayResults Mol_ID Relation ID Structure Assay_ID Formula AssayType MolWeight Concentration MolName PercentInhibition Project IC50 CasNO Notebook CatalogNO Comment Notebook Supplier Comment Compound들을구별하는 Primary Key인 Mol_ID와 Assay data가어느 compound에해당하는지 지정해둔 Assay_ID간의관계를설정합니다. Primary Key! 72

73 SubForm Subform 아이콘선택후 Form 의빈공간에원하는크기만큼드래그하여설정합니다. 73

74 SubForm 다음과같이나타나는 Subform 설정창에 Link From 에 Main Field 인 Mol_ID 를, Lint To 에 Sub Field 인 Assay_ID 를설정합니다. 74

75 SubForm 다음과같이 subform 이형성됩니다. 75

76 Profile Box Profile Box 는필요로하는 Compound 의 Property 가원하는기준값과어느정도차이가나타나는지한눈에알아볼수있도록도와줍니다. 76

77 Profile Box 먼저원하는 Property 가저장된 Field 를선택합니다. 값의범위를확인한뒤다음으로넘어갑니다. 77

78 Profile Box Cost Template 를설정합니다. 78

79 Profile Box 분홍색점선을좌우로원하는 Ideal value 를정할수있습니다. 또한검은실선의높낮이를조절하여 Good Region( 흰색 ) 과 Bad Region( 검은색 ) 영역을설정합니다. 79

80 Profile Box Add Another Field 를통해 Profile 을추가할수있습니다. 80

81 Profile Box 81

82 Control Box Control Box 를통해필요로하는 ActiveX 관련 Object 를추가할수있습니다. 82

83 Control Box 만들게된 Control Box 와연결할 Field 를선택합니다. Conrtol Box 를마우스오른쪽버튼으로메뉴를불러 Properties 를선택합니다. 83

84 Control Box Data Source 의 Field 를 Structure 로선택한다음 Box Style 을 ChemBio3D Style 로선택합니다. 84

85 Control Box 이로써만들고자했던 Database 를생성하게되었습니다. 85

86 본자료의모든내용에관한저작권은 바이텍켐스에있으며, 이를무단복제및도용하는것은관련법에의해처벌을받을수있습니다. Copyright 2013 by BITEK CHEMS Inc. All rights reserved. Tel. : 031) ~6 Direct (1051) Fax. : 031) kshong@bitekchems.com 86