Microsoft PowerPoint - Week02-basics

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란 탄
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5 Tree of Life project org/tree/

6 녹색식물의계통도 차축조 육상식물 관속식물 선태류 녹조

7 계통수에대한기본적용어들 말단절 OUTGROUP ( 외군 ) 내부절 가지 기부

8 Tree 는 mobile 과같은구조.

9 Sister group ( 자매군 ) - 산딸기와나무딸기는자매군임 - ( 산딸기 + 나무딸기 ) 와체리는자매군 Monophyletic group ( 단계원군 or 단계통군 ): 하나의조상으로부터나온모든후손의집단 산딸기 나무딸기 체리 장미과 3 개의종에대한계통수

groups 단계원 ( 통 ) 군 : 하나의조상으로부터나온모든후손의집단 병계원 ( 통 ) 군 :

10 분류학에있어서 이름 은단계원군에만부여되어야함 A B C D E A B C D E A B C D E Monophyletic groups Paraphyletic groups Polyphyletic groups 단계원 ( 통 ) 군 : 하나의조상으로부터나온모든후손의집단 병계원 ( 통 ) 군 : 단계원군중하나의구성원이라도빠졌을경우 다계원 ( 통 ) 군 : 여러조상으로부터나온후손들끼리의복합적인집단

11 범주는인위적인것임 Species Section Subgenus Genus A B C D E Genus ABCDE Subgenus AB (Section AB) Species A Species B Subgenus CDE Section C Species C Section DE Species D Species E

13 범주는인위적인것임 Species Subgenus Genus A B C D E Genus ABCDE Subgenus AB (Section AB) Species A Species B Subgenus CDE Section C Species C Section DE Species D Species E Genus ABCDE Subgenus AB Species A Species B Subgenus C Species C Subgenus DE Species D Species E

14 범주는인위적인것임 같은수준의 rank 에대해서는분류군간의 balance 가필요 Magnoliaceae Annonaceae A B C D E A B C D E Species Subgenus Genus

15 범주는인위적인것임 같은수준의 rank 에대해서는분류군간의 balance 가필요 Magnoliaceae Annonaceae A B C D E A B C D E Species Subgenus Genus

16 Frequent mistake: others Group C: others Group A Group B 종종병계통군또는다계통군을종종병계통군또는다계통군을인식하여이름을붙임.

17 Others are dangerous

18 Ex 1) Angiosperm phylogeny Asterales Dipsacales Apiales Aquifoliales Garryales Gentianales Laminales Solanales Ericales Cornales 국화, 초롱꽃인동, 산토끼꽃당귀, 인삼감탕나무두충용담, 꼭두서니꿀풀, 금어초토마토, 메꽃진달래, 앵초층층나무, 수국 Campanulids (Euasterids II) I) Lamiids (Euasterids Asterids 피자식물의계통수 -최근까지의모든연구결과들을종합한가장 update 된계통수임 Sapindales Malvales Brassicales Fagales Cucurbitales Rosales Fabales Zygophyllales Celestrales Oxalidales Malpighiales Geraniales Myrtales 기존에익히알고 Gunnerales 있는쌍자엽식물은단계통군이아님!!!!! 귤, 단풍나무무궁화애기장대, 무우자작나무, 상수리박, 베고니아장미, 느릅나무콩, 자귀나무남가새노박덩굴굉이밥버드나무, 제비꽃쥐손이풀바늘꽃 Saxifragales 범의귀, 돌나물 Caryphyllales 카네이션, 선인장 Santalales 단향, 겨우살이 Beberidopsidales G l Buxaceae 회양목 Trochodendraceae Proteales 연꽃, 버즘나무 Sabiaceae 나도밤나무 미나리아재비 Euptelea 양귀비 Ceratophyllales 붕어마름 Malvids (Eu rosids II) Fabids (Eurosid I) Rosids Coreeudicots 핵심진정쌍자엽식물 Ranunculales Basal eudicots EUDICOTS 진정쌍자엽식물 벼, 백합옥수수 Acorus 창포 Canellales Piperales Magnoliales Laurales Chloranthus Austrobailales Nymphaeaceae Hydatellaceae Amborella 후추, 족도리풀목련, 튜립나무녹나무, 아보카도홀아비꽃대 붓순나무, 오미자수련 MONOCOTS 단자엽식물 Magnoliids Basal Angiosperms 원시 ( 기부 ) 피자식물 EXTENT GYMNOSPERMS 현생나자식물

19 Ex 2) Reptile phylogeny 파충류 은 monophyletic group인가?

20 양서류파충류조류

21 금강초롱 Hanabusaya asiatca Nakai

22 Ex 3) 한국특산속에대한판단 Adenophora 잔대속 Hanabusaya 금강초롱속 Campanula 초롱꽃속 금강초롱 Hanabusaya asiatca Nakai 분자계통학적연구는금강초롱이독립적인속임을지지한다. Why? 분자계통학적연구는 Adenophora, Hanabusaya, Campanula 가 monophyletic group 들로인식될수있기때문

23 개느삼 Echinosophora koreensis Nakai

24 Ex 3) 한국특산속에대한판단 Sophora 고삼속일부식물 Echinosophora 개느삼속 Sophora 고삼속일부식물 다른콩과식물들 개느삼 Echinosophora koreensis Nakai 분자계통학적연구는개느삼이독립적인속임을지지하지못한다. Why? S h 는 hlti 으로나타 Sophora 는 paraphyletic group 으로나타났고, Echinosophora 를독립적인분류군으로인식하려면 Sophora 를두개로분리시켜야함.

25 그밖의특산속식물 endemic genus 금강인가목 (Pentactina)

26 미선나무 (Abeliophyllum)

27 모데미풀 (Megaleranthis)

28 제주고사리삼 Mankyua chejuense B.Y.Sun, M.H.Kim & C.H.Kim Taxon 50(4): 1020, 2001.

29 형질 (character) vs. 형질상태 (character state) 형질 (character) 정성적형질 (quantitative character) 꽃의색, 엽서, 엽형, 과실의종류 정량적형질 (qualitative character) 잎의길이, 꽃잎의수 형질상태 (character state) 꽃색이라는형질에대한형질상태 : 빨강, 노랑, 파랑.. 과실의종류라는형질에대한형질상태 : 수과, 견과, 삭과 잎의길이라는형질에대한형질상태 : 5cm, 7cm

30 Apomorphy ( 파생형질 ) Plesiomorphy ( 원시형질 ) Synapomorphy ( 공통파생형질 ) Symplesiomorphy ( 공통원시형질 ) Autapomorphy ( 자가파생형질 ) Q: 영장류에있어서 Homo sapiens 가갖는 autapomorphy 는?

31 A B C Phenetic relationship ( 표현론적관계 ) 시간 (A(B,C)) D Chronistic relationship ( 시간적관계 ) (D, (A,B,C)) Cladistic relationship ( 분지적관계 ) ((A,B)C) ) 종이하의분류군또는집단간의관계와같이낮은 rank의분류군에서는 phenetic relationship = cladistic relationship이될가능성이많지만상위 rank에있어서는 phenetic relationship은 cladistic relationship 과달라질가능성이많다. 변이

32 Cladistic relationship = Cladogram [ 분지 ( 계 ) 도 ] : topology ( 위상 ) 만을중요시한계통수 Phylogenetic relationship y g p = Phylogram ( 계통도 ) : topology 와함께

33 Homology ( 상동 ): 계통이같기때문에비슷한형태를갖는현상 Homoplasy ( 불계적유사성 ; 비상동 ): 계통적으로다름에도불구하고외형적으로비슷하게보이는현상 convergence, parallelism, reversal 이있음.

34 9-20 Convergece ( 수렴진화 ): 서로다른진화계통들에서독립적으로비슷한특징들이진화하는것을의미하며대개서로다른선행특징들로부터진화하거나또는다른발생경로에의해진화한다.. Which of these xerophytes is a cactus and which one is a euphorbia?

35 Parallelism ( 평행진화 ): 관계가있는계통들에서비슷하거나동일한특징들이독립적으로진화하 는것을의미한다. 대개똑같은발생경로들에서일어난비슷한변형들에 기반한다고여겨진다.

36 계통을인식하는것과분류를하는것은별개의작업임. 분류에대한 Phylogenetic school 과 Evolutionary school Phyloegnetic school 분지 ( 계통 ) 을전적으로받아들여분류체계에적용. Evolutionary school 형태적인유사성을우선적으로인식하여분류함. C Phylogenetic school 의분류 A, (B,C) A B Evolutionary school의분류 (A,B), C

42 PARSIMONY 최소가정법

44 Long Branch Attraction Homoplasious characters (parallelisms) A B A B C C Homoplasious character True Phylogeny: Tree Generated by Parsimony Analysis: 21 steps 20 steps

46 Tree confidence - Bootstrapping Bootstrapping: making resampled pseudo-matrix

47 NJ tree B I V 67 Ia 76 Ib 90 Ic VI VII M. gustavii Mich. montana Mich. champaca Mich. baillonii M. grifithii Mich. velutina Mich. lacei Mich. cavaleriei i Mich. forveolata Mich. macclurei Mich. maudiae 61 Mich. chapensis Mich. martinii Mich. masticata 54 M. pealiana Mich. balanse Mich. doltsopa Mich. floribunda Mich. hypolampra Mich. shiluensis Mich. odora Mich. wilsonii Mich. figo E. ovalis M. elegans M. cathcartii M. amoena M. kobus M. biondii M. stellata M. zenii M. denudata M. cylindrica M. liliiflora M. salicifolia M. obovata M. officinalis M. tripetala M. rostrata M. globosa 99 M. sieboldii subsp. sinensis M. sieboldii subsp. sieboldii M. wilsonii 97 M. splendens M. portoricensis M. lenticellatum M. mahechae M. mexicana 100 M. guatemalensis M. tamaulipana M. virginiana 83 M. campbellii M. sprengeri 64 M. dawsoniana M. sargentiana M. acuminata var. acuminata M. acu. var. subcordata P. praecalva M. sinica M. nitida var. lotungensis M. nitida var. nitida M. kachirachirai M i b ldii b i b ldii Magnolia M. dodecapetala M. fraseri var. fraseri M. fraseri var. pyramidata K. duperreana K. septentrionalis M. gigantifolia M. liliifera 87 M. championii M. coco M. henryi IV M. albosericea M. pterocarpa M. delavayi 85 M. iltisiana M. pacifica subsp. tarahumara M. sharpii M. grandiflora M. schediana 51 M. panamensis 100 III M. poasana 68 A II changes Mang. glauca 62 Mang. moto Mang. duclouxii Mang. szechuanica 64 Mang. grandis Mang. hebecarpa Mang. conifera Mang. aromatica Mang. insignis Mang. dolichogyna Mang. fordiana Mang. megaphylla M. macrophylla subsp. macrophylla M. macrophylla subsp. ashei M. dealbata Genus Subgenus Section Magnolia Magnolia Maingola Michelia Michelia Michelia Paramichelia Magnolia Magnolia Maingola Michelia Michelia Michelia Michelia Michelia Michelia Michelia Dichlamys Dichlamys Michelia Magnolia Magnolia Maingola Dichlamys Michelia Michelia Michelia Anisochlamys Michelia Tsoongiodendron Michelia Micheliopsis i Elmerrillia Talauma Aromadendron Magnolia Alcimandra Yulania Buergeria Buergeria Buergeria Yulania Yulania Magnolia Buergeria Yulania Tulipastrum Buergeria Yulania Yulania Yulania Yulania Tulipastrum Tulipastrum Pachylarnax Kmeria Magnolia Manglietia Magnolia L. chinensis nsis Liriodendron d L. tulipifera Talauma Manglietiastrum Gynopodium Gynopodium Gynopodium Rytidospermum Rytidospermum Rytidospermum Magnolia Rytidospermum Oyama Oyama Oyama Oyama Theorhodon Theorhodon Talauma Talauma Talauma Talauma Talauma Magnolia Rytidospermum Rytidospermum Talauma Blumiana Blumiana Gwillimia Gwillimia i Gwillimia Gwillimia Lirianthe Gwillimia Theorhodon Magnolia Theorhodon Theorhodon Theorhodon Theorhodon Theorhodon Theorhodon Theorhodon Theorhodon Magnolia Magnolia Rytidospermum Rytidospermum Rytidospermum Fig. 7. The neighbor-joining tree based on the ndhf sequences of the Magnoliaceae. Bootstrap values above 50% are shown above the branches.

Microsoft PowerPoint - Week13-Chap4-2.pptx

Microsoft PowerPoint - Week13-Chap4-2.pptx One of examples for comparing haracter-based Method and Distance-based Method 순서가있는형질에있어서의계통추론을위한두방법의비교참조 : Rordford et al. (1986) 의 Phenetics vs. Phylogenetics 에잘설명되어있음 ( 웹사이트에올려져있음 ) When the character