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1 정책연구 산학협력 산학협력단세제개선방안연구보고서 연구기관 : 포스텍산학협력연구소연구책임자 : 김도경 ( 안진회계법인 )

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3 제출문 교육과학기술부귀하 본보고서를정책연구용역과제인 산학협력단세제개선방안연구보고서 의최종 보고서로제출합니다 년 7 월 연구기관명 : 포스텍산학협력연구소 연구책임자 : 김도경 ( 안진회계법인 ) 연구원 : 김은영 ( 포스텍산학협력연구소 ) 연구원 : 한창근 ( 인하공전산학협력단 ) 연구보조원 : 안영숙 ( 이화여대연구처 ) 연구보조원 : 엄혜진 ( 성균관대총무처 ) 연구보조원 : 노민선 ( 한국산업기술진흥협회 ) 연구보조원 : 윤지섭 ( 고려대산학협력단 ) 연구보조원 : 안광현 ( 서울대산학협력단 ) 연구보조원 : 김정선 ( 한양대산학협력단 ) 연구지원 : 김세현 ( 안진회계법인 ) 연구지원 : 이정우 ( 안진회계법인 ) 연구지원 : 정유상 ( 안진회계법인 ) 연구지원 : 김주훈 ( 안진회계법인 ) 연구지원 : 김설인 ( 안진회계법인 ) 본보고서의내용은정책연구용역과제연구팀의의견이며, 포스텍산학협력연구소의공식적인 견해와는다를수있습니다. - iii -

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5 목차 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 제1장산학협력단제도의개요및현황 3 Ⅰ. 산학협력단제도의개요 3 1. 산학협력단제도의의의및설립배경 3 2. 산학협력단의법적지위및역할 4 3. 산학협력단의수입과지출 7 4. 산학협력단의해산 7 Ⅱ. 산학협력기술지주회사의개요 8 1. 산학협력기술지주회사의개념과도입배경 8 2. 설립주체및인가요건 8 3. 업무범위 9 4. 주요내용 10 Ⅲ. 학교기업 학교기업의의의및지원취지 학교기업추진경과 학교기업의설치요건 학교기업의사업종목 주요내용 13 Ⅳ. 산학협력단의설립및운영현황 산학협력단설치현황 산학협력단의인력현황 산학협력단의회계운영내역 15 - v -

6 Ⅴ. 대학과산학협력단세목별과세현황비교 19 제2장산학협력단법인세일반 22 Ⅰ. 산학협력단의법인세법상지위 법인세법상비영리법인의개념 법인세법상산학협력단의지위와관련된규정 24 Ⅱ. 법인세신고및납부 산학협력단과세소득의범위 수익사업과고유목적사업의구분경리 고유목적사업준비금손금산입 토지등양도소득에대한법인세 42 제3장산학협력단부가가치세일반 44 Ⅰ. 과세대상 과세대상의범위 45 Ⅱ. 납세의무자 과세요건 47 Ⅲ. 사업자등록 사업자등록의의의 면세사업자의등록 51 Ⅳ. 면세 면세의의의 면세의포기 매입세액불공제 면세대상재화및용역의공급 면세대상재화의수입 조세특례제한법상면세 부수되는재화와용역의공급 71 - vi -

7 제4장산학협력단상속세및증여세일반 73 Ⅰ. 공익법인의개념 공익법인의범위 74 Ⅱ. 상속세및증여세법에의한지원 교육목적출연재산의상속세과세가액불산입 교육목적출연재산의증여세과세가액불산입 76 Ⅲ. 상속세및증여세법에의한공익법인의납세협력의무 보고서등제출의무 장부의작성 비치의무 외부전문가의세무확인및기준 외부회계감사를받아야할의무 전용계좌개설 사용의무 결산서류공시의무 기부금영수증발급내역작성 보관 제출의무 계산서합계표등자료제출의무 93 Ⅳ. 상속세및증여세법상공익법인이지켜야할일 출연재산의직접공익목적사업등에사용 출연재산매각금액의직접공익목적사업에사용 출연재산운용소득의직접공익목적에사용 주식취득및보유시의지켜야할일 출연자등의이사취임시지켜야할일 특정기업의광고등행위금지 자기내부거래 (Self-Dealing) 시지켜야할일 특정계층에만공익사업의혜택이제공될경우의불이익 공익법인해산시지켜야할일 공익법인의제출서류 vii -

8 제5장산학협력단지방세일반 122 Ⅰ. 지방세일반 지방세의분류 최근지방세개정내역 세목통폐합내용 123 Ⅱ. 세목별소개및산학협력단등에대한세제지원내역 취득세 등록면허세 재산세 주민세 자동차세 지역자원시설세 지방소득세 130 Ⅲ. 주요예규 판례 131 제6장산학협력단소득세일반 135 Ⅰ. 소득세일반 교수의연구용역소득에대한과세기준 직무발명보상금비과세 기부금지출대상법인 비과세근로소득 학교운영권포기대가 viii -

9 제 2 부산학협력단세제개선방안주요사안별연구검토 제1장법인세법상산학협력단관련주요검토사항 149 Ⅰ. 산학협력단과학교법인의부당행위계산부인 연구주제의의의 관련법령 산학협력단설치의법적근거 산학협력단의특성 산학협력단과학교법인의거래 부당행위계산부인의적용 대응방안마련의필요성 결론 155 Ⅱ. 연구용역의대가성에대한판단기준 연구주제의의의 현황 관련법령 검토내용 결론 161 Ⅲ. 고유목적사업준비금에산학협력단이적립하는기금의포함방안 연구주제의의의 현황 관련유권해석 검토내용및결론 166 Ⅳ. 기타수익사업에대한고유목적사업준비금 100% 설정일몰폐지 연구주제의의의 현황 관련법령및유권해석 검토내용 결론 ix -

10 Ⅴ. 서비스 R&D 조세지원범위의확대 연구주제의의의 현황 관련법령 검토내용 결론 175 Ⅵ. R&D 조세지원제도일몰기한연장 연구주제의의의 현황 문제점 개선방안 177 Ⅶ. 기술이전및취득에대한조세지원확대 연구주제의의의 현황 관련법령 검토내용 개선방안 180 Ⅷ. 대기업의공동 위탁 R&D에대한조세지원확대 연구주제의의의 현황 검토내용 개선방안 182 제2장부가가치세법상산학협력단관련주요검토사항 183 Ⅰ. 면세대상연구용역의범위명확화 연구주제의의의 현황 관련법령 관련유권해석 결론 x -

11 Ⅱ. 산학협력단이창업보육센터운영시발생하는세무상 RISK 연구주제의의의 현황 관련법령 결론 192 Ⅲ. 위탁연구개발비의부가가치세과세 연구주제의의의 현황 관련법령 관련유권해석 결론 참고사항 : 정부출연금등의세금계산서 / 계산서발급의무 197 Ⅳ. 기술지주회사에대한현물출자 연구주제의의의 현황 관련법령 결론 201 제3장상속세및증여세법상산학협력단관련주요검토사항 203 Ⅰ. 산학협력단의주식보유한도 연구주제의의의 현황 관련법령 검토내용 결론 205 제 4 장지방세법상산학협력단관련주요검토사항 206 Ⅰ. 지적재산권취득시등록면허세 연구주제의의의 xi -

12 2. 현황 관련법령 검토내용 결론 209 Ⅱ. 기술지주회사설립시법인등기등록면허세 연구주제의의의 관련법령 신청유형 신청절차및확인요건 211 Ⅲ. 지방소득세종업원분 연구주제의의의 현황 관련법령 검토내용및결론 214 제5장소득세법상산학협력단관련주요검토사항 216 Ⅰ. 연구참여자수당에대한소득구분 연구주제의의의 현황 관련법령 관련유권해석 검토내용 결론 221 Ⅱ. 직무발명보상금에대한소득구분및적용범위 연구주제의의의 현황 관련법령 관련유권해석 검토내용및결론 xii -

13 제6장기술지주회사관련주요검토사항 229 Ⅰ. 지분양도차익및배당소득에대한비과세 연구주제의의의 현황 관련법령 검토내용 결론 232 부록 233 Ⅰ. 산학협력단이당면하고있는세제관련구체적인문제사례 235 Ⅱ. 실무담당자의업무처리시현출된 Issue사항 235 Ⅲ. 산학협력단이요구하는추가적인세법개정 ( 안 ) 237 참고문헌 xiii -

14 표목차 < 표 1> 산학협력단의수입과지출 7 < 표 2> 학교기업추진경과 11 < 표 3> 학교기업의사업종목으로금지되는업종 (19개) 12 < 표 4> 대학별산학협력단설치현황 14 < 표 5-1> 임용주체별산학협력단인력현황 14 < 표 5-2> 담당업무별산학협력단인력현황 15 < 표 6-1> 2008~2010 산학협력단회계자금수입내역 15 < 표 6-2> 2008~2010 산학협력단회계자금지출내역 15 < 표 7> 산학협력단운영계산서 16 < 표 8-1> 산학협력단 2008년대차내역 17 < 표 8-2> 산학협력단 2009년대차내역 17 < 표 8-3> 산학협력단 2010년대차내역 18 < 표 9-1> 법인세법상대학과산학협력단비교 19 < 표 9-2> 부가가치세법상대학과산학협력단비교 20 < 표 9-3> 상속세및증여세 지방세 소득세법상대학과산학협력단비교 21 < 표 10> 산학협력단법인세요약 22 < 표 11> 자산, 부채및자본의구분경리 32 < 표 12> 손익의구분경리 32 < 표 13> 고유목적사업준비금설정대상소득 35 < 표 14> 산학협력단부가가치세요약 44 < 표 15> 산학협력단상속세및증여세요약 73 < 표 16> 공익법인의주식취득및보유시상속세및증여세과세구분 106 < 표 17> 상속세및증여세법상공익법인의제출서류 121 < 표 18> 산학협력단지방세요약 122 < 표 19> 지방세의분류 122 < 표 20> 지방세개정내역 xiv -

15 < 표 21> 산학협력단소득세요약 135 < 표 22> 교수의연구용역소득에대한소득세법상소득구분 136 < 표 23> 산학협력단관련법인세쟁점사항 149 < 표 24> 법인세법시행령제87조 ( 특수관계인의범위 ) 개정 155 < 표 25-1> 출연형태에따른분류 : 국고 / 민간경상 / 지자체보조금 158 < 표25-2> 출연형태에따른분류 : 국가연구개발사업 158 < 표 25-3> 출연형태에따른분류 : 정부기관 / 지자체의공공사업 159 < 표 25-4> 출연형태에따른분류 : 정부기관 / 민간연구용역 159 < 표 25-5> 출연형태에따른분류 : 민간기관 / 개인 160 < 표 26-1> 지원목적에따른구분 160 < 표 26-2> 지원형태에따른구분 160 < 표 27> 법인세법시행령제56조개정 167 < 표 28> 법인세법제29조개정 171 < 표 29> 조세특례제한법제74조개정 172 < 표 30> 조세특례제한법제9조및동법시행령별표6 개정 175 < 표 31> 일몰시한이 12년말인주요 R&D 조세지원제도 178 < 표 32> 조세특례제한법제12조개정 181 < 표 33> 산학협력단관련부가가치세쟁점사항 183 < 표 34> 부가가치세법시행령제37조개정안 197 < 표 35> 산학협력단관련상속세및증여세쟁점사항 203 < 표 36> 산학협력단관련지방세쟁점사항 206 < 표 37> 기술지주회사벤처유형확인요건 212 < 표 38> 산학협력단관련소득세쟁점사항 216 < 표 39> 기술지주회사관련쟁점사항 xv -

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17 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 제1장산학협력단제도의개요및현황제2장산학협력단법인세일반제3장산학협력단부가가치세일반제4장산학협력단상속세및증여세일반제5장산학협력단지방세일반제6장산학협력단소득세일반

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19 제 1 장산학협력단제도의개요및현황 Ⅰ. 산학협력단제도의개요 1. 산학협력단제도의의의및설립배경가. 산학협력단제도의의의와필요성 산학연협력 이란산업교육기관과국가, 지방자치단체, 연구기관및산업체등이상호협력하여산업체의수요와미래의산업발전에따르는인력을양성하고, 새로운지식 기술의창출및확산을위한연구 개발 사업화를하여산업체등으로의기술이전과산업자문및인력, 시설 장비, 연구개발정보등유형 무형의보유자원에대한공동활용등의활동을하는것을말함 ( 산업교육진흥및산학연협력촉진에관한법률제2조제6호 ). 위와같은산학협력을활성화시키고대학의산학협력에대한기반을제도적으로마련하기위하여 산업교육진흥및산학연협력촉진에관한법률 ( 이하 산촉법 ) 을제정하고, 동법에근거하여대학의산학협력을총괄조정하고지원하는전담조직으로서산학협력단을설립함. 오늘날대부분의핵심원천기술은조직화된집단에의해개발됨. 산업이고도화되고 이를뒷받침해주는기술이고도로복잡 다양해짐에따라새로운기술의개발은대규모 연구시설과인력, 막대한연구비의지원없이는불가능함. 산학협력단은기업체 연구집단 대학등이과학기술발전에서로협력하는모델로서 기능함. 나. 산학협력단의설립배경 - 산학협력단은대학에대한지원이개별적으로진행되면서발생하는중복을통 합적으로조정하기위해기존의연구처를확대개편한조직으로서설립됨. 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 3

20 - 대학은법인격이없어자기책임하에산학협력계약을체결하거나자기명의로지적재산권을취득할수없는문제를해소하기위해독립된법인격을갖춘조직이필요함. - 대학의복잡한회계체계에서연구및산학협력활동관련회계를운영하도록하고보다투명한회계체계를갖추기위한목적도있음. 2. 산학협력단의법적지위및역할가. 산학협력단의법적지위와현행세제상문제점 1) 산학협력단의법적지위대학은학교규칙으로정하는바에따라대학에산학연협력에관한업무를관장하는조직으로서산학협력단을둘수있고, 산학협력단은법인으로함 ( 산촉법제25조제1항, 제2항 ). 대학의장은산학협력단설립시다음의사항이포함된정관을작성함 ( 산촉법제26 조 ). 가 ) 목적나 ) 명칭다 ) 주된사무소의소재지라 ) 업무와그집행에관한사항마 ) 재산과회계에관한사항바 ) 하부조직의설치에관한사항사 ) 단장, 연구원및직원의임면에관한사항아 ) 단장의직무대행에관한사항자 ) 정관의변경에관한사항차 ) 해산에관한사항카 ) 공고의방법에관한사항 4 산학협력단세제개선방안연구보고서

21 산학협력단의단장은대학의장이임면하도록규정함 ( 산촉법제 28 조제 4 항 ). 산학협력단장은대학의장을대신하여국가, 지방자치단체, 정부출연기관, 산업체등 과산학연협력에관한계약을체결할수있고, 이경우산학협력단의단장은대학의장 의산학연협력계약에관한권한을위임받은것으로봄 ( 산촉법제 24 조제 2 항 ). 산학협력단은민법상의일반적법인과는달리주무관청의허가없이주된사무소소재지에등기함으로써성립하는특수법인이나, 학교의장의지도 감독을받는학교산하대학기구로서의역할도여전히담당하는이중적지위를가진다고보는것이대체적인견해임. 2) 산학협력단의이중적지위로인한세제상문제점산학협력단은본래대학이수행해오던산학협력활동을효율적으로운영 관리하기위해대학내에독립법인으로분리하여설립한것에불과하므로학교의고유목적인교육과연구활동이산학협력단의고유한사업목적이됨. 따라서특별한경우를제외하고는기본적으로영리성이없으며, 상속세및증여세법 시행령제 12 조에서도산학협력단을공익법인으로규정하고있음. 그러나현행세법에서는산학협력단의지위를명확히파악하지못해산학협력단이학교법인에비해세제상불합리한대우를받거나같은산학협력단이라하더라도국공립과사립여부에따라세무상차별적인대우를받는문제점이있음 ( 아래 대학과산학협력단관련세목별과세현황 참조 ). 나. 산학협력단의업무산촉법제27조및동법시행령제20조는산학협력단의업무를다음과같이명시하고있음. 1) 산학연협력계약의체결및이행 2) 산학연협력사업과관련한회계의관리 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 5

22 3) 지식재산권의취득및관리에관한업무 4) 대학의시설및운영의지원 5) 기술의이전과사업화촉진에관한업무 6) 직무발명과관련된기술을제공하는자및이와관련된연구를수행하는자에대한보상 7) 그밖에산학연협력과관련한사항으로서대통령령으로서정하는사항 - 대학내산학연협력총괄기획 조정 - 산업교원과학생의교내창업지원 - 산학연협력을통한학생의취업지원 - 해당대학안에설치 운영중인 중소기업창업지원법 제2조제7호에따른창업보육센터 ( 이하 창업보육센터 ) 와이에입주한기업등에대한지원 - 해당대학안에설치된 벤처기업육성에관한특별조치법 제2조제5항에따른실험실공장 ( 이하 실험실공장 ) 에대한지원 - 산학연협력수요및활동에대한정보의수집 제공및홍보 - 산학연협력사업관련업무담당자에대한교육 훈련 - 산학연협력과관련하여해당대학의소속교직원이소유하거나소속교직원과그외의자가공동으로소유하는지식재산권의수탁관리 - 해당대학과법제37조제1 항에따른협력연구소 ( 이하 협력연구소 ) 간의상호협력활동지원 - 산업기술단지지원에관한특례법 제2조제1호에따른산업기술단지 ( 이하 산업기술단지 ) 안에해당대학의전부또는일부가포함되어있는경우산업기술단지안에포함된대학의교지 ( 校地 ) 안에입주한기업과연구소등에대한지원 - 그밖에해당대학의교지안에설치 운영되는기업과연구소등에대한지원 6 산학협력단세제개선방안연구보고서

23 3. 산학협력단의수입과지출 산학협력단의수입과지출항목에대하여는산촉법제 31 조및제 32 조, 동법시행령 제 21 조및제 23 에서열거하고있음. < 표 1> 산학협력단의수입과지출 산학협력단의수입 1 국가나지방자치단체로부터의출연금및보조금 2 산학연협력계약에따른수입금, 유가증권, 그밖에재산적가치가있는물건 3 산학연협력성과에따른수익금, 유가증권, 그밖에재산적가치가있는물건 4 산학연협력에관하여접수한기부금품 5 국 공립대학또는산학협력단이설치한학교기업으로부터의운영수입금 6 기술지주회사로부터의배당및그밖의수익금 7 그밖에이자수입, 다른대학이나산업체등이활용하여지급하는해당산학협력단소유의연구시설및장비와실험 실습시설및장비의사용료 산학협력단의지출 1 산학협력단의관리 운영비 2 산학연협력계약의이행에필요한경비 3 대학의시설 운영지원비 4 산학협력단수입의 2~7 까지의재원수입에기여한교직원및학생에대한보상금 5 국 공립대학또는산학협력단이설치한학교기업의운영비 6 기술지주회사에대한출자 7 협의회등의사업비및운영지원비 8 그밖에산학연협력과관련되어필요하다고인정되는다음의업무를수행하는데에드는경비 - 지식재산권의취득과관리에관한업무 - 기술의이전과사업화촉진에관한업무 4. 산학협력단의해산 산학협력단이해산하는경우남은재산은해당학교의설립 경영자에게귀속. 이경 우학교법인에귀속하는남은재산은 사립학교법 제 29 조제 2 항에따른교비회계에편 입됨 ( 산촉법제 25 조제 2 항 ). 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 7

24 Ⅱ. 산학협력기술지주회사의개요 1. 산학협력기술지주회사의개념과도입배경가. 산학협력기술지주회사의의의 산학협력단또는연구기관이보유하고있는기술의사업화를목적으로다른회사의주식의소유를통하여그회사를지배하는회사를말함 ( 산촉법제2조제8호 ). 나. 도입배경 1) 연구계약과기술이전등을담당하는산학협력단제도의취지상학교기업의운영등을통한초기단계 Pilot Company 형태의기술사업화역할은가능하나, 적극적수익창출을목표로주식회사지분등을소유하기에는한계존재 2) 기존산학협력단의기술사업화한계점을극복하고기술사업화의전담기구로서주식회사형태의기술지주회사제도화추진 - 산학협력단에서출자하는산학협력기술지주회사를제도화함으로써대학연구의성과에대한사업화의선순환구조 ( 연구개발 기술이전 기술사업화 수익금환류 ) 창출 3) 기술지주회사설립을통한대학의직접사업운영에따른위험요인부담경감 - 대학이직접기업경영시발생할수있는기업채무에대한연대책임, 생산물의결함으로인한제조물책임법상의제조자책임등의문제를해결하면서기업활동을통한수익을비교적융통성있게확보가능 2. 설립주체및인가요건 가. 설립주체 : 산학협력단단독또는공동 ( 산촉법제 36 조의 2 제 1 항 ) 나. 인가요건 1) 주식회사일것 8 산학협력단세제개선방안연구보고서

25 2) 임원이국가공무원법제33조제1항각호에따른결격사유에해당하지아니할것 3) 산학협력단이자본금의 100분의 30을초과하여기술을현물출자하고, 발행주식총수의 100분의 50을초과하여보유할것 4) 그밖에대통령령으로정하는기준을갖출것 - 상근전문인력이 1명이상일것 - 전용공간을갖출것 3. 업무범위 기술지주회사는자회사의설립 경영관리및이에딸린업무와기술지주회사운영을위한다음의업무를함. 1) 자회사에대한기술및경영자문업무 2) 자회사의기업공개를지원하는업무 3) 자회사와다른회사간의합병, 자회사주식의전부또는일부매각, 자회사영업의전부또는일부양도, 자회사의분할등에관한업무 4) 자회사의재원조달을지원하는업무 5) 기술지주회사가보유한기술의자회사에대한이전 사업화및자회사가보유한기술의이전 사업화촉진에관한업무 6) 자회사의홍보, 교육 훈련, 마케팅에관한업무 7) 창업보육센터, 실험실공장, 법제37조제1항에따른협력연구소, 산업기술단지또는교지안에설치 운영되는기업및연구소와의상호협력업무 8) 기술지주회사가보유한기술을산업체로이전하는업무 9) 기술지주회사가보유하거나자회사에출자한기술의사업화를위한투자조합조성업무 10) 해당산업교육기관또는연구기관이보유한기술을산업체등으로이전하고사업화를중개하는업무 11) 해당산업교육기관과자회사외의다른산업교육기관및다른회사에대한기술 경영지원및교육 훈련지원업무 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 9

26 4. 주요내용가. 자회사의설립 1) 기술지주회사는자회사의의결권있는주식의 100분의 20 이상보유해야함. 2) 자회사의자기주식취득및기술지주회사의주식취득금지의무가있음. 나. 이익배당의사용제한 산학협력단이기술지주회사로부터받은배당이나그밖에수익금은산촉법제 27 조의 산학협력단고유업무와대학의연구활동에사용하여야함. 다. 교직원의겸직및휴직 대학의교직원및연구기관의직원은기술지주회사및자회사의대표자또는임직원 을겸직하거나대표자또는임직원이되기위하여휴직가능 라. 기술지주회사에대한시정명령 1) 설립인가요건을갖추지못하게된경우 2) 기술지주회사의고유업무이외의다른업무를한경우 3) 이익배당의사용제한을위반한경우 마. 기술지주회사에대한인가취소 1) 거짓이나그밖의부정한방법으로인가를받은경우 2) 시정명령을따르지아니한경우 10 산학협력단세제개선방안연구보고서

27 Ⅲ. 학교기업 1. 학교기업의의의및지원취지 산학협력단은학생과교원의현장실습교육과연구에활용하고, 산업교육기관에서개발된기술을민간부문에이전하여사업화를촉진하기위하여특정학과또는교육과정과연계하여직접물품의제조 가공 수선 판매, 용역의제공등을하는부서를둘수있는데 ( 산촉법제36조제1항 ), 이를학교기업이라함. 학교기업지원사업의취지는학생에게생산활동을통해타인에게상품 서비스를제공해주는경험을하게하여새로운학습효과를부여한다는의미와함께지식과이론위주의우리나라교육풍토에서직업생활과밀접한지식과이론을적용할기회를부여하고자함임. 2. 학교기업추진경과 < 표 2> 학교기업추진경과 구분 경과내용 산업교육및산학연협력촉진에관한법률및시행령 시행 학교기업의설치 운영에관한규정 ( 대통령령 ) 제정 학교기업회계처리규칙 ( 교육인적자원부고시 ) 제정 ~ 제1기학교기업지원사업추진 (50개기관 ) ~ 제2기학교기업지원사업추진 (50개기관 ) 학교기업지원사업전담기관변경 ( 한국직업능력개발원 한국산업기술재단 ) 년도학교기업협약체결및사업비지급 (48개기관 ) ~ 년도학교기업지원사업추진 (66개기관 ) 학교기업지원사업관리운영지침 개정 ~ 년도학교기업지원사업추진 (68개기관 ) 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 11

28 3. 학교기업의설치요건가. 학교기업설치 운영계획의수립 학교기업을설치하려는사업교육기관의장은다음의사항을포함한학교기업설치 운영계획을수립하여야함. 1) 학교기업의소재지 2) 사업종목, 관련학부 학과또는교육과정 3) 담당직원현황 4) 재정투자계획 5) 시설 설비및기자재운용방법 나. 학교기업의사업자등록학교기업을설치 운영하는경우에는학교기업의소재지를관할하는세무서장에게산업교육기관의장의명의로 부가가치세법 에서정하는바에따라사업자등록을해야함. 4. 학교기업의사업종목 산업교육기관이학교기업으로설치 운영할수있는사업종목은다음의종목을제외 한사업종목으로함. 이경우사업종목은해당산업교육기관에설치 운영되고있는특 정학부 학과또는교육과정의교육 연구활동과연계성을가져야함. < 표 3> 학교기업의사업종목으로금지되는업종 (19 개 ) 표준산업분류 업종분류 학교기업금지업종 ( 세세분류기준 ) 업종수 ( 개 ) 52 소매업 담배소매업 노점및유사이동판매업 2 개 여관업 55 숙박및 음식업종 일반유흥주점업 무도유흥주점업 4 개 간이부동산공급업 12 산학협력단세제개선방안연구보고서

29 70 부동산업 기타부동산임대업 주거용건물공급업 비주거용건물공급업 기타부동산공급업 4 개 경마및경주장운영업 88 오락, 문화및운동관련서비스업 전자게임장운영업 컴퓨터게임방운영업 노래방운영업 무도장운영업 6 개 도박장운영업 93 기타서비스 욕탕업 마사지업 점술업 3 개 5. 주요내용 가. 회계처리 학교기업의수입은사립학교의경우교비회계의수입으로, 국 공립대학의경우산학 협력단회계의수입으로하고있으며, 학교기업별로구분하여회계처리하도록함. 나. 지원조직 산업교육기관은그산업교육기관또는산학협력단에학교기업을지원하는조직을둘 수있으며, 지원조직에는연구원과직원을둘수있음. 다. 현장실습산업체선정및현장실습학점의인정학교기업을학생및교원의현장실습교육과연구에우선적으로활용하도록하는한편, 학교기업을직업교육훈련촉진법에의한현장실습산업체로선정할수있도록하고, 학교기업에서현장실습을학점으로인정. 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 13

30 Ⅳ. 산학협력단의설립및운영현황 1. 산학협력단설치현황 2003년이후 434개대학에서 344개대학이산학협력단이설치, 운영중에있음. 그중에서비중이높은일반대학은 183개대학중 160개대학, 전문대학은 147개중 146개대학이산학협력단을설치한것으로나타남. < 표 4> 대학별산학협력단설치현황 ( 기준 ) 구분 학교수산학협력단설치학교수비율 (%) 국립공립사립합계국립공립사립합계 합계 전문대학 교육대학 대학 방송통신대학 산업대학 기술대학 1 1 각종학교 사이버대학 원격대학 2 2 사내대학 2 2 전공대학 3 3 기능대학 대학원대학 산학협력단의인력현황가. 산학협력단의인력현황 1) 임용주체별 ( 소속별 ) 분류 < 표 5-1> 임용주체별산학협력단인력현황 구분 겸직교원 대학소속직원 산학협력단자체임용직원 합계 인원 1,135(22.2%) 1,472(28.6%) 2,526(49.2%) 5,133(100%) 14 산학협력단세제개선방안연구보고서

31 2) 담당업무별분류 < 표 5-2> 담당업무별산학협력단인력현황 구분연구기획연구관리산학연계기술이전 사업화 창업보육기타합계 인원 (13.1%) 1,251.4 (31.3%) 595 (14.9%) 262 (6.6%) 341 (8.5%) 1,024 (25.6%) 3,998 (100%) * 임용주체별인력현황에서겸직교원인원은제외 3. 산학협력단의회계운영내역가. 산학협력단의자금수입및지출현황 산학협력단의운영수입이점차증가함에따라자금수입및기말의자금이증가하는추세에있음. < 표 6-1> 2008~2010 산학협력단회계자금수입내역 ( 단위 : 천원 ) 구분 연도 자금수입총계 운영수입 자산부채수입 기초의자금 ,713,273,774 3,555,628, ,011,032 1,196,633,949 대학 ,599,179,553 4,246,688, ,300,729 1,756,190, ,381,060,470 4,659,761, ,235,566 1,887,063, ,725, ,639,236 43,839,031 85,247,319 전문 ,304, ,537,714 62,707,853 91,058, ,414, ,781,938 54,800,115 86,832,102 < 표 6-2> 2008~2010 산학협력단회계자금지출내역 ( 단위 : 천원 ) 구분연도자금지출총계운영지출자산부채지출기말의자금 대학 전문 ,713,273,774 3,270,028, ,895,406 1,729,350, ,599,179,553 3,940,078, ,748,333 1,907,352, ,381,060,470 4,356,120,653 1,004,610,116 2,020,329, ,725, ,380, ,467,356 94,878, ,304, ,297, ,463,424 89,542, ,414, ,821, ,872,152 83,720,282 * 위내역상기초자금과기말자금의불일치는각대학의자금현황파악오류에기인함 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 15

32 나. 연도별산학협력단재무제표내역 1) 2008~2010 산학협력단운영계산서최근 3년간산학협력수익은다소변동하는추세에있으나, 국가에서지원하는지원금수익은지속적으로증가하는것으로나타남. < 표 7> 산학협력단운영계산서 ( 단위 : 천원 ) 구분 항목 산학협력수익 1,051,636,593 1,230,984,971 1,005,997,944 지원금수익 2,359,041,051 2,911,787,520 3,570,114,047 전입및기부수익 110,470,818 99,614,147 49,398,776 운영외수익 92,475, ,413, ,016,598 운영수익총계 3,613,624,248 4,348,800,549 4,727,527,365 대학 산학협력비 934,479,272 1,029,388, ,578,198 지원금사업비 2,068,782,258 2,535,885,780 3,009,274,038 일반관리비 408,863, ,779, ,782,975 운영외비용 57,277,438 54,992,525 58,610,129 당기운영차손익 144,222, ,754, ,282,025 운영비용총계 3,613,624,248 4,348,800,549 4,727,527,365 산학협력수익 60,514,115 68,656,469 64,319,086 지원금수익 352,777, ,215, ,065,444 전입및기부수익 5,290,023 5,569,209 9,665,976 운영외수익 9,944,209 9,153,884 6,757,251 운영수익총계 428,525, ,595, ,807,757 전문 산학협력비 46,805,100 53,161,935 52,262,273 지원금사업비 222,717, ,278, ,076,003 일반관리비 109,774, ,307, ,730,903 운영외비용 9,686,923 11,951,887 7,830,615 당기운영차손익 39,541,771-10,104,843-92,037 운영비용총계 428,525, ,595, ,807,757 2) 2008~2010 산학협력단회계재무상태표 2008 년에서 2010 년까지전체대학산학협력단의차기이월운영차익과고유목적사업준 비금은점차증가하는추세를보이고있음. 16 산학협력단세제개선방안연구보고서

33 < 표 8-1> 산학협력단 2008 년대차내역 ( 단위 : 천원 ) 구분 자산 부채및자본 유동자산 1,793,877,311 유동부채 1,416,138,530 비유동자산 517,166,028 비유동부채 10,323,499 부채총계 1,426,462,029 출연기본금 27,444,337 대학 적립금 59,168,076 차기이월운영차손익 676,400,324 고유목적사업준비금 121,568,573 기본금총계 884,581,310 자산총계 2,311,043,339 부채와기본금총계 2,311,043,339 유동자산 97,533,338 유동부채 55,225,145 비유동자산 319,856,070 비유동부채 8,160,123 부채총계 63,385,268 출연기본금 4,134,350 전문 적립금 833,880 차기이월운영손익 339,976,790 고유목적사업준비금 2,059,120 기본금총계 354,004,140 자산총계 417,389,408 부채와기본금총계 417,389,408 < 표 8-2> 산학협력단 2009 년대차내역 ( 단위 : 천원 ) 구분자산부채및자본 대학 전문 유동자산 1,954,946,831 유동부채 1,493,628,969 비유동자산 529,051,007 비유동부채 13,610,751 부채총계 1,507,239,720 출연기본금 8,372,974 적립금 57,281,065 차기이월운영차손익 796,080,111 고유목적사업준비금 115,023,968 기본금총계 976,758,118 자산총계 2,483,997,838 부채와기본금총계 2,483,997,838 유동자산 86,310,087 유동부채 49,010,836 비유동자산 294,449,714 비유동부채 8,588,617 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 17

34 부채총계 57,599,453 출연기본금 4,344,393 적립금 1,063,148 차기이월운영손익 313,242,793 고유목적사업준비금 13,309,090 기본금총계 331,959,424 자산총계 380,759,801 부채와기본금총계 389,558,877 < 표 8-3> 산학협력단 2010 년대차내역 ( 단위 : 천원 ) 구분 자산 부채및자본 유동자산 2,117,466,732 유동부채 1,555,758,490 비유동자산 585,251,990 비유동부채 10,703,757 부채총계 1,566,462,247 출연기본금 8,811,907 대학 전문 적립금 58,083,600 차기이월운영차손익 944,324,045 고유목적사업준비금 125,036,923 기본금총계 1,136,256,475 자산총계 2,702,718,722 부채와기본금총계 2,702,718,722 유동자산 86,310,087 유동부채 49,458,365 비유동자산 294,449,714 비유동부채 5,435,153 부채총계 5,4893,518 출연기본금 4,688,011 적립금 1,147,348 차기이월운영손익 305,676,358 고유목적사업준비금 14,354,566 기본금총계 325,866,283 자산총계 380,759,801 부채와기본금총계 380,759, 산학협력단세제개선방안연구보고서

35 Ⅴ. 대학과산학협력단세목별과세현황비교 < 표 9-1> 법인세법상대학과산학협력단비교 관련법령대학교산학협력단개선안 법인세법제 3 조및 동법시행령제 2 조 교육서비스업이비수익사 업으로열거 언급없음 산학협력단이제공하 는교육용역을비수 익사업에추가 법인세법제 24 조법정기부금단체법정기부금단체 법인세법제 63 조중간예납대상법인에서제외 중간예납대상법인 에서제외 법인세법제55조의2 및동법시행령제92조의11 출연받은토지의경우비사업용토지로보지아니함 언급없음 산학협력단이출연받은토지에대해서도비사업용토지로보지아니하는규정추가 조세특례제한법제74조 수익사업 100% 고유목적사업준비금설정대상법인 수익사업 100% 고유 목적사업준비금설 정대상법인 조세특례제한법제104조의16 수익용기본재산매각후 1 년이내수익용기본재산취득시양도차익과세이연 언급없음 고유목적사업준비금 100% 설정으로실익없음 조세특례제한법제104조의16 학교가 50% 이상출자한법인이학교에출연시손금인정 언급없음 산학협력단추가 학교가산촉법에따라내 국인과계약으로교육과정 조세특례제한법제104조의18 을설치 운영하는경우해당내국인이운영비지출 언급없음 산학협력단추가 시연구및인력개발비세 액공제적용 내국인이학교에연구및 조세특례제한법제104조의18 인력개발시설기부시연구및인력개발설비투자 언급없음 산학협력단추가 세액공제적용 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 19

36 < 표 9-2> 부가가치세법상대학과산학협력단비교 관련법령대학교산학협력단비고 부가가치세법제12 조제1항제6호부가가치세법시행령제30조 부가가치세법시행령제30조에해당하여학교가제공하는교육용역면세 부가가치세시행령제 30조에해당하지아니하여산학협력단이제공하는교육용역과세 산학협력단은주무관청의허가또는인가를받거나주무관청에등록또는신고된단체가아님 * 학술연구기술연구 란새로운학술또는 부가가치세법제12 조제1항제17호부가가치세법시행령제37조제1의2호 대학교는학술연구또는기술연구 * 와관련하여공급하는재화및용역면세 산학협력단이제공하는연구용역 ** 의경우 2013 년 12월 31일까지제공하는경우면세 기술을개발하기위하여행하는새로운이론 방법 공법또는공식등에관한연구용역을말함 ** 연구용역에대한별 도의정의없음 부가가치세법시행령 제 41 조제 1 호적용 : 부가가치세법제12 조제2항제3호부가가치세법시행령제41조 진열하는표본및참고품 교육용의촬영된필름 슬라이드 레코드 테이프기타이와유사한매개체와 부가가치세법시행령제41조제2호적용 : 과학기술의연구개발에제공하기위하여수입하는물품 이러한시설에서사용 되는물품 20 산학협력단세제개선방안연구보고서

37 < 표 9-3> 상속세및증여세 지방세 소득세법상대학과산학협력단비교 < 상속세및증여세 > 세목대학교산학협력단관련법령 기업발행주식의 5% 초과보유분 면세여부 과세과세상증령제 42 조 공익법인포함여부포함포함상증령제 12 조 < 지방세 > 취득세 ( 목적사업 ) 비과세비과세 ( 부동산한정 ) 재산세 ( 목적사업 ) 비과세비과세 ( 부동산한정 ) 주민세 ( 목적사업, 재산분 ) 비과세비과세 지방소득세 ( 목적사업, 종업원분 ) 비과세비과세 지방세특례제한법 제 41 조및제 42 조 지역자원시설세 ( 목적사업 ) 비과세비과세 < 소득세 > 비과세되는기타소득의범위에대한대상기관포함여부 포함 ( 교원 ) 비포함 ( 연구원 ) 소득령제 18 조 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 21

38 제 2 장산학협력단법인세일반 < 표 10> 산학협력단법인세요약 소주제관련법령관련유권해석 법인세법상비영리법인의개념법인세법상산학협력단의지위와관련된규정산학협력단과세소득의범위수익사업과고유목적사업의구분경리고유목적사업준비금손금산입 법인세법제1조법인세법제29조조세특례제한법제74조법인세법제24조법인세법제3조법인세법제113조법인세법시행규칙제76조법인세법제29조법인세법제61조법인세법시행령제56조법인세법시행령제98조 법인세과-787, 법인세법기본통칙 법인세과-1378, 재법인-635, 서면2팀-862, 재법인-30, 재법인 , 서이 , 서이 , 법인 , 법인 , 재법인-667, 서면2팀-713, 법인세법기본통칙 법인세법기본통칙 법인세법기본통칙 법인세법기본통칙 법인세법기본통칙 국심2005부4085, 서면2팀-867, 법인세법기본통칙 법인세법기본통칙 법인세법기본통칙 법인 , 법인세과-24, 산학협력단세제개선방안연구보고서

39 서면2팀-341, 서면2팀-1370, 서면2팀-786, 재법인 , 서면2팀-1347, 서면2팀-1115, 서이 , 재법인 , 서면2팀 법인 , 서이 , 서면2팀-592, 법인 , 토지등양도소득에대한법인세 법인세법제 55 조의 2 법인세법시행령제 92 조의 11 Ⅰ. 산학협력단의법인세법상지위 1. 법인세법상비영리법인의개념 법인세법상비영리내국법인의정의는아래와같음. 관련법령 법인세법제1조 정의 이법에서사용하는용어의뜻은다음과같다. 2. " 비영리내국법인 " 이란내국법인중다음각목의어느하나에해당하는법인을말한다. 가. 민법 제32 조에따라설립된법인나. 사립학교법 이나그밖의특별법에따라설립된법인으로서 민법 제32조에규정된목적과유사한목적을가진법인 ( 대통령령으로정하는조합법인등이아닌법인으로서그주주 ( 株主 ) 사원또는출자자 ( 出資者 ) 에게이익을배당할수있는법인은제외한다 ) 다. 국세기본법 제13 조제4항에따른법인으로보는단체 ( 이하 " 법인으로보는단체 " 라한다 ) 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 23

40 상기법인세법상비영리내국법인에해당하면법인세법제 29 조에의거고유목적사업 준비금을손금으로계상할수있음. 관련법령 법인세법제29조 고유목적사업준비금의손금산입 1 비영리내국법인 ( 법인으로보는단체의경우에는대통령령으로정하는단체만해당한다 ) 이각사업연도에그법인의고유목적사업이나지정기부금 ( 이하이조에서 " 고유목적사업등 " 이라한다 ) 에지출하기위하여고유목적사업준비금을손금으로계상한경우에는다음각호의금액을합한금액의범위에서그사업연도의소득금액을계산할때이를손금에산입한다. 1. 소득세법 제16조제1항각호 ( 같은항제11 호에따른비영업대금의이익은제외한다 ) 에따른이자소득의금액 2. 소득세법 제17조제1항각호에따른배당소득의금액. 다만, 상속세및증여세법 제16조또는같은법제48조에따라상속세과세가액또는증여세과세가액에산입되거나증여세가부과되는주식등으로부터발생한배당소득금액은제외한다. 3. 특별법에따라설립된비영리내국법인이해당법률에따른복지사업으로서그회원이나조합원에게대출한융자금에서발생한이자금액 4. 제1호부터제3호까지에규정된것외의수익사업에서발생한소득에 100분의 50( 공익법인의설립 운영에관한법률 에따라설립된법인으로서고유목적사업등에대한지출액중 100분의 50 이상의금액을장학금으로지출하는법인의경우에는 100분의 80) 을곱하여산출한금액 2. 법인세법상산학협력단의지위와관련된규정 비영리내국법인의정의를규정한법인세법제1조와비영리내국법인의고유목적사업준비금설정을규정한동법제29조에서산학협력단을직접적으로언급하고있지않지만고유목적사업준비금의손금산입특례를규정한조세특례제한법제74조에서는특례대상법인의하나로산촉법에따른산학협력단을열거하고있음. 관련법령 조세특례제한법제74조 고유목적사업준비금의손금산입특례 1 다음각호의어느하나에해당하는법인에대해서는 2012 년 12월 31일이전에끝나는사업연도까지 법인세법 제29 조를적용하는경우같은조제1항제 4호에도불구하고해당법인의수익사업 ( 이항제4호및제5호의경우에는해당사업과해당사업시설에서그시설을이용하는자를대상으로하는수익사업만해당한다 ) 에서발생한소득을고유목적사업준비금으로손금에산입할수있다. 24 산학협력단세제개선방안연구보고서

41 1. 다음각목의어느하나에해당하는법인 가. 사립학교법 에따른학교법인 나. 산업교육진흥및산학연협력촉진에관한법률 에따른산학협력단 상기조문들을종합해보면, 법인세법제1조제2호나목에서 사립학교법 이나그밖의특별법에따라설립된법인으로 민법 제32조에규정된목적과유사한목적을가진법인을 비영리내국법인 의하나로규정하고있음. 민법 제32조는학술, 종교, 자선, 기예, 사교기타영리아닌사업을목적으로하는사단또는재단의법인설립허가와관련된조문임. 산학협력단의설립목적은 산업교육을진흥하고산학연협력 ( 産學硏協力 ) 을촉진하여교육과연구의연계를기반으로산업사회의요구에따르는창의적인산업인력을양성하며, 효율적인연구개발체제를구축하고, 나아가산업발전에필요한새로운지식 기술을개발 보급 확산 사업화함으로써지역사회와국가의발전에이바지 하는데있으며 ( 산촉법제1조 ), 산학협력단이해산하는경우잔여재산은당해학교의설립 경영자에게귀속되고, 이경우학교법인에귀속하는잔여재산은사립학교법제29조제2항에따른교비회계에편입한다고규정하고있음. 따라서산학협력단은영리법인과달리지분에의하여이익의배당또는잉여금을분배하지아니하는법인으로법인세법상비영리법인에해당함. 이러한점을반영하여조세특례제한법제74조에서고유목적사업준비금설정특례법인의하나로산학협력단을열거하고있으며, 법인세법제24조에서산학협력단의시설비 교육비 장학금또는연구비로지출하는금액은법정기부금으로서사립학교법에따른사립학교와동일한특혜를주고있음. 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 25

42 관련법령 법인세법제24조 기부금의손금불산입 2 제1항과제29조는다음각호의기부금 ( 이하 " 법정기부금 " 이라한다 ) 에대하여는적용하지아니한다. 다만, 법정기부금을합한금액이해당사업연도의소득금액에서제13조제1호의결손금을뺀후의금액에 100분의 50을곱하여산출한금액 ( 이하이조에서 " 법정기부금의손금산입한도액 " 이라한다 ) 을초과하는경우그초과하는금액은그사업연도의소득금액을계산할때손금에산입하지아니한다. 1. 국가나지방자치단체에무상으로기증하는금품의가액. 다만, 기부금품의모집및사용에관한법률 의적용을받는기부금품은같은법제5조제2항에따라접수하는것만해당한다. 2. 국방헌금과국군장병위문금품의가액 3. 천재지변으로생기는이재민을위한구호금품의가액 4. 다음각목의기관 ( 병원은제외한다 ) 에시설비 교육비 장학금또는연구비로지출하는기부금가. 사립학교법 에따른사립학교나. 비영리교육재단 ( 국립 공립 사립학교의시설비, 교육비, 장학금또는연구비지급을목적으로설립된비영리재단법인으로한정한다 ) 다. 근로자직업능력개발법 에따른기능대학라. 평생교육법 에따른원격대학형태의평생교육시설마. 경제자유구역및제주국제자유도시의외국교육기관설립 운영에관한특별법 에따라설립된외국교육기관바. 산업교육진흥및산학연협력촉진에관한법률 에따른산학협력단 Ⅱ. 법인세신고및납부 1. 산학협력단과세소득의범위 산학협력단은다음각호의소득에대해법인세납부의무가있음 ( 법인세법제 3 조 ). 가. 각사업연도의소득 나. 제 55 조의 2 및제 95 조의 2 에따른토지등양도소득 산학협력단의각사업연도의소득은다음각호의사업또는수익 ( 이하 수익사업 ) 에 서생기는소득으로함 ( 법인세법제 3 조제 3 항및동법시행령제 2 조 ). 26 산학협력단세제개선방안연구보고서

43 1. 제조업, 건설업, 도매업 소매업, 소비자용품수리업, 부동산 임대및사업서비스업등통계청장이고시하는한국표준산업분류 ( 이하 " 한국표준산업분류 " 라한다 ) 에의한각사업중수익이발생하는것을말한다. 다만, 다음의사업을제외한다. 사업서비스업중연구및개발업 ( 계약등에의하여그대가를받고연구및개발용역을제공하는사업을제외한다 ) 교육서비스업중 유아교육법 에따른유치원 초 중등교육법 및 고등교육법 에의한학교와 평생교육법 제31 조제4항에따른전공대학형태의평생교육시설및같은법제33조제 3항에따른원격대학형태의평생교육시설을경영하는사업 2. 소득세법 제16조제1항에따른이자소득 3. 소득세법 제17조제1항에따른배당소득 4. 주식 신주인수권 ( 新株引受權 ) 또는출자지분 ( 出資持分 ) 의양도로인하여생기는수입 5. 고정자산의처분으로인하여생기는수입 고정자산의처분일현재 3년이상계속하여법령또는정관에규정된고유목적사업 ( 제1호에따른수익사업은제외한다 ) 에직접사용한것은제외. 이경우해당고정자산의유지 관리등을위한관람료 입장료수입등부수수익이있는경우에도이를고유목적사업에직접사용한고정자산으로본다. 6. 소득세법 제94조제1항제2호및제4호에따른자산의양도로인하여생기는수입 부동산을취득할수있는권리 ( 건물이완성되는때에그건물과이에딸린토지를취득할수있는권리를포함한다 ) 지상권 전세권과등기된부동산임차권 사업용고정자산과함께양도하는영업권 이용권 회원권, 그밖에그명칭과관계없이시설물을배타적으로이용하거나일반이용자보다유리한조건으로이용할수있도록약정한단체의구성원이된자에게부여되는시설물이용권 ( 법인의주식등을소유하는것만으로시설물을배타적으로이용하거나일반이용자보다유리한조건으로시설물이용권을부여받게되는경우그주식등을포함한다 ) 7. 소득세법 제46조제1항에따른채권등 ( 그이자소득에대하여법인세가비과세되는것은제외한다 ) 을매도함에따른매매익 ( 채권등의매각익에서채권등의매각손을차감한금액을말한다 ) 산학협력단이수행하는국가연구개발사업의수익사업여부 ( 법인세과-787, ) 산촉법제25조에따라설립된산학협력단이 국가연구개발사업의관리등에관한규정 에따른국가연구개발사업과관련하여정부또는연구관리전문기관과협약을체결하고그연구개발사업의소요경비를용역제공에대한대가관계없이출연금형태로지급받는경우당해출연금은 법인세법 제3조제3항의수익사업에서생기는소득에해당하지아니하는것이며, 해당출연금에대하여는같은법제121조의규정에따른계산서작성 교부의무가없는것임. 이경우, 출연금의대가관계여부는협약내용에따라연구개발에대한대가로결과물의소유 권을출연금제공자가취득하는지여부등을고려하여사실판단할사항임. 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 27

44 관련유권해석 법인세법기본통칙 수익사업과비수익사업의구분 비영리내국법인의수익사업과비수익사업은해당사업또는수입의성질을기준으로구분한다. 수익사업에속하는것과비수익사업에속하는것을예시하면다음과같다. 1. 수익사업에속하는것가. 학교법인의임야에서발생한수입과임업수입나. 학교부설연구소의원가계산등의용역수입다. 학교에서전문의를고용하여운영하는의료수입라. 주무관청에등록된종교단체등의임대수입. 다만, 영제2조제1항제7호에해당되는경우는제외한다. 마. 전답을대여또는이용하게함으로써생긴소득바. 정기간행물발간사업. 다만, 특별히정해진법률상의자격을가진자를회원으로하는법인이그대부분을소속회원에게배포하기위하여주로회원의소식, 기타이에준하는내용을기사로하는회보또는회원명부 ( 이하 회보등 이라한다 ) 발간사업과학술, 종교의보급, 자선, 기타공익을목적으로하는법인이그고유목적을달성하기위하여회보등을발간하고이를회원또는불특정다수인에게무상으로배포하는것으로서통상상품으로판매되지아니하는것은제외한다. 사. 광고수입아. 회원에게실비제공하는구내식당운영수입자. 급수시설에의한용역대가로받는수입차. 운동경기의중계료, 입장료카. 회원에게대부한융자금의이자수입타. 유가증권대여로인한수수료수입파. 조합공판장판매수수료수입하. 교육훈련에따른수수료수입 2. 비수익사업에속하는것가. 징발보상금나. 일시적인저작권의사용료로받은인세수입다. 회원으로부터받는회비또는추천수수료 ( 간행물등의대가가포함된경우에는그대가상당액을제외한다 ) 라. 외국원조수입또는구호기금수입마. 업무와직접관계없이타인으로부터무상으로받은자산의가액 법인세법기본통칙 교육서비스업의범위 영제 2 조제 1 항제 3 호에서 유아교육법 에따른유치원 초 중등교육법 및 고등교육법 에의한학교와 평생교육법 에의한원격대학형태의평생교육시설을경영하는사업 이란같은법에의한교육과정에 28 산학협력단세제개선방안연구보고서

45 따라실시하는교육서비스업을말하는것으로 평생교육법 에의한학교부설평생교육기관인전산정보교 육원등의운영과관련된교육서비스업은이에해당되지아니한다. 법인세과-1378, 비영리내국법인의고정자산처분으로인하여생기는수입은 법인세법 제3조제3항제5호에의하여수익사업에해당되어법인세과세대상이나, 해당고정자산이처분일현재 3년이상계속하여법령또는정관에규정된고유목적사업 ( 수익사업은제외 ) 에직접사용한경우에는법인세과세대상이되지않는것으로이경우, 고정자산처분일현재 3년이상계속고유목적사업에직접사용여부는당해법인의사용기간을기준으로판단하는것임. 재법인-635, 과학기술기본법에따른국가연구개발사업을위하여국가와지방자치단체로부터받는출연금은법인세법제3조제2항에따른수익사업의소득이아니며, 정부출연연구기관및 OO( 주 ) 로부터받는출연금은같은법시행령제2조제1항제2호에따른수익사업의소득에해당함. 재법인-667, 비영리법인이연구및개발업을수행하면서용역대가없이지원받은정부출연금은수익사업에해당되지않으며, 동출연금으로취득한기계장치를수익사업에전입하고자본의원입으로경리한경우에는당해기계장치의감가상각비를손금에산입하는것임. 서면 2 팀 -862, , 재법인 -30, 비영리법인이부동산을고유목적사업에사용한기간은당해법인의취득일로부터기산하는것이며, 증여 로인한취득일경우소유권이전등기일이취득일임. 재법인 , 비영리내국법인이 3 년이상계속하여고유목적사업에직접사용하지않은토지의처분시, 정당한사유여 부에불구하고법인세과세대상이며, 소득금액의 50% 까지고유목적사업준비금계상가능함. 서이 , 특별법에의하여설립된비영리공익법인이법인세법시행령제2조의규정에의한수익사업과관련한재화또는용역의공급없이 보조금의예산및관리에관한법률 에의한국고보조금 ( 부동산을취득하여국가에기부채납하고동부동산에대한무상사용수익권을취득하는조건 ) 을수령하는경우동국고보조금은수익사업또는수익사업에서생긴소득에해당하지아니하는것임. 서이 , 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 29

46 사립대학을운영하는학교법인이청소년기본법제 26 조에규정된청소년수련시설을설치운영하고그이 용자로부터수련비용등을받는사업은법인세법시행령제 2 조에규정된수익사업에해당하는것임. 법인 , 비영리재단법인이간행물등을발간하여이를필요로하는단체또는개인에게판매하고받는대가상당액은법인세법제3조제2항의규정에의한수익사업또는수입에서발생한소득에해당하는것으로법인세의납세의무가있는것임. 법인 , 비영리내국법인이수익사업으로보지아니하는회보등을발간함에있어서동회보에광고를게재함으로써생기는광고수입은수익사업의수입금액으로보는것이며, 그회보발간비는광고수입에대응하는손금으로하고광고수입을초과하는회보발간비는비영리사업에속하는것으로하는것임. 이경우 " 수익사업으로보지아니하는회보 " 라함은학술, 종교의보급, 자선, 기타공익을목적으로하는법인이그고유목적을달성하기위하여회보등을발간하고이를회원또는불특정다수인에게무상으로배포하는것으로서통상상품으로판매되지아니하는것을말함. 서면2팀-713, 비영리법인이수익사업에사용하는건물의부수토지지하부분이지하철건설공사구간에편입됨으로인하여지방자치단체로부터당해토지지하에대한구분지상권설정에따라지급받는보상금은 법인세법 제3조제2항의규정에의한수익사업에해당됨. 2. 수익사업과고유목적사업의구분경리 산학협력단이수익사업을하는경우에는자산 부채및손익을그수익사업에속하는것과수익사업이아닌그밖의사업에속하는것을각각다른회계로구분하여기록하여야함 ( 법인세법제113조 ). 관련법령 법인세법시행규칙제 76 조 비영리법인의구분경리 1 비영리법인이법제 113 조제 1 항의규정에의하여구분경리하는경우수익사업과기타의사업에공통되 30 산학협력단세제개선방안연구보고서

47 는자산과부채는이를수익사업에속하는것으로한다. 2 비영리법인이구분경리를하는경우에는수익사업의자산의합계액에서부채 ( 충당금을포함한다 ) 의합계액을공제한금액을수익사업의자본금으로한다. 3 비영리법인이기타의사업에속하는자산을수익사업에지출또는전입한경우그자산가액은자본의원입으로경리한다. 이경우자산가액은시가에의한다. 4 비영리법인이수익사업에속하는자산을기타의사업에지출한경우그자산가액중수익사업의소득금액 ( 잉여금을포함한다 ) 을초과하는금액은자본원입액의반환으로한다. 이경우 조세특례제한법 제74조제1항제1호의규정을적용받는법인이수익사업회계에속하는자산을비영리사업회계에전입한경우에는이를비영리사업에지출한것으로한다. 5 비영리법인의경우법제112조의규정에의한장부의기장은제1항내지제4항의규정에의한다. 6 비영리법인이법제113조제1항의규정에의하여수익사업과기타의사업의손익을구분경리하는경우공통되는익금과손금은다음각호의규정에의하여구분계산하여야한다. 다만, 공통익금또는손금의구분계산에있어서개별손금 ( 공통손금외의손금의합계액을말한다. 이하이조에서같다 ) 이없는경우나기타의사유로다음각호의규정을적용할수없거나적용하는것이불합리한경우에는공통익금의수입항목또는공통손금의비용항목에따라국세청장이정하는작업시간 사용시간 사용면적등의기준에의하여안분계산한다. 1. 수익사업과기타의사업의공통익금은수익사업과기타의사업의수입금액또는매출액에비례하여안분계산 2. 수익사업과기타의사업의업종이동일한경우의공통손금은수익사업과기타의사업의수입금액또는매출액에비례하여안분계산 3. 수익사업과기타의사업의업종이다른경우의공통손금은수익사업과기타의사업의개별손금액에비례하여안분계산 7 제6항의규정에의한공통되는익금은과세표준이되는것에한하며, 공통되는손금은익금에대응하는것에한한다. 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 31

48 가. 자산, 부채및자본의구분경리 < 표 11> 자산, 부채및자본의구분경리 구분 방법 공통자산및부채수익사업에속하는것으로함. 수익사업의자본금기타사업에속하는자산을수익사업에지출또는전입한경우 ( 수익사업자본증가 ) 수익사업에속하는자산을기타사업에지출한경우 ( 수익사업자본감소 ) 수익사업의자산합계액 부채 ( 충당금포함 ) 합계액그자산가액을자본의원입으로경리함. 이경우자산가액은시가에의하며시가가불분명한경우에는법인세법시행령제8조제2항의규정을준용하여평가한가액에의함. 수익사업에속하는자산을비영리사업에지출한때에는당해자산가액을다음에규정하는순서대로상계처리하여야함. 1. 고유목적사업준비금중법제29조의규정에의하여손금산입된금액 ( 같은조제2항후단의금액을포함한다 ) 2. 고유목적사업준비금중손금부인된금액 3. 법인세과세후의수익사업소득금액 ( 잉여금을포함한다 ) 4. 자본의원입액 나. 손익의구분경리 < 표 12> 손익의구분경리 구분 방법 공통익금공통손금개별손금이없거나기타의사유로안분계산방법을적용할수없거나불합리한경우 수익사업과기타의사업의수입금액또는매출액에비례하여안분계산수익사업과기타의사업의업종이동일한경우 : 수익사업과기타의사업의수입금액또는매출액에비례하여안분계산수익사업과기타의사업의업종이다른경우 : 수익사업과기타의사업의개별손금액에비례하여안분계산 업종의구분 : 업종의구분은한국표준산업분류에의한소분류에의하되, 소분류에해당업종이없는경우에는중분류에의함공통익금의수입항목또는공통손금의비용항목에따라국세청장이정하는작업시간 사용시간 사용면적등의기준에의하여안분계산 ( 현재국세청장이정하는기준은없음 ) 32 산학협력단세제개선방안연구보고서

49 관련유권해석 법인세법기본통칙 비영리내국법인의급여액등의구분계산 수익사업과비영리사업을겸영하는경우종업원에대한급여상당액 ( 복리후생비, 퇴직금및퇴직급여충당금전입액을포함한다 ) 은근로의제공내용을기준으로구분한다. 이경우근로의제공이주로수익사업에관련된것인때에는이를수익사업의비용으로하고근로의제공이주로비영리사업에관련된것인때에는이를비영리사업에속한비용으로한다. 법인세법기본통칙 비영리내국법인의자본원입시의시가 규칙제 76 조제 3 항에규정된시가가불분명한경우의시가는영제 89 조제 2 항의규정을준용하여평가한 가액에의한다. 법인세법기본통칙 비영리법인의잉여금의범위 1 규칙제76조제4항의규정에서 잉여금 이라함은이미법인세가과세된소득 ( 법및조세특례제한법에의하여비과세되거나익금불산입된금액을포함한다 ) 으로서수익사업부문에유보되어있는금액을말한다. 2 규칙제76 조제4항의규정을적용함에있어비영리법인이수익사업에속하는자산을비영리사업에지출한때에는당해자산가액을다음각호에규정하는금액과순차적으로상계처리하여야한다. 1. 고유목적사업준비금중법제29조의규정에의하여손금산입된금액 ( 같은조제2항후단의금액을포함한다 ) 2. 고유목적사업준비금중손금부인된금액 3. 법인세과세후의수익사업소득금액 ( 잉여금을포함한다 ) 4. 자본의원입액 법인세법기본통칙 수익사업과비영리사업의구분경리 수익사업과비영리사업의구분경리는수익과비용에관한경리뿐만아니라자산과부채에관한경리를포 함하는것으로한다. 법인세법기본통칙 수개의업종을겸영하고있는법인의공통손익안분계산 수개의업종을겸영하고있는법인의공통손익은먼저업종별로안분계산하고다음에동일업종내의공통 손익을안분계산한다. 국심 2005 부 4085, 비영리법인의지출액중개별손금으로볼수있는금액이일부포함되어있으나구체적인금액을확인하 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 33

50 기어려우므로총지출액을전액공통손금으로보아수입금액에비례하여안분하는것이타당함. 서면 2 팀 -867, 수익사업과기타의사업에공통으로사용되는자산의처분으로인하여생기는손익은수익사업의개별손 익으로하는것임. 3. 고유목적사업준비금손금산입 산학협력단이그법인의고유목적사업또는지정기부금을지출하기위하여고유목적사업준비금을손금으로계상한경우에는일정한범위안에서소득금액계산상손금에산입할수있음 ( 법인세법제29조 ). 관련법령 법인세법제29조 고유목적사업준비금의손금산입 1 비영리내국법인 ( 법인으로보는단체의경우에는대통령령으로정하는단체만해당한다 ) 이각사업연도에그법인의고유목적사업이나지정기부금 ( 이하이조에서 " 고유목적사업등 " 이라한다 ) 에지출하기위하여고유목적사업준비금을손금으로계상한경우에는다음각호의금액을합한금액의범위에서그사업연도의소득금액을계산할때이를손금에산입한다. 1. 소득세법 제16조제1항각호 ( 같은항제11 호에따른비영업대금의이익은제외한다 ) 에따른이자소득의금액 2. 소득세법 제17조제1항각호에따른배당소득의금액. 다만, 상속세및증여세법 제16조또는같은법제48조에따라상속세과세가액또는증여세과세가액에산입되거나증여세가부과되는주식등으로부터발생한배당소득금액은제외한다. 3. 특별법에따라설립된비영리내국법인이해당법률에따른복지사업으로서그회원이나조합원에게대출한융자금에서발생한이자금액 4. 제1호부터제3호까지에규정된것외의수익사업에서발생한소득에 100분의 50( 공익법인의설립 운영에관한법률 에따라설립된법인으로서고유목적사업등에대한지출액중 100 분의 50 이상의금액을장학금으로지출하는법인의경우에는 100분의 80) 을곱하여산출한금액 2 비영리내국법인이제1항에따라손금으로계상한고유목적사업준비금을고유목적사업등에지출하는경우에는그금액을먼저계상한사업연도의고유목적사업준비금부터차례로상계 ( 相計 ) 하여야한다. 이경우직전사업연도종료일현재의고유목적사업준비금의잔액을초과하여해당사업연도의고유목적사업등에지출한금액이있는경우그금액은그사업연도에계상할고유목적사업준비금에서지출한 34 산학협력단세제개선방안연구보고서

51 것으로보아제1항을적용한다. 3 제1항에따라고유목적사업준비금을손금에산입한법인이사업에관한모든권리와의무를다른비영리내국법인에게포괄적으로양도하고해산하는경우에는해산등기일현재의고유목적사업준비금잔액은그다른비영리내국법인이승계할수있다. 4 제1항에따라손금에산입한고유목적사업준비금의잔액이있는비영리내국법인이다음각호의어느하나에해당하게된경우그잔액은해당사유가발생한날이속하는사업연도의소득금액을계산할때익금에산입한다. 1. 해산한경우 ( 제3항에따라고유목적사업준비금을승계한경우는제외한다 ) 2. 고유목적사업을전부폐지한경우 3. 법인으로보는단체가 국세기본법 제13조제3항에따라승인취소되거나거주자로변경된경우 4. 고유목적사업준비금을손금으로계상한사업연도의종료일이후 5년이되는날까지고유목적사업등에사용하지아니한경우 (5년내에사용하지아니한잔액으로한정한다 ) 5 제4항제4호에따라고유목적사업준비금의잔액을익금에산입하는경우에는대통령령으로정하는바에따라계산한이자상당액을해당사업연도의법인세에가산하여납부하여야한다. 6 제1항은이법이나다른법률에따라감면등을적용받는경우로서대통령령으로정하는경우에는적용하지아니한다. 7 제1항을적용받으려는비영리내국법인은대통령령으로정하는바에따라해당준비금의계상및지출에관한명세서를비치 보관하고이를납세지관할세무서장에게제출하여야한다. 8 제1항및제3항에따른고유목적사업의범위및승계, 수익사업에서발생한소득의계산등에관하여필요한사항은대통령령으로정한다. 가. 고유목적사업준비금설정대상소득 < 표 13> 고유목적사업준비금설정대상소득 구분이자소득 ( 비영업대금의이익제외 ) 배당소득특별법에따라설립된비영리내국법인이해당법률에따른복지사업으로서그회원이나조합원에게대출한융자금에서발생한이자금액상기에규정된것외의수익사업에서발생한소득 ( 기타의수익사업소득금액 ) 방법고유목적사업준비금 100% 설정고유목적사업준비금 100% 설정고유목적사업준비금 100% 설정고유목적사업준비금 50(60,80,100)% 설정 산학협력단의경우, 조세특례제한법제74 조에의거 2012년 12월 31일이전에끝나는사업연도까지 100% 설정 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 35

52 기타의수익사업소득금액산출방법 ( 음수일경우, 0 으로함 ) 당해사업연도의수익사업에서발생한소득금액 ( 고유목적사업준비금, 법정기부금및특례기부금을손금에산입하기전의소득금액 )* (-) 소득세법상이자소득 ( 비영리대금의이익제외 ) (-) 소득세법상배당소득금액 (-) 특별법인의융자금이자금액 (-) 이월결손금 (-) 법정기부금, 특례기부금 * 고유목적사업준비금중손금부인된금액및 5년내미사용하여익금에산입한금액이포함되어있는경우에는손금부인된금액과 5년내미사용하여익금에산입한금액을더하거나빼고소득금액산정 나. 고유목적사업준비금의세무조정 ( 원칙 : 결산조정, 외감법인은신고조정가능 ) 비영리법인이고유목적사업준비금을손금에산입하기위해서는법인의장부에손금으로계상하는것이원칙이지만, 외부감사를받는비영리법인의경우기업회계기준상고유목적사업준비금의설정이인정되지아니하므로예외적으로잉여금처분에의한신고조정으로손금산입할수있음. 산학협력단의경우산학협력단회계처리규칙에서결산조정이나신고조정을모두인 정하고있으므로선택하여적용할수있음. 관련법령 법인세법제 61 조 준비금의손금계상특례 1 내국법인이 조세특례제한법 에따른준비금을세무조정계산서에계상하거나 주식회사의외부감사에관한법률 제 3 조에따른감사인의회계감사를받는비영리내국법인이제 29 조에따른고유목적사업준비금을세무조정계산서에계상한경우로서그금액에상당하는금액이해당사업연도의이익처분에있어서그준비금의적립금으로적립되어있는경우그금액은손금으로계상한것으로본다. 2 제 1 항에따른준비금의손금계상및그금액의처리에필요한사항은대통령령으로정한다. 법인세법시행령제 98 조 준비금등에대한손금계상의특례 1 법제 61 조제 1 항의규정에의하여손금에산입한준비금은당해준비금을익금에산입할때그적립금을처분하여야한다. 이경우당해준비금을익금에산입하기전에그적립금을처분한경우에는동항의규정에의하여손금으로계상한것으로보지아니한다. 2 내국법인이이영또는 조세특례제한법시행령 에의한일시상각충당금또는압축기장충당금을제 산학협력단세제개선방안연구보고서

53 조제 3 항의규정에의한세무조정계산서에계상하고이를법인세과세표준신고시손금에산입한경우그금액은손금으로계상한것으로본다. 이경우각자산별로당해자산의일시상각충당금또는압축기장충당금과감가상각비에관한명세서를세무조정계산서에첨부하여제출하여야한다. 경정청구에의한추가설정가능여부고유목적사업준비금은결산상손금에계상한경우에손금산입하는것으로결산시동준비금을손금용인한도액에미달하게계상한경우에는그후국세기본법제45조의 2의규정에의한경정청구에의해서과소계상한준비금상당액을손금에산입할수없는것임 ( 법인 , ' ). 고유목적사업준비금한도초과액의처리법인세법제29조제1항규정의범위액을초과하여손금으로계상한고유목적사업준비금으로서각사업연도의소득금액계산시손금불산입된금액은그이후의사업연도에있어서이를손금으로추인할수없다. 다만, 동금액을환입하여수익으로계상한경우에는이를이월익금으로보아익금에산입하지아니한다 ( 법통칙 ). 다. 고유목적사업준비금의사용순서산학협력단이계상한고유목적사업준비금은먼저계상한준비금부터사용한것으로보며, 직전사업연도종료일현재의고유목적사업준비금잔액을초과하여지출한금액은이를당해사업연도에계상할고유목적사업준비금에서지출한것으로봄. 관련법령 법인세법제29조 고유목적사업준비금의손금산입 2 비영리내국법인이제1항에따라손금으로계상한고유목적사업준비금을고유목적사업등에지출하는경우에는그금액을먼저계상한사업연도의고유목적사업준비금부터차례로상계 ( 相計 ) 하여야한다. 이경우직전사업연도종료일현재의고유목적사업준비금의잔액을초과하여해당사업연도의고유목적사업등에지출한금액이있는경우그금액은그사업연도에계상할고유목적사업준비금에서지출한것으로보아제1항을적용한다. 라. 고유목적사업준비금의사용범위산학협력단이손금으로계상한고유목적사업준비금은당해산학협력단의법령또는정관에규정된설립목적을직접수행하는사업에사용하여야하며, 단법인세법시행령제2조제1항에규정된수익사업에해당하는사업은제외함. 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 37

54 관련법령 법인세법시행령제56조 고유목적사업준비금의손금산입 5 법제29조제1항에서 " 고유목적사업 " 이라함은당해비영리내국법인의법령또는정관에규정된설립목적을직접수행하는사업으로서제2조제 1항의규정에해당하는수익사업외의사업을말한다. 6 법제29 조제1항부터제4항까지의규정을적용할때다음각호의금액은고유목적사업에지출또는사용한금액으로본다. 1. 비영리내국법인이당해고유목적사업의수행에직접소요되는고정자산취득비용 ( 제31조제 2항에따른자본적지출을포함한다 ) 및인건비등필요경비로사용하는금액 2. 특별법에의하여설립된법인 ( 당해법인에설치되어운영되는기금중 국세기본법 제13조의규정에의하여법인으로보는단체를포함한다 ) 으로서건강보험 연금관리 공제사업및제2조제1항제8호에서규정된사업을영위하는비영리내국법인이손금으로계상한고유목적사업준비금을법령에의하여기금또는준비금으로적립한금액 마. 고유목적사업준비금익금산입사유 고유목적사업준비금은법인세법제 29 조제 4 항에규정한사유가발생한경우그사유 가발생한사업연도에익금에산입하여야함. 한편, 비영리법인이계상한고유목적사업준비금은당비영리법인이그사업에관한 모든권리와의무를다른비영리내국법인에게포괄적으로양도하고해산하는경우그 다른비영리내국법인이승계할수있음. 관련법령 법인세법제29조 고유목적사업준비금의손금산입 3 제1항에따라고유목적사업준비금을손금에산입한법인이사업에관한모든권리와의무를다른비영리내국법인에게포괄적으로양도하고해산하는경우에는해산등기일현재의고유목적사업준비금잔액은그다른비영리내국법인이승계할수있다. 4 제1항에따라손금에산입한고유목적사업준비금의잔액이있는비영리내국법인이다음각호의어느하나에해당하게된경우그잔액은해당사유가발생한날이속하는사업연도의소득금액을계산할때익금에산입한다. 38 산학협력단세제개선방안연구보고서

55 1. 해산한경우 ( 제3항에따라고유목적사업준비금을승계한경우는제외한다 ) 2. 고유목적사업을전부폐지한경우 3. 법인으로보는단체가 국세기본법 제13조제3항에따라승인취소되거나거주자로변경된경우 4. 고유목적사업준비금을손금으로계상한사업연도의종료일이후 5년이되는날까지고유목적사업등에사용하지아니한경우 (5년내에사용하지아니한잔액으로한정한다 ) 5 제4항제4호에따라고유목적사업준비금의잔액을익금에산입하는경우에는대통령령으로정하는바에따라계산한이자상당액을해당사업연도의법인세에가산하여납부하여야한다. 이자상당가산액이추징되는경우 ( 법인세법제29조제5항 ) 고유목적사업준비금을손금에산입한비영리법인이 5년내에고유목적사업등에사용하지아니하거나, 5년이되기전에당해준비금을환입하는경우에는이자상당액을당해사업연도의법인세에가산하여납부하여야함. ( 법인세법제29조제4항및동법기본통칙 에해당하는경우에만이자상당가산액추징 ) 관련유권해석 법인세법기본통칙 고유목적사업준비금의임의환입 1 법제29 조의규정에의한고유목적사업준비금을손금에산입한비영리내국법인이동조제3항제4호의기한이경과되기전에당해준비금을환입계상한경우에는이를환입한사업연도의익금으로본다. 2 제1항에서익금으로보는고유목적사업준비금환입액에대하여는법제29조제4항의규정을적용한다. 이자상당가산액의계산방법 ( 법인세법시행령제56조제7항 ) < 이자상당가산액 = 제1호 제2호 > - 제1호 : 당해고유목적사업준비금의잔액을손금에산입한사업연도에그잔액을손금에산입함에따라발생한법인세액의차액 - 제2호 : 손금에산입한사업연도의다음사업연도의개시일부터익금에산입한사업연도의종료일까지의기간에대하여 1일 1만분의 3의율 관련법령 법인세법시행령제 56 조 고유목적사업준비금의손금산입 7 법제 29 조제 5 항에서 " 대통령령으로정하는바에따라계산한이자상당액 " 이란제 1 호의금액에제 2 호의 율을곱하여계산한금액을말한다. 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 39

56 1. 당해고유목적사업준비금의잔액을손금에산입한사업연도에그잔액을손금에산입함에따라발생한법인세액의차액 2. 손금에산입한사업연도의다음사업연도의개시일부터익금에산입한사업연도의종료일까지의기간에대하여 1일 1만분의 3의율 관련유권해석 법인세법기본통칙 고유목적사업준비금의잔액을초과하여지출하는금액의처리 비영리내국법인이당해법인의고유목적사업이나지정기부금으로지출하는금액은법제29조제1항의규정에의하여계상한고유목적사업준비금과상계하여야한다. 이경우직전사업연도종료일현재의고유목적사업준비금의잔액을초과하여지출한금액은당해사업연도에계상할고유목적사업준비금에서지출한것으로보는것이므로, 당해사업연도의고유목적사업준비금의손금산입범위를초과하여지출하는금액은손금에산입하지아니한다. 법인세과-24, 사립학교법에의하여설립된학교법인이사학기관재무회계규칙에대한특례규칙제26 조에따라연구적립금등을적립하고그적립금에서발생된이자수익등을비영리사업회계인기금회계로전입한경우에는이를고유목적사업에사용한것으로보는것임. 서면2팀-341, , 서면2팀-1370, 등사립학교법에의한학교법인이수익사업회계에속하는자산을비영리사업회계에전출한경우에는이를비영리사업에지출한것으로보아법인세법제29조제2항의규정을적용하는것임. 다만, 당해전출의행위가명목뿐인경우로서당해재산을계속하여수익사업에사용하거나, 동자산이전출후에도수익사업과비영리사업에공통되는경우에는그전출이없는것으로보는것임. 서면 2 팀 -786, 의료업을영위하는비영리내국법인의범위에는사립학교법에의해설립된학교법인이운영하는대학병원 이포함됨. 재법인 , , 서면2팀-1347, 장학사업을고유목적으로하는비영리내국법인이수익사업에사용하던임대용부동산의처분으로인하여발생한수입을법법 291 의규정에의하여고유목적사업준비금을손금으로계상한후이를다시고유목적사업의기본재산 ( 수익용 ) 으로편입한경우에는이를고유목적사업에사용한것으로볼수없음. 40 산학협력단세제개선방안연구보고서

57 서면 2 팀 -1115, 비영리내국법인이고유목적사업에직접사용하기위해사무실을임차하고지급한임차보증금은고유목적 사업에지출또는사용한금액에해당함. 서이 , 비영리법인이수행하는사업이당해비영리법인의법령또는정관에규정된고유목적사업이라하더라도법인세법시행령제2조제1항에규정된수익사업에해당하는경우에는고정자산의취득등동수익사업을위하여지출하는금액 ( 의료법인의의료기기취득은제외 ) 은고유목적사업에사용한것으로보지않음. 재법인 , 비영리내국법인이조세특례제한법제 73 조제 1 항각호에해당하는기부금을지출하는경우법인세법제 29 조의규정에의한고유목적사업준비금과별도로손금에산입할수있는것임. 서면2팀 고유목적사업준비금을손금산입한비영리내국법인이특례기부금을지출하는경우각각의손금산입한도액은각사업연도소득금액계산순서에따라준비금한도액을먼저계산한후기부금한도액을계산하는것임. 법인 , , 서이 , 비영리내국법인이고유목적사업준비금을손금으로계상하지아니하고수익사업에서생긴소득을당해법인 의고유목적사업등에직접지출한경우에그금액은고유목적사업준비금을계상하여지출한것으로본다. 서면 2 팀 -592, 준비금을손금에산입한과세연도에동준비금을손금에산입하지아니한것으로하여계산한법인세액에 서준비금을손금에산입하여계산한법인세액을차감하여계산한금액을말하는것임. 법인 , 비영리내국법인이당해법인의수익사업회계에속하는차입금을상환하는금액은이를고유목적사업에 지출또는사용한것으로보니아니함. 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 41

58 4. 토지등양도소득에대한법인세 산학협력단이토지등을양도하는경우각사업연도소득에대한법인세를신고 납부하여야함은물론, 일정조건에해당하는경우이와별도로토지등양도소득에대한법인세를추가로납부하여야함. - 사립학교법에의한사립학교의경우에는출연받은토지를비사업용토지로보지않는다는규정이있으나, 산학협력단의경우에는예외규정없음. 관련법령 법인세법제55조의2 토지등양도소득에대한과세특례 1 내국법인이다음각호의어느하나에해당하는토지및건물 ( 건물에부속된시설물과구축물을포함하며, 이하이조및제95조의2에서 " 토지등 " 이라한다 ) 을양도한경우에는해당각호에따라계산한세액을토지등양도소득에대한법인세로하여제13조에따른과세표준에제55 조에따른세율을적용하여계산한법인세액에추가하여납부하여야한다. 이경우하나의자산이다음각호의규정중둘이상에해당할때에는그중가장높은세액을적용한다. 1. 다음각목의어느하나에해당하는부동산을 2012 년 12월 31일까지양도한경우에는그양도소득에 100분의 10을곱하여산출한세액가. 소득세법 제104조의2제 2항에따른지정지역에있는부동산으로서제2호에따른주택 ( 이에부수되는토지를포함한다. 이하이항에서같다 ) 나. 소득세법 제104조의2제 2항에따른지정지역에있는부동산으로서제3호에따른비사업용토지다. 그밖에부동산가격이급등하거나급등할우려가있어부동산가격의안정을위하여필요한경우에대통령령으로정하는부동산 2. 대통령령으로정하는주택 ( 이에부수되는토지를포함한다 ) 을양도한경우에는토지등의양도소득에 100분의 30( 미등기토지등의양도소득에대하여는 100분의 40) 을곱하여산출한세액 3. 비사업용토지를양도한경우에는토지등의양도소득에 100분의 30( 미등기토지등의양도소득에대하여는 100분의 40) 을곱하여산출한세액 3 제1항제3호를적용할때토지를취득한후법령에따라사용이금지되거나그밖에대통령령으로정하는부득이한사유가있어비사업용토지에해당하는경우에는대통령령으로정하는바에따라비사업용토지로보지아니할수있다. 6 토지등양도소득은토지등의양도금액에서양도당시의장부가액을뺀금액으로한다. 7 제1항부터제6항까지의규정을적용할때농지 임야 목장용지의범위, 주된사업의판정기준, 해당사업연도에토지등의양도에따른손실이있는경우등의양도소득계산방법, 토지등의양도에따른손익의귀속사업연도등에관하여필요한사항은대통령령으로정한다. 42 산학협력단세제개선방안연구보고서

59 8 토지등을 2012 년 12 월 31 일까지양도함으로써발생하는소득에대하여는제 1 항제 2 호및제 3 호를적용 하지아니한다. 비사업용토지로보지아니할수있는경우 ( 법인세법시행령제92조의11) 1. 토지를취득한날부터 3년이내에법인의합병또는분할로인하여양도되는토지 2. 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 및그밖의법률에따라협의매수또는수용되는토지로서사업인정고시일이 2006년 12월 31일이전인토지또는취득일이사업인정고시일부터 5년이전인토지 3. 법제55조의2제2항제1호나목에해당하는농지로서종중이소유한농지 (2005년 12월 31 일이전에취득한것에한한다 ) 4. 사립학교법 에따른학교법인이기부 ( 출연을포함한다 ) 받은토지 5. 그밖에공익, 기업의구조조정또는불가피한사유로인한법령상제한, 토지의현황 취득사유또는이용상황등을감안하여기획재정부령으로정하는부득이한사유에해당되는토지 토지등을 2012년 12월 31일까지양도함으로써발생하는소득에대하여는법인세법제55조의2 제1항제2호및제3호를적용하지아니함. 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 43

60 제 3 장산학협력단부가가치세일반 < 표 14> 산학협력단부가가치세요약 소주제관련법령관련유권해석 과세대상납세의무자 / 사업자등록면세 / 면세의포기 부가가치세법제1조부가가치세법시행령제1조, 제2조, 제3조부가가치세법제2조부가가치세법제5조부가가치세법시행령제7조부가가치세법제12조부가가치세법제11조부가가치세법시행령제34조부가가치세법시행령제35조부가가치세법시행령제37조 부가가치세과-370, 부가가치세법기본통칙 서면3팀-1748, 서면인터넷방문상담3팀-494, 서면인터넷방문상담3팀-1092, 서면인터넷방문상담3팀-1838, 법인세과-701, 서면인터넷방문상담3팀-2600, 대법원 선고2002두5146 판결심사부가 , 부가 , 매입세액불공제부가가치세법제 17 조서면 3 팀 -1748, 면세대상재화 용역의공급 부가가치세법시행령제30조부가가치세법시행령제37조부가가치세법제12조제1항제19호부가가치세법제39조 부가가치세과-82, 대법원 선고 2007두23255 판결서면인터넷방문상담3팀-1000, 서면인터넷방문상담3팀-1819, 서면인터넷방문상담3팀-1587, 서면인터넷방문상당3팀-759, 부가 , 부가가치세과-4622, 서면인터넷방문상담3팀-2965, 산학협력단세제개선방안연구보고서

61 면세대상재화의수입조세특례제한법상면세부수재화 용역의공급 부가가치세제12조제2항부가가치세법시행령제41조, 제42조조세특례제한법제106조부가가치세법제12조제3항 서면인터넷방문상담3팀-926, 서면인터넷방문상담3팀-3078, 서면인터넷방문상담3팀-1895, 제도 , 재소비 , 서면3팀-1067, 서면인터넷방문상담3팀-2413, 서면3팀-1440, 부가 , 서면인터넷방문상담3팀-957, 부가 , 서면인터넷방문상담3팀-780, 서면인터넷방문상담3팀-1744, 서면인터넷방문상담3팀-895, 서면인터넷방문상당3팀-1340, 부가 , Ⅰ. 과세대상 1. 과세대상의범위가. 재화또는용역의공급 재화 : 상품, 제품, 원료등의재고자산뿐만아니라기계, 건물과같은고정자산과기타모든유형적물건을포함한유체물과동력, 열과기타관리할수있는자연력및권리등으로서재산적가치가있는유체물이외에무체물을말하며단, 재산적가치가없는것은재화의범위에포함하지않음. 용역 : 재화외의재산가치가있는건설업, 숙박및음식점업, 운수업, 통신업, 금융 및보험업, 부동산업및임대업, 사업서비스업, 공공행정, 국방및사회보장행정, 교육 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 45

62 서비스업, 보건및사회복지사업, 오락 문화및운동관련서비스업, 기타공공, 수리및 개인서비스업, 보건및사회복지사업, 국제및외국기관의사업에해당하는모든역무 및그밖의행위를말함. 나. 부수재화및용역의범위주된거래인재화의공급에필수적으로부수 ( 附隨 ) 되는재화또는용역의공급은주된거래인재화의공급에포함되고, 주된거래인용역의공급에필수적으로부수되는재화또는용역의공급은주된거래인용역의공급에포함되는것임. 주된거래인재화또는용역의공급에포함되는것으로보는재화또는용역은다음에규정하는것으로함. 1. 당해대가가주된거래인재화또는용역의공급대가에통상적으로포함되어공급되는재화또는용역 2. 거래의관행으로보아통상적으로주된거래인재화또는용역의공급에부수하여공급되는것으로인정되는재화또는용역 3. 주된사업과관련하여우발적또는일시적으로공급되는재화또는용역 4. 주된사업과관련하여주된재화의생산에필수적으로부수하여생산되는재화 관련유권해석 부가가치세과-370, 혁신촉진법에의한 진흥원이그고유의사업목적을위하여사용하던건물을양도하는경우에는부가가치세법제1조제4항, 제12조제3항, 같은법시행령제3조 3호의규정에의하여부가가치세가면제되는것이나, 고유목적사업과과세사업에공통으로사용되는건물을양도하는경우에는부가가치세법시행령제48 조의 2 규정에따라과세표준을안분하여부가가치세가과세되는것임. 46 산학협력단세제개선방안연구보고서

63 Ⅱ. 납세의무자 1. 과세요건가. 영리목적유무 부가가치세법은간접세로서최종소비자에게그부담을지우는데목적이있으므로, 영리를목적으로하지아니하는사업자가제공하는과세대상재화또는용역의공급이라할지라도영리를목적으로하는다른사업자와동일하게부가가치세를납부하도록함으로써궁극적으로재화또는용역을공급받는최종소비자에게부가가치세를부담하도록하는데의의가있음. 나. 사업의범위사업의범위는부가가치세법에서는구체적으로언급되어있지않고있으나, 법인세법시행규칙제1조에서사업은그사업활동이각사업연도의전기간에걸쳐계속하여행하여지는사업외에상당기간에걸쳐계속적으로행하여지거나정기적또는부정기적으로상당횟수에걸쳐행하여지는사업을포함하는것으로정의하고있음. 관련법령 법인세법시행규칙제1조 수익사업의범위 법인세법시행령 ( 이하 영 이라한다 ) 제2조제1항본문의규정에의한사업은그사업활동이각사업연도의전기간에걸쳐계속하여행하여지는사업외에상당기간에걸쳐계속적으로행하여지거나정기적또는부정기적으로상당횟수에걸쳐행하여지는사업을포함하는것으로한다. 다. 독립적의의미사업과관련하여다른사업자에게종속또는고용되어있지아니하거나주된사업에부수되지아니하고대외적으로독립하여재화또는용역을공급하는것을말함. 사업상독립적으로재화또는용역을공급하는자 라함은부가가치를창출해낼수있는정도의사업형태를갖추고계속적이고반복적인의사로재화또는용역을공급하 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 47

64 는자를말하는것임 ( 대법원 누 6952 판결 ). 2. 사업자의범위납세의무자인사업자에는개인 국가 지방자치단체와지방자치단체조합을포함한모든법인과법인격없는사단 재단 기타단체를포함함. 그러나국가및지방자치단체와지방자치단체조합의경우에는당해법인이공급하는재화또는용역에대하여부가가치세법시행령제38조각호에서면세범위에서제외하는것이외의재화 용역의공급이모두면세에해당함. 관련법령 부가가치세법제 12 조 면세 1 다음각호의재화또는용역의공급에대하여는부가가치세를면제한다. 18. 국가, 지방자치단체또는지방자치단체조합이공급하는재화또는용역으로서대통령령으로정하는것 부가가치세법시행령제38조 국가 지방자치단체또는지방자치단체조합이공급하는재화또는용역에대한면세범위 법제12조제1항제18 호에서 대통령령으로정하는것 이란다음각호의재화또는용역을제외한것을말한다. 3. 부동산임대업, 도매및소매업, 음식점업 숙박업, 골프장 스키장운영업, 기타스포츠시설운영업. 다만, 다음각목의어느하나에해당하는경우는제외한다. 가. 국방부또는 국군조직법 에따른국군이 군인사법 제2조에따른군인, 군무원인사법 제2조에따른군무원그밖에이들의직계존비속등기획재정부령이정하는자에게제공하는재화또는용역나. 국가 지방자치단체또는지방자치단체조합이그소속직원의복리후생을위하여구내에서식당을직접경영하여공급하는음식용역 관련법령 부가가치세법기본통칙 납세의무 사업자가부가가치세가과세되는재화를공급하거나용역을제공하는경우에는해당사업자의사업자등록여부및공급시부가가치세의거래징수여부에불구하고해당재화의공급또는용역의제공에대하여부가가치세를신고 납부할의무가있음. 48 산학협력단세제개선방안연구보고서

65 서면3팀-1748, 산업교육진흥및산학협력촉진에관한법률제25조에의하여설립된산학협력단이영리목적유무에불구하고사업상독립적으로재화또는용역을공급하는경우에는부가가치세를거래징수하여납부할의무가있고, 면세여부는부가가치세법제12조및조세특례제한법제106조의규정에따라개별적으로판단할사항이며, 과세사업과관련된매입세액은부가가치세법제17조의규정에의거공제받을수있는것임. 서면인터넷방문상담3팀-494, 영리목적의유무에불구하고사업상독립적으로재화또는용역을공급하는자는부가가치세법제2조의규정에의하여부가가치세를납부할의무가있는것이며, 이경우에같은법제5조의규정에의하여사업자등록을하여야하는것이며, 또한이경우납세의무자로등록한사업자가재화또는용역을공급하는때에는부가가치세법제16조제1항의규정에의한세금계산서를당해재화또는용역을공급받는자에게교부하여야하는것임. 서면인터넷방문상담3팀-1092, 영리목적의유무에불구하고사업상독립적으로재화또는용역을공급하는자는부가가치세법제2조규정에의하여부가가치세를납부할의무가있는것이며, 이경우납세의무자에는개인 법인과법인격없는사단 재단 기타단체를포함하는것으로, 아파트의결기구인입주자대표회의에서아파트복리시설 ( 스포츠센타 ) 를설치하여이를입주민에게이용하게하고그이용자로부터회비명목의금전을받는경우에는당해입주자대표회의는부가가치세를납부할의무가있는것임. 서면인터넷방문상담3팀-1838, 협회등단체가용역을무상으로제공하거나재화의공급또는용역의제공에따른대가관계없이회원으로부터받는협회비 찬조비및특별회비등은부가가치세과세대상에해당하지아니하는것이나, 이에해당하는지여부는해당단체의회칙, 협회비의징수및지출내역등거래또는행위의실질내용을종합하여사실판단할사항임. 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 49

66 Ⅲ. 사업자등록 1. 사업자등록의의의 부가가치세의납세자및세원을파악하고, 납세의무자의상호, 성명, 주소, 주민등록번호및사업장소재지와사업의종류등의인적사항과사업의개시일, 기타과세자료를과세관청의대장에등재및수록하는것을말함. 신규로사업을개시하고자하는자로서법인의설립등기전또는사업의허가 등록 이나신고전에등록을하는때에는법인설립을위한사업허가신청서사본, 사업등록신 청서사본, 사업신고서사본이나사업계획서로관련서류에갈음할수있음. 관련법령 부가가치세법제5조 등록 1 사업자는사업장마다대통령령으로정하는바에따라사업개시일부터 20일이내에사업장관할세무서장에게등록하여야한다. 다만, 신규로사업을시작하려는자는사업개시일전이라도등록할수있다. 2 제1항에도불구하고둘이상의사업장이있는사업자는사업자단위로해당사업자의본점또는주사무소관할세무서장에게등록할수있다. 3 제1항에따라등록한사업자가사업자단위로등록하려면사업자단위과세사업자로적용받으려는과세기간개시 20일전까지등록하여야한다. 4 사업장관할세무서장 ( 제2항의경우에는본점또는주사무소관할세무서장을말한다. 이하같다 ) 은제1항부터제3항까지의규정에따라등록한사업자에게대통령령으로정하는바에따라등록번호가부여된등록증 ( 이하 사업자등록증 이라한다 ) 을발급하여야한다. 5 제1항부터제3항까지의규정에따라등록한사업자가휴업또는폐업하거나등록사항이변경된경우에는대통령령으로정하는바에따라지체없이사업장관할세무서장에게신고하여야한다. 제1항단서에따라등록한자가사실상사업을시작하지아니하게되는경우에도또한같다. 6 사업자가폐업하거나제1항단서에따라등록한후사실상사업을시작하지아니하게되는경우에는사업장관할세무서장은지체없이그등록을말소하여야한다. 7 사업장관할세무서장은필요하다고인정하면대통령령으로정하는바에따라사업자등록증을갱신발급할수있다. 8 제1항부터제7항까지에서규정한사항외에사업자등록, 사업자등록증발급, 등록변경 포기등에필요한사항은대통령령으로정한다. 50 산학협력단세제개선방안연구보고서

67 2. 면세사업자의등록 사업자등록은부가가치세법상납세의무자에게만등록의무가있으므로부가가치세납세의무자체가없는면세사업자는부가가치세의납세의무가배제되고그에따른의무도배제되므로부가가치세법에의한사업자등록의무가없음. 그러나소득세법제168조와법인세법제111조는소득세및법인세의납세의무자의지위에서사업자등록을하도록규정하고있으므로면세사업자도사업자등록을하여야함. * 면세사업을영위하는자가추가로과세사업을영위하고자하는경우에부가가치세법시행령제11조제1항에의거사업자등록정정신고서를제출하게되면등록신청을한것으로봄. 관련유권해석 대법원 선고 2002두5146 판결부가가치세면세사업자로등록한경우에부가가치세의납세의무있는사업자의사업자등록을한것으로볼수없으며면세사업자로사업자등록을하고있던기간중에발생한매입세액은등록을하기전의매입세액에해당하여이를매출세액에서공제할수없음. 법인세과 - 701, 수익사업을영위하는비영리내국법인이지점에대한사업자등록은당해지점의등기여부와는관계없이사업자등록신청서에당해법인의법인등기부등본및지점설치사실을확인할수있는이사회의사록을첨부하여지점관할세무서장에게신청할수있는것임. 또한본점의대표이사와지점의대표이사는달리선임하여등록할수있는것임. 서면인터넷방문상담3팀-2600, 사업자가사업자등록신청일부터역산하여 20일을초과하여재화나용역을공급받으면서수취한세금계산서상의매입세액을매출세액에서공제하여부가가치세를환급세액으로신고한경우당해매입세액은부가가치세법제17조제2항제5호및같은법시행령제60조제9항의규정에의하여불공제하는것이며, 이경우매입세액이전액불공제되어실제환급세액이 0 이되는경우에도같은법제22조제5항제1호의가산세 ( 신고불성실가산세 ) 가적용되는것임. 심사부가 , 사업자등록에관련된각규정의취지를종합하면부가가치세법제5조제 1항소정의사업자등록의무자는 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 51

68 부가가치세의납세의무있는사업자에한하고부가가치세면제사업자는그등록의무가없다고할것이므로, 같은법제17 조제2항제5호소정의 " 제5조제1항의규정에의한등록 " 이란부가가치세의납세의무있는사업자의사업자등록만을의미한다고할수있다하겠고, 부가가치세면제사업자가법인설립신고를하였다거나법인세법상의사업자등록증을교부받았다하더라도, 이는법인세법상의사업자등록으로서부가가치세법상의고유번호를부여받은것으로볼수있을뿐, 부가가치세법제5조제1항에서정한사업자등록을한것으로는볼수없으므로 ( 대법원 누 8492 판결외다수같은뜻 ) 등록전매입세액에대한환급신청에대해당초신고내용대로환급하였다가사후에이의잘못을발견하고추징한것은신의성실원칙에위배된것으로볼수없음. 부가 , 법인세법의규정에의하여면세사업자로사업자등록을한법인이부가가치세법제5조의규정에의하여사업자등록을하지아니하고재화또는용역을공급받으면서면세사업자등록번호로세금계산서를교부받은경우에당해세금계산서의매입세액은부가가치세법제17조제2항제5호의규정에의하여공제되지아니하는것임. Ⅳ. 면세 1. 면세의의의 부가가치세과세원칙에대한예외로서소비세로서의역진성을완화하거나또는사회 문화 공익및정책목적상특정한성격이나요건을갖춘재화나용역의공급과재화의수입에대하여부가가치세를면제함. 관련법령 부가가치세법제12조 면세 1 다음각호의재화또는용역의공급에대하여는부가가치세를면제한다. 1. 가공되지아니한식료품 [ 식용 ( 食用 ) 으로제공되는농산물, 축산물, 수산물과임산물을포함한다 ] 및우리나라에서생산되어식용으로제공되지아니하는농산물, 축산물, 수산물과임산물로서대통령령으로정하는것 2. 수돗물 52 산학협력단세제개선방안연구보고서

69 3. 연탄과무연탄 4. 여성용생리처리위생용품 5. 의료보건용역 ( 수의사의용역을포함한다 ) 으로서대통령령으로정하는것과혈액 6. 교육용역으로서대통령령으로정하는것 7. 여객운송용역. 다만, 항공기, 고속버스, 전세버스, 택시, 특수자동차, 특종선박 ( 特種船舶 ) 또는고속철도에의한여객운송용역으로서대통령령으로정하는것은제외한다. 8. 도서 ( 도서대여용역을포함한다 ), 신문, 잡지, 관보 ( 官報 ), 뉴스통신진흥에관한법률 에따른뉴스통신및방송으로서대통령령으로정하는것. 다만, 광고는제외한다. 9. 우표 ( 수집용우표는제외한다 ), 인지 ( 印紙 ), 증지 ( 證紙 ), 복권과공중전화 10. 담배사업법 제2조에따른담배로서다음각목의어느하나에해당하는것가. 담배사업법 제18조제1항에따른판매가격이대통령령으로정하는금액이하인것나. 담배사업법 제19조에따른특수용담배로서대통령령으로정하는것 11. 금융 보험용역으로서대통령령으로정하는것 12. 주택과이에부수되는토지의임대용역으로서대통령령으로정하는것 12의 2. 주택법 제44 조제2항에따른관리규약에따라같은법제2조제14호에따른관리주체또는같은법제43 조제3항에따른입주자대표회의가제공하는같은법제2조제9호에따른복리시설인공동주택어린이집의임대용역 13. 토지 14. 저술가 작곡가나그밖에대통령령으로정하는자가직업상제공하는인적 ( 人的 ) 용역 15. 예술창작품, 예술행사, 문화행사와아마추어운동경기로서대통령령으로정하는것 16. 도서관, 과학관, 박물관, 미술관, 동물원또는식물원에의입장 17. 종교, 자선, 학술, 구호 ( 救護 ), 그밖의공익을목적으로하는단체가공급하는재화또는용역으로서대통령령으로정하는것 18. 국가, 지방자치단체또는지방자치단체조합이공급하는재화또는용역으로서대통령령으로정하는것 19. 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합또는대통령령으로정하는공익단체에무상 ( 無償 ) 으로공급하는재화또는용역 2 다음각호의재화의수입에대하여는부가가치세를면제한다. 1. 가공되지아니한식료품 ( 식용으로제공되는농산물, 축산물, 수산물과임산물을포함한다 ) 으로서대통령령으로정하는것 2. 도서, 신문및잡지로서대통령령으로정하는것 3. 학술연구단체, 교육기관및 한국교육방송공사법 에따른한국교육방송공사또는문화단체가과학 교육 문화용으로수입하는재화로서대통령령으로정하는것 4. 종교의식, 자선, 구호, 그밖의공익을목적으로외국으로부터종교단체, 자선단체또는구호단체에기증되는재화로서대통령령으로정하는것 5. 외국으로부터국가, 지방자치단체또는지방자치단체조합에기증되는재화 6. 거주자가받는소액물품으로서관세가면제되는재화 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 53

70 7. 이사 이민또는상속으로인하여수입하는재화로서관세가면제되거나 관세법 제81 조제1항에따른간이세율이적용되는재화 8. 여행자의휴대품, 별송 ( 別送 ) 물품및우송 ( 郵送 ) 물품으로서관세가면제되거나해당간이세율이적용되는재화 9. 수입하는상품견본과광고용물품으로서관세가면제되는재화 10. 우리나라에서개최되는박람회, 전시회, 품평회, 영화제또는이와유사한행사에출품하기위하여무상으로수입하는물품으로서관세가면제되는재화 11. 조약 국제법규또는국제관습에따라관세가면제되는재화로서대통령령으로정하는것 12. 수출된후다시수입하는재화로서관세가감면되는것중대통령령으로정하는것. 다만, 관세가경감 ( 輕減 ) 되는경우에는경감되는부분만해당한다. 13. 다시수출하는조건으로일시수입하는재화로서관세가감면되는것중대통령령으로정하는것. 다만, 관세가경감되는경우에는경감되는부분만해당한다. 14. 제1항제10호에따른담배 15. 제6호부터제13 호까지의재화외에관세가무세 ( 無稅 ) 이거나감면되는재화로서대통령령으로정하는것. 다만, 관세가경감되는경우에는경감되는부분만해당한다. 3 제1항에따라면세되는재화또는용역의공급에필수적으로부수되는재화또는용역의공급은면세되는재화또는용역의공급에포함되는것으로본다. 4 사업자는제1항에따라부가가치세가면제되는재화또는용역의공급으로서제11 조에따라영세율적용의대상이되는것과제1항제12호 제 14호및제17 호의재화또는용역의공급에대하여는대통령령으로정하는바에따라부가가치세의면제를받지아니할수있다. 5 제1항과제2항에따른재화또는용역의범위에관하여필요한사항은대통령령으로정한다. 2. 면세의포기 면세를적용받는것보다과세를적용받음으로써최종소비자나공급자가유리할수 있는다음의경우에한하여면세를포기할수있음. 가. 부가가치세법제11조에의해영세율적용의대상이되는것나. 주택과이에부수되는토지의임대용역으로서동법시행령제34조에의한것다. 저술가 작곡가기타동법시행령제35조에의한자가직업상제공하는인적 ( 人的 ) 용역라. 종교, 자선, 학술, 구호 ( 救護 ), 그밖의공익을목적으로하는단체가공급하는재화또는용역으로서동법시행령제37조에의한것 54 산학협력단세제개선방안연구보고서

71 관련법령 부가가치세법제12조 면세 4 사업자는제1항에따라부가가치세가면제되는재화또는용역의공급으로서제11 조에따라영세율적용의대상이되는것과제1항제12호 제 14호및제17 호의재화또는용역의공급에대하여는대통령령으로정하는바에따라부가가치세의면제를받지아니할수있다. 부가가치세법제11조 영세율적용 1 다음각호의재화또는용역의공급에대하여는영 ( 零 ) 의세율을적용한다. 1. 수출하는재화 2. 국외에서제공하는용역 3. 선박또는항공기의외국항행용역 4. 제1호부터제3호까지의재화또는용역외에외화를획득하는재화또는용역으로서대통령령으로정하는것 2 제1항을적용할때사업자가비거주자또는외국법인인경우에는그외국에서대한민국의거주자또는내국법인 ( 內國法人 ) 에대하여동일한면세를하는경우에만영의세율을적용한다. 3 제1항의재화와용역의범위에관하여필요한사항은대통령령으로정한다. 부가가치세법제12조제1항 12. 주택과이에부수되는토지의임대용역으로서대통령령으로정하는것 14. 저술가 작곡가나그밖에대통령령으로정하는자가직업상제공하는인적 ( 人的 ) 용역 17. 종교, 자선, 학술, 구호 ( 救護 ), 그밖의공익을목적으로하는단체가공급하는재화또는용역으로서대통령령으로정하는것 부가가치세법시행령제34조 주택과이에부수되는토지의임대용역의범위 1 법제12 조제1항제12 호에규정하는주택과이에부수되는토지의임대는상시주거용 ( 사업을위한주거용의경우를제외한다 ) 으로사용하는건물 ( 이하 주택 이라한다 ) 과이에부수되는토지로서다음각호의면적중넓은면적을초과하지아니하는토지의임대를말하며, 이를초과하는부분은토지의임대로본다. 1. 주택의연면적 ( 지하층의면적, 지상층의주차용으로사용되는면적및 주택건설기준등에관한규정 제2조제3호의규정에따른주민공동시설의면적을제외한다 ) 2. 건물이정착된면적에 5배 ( 국토의계획및이용에관한법률 제6조의규정에따른도시지역밖의토지의경우에는 10배 ) 를곱하여산정한면적 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 55

72 부가가치세법시행령제35조 인적용역의범위 법제12조제1항제14호에규정하는인적용역은독립된사업 ( 여러개의사업을겸영하는사업자가과세사업에필수적으로부수되지아니하는용역을독립하여공급하는경우를포함한다 ) 으로공급하는다음각호에규정하는용역으로한다. 1. 개인이기획재정부령이정하는물적시설없이근로자를고용하지아니하고독립된자격으로용역을공급하고대가를받는다음에규정하는인적용역 ( 가 ) 저술 서화 도안 조각 작곡 음악 무용 만화 삽화 만담 배우 성우 가수와이와유사한용역 ( 나 ) 연예에관한감독 각색 연출 촬영 녹음 장치 조명과이와유사한용역 ( 다 ) 건축감독 학술용역과이와유사한용역 ( 라 ) 음악 재단 무용 ( 사교무용을포함한다 ) 요리 바둑의교수와이와유사한용역 ( 마 ) 직업운동가 역사 기수 운동지도가 ( 심판을포함한다 ) 와이와유사한용역 ( 바 ) 접대부 댄서와이와유사한용역 ( 사 ) 보험가입자의모집, 저축의장려또는집금등을하고실적에따라보험회사또는금융기관으로부터모집수당 장려수당 집금수당또는이와유사한성질의대가를받는용역과서적 음반등의외판원이판매실적에따라대가를받는용역 ( 아 ) 저작자가저작권에의하여사용료를받는용역 ( 자 ) 교정 번역 고증 속기 필경 타자 음반취입과이와유사한용역 ( 차 ) 고용관계없는자가다수인에게강연을하고강연료 강사료등의대가를받는용역 ( 카 ) 라디오 텔레비전방송등을통하여해설 계몽또는연기를하거나심사를하고사례금또는이와유사한성질의대가를받는용역 ( 타 ) 작명 관상 점술또는이와유사한용역 ( 파 ) 개인이일의성과에따라수당또는이와유사한성질의대가를받는용역 2. 개인 법인또는법인격없는사단 재단기타단체가독립된자격으로용역을공급하고대가를받는다음에규정하는인적용역 ( 가 ) 형사소송법 및 군사법원법 등의규정에의한국선변호인의국선변호와기획재정부령이정하는법률구조 ( 라 ) 기획재정부령이정하는학술연구용역과기술연구용역 ( 마 ) 직업소개소및그밖에기획재정부령이정하는상담소등을경영하는자가공급하는용역 ( 사 ) 장애인복지법 제40조에따른장애인보조견훈련용역 ( 아 ) 외국공공기관또는 국제금융기구에의가입조치에관한법률 제2조의규정에의한국제금융기구로부터받은차관자금으로국가또는지방자치단체가시행하는국내사업을위하여공급하는용역 ( 국내사업장이없는외국법인또는비거주자가공급하는것을포함한다 ). 부가가치세법시행령제 37 조 종교 자선 학술 구호단체등이공급하는재화등의범위 법제 12 조제 1 항제 17 호에서 대통령령으로정하는것 이란다음각호의것을말한다. 56 산학협력단세제개선방안연구보고서

73 1. 주무관청의허가또는인가를받거나주무관청에등록된단체로서 상속세및증여세법시행령 제12조각호의 1에규정하는사업또는기획재정부령이정하는사업을하는단체가그고유의사업목적을위하여일시적으로공급하거나실비또는무상으로공급하는재화및용역 1의 2. 학술연구단체또는기술연구단체가학술연구또는기술연구와관련하여공급하는재화및용역 ( 산업교육진흥및산학연협력촉진에관한법률 에따라설립된산학협력단이제공하는연구용역의경우에는 2013 년 12월 31일까지제공하는것에한정한다 ) 2. 문화재보호법 의규정에의한지정문화재 ( 지방문화재를포함하며, 무형문화재를제외한다 ) 를소유또는관리하고있는종교단체 ( 주무관청에등록된종교단체에한한다 ) 의경내지및경내지내의건물과공작물의임대용역 3. 공익을목적으로기획재정부령이정하는기숙사를운영하는자가학생또는근로자를위하여실비또는무상으로공급하는용역 ( 음식및숙박용역에한한다 ) 4. 저작권법 제105조제1항에따라문화체육관광부장관의허가를받아설립된저작권위탁관리업자로서기획재정부령이정하는사업자가저작권자를위하여실비또는무상으로공급하는신탁관리용역 5. 법인세법 제24 조제2항제4호나목에따른비영리교육재단이 초 중등교육법 제60조의 2 제1항에따른외국인학교의설립 경영사업을영위하는자에게제공하는학교시설이용등교육환경개선과관련된용역 면세포기신고절차는부가가치세법시행령제47조에서규정하고있고, 면세포기는신고일로부터유효하며신고일로부터 3년간은면세포기신고를한재화와용역에대하여과세로공급하여야함. 이후면세포기를신고한사업자가 3년기간경과후부가가치세의면제를받고자하는때에는면세적용신고서를사업자등록증과함께제출하여야하며, 면세적용신고서를제출하지아니한경우계속하여면세를포기한것으로봄. 산학협력단의면세의포기부가가치세법시행령제37조제1의2호에의해 2013년 12월 31일까지산촉법에따라설립된산학협력단이제공하는연구용역의경우면세포기가능함. 3. 매입세액불공제 부가가치세가면제되는재화또는용역을공급하는사업에관련된매입세액은매출세액에서공제되지아니함. 산학협력단의매입세액불공제산학협력단이제공하는연구용역은면세이므로연구용역관련매입세액은공제되지아니함. 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 57

74 관련유권해석 서면3팀-1748, 산업교육진흥및산학협력촉진에관한법률제25조에의하여설립된산학협력단이영리목적유무에불구하고사업상독립적으로재화또는용역을공급하는경우에는부가가치세를거래징수하여납부할의무가있고, 면세여부는부가가치세법제12조및조세특례제한법제106조의규정에따라개별적으로판단할사항이며, 과세사업과관련된매입세액은부가가치세법제17조의규정에의거공제받을수있는것임. 4. 면세대상재화및용역의공급가. 교육용역 면세적용교육용역의범위 주무관청의허가또는인가를받거나주무관청에등록또는신고된학교 학원 강습소 훈련원 교습소또는그밖의비영리단체나 청소년활동진흥법 제10조제1호에따른청소년수련시설에서학생 수강생 훈련생 교습생또는청강생에게지식 기술등 (*) 을가르치는것. 다만, 다음의학원에서가르치는것은제외함. 1) 체육시설의설치 이용에관한법률 제10조제1항제2호의무도학원 2) 도로교통법 제2조제30호의자동차운전학원 * 그지식또는기술의내용은불문하며부가가치세가면제되는교육용역의공급에필수적으로부수되는용역의공급도면세용역의공급에포함. 또한교육용역제공시필요한교재 실습자재 기타교육용구의대가를수강료등에포함하여받거나, 별도로받는때에도주된용역의교육용역에부수되는재화또는용역으로서면세함. 관련법령 부가가치세법시행령제30조 교육용역의범위 법제12 조제1항제6호에규정하는교육용역은주무관청의허가또는인가를받거나주무관청에등록또는신고된학교 학원 강습소 훈련원 교습소또는그밖의비영리단체나 청소년활동진흥법 제10조제1 호에따른청소년수련시설에서학생 수강생 훈련생 교습생또는청강생에게지식 기술등을가르치는것으로한다. 다만, 다음각호의학원에서가르치는것은제외한다. 1. 체육시설의설치 이용에관한법률 제10 조제1항제2호의무도학원 2. 도로교통법 제2조제30호의자동차운전학원 58 산학협력단세제개선방안연구보고서

75 산학협력단이제공하는교육용역의경우종래산학협력단이제공하는교육용역에대하여는실질과세원칙을적용하여그실질내용에따라대학의내부기구에관한활동으로보아면세사업으로적용되어야한다는논의가있어왔는바 ( 제천적부2012-7, 참조 ), 2012년세법개정안에서는산학협력단이제공하는교육서비스의공공성을감안하여부가가치세법시행령제30조에의한부가가치세면제대상교육기관의범위에산학협력단을추가함. 관련유권해석 대법원 선고 2007두23255 판결민법제32조에의하여설립허가된비영리법인이라도정부의허가또는인가된교육용역에해당한다고볼수없으며, 요가교습에대한대가로회비, 교육비등을지급받은점등으로보아공익을목적으로하는단체에해당한다고할수없음. * 정부의허가나인가를받은학교 학원 강습소 훈련원 교습소기타비영리단체및청소년기본법에의한청소년수련시설에서학생등에게지식 기술등을가르치는교육용역 을면세대상교육용역으로정하고있는바, 이와같이면세대상교육용역의요건으로 정부의허가나인가 를요구하고있는이유는정부가당해학교나학원등의교육기관을지도 감독하겠다는것인점, 시행령제30조가 기타비영리단체 를학원 강습소 훈련원 교습소와병렬적으로나열하고있는점등을종합하면, 시행령제30조에서말하는 기타비영리단체 라함은정부의허가나인가를받아설립된모든비영리단체를의미하는것이아니라, 초 중등교육법, 고등교육법, 영유아보육법, 유아교육법, 학원의설립 운영및과외교습에관한법률, 체육시설의설치 이용에관한법률, 평생교육법등 ( 이하 교육시설관리법 이라한다 ) 과같이학교나학원등에대한구체적시설및설비의기준을정한교육시설관련법에따른허가나인가를받아설립된비영리단체를의미한다고할것임. 부가가치세과-82, 부가가치세가면제되는교육용역은정부의허가또는인가를받은학교 학원 강습소 훈련원 교습소 기타비영리단체및 청소년활동진흥법 에의한청소년수련시설에서학생 수강생 훈련생 교습생또는청강생에게지식 기술등을가르치는것을말하는것이므로정부로부터허가또는인가를받지아니한경우의교육용역은부가가치세가과세되는것임. 다만, 구 정보화촉진기본법 구 정보격차해소에관한법률 에따라지방자치단체로부터정보화교육에관한위탁교육업체로지정되어지역주민과공무원에게교육용역을제공하는경우에는 부가가치세법시행령 제30조에의하여부가가치세가면제되는것임. 서면인터넷방문상담 3 팀 -1000, 외국대학이국내대학과 국내대학과외국대학과의교육과정공동운영에관한규정 에따라고등교육과정 을공동운영하면서그운영하는대가를국내대학으로부터받는경우에는 부가가치세법 제 12 조제 1 항제 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 59

76 5 호의규정 ( 부가가치세면세규정 ) 을적용하는것임. 서면인터넷방문상담3팀-1819, 부가가치세법 제12조제1항제5호에규정하는부가가치세가면제되는교육용역은정부의허가또는인가를받은학교 학원 강습소 훈련원 교습소기타비영리법인단체및청소년기본법에의한청소년수련시설에서학생 수강생 훈련생 교습생또는청강생에게지식 기술등을가르치는것을말하는것이며, 여기서 정부의허가또는인가 라함은관계법령에의하여시설 교습과정 정원등에관한일정한요건을갖추어주무관청으로부터설립이허용되는것을말하는것임. 서면인터넷방문상담3팀-1587, 평생교육법에의하여원격평생교육시설을신고한자가정보통신매체를통하여교육용역을제공하고그대가를받는경우에는부가가치세법제12조제1항제5호에규정하는부가가치세가면제되는교육용역에해당되는것이나, 주무관청에원격평생교육시설을신고하지아니한자가원격평생교육시설을신고한자와계약체결에의하여교육및자료, 기술등을지원받아교육용역을제공하고그대가를받는경우에는부가가치세가과세되는것임. 나. 종교 자선등공익단체의공급 종교 자선 학술 구호그밖의공익을목적으로하는단체가공급하는재화또는용역으로서다음에해당하는것은부가가치세를면세함. 1) 주무관청의허가또는인가를받거나주무관청에등록된단체로서 상속세및증여세법시행령 제12조각호의 1에규정하는사업또는기획재정부령이정하는사업을하는단체가그고유의사업목적을위하여일시적으로공급하거나실비또는무상으로공급하는재화및용역 2) 학술연구단체또는기술연구단체가학술연구또는기술연구와관련하여공급하는재화및용역 ( 산업교육진흥및산학연협력촉진에관한법률 에따라설립된산학협력단이제공하는연구용역의경우에는 2013년 12월 31일까지제공하는것에한정함 ) 3) 문화재보호법 의규정에의한지정문화재 ( 지방문화재를포함하며, 무형문화재를제외한다 ) 를소유또는관리하고있는종교단체 ( 주무관청에등록된종교단체 60 산학협력단세제개선방안연구보고서

77 에한한다 ) 의경내지및경내지내의건물과공작물의임대용역 4) 공익을목적으로기획재정부령이정하는기숙사를운영하는자가학생또는근로자를위하여실비또는무상으로공급하는용역 ( 음식및숙박용역에한함 ) 5) 저작권법 제105조제1항에따라문화체육관광부장관의허가를받아설립된저작권위탁관리업자로서기획재정부령이정하는사업자가저작권자를위하여실비또는무상으로공급하는신탁관리용역 6) 법인세법 제24조제2항제4호나목에따른비영리교육재단이 초 중등교육법 제60조의 2 제1항에따른외국인학교의설립 경영사업을영위하는자에게제공하는학교시설이용등교육환경개선과관련된용역 관련법령 부가가치세법시행령제 37조 종교 자선 학술 구호단체등이공급하는재화등의범위 법제12조제1항제17 호에서 대통령령으로정하는것 이란다음각호의것을말한다. 1. 주무관청의허가또는인가를받거나주무관청에등록된단체로서 상속세및증여세법시행령 제12조각호의 1에규정하는사업또는기획재정부령이정하는사업을하는단체가그고유의사업목적을위하여일시적으로공급하거나실비또는무상으로공급하는재화및용역 1의 2. 학술연구단체또는기술연구단체가학술연구또는기술연구와관련하여공급하는재화및용역 ( 산업교육진흥및산학연협력촉진에관한법률 에따라설립된산학협력단이제공하는연구용역의경우에는 2013년 12월 31일까지제공하는것에한정한다 ) 2. 문화재보호법 의규정에의한지정문화재 ( 지방문화재를포함하며, 무형문화재를제외한다 ) 를소유또는관리하고있는종교단체 ( 주무관청에등록된종교단체에한한다 ) 의경내지및경내지내의건물과공작물의임대용역 3. 공익을목적으로기획재정부령이정하는기숙사를운영하는자가학생또는근로자를위하여실비또는무상으로공급하는용역 ( 음식및숙박용역에한한다 ) 4. 저작권법 제105조제1항에따라문화체육관광부장관의허가를받아설립된저작권위탁관리업자로서기획재정부령이정하는사업자가저작권자를위하여실비또는무상으로공급하는신탁관리용역 5. 법인세법 제24 조제2항제4호나목에따른비영리교육재단이 초 중등교육법 제60조의 2 제1항에따른외국인학교의설립 경영사업을영위하는자에게제공하는학교시설이용등교육환경개선과관련된용역 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 61

78 산학협력단의연구용역산학협력단이제공하는연구용역은 2013년 12월 31일까지제공하는것에한정하여부가가치세면세용역에해당함. 산학협력단의연구용역의범위산학협력단이그고유의목적사업으로제공하는모든연구용역에대하여부가가치세면제함. 관련유권해석 부가가치세법기본통칙 공익단체의계속적수익사업 주무관청에등록된영제37조에따른종교등공익단체의경우에도다음예시하는경우와같이계속적으로운영관리하는수익사업과관련하여공급하는재화또는용역에대하여는면세하지아니한다. 1. 소유부동산의임대및관리사업. 다만, 영제37 조제2호에해당하는경우를제외한다. 2. 자체기금조성을위하여생활필수품, 고철등을공급하는사업 부가가치세과 -887, 산학협력단이제공하는연구용역에대해서는기존해석사례 ( 재부가 -265, ) 를참조하시기바람. 재부가 -265, 산학협력단이그고유목적사업으로제공하는모든연구용역은부가세가면제됨. 서면인터넷방문상담3팀-19, 주무관청의허가또는인가를받거나주무관청에등록된단체로서종교 자선 학술 구호 사회복지등공익을목적으로하는사업을하는단체가그고유의목적사업을위하여일시적으로공급하거나실비또는무상으로공급하는재화또는용역은 부가가치세법시행령 제37 조제1호의규정에의하여부가가치세가면제되는것으로, 주무관청의허가또는인가되지아니하거나주무관청에등록되지아니한귀질의의회원학회는동규정이적용되지아니함. 서면인터넷방문상담3팀-1814, 부가가치세법 제12조제1항제16호및동법시행령제37 조제1호의규정에의하여주무관청에등록된공익을목적으로하는단체가그고유의사업목적을위하여일시적으로공급하거나실비또는무상으로공급하는재화및용역에대하여는부가가치세가면제되는것임. 초 중등교육법 및 고등교육법 에의하여설립된사립학교가학교시설 ( 교실등 ) 을각종시험장소로사 62 산학협력단세제개선방안연구보고서

79 용하게하고사용료를실비로받는경우동법시행령제37조제1호의규정이적용되는경우부가가치세가면제되는것이나일시적공급여부및실비에해당하는지여부는구체적사실에따라판단할사항임서면3팀-1881, 사립학교법 제10조의규정에의하여설립된학교법인이사업자로부터 사회기반시설에대한민간투자법 제4조제1호의방식을준용하여건설된학교시설의소유권을이전받고그대가로당해사업자에게일정기간동안동시설의관리운영권을부여하는경우 부가가치세법 제7조제1항 [ 용역의공급 재화 시설물또는권리를사용하게하는것 ] 의규정에의하여부가가치세가과세되는것임. 서면인터넷방문상담3팀-2317, 부가가치세법시행령제35조제2호라목의규정에의한부가가치세가면제되는학술연구용역과기술연구용역이라함은새로운학술또는기술을개발하기위하여행하는새로운이론 방법 공법또는공식등에관한연구용역을말하는것이며, 학술및기술의연구결과를단순히응용또는이용하여제공하는용역에대하여는부가가치세법제7조제1 항의규정에의하여부가가치세가과세되는것이나, 귀질의경우가어느경우에해당하는지는사실판단할사항임. 재법인 , 주무관청에등록된종교단체가납골시설을설치 운영하고그시설이용자에게실비로대가를받은경우에는부가가치세법제12조제1항제16 호의규정에의하여부가가치세가면세되므로법인세법시행령제2조제1항제7호의규정에의하여수익사업에서제외하는것이나, 실비이상의대가를받는경우는수익사업으로보아야함 다. 국가등이공급하는재화와용역국가 지방자치단체 지방자치단체조합이공급하는재화또는용역은공익적목적에서제한없이면세되나, 민간업체와경쟁관계에있는다음의용역에대하여는공정경쟁을위하여과세함. 부동산임대업, 도매및소매업, 음식점업 숙박업, 골프장 스키장운영업, 기타스포츠시설운영업. 다만, 다음어느하나에해당하는경우는제외함. - 국방부또는 국군조직법 에따른국군이 군인사법 제 2 조에따른군인, 군무원인사법 제 2 조에따른군무원그밖에이들의직계존비속등기획재정부령이정하는자에게제공하는재화또는용역 - 국가 지방자치단체또는지방자치단체조합이그소속직원의복리후생을위하여구내에서식당을직접 경영하여공급하는음식용역 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 63

80 산학협력단이제공받는국가등의국고보조금및공공보조금산학협력단이수행하는연구용역을지원하기위하여국가등이제공하는국고보조금등은국고보조금등을지급하는국가등에대하여해당국고보조금등의지급에대한반대급부로재화나용역을제공하지않는이상산학협력단이지급받은국고보조금등은부가가치세과세표준에포함되지않음. 관련유권해석 서면인터넷방문상당 3 팀 -759, 재화또는용역의공급과직접관련되지아니하는국고보조금과공공보조금은부가가치세법제 13 조제 2 항제 4 호및같은법시행령제 48 조제 10 항의규정에의해과세표준에포함하지아니하는것임. 사업자가정부또는정부의위임을받은기관과기술개발협약서를체결한후정부또는정부의위임을받는기관으로부터국가연구개발사업출연금을받아기술개발을수행하고그결과개발된지적소유권등을사업자에게귀속시키는경우에있어서당해기술개발과관련하여지원되는국가연구개발사업출연금은부가가치세법제13 조제2항제4호및같은법시행령제48조제10항의규정에의하여부가가치세과세표준에포함하지아니하는것임. 연구개발의용역공급해당여부, 과세또는면세여부, 과세표준포함여부는계약상또는법률상의모든원인과공급의주체, 거래주체별책임과의무등구체적인사실관계를종합하여개별적으로판단할사항이며, 공동으로기술을개발하는사업에대한그결과물의취득형태, 연구활동수행여부등에따른부가가치세과세여부와관련한기존의질의회신사례 ( 부가 , ) 의내용을참조하기바람. 부가 , 사업자 ' 갑 ' 이기술을개발함에있어이에소요되는비용중일부를다른사업자 ' 을 ' 이부담하기로약정하고당해기술은 ' 갑 ' 의책임하에개발하여그개발결과물에대한권리를 ' 갑 ' 과 ' 을 ' 이공동으로취득하는경우 ' 을 ' 이당해개발결과물을취득하는것에대하여는재화또는용역의공급에해당되어부가가치세가과세되는것이나, 단순히 ' 을 ' 이개발지원금만 ' 갑 ' 에지원하고그결과물에대한권리를취득하지아니하는경우와 ' 갑 ' 과 ' 을 ' 이당해결과물을취득하기위해공동으로기술을개발하고 ' 갑 ' 과 ' 을 ' 이당해결과물을공동으로취득하는것에대하여는부가가치세가과세되지아니하는것임. 부가가치세과-4622, 재화또는용역의공급과직접관련되지아니하는국고보조금과공공보조금은 부가가치세법 제13조제 2항제4호및같은법시행령제48조제10 항의규정에의해부가가치세과세표준에포함하지아니하는것이나, 귀질의와같이사업자가부가가치세가과세되는재화또는용역을공급하고재화또는용역을공급받는자가지급받은국고보조금을재원으로그대가를받는경우에는부가가치세과세표준에포함하 64 산학협력단세제개선방안연구보고서

81 는것임. 서면인터넷방문상담3팀-2965, 국가또는지방자치단체가부가가치세법제12조제1항제17호에서규정하는재화또는용역을공급하는경우부가가치세가면제되는것이나, 국가또는지방자치단체로부터시설의관리및운영을위임받은사업자가자기의명의와계산으로재화또는용역을공급하는경우에는부가가치세가면제되지아니하는것임 서면인터넷방문상담3팀-926, 국 공립학교가 산업교육진흥및산학협력촉진에관한법률 제36조의규정에의하여학생및교원의현장실습교육과연구에활용하고, 산업체등으로의기술이전등을촉진하기위하여특정의학과또는교육과정과연계하여물품의제조 가공 수선 판매, 용역의제공등을행하는부서 ( 학교기업 ) 를직접운영하는경우로서 - 당해산업활동이제조업에해당되는경우에는 부가가치세법 제12조제1항제17호의규정에의하여부가가치세가면제되는것임. 라. 국가등에무상으로공급하는재화또는용역국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합또는다음의경우에해당하는공익단체에무상 ( 無償 ) 으로공급하는재화또는용역은사회일반의이익을위한조직에공급되는것이기때문에부가가치세를면세함. 1) 주무관청의허가또는인가를받거나주무관청에등록된단체로서 상속세및증여세법시행령 제12조각호의어느하나에해당하는사업을하는단체로함. 2) 공익사업을위하여주무관청의승인을얻어금품을모집하는단체는제1항에해당하지아니하는경우에도면세되는공익단체로봄 관련법령 부가가치세법제12조제1항제19호 19. 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합또는대통령령으로정하는공익단체에무상 ( 無償 ) 으로공급하는재화또는용역부가가치세법제39조 공익단체의범위 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 65

82 1 법제12 조제1항제19호에규정하는공익단체는주무관청의허가또는인가를받거나주무관청에등록된단체로서 상속세및증여세법시행령 제12조각호의어느하나에해당하는사업을하는단체로한다. 2 공익사업을위하여주무관청의승인을얻어금품을모집하는단체는제1항에해당하지아니하는경우에도법제12 조제1항제19호를적용할때에는공익단체로본다. 관련유권해석 서면인터넷방문상담3팀-3078, 사업자가부가가치세법시행령제39조에서규정하는공익단체에재화또는용역을무상으로공급하는경우부가가치세법제12조제1항제18호규정에의거부가가치세가면제되는것이며, 이경우자기의사업과관련하여당해공익단체에무상으로공급한재화의매입세액은매출세액에서공제하는것임. 서면인터넷방문상담3팀-1895, 국가가자기의토지위에다른사업자로하여금건물을신축하여일정기간사용하게하고그대가로건물의소유권을취득하는경우부가가치세과세여부와관련하여, 사업자가타인소유의토지위에건물을신축하여일정기간무상으로사용후명도하기로약정하고토지소유자의명의로신축건물을보존등기하는것은부가가치세법제6조제1항의규정에의한재화의공급에해당하는것으로서당해건물이이용가능한시기에당해건물의시가를과세표준으로하여부가가치세를거래징수하여야하는것이며, 토지소유자가자기의토지위에다른사업자로하여금건물을신축하여일정기간사용하게하고그대가로건물의소유권을취득하는것은토지의임대에해당하여부가가치세가과세되는것임. 제도 , 사업자가자기사업과관련없이취득한재화를국가에무상으로기부하기로하고준공즉시기부채납하는경우에는당해조건없는무상기부채납은부가가치세법제12조제1항제18호의규정에의하여부가가치세가면제되는것으로서기부채납과관련하여교부받은세금계산서의매입세액은매출세액에서공제되지아니하는것임. 5. 면세대상재화의수입 특별한재화의수입에대하여는면세하도록규정하고이러한재화의수입에대하여 는세관장이부가가치세를징수하지않음. 66 산학협력단세제개선방안연구보고서

83 가. 과학 교육 문화용수입재화학술연구단체, 교육기관및 한국교육방송공사법 에따른한국교육방송공사또는문화단체가과학 교육 문화용으로수입하는재화로서다음에해당하는것은부가가치세를면세함. ( 단, 1항내지제5항의재화는관세가감면되는것에한하여적용하되, 관세가경감되는경우에는경감되는분에한하여이를적용함 ). 1) 학교 박물관또는기타다음의시설에서진열하는표본및참고품 교육용의촬영된필름 슬라이드 레코드 테이프기타이와유사한매개체와이러한시설에서사용되는물품 - 정부조직법 제4조또는지방자치단체의조례에의하여설치된기관이운영하는시험소 연구소 공공직업훈련원 공공도서관 동물원 식물원및전시관 - 대한무역투자진흥공사전시관 - 산업집적활성화및공장설립에관한법률 제31조제2항의규정에의하여설립된산업단지관리공단의전시관 - 정부출연연구기관등의설립 운영및육성에관한법률 에의하여설립된산업연구원및 과학기술분야정부출연연구기관등의설립 운영및육성에관한법률 에의하여설립된한국생산기술연구원 한국과학기술정보연구원 - 수출조합전시관 ( 지식경제부장관이면세추천한분에한함 ) - 중소기업진흥및제품구매촉진에관한법률 에의하여설립된중소기업진흥공단이개설한전시관및연수원 - 소비자기본법 에따른한국소비자원 - 디자인및포장에관한연구개발사업을추진하기위하여비영리법인이개설한전시관 - 과학관육성법 에의한과학관 ( 사립과학관및기업등부설과학관의경우에는동법의규정에의하여등록한것에한함 ) 2) 연구원 연구기관등다음의과학기술연구개발시설에서과학기술의연구개발에 제공하기위하여수입하는물품 - 관세법시행규칙 제37조제2항제22호내지제24호및제27 호 ( 산학협력단 ) 의기관과동조제3항제2 호의산업기술연구조합 - 과학기술분야정부출연연구기관등의설립 운영및육성에관한법률 에의하여설립된한국생산기술연구원 한국건설기술연구원 한국철도기술연구원 한국한의학연구원및한국식품연구원 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 67

84 3) 과학기술연구개발지원단체에서수입하는과학기술의연구개발에사용되는시약류 4) 정부출연연구기관등의설립 운영및육성에관한법률 제8조의규정에의하여설립된한국교육개발원이학술연구를위하여수입하는물품 5) 한국교육방송공사법 에의한한국교육방송공사가교육방송을위하여수입하는물품 6) 외국으로부터다음의영상관련공익단체에기증되는재화로서동단체가직접사용하는것 - 방송통신위원회의설치및운영에관한법률 에따른방송통신위원회 - 영화및비디오물의진흥에관한법률 제4조에따른영화진흥위원회 - 영화및비디오물의진흥에관한법률 제71조에따른영상물등급위원회 - 민법 제32조의규정에의하여설립된재단법인한국영상자료원, 재단법인한국방송진흥원및사단법인한국영상미디어협회 관련유권해석 재소비 , 과학 교육 문화용으로수입하는물품이관세감면대상에해당하는경우에는실행관세율이무세인경우에 도부가가치세가감면되는것임. 나. 종교 자선 구호단체에의기증재화종교의식, 자선, 구호, 그밖의공익을목적으로외국으로부터종교단체, 자선단체또는구호단체에기증되는재화로서다음에해당하는것은면세함. 1) 사원기타종교단체에기증되는물품으로서관세가면제되는것 2) 자선또는구호의목적으로기증되는급여품으로서관세가면제되는것 3) 구호시설및사회복리시설에기증되는구호또는사회복리용에직접제공하는물품으로서관세가면제되는것 다. 국가조직등에의기증재화 외국으로부터국가, 지방자치단체또는지방자치단체조합에기증되는재화는부가가 치세를면세함. 68 산학협력단세제개선방안연구보고서

85 6. 조세특례제한법상면세 조세특례제한법제 106 조에서는부가가치세를면세하는재화또는용역의공급및재화 의수입을규정하고있으며이중대학교혹은산학협력단관련된사항은다음과같음. 가. 학교구내식당및위탁급식에의하여공급하는음식용역 초 중등교육법 제2조및 고등교육법 제2조에따른학교 ( 이하이호에서 사업장등 이라한다 ) 의경영자가그종업원또는학생의복리후생을목적으로해당사업장등의구내에서식당을직접경영하여공급하거나 학교급식법 제4조각호의어느하나에해당하는학교의장의위탁을받은학교급식공급업자가같은법제15조에따른위탁급식의방법으로해당학교에직접공급하는음식용역 ( 식사류로한정 ) 이경우부가가치세가면세되는학교급식공급업자는소득세법제 78 조의규정에의한 사업장현황신고 ( 부가세법상예정신고및확정신고 ) 를할때에위탁급식을공급받는학교 의장이확인한위탁급식공급가액증명서를사업장관할세무서장에게제출하여야함. 관련법령 조세특례제한법제106조 부가가치세의면제등 1 다음각호의어느하나에해당하는재화또는용역의공급에대해서는부가가치세를면제한다. 이경우제1호부터제3호까지, 제9호및제12 호는 2012 년 12월 31일까지공급한것에만적용하고, 제4호의 2, 제9호의 2 및제11호는 2014 년 12월 31일까지공급한것에만적용하며, 제8호는 2012 년 12월 31일까지실시협약이체결된것에만적용한다. 2. 공장, 광산, 건설사업현장및이에준하는것으로서대통령령으로정하는사업장과 초 중등교육법 제 2조및 고등교육법 제2조에따른학교 ( 이하이호에서 사업장등 이라한다 ) 의경영자가그종업원또는학생의복리후생을목적으로해당사업장등의구내에서식당을직접경영하여공급하거나 학교급식법 제4 조각호의어느하나에해당하는학교의장의위탁을받은학교급식공급업자가같은법제15 조에따른위탁급식의방법으로해당학교에직접공급하는음식용역 ( 식사류로한정한다 ). 이경우위탁급식공급가액의증명등위탁급식의부가가치세면제에관하여필요한사항은대통령령으로정한다. 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 69

86 관련유권해석 서면3팀-1067, 지방공기업법제76조규정에의하여설립된지방공단이국가또는지방자치단체로부터그시설의관리및운영에관하여위탁을받아국가또는지방자치단체의명의와계산으로사업을하는경우그사업은국가또는지방자치단체가공급하는것에해당하여부가가치세법제12조제1 항제17호및부가가치세법시행령제38조의규정이적용되는것이며, 조세특례제한법시행령제106 조제7항제22호및조세특례제한법시행규칙별표10( 정부업무대행단체의면세사업 ) 제22호의규정에의한부가가치세면제는지방공기업법제76 조의규정에의하여설립된지방공단이지방공기업법제71조제1항및제76조제2항의규정에의하여국가또는지방자치단체의사업을대행하는경우에한하는것임. 서면인터넷방문상담3팀-2413, 사업자가대학교의기숙사를건축하여그소유권을당해대학교에귀속시키고그대가로일정기간동안당해건물에대한시설관리운영권을취득하는경우부가가치세과세여부에대하여아래의기질의회신사례 ( 서면3팀-1440, ) 를참조하시기바람. 사업자가건물관리등용역을공급하는경우 부가가치세법 제7조의규정에의하여부가가치세가과세되는것이며, 그공급을받는자가면세사업자라하더라도같은법제15조의규정에의하여부가가치세를거래징수하여야하는것임. 다만, 공익을목적으로학생을위하여기숙사를운영하는자로서음식및숙박용역의부가가치세면제여부에대하여는기질의회신사례 ( 부가 , ) 를참고하시기바라며, 귀질의가이에해당하는지의여부는관련사실을종합적으로고려하여사실판단할사항임. 서면3팀-1440, 교육인적자원부장관의추천을받은사업자가 사회기반시설에대한민간투자법 제4 조제1호의방식을준용하여국내소재대학교의기숙사를건축하여그소유권을당해대학교에귀속시키고그대가로일정기간동안당해건물에대한시설관리운영권을취득하는경우당해건물의소유권이전 ( 재화공급 ) 과당해학교시설 ( 기숙사 ) 을이용하여제공하는용역에대하여는 조세특례제한법 제106 조제1 항제8호의규정에의하여부가가치세가면제되는것임. 또한당해건물신축에관련된매입세액은 부가가치세법 제17 조제2 항제4 호의규정에의하여공제되지아니하는것임. 다만, 이경우 조세특례제한법 제106 조제1항제8호의개정규정에의하여부가가치세면제사업자로전환되거나면세사업이추가되는사업자가당해개정규정의시행일 ( ) 전에취득한재화를부가가치가면제되는당해사업을위하여직접사용하는경우에는같은법부칙제46조의규정에의하여 부가가치세법 제6조제2항및제17조제5항의규정을적용하지아니하는것임. 70 산학협력단세제개선방안연구보고서

87 부가 , 공익을목적으로교육부장관또는교육부장관이지정하는자의추천을받아학생을위하여기숙사를운영하는자가실비또는무상으로공급하는음식및숙박용역의경우에는부가가치세법시행령제37조제3호의규정에의하여부가가치세가면제되는것이나, 귀질의가이에해당하는지의여부는관련사실을종합적으로고려하여사실판단할사항이며, 귀질의중기존식당 매점 당구장의운영사업은부가가치세가과세되는것임. 7. 부수되는재화와용역의공급 면세되는재화또는용역의공급에필수적으로부수되는재화또는용역의공급은면세되는재화또는용역의공급에포함되는것임 ( 부가가치세법제12조제3항 ). 산학협력단연구용역에부수되는재화 용역의경우산학협력단이제공하는연구용역의공급에필수적으로부수되는재화와용역의공급은면세됨. 관련유권해석 서면인터넷방문상담3팀-957, 산업교육진흥및산업협력촉진에관한법률제25조에의하여설립된산학협력단이영리목적유무에불구하고사업상독립적으로재화또는용역을공급하는경우에는부가가치세를거래징수하여납부할의무가있는것이며, 부가가치세면세되는재화의공급에해당하는지의여부에대하여는기질의회신사례 ( 부가 , ) 를참고하시기바람. 부가 , 미생물배양체또는미생물용조제배양제를제조하는활동은한국표준산업분류표상제조업으로보는것이며, 사업자가폐수처리용미생물을배양하여분뇨처리장등에판매하는경우에는부가가치세가과세되는것임. 서면인터넷방문상담3팀-780, 정부의허가또는인가를받아교육용역을공급하는학교교과교습학원이당해학원생에게교육용역에필수적으로부수되는숙박 음식용역을공급하는경우당해용역은 부가가치세법 제12조제3항의규정에의하여부가가치세가면제되는것이나, 당해용역이필수적으로부수되는지여부는교과과정, 용역의제 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 71

88 공형태등관련내용을구체적으로검토하여사실판단할사항임. 서면인터넷방문상담3팀-1744, 면세사업자가면세사업에사용하던자산을매각할경우에는면세사업과관련하여부수되는재화의공급으로 부가가치세법 제12 조제3항의규정에의하여부가가치세가면제되는것이며, 이경우대금청구는계산서를발행하여야하는것임. 서면인터넷방문상담3팀-895, 사립학교법에의한사립학교가강의실등을대여하고그사용료를받는경우부가가치세가면제되는교육용역에필수적으로부수되어일시적으로공급되는경우에는부가가치세법제12조제3항의규정에의하여부가가치세가면제되는용역의공급에포함하는것이나, 부가가치세가면제되는교육용역에필수적으로부수되어공급되는용역이아닌경우에는같은법제7조제1항의규정에의하여부가가치세가과세되는것으로서귀질의의경우가부가가치세가면제되는교육용역에필수적으로부수되어공급하는지여부는거래사실내용에따라판단하여야할사항임. 서면인터넷방문상당3팀-1340, 교육용역을제공하는사업자가수강생들을대상으로영어교육연수를실시함에있어부가가치세가면제되는교육용역의제공에필수적으로부수되는연수비용은부가가치세법제12조제3항의규정에의하여부가가치세가면제되는용역의공급에포함하는것이나, 교육용역제공과는관계없이단순히관광및음식 숙박용역등만을제공하고그대가를받는경우에는당해부가가치세법제7조제1항의규정에의하여부가가치세가과세되는것임. 부가 , 사업자가청소년기본법에의한청소년수련시설에서학생 수강생 훈련생 교습생또는청강생에게지식 기술등을가르치는교육용역을제공하는경우에는부가가치세법제12조제1항제5호및동법시행령제30조의규정에의하여부가가치세가면제되는것이며, 당해교육용역의제공에필수적으로부수되는음식용역을제공함에있어서그제공장소가수련시설밖에설치된경우에도당해음식용역의제공이교육용역에필수적으로부수되는것으로확인되는경우에는부가가치세법제12조제3항의규정에의하여부가가치세가면제되는교육용역에포함되는것으로보는것임. 72 산학협력단세제개선방안연구보고서

89 제 4 장산학협력단상속세및증여세일반 < 표 15> 산학협력단상속세및증여세요약 소주제관련법령관련유권해석 공익법인의개념상증령제 12 조 - 교육목적출연재산의상속세과세가액불산입교육목적출연재산의증여세과세가액불산입 상증령제 13 조 - 상증령제 37 조 - 보고서등제출의무상증령제 41 조 - 장부의작성비치의무상증법제 51 조 - 외부전문가의세무확인 상증법제 50 조 재산-2790, 서면4팀-793, 대법원 선고 2000두 5944 판결서면4팀-2072, 외다수 ( 본문참조 ) 외부회계감사의무상증법제 50 조 - 전용계좌개설 사용의무상증법제 50 의 2 재산 -2789, 재산 -3956, 결산서류공시의무상증법제 50 의 3 - 기부금영수증발급내역작성 보관 제출의무 공익법인준수의무 법인세법제 112 의 2 소득세법 160 의 3 상증법제 48 조 - 재산세과-213, 재산-428, 서면4팀-1383, 외다수 ( 본문참조 ) 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 73

90 Ⅰ. 공익법인의개념 1. 공익법인의범위 세법상공익법인은법인세법상비영리법인중상속세및증여세법 ( 이하 상증세법 ) 시행령제 12 조각호에열거된공익사업을영위하는법인을말함. 관련법령 상속세및증여세법시행령제12조 공익법인등의범위 법제16조제1항에서 공익법인등 이라함은다음각호의어느하나에해당하는사업을영위하는자 ( 이하 공익법인등 이라한다 ) 를말한다. 2. 초 중등교육법 및 고등교육법 에의한학교, 유아교육법 에따른유치원을설립 경영하는사업 9. 법인세법시행령 제36조제1항제1호각목의규정에의한지정기부금단체등및 소득세법시행령 제80 조제1항제5호에따른기부금대상민간단체가운영하는고유목적사업. 다만, 회원의친목또는이익을증진시키거나영리를목적으로대가를수수하는등공익성이있다고보기어려운고유목적사업을제외한다. 법인세법시행령제36조 지정기부금의범위등 1 법제24 조제1항각호외의부분에서 대통령령으로정하는기부금 이란다음각호의어느하나에해당하는것을말한다. 1. 다음각목의비영리법인 ( 단체를포함하며, 이하이조에서 지정기부금단체등 이라한다 ) 에대하여당해지정기부금단체등의고유목적사업비로지출하는기부금. 다만, 사목에따라지정된법인에지출하는기부금은지정일이속하는연도의 1월 1일부터 6년간 ( 이하이조에서 지정기간 이라한다 ) 지출하는기부금에한정한다. 아. 가목내지사목의지정기부금단체등과유사한것으로서기획재정부령이정하는지정기부금단체등 법인세법시행규칙별표 12 ~ 산학협력단, 서울대학교치과병원, ~ 학교법인및산학협력단은상증세법에열거된공익법인에해당함. 따라서공익법인으로써의세제상지원및협력의무등을준수해야하므로이하공익법인이상증세법에따라준수하여야할의무사항은특별히예외를둔경우를제외하고는학교법인과산학협력단에모두동일하게적용되는사항임. 74 산학협력단세제개선방안연구보고서

91 Ⅱ. 상속세및증여세법에의한지원 1. 교육목적출연재산의상속세과세가액불산입가. 의의 상속재산중피상속인또는상속인이초 중등교육법및고등교육법에의한학교를설립, 경영하는재산의가액은상속세과세가액에산입하지아니함. 그러나교육을앞세워이를탈세의수단으로이용하는등악용하는사례를방지하기위하여, 과세가액에불산입하기위한일정한요건및규제조항을두고조건부로과세가액에불산입한후, 이에저촉될경우에는상속세또는증여세를추징하고있음. 나. 불산입요건 1) 피상속인이출연하는경우공익법인의이사장및이사와피상속인또는상속인과특수관계여부에불구하고출연재산에대하여상속세과세가액에산입하지아니함. 2) 상속인이출연하는경우상속인들의합의에의한의사에따라상속세과세표준신고기한이내에출연하되, 상속인의출연받은공익법인등의이사현원 (5인에미달하는경우에는 5인 ) 의 5분의 1을초과하여이사가되지아니하여야하며, 이사의선임등사업운영에관한중요사항을결정할권한이없어야함 ( 상증세법시행령제13조 2항 ). 관련법령 상속세및증여세법시행령제13조 내국법인주식등의초과보유계산방법등 2 법제16조제1항의규정을적용함에있어서상속인이공익법인등에상속재산을출연하는경우에는다음각호의요건을갖춘경우로한다. 1. 상속인의의사 ( 상속인이 2인이상인경우에는상속인들의합의에의한의사로한다 ) 에따라상속받은재산을제1항의규정에의한기한까지출연할것 2. 상속인이제1호의규정에의하여출연된공익법인등의이사현원 (5인에미달하는경우에는 5인으로본 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 75

92 다 ) 의 5 분의 1 을초과하여이사가되지아니하여야하며, 이사의선임등공익법인등의사업운영에관 한중요사항을결정할권한을가지지아니할것 3) 출연시한재산을출연한다는것은출연할재산의소유권을공익법인에이전하는것을말함. 따라서재산을출연할의사표시를하고이를이행하지아니한다면결과적으로출연하지않은것과동일하므로상속세과세표준신고기한까지공익법인에재산을출연하는경우에한하여상속세과세가액에산입하지아니함. 다만, 출연재산의소유권을이전하거나상속재산을출연하여공익법인을설립하는 경우로서법령상또는행정상의이유로소유권이전및설립허가가지연되는경우에는 그사유가종료된날이속하는달의말일부터 6 개월까지그출연을이행하여야함. 4) 상속재산중주식또는출자지분을출연하는경우내국법인의의결권있는주식등을출연하는경우에는당해출연주식이그내국법인의총발행주식수의 5%( 또는 10%) 이내인경우에한하여상속세과세가액에산입하지아니하며, 총발행주식수의 5%( 또는 10%) 를초과하는경우에는상속세과세가액에산입함. 2. 교육목적출연재산의증여세과세가액불산입가. 의의 비영리법인이출연받은재산은증여세납세의무가있음. 그러나비영리법인중공익법인은국가가해야할사회일반의이익을사업목적으로하고있으므로공익법인등이출연받은재산의가액은증여세과세가액에산입하지아니함. 나. 증여세과세공익법인이내국법인의주식을출연받은경우로서총발행주식수의 5%( 또는 10%) 를초과하여보유하는경우에는초과분에대하여증여세가과세됨. 다만, 산학협력단이법에서정하는일정요건을만족하는주식을취득하는경우에는증여세과세대상에서제외됨. 76 산학협력단세제개선방안연구보고서

93 관련법령 상속세및증여세법시행령제37조 내국법인주식등의초과보유계산방법등 6 법제48조제2항제2호각목외의부분단서에서 산학협력단이대통령령으로정하는주식등을취득하는경우 란다음각호의요건을모두갖춘경우를말한다. 1. 산업교육진흥및산학연협력촉진에관한법률 에따른산학협력단 ( 이하 산학협력단 이라한다 ) 이보유한기술을출자하여같은법에따른기술지주회사 ( 이하이조에서 기술지주회사 라한다 ) 또는 벤처기업육성에관한특별조치법 에따른신기술창업전문회사 ( 이하이조에서 신기술창업전문회사 라한다 ) 를설립할것 2. 산학협력단이출자하여취득한주식등이기술지주회사인경우에는발행주식총수의 100분의 50 이상, 신기술창업전문회사인경우에는발행주식총수의 100분의 30 이상일것 3. 기술지주회사또는신기술창업전문회사는자회사외의주식등을보유하지아니할것 Ⅲ. 상속세및증여세법에의한공익법인의납세협력의무 출연받은재산의증여세등을과세가액불산입받은공익법인등이공익사업을지원하려는제도의취지에맞지않게공익사업을성실하게수행하지않거나조세회피또는탈루의수단등으로이용하는것을방지하기위하여세법에서는출연재산등의사용및각종보고의무등을규정하여이를위반하는공익법인에게는증여세등을과세하고있음. 1. 보고서등제출의무 재산을출연받은공익법인은납세지관할세무서장에게결산에관한서류및공익법인출연재산등에대한보고서를사업연도종료일로부터 3개월이내에제출하여야함 ( 상증세법시행령제41조 ). 가. 제출서류 1) 결산에관한서류공익법인은결산에관한서류 ( 관련법령에따라공익법인이주무관청에제출하는것에한함 ) 를관할세무서에제출하여야함. 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 77

94 공익법인결산보고서제출제도신설 ( 상증세법시행령제41조제1항 ) 주요내용 : 공익법인은주무관청에제출하는대차대조표및손익계산서 ( 수지계산서등포함 ) 를사업연도종료일부터 3개월이내에관할세무서장에게제출하여야함. 결산보고서주무관청제출제도가없는경우에는주무관청에제출하는것이없으므로관할세무서에동결산보고서를제출할필요없음. 위결산보고서제출제도에서결산보고서란 1고유목적사업부문 2수익사업부문 3총계부문별로작성된것을의미함. 수익사업을영위하는공익법인이법인세신고시수익사업부문의결산보고서를제출하더라도고유목적사업부문과총계부문의결산보고서를추가로제출하여야함. 관련유권해석 재산-3958, 학교법인이사립학교법에따라주무관청에제출하는결산에관한서류중대차대조표및손익계산서 ( 학교회계관련세입 세출결산서포함 ) 는사업연도종료일부터 3월이내에납세지관할세무서장에게제출하여야함. 2) 공익법인출연재산등에대한보고서공익법인출연재산등에대한보고서 ( 별지제23호서식 ) 에는다음각호의서식을첨부하여함께제출하여야함. 가 ) 출연재산 운용소득 매각대금의사용계획및진도내역서 ( 별지제24호서식 ) 나 ) 출연받은재산의사용명세서 ( 별지제25호의2 서식 ) 다 ) 출연재산매각대금사용명세서 ( 별지제25호의3 서식 ) 라 ) 운용소득사용명세서 ( 별지제25호의4 서식 ) 마 ) 주식 ( 출자지분 ) 보유명세서 ( 별지제26호서식 ) 바 ) 이사등선임명세서 ( 별지제26호의2 서식 ) 사 ) 특정기업광고등명세서 ( 별지제26호의3 서식 ) 아 ) 출연재산을 3년이내에출연목적에사용하지못하고그사용에장기간을요하여주무부장관이이를인정하는경우에는그관련서류 78 산학협력단세제개선방안연구보고서

95 나. 제출기한공익법인은결산에관한서류및출연재산등에대한보고서를사업연도종료일부터 3개월이내에제출하여야하며, 이경우공익법인의사업연도는당해공익법인에관한법률또는정관의규정에의하며, 사업연도가따로정하여져있지아니한경우에는매년 1 월 1일부터 12월 31일까지로함 ( 상증세법시행령제41조제1항, 동시행규칙제11조 ). - 사립학교법 : 사립학교의학년도 - 산학협력단 : 당해대학의회계연도 관련법령 상속세및증여세법시행령제41조 출연재산명세의보고등 1 법제48조제5항에따라재산을출연받은공익법인등은결산에관한서류 [ 공익법인의설립 운영에관한법률 및그밖의법령에따라공익법인등이주무관청에제출하는대차대조표및손익계산서 ( 손익계산서에준하는수지계산서등을포함한다 ) 에한한다 ] 및기획재정부령으로정하는다음각호에규정하는사항에관한서류를사업연도종료일부터 3개월이내에납세지관할세무서장에게제출하여야한다. 1. 출연받은재산의명세 2. 출연재산 ( 출연재산의운용소득을포함한다 ) 의사용계획및진도현황 3. 법제48조제2항제4호및같은항제5호 ( 제38 조제7항에해당하는경우에한정한다 ) 에해당하는경우에는매각재산및그사용명세 4. 운용소득의직접공익목적사업사용명세 5. 그밖에기획재정부령으로정하는필요한서류 상속세및증여세법시행규칙제11조 공익법인등의과세기간등 영제38 조제4항부터제7항까지, 영제40 조제2항, 영제41 조제1항, 영제43 조제2항 제 3항 제 6항 제 7 항, 영제43조의 2 제9항및영제43조의 3 제1항에따른공익법인등의과세기간또는사업연도는당해공익법인등에관한법률또는정관의규정에의하며, 과세기간또는사업연도가따로정하여져있지아니한경우에는매년 1월 1일부터 12월 31일까지로한다. 다. 보고서등미제출가산세부과 ( 상증세법제 78 조제 3 항 ) 공익법인출연재산등에대한보고서를제출하지아니하였거나제출된보고서에출 연재산 운용소득및매각재산등의명세를누락또는잘못기재하여사실을확인할수 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 79

96 없는경우에는미제출분또는불분명한부분의금액에상당하는상속세액또는증여세액 의 1% 를가산세로과세함. 관련법령 상속세및증여세법제78조 가산세등 3 세무서장등은공익법인등이제48조제5항에따라제출하여야할보고서를제출하지아니하였거나제출된보고서의내용이대통령령으로정하는바에따라불분명한경우에는그미제출분또는불분명한부분의금액에상당하는상속세액또는증여세액의 100분의 1에상당하는금액을징수하여야한다. 2. 장부의작성 비치의무 공익법인은사업연도별로출연받은재산및공익사업운용내역등에대한장부를작성하여야하며장부및관계증빙서류를과세연도종료일로부터 10년간보존하여야함 ( 상증세법제51조 ). 가. 장부의작성방법출연받은재산의보유및운용상태와수익사업의수입및지출내용의변동을빠짐없이이중으로기록하여계산하는부기형식의장부이어야하며, 증빙서류에는수혜자에대한지급명세가포함되어야함. 다만, 이중으로대차평균하게기록된전표와증빙서류또는계산서 ( 세금계산서포 함 ) 와영수증에의하여재산의보유및운용상태와수입 지출의변동내용을빠짐없이 기록 보관하고있는경우에는장부를작성 비치하고있는것으로봄. 한편, 소득세법제160조및법인세법제112조단서의규정에의하여공익법인의수익사업에관하여작성 비치된장부와증빙서류는상속세및증여세법에의한장부를작성 비치하고있는것으로보며, 장부와증빙서류에는마이크로필름 자기테이프 디스켓기타정보보존장치를포함함. 80 산학협력단세제개선방안연구보고서

97 나. 장부의작성 비치의무불이행가산세 ( 상증세법제 78 조제 5 항 ) 장부를작성 비치하여야할공익법인이그장부의작성 비치의무를불이행하였을 경우에는다음산식에의하여계산한가산세를납부하여야함. ( 해당사업연도수입금액 + 출연재산가액 ) 0.07% 관련법령 상속세및증여세법제78조 가산세등 5 세무서장등은공익법인등이제50조제1항및제2항에규정된외부전문가의세무확인에대한보고의무등을이행하지아니하거나제51 조에따른장부의작성 비치의무를이행하지아니한경우에는대통령령으로정하는소득세과세기간또는법인세사업연도의수입금액과그과세기간또는사업연도에출연받은재산가액을합친금액에 1만분의 7을곱하여계산한금액을상속세또는증여세로징수한다. 다만, 공익법인등의특성, 출연받은재산의규모, 공익목적사업운용실적등을고려하여대통령령으로정하는경우에는그러하지아니하다. 다. 가산세가부과되지않는경우 ( 상증세시행령제80조제9항 ) 다음의공익법인은상속세및증여세법상장부의작성 비치의무불이행가산세가부과되지아니함. - 사업연도종료일현재대차대조표상총자산가액 ( 부동산인경우상증세법제60 조, 제61조및제66조에의거평가한가액이대차대조표상가액보다큰경우에는평가가액 ) 의합계액이 10억원미만이면서당해사업연도수입금액과그사업연도에출연받은재산가액의합계액이 5억원미만인공익법인 - 불특정다수인으로부터재산을출연받은공익법인 ( 출연자 1인과그특수관계자와의출연재산가액의합계액이공익법인이출연받은총재산가액의 100분의 5에미달하는경우에한함 ) - 국가 지방자치단체가출연하여설립한공익법인으로서감사원의회계검사를받는공익법인 ( 회계검사를받는연도분에한함 ) 법인세법제 3 조제 3 항제 1 호및제 7 호의수익사업을영위하는공익법인은법인세법상장부의비치 기장 의무가있음 ( 법인세법제 112 조단서 ) 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 81

98 3. 외부전문가의세무확인및기준 공익법인운영의투명성을확보하기위하여일정규모이상인공익법인은과세기간별또는사업연도별로출연재산의운용과공익사업운영내역등을 2명이상의외부전문가로부터세무확인을받아세무서장에게제출하여야함 ( 상증세법제50조 ). 가. 세무확인대상공익법인 사업연도의종료일현재대차대조표상총자산가액이 10 억원이상이거나해당사업연 도의수입금액과출연받은재산가액의합계액이 5 억원이상인공익법인을대상으로함. * 수입금액 : 공익사업과관련된소득세법에따른수입금액또는법인세법에따라법인세과세대상이되는수익사업과관련되는수입금액 * 이후개시하는사업연도분부터는자산총액판정시부동산 ( 토지 건물 ) 은상증세법제60조, 제61조및제66조의규정에의하여평가한가액과대차대조표상의가액중큰가액을기준으로판정함. 나. 세무확인대상에서제외되는공익법인 1) 주식회사의외부감사에관한법률에의한감사인으로부터회계감사를받는공익법인 2) 대차대조표상총자산가액 ( 부동산인경우상증세법제60조, 제61조및제66조에평가한가액이대차대조표상가액보다큰경우에는평가가액 ) 이 10억원미만이면서당해사업연도수입금액과출연받은재산가액의합이 5억원미만인공익법인 3) 불특정다수인으로부터재산을출연받은공익법인 ( 출연자 1인과그특수관계자와의출연재산가액의합계액이공익법인이출연받은총재산가액의 100분의 5에미달하는경우에한함 ) 4) 국가 지방자치단체가출연하여설립한공익법인으로서감사원의회계검사를받는공익법인 ( 회계검사를받는연도분에한함 ) 다. 보고기한 외부전문가의세무확인을받은공익법인은그결과를해당과세기간또는사업연도 종료일부터 3 월이내에관할세무서장에게보고하여야함. 82 산학협력단세제개선방안연구보고서

99 라. 외부전문가의세무확인보고미이행가산세 ( 상증세법제 78 조제 5 항 ) 외부전문가세무확인대상공익법인이외부전문가의세무확인에대한보고의무등을 이행하지아니할경우에는다음산식에의하여계산한가산세를납부하여야함. ( 해당사업연도수입금액 1) + 출연재산가액 2) ) 0.07% 1) 외부전문가의세무확인을받지않거나보고를이행하지않은사업연도의수입금액 2) 외부전문가의세무확인에대한보고를이미이행한분으로서계속공익목적사업에직접사용하는분을차감함 ( 이후상속세또는증여세를결정하거나경정하는분부터적용 ) 관련법령 상속세및증여세법제78조 가산세등 5 세무서장등은공익법인등이제50조제1항및제2항에규정된외부전문가의세무확인에대한보고의무등을이행하지아니하거나제51조에따른장부의작성 비치의무를이행하지아니한경우에는대통령령으로정하는소득세과세기간또는법인세사업연도의수입금액과그과세기간또는사업연도에출연받은재산가액을합친금액에 1만분의 7을곱하여계산한금액을상속세또는증여세로징수한다. 다만, 공익법인등의특성, 출연받은재산의규모, 공익목적사업운용실적등을고려하여대통령령으로정하는경우에는그러하지아니하다. 마. 외부전문가 (2 명이상 ) 외부전문가는변호사 공인회계사 세무사를말하며, 세무확인을받는공익법인으로부터 업무수행상독립되어야하므로외부전문가가다음에해당하는경우에는선임할수없음. 세무확인배제대상외부전문가 1. 당해공익법인등의출연자 * 설립자( 이하 출연자등 ) 또는임직원 ** * 출연자 : 재산출연일현재해당공익법인등의총출연재산가액의 100분의 1에상당하는금액과 2천만원중적은금액이하의금액을출연한사람제외 ** 임직원 : 퇴직후 5년이경과하지아니한자포함 2. 출연자등과상증세법시행령제12조의2 제1항제1호, 제2호의관계에있는사람 3. 출연자등또는그가경영하는회사 ( 해당회사가법인인경우에는출연자등이상증세법시행령제19조제2항에서규정하는 최대주주또는최대출자자 인경우를말함 ) 와소송대리, 회계감사, 세무대리, 고문등의거래가있는사람 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 83

100 4. 해당공익법인등과채권 채무관계에있는사람 5. 기타해당공익법인과이해관계가있는등의사유로그직무의공정한수행을기대하기어렵다고인정되는사람 6. 제1호 ( 임직원은제외 ) 및제3호부터제5호까지의규정에따른관계에있는법인에소속된사람 바. 세무확인사항외부전문가는공익법인이출연받은재산을적정하게공익목적사업에운용하고있는지의여부등을확인하여야하는데주요확인사항은다음과같음. 1) 출연재산및그운용에관한사항 - 출연재산의 3년내공익목적사용여부및사용내역의적정여부 - 주식을출연받거나취득하는경우주식보유기준초과여부 - 수익용또는수익사업용으로운용하는출연재산의운용소득중기준금액이상을직접공익목적사업에사용하였는지여부 - 출연재산매각대금을기준금액이상공익사업에사용하였는지여부 - 공익사업수혜자의적정여부등 2) 자기내부거래에관한사항 - 출연재산을출연자및그와특수관계에있는자에게무상또는낮은가액으로사용 수익하게하였는지여부등 3) 기타공익법인등의운영에관한사항 - 이사중특수관계인의기준초과여부및특수관계인의임직원채용여부 - 특정법인에대한광고 홍보여부 - 장부의작성 비치의무준수여부 - 각종보고서의제출여부 - 기타공익법인의운영등과관련하여공익목적에부합되지않는사업또는행위에대한조치사항등 4) 세무확인보고 - 상증세법시행규칙별지제32호서식 84 산학협력단세제개선방안연구보고서

101 사. 외부전문가의세무확인서작성및보고외부전문가는상기세무확인사항을확인하여공익법인등이작성한상증세법시행규칙제25조제1항각호서식의적정여부를검증하고, 별지제32호서식에의하여세무확인서등을작성하여야함. 외부전문가세무확인서등은공익법인등이비치하고있는장부, 결산보고서및그 부속서류, 기타증빙서류등에의하여정확하게작성하여야하며, 장부등이사실과다 른경우에는외부전문가가확인한사실에따라작성하여야함. 관련유권해석 대법원 선고 2000두5944 판결납세자가정당한이유없이법에규정된보고의무등을위반한경우에법이정하는바에의하여부과하는행정상의제재로서납세자의고의 과실은고려되지아니하는것이고, 법령의부지또는오인은그정당한사유에해당한다고볼수없음. 대구지법 선고 2004 구합 420 판결 외부전문가세무확인보고서제출기한내에세무확인보고서를제출하지아니한이상가산세를부과할 수있음. 재산 -2790, 전문대학을설립 경영하는공익법인이주식회사의외부감사에관한법률제 3 조에따른감사인에게회 계감사를받은경우에는해당사업연도에대하여외부전문가세무확인을받지않아도되는것임. 서면 4 팀 -793, , 재삼 , 외부전문가의세무확인을받아야하는자산총액 30 억원이상의공익법인에서말하는자산총액은고유 목적과수익사업등에사용되는모든자산가액을말함. 서면 4 팀 -2072, 상속세및증여세법제 46 조제 4 호의규정에의하여증여받은재산에대하여증여세를비과세받는사내 근로복지기금은외부전문가의세무확인을받아야하는공익법인등에포함되지아니하는것임. 국심 2003 서 3502, 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 85

102 세무확인불성실가산세계산시, 총출연재산가액의평가액에변동이있을뿐당해사업연도에출연받은재 산이없으므로대통령령이정하는수입금액에대해서만 1 만분의 7 을곱하여산정 국심 2003 구 2247, 공익법인등의세무확인불성실가산세적용시, 출연받은재산가액 은사업연도종료일현재의출연재산 가액 누계액 이아닌당해사업연도중에출연받은 연간 재산가액으로보는것이타당함. 재삼 , 국가또는지방자치단체로부터출연받은재산외에일반개인이나법인등으로부터출연받은재산이없는 공익법인등은외부전문가의세무확인을받아야하는공익법인등에포함안됨. 서면4팀-1101, 산업기술단지지원에관한특례법의규정에따라사업시행자로지정받은재단법인이국가또는지방자치단체로부터출연받은재산외에일반개인이나법인등으로부터출연받은재산이있는경우에는상속세및증여세법제48 조제5항및같은법제50조의규정이적용되는것임. 재산 -63, 초 중 고와대학을운영하는학교법인이초 중 고부분에대하여외부감사를이행하지않은경우성실공 익법인에해당하지않으며, 2007 년도분세무확인은 2008 사업연도종료일부터 2 월내에받아야하는것임. 4. 외부회계감사를받아야할의무가. 개요 총자산가액이 100억원이상인공익법인은과세기간별또는사업연도별로주식회사의외부감사에관한법률제3조에따른감사인에게회계감사를받아야함 ( 상증세법제50조제3항 ). 외부감사를받는공익법인은외부전문가세무확인대상에서제외 나. 제외대상 다음의공익법인은회계감사를받지아니할수있음. 86 산학협력단세제개선방안연구보고서

103 - 회계감사를받아야하는과세기간또는사업연도의종료일현재대차대조표상총자산가액 ( 부동산인경우상증세법제60조, 제61조및제66조에따라평가한가액이대차대조표상의가액보다크면그평가한가액을말함 ) 의합계액이 100억원미만인공익법인 - 상증세법시행령제12조제1항 ( 종교 ) 및 2호 ( 교육 ) 의사업을영위하는공익법인 다. 감사보고서관할세무서제출 회계감사를받은공익법인은감사인이작성한감사보고서를과세기간또는사업연도 종료일부터 3 개월이내에관할세무서장에게제출하여야함. 라. 미이행시가산세부과여부회계감사를받아야하는공익법인이동의무를이행하지않은경우에도가산세를적용하지는않으나, 개정된동일기업주식출연 취득제한완화 (5% 10%), 계열기업주식보유제한완화 (30% 50%) 규정을적용받기위해서는반드시회계감사를받아야함. 5. 전용계좌개설 사용의무가. 개요 공익법인은직접공익목적사업과관련하여받거나지급하는수입과지출이있는경우에는직접공익목적사업용전용계좌 * 를개설 사용하여야함 ( 상증세법제50조의 2). 다만, 상증세법시행령제12조제1호의사업을영위하는공익법인 ( 종교법인을의미 ) 은제외 * 전용계좌란 ⅰ) 공익법인의공익목적사업의용도로만사용되는것으로서 ⅱ) 금융기관 ** 에개설한계좌를의미하며, 공익법인별로둘이상개설할수있음. ** 금융기관이란 금융실명거래및비밀보장에관한법률 제2조제1호에해당하는금융기관을의미함. 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 87

104 나. 전용계좌사용의무거래 1) 직접공익목적사업과관련된수입과지출을금융기관을통하여결제하거나결제받는경우로서다음의경우를포함함. - 송금및계좌간자금이체 - 수표 어음으로이루어진거래대금의지급및수취 - 신용카드, 선불카드, 직불카드를통하여이루어진거래대금의지급및수취 2) 기부금 출연금또는회비를받는경우 - 다만, 현금으로직접받은경우로서기부금 출연금또는회비를지급받는날로부터 5일까지전용계좌에입금하는경우는제외함. 이경우기부금 출연금또는회비의현금수입명세를작성하여보관하여야함 3) 인건비 임차료를지급하는경우 4) 공익목적사업과관련된기부금 장학금 연구비 생활비등을지급하는경우 - 다만, 100만원을초과하는경우로한정함. 5) 수익용또는수익사업용자산의처분대금, 그밖의운용소득을고유목적사업회계에전입 ( 현금등자금의이전이수반되는경우에한함 ) 하는경우 다. 전용계좌외거래명세서작성보관전용계좌사용대상거래가아닌경우그거래일자, 거래상대방 ( 확인이가능한경우에한함 ) 및거래금액등을기재한전용계좌외거래명세서를작성 보관하여야함. 이경우전산처리된테이프또는디스크등에수록 보관하여즉시출력할수있는상태에둔때에는전용계좌외거래명세서 ( 상증세법시행규칙별제제29호서식 ) 를작성하여보관한것으로봄. 라. 전용계좌개설, 변경및추가공익법인은최초로공익법인에해당하게된날부터 3개월이내에전용계좌개설 ( 변경 추가 ) 신고서를납세지관할세무서장에게신고하여야하며, 전용계좌를변경 추가하는때에는사유발생일로부터 1개월이내에납세지관할세무서장에게신고하여야함. 88 산학협력단세제개선방안연구보고서

105 마. 의무위반시가산세 1) 전용계좌사용의무대상거래에해당하는경우로서전용계좌를사용하지아니한경우에는전용계좌를사용하지아니한금액의 1천분의 5 2) 전용계좌를개설 신고하지아니한경우 MAX(1,2) 1 개설 신고하지아니한사업연도의직접공익목적사업과관련한수입금액 ( 당해공익법인수입금액총액에서법인세가과세되는수익사업관련수입금액을차감 ) 의 1천분의 5에상당하는금액 2 전용계좌사용의무대상거래금액합계액의 1천분의 5에상당하는금액 바. 적용시기 전용계좌개설 사용의무는 2008 년 1 월 1 일이후최초로지급받거나지급하는수입또 는지출분부터적용함. 다만, 의무위반시가산세규정은 2009 년 1 월 1 일이후최초로개시하는과세기간또 는사업연도분부터적용함. 관련유권해석 재산-2789, 국가등으로부터출연받은재산및정기예금은전용계좌사용의무대상아님. 상속세및증여세법제 50조의 2 제1항의규정에의하여공익법인등이직접공익목적사업과관련하여지급받거나지급하는수입과지출로서동항각호의어느하나에해당하는경우에는직접공익목적사업용전용계좌를사용하여야하는것이나, 국가또는지방자치단체로부터출연받은재산에대하여는그러하지아니하는것임. 또한, 공익법인등이출연받은재산을정기예금으로운용하는경우당해정기예금계좌는직접공익목적사업용전용계좌에해당하지아니하는것임. 재산-3956, 고등교육법제2조에서규정하는학교를경영하는 사립학교법 제10 조에따라설립된학교법인이학생들로부터등록금을받기위하여사용하는계좌와등록금을교육사업비로지출하기위하여사용하는계좌는상속세및증여세법제50 조의2의규정이적용되지아니하는것임. 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 89

106 6. 결산서류공시의무가. 개요 자산총액 10억원이상이거나수입금액과해당사업연도에출연받은재산의합계액이 5억원이상인공익법인은결산서류등을사업연도종료일부터 4개월이내에국세청의인터넷홈페이지에게재하는방법으로공시하여야함 ( 상증세법제50조의 3). 다만, 상증세법시행령제 12 조제 1 호의사업을영위하는공익법인 ( 종교법인 ) 은제외함. 나. 공시의무제외대상공익법인 1) 결산서류등의공시대상과세기간또는사업연도의종료일현재대차대조표상총자산가액 ( 부동산인경우상증세법제60조, 제61조및제66조에따라평가한가액이대차대조표상의가액보다크면그평가한가액 ) 의합계액이 10억원미만이면서수입금액과출연받은재산의합계액이 5억원미만인공익법인 2) 상증세법시행령제12조제1호의사업을영위하는공익법인 ( 종교법인 ) 다. 공시대상결산서류등 1) 대차대조표, 손익계산서 ( 손익계산서에준하는수지계산서등을포함함 ) 2) 외부회계감사대상공익법인의경우감사보고서 3) 기부금모집및지출내용 4) 해당공익법인등의대표자 이사 출연자 소재지및목적사업에관한사항 5) 주식관련서류 - 공익법인의주식등의출연 취득 보유및처분사항 - 공익법인에주식등을출연한자와그주식등의발행법인과의관계 - 주식등의보유로인한배당현황, 보유한주식등의처분에따른수익현황등 라. 공시요구및오류시정요구불이행시가산세부과국세청장은공익법인이결산서류등을공시하지아니하거나그공시내용에오류가있는경우에는해당공익법인등에게 1개월이내의기간을정하여공시하도록하거나오류를시정하도록요구할수있음. 90 산학협력단세제개선방안연구보고서

107 국세청장은공시요구를하거나오류시정을요구할때에는문서로하여야하며, 요구 를이행하지아니하는공익법인에대해서는가산세를부과하고해당공익법인의주무 부장관에게관련사실을통보하여야함. 국세청장의공시요구또는시정요구를지정된기한이내에이행하지아니하는경우공시하여야할과세기간또는사업연도의종료일현재해당공익법인의대차대조표상자산총액 ( 부동산인경우상증세법제60조, 제61조및제66조에따라평가한가액이대차대조표상의가액보다크면그평가한가액을말함 ) 의 1천분의 5에상당하는금액을가산세로부과함. 7. 기부금영수증발급내역작성 보관 제출의무 기부금영수증 ( 기부하는자가기부금소득공제, 기부금필요경비산입또는기부금손금산입을받는데필요 ) 을발급하는자는기부법인별, 기부자별발급내역을작성하여발급한날로부터 5년간보관하고, 기부금영수증발급명세서를제출하여야함 ( 법인세법제 112조의 2, 소득세법제160조의 3). 가. 작성대상기부하는자 * 가기부금소득공제, 기부금필요경비산입또는기부금손금산입을받는데필요한기부금영수증을발급하는자 * 까지 : 연간 100만원을초과하는금액을기부하는자 ~ : 연간 50만원을초과하는금액을기부하는자 부터 : 액수에관계없이기부금을기부하는자 나. 작성 보관불이행시가산세부과기부금영수증을발급하는자가기부금영수증을사실과다르게발급하거나기부법인별 기부자별발급명세를작성 보관하지아니한경우에는산출세액이없더라도다음과같이가산세가부과됨 ( 법인세법제76조제10항, 소득세법제81조제12항 ). 1) 기부금영수증의경우 : 사실과다르게발급된금액의 100분의 2 2) 기부자별발급내역의경우 : 작성 보관하지아니한금액의 1천분의 2 ( 다만, 상속세및증여세법제78조제3항에따라보고서제출의무를이행하지아 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 91

108 니하거나, 같은조제 5 항에따라장부의작성 비치의무를이행하지아니하여 가산세가부과되는경우적용하지아니함 ) 상증세법에따라제출하는별지 25 호의 2 서식 출연받은재산의사용명세서 의경우연간출연 ( 기 부 ) 금액 50 만원이상분은출연자별출연명세를작성 제출해야함. 다. 기부금영수증발급명세서제출의무기부금영수증을발급하는자는해당사업연도의기부금영수증총발급건수및금액등이적힌기부금영수증발급명세서를해당사업연도의종료일이속하는달의말일부터 6개월이내에관할세무서장에게제출하여야함 ( 법인세법제112조의 2 제3항 ). 라. 불성실기부금수령단체명단공개국세청장은비밀유지규정에불구하고기부금을수령한단체로서다음중어느하나에해당하는단체의인적사항, 국세추징명세등을공개할수있음 ( 국세기본법제85조의 5, 동시행령제66조 ). 1) 명단공개일을기준으로최근 2년이내에 3회이상상증법에따른의무불이행으로국세를추징당하였거나추징당한세액의합계액이 1천만원이상인경우 2) 명단공개일을기준으로최근 3년간의 소득세법 제160조의 3에따른기부자별발급명세또는 법인세법 제112조의 2에따른기부법인별발급명세를작성하여보관하고있지아니한경우 3) 명단공개일을기준으로최근 3년이내에기부금액또는기부자의인적사항이사실과다르게발급된기부금영수증 ( 이하이조에서 거짓영수증 이라한다 ) 을 5 회이상발급하였거나그발급금액의합계액이 5천만원이상인경우 국세정보공개심의위원회의심의를거쳐선정된공개대상자에게불성실기부금수령단체명단공개대상자임을통지하여소명기회를주며, 통지일로부터 6개월이지난후국세정보공개심의위원회에서기부금영수증발급명세서의작성, 보관의무이행등을고려하여명단공개여부를재심의하여공개대상자를선정함. 명단공개는관보에게재하거나국세정보통신망또는관할세무서게시판에게시하며, 단체의명칭, 대표자, 국세추징건수또는세액, 거짓영수증발급건수또는발급금액등을공개함. 92 산학협력단세제개선방안연구보고서

109 8. 계산서합계표등자료제출의무가. 개요 과세자료는거래상대방의세원을포착하여과세의근거가되게하는자료이며, 과세자료제출의무는국가 지방자치단체를포함한모든납세의무자가부담하고있는협력의의무임. 수익사업이없는비영리 공익법인의경우에도과세자료제출의납세협력의무가있으 므로수취한과세자료를과세당국에제출하여야함. 그러나일부비영리 공익법인이이를간과하여수취한과세자료를제출하지않아효 율적인세원관리에어려움이많은것이현실임. 나. 세금계산서합계표제출세금계산서를교부받은국가 지방자치단체 지방자치단체조합과아래의자는부가가치세의납세의무가없는경우에도매입처별세금계산서합계표를당해과세기간끝난후 25일이내에사업장관할세무서장에게제출하여야함 ( 부가가치세법제20조제4항, 동시행령제66조의 2). - 부가가치세가면제되는사업자중소득세또는법인세의납세의무가있는자 ( 조세특례제한법에의하여소득세또는법인세가면제되는자를포함한다.) - 민법제32조의규정에의하여설립된법인 - 특별법에의하여설립된법인 - 각급학교기성회 후원회또는이와유사한단체 또한부가가치세가면제되는사업을하는법인은재화나용역을공급받고세금계산서를발급받은경우매년 1월 31일까지매입처별세금계산서합계표를납세지관할세무서장에게제출하여야함. 부가가치세법제20조제4항의규정에따라제출할경우는그러하지아니함 ( 법인세법제120조의 3). 이러한매입처별세금계산서합계표제출의무를이행하지않는경우에는그공급가 액의 100 분의 1( 제출기한이경과한후 1 월이내에제출하는경우에는 1 천분의 5) 에상당 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 93

110 하는금액을가산한금액을법인세로서징수함. 다만, 국가및지방자치단체, 비수익사 업과관련된비영리법인의경우에는합계표를제출하지아니하여도가산세를부과하지 아니함 ( 법인세법제 76 조제 9 항, 동시행령제 120 조제 2 항 ). 다. 계산서합계표제출법인이부가가치세가면제되는재화또는용역을공급하는경우계산서를작성 교부하여야함. 또한교부하거나교부받은계산서의매출 매입처별계산서합계표를매년 1월 31까지납세지관할세무서장에게제출하여야함 ( 법인세법제121조제5항 ). 계산서를작성 교부하지아니하거나매출 매입처별계산서합계표제출의무를이행하지아니한경우에는그공급가액의 100분의 1( 제출기한이경과한후 1월이내에제출하는경우에는 1천분의 5) 에상당하는금액을가산한금액을법인세로서징수함. 다만, 국가및지방자치단체, 비수익사업과관련된비영리법인의경우에는그러하지아니함 ( 법인세법제76조제9항, 동시행령제120조제2항 ). Ⅳ. 상속세및증여세법상공익법인이지켜야할일 공익법인에대한조세지원은공익사업을원활하게할수있도록하기위한것이나, 공익사업을명목으로조세지원제도를조세회피수단으로악용하거나공익사업을성실하게수행하지않는것을방지하기위하여세법에서는출연재산의사용의무등을규정하고공익사업에제대로사용하는지여부등을사후관리하고있으며, 사후관리결과의무를위반한것으로확인되는경우에는공익법인에게증여세등을과세하고있음. 1. 출연재산의직접공익목적사업등에사용 재산을출연받은때에는출연받은날로부터 3 년내에직접공익목적사업등에전부 사용하여야함 ( 상증세법제 48 조제 2 항제 1 호및동시행령제 38 조 ). 94 산학협력단세제개선방안연구보고서

111 가. 개요 직접공익목적사업등에사용 하는것이라함은 1) 출연받은재산을당해공익법인등의정관상고유목적사업에사용하거나, 직접공익목적사업에충당하기위하여당해재산을수익사업용또는수익용으로운용하는것과 2) 출연받은재산을당해공익사업의효율적인수행을위하여주무관청의허가를받아다른공익법인에출연하는경우를포함함. 직접공익목적사업사용으로보지않는것 ( 상증세법시행령제 38 조제 2 항 ) 고유목적사업지출로보지아니하는과다인건비 ( 법인세법시행령제56 조제11 항 ) - 다음의법인이임원, 종업원에게지급하는총급여액중 8천만원초과분 1) 법인세법제29조제1항제4호에따라수익사업소득의 50% 를초과하여고유목적사업준비금으로손금산입하는비영리내국법인 ( 장학법인등 ) 2) 조세특례제한법제74 조제1항제2호및제8호에따라수익사업소득의 50% 를초과하여고유목적사업준비금으로손금산입하는비영리내국법인 ( 장학법인, 사회복지법인등 ) - 과다인건비제한제외해당사업연도의법인세과세표준을신고하기이전에그인건비지급규정을주무관청에승인받은경우 ( 법인세신고시인건비지급규정및주무관청의승인사실을확인할수있는서류를납세지관할세무서장에게제출 ) * 이후개시하는사업연도부터적용 총급여액 : 소득세법제20조제1항각호의소득의합계액, 해당사업연도의근로기간이 1년미만인경우에는 12개월로환산, 월수는역에따라계산하고 1월미만은 1월로한다. 직접공익목적사업등에사용한금액의범위 [ 상증세법기본통칙 ] 1) 출연재산이현금인경우 - 직접공익목적사업용재산을취득하기위하여지출한금액 - 직접공익목적사업비로지출한금액 - 수익사업용또는수익용재산을취득하기위하여지출한금액 2) 출연재산이제1호외의재산인경우 - 직접공익목적사업에사용하는재산의금액 - 수익사업용또는수익용재산으로사용되는재산의금액 - 당해출연재산매각대금으로제1호각목의용도에지출한금액 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 95

112 나. 출연받은날로부터 3년이내에사용하여야함. 출연받은재산은공익사업을수행하는재원으로, 이를임의로장기간방치해두도록하는것은조세지원취지에맞지않으므로출연일로부터 3년이내에전부를사용하도록규정함. 그러나출연받은재산을공익목적사업에사용함에있어법령상또는행정상의부득이한사유등으로인하여 3년이내에전부사용하는것이곤란한경우로서주무부장관 ( 권한을위임받은자를포함 ) 이인정한경우에는그사유가없어진날로부터 1년이내에해당자산을직접공익목적사업등에사용하여야함 ( 이후상속 증여분부터적용 ). 이경우주무부장관이인정한사실을출연재산의사용계획및진도보고서등출연재 산보고서를제출할때함께납세지관할세무서장에게보고하여야하고, 만약에주무 부장관이인정한서류를제출하지않는경우에는가산세가부과됨. 다. 공익목적외에사용하거나 3년이내미사용하는경우출연받은재산을직접공익목적사업등 ( 직접공익목적사업에충당하기위하여수익용또는수익사업용으로운용하는경우포함 ) 외에사용하거나출연받은날로부터 3년이내에직접공익목적사업등에사용하지아니하는경우에는공익목적사업등외에사용하였거나미사용된재산가액을증여가액으로하여공익법인에게증여세가과세됨. 증여세과세가액 = 직접공익목적사업외에사용한재산의가액 + 3년이내에직접공익목적사업등에사용하지아니하거나미달하게사용한재산의가액 다만, 출연받은재산, 운용소득, 출연받은재산의매각대금및잔여재산중일부를다음사유로직접공익목적에사용할수없는때에는당해금액을출연받은재산가액에서차감하여계산하는것으로, 이규정은 이후상속세또는증여세를결정하거나경정하는분부터적용됨 ( 상증세법시행령제38조제9항 ). - 공익법인의이사또는사용인의불법행위로인하여출연받은재산등이감소된경우 ( 다만, 출연자와친족및직계비속의배우자의 2촌이내의부계혈족과그배우자의불법행위로인한경우제외 ) - 출연받은재산등을분실하거나도난당한경우 96 산학협력단세제개선방안연구보고서

113 라. 증여세연대납세의무 공익법인이사후관리요건을위배하여증여세가추징되는경우에는당초출연자에게 도연대납세의무를부여함 ( 상증세법제 4 조 ). 출연자에게연대납세의무를면제하는경우 ( 이후증여분부터적용 ) - 출연자가해당공익법인의운영에책임이없는경우로서, 상증세법제48조의규정에의한증여세또는가산세부과사유발생일로부터소급하여재산출연일까지의기간이 10년이상이고, 이기간중당초출연자및그특수관계자가공익법인의이사, 임직원이아니어야하며, 이사의선임등공익법인의사업운영에관한중요사항을결정할권한을가지지아니하여야함. 관련유권해석 재산세과-213, 교회재산을부목사, 전도사등의사택으로사용함은직접공익목적외에사용한것이나, 경내에있는경우로서그목적사업수행을위하여사용하는경우는공익목적사업사용에해당함. 재산-428, 공익법인등이출연받은재산으로정관상고유목적사업에직접사용하는시설에소요되는수선비, 전기료, 전화사용료등의관리비를제외한관리비로사용하는경우에는직접공익목적사업에사용한것으로보지아니함. 서면4팀-1383, 의료법인이출연받은재산을법령상또는행정상의부득이한사유로 3년이내에공익목적사업에사용하지못한것을주무장관이인정하여그사용기간을여러차례연장해준경우로서당해의료법인이주무부장관이연장해준최종사용기간까지출연재산을공익목적사업에사용하지않은경우에는그최종사용기간이경과한날을기준으로증여세부과재산-3782, 직접공익목적사업에사용하는것은정관상고유목적사업에사용하거나출연받은재산을직접공익목적사업에효율적으로사용하기위하여주무관청의허가를받아다른공익법인등에게출연하는경우를의미함. 서면4팀-2999, 서면4팀-3003, 종교단체가출연받은금전을출연자에게반환하는경우에는직접공익목적사업외에사용한것으로 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 97

114 보아증여세가과세되는것이며, 반환받은출연자는같은법제31 조제5항에의하여그반환받은금전에대하여증여세납부의무가있는것임. 국심2006중3063, 공익법인의이사장이수익사업용재산매각대금을횡령하였으나세무조사가개시되기전에이를인지하고횡령액과이자상당액을회수하여실질적으로재산의감소가없었던경우증여세과세대상이아님. 서면4팀-1044, 학교법인이출연받은골동품을정관상고유목적사업으로서당해법인이운영하는박물관에전시하는경우에는직접공익목적사업에사용한것에해당제도 , 장학사업을영위하는공익법인이정관상고유목적사업인장학사업수행을위하여출연받은건물을직접사용하는경우에는직접공익목적사업에사용하는것으로보는것임. 국심2000서2243, 공익법인이출연받은토지를불법매각하고그대금을유출해고유목적사업외에임의로사용한경우 3년내사용기간 에관계없이 매각시점 에즉시증여세추징대상임. 감심98-38, 공익법인이 출연받은재산을 3년이내에출연목적에사용하지않은경우, 3년이되는 을과세요인이발생한날및증여재산평가시점으로해과세함. 서면4팀-2704, 고유목적사업을수행하기위한사용인의인건비로지출한금액에대하여는전액직접공익목적사업에사용한것으로보는것임. 서일 , 공익법인이출연받은재산을직접공익목적사업에사용하는경우에는증여세가과세되지아니하는것이나, 출연받은재산을상속세및증여세법제68조의규정에의한신고기한경과후 3월이내에당초출연자에게반환하는경우에는당해공익법인에게증여세가과세됨. 서면4팀-1978, , 서일 , 공익법인이출연받은재산으로차입금을변제하는것은직접공익목적사업에사용한것으로볼수없어증여세과세대상이나주무관청의허가를얻어차입한금액을학교건축비등직접공익목적사업에사용하고출연재산또는출연재산의매각대금으로당해차입금상환에사용한경우에는직접공익목적사업에사용한것으로보아증여세를과세하지아니함. 98 산학협력단세제개선방안연구보고서

115 서일 , 공익법인등이이사장에게지급하는거마비, 경조사비, 판공비등은고유목적사업을수행하기위한경 비로볼수없음. 2. 출연재산매각금액의직접공익목적사업에사용 공익법인이출연재산을매각하는경우에는당해매각금액을매각한날이속하는사업연도의종료일로부터 1년내 30%, 2년내 60%, 3년내 90% 에상당하는금액이상을 직접공익목적사업 에사용하여야함 ( 상증세법제48조제2항제4호, 제5호및동시행령제38조제4항, 제7항 ). 가. 개요매각대금이란출연받은재산의매각으로증가한재산을포함한총매각대금에서자산매각에따라부담하는국세 지방세를차감한것을말하며, 직접공익목적사업에사용한다는의미는매각대금으로직접공익목적사업용또는수익사업용재산을취득하는경우를포함함. 그리고 부터는매각대금으로일시취득한수익용또는수익사업용재산으로 서그운용기간이 6 월미만인재산 ( 예. 일시적요구불예금예치 ) 은직접공익목적사업 용또는수익사업용재산에서제외됨 ( 상증세법시행규칙제 10 조의 6 제 2 항 ). 나. 매각금액중공익목적에사용하지아니한경우공익목적사업에사용하지아니한경우란출연재산을매각하고그매각대금을공익목적사업외에사용하거나매각한날이속하는과세기간또는사업연도의종료일로부터 3년이내에매각대금중직접공익목적사업에사용한실적 ( 매각대금으로직접공익목적사업용또는수익사업용재산을취득한경우를포함한다 ) 이매각대금의 90% 에미달하는경우를말함. 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 99

116 따라서출연재산매각대금중공익목적사업외사용금액과 90% 의비율에미달사용 액을증여가액으로하여공익법인에게증여세가과세됨. 다. 사용기준금액에미달사용하는경우출연재산매각일이속하는사업연도의종료일부터 1년내에 30%, 2년내 60% 이상을직접공익목적사업에사용하지아니할경우에는매각대금중 2년이내에각각의비율에미달하게사용하는금액에대하여는 이속하는사업연도부터미달사용액의 10% 의가산세를부과함. 매년사용기준 적요 사용비율 미달사용하는경우 1년이내 30% 미달사용액의 10% 가산세부과 2년이내 60% 미달사용액의 10% 가산세부과 3년이내 90% 미달사용액을증여가액으로증여세부과 관련유권해석 재산세과-213, 교회가교인등에게대여기간 6개월이상으로출연재산매각대금을대여하는경우정관상고유목적사업의수행에직접사용하는자산을취득하거나수익용또는수익사업용재산의취득및운용에사용하는경우에해당하지않는것임. 재산-3957, 공익법인이상속세및증여세법제48조제1항의규정에따라증여세과세가액에산입하지아니한출연받은토지를출연받은날부터 3년이경과하여매각한경우그매각대금에대하여는출연재산매각대금사후관리규정이적용됨. 재산 -3957, 전세보증금이정관상고유목적사업수행을위한건물의임차와관련하여사용하는보증금에해당하는 경우에는직접공익목적사업에사용한것으로보는것임. 서면 2 팀 -1060, 법인세법상고유목적사업준비금사용의무와상속세및증여세법상출연재산매각대금사용의무규정 100 산학협력단세제개선방안연구보고서

117 이모두적용되는비영리법인이라면법인세법과상속세및증여세법의적용범위를동시에고려하여 사실판단하기바람. 재재산 -322, 종교단체가공익목적사업에사용하던부동산의매각대금또는헌금을공익목적사업에사용된차입금의 상환에사용하였다면동부동산의매각대금또는헌금을직접공익목적사업에사용한것으로보는것임. 서면 4 팀 -2755, 공익법인에대한매각대금사후관리규정이적용되는출연받은재산에는수익용또는수익사업용재 산, 운용소득으로취득한재산및매각대금으로취득한다른재산을포함하는것임. 3. 출연재산운용소득의직접공익목적에사용 공익법인은수익사업용또는수익용으로사용하는출연재산운용소득금액의 70% 에상당하는금액이상을그사업연도종료일로부터 1년이내에직접공익목적에사용하여야함 ( 상증세법제48조제2항제3호, 제5호및동시행령제38조제5항, 제6항 ). 가. 개요 직접공익목적사업 이란정관상의고유목적에사용함을의미하는것으로고유목적 사업의수행을위해직접사용되는자산을취득하는데소요된비용을포함함 시행령개정전에는고유목적사업의수행을위한사용인인건비전액을직 접공익목적사업에사용한것으로보았으나, 상증세법시행령제 38 조제 2 항 개정으로다음의인건비는직접고유목적에사용한것으로보지않음. 고유목적사업지출로보지아니하는과다인건비 ( 법인세법시행령제56조제11항 ) - 다음의법인이임원, 종업원에게지급하는총급여액중 8천만원초과분 1) 법인세법제29조제1항제4호에따라수익사업소득의 50% 를초과하여고유목적사업준비금으로손금산입하는비영리내국법인 ( 장학법인등 ) 2) 조세특례제한법제74조제1항제2호및제8호에따라수익사업소득의 50% 를초과하여고유목적사업준비금으로손금산입하는비영리내국법인 ( 장학법인, 사회복지법인등 ) - 과다인건비제한제외 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 101

118 해당사업연도의법인세과세표준을신고하기이전에그인건비지급규정을주무관청으로부터승인받은경우 ( 법인세신고시인건비지급규정및주무관청의승인사실을확인할수있는서류를납세지관할세무서장에게제출 ) * 이후개시하는사업연도부터적용 총급여액 : 소득세법제20조제1항각호의소득의합계액. 해당사업연도의근로기간이 1년미만인경우에는 12개월로환산, 월수는역에따라계산하고 1월미만은 1월로함. 나. 출연재산운용소득이란출연재산을법인세법제3조제3항각호에게기하는수익사업이나예금등수익의원천에사용함으로써생긴소득금액을법인세법제14조의규정에의한각사업연도의소득계산방법에준하여계산한금액 ( 출연재산과관련이없는수익사업에서발생한소득금액및출연재산매각금액을제외하고, 법인세법제29조제1항에규정하는고유목적사업준비금과당해연도고유목적사업비로지출된금액으로서손금에산입된금액을포함 ) 을말함. 다만, 법인세가부과되지않는다는등의이유로법인세과세표준을신고하지아니하는경우에는그공익법인의결산재무제표상당기순이익을기준으로운용소득을계산하되, 사업용고정자산이나기타수익의원천이되는자산을처분하거나평가함으로써생긴소득은운용소득에포함하지아니함. 1) 운용소득의사용기준출연재산을수익사업에사용한결과발생한운용소득에대하여는당해소득에대한법인세또는소득세 농어촌특별세 주민세와이월결손금을공제한금액의 70% 이상을그소득이발생한사업연도의말일로부터 1년내에직접공익목적사업에사용하여야함 ( 상증세법시행령제38조제5항 ). * 사용금액기준 : (A - B + C) 70% A 당해사업연도의수익사업에서발생한소득금액등 (+) 당해사업연도의수익사업에서발생한소득금액 (-) 출연재산과관계없는수익사업에서발생한소득금액 (-) 출연재산양도차익 (+) 고유목적사업준비금과당해연도고유목적사업비로지출된금액으로서손금에산입된금액 102 산학협력단세제개선방안연구보고서

119 (+) 출연재산을수익의원천에사용함으로써생긴소득금액 ( 분리과세를선택한이자소득도운용소득에포함됨 ) B 당해소득에대한법인세 ( 소득세 ), 농어촌특별세, 주민세및이월결손금 C 직전연도운용소득미달사용금액 - 미달금액에대한가산세 운용소득중직접공익목적사업에사용하는금액기준 [ 상증세법기본통칙 ] 1 사업용고정자산이나기타수익의원천이되는재산을처분하거나평가함으로써생긴소득은법제48조제2항제3호에따른출연받은재산의운용소득에포함하지아니함. 3 법제48조제2항제5호및영제38조제6항을적용할때직접공익목적사업에사용한실적은수익사업용또는수익용으로사용하는출연재산의운용소득을재원으로하여직접공익목적사업에사용한금액의합계액을말함. 4 법제48조제2항을적용할때직접공익목적사업에사용한금액이재원별로구분할수있는경우에는실제구분에의하고구분할수없는경우에는출연재산운용소득, 출연재산매각금액, 출연받은재산, 기타재산의순서대로사용한것으로봄. 운용소득으로수익용재산을취득한금액은직접공익목적사업에사용한실적에포함하지 않음 ( 상증세법기본통칙 호 ). 2) 사용의무의탄력적운용출연재산운용소득등을공익사업에사용함에있어사업연도별로많이지출하거나적게지출할수있으므로사용의무기준금액과사용실적을각각 5년평균액을기준으로계산할수있도록하고있음 ( 상증세법시행령제38조제6항 ). 즉당해사업연도에미달사용금액이있더라도운용소득사용의무기준금액과공익사 업에사용한실적을당해사업연도와직전 4 개사업연도의 5 년간평균실적금액이사용 기준금액에미달하지않으면적정하게사용한것으로보는것임. 다만, 사업개시후 5 년이경과되지아니한경우에는사업개시후 5 년이경과한때부 터 5 년평균기준을적용할수있음. 다. 운용소득을직접공익목적사업외에사용한경우 수익용또는수익사업용으로운용하는출연재산의운용소득을직접공익목적사업외에 사용한경우에는공익목적사업외에사용한금액이운용소득에서차지하는비율을곱하여 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 103

120 계산한금액을증여가액으로하여공익법인에게증여세가과세됨 ( 상증세법시행령제 40 조 제 1 항제 2 호의 2). 증여세과세가액 = 출연재산의평가가액 * 목적외사용금액 / 운용소득금액 * 직접공익목적에사용한분은제외 출연재산의평가 ( 상증세법시행령제40조제1 항제2 호의 2, 동시행규칙제13조제2항, 제3항 ) 공익법인이출연받은재산을수익용또는수익사업용으로운용하는경우로서그운용소득을직접공익목적사업외에사용함으로써출연받은재산에대해증여세를추징하는경우에는운용소득을사용하여야할사업연도의직전사업연도말현재해당수익용또는수익사업용출연재산의대차대조표상가액을기준으로함. 다만, 그가액이상증세법제4장의규정에의해평가한가액의 70% 이하인경우에는법제 4장의규정에의하여평가한가액으로함. 이경우출연재산중 1년이상보유한주식이있는경우그주식은액면가액을기준으로평가함. 출연재산의평가 ( 상증세법기본통칙 ) 공익법인이 1 년이상보유한주식이라함은당해공익법인등이직접공익목적사업에사용 하여야할사업연도의직전사업연도말현재 1 년이상보유한주식을말함. 라. 운용소득을사용기준금액에미달하게사용하는경우 운용소득중사용기준금액에미달하게사용하는경우에는미달하게사용한운용소득 의 100 분의 10 에상당하는금액을공익법인등이납부할세액에가산하여부과함. 관련유권해석 서면4팀-3119, 공익법인이운용소득을재원으로하여다른공익법인등에조건부출연후그조건이성취되지않아반환받은금전을그반환일이속하는사업연도종료일부터 1년이내에직접공익목적사업에사용하는경우에는같은법제78조제9항의규정에의한가산세를부과하지아니하는것임. 서면 4 팀 -1899, 학교법인이고유목적에사용하기위하여이자소득금액을다시정기예금으로적립한금액을직접공익목 104 산학협력단세제개선방안연구보고서

121 적사업외에사용한것으로보아증여세를부과하지는않으나, 정기예금으로다시적립한금액을직접 공익목적사업에사용한실적에는포함하지아니함. 재산세과 -273, 공익법인등의운용소득사용기준과관련하여 5 년간평균금액으로운용소득사용실적및기준금액을 산정하는경우결손이발생한연도는 (0) 으로보는것임. 서면 4 팀 -665, 공익법인이당해사업연도중고유목적사업비로지출된금액으로서법인세법상손금에산입된금액은 운용소득의사용기준금액및사용실적에포함시키는것임. 재재산 , 공익법인이비상장법인으로부터현금배당과주식배당을받은경우법인세법제 18 조의 3 의규정에의한 익금불산입금액에관계없이현금배당액과주식배당액전액을운용소득으로보는것임. 재산상속 , 증여세가과세된출연재산에서발생하는운용소득과그소득에서공익사업에지출한금전은상속세및 증여세법시행령제 38 조제 4 항의운용소득과같은조제 5 항의운용소득사용실적에서제외하는것임. 서일 , 수익사업을영위하는공익법인의운용소득에가산된매출누락액의귀속이불분명하여대표자에게상여 로처분된금액은공익법인이출연재산의운용소득을직접공익목적사업외에사용한것임. 재산 , 직접공익목적사업사용기준액은수익용또는수익사업용으로사용하는재산별로계산하는것이아니라, 공익사업의전체출연재산운용소득을기준하여계산하는것임. 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 105

122 4. 주식취득및보유시의지켜야할일 가. 개요 < 표 16> 공익법인의주식취득및보유시상속세및증여세과세구분 구분 판정시기 초과지분율 과세하지않는경우 과세내용 a. 상호출자제한기업집단과특수관계에있지 않은 b. 성실공익법인또는국가, 지방자치단체가 출연하여설립한공익법인등이 c. 출연자와특수관계없는내국법인의주식 취득 출연받을때또는출연재산으로취득시 5% 또는 10% 을취득, 출연받고 d. 주무부장관이필요하다고인정하는경우 (4 가지요건을동시충족하는경우과세제외 ) e. 출연받은경우로서일정요건충족시과세 초과분상속세또는증여세과세 제외 f. 산학협력단이기술지주회사또는신기술창 업전문회사를설립하여기술지주회사인경 우 50%, 신기술창업전문회사인경우 30% 이 상의주식을보유하는경우 보유 현재기준계열기업의주식보유 5% 30% 또는 50% a-1. 성실공익법인인경우또는 a-2. 국가, 지방자치단체가출연하여설립한공익법인등 초과보유분가산세부과초과보유분가산세부과 나. 내국법인발행주식총액의 5% 를초과하여출연받는경우공익법인이내국법인의의결권있는주식 ( 출자지분포함 ) 을출연받는경우에는출연받는주식과이미보유하고있는주식, 출연자와특수관계인이출연한다른공익법인이보유하고있는당해내국법인의주식수를합하여동일내국법인의결권있는발행주식총수의 5%( 성실공익법인의경우 10%) 를초과하는경우에는그초과분에대하여증여세가과세됨 ( 상증세법제48조제1항, 동시행령제37조 ). 106 산학협력단세제개선방안연구보고서

123 1) 초과여부의판정공익법인이주식을출연받는날현재다음의공익법인이보유하는주식을합하여초과여부를계산함. 그러나공익법인이유상증자에의하여주식을취득하는경우유상증자일이속하는사업연도의주주명부폐쇄일, 공익법인등이보유하고있는주식등을발행한내국법인이자본또는출자액을감자시킨경우감자를위한주총결의일이속하는연도의주주명부폐쇄일까지유예기간을두어그기간내에초과분을처분하는경우에는증여세과세대상에서제외하고있음. [A + B + C + D] K 법인총발행주식수의 5%( 또는 10%) A : 해당공익법인이출연받는 K법인의주식 B : 해당공익법인이출연받을당시보유하고있는 K법인의주식 C : 출연자및그특수관계인이해당공익법인외의다른공익법인등에출연한 K법인의주식 D : 출연자및그특수관계인에게재산을출연받은다른공익법인등이출연당시보유하고있는 K법인의주식 ( 상증세법시행령제37조제7항제3호 ) 2) 초과시증여세과세방법 5% 를초과하여주식을출연받는경우출연일현재 5% 를초과하는가액을증여가액으로하여공익법인에게증여세가과세됨. 다만, 성실공익법인에한해 5% 초과취득제한규정을 10% 로완화됨 ( 이후주식출연분부터적용 ). 3) 5% 또는 10% 를초과해도과세제외하는경우다음의 4가지요건을모두충족시키는경우에는 5% 또는 10% 를초과하여도상속세또는증여세가과세되지아니함 ( 이후최초로상속세또는증여세를결정하는분부터적용 ). 가 ) 상호출자제한기업집단과특수관계에있지않은나 ) 성실공익법인또는국가 지방자치단체가출연하여설립한공익법인등이다 ) 그공익법인의출연자와특수관계에있지아니한내국법인의주식등을출연받는경우로서라 ) 주무부장관이당해공익법인의목적사업을효율적으로수행하기위하여필요하다고인정하는경우 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 107

124 4) 성실공익법인의 10% 초과출연분과세제외다음의 4가지요건을모두충족시키는경우에는 10% 를초과하여도상속세또는증여세가과세되지아니함 (2011년1월1일이후최초로공익법인등에주식등을출연하는것부터적용 ). 가 ) 상호출자제한기업집단과특수관계에있지않은나 ) 성실공익법인등이 ( 공익법인등이설립된날부터 3개월이내에주식등을출연받고, 설립된사업연도가끝난날부터 2년이내에성실공익법인등이되는경우를포함 ) 다 ) 발행주식총수등의 100분의 10을초과하여출연받은경우로서라 ) 초과보유일부터 3년이내에초과하여출연받은부분을주식등의출연자또는그의특수관계인이외의자에게매각하는경우 성실공익법인에대해서는주식보유한도를초과하더라도순수기부목적주식출연의경우 3 년간의유예기간을두어 3 년이내에특수관계없는자에게매각하는경우상속 증여세부 담이완화됨. 관련유권해석 재산 -125, 성실공익법인판정시이사의범위에는공익법인등에상속재산을출연한상속인과특수관계있는자로서이사의선임등당해공익법인등의사업운영에관한중요사항을결정할권한을가진자를포함함. 서면4팀-1336, 성실공익법인등을판정함에있어서당해공익법인등의운용소득을직접공익목적사업에사용한실적및기준금액은같은법시행령제13조제4항에의하여같은령제38조제6항의규정을준용하는것이므로그실적및기준금액은같은조후단의규정에의하여각각당해사업연도와직전 4사업연도와의 5년간의평균금액을기준으로계산할수있는것임. 서면 4 팀 -30, 당해내국법인의의결권있는발행주식총수의 100분의 5를초과하는경우에는주식등을취득하는날현재그초과부분을취득하는데사용한재산의가액에대하여증여세를부과하는것임. 108 산학협력단세제개선방안연구보고서

125 서면 4 팀 -1247, 운용소득이발생불가능함에도불구하고다음연도말까지운용소득의 90% 이상사용치않으면전년도 사업연도말에도성실공익법인에해당하지아니함. 서면4팀-1385, 성실공익법인이내국법인의의결권있는발행주식총수의 5% 를초과하여주식을출연받은후성실공익법인에해당하지아니하게된경우에는성실공익법인에해당하지아니하는사업연도종료일현재당해공익법인이 5% 를초과하여보유하고있는주식의가액은증여세과세가액에산입 재산 -3772, 단순히동일한법인의주주관계라는사실만으로는특수관계에있는자에해당하지아니하는것임. 재산-3675, 출연자및그와특수관계자가 30% 이상출자하여지배하고있는법인의사용인은같은법시행령제 13조제9항제2호의규정에의한사용인으로서특수관계가있는것이며, 이때사용인에는퇴직후 5 년이경과하지아니한그임원이었던자를포함 서면4팀-45, 공익법인등이내국법인의발행주식총수의 100분의 5를초과하여주식을출연받은경우증여세가과세되는것이며, 이경우 5% 초과여부는 1 공익법인이새로이출연받는내국법인의주식과 2 출연자가출연할당시당해공익법인이보유하고있는동일한내국법인의주식, 3 출연자및그와특수관계자가당해공익법인등외의다른공익법인등에출연한동일한내국법인의주식, 4 출연자및그와특수관계자로부터재산을증여받은다른공익법인등이보유하고있는동일한내국법인의주식을합하여판정 재산-63, 고등교육법제2조규정에의한학교와초 중등교육법제2조규정에의한학교모두를설치 경영하는학교법인이초 중 고에대하여주식회사의외부감사에관한법률제3조에따른감사인에게회계감사를받지아니한경우당해법인은상속세및증여세법시행령제13조제5항규정의성실공익법인에해당하지아니함. 재산 -63, 출연자또는그와특수관계에있는자가공익법인이사현원의 5 분의 1 을초과하는지여부는출연자별 로각각판단함. 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 109

126 다. 출연재산으로주식을취득하는경우공익법인이출연받은재산 ( 당해재산을수익용또는수익사업용으로운용하는경우및그운용소득이있는경우를포함 ) 을내국법인의의결권있는주식을취득하는데사용하는경우에도 나 의 1) 의경우와같이발행주식총수의 5%( 성실공익법인의경우 10%) 를초과하게되는경우에는그초과분에대하여증여세가과세됨 ( 상증세법제48조제2항제2호, 동시행령제37조 ). 1) 초과여부의판정공익법인이주식을취득하는날현재다음의공익법인이보유하는주식을합하여초과여부를계산함. 그러나공익법인이유상증자에의하여주식을취득하는경우유상증자일이속하는사업연도의주주명부폐쇄일, 공익법인등이보유하고있는주식등을발행한내국법인이자본또는출자액을감자시킨경우감자를위한주총결의일이속하는연도의주주명부폐쇄일까지유예기간을두어그기간내에초과분을처분하는경우에는증여세과세대상에서제외하고있음. [A + B + C + D] K 법인총발행주식수의 5%( 또는 10%) A: 해당공익법인이취득하는 K법인의주식 B: 취득당시해당공익법인이보유하고있는 K법인의주식 C : K법인과특수관계에있는출연자가해당공익법인등외의다른공익법인등에출연한 K법인의주식 D: 출연자및그특수관계인으로부터재산을출연받은다른공익법인등이보유하고있는 K법인의주식 2) 초과시증여세과세방법 5%( 성실공익법인은 10% 이후취득분부터적용 ) 초과부분을취득하는데사용한 재산의가액을증여가액으로하여증여세가과세됨 ( 상증세법시행령제 40 조제 1 항제 2 호 ). 3) 5% 또는 10% 를초과하는경우에도과세제외하는경우 다음의 4 가지요건을모두충족시키는경우에는 5% 또는 10% 를초과해도증여세가 과세되지아니함 (5% 초과하여출연받음에도과세제외하는경우와동일 ). 110 산학협력단세제개선방안연구보고서

127 가 ) 상호출자제한기업집단과특수관계에있지않은나 ) 성실공익법인또는국가 지방자치단체가출연하여설립한공익법인등이다 ) 그공익법인의출연자와특수관계에있지아니한내국법인의주식등을취득하고라 ) 주무부장관이당해공익법인의목적사업을효율적으로수행하기위하여필요하다고인정 4) 산학협력단이기술을출자하여기술지주회사또는신기술창업전문회사를설립 하여취득하게되는일정요건을갖춘주식의경우예외인정 관련유권해석 재산-552, 상속세및증여세법제49조제1항각호외의부분단서에해당하는것으로서상호출자제한기업집단과특수관계에있지아니하는성실공익법인등이당해공익법인등의출연자와특수관계에있지아니하는내국법인의주식등을취득하는경우로서주무부장관이공익법인등의목적사업을효율적으로수행하기위하여필요하다고인정하는경우에는그러하지아니하는것임. 재재산 -417, 공익법인등이출연받은재산에대한증여세과세가액불산입규정을적용함에있어당해내국법인이 보유하고있는자기주식은의결권있는발행주식총수에포함됨. 서면4팀-3004, 공익법인이보유한내국법인발행우선주를보통주로전환함으로써그전환한날이속하는사업연도의주주명부폐쇄일 ( 주식회사외의회사의경우에는사업연도의종료일 ) 을기준으로당해공익법인보유주식이내국법인의의결권있는발행주식총수의 5% 를초과하게된경우에는그초과분에대하여전환일현재의시가상당액을증여받은것으로보아증여세를과세하는것임. 재삼 , 현재동일종목의주식을 5% 를초과하여소유하고있는공익법인이 이후유상증자에의하여새로이주식을취득하는경우에는주식지분율이 5% 미만으로떨어지지않는한지분율변동유무에불구하고 5% 초과지분의증자금액에대하여증여세가과세됨. 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 111

128 라. 5% 초과보유주식에대한매각의무공익법인이동일종목의주식을과다하게보유하기보다는보유주식을우량종목주식등으로대체하여분산보유하여주식투자에따른위험도를낮추고, 공익법인이지주회사화되는폐해를방지하기위하여공익법인이특정법인의주식을 20% 초과하여보유하고있는경우에는 5년내에, 5% 초과 20% 이하보유하고있는경우에는 3년내에그초과분을다른주식으로대체하여보유하거나처분토록하는 5% 초과보유주식매각의무기준이마련됨 ( 상증세법제49조 ). 1) 5% 초과보유주식의판정 ( 상증세법시행령제 42 조제 5 항 ) [A + B] K 법인총발행주식수 * 의 5% A : 당해법인이보유하고있는특정법인 (K법인) 의주식수 B : 출연자와특수관계있는자및 K법인과특수관계에있는출연자로부터재산을출연받은다른공익법인이보유하는 K법인의주식 * 총발행주식수란당해내국법인 (K법인) 의의결권있는주식또는출자지분을의미 ( 상증세법제16조제2항본문 ) 2) 주식처분유예기간 - 5%~20% 이하보유 :3 년내 까지처분 - 20% 초과보유 :5 년내 까지처분 3) 주식매각의무적용제외공익법인등 다음의공익법인은주식매각의무대상에서제외함. 가 ) 성실공익법인 주식취득 보유제한규정이일부완화 (5% 10%, 30% 50%) 되었으나동주식매각의무의경우완화된내용이없음나 ) 국가 지방자치단체가출연하여설립한공익법인및이에준하는공익법인 1: 국가 지방자치단체가재산을출연하여설립한공익법인 2: 1 의공익법인이재산을출연하여설립한공익법인 112 산학협력단세제개선방안연구보고서

129 3: 공공기관의운영에관한법률상공공기관이재산을출연하여설립한공익법인 4: 3 의공익법인이재산을출연하여설립한공익법인 4) 주식초과보유분미매각에대한가산세부과 ( 상증세법제78조제4항 ) 공익법인등이주식처분유예기간경과후에도그보유기준 (5%) 을초과하여보유하는경우에는초과하는주식에대하여매사업연도말현재시가의 5% 에상당하는금액을가산세로과세함. 다만, 이경우가산세의부과기간은 10년을초과하지못함. 가산세 = 5% 초과보유주식의매사업연도말현재의시가 5% * 나중에취득한주식부터가산세를부과함. 관련유권해석 재산상속 , 공익법인등이 이후내국법인의주식 5% 를초과취득해취득시점에증여세가부과되는경우, 공 익법인등의주식등의보유기준규정은적용안됨. 재재산 , 주식보유기준을초과해 2 이상의공익법인이동일한내국법인의주식을보유하여그기한을경과한 경우 가산세 적용대상주식수산정시, 성실공익법인 보유분은제외됨. 마. 계열기업의주식보유한도 ( 상증세법제48조제9항 ) 공익법인을지주회사화하는것을방지하기위하여동일기업주식 5% 또는 10% 이상의보유금지의무외에당해공익법인의총재산가액중특수관계에있는내국법인의주식등의가액이 30%( 예외적인경우 50%) 를초과할경우에는그초과하는가액에대하여가산세를적용하도록함. 1) 초과보유분에대한주식등처분유예기간 ( 상증세법부칙제6048호제7조제3항 ) - 그초과분중 1/2이상은 까지 - 나머지는 까지처분하는경우에는가산세를적용하지아니함 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 113

130 2) 초과보유에대한가산세부과 ( 상증세법제78조제7항 ) 공익법인이주식처분유예기간경과후에도총자산가액의 30%( 외부감사, 전용계좌의개설및사용, 결산서류등의공시를이행하는공익법인등에해당하는경우에는 50%) 이상을특수관계에있는내국법인의주식을보유하고있는경우에는초과하는주식에대하여매사업연도말현재시가의 5% 에상당하는금액을가산세로과세함. 50% 완화규정은 이후개시하는사업연도부터적용 가산세 = 30%( 또는 50%) 초과보유주식의매사업연도말현재의시가 5% 3) 초과하는내국법인의주식등의가액 ( 상증세법시행령제 38 조제 13 항 ) 초과하는주식등의가액 = A - (B 30% 또는 50%) A : 이동평균법에의한당해내국법인의주식등의취득가액과대차대조표상의가액중적은금액 B : 공익법인등의총재산 ( 당해내국법인의주식등을제외함 ) 에대한대차대조표상의가액에 A 가액을가산한가액 4) 가산세부과예외다음의공익법인에게는계열기업주식보유한도를위반하는경우에도가산세규정을적용하지아니함. 가 ) 성실공익법인나 ) 국가 지방자치단체가출연하여설립한공익법인및이에준하는공익법인 1: 국가 지방자치단체가재산을출연하여설립한공익법인 2: 1 의공익법인이재산을출연하여설립한공익법인 3: 공공기관의운영에관한법률상공공기관이재산을출연하여설립한공익법인 4: 3 의공익법인이재산을출연하여설립한공익법인 114 산학협력단세제개선방안연구보고서

131 관련유권해석 서일 , 공익법인등이총재산가액의 30% 를초과하여계열법인의주식등을보유하는경우그초과하여보유하는주식등의시가의 100분의 5를가산세로부과하는바, 당해주식등에는의결권이있는주식을의미함 [ 주식 ( 출자지분 ) 명세서작성요령참조 ]. 서면4팀-441, 특수관계에있는외국법인의주식가액이공익법인의총재산가액의 100분의 30을초과하는경우에는초과한주식가액의 5% 의가산세를부과하지않음. 즉내국법인주식에만계열기업주식보유제한규정이적용됨. 5. 출연자등의이사취임시지켜야할일 출연자또는그의특수관계인이공익법인등 ( 의료법인은제외 ) 의현재이사수의 1/5 을초과하여이사가되거나, 그공익법인등의임직원이되는경우에는가산세를부과함 ( 상증세법제48조제8항 ). 가. 개요다음의요건에해당하는경우지출된경비전액을가산세로부과함. 1) 출연자또는그와특수관계있는자가 2) 상증세법시행령제38조제11항에서규정하고있는공익법인 ( 의료법인제외 ) 등의 3) 현재이사수 (5명이하인경우 5명으로본다 ) 의 1/5을초과하여이사가되거나 4) 이사가아닌임 직원 ( 의사, 학교의교직원, 아동복지시설의보육사, 도서관의사서, 사회복지시설의사회복지사자격소지자, 박물관 미술관의학예사제외 ) 으로되는경우 * 임 직원에는이사를제외함 ( 상증세법제48조제8항 ) 나. 출연자의범위 ( 상증세법시행령제 38 조제 10 항 ) 재산출연일현재당해공익법인등의총출연재산가액의 1% 에상당하는금액과 2 천만 원중적은금액을출연한자를제외 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 115

132 다. 가산세부과유예기간 ( 법률제6048호부칙제7조제2항 ) 이후최초로개시하는사업연도분부터적용하되 현재위특수관계에있는자가이사현원의 1/5을초과하는경우그초과인원중 1/2이상은 까지 - 나머지는 까지감소시키는경우에는가산세를적용하지아니함. 기준초과 (1/5) 이사의가산세에대해서만유예규정이있으며, 임직원의가산세에대한유예규정은없음 라. 이사초과가산세 ( 상증세법제78조제6항 ) 이사수에대한기준을초과하는이사가있거나, 임 직원이있는경우그자와관련하여지출된급료, 판공비, 비서실운영경비및차량유지비등직 간접경비에상당하는금액을가산세로부과함. 다만, 의사, 학교의교직원, 아동복지시설의보육사, 도서관의사서, 사회복지시설의 사회복지사자격소지자, 박물관 미술관의학예사와관련된경비는제외 이사의취임시기가다른경우에는나중에취임한이사에대한분부터적용하며, 취임 시기가동일한경우에는지출경비가큰이사에대한분부터적용함. 관련유권해석 재산-1119, 상속세및증여세법 제48조제8항에서 출연자또는그와특수관계에있는자 라함은출연자 ( 재산출연일현재당해공익법인등의총출연재산가액의 100분의 1에상당하는금액과 2천만원중적은금액을출연한자를제외한다 ) 와같은법시행령제19 조제2항각호의 1의관계에있는자를말하는것으로, 이경우출연자및그와특수관계자가 30% 이상출자하여지배하고있는법인의사용인은같은법시행령제13조제9항제2호의규정에의한사용인으로서특수관계가있는것이며, 이때임원은퇴직후 5년이경과하지아니한그임원이었던자를포함하는것임. 국심 2004 구 2559, 출연자와특수관계에있는자가학교법인의소속학교행정실에근무함에따라이들에게급여를지급 한경우는공익법인의임 직원에게지출한직 간접경비에해당하므로이에증여세를과세한사례 116 산학협력단세제개선방안연구보고서

133 서면 4 팀 -84, 이사현원이 16 명인경우 5 분의 1 을초과하지않는이사의수는 3 명이며, 학교의교사 의범위에는대 학교의교수등학생을교육하는업무에종사하는자를포함하는것임. 6. 특정기업의광고등행위금지 부터공익법인이특수관계에있는내국법인의이익을증가시키기위하여정당한대가를받지아니하고광고, 홍보를하는경우에는가산세를부과함 ( 상증세법제 48조제10항 ). 가. 광고 홍보의범위 가산세를부과하는광고 홍보는다음에해당하는것을말함. 1) 신문 잡지 텔레비전 라디오 인터넷또는전자광고판등을이용하여내국법인을위하여홍보하거나내국법인의특정상품에관한정보를제공하는행위 ( 다만, 내국법인의명칭만을사용하는홍보는제외 ) 2) 팜플렛 입장권등에내국법인의특정상품에관한정보를제공하는행위 ( 다만, 내국법인의명칭만을사용하는홍보는제외 ) 나. 광고 홍보에대한가산세 ( 상증세법제 78 조제 8 항 ) - 위가의 1) 의경우 : 당해광고 홍보매체의이용비용 - 위가의 2) 의경우 : 당해행사비용전액 7. 자기내부거래 (Self-Dealing) 시지켜야할일 자기내부거래라함은특수관계인간에내부거래를통하여무상으로이익을이전하는것을말하는것으로, 공익법인이출연받은재산을출연자및그와특수관계있는자가정당한대가를지급하지않고사용, 수익하는경우에는그제공된이익에상당하는가액을공익사업에사용하지아니한것으로보아증여세를과세함 ( 상증세법제48조제3 항, 동법시행령제39조 ). 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 117

134 가. 과세대상자기내부거래공익법인의출연재산을특수관계있는자가정당한대가를지급하지않고사용 수익하는경우 ( 예 : 건물의임대, 금전소비대차등 ) 에는 다. 증여세과세방법 에의하여공익법인에게증여세가과세됨. 나. 과세대상에서제외하는자기내부거래공익법인이출연자및특수관계인에게용역을제공하고정상적인대가를지급받는경우와다음의경우에는과세대상에서제외함. 과세대상에서제외하는내부거래유형 - 출연받은날로부터 3월이내에한하여출연자및그의특수관계인이사용하는경우 - 교육기관이특정연구시험용시설등을출연받아출연자와공동으로사용하는경우 - 당해공익법인등이의뢰한연구용역등의대가또는직접공익목적사업의수행과관련한경비등을지급하는경우 다. 증여세과세방법 1) 출연재산을무상으로사용, 수익하게하는경우 - 당해출연재산가액을증여가액으로과세 2) 정상적인대가보다낮은가액으로사용, 수익하게하는경우 - 그차액에상당하는출연재산가액을증여가액으로과세 관련유권해석 서일 , 공익법인이출연받은재산을출연자및그와특수관계에있는자가임대차 소비대차및사용대차등 의방법으로사용 수익하게하는경우, 당해공익법인에게증여세과세함. 8. 특정계층에만공익사업의혜택이제공될경우의불이익 공익법인이출연받은재산을사회전체의불특정다수인의이익을위하여사용하지아 니하고출생지, 직업, 학연등에의하여특정계층에만공익사업의혜택이제공되는경 118 산학협력단세제개선방안연구보고서

135 우에는출연받은재산을공익목적에맞게사용하지아니한것으로보아공익법인에대 하여증여세를과세함 ( 상증세법제 48 조제 2 항제 6 호, 동법시행령제 38 조제 8 항제 2 호 ). 가. 공익법인에대한증여세과세방법 특정계층에제공된재산가액이나경제적이익을증여가액으로하여그공익법인에게 증여세가과세됨. 나. 증여세를과세하지않는경우공익법인의설립시또는정관의변경허가를받는경우에당해공익법인의주무부장관이기획재정부장관과협의하여공익법인이공익사업수혜자를한정하는것에대하여타당성이있다고인정하는경우에는증여세과세대상에서제외하고있음. 대부분의장학회가여기에해당됨. 공익법인이특정지역자녀의장학금지원사업을정관에명시하고출연자도동목적으로출연한경우증여세과세대상이아님 ( 국심2003서1779, ). - 이경우행정권한의위임및위탁에관한규정에의하여공익법인설립허가에관 한권한이위임된경우에는당해권한을위임받은기관과그공익법인의관할세 무서장이수혜자범위의한정을협의하여야함. 9. 공익법인해산시지켜야할일 공익법인이보유하고있는재산은공익사업을목적으로출연된재산이므로공익법인이공익사업을종료하고해산시에는그잔여재산을국가, 지방자치단체또는당해공익법인과유사한공익사업을영위하는공익법인에귀속시켜야함 ( 상증세법제48조제2 항제6호, 동시행령제38조제8항제1호 ). 가. 공익법인에대한과세 잔여재산중국가 지방자치단체또는공익법인에귀속시키지아니한재산가액에대 하여공익법인에게증여세가과세됨. 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 119

136 다만, 잔여재산중일부를다음각호의 1에해당하는사유로인하여국가 지방자치단체및공익법인등에귀속시킬수없는때에는증여세과세시동금액을증여재산가액에서차감하여계산함 ( 이후상속세또는증여세를결정하거나경정하는분부터적용 ). - 공익법인등의이사및사용인의불법행위로인하여출연받은재산등이감소된경우 ( 다만, 출연자및그친족의불법행위로인한경우제외 ) - 출연받은재산등을분실하거나도난당한경우 나. 잔여재산의귀속자에대한과세 잔여재산이국가 지방자치단체또는유사한목적을가진공익법인이외의자에게귀 속되는경우그귀속자에대하여증여세 ( 영리법인의경우법인세 ) 가과세됨. 관련유권해석 재산 -840, , 서일 , 공익법인등이사업을종료한때의잔여재산을주무부장관의허가를받아다른공익법인등에귀속시 키는경우증여세가과세되지아니함. 제도 , 학교법인이잔여재산처분계획서에정한자에게환원하는경우 이후증여세결정분부터는학교법 인에게는증여세를추징하지아니하나잔여재산을환원받은자에게는증여세가과세됨. 서일 , 공익법인에재산을출연한자가공익법인이사업을종료한때의잔여재산을무상으로이전받은경우 증여세가과세되는것임. 120 산학협력단세제개선방안연구보고서

137 10. 공익법인의제출서류 < 표 17> 상속세및증여세법상공익법인의제출서류 구분일반공익법인외부전문가세무확인대상공익법인 대상법인 출연받은재산이있는모든공익법인 대차대조표상총자산가액 10 억원이상이거 나해당사업연도수입금액및출연받은재 산의가액이 5 억원이상인공익법인 제출대상서류 1. 공익법인출연재산등에대한보고서 2. 출연재산, 운용소득, 매각대금의사용계획및진도내역서 3. 출연받은재산의사용명세서 4. 출연재산매각대금사용명세서 5. 운용소득의사용명세서 6. 주식 ( 출자지분 ) 보유명세서 7. 이사등선임명세서 8. 특정기업광고등명세서 1. 공익법인등의세무확인서 2. 공익법인등의세무확인결과집계표 3. 출연자등특수관계인사용수익명세서 4. 수혜자선정부적정명세서 5. 재산의운용및수익사업내역부적정명세서 6. 장부의작성, 비치의무불이행등명세서 7. 보유부동산명세서 - 주무관청에제출한결산서류가있는경우함께제출 ( 수동제출 ) - 외부전문가세무확인대상공익법인은일반공익법인이제출하는서식외에세무확인서, 세무확인결과집계표등을추가제출하여야함. - 외부전문가세무확인서등제출제외공익법인도일반공익법인이제출하는보고서제출하여야함 보고 기한 사업연도종료후 3 개월내 ( 전자제출가능 ) 사업연도종료후 3 개월내 ( 전자제출가능 ) 제출제외법인 1. 회계감사를받은공익법인 2. 총자산가액 10억미만이면서수입금액, 출연받은재산가액의합이 5억미만인공익법인 3. 불특정다수인으로부터출연받은공익법인 ( 출연자등이 5% 미만출연 ) 4. 국가또는지방자치단체가출연하여설립한공익법인으로감사원의회계검사를받는공익법인 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 121

138 제 5 장산학협력단지방세일반 < 표 18> 산학협력단지방세요약 소주제관련법령관련유권해석 취득세세제지원등록면허세세제지원재산세세제지원주민세세제지원지역자원시설세세제지원지방소득세세제지원 지방세특례제한법제 41 조 지방세특례제한법제 42 조 세정-659, 대법원 선고 2001두 3921 판결조심2009지198, 서울고법 선고 2008 누9456 판결외다수 ( 본문참조 ) Ⅰ. 지방세일반 1. 지방세의분류 지방세는지역의공공서비스를제공하는데필요한재원으로쓰기위하여지방자치 단체별로각각과세하는세금으로현행지방세의세목별분류는다음과같음. < 표 19> 지방세의분류 과세주체에의한분류 * 조세성격에따른분류 ** 세목 도세 보통세 1. 취득세 2. 레저세 3. 담배소비세 4. 지방소비세 5. 주민세 6. 지방소득세 7. 자동차세 8. 재산세및도시계획세 122 산학협력단세제개선방안연구보고서

139 시군구세 목적세 보통세 1. 지역자원시설세 2. 지방교육세 1. 등록면허세 2. 재산세 * 부과징수권의귀속에따른분류 ** 조세수입의지출목적이특정되어있는지여부에따른분류로서특정되어있지아니하고일반경비에충당하고자징수하는조세가보통세이며, 특정목적에사용하고자징수하는조세가목적세임. 2. 최근지방세개정내역 지방세는 2010 년 12 월 31 일까지지방세법단일세법에의하여운영하였으나, 2011 년부 터는 지방세기본법, 지방세법, 지방세특례제한법 으로분법 제정하였으며세목의종류 도 16 개에서 11 개로통 폐합하는등획기적인발전을꾀하고있음. < 표 20> 지방세개정내역 종전지방세법개정지방세법 * 주요개정내용 지방세법 지방세기본법 지방세법 지방세특례제한법 지방세에관한기본적사항과부과징수에필요한 사항및위법또는부당한처분에대한불복절차와 지방세범칙행위에대한처벌에관한사항등을규 정함. 지방자치단체가과세하는지방세각세목의과세요 건및부과징수, 그밖에필요한사항을규정함. 지방세감면및특례에관한사항과이의제한에관 한사항을규정함. * 부터시행됨. 3. 세목통폐합내용 가. 취득세 : 취득관련등록세 ( 보존등기, 이전등기등 ) 를취득세에통합 나. 등록면허세 : 기존의 면허세 와 기타등록세 ( 저당권등 ) 를합하여 면허분등록면 허세 와 등록분등록면허세 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 123

140 다. 재산세 : 기존의 도시계획세 를 재산세과세특례분 으로하여재산세에합산하여과세라. 지역자원시설세 : 기존의공동시설세는 특정부동산분지역자원시설세 로, 기존의지역개발세는 특정자원분지역자원시설세 마. 자동차세 : 기존자동차세에주행세를통합하여 소유분자동차세 와 주행분자동차세 바. 도축세 : 도축세는폐지 Ⅱ. 세목별소개및산학협력단등 1) 에대한세제지원내역 1. 취득세 부동산, 차량, 건설기계, 골프회원권등과세물건의취득에대하여그취득자에게과 세하는지방세임. 가. 과세대상 : 부동산, 선박, 광업권, 어업권, 차량, 기계장비, 입목, 항공기, 골프회 원권, 종합체육시설이용권, 승마회원권, 콘도미니엄회원권, 건축물 의신축 / 증축 / 개수, 토지의지목변경, 과점주주지위의취득 나. 납부방법 : 취득일로부터 60 일이내신고납부 다. 세율 :1,000 분의 40 * 자치단체조례에의하여표준세율의 100 분의 50 범위내에서가감조정을할수있음. 라. 산학협력단등에대한세제지원 초중등교육법및고등교육법에의한각종학교를경영하는자및평생교육법에의한 1) 산학협력단및학교법인 124 산학협력단세제개선방안연구보고서

141 교육시설을운영하는평생교육단체가그사업에사용하기위한부동산의취득에대해 서는취득세를부과하지아니함 ( 지방세특례제한법제 42 조제 3 항 ). 그러나각종학교를경영하는자가그사업에사용하기위한부동산을타인의명의로 취득하는경우에는취득세가부과되며, 학교법인이동부동산을다음과같이사용하는 경우에는그해당부분에대하여는취득세를부과하게됨. 1 법인세법제 3 조제 2 항의규정에의한수익사업에사용하는경우 2 취득일로부터 3 년이내에정당한사유없이그용도에직접사용하지아니하는경우 3 그사용일로부터 2 년이상그용도에직접사용하지아니하고매각하거나다른용도로사용하는경우 여기에서정당한사유란학교법인이부동산을취득한후당해용도에직접사용하지못한사유가행정관청의사용금지등외부적인사유로인한것이거나, 고유목적에사용하기위한정상적노력을다하였음에도불구하고시간적인여유가없거나기타객관적인사유로부득이목적사업에사용할수없는경우를말함 ( 세정-659, , 대법 2001두3921, 외다수 ). 2. 등록면허세 재산권과그밖의권리의설정 변경또는소멸에관한사항을공부에등기하거나등 록하는자에게과세하는지방세 가. 과세대상 : 재산권등권리의변동사항을공부에등기 등록하는행위 나. 납부방법 : 등기또는등록을하기전까지신고 납부 다. 세율 1) 소유권보존 : 8/1,000 공유물분할 : 3/1,000 물권 전세권 : 2/1,000 2) 선박등기 : 0.5/1/0.02% 3) 자동차등록 : 5/2/0.2/3% 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 125

142 4) 건설기계등록 : 0.2/1% 5) 신탁재산 : 0.5/1% 6) 항공기등록 : 0.01/0.02% 7) 법인등기 : 0.1/0.2/0.4% 8) 중과세율 (3배중과) : 대도시내법인등기 부동산등기 * 부동산등기등록세일경우자치단체조례에의하여표준세율의 100분의 50 범위내에서가감조정을할수있음. 라. 산학협력단등에대한세제지원 초중등교육법 및 고등교육법 에따른학교와 평생교육법 에의한교육시설을운영하는평생교육단체가공익을목적으로하는사업에사용하기위한부동산에대한등기를하는경우와 사립학교법 에의한학교법인의설립과합병의등기를하는경우에는등록면허세를부과하지아니함. 다만, 수익사업에사용하는경우와등기등록일로부터 1년 ( 부동산에대한등기는 3년 ) 이내에정당한사유없이그용도에직접사용하지아니하는경우또는그사용일로부터 2년이상그용도에직접사용하지아니하고매각하거나다른용도로사용하는경우그해당부분에대하여등록면허세를부과함 ( 지방세특례제한법제41조제3항및제5항 ). 3. 재산세 재산세는매년 6 월 1 일 ( 과세기준일 ) 현재토지, 주택, 건축물, 선박, 항공기를소유한 자에게과세하는지방세임. 가. 납세의무자 : 과세기준일현재 ( 매년 6 월 1 일 ) 재산을사실상소유하고있는자 나. 과세표준 : 토지, 건축물, 주택에대한재산세의과세표준은시가표준액에부동산시장의동향과지방재정여건등을고려하여다음각호의어느하나에서정한범위에서대통령령으로정하는공정시장가액비율을곱하여산정한가액으로함. 1) 토지및건축물 : 시가표준액의 100분의 50부터 100분의 90까지 126 산학협력단세제개선방안연구보고서

143 2) 주택 : 시가표준액의 100 분의 40 부터 100 분의 80 까지 다. 세율 1) 주택 : 1/1,000 ~ 4/1,000 - 건축물 : 2.5/1,000 - 토지 2) 종합합산과세대상 : 2/1,000 ~ 5/1,000 3) 별도합산과세대상 : 2/1,000 ~ 4/1,000 4) 분리과세대상 : 0.7/1,000 ~ 40/1,000 - 선박 : 3/1,000 ~ 50/1,000 - 항공기 : 3/1,000 라. 납기 1) 7.16 ~ 7.31 : 주택의 1/2, 건축물, 선박 항공기 2) 9.16 ~ 9.30 : 주택의 1/2, 토지 * 신고의무 : 재산에변동이있는때는과세기준일 (6월 1일 ) 로부터 10일이내에당해재산소재지관할시장 군수 구청장에게신고 마. 산학협력단등에대한세제지원학교등이과세기준일현재해당사업에직접사용하는부동산에대하여는재산세및지역자원시설세를각각 까지면제함. 다만, 수익사업에사용하는경우와해당재산이유료로사용되는경우의그재산및해당재산의일부가그목적에직접사용되지아니하는경우의그일부재산에대하여는면제하지아니함 ( 지방세특례제한법제41조제2항 ). 4. 주민세 주민세는지방자치단체의구성원인주민을대상으로과세되는지방세로서소득의크기에관계없이균등하게과세되는주민세균등분과환경개선및정비에필요한비용에충당하기위하여사업소를운영하는자에게과세하는주민세재산세분으로구분 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 127

144 가. 납세의무자 1) 균등분 : 매년 8 월 1 일현재시군내에주소를둔개인, 사업소를둔개인및법인 2) 재산분 : 매년 7 월 1 일현재사업소를둔사업주 ( 사업소면적 330 m2초과 ) 나. 납기 1) 균등분 : 매년 8.16 ~ ) 재산분 : 매년 7.01 ~ 7.31 다. 세율 1) 균등분 - 개인 : 1만원범위내에서자치단체별로조례에규정 - 개인사업자 ( 직전연도부가가치세과세표준 4,800만원이상 ) : 50,000원 - 법인 : 자본금과종업원수에따라 5만원 ~ 50만원 2) 재산분 : 사업소연면적 1m2당 250원 * 자치단체조례에의하여표준세율이하로정할수있음 라. 산학협력단등에대한세제지원학교법인이그사업에직접사용하기위한면허에대한등록면허세와학교등에대한주민세재산분및지방소득세종업원분을각각 까지면제함. 다만, 수익사업에관계되는대통령령으로정하는주민세재산분및지방소득세종업원분은면제하지아니함 ( 지방세특례제한법제41조제3항 ). 산학협력단에대하여는 까지주민세및지방소득세종업원분을면제함. 다 만, 수익사업에관계되는주민세재산분및지방소득세종업원분은면제하지아니함 ( 지 방세특례제한법제 42 조제 4 항 ). 수익사업에관계되는주민세재산분및지방소득세종업원분이란수익사업에제공되고있는사업소와종업원을기준으로부과하는주민세재산분과지방소득세종업원분을말함. 이경우면제대상사업과수익사업에건축물이겸용되거나종업원이겸직하는경우에는주된용도또는직무에따름 ( 지방세특례제한법시행령제19조 ). 128 산학협력단세제개선방안연구보고서

145 5. 자동차세 자동차세는자동차의소유에대하여과세하는재산세적성격과도로이용 손상및환 경오염에대한부담금적성격을동시에갖는지방세 가. 납세의무자 : 납기가있는달의 1 일현재 (6.1/12.1) 의자동차소유자 나. 과세대상 : 자동차관리법의규정에의하여등록또는신고된차량과건설기계관 리법의규정에의하여등록된덤프트럭및콘크리트믹서트럭 다. 과세표준 : 자동차의배기량, 승차정원, 적재정량 6. 지역자원시설세 지역자원시설세는지역의균형개발및수질개선과수자원보호등에드는재원을확보하거나소방시설, 오물처리시설, 수리시설및그밖에공공시설에필요한비용을충당하기위하여부과하는지방세 가. 과세대상및납세의무자 - 특정자원 ( 발전용수, 지하수 ) 채수자, 지하자원채광자, 컨테이너부두이용자 - 특정부동산 나. 산학협력단등에대한세제지원학교등이과세기준일현재해당사업에직접사용하는부동산 ( 대통령령으로정하는건축물의부속토지를포함한다 ) 에대하여는재산세 ( 지방세법 제112조에따른부과액을포함한다 ) 및 지방세법 제146조제2항에따른지역자원시설세를각각 까지면제함. 다만, 수익사업에사용하는경우와해당재산이유료로사용되는경우의그재산및해당재산의일부가그목적에직접사용되지아니하는경우의그일부재산에대하여는면제하지아니함 ( 지방세특례제한법제41조제2항 ). 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 129

146 7. 지방소득세 지방소득세는지방자치단체의구성원인주민을대상으로과세되는지방세로서소득의크기에따라과세되는소득분 ( 특별징수, 종합소득세분, 양도소득세분, 법인세분 ), 종업원분으로구분 가. 납세의무자 1) 소득분 ( 특별징수, 종합소득세분, 양도소득세분 ) : 소득세납세의무가있는개인과법인 2) 법인세분 : 법인세납세의무가있는법인 3) 종업원분 : 종업원에게급여를지급하는사업주 ( 종업원수 50인초과 ) 나. 납기 1) 소득분 - 특별징수 : 매월분을다음달 10일까지신고납부 2) 종합소득세분 : 소득세신고기한만료일까지 ( 소득세와동시징수 ) 3) 양도소득세분 : 소득세신고기한만료일까지 ( 소득세와동시징수 ) 4) 법인세분 : 사업년도종료일로부터 4월내 다. 세율 1) 소득분 : 법인세 소득세액의 10% - 소득분은자치단체조례에의하여표준세율의 100분의 50 범위내에서가감조정이가능 2) 종업원분 : 종업원급여총액의 0.5/100 - 자치단체조례에의하여표준세율이하로정할수있음 라. 산학협력단등에대한세제지원학교등이그사업에직접사용하기위한면허에대한등록면허세와학교등에대한주민세재산분및지방소득세종업원분을각각 까지면제함. 다만, 수익사업에관계되는대통령령으로정하는주민세재산분및지방소득세종업원분은면제하지아니함 ( 지방세특례제한법제41조제3항 ). 130 산학협력단세제개선방안연구보고서

147 산학협력단에대하여는 까지주민세및지방소득세종업원분을면제함. 다 만, 수익사업에관계되는대통령령으로정하는주민세재산분및지방소득세종업원분 은면제하지아니함 ( 지방세특례제한법제 42 조 ). 지방세특례제한법제42조제4항단서에서 수익사업에관계되는대통령령으로정하는주민세재산분및지방소득세종업원분 이란수익사업에제공되고있는사업소와종업원을기준으로부과하는주민세재산분과지방소득세종업원분을말함. 이경우면제대상사업과수익사업에건축물이겸용되거나종업원이겸직하는경우에는주된용도또는직무에따름 ( 지방세특례제한법시행령제19조 ). Ⅲ. 주요예규 판례 조심 2009 지 198, 해양배양장을이용하는해양관련학생들에게제공하고있는한편, 재학생이나교직원에한해최소사용료 를받고과외활동에제공하고있는것으로확인되므로목적사업에사용한것으로봄이타당함. 서울고법 선고 2008 누 9456 판결 비영리사업자가부동산을그사업에직접사용하는것인지아니면수익사업에사용하는것인지의여부는비영리사업자의사업목적과취득목적을고려하여실제의사용관계를기준으로객관적으로판단함. 수원지법 선고 2007 구합 5500 판결 비영리사업자가부동산을그사업에직접사용하는것인지아니면수익사업에사용하는것인지의여부는 비영리사업자의사업목적과취득목적을고려하여실제의사용관계를기준으로객관적으로판단함. 지방세심사 , 학교법인이소유하고있는토지상에교육시설을설치하기위하여준비중에있고자연학습체험장등으로사용하는경우사업에직접사용하는토지에해당되지아니함. 지방세심사 , 병원을운영하는학교법인이간호사의숙소등으로사용하기위하여병원구외에소재하는부동산을취득 한경우취득세등의비과세대상이아님. 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 131

148 지방세심사 , 학교법인의고유목적사업용재산을산학협력차원에서벤처기업이임차하여사용하는경우교육용에직접 사용하고있는것으로볼수없음. 지방세심사 , 대학교와별도로설립된산학협력단은사업소세종업원할신고납부대상임. 지방세심사 , 학교법인이일부를식당, 이발소등을민간사업자에게위탁운영하고있는경우후생복지시설로볼수있으므로수익사업에해당하지않음. 세정 -659, 학교법인이취득한토지가사용유예기간을초과한경우정당한사유란행정관청의사용금지 제한이나정상적인노력에도불구하고객관적인사유로부득이목적사업에사용할수없는경우를의미함. 세정 -511, 장례식장을학교법인이직접경영하는경우장례학과가설치되어있고장례식장등에대한강의시간편성및이에따른장례학과학생들의실습실로사용되고있다면취득세등의비과세대상임. 세정-315, 일반중고등학교를운영하는학교법인이폐교된초등학교를교육청으로부터매입한후특성화중학교로허가받아운영하던중그사용일부터 2년이내에별도학교법인으로분리하여교육용기본재산으로증여한경우당초비과세한취득세등이추징되지아니함. 지방세심사 , 학교법인이취득한건축물중일부를후생복지시설로제3자에게위탁운영하고임대료등을받은경우수익사업에사용한것으로보아비과세한취득세등을추징함. 지방세심사 , 장례식장을실비수준을초과한사용료를받고운영하고있고, 학생들의실습장으로서의역할을인정할만한증빙자료가부족하여수익사업으로보아취득세등을부과함. 지방세심사 , 학교법인이매각대금을교육용기본재산인교사신축비로충당할것을전제로출연받아취득한부동산은취득세등비과세대상에해당하지않음. 132 산학협력단세제개선방안연구보고서

149 지방세심사 , 학교법인이불특정다수인이이용하는골프연습장을운영하면서간헐적으로학생들의골프실습장으로사 용하고있는경우는수익사업으로보아취득세를부과함. 세정-337, 학교법인이부동산을취득한후뷰티건강관리학과, 무용학과, 체육학부등학과운영을위한실험실습실등으로사용하기위하여그부동산에비만관리센터, 뷰티센터, 운동처방센터등을설치한후일반회원을모집하여회비를받는경우학교사업에직접사용하는것으로볼수없음. 지방세심사 , 학교법인이교육용기본재산으로사용하기위하여토지를취득한후주차장등으로사용하고있는경우에기비과세한취득세등을부과한것이타당하지않은사례 지방세심사 , 학교법인이취득한건축물중일부를제3자에게구내식당용으로위탁운영토록하고임대료등을받는경우, 교육사업에직접사용하기위하여취득하고그사업목적에직접사용하고있는것이라고볼수없음. 지방세심사 , 수도권에서는지방대학의대학원설치를할수없어서부득이취득세등비과세를적용받은부동산을매각한경우에도, 취득후본래의용도에사용하지않고매각한경우에해당되므로취득세등을신고납부하여야함. 지방세심사 , 학교법인이학교설립허가장애요인을알고부동산을취득하여비과세유예기간내에그장애요인을해소시키지못한것은교육사업용으로사용하지못한정당한사유에해당하지않음. 지방세심사 , 교육사업에직접사용되고있지않고직접사용하기위한준비를하고있는기간에는재산세부과대상임. 세정 -79, 학교법인이중소기업창업지원법에의하여창업보육센터사업자로지정을받고학교구내에창업보육센터로직접사용하기위하여부동산을취득한경우취득세감면대상임. 지방세심사 , 대학교기숙사의구내식당, 문구점등을타인에게위탁관리운영토록하고, 그건축비의일부와학교발전기 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 133

150 부금을받는경우, 임대사업용 으로서재산세등비과세대상아님. 세정 , 학교법인소유토지가등록사항정정으로경계경정후그면적증가분에대해대가지급시는유상승계취득으로보아 법인장부상가액 이무상취득시는 시가표준액 이각각취득세과세표준이됨. 지방세심사 , 학교법인이학교회관신축부지를공원용지에서해제하기위해대체공원용지로취득한토지의경우, 취득 등록세비과세대상인 교육용에사용위해 취득한토지에해당하지않음. 지방세심사 , 학교법인이취득한부동산을임대하여그수익금전액을학생들의장학금으로사용해도수익사업용으로서비과세된취득세등추징됨. 지방세심사 , 주차장공사착공일부터 2년경과해주차영업을개시했으나, 학교운동장지하에건설하는대규모주차장으로서그공사소요기간이인정되므로취득세등면제됨. 지방세심사99-386, 지방중소도시에소재한대학이외국인교수유치위해사택용아파트를취득해외국인교수에게무상제공하는경우당해아파트가학교구외에위치해있어도학교법인이목적사업에사용하는부동산으로서취득세등비과세대상임. 세정 , 학교를경영하는비영리사업자가교원의기숙사용아파트를취득하는경우는취득세비과세대상에해당안됨. 지방세심사99-53, 학교법인이취득한부동산을교직원의사택으로사용하는경우교육사업자체에직접사용하는것아니므로비과세된취득 등록세추징됨. 134 산학협력단세제개선방안연구보고서

151 제 6 장산학협력단소득세일반 < 표 21> 산학협력단소득세요약 소주제관련법령관련유권해석 교수의연구용역과세기준직무발명보상금비과세기부금지출대상법인 소득세법제21조제1항제19호소득세법제19조제1항제13호소득세법제12조소득세법제34조 소득 , 소득 , 통칙 조심2011서462, 외다수 ( 본문참조 ) 소득-62, 소득-11, 소득-704, 소득-411, 소득-1091, 서면2팀-1593, 서이 , 비과세근로소득소득세법시행령제 12 조서면 1 팀 -425, 학교운영권 포기대가 소득세법제 21 조 서면1팀-1148, 서면1팀 -1123, 서면1팀-701, 소득 , Ⅰ. 소득세일반 1. 교수의연구용역소득에대한과세기준 대학에서는교수등이지급받는연구비명목의대가에대한소득구분문제가발생함. 이에따라개인소득세율이달라지므로원천징수의무자는항상연구비소득의성격을 명확히규명하여원천징수를해야함. 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 135

152 교수가직접계약을맺어수행하는연구용역의연구비는사업소득으로과세하되, 대 학이자체연구관리비규정에따라대학에서연구비를관리하는경우에교수가제공하 는연구용역은기타소득으로과세함 ( 소득세법시행령제 41 조제 11 항 ). < 표 22> 교수의연구용역소득에대한소득세법상소득구분 연구주체내용소득구분 대학 ( 중앙관리 ) 교수등개인 ( 개별관리 ) 교수가연구용역제공의대가로받는금액 ( 고용관계에따른근로제공과관련없이외부에제공하는연구용역의대가 ) 연구목적의고용관계없는연구보조원등이받는인건비연구소에서연구목적으로고용한연구원등이받는인건비대학이연구계약을체결하고대가를수령한경우비상업적인학술연구용역및기술연구용역을제공하고지급받는연구비교수등개인이연구계약을체결하고대가를직접수령한경우 연구활동비, 연구수당등명칭여하에불구하고기타소득으로과세 ( 교육과학기술부, 한국연구재단등에서지원받는연구비포함 )( 소득세법제21조제1항제19호 ) 연구소와고용관계없는대학원생또는다른대학교등소속교수등이연구업무를수행하고받는금액은기타소득으로과세 ( 소득세법제21조제1항제19호 ) 급여, 수당등명칭여하에불구하고근로소득으로과세 ( 소득세법제20조 ) < 고용관계여부판단기준 > 업무에대한거부를할수있는지, 시간적, 장소적제약을받는지, 업무수행과정에서구체적지시를받는지, 복무규정의준수의무가있는지에따라종합적으로판단 ( 소득 , ) 기업으로부터받은연구용역대가총액에서대학이연구간접경비를공제하고교수에게지급하는금액을사업소득으로과세 ( 소득세법제19조제1항제13호, 소득 , ) 소득세비과세 ( 소득세법기본통칙 ) 기업으로부터받은연구용역의대가총액이사업소득으로과세 ( 소득세법제19조제 1항제13호, 동법시행령제33조 ) 136 산학협력단세제개선방안연구보고서

153 한편, 교수와산학협력단은직접적인고용관계가없으므로상기조문과동일하게교 수가산학협력단이주관하는연구에참여하여연구용역을제공하고받는소득은기타 소득으로과세하는것으로해석할수있음. 관련법령 소득세법제19조 사업소득 1 사업소득은해당과세기간에발생한다음각호의소득으로한다. 13. 전문, 과학및기술서비스업 ( 대통령령으로정하는연구개발업은제외한다. 이하같다 ) 에서발생하는소득 소득세법제21조 기타소득 1 기타소득은이자소득 배당소득 사업소득 근로소득 연금소득 퇴직소득및양도소득외의소득으로서다음각호에서규정하는것으로한다. 19. 다음각목의어느하나에해당하는인적용역 ( 제15 호부터제17호까지의규정을적용받는용역은제외한다 ) 을일시적으로제공하고받는대가다. 변호사, 공인회계사, 세무사, 건축사, 측량사, 변리사, 그밖에전문적지식또는특별한기능을가진자가그지식또는기능을활용하여보수또는그밖의대가를받고제공하는용역 소득세법시행령제 33 조 연구개발업의범위 법제19조제1항제13호에서 대통령령으로정하는연구개발업 이란계약등에따라그대가를받고연구또는개발용역을제공하는것을제외한연구개발업을말한다. 소득세법시행령제 41 조 기타소득의범위등 11 법제21조제1항제19호다목에따른용역에는대학이자체연구관리비규정에따라대학에서연구비를관리하는경우에교수가제공하는연구용역이포함된다. 관련유권해석 소득세법기본통칙 연구개발업적용례 1 교수 기타전문지식인등 ( 이하 교수등 이라한다 ) 이독립된자격으로자기책임하에학술연구용역및기술연구용역 ( 계약등에의하여그대가를받고연구개발용역을제공하는사업을제외한다 ) 을제공하고지급받는연구비에대하여는영제33조의규정에의하여소득세가과세되지아니한다. 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 137

154 2 교수등이독립된자격으로자기의책임하에연구용역을제공하지아니하고타인의연구사업수행을 보조하고월정액의급여또는수당을받는경우에는영제 33 조에규정하는연구개발업에해당하지아 니한다. 조심2011서462, 대학교수가정부유관기관에 1년이상의자문용역을공급하였지만해당기관의요구에따라대가를분할지급한것일뿐수익목적의계속 반복적자문행위로보기어려워사업소득이아닌기타소득으로과세함이타당한사례 소득-672, 거주자가사단법인학회와고용관계없이독립된자격으로계속 반복적으로연구용역을제공하고받은대가는사업소득이나, 일시적연구용역을제공하고고용관계없이받는수당등이와유사한성질의대가는기타소득에해당함. 원천 -610, 전문지식인 ( 대학교수등 ) 인거주자가고용관계없이일시적으로국외워크샵참가등의형태로용역을제공하고항공료 체재비등의명목으로지급받는용역의대가는소득세법제21조제1항제19호의기타소득임. 서면 1 팀 -1347, 산학협력단으로부터연구목적의고용관계없이일시적으로연구용역을제공하고지급받는대가는기타소득에해당함. 서면 1 팀 -9, 대학이연구주체가되어연구개발용역을위탁받아연구비를직접관리 ( 중앙관리 ) 하는경우교수가연구활동의대가로받는금액은기타소득, 연구원이받는금액은근로소득에해당함. 서면1팀-978, 교수등이연구용역제공의대가로연구시설확충등목적으로설립된학술진흥재단으로부터고용관계에따른근로제공과관련없이지급받는금액은기타소득에해당함 2. 또한대학이연구주체가되어외부로부터연구개발용역을위탁받아연구비를직접관리하는경우로서, 고용관계에따른근로제공과관련없이교수가연구활동의대가로지급받는금액은연구활동비, 연구수당등그명칭여하에불구하고 기타소득 에해당하는것이며, 연구목적으로고용된교수등이고용관계에따른근로제공과관련하여연구용역을제공하고지급받는대가는소득세법제20조의근로소득에해당하는것임. 138 산학협력단세제개선방안연구보고서

155 서일 , 서면 1 팀 -975, 대학교수들이대학과관련없이독립적으로비영리법인과의계약등에의해그대가를받고연구및개발 용역을제공하는사업에해당하는경우에는 사업서비스업 에해당함. 소득 , 특별법에의하여설립된사관학교등대학이민간단체와학술연구용역계약을체결하고대가를수령하는경우로서교수등개인이연구주체가되어연구비를개별관리하는경우에는당해민간단체로부터받은연구용역대가총액에서대학이연구간접경비로공제하고교수에게지급하는금액을소득세법제 19조제1항제11호의규정에의한사업소득으로보는것이며, 2. 대학이연구주체가되어연구비를직접중앙관리하는경우에는교수가연구용역제공의대가로받는금액은연구활동비 연구수당등명칭여하에불구하고소득세법제21조제1항제19 호의규정에의한기타소득으로보는것임. 법인 , 사립대학이연구주체가되어다른대학으로부터연구개발용역을위탁받아소속교수등에게연구하도록하고연구비를대학이직접관리하는경우에, 고용관계에따른근로제공과관련없이교수가연구활동의대가로지급받는금액은연구활동비 연구수당등명칭여하에불구하고기타소득에해당하는것임. 2. 또한, 사립대학이외부로부터받는연구비총액은당해대학의수익사업의수입금액에해당하는것임. 소득 , 대학교수들이대학과관련없이독립적으로비영리법인과의계약등에의하여그대가를받고연구및개발용역을제공하는사업에해당하는경우에는사업서비스업에해당하는것임. 2. 직무발명보상금비과세 종업원의직무와관련된우수발명으로서발명진흥법에따른직무발명으로받는다음 의보상금에대하여는소득세를부과하지아니함. 대학의교직원이소속대학에설치된산촉법에따른산학협력단으로부터같은법제 32 조에따라받는보상금 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 139

156 관련법령 소득세법제12조 비과세소득 5. 기타소득중다음각목의어느하나에해당하는소득라. 발명진흥법 제2조제2호에따른직무발명으로받는다음의보상금 1) 종업원이 발명진흥법 제15조에따라사용자로부터받는보상금 2) 대학의교직원이소속대학에설치된 산업교육진흥및산학연협력촉진에관한법률 에따른산학협력단으로부터같은법제32 조에따라받는보상금 발명진흥법제2조 정의 2. 직무발명 이란종업원, 법인의임원또는공무원 ( 이하 종업원등 이라한다 ) 이그직무에관하여발명한것이성질상사용자 법인또는국가나지방자치단체 ( 이하 사용자등 이라한다 ) 의업무범위에속하고그발명을하게된행위가종업원등의현재또는과거의직무에속하는발명을말한다. 산업교육진흥및산학연협력촉진에관한법률제32조 지출 1 산학협력단은다음각호의지출을할수있다. 1. 산학협력단의관리 운영비 2. 산학연협력계약의이행에필요한경비 3. 대학의시설 운영지원비 4. 제31 조제1항제2호부터제7호까지의재원수입에기여한교직원및학생에대한보상금 5. 제36 조에따라국 공립대학또는산학협력단이설치한학교기업의운영비 6. 기술지주회사에대한출자 7. 제38조에따른협의회등의사업비및운영지원비 8. 그밖에산학연협력과관련되어필요하다고인정되는경비로서대통령령으로정하는경비 2 제1항제4호에따른보상금지급의기준 절차와그밖에필요한사항은대통령령으로정한다. 관련유권해석 소득 -62, 산학협력단이정부출연연구기관등과협약체결하여그성과물에대해소속대학교원에게지급하는보상 금은비과세기타소득에해당하지않음. 소득 -11, 산학협력단이정부출연연구기관등과협약체결하여그성과물에대해소속대학교원에게지급하는보상 140 산학협력단세제개선방안연구보고서

157 금은비과세기타소득에해당하지않음. 소득 -704, 대학에설치된산학협력단이소속대학교원의직무관련발명에대한특허등록전에교원에게지급하는보상금은비과세되는기타소득에해당하지아니함. 3. 기부금지출대상법인 기부금이란사업소득이있는거주자가직접업무와관련없이타인에게무상으로지출하는재산적증여의가액을말함. 기부금은기부금을받는상대방에따라국가등에대한기부금 ( 법정기부금 ), 일정한한도내에서필요경비에산입되는공익목적에지출한기부금 ( 지정기부금 ) 및전액필요경비불산입되는비지정기부금및조세특례제한법제 76조 ( 정치자금기부금 ) 및제88조의 4 제13항 ( 우리사주조합기부금 ) 의규정에의한기부금으로구분됨. 개인또는법인이지출하는경우소득의 100% 범위에서비용으로인정되는법정기부 금단체의범위에사립학교와산학협력단이포함됨 ( 소득세법제 34 조제 2 항 ). 관련법령 소득세법제34조 기부금의필요경비불산입 2 다음각호에따른기부금 ( 이하 법정기부금 이라한다 ) 에는제1항을적용하지아니한다. 다만, 법정기부금의합계액이해당과세기간의소득금액에서제45조에따른이월결손금을뺀금액을초과하는경우그초과하는금액은해당과세기간의소득금액을계산할때필요경비에산입하지아니한다. 1. 법인세법 제24조제2항에따른기부금 법인세법제24조 기부금의손금불산입 2 제1항과제29조는다음각호의기부금 ( 이하 법정기부금 이라한다 ) 에대하여는적용하지아니한다. 다만, 법정기부금을합한금액이해당사업연도의소득금액에서제13 조제1호의결손금을뺀후의금액에 100분의 50을곱하여산출한금액 ( 이하이조에서 법정기부금의손금산입한도액 이라한다 ) 을초과하는경우그초과하는금액은그사업연도의소득금액을계산할때손금에산입하지아니한다. 4. 다음각목의기관 ( 병원은제외한다 ) 에시설비 교육비 장학금또는연구비로지출하는기부금가. 사립학교법 에따른사립학교 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 141

158 나. 비영리교육재단 ( 국립 공립 사립학교의시설비, 교육비, 장학금또는연구비지급을목적으로설립된 비영리재단법인으로한정한다 ) 바. 산업교육진흥및산학연협력촉진에관한법률 에따른산학협력단 관련유권해석 소득 -411, 내국법인이학교법인또는공공단체외의법인기타사인이설치하는초 중등교육법제 60 조의 3 의규정에 의한대안학교에시설비 교육비 장학금또는연구비로지출하는기부금은법정기부금에해당함. 소득 -1091, 거주자가고등교육법제 30 조에따라설립된대학원대학교에장학금으로지출하는기부금은법정기부금 에해당함. 서면 2 팀 -1593, 개인이사립학교에시설비 장학금또는연구비등으로지출한기부금은특수관계여부에관계없이법정 기부금에해당하는것임. 서이 , 국 공립학교등에지출하는기부금의경우, 학교운영위원회또는후원회등을통해지급하더라도법정기 부금에해당함. 4. 비과세근로소득 근로소득중유아교육법, 초중등교육법및고등교육법에따른학교및이에준하는 학교의교원이받는연구보조비또는연구활동비중월 20 만원이내의금액에대해서는 실비변상적인성질의급여로소득세를과세하지아니함. 관련법령 소득세법시행령제 12 조 실비변상적급여의범위 12. 다음각목의어느하나에해당하는자가받는연구보조비또는연구활동비중월 20 만원이내의금액 가. 유아교육법, 초 중등교육법 및 고등교육법 에따른학교및이에준하는학교 ( 특별법에따른교 142 산학협력단세제개선방안연구보고서

159 육기관을포함한다 ) 의교원나. 특정연구기관육성법 의적용을받는연구기관, 특별법에따라설립된정부출연연구기관, 지방자치단체출연연구원의설립및운영에관한법률 에따라설립된지방자치단체출연연구원에서연구활동에직접종사하는자 ( 대학교원에준하는자격을가진자에한한다 ) 및직접적으로연구활동을지원하는자로서기획재정부령으로정하는자다. 기초연구진흥및기술개발지원에관한법률시행령 제16조제1항제1호또는제3호에따른중소기업또는벤처기업의기업부설연구소와같은조제2항에따라설치하는연구개발전담부서 ( 중소기업또는벤처기업에설치하는것으로한정한다 ) 에서연구활동에직접종사하는자 관련유권해석 서면 1 팀 -425, 초, 중등교육기관의교원이받는월 20 만원이내금액인비과세되는연구보조비에는육성회가없는경우 의국고나학교재단으로부터지급받는교과지도비, 보전수당, 가산금등의연구보조비가포함됨. 5. 학교운영권포기대가 학교법인의이사장이이사장의지위와권리, 의무를포기하고그지위등을타인에게승계받을수있도록하는데대한대가로수수하는금품은소득세법제21조제1항제17 호에서규정한기타소득중사례금에해당하는것으로봄. 따라서원천징수의무자는당해지급금액에서동법시행령제202조에의한필요경비로서당해원천징수의무자가확인할수있는금액을공제한금액에원천징수세율을적용하여원천징수하여야함. 또한동소득금액은소득세법제70조제1항및제76조제1 항의규정에의하여종합소득세과세표준확정신고및납부를하여야함. 관련법령 소득세법제21조 기타소득 1 기타소득은이자소득 배당소득 사업소득 근로소득 연금소득 퇴직소득및양도소득외의소득으로서다음각호에서규정하는것으로한다. 17. 사례금 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 143

160 소득세법시행령제202조 원천징수대상기타소득금액 1 법제145조제1항의규정에의한기타소득금액은당해지급금액에서이에대응하는필요경비로당해원천징수의무자가확인할수있는금액또는제87조의규정에의한필요경비를공제한금액으로한다. 2 법제145조제2항단서에서 대통령령으로정하는금액 이란 100만원 ( 필요경비를공제하기전의금액을말한다 ) 을말한다. 3 법제145조제1항에따라소득세를원천징수할때 조세특례제한법 제100조의 18 제1항에따라배분받은소득은지급받은날에원천징수한다. 다만, 해당동업기업의과세기간종료후 3개월이되는날까지지급하지아니한때에는그 3개월이되는날에원천징수한다. 소득세법제70조 종합소득과세표준확정신고 1 해당과세기간의종합소득금액이있는거주자 ( 종합소득과세표준이없거나결손금이있는거주자를포함한다 ) 는그종합소득과세표준을그과세기간의다음연도 5월 1일부터 5월 31일까지대통령령으로정하는바에따라납세지관할세무서장에게신고하여야한다. 소득세법제76조 확정신고납부 1 거주자는해당과세기간의과세표준에대한종합소득산출세액또는퇴직소득산출세액에서감면세액과세액공제액을공제한금액을제70조, 제71조및제74조에따른과세표준확정신고기한까지대통령령으로정하는바에따라납세지관할세무서, 한국은행또는체신관서에납부하여야한다. 관련유권해석 소득세법기본통칙 알선수수료등의소득구분 1 법제21 조제1항제16호에규정하는재산권에관한알선수수료는다른소득에속하지아니하는것으로서재산의매매 양도 교환 임대차계약기타이와유사한계약을알선하고받는수수료를말한다. 이경우법제19조제1항제11호에규정한사업서비스업에속하는중개업은포함하지아니한다. 2 법제21조제1 항제17 호에규정하는사례금에는다른소득에속하지아니하는것으로서다음각호의것을포함한다. 1. 의무없는자가타인을위하여사무를관리하고그대가로지급받는금품. 다만, 그의무없는자가타인을위하여실지로지급한비용의청구액은제외한다. 2. 근로자가자기의직무와관련하여사용자의거래선등으로부터지급받는금품. 이경우 상속세및증여세법 의규정에의하여증여세가과세되는것은제외한다. 3. 재산권에관한알선수수료외의계약또는혼인을알선하고지급받는금품서면1팀-1148, , 서면1팀-1123, 외다수학교법인이사장인거주자가학교법인운영권을타인에게넘겨주고받는대가는소득세법제21 조제1항 144 산학협력단세제개선방안연구보고서

161 제17호에규정한기타소득중 사례금 에해당하는것임. 서면1팀-701, 학교법인이사인거주자가학교법인운영권을타인에게넘겨주고받는대가는소득세법제21조제1항제 17호에규정한기타소득중 사례금 에해당하는것이며, 동기타소득인사례금을지급하는경우원천징수대상기타소득금액은동법시행령제202 조의규정에의하여당해지급금액에서이에대응하는필요경비 ( 당초학교법인운영권을취득하기위해직접지출한비용포함 ) 로당해원천징수의무자가확인할수있는금액을공제한금액을말하는것임. 소득 , 학교법인이사장인거주자가이사장으로서의지위와권리, 의무를포기하고그지위등을타인이승계받을수잇도록하여주는데대한대가로수수하는금품은소득세법제21 조제1항제17호에규정한기타소득중 사례금 에해당하는것이므로, 소득세법제70조제1항및동법제76 조제1항의규정에의하여종합소득세과세표준확정신고및납부를하여야하는것임. 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 145

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163 제 2 부산학협력단세제개선방안주요사안별연구검토 제1장법인세법상산학협력단관련주요검토사항제2장부가가치세법상산학협력단관련주요검토사항제3장상속세및증여세법상산학협력단관련주요검토사항제4장지방세법상산학협력단관련주요검토사항제5장소득세법상산학협력단관련주요검토사항제6장기술지주회사관련주요검토사항 < 부록 > 산학협력단관련세제개선을위한의견조사서

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165 제 1 장법인세법상산학협력단관련주요검토사항 < 표 23> 산학협력단관련법인세쟁점사항 주제현황개선방안 산학협력단과학교법인의부당행위계산부인연구용역의대가성에대한판단기준고유목적사업준비금에산학협력단이적립하는기금의포함방안기타수익사업에대한고유목적사업준비금 100% 설정일몰폐지서비스 R&D 조세지원범위확대 산학협력단이학교로부터무상으로제공받는용역 ( 사무실임대, 창업보육센터임대, 파견직원인건비등 ) 에대해부당행위계산부인적용가능함. 산학협력단별로연구용역에대해수익사업과고유목적사업의구분경리기준이상이하여세무당국에대응하는논리가약하며, 고유목적사업준비금설정및계산서미발행가산세와부가가치세납부에도영향을미치고있음. 산학협력단의고유목적을위해연구적립금등을기금으로적립할경우 사립학교법 에의하여설립된학교법인과는달리고유목적사업에사용한것으로인정받을수있는법적근거가없음. 학교및산학협력단의고유목적사업준비금손금산입한도는조세특례제한법에규정되어있어서일몰시한이존재함. 서비스분야 R&D의경우자체연구개발비에한해 R&D 조세지원이가능하며, 공동 위탁연구개발비에대해서는조세지원범위에서배제 향후입법추진사항으로서, 법인세법시행령제2조수익사업의범위에서 " 학교법인이산학협력단에제공하는임대용역제외 " 를포함시킬필요연구용역의대가성판단기준을명확히하기위해서는협약서 ( 계약서 ) 를표준화하고, 모든계약당사자가표준화된협약서 ( 계약서 ) 를사용하도록국가적차원에서권고산학협력단이고유목적사업준비금을산학협력단회계처리규칙에따른적립금으로적립하고, 적립금에서발생한이자를적립금에적립하여사용할경우고유목적사업에사용한것으로볼수있도록세제개선법인세법으로명문화하여 100% 손금산입한도를영구화하거나사업연도를학교법인및산학협력단의회계연도에맞추도록세제개선서비스분야의공동 위탁 R&D 에대해서도 연구 인력개발준비금손금산입 및 연구 인력개발비세액공제 등 R&D 조세지원허용하는세제개선이필요 제 2 부산학협력단세제개선방안주요사안별연구검토 149

166 R&D 조세지원제도일몰기한연장기술이전및취득에대한조세지원확대대기업의공동 위탁 R&D에대한조세지원확대 2012년 12월말기준으로 R&D 조세지원제도상당수가일몰 (Sunset) 규정을적용받아폐지될위기에놓여있음. 기업의기술거래실적이적으며, 산-학협력유형중에서기술이전이차지하는비중이낮게나타남. 2009년말세제개편후대기업이대학또는중소기업등에대한공동연구개발시세제혜택이없어짐. 기한이도래한 R&D조세지원제도에대해 2015년 12월 31일까지일몰연장을하도록세법개정건의대기업휴면특허의중소기업으로의이전을위해기술이전소득에대한과세특례제도재도입대기업이지출하는공동 위탁 R&D투자에대해세액공제율을중소기업과동일하게적용하도록세제개선필요 Ⅰ. 산학협력단과학교법인의부당행위계산부인 1. 연구주제의의의 산학협력단과학교법인의법인세법상특수관계여부를검토하여양법인간거래가 부당행위계산부인규정이적용될수있는지여부및대응방안마련 2. 관련법령 법인세법제52조 부당행위계산의부인 1 납세지관할세무서장또는관할지방국세청장은내국법인의행위또는소득금액의계산이대통령령으로정하는특수관계인 ( 이하 " 특수관계인 " 이라한다 ) 과의거래로인하여그법인의소득에대한조세의부담을부당하게감소시킨것으로인정되는경우에는그법인의행위또는소득금액의계산 ( 이하 " 부당행위계산 " 이라한다 ) 에관계없이그법인의각사업연도의소득금액을계산할수있다. 2 제1항을적용할때에는건전한사회통념및상거래관행과특수관계인이아닌자간의정상적인거래에서적용되거나적용될것으로판단되는가격 ( 요율 이자율 임대료및교환비율과그밖에이에준하는것을포함하며, 이하이조에서 " 시가 " 라한다 ) 을기준으로한다. 3 내국법인은대통령령으로정하는바에따라각사업연도에특수관계인과거래한내용이적힌명세서를 150 산학협력단세제개선방안연구보고서

167 납세지관할세무서장에게제출하여야한다. 4 제 1 항부터제 3 항까지의규정을적용할때부당행위계산의유형및시가의산정 ( 算定 ) 등에관하여필요 한사항은대통령령으로정한다. 법인세법시행령제87조 특수관계인의범위 1 법제52 조제1항에서 " 대통령령으로정하는특수관계인 " 이란법인과다음각호의어느하나의관계에있는자 ( 이하 " 특수관계인 " 이라한다 ) 를말한다. 이경우본인도 국세기본법 제2조제20호각목외의부분후단에따라특수관계인의특수관계인으로본다. 1. 임원의임면권의행사, 사업방침의결정등당해법인의경영에대하여사실상영향력을행사하고있다고인정되는자 ( 상법 제401 조의2제1 항의규정에의하여이사로보는자를포함한다 ) 와그친족 2. 주주등 ( 소액주주등을제외한다. 이하이관에서같다 ) 과그친족 3. 법인의임원 사용인또는주주등의사용인 ( 주주등이영리법인인경우에는그임원을, 비영리법인인경우에는그이사및설립자를말한다 ) 이나사용인외의자로서법인또는주주등의금전기타자산에의하여생계를유지하는자와이들과생계를함께하는친족 4. 해당법인이직접또는그와제1호부터제3호까지의관계에있는자를통하여어느법인의경영에대하여지배적인영향력을행사하고있는경우그법인 5. 해당법인이직접또는그와제1호부터제4호까지의관계에있는자를통하여어느법인의경영에대하여지배적인영향력을행사하고있는경우그법인 6. 당해법인에 100 분의 30 이상을출자하고있는법인에 100 분의 30 이상을출자하고있는법인이나개인 7. 당해법인이 독점규제및공정거래에관한법률 에의한기업집단에속하는법인인경우그기업집단에소속된다른계열회사및그계열회사의임원 8. 삭제 2 제1항제 4호및제5호에따른지배적인영향력을행사하고있는지여부는 국세기본법시행령 제1조의 2제4항에따른다. 3 삭제 4 삭제 법인세법시행령제88조 부당행위계산의유형등 1 법제52 조제1항에서 " 조세의부담을부당하게감소시킨것으로인정되는경우 " 란다음각호의어느하나에해당하는경우를말한다. 1. 자산을시가보다높은가액으로매입또는현물출자받았거나그자산을과대상각한경우 2. 무수익자산을매입또는현물출자받았거나그자산에대한비용을부담한경우 3. 자산을무상또는시가보다낮은가액으로양도또는현물출자한경우. 다만, 제20조제 1항제 3호각목외의부분에해당하는주식매수선택권등의행사또는지급에따라주식을양도하는경우는제외한다. 3의2. 특수관계인인법인간합병 ( 분할합병을포함한다 ) 분할에있어서불공정한비율로합병 분할하여 제 2 부산학협력단세제개선방안주요사안별연구검토 151

168 합병 분할에따른양도손익을감소시킨경우. 다만, 자본시장과금융투자업에관한법률 제165조의 4 에따라합병 ( 분할합병을포함한다 ) 분할하는경우는제외한다. 4. 불량자산을차환하거나불량채권을양수한경우 5. 출연금을대신부담한경우 6. 금전, 그밖의자산또는용역을무상또는시가보다낮은이율 요율이나임대료로대부하거나제공한경우. 다만, 다음각목의어느하나에해당하는경우는제외한다. 가. 제20 조제 1항제 3호각목외의부분에해당하는주식매수선택권등의행사또는지급에따라금전을제공하는경우나. 주주등이나출연자가아닌임원 ( 소액주주등인임원을포함한다 ) 및사용인에게사택 ( 기획재정부령으로정하는임차사택을포함한다 ) 을제공하는경우 7. 금전기타자산또는용역을시가보다높은이율 요율이나임차료로차용하거나제공받은경우 7의2. 기획재정부령으로정하는파생상품에근거한권리를행사하지아니하거나그행사기간을조정하는등의방법으로이익을분여하는경우 8. 다음각목의어느하나에해당하는자본거래로인하여주주등인법인이특수관계인인다른주주등에게이익을분여한경우 3. 산학협력단설치의법적근거 2003년경정부는국가혁신체제구축을위한산학연협력활성화종합대책에따라새로운지식과기술의창출 공유 확산을위한국가혁신체제의구축을위하여산업체, 학교및정부출연연구소간의협력과교류를활성화하는데필요한법적 제도적기반을마련하는차원에서종전산업교육진흥법에산학협력의내용을추가하여산촉법을제정하였음. 제정된산촉법의핵심적인내용중하나는대학에서산학협력에관한권리의무의주 체가될수있는특수법인, 즉산학협력단을설치할수있는근거규정을마련해주는데 있었음. 현행법상학교는법인격이존재하지아니하기때문에자기책임하에계약을체결할수없는등권리의무의주체가될수없었고산학협력과정에서지적재산권등이취득되는경우학교가그권리를취득할수없는문제가발생되고있었는바, 산촉법에서산학협력단설치에관한법적장치를마련해줌. 152 산학협력단세제개선방안연구보고서

169 산촉법제정후, 많은대학들이대학내에서산학협력업무를수행하고있던산학협력 부서의인원및재산을분리하여산학협력단을별도법인으로설립함. 4. 산학협력단의특성 산학협력단은학교와별도로설립된법인이지만, 산촉법상산학협력단의단장은대학의장이임명하도록되어있으며, 산학협력단장은해당대학의장의지도및감독을받아그소관업무를총괄하여야함 ( 산촉법제28조 ). 산학협력단은별도법인이므로별도회계를가져야하며, 법인세신고, 결산서류공 시등의세법상각종의무도학교법인과별도로이행하고있음. 즉산학협력단은산촉법에의해성립된별도법인이면서, 학칙에의해설립된대학의 하부조직이라는특성을갖고있음. 5. 산학협력단과학교법인의거래 대부분의대학은교내에산학협력단을운영하고있으며, 산학협력단은학교에속하 는건물을무상으로사용하고있음. 산학협력단은창업보육센터를운영하고있으며, 이의임대에서발생하는수익을산 학협력단의수익으로인식하고있음. 단창업보육센터는학교건물이므로관련비용은 모두학교에서교비회계에서인식되고있음. 학교법인의연구용기자재를산학협력단에대여해주며 ( 공동기기원등 ), 외부제3자에대한대여료보다적은금액을수수하는경우가많음. 산학협력단은학교소속직원중일부를파견받아산학협력단의업무를수행하고있으며관련인건비는교비회계에서지출되고있음. 6. 부당행위계산부인의적용 법인세법시행령제 87 조제 1 항제 1 호에서는 " 임원의임면권의행사, 사업방침의결정 제 2 부산학협력단세제개선방안주요사안별연구검토 153

170 등당해법인의경영에대하여사실상영향력을행사하고있다고인정되는자 " 는쌍방 을특수관계인으로보고있으며, " 사실상영향력을행사하는자 " 에는개인뿐만아니라 법인도포함됨. 학교법인은학교를포함하며, 학교의장은산학협력단장의임면권이있으므로학교 법인과산학협력단은법인세법상특수관계인에해당함. 한편부당행위계산은법인세법상수익사업에적용되는바산학협력단과학교법인의 거래중수익사업에해당하는것은부당행위계산부인이적용될여지가있음. 비영리법인은수익사업에서생기는소득에대해서만법인세납부의무가있으며, 임 대업은법인세법상수익사업에해당함. 학교소유의건물을산학협력단이무상으로이용하는것은, 법인세법시행령제88조제1항제6호에열거된 금전, 그밖의자산또는용역을무상또는시가보다낮은이율 요율이나임대료로대부하거나제공한경우 에해당하므로, 학교법인에부당행위계산부인이적용되어과세위험이있음. 또한창업보육센터의경우도산학협력단이무상으로임대하여임대업에사용하고관 련수익을인식하지만, 관련비용을학교에서인식하는것에대해학교법인에부당행위 계산부인이적용될여지가있음. 공동기기원등을통한연구용기자재저가임대또는무상임대역시학교법인에부 당행위계산부인규정이적용될수있음. 학교법인소속인원이산학협력단에파견되어산학협력단의업무를수행하고그인 건비를학교법인이부담하는경우도학교법인입장에서부당행위계산부인규정이적용 될여지가있음. 154 산학협력단세제개선방안연구보고서

171 7. 대응방안마련의필요성 학교법인과산학협력단은별도의법인이지만별다른법률적검토없이관행적으로 부동산을무상으로사용하고있으며, 이에대한과세관청의이슈제기는아직없는것 으로파악됨. 그러나 2012 년 7 월부터는특수관계인에대한무상임대용역에대해서도부가가치세 법상과세가이루어지므로이에대한과세관청의이슈제기가능성이높아졌다고판단 됨 ( 부가가치세법제 7 조및동법시행령제 19 조 ). 산학협력단이사용하고있는학교건물이나창업보육센터의무상임대에대한과세 Risk 는학교법인에있으나이에대한과세가이루어질경우학교법인에대한임대료지 출등으로산학협력단의비용가중이예상되는바, 이에대한대응방안마련이필요함. 8. 결론 현행법인세법상으로는학교법인과산학협력단이특수관계인의범위에포함되어산 학협력단의학교시설무상사용에대하여부가가치세가과세되는 Risk 가존재하므로현 재이에대한예외규정을마련하는법개정작업이진행중임. 이에산학협력단의설립취지및특성을고려한보다근본적인대응방안으로, 법인세 법시행령제 87 조특수관계인의범위에서산학협력단과그소속대학을제외하여비과 세가가능하도록입법개선을추진할필요가있음. < 표 24> 법인세법시행령제 87 조 ( 특수관계인의범위 ) 개정 현행법령개정법령 ( 안 ) 제87조 특수관계인의범위 1 법제52조제1항에서 " 대통령령으로정하는특수관계인 " 이란법인과다음각호의어느하나의관계에있는자 ( 이하 " 특수관계인 " 이라한다 ) 를말한다. 이경우본인도 국세 제87조 특수관계인의범위 1 법제52조제1항에서 " 대통령령으로정하는특수관계인 " 이란법인과다음각호의어느하나의관계에있는자 ( 이하 " 특수관계인 " 이라한다 ) 를말한다. 이경우본인도 국세기본 제 2 부산학협력단세제개선방안주요사안별연구검토 155

172 기본법 제 2 조제 20 호각목외의부분후단에 따라특수관계인의특수관계인으로본다. 법 제2조제20호각목외의부분후단에따라특수관계인의특수관계인으로본다. 다만, 산업교육진흥및산학연협력촉진에관한법률 에따른산학협력단의경우산학협력단과그소속학교법인은특수관계인으로보지아니한다. Ⅱ. 연구용역의대가성에대한판단기준 1. 연구주제의의의 산학협력단에서수행하는연구용역의대가성여부를검토하고, 판단기준을마련하여 모든산학협력단이동일한기준으로업무를처리할수있도록함. 2. 현황 산학협력단별로차이가있으나일반적으로연구용역의발주기관이정부기관, 공공기 관, 지자체, 민간기관에따라수익사업과고유목적사업으로구분경리하고있음. 산학협력단별로수익사업과고유목적사업의구분경리기준이상이하여세무당국에대응하는논리가약하며, 고유목적사업준비금설정및계산서미발행가산세와부가가치세납부에도영향을미치고있음. 산학협력단회계처리규칙에서는지적재산권의소유주체가산학협력단일경우에는대가성이없는것으로보고있음. 그러나지재권의소유주체만으로대가성여부를판단할수없어판단기준이모호함. 3. 관련법령 법인세법제 3 조제 2 항 수익사업의범위 1 제조업, 건설업, 도 소매업, 소비자용품수리업, 부동산 임대업, 사회서비스업등수익이발생하는사업 156 산학협력단세제개선방안연구보고서

173 법인세법시행령제 2 조제 1 항 수익사업에서제외되는사업 2 사회서비스업중연구및개발업 ( 계약등에의하여그대가를받고연구및개발용역을제공하는사업제외 ) 과학기술기본법제11조의 3 제1항 국가연구개발사업결과물의소유 관리및활용촉진 1 국가연구개발사업의결과물은국가연구개발사업에참여하는연구형태와비중, 연구개발결과물의유형등을고려하여대통령령으로정하는바에따라연구기관등의소유로한다. 다만, 중앙행정기관의장은다음각호의어느하나에해당하는경우에는국가의소유로할수있다. 1. 국가안보상필요한경우 2. 연구개발결과물을공공의이익을목적으로활용하기위하여필요한경우 3. 연구기관등이국외에소재한경우 4. 그밖에연구기관등이소유하기에부적합하다고인정되는경우 2 중앙행정기관의장은제1항에따라국가가소유하게된연구개발결과물을전문기관등에위탁하여관리하게할수있다. 3 그밖에연구개발결과물의소유 관리및활용촉진에필요한사항은대통령령으로정한다. 국가연구개발사업의관리등에관한규정제2조 정의 1. " 국가연구개발사업 " 이란중앙행정기관이법령에근거하여연구개발과제를특정하여그연구개발비의전부또는일부를출연하거나공공기금등으로지원하는과학기술분야의연구개발사업을말한다. 10. " 출연금 " 이란국가연구개발사업의목적을달성하기위하여국가등이반대급부없이예산이나기금등에서연구수행기관에지급하는연구경비를말한다. 국가연구개발사업의관리등에관한규정제20조 연구개발결과물의소유 1 국가연구개발사업의수행결과로얻어지는연구기자재, 연구시설 장비, 시작품 ( 試作品 ) 및연구노트등유형적결과물은협약으로정하는바에따라주관연구기관 ( 세부과제의경우에는협동연구기관을말한다 ) 의소유로한다. 다만, 공동연구기관, 위탁연구기관및참여기업 ( 이하 " 참여기관 " 이라한다 ) 이소유의조건으로부담한연구기자재, 연구시설 장비는해당참여기관의소유로할수있다. 2 국가연구개발사업의수행결과로얻어지는지식재산권, 연구보고서의판권등무형적결과물은협약으로정하는바에따라주관연구기관 ( 세부과제의경우에는협동연구기관을말한다 ) 의소유로한다. 다만, 제1호및제2호에해당하는경우에는협약으로정하는바에따라참여기관이단독으로소유할수있고, 제3호에해당하는경우에는협약으로정하는바에따라주관연구기관 ( 세부과제의경우에는협동연구기관을말한다 ) 과참여기관이공동으로소유할수있다. 1. 참여기관이자체개발하거나주도적으로개발한무형적결과물 2. 주관연구기관또는협동연구기관이연구개발결과물을소유할의사가없는경우 3. 중앙행정기관의장이주관연구기관 ( 세부과제의경우에는협동연구기관을말한다 ) 과참여기관이공동 제 2 부산학협력단세제개선방안주요사안별연구검토 157

174 으로소유하는것이연구개발결과물의활용을위하여더효과적이라고판단하는경우 산학협력단회계처리규칙 ( 개정안 ) 의운영계산서계정과목명세표상의해설산학협력수익중연구수익 - 정부연구수익 : 국가및지방자치단체로부터받는대가성이있는연구용역수익 - 산업체연구수익 : 산업체등으로부터받는대가성이있는연구용역수익지원금수익중연구수익 - 정부연구수익 : 국가및지방자치단체로부터받는대가성이없는연구용역수익 - 산업체연구수익 : 산업체등으로부터받는대가성이없는연구용역수익 대가성판단기준 : 결과물의소유권을산학협력단이취득하면대가성이없는것으로판단할수있음 4. 검토내용 가. 산학협력단이수주하는연구과제형태에따른수익 / 고유목적사업의구분 1) 국고 / 민간경상 / 지자체보조금사업 < 표 25-1> 출연형태에따른분류 : 국고 / 민간경상 / 지자체보조금 출연형태지재권소유사업구분 과제협약절차없이국고보조금 / 민간경상보조금 / 지자체보조금교부받아 국고보조금집행관리지침 ( 요령 ) 에따라관리 해당없음 고유목적사업 2) 국가연구개발사업 < 표 25-2> 출연형태에따른분류 : 국가연구개발사업 출연형태지재권소유사업구분 정부기관 ( 산하기관포함 ) 이출연금형태로산학협력단에전액지원정부기관 ( 산하기관포함 ) 이출연금형태로주관기관인민간기업을통하여산학협력단에세부또는위탁과제로지원 주관연구기관주관연구기관또는주관연구기관과협동연구기관공동소유 고유목적사업 고유목적사업 158 산학협력단세제개선방안연구보고서

175 정부기관 ( 산하기관포함 ) 이출연금형태로주관기관인산학협력단을통하여민간기업에세부또는위탁과제로지원산학협력단이주관기관이고, 참여기업이연구비일부를출연하면서세부과제로연구를진행 주관연구기관또는주관연구기관과협동연구기관공동소유주관연구기관또는주관연구기관과협동연구기관공동소유 고유목적사업 고유목적사업 3) 정부기관 / 지자체의공공사업 < 표 25-3> 출연형태에따른분류 : 정부기관 / 지자체의공공사업 출연형태지재권소유사업구분 정부기관 ( 산하기관포함 ), 지자체의공공사업 - 지역연구센터사업 - 클러스터사업 주관연구기관또는주관연구기관과협동연구기관공동소유 고유목적사업 4) 정부기관 / 민간연구용역 < 표 25-4> 출연형태에따른분류 : 정부기관 / 민간연구용역 형태지재권소유사업구분 국가( 지자체 ) 를당사자로하는계약에관한법률 에따라계약하는연구용역 - 조달청나라장터를통해입찰 - 정부기관자체입찰 / 수의계약 - 지체상금해당정부기관 ( 산하기관포함 ), 지자체의기관자체연구용역 - 기획과제, 정책과제, 평가연구과제정부기관 / 민간기관의동물실험, 임상연구용역 - 시험, 시료분석용역정부기관 / 민간기관의기타용역 - 자문용역, 공사용역, 행사용역 - 건축물의설계 / 감리용역 - 서베이, 통계용역 - 전시, 공연, 디자인용역 - 시작품제작용역 - 기타단순조사용역등 발주기관단독소유발주기관단독소유발주기관단독소유발주기관단독소유 수익사업수익사업수익사업수익사업 제 2 부산학협력단세제개선방안주요사안별연구검토 159

176 5) 민간기관 / 개인기부금 < 표 25-5> 출연형태에따른분류 : 민간기관 / 개인 형태지재권소유사업구분 개인 / 민간기업의기부금연구과제 - 장학금 / 시설지원 - 산업체대응자금지원 주관연구기관 고유목적사업 나. 대가관계의판단 1) 지원목적에따른판단기준 < 표 26-1> 지원목적에따른구분 구분고유목적사업수익사업 지원목적 결과물소유 / 활용 국가적차원이나공익의목적으로지원연구결과물의소유권이나활용을주장하지않음 발주기관의이익을목적으로 지원 연구결과물의소유권주장 2) 지원형태별판단기준 < 표 26-2> 지원형태에따른구분 형태대가관계유무비고 국고보조금, 민간경상보조금, 지자체보조금 국가연구개발사업 정부기관 / 지자체의공공사업 무 무 무 정부기관 ( 산하기관포함 ), 지자체연구용역 유 계약서검토필요 동물실험, 임상연구용역 유 계약서검토필요 민간기관의연구용역 유 계약서검토필요 정부기관 / 민간기관의기타용역 유 계약서검토필요 기부금연구과제 무 160 산학협력단세제개선방안연구보고서

177 5. 결론 산학협력단에서수행하는연구과제중국가적차원이나공익의목적으로서연구를장려하는보조금, 국가연구개발사업등출연금형태의연구과제는고유목적사업으로분류하고, 유무형의결과물을발주기관의이익을위하여활용하는경우에는수익사업으로분류할수있음. 현행산학협력단회계처리규칙에서는지적재산권의소유주체에따라수익사업과고유목적사업을분류하고있으나, 발주기관에따라다양한형태의연구결과물을요구하고있으므로개별협약 ( 계약 ) 건별협약서 ( 계약서 ) 의연구결과물에대한권리귀속및활용등의조항을근거로대가관계여부를판단하여야함. 연구용역의대가성판단기준을명확히하기위해서는협약서 ( 계약서 ) 를표준화하고, 모든계약당사자가표준화된협약서 ( 계약서 ) 를사용하도록국가적차원에서권고하는 것이바람직한문제해결의방안이될수있음. 국가과학기술지식정보서비스 (NTIS) 는정부부처별 사업별로국가연구개발사업여부에대한분류기준을제공하고있으나, 아직은서비스가활성화되지못하고정보제공에대한정확성이떨어짐. 그러나산학협력단세무조사시대가성입증근거자료로 NTIS정보를이용할수있으므로, NTIS에서국가연구개발사업여부에대한정확한정보를제공한다면모든산학협력단이동일한기준을적용함으로써대가성판단에대한문제점을해결할수있을것임. Ⅲ. 고유목적사업준비금에산학협력단이적립하는 기금의포함방안 1. 연구주제의의의 산학협력단은수익사업에서발생한운영차익을고유목적사업준비금으로계상하여 5 년이내에고유목적사업에사용하여야하나, 산학협력단의고유목적을위해연구적립 제 2 부산학협력단세제개선방안주요사안별연구검토 161

178 금, 건축적립금, 장학적립금, 기타적립금등을기금으로적립할경우 사립학교법 에의 하여설립된학교법인과는달리고유목적사업에사용한것으로인정받을수있는법적 근거가없으므로, 이에대한법적근거를마련하고자함. 2. 현황 산학협력단의회계처리와재무제표작성및보고에관한사항을정하고있는산학협력단회계처리규칙제21조에는연구적립금, 건축적립금, 장학적립금, 기타적립금을적립하여기금으로예치및관리할수있도록되어있음. 사립학교법 에의하여설립된학교법인의경우, 사학기관재무회계규칙에대한특례규칙 제26조에따라학교회계를등록금회계와기금회계로구분하고, 기금회계에서적립금을적립할경우고유목적사업에사용한것으로보고있으나, 산학협력단의경우에는동법의적용을받지않는기관으로고유목적사업준비금을기금으로적립할경우에고유목적사업에사용한것으로인정받지못함. 3. 관련유권해석 [ 세목 ] 법인 [ 문서번호 ] 법인세과 -24 [ 생산일자 ] [ 제목 ] 고유목적사업준비금사용해당여부 [ 요지 ] 사립학교법 에의하여설립된학교법인이 사학기관재무? 회계규칙에대한특례규칙 제26조에따라연구적립금등을적립하고그적립금에서발생된이자수익등을비영리사업회계인기금회계로전입한경우에는고유목적사업에사용한것으로보는것임. [ 회신 ] 사립학교법 에의하여설립된학교법인이 사학기관재무회계규칙에대한특례규칙 제26 조에따라연구적립금등을적립하고그적립금에서발생된이자수익등을비영리사업회계인기금회계로전입한경우에는고유목적사업에사용한것으로보는것임. 162 산학협력단세제개선방안연구보고서

179 [ 관련법령 ] 법인세법제 29 조 1. 질의내용요약가. 사실관계 사립대학이교육과학기술부령인 사학기관재무회계규칙에대한특례규칙 에의한연구 건축 장학 퇴직등각종적립금을은행에예치하여이자 배당수입등이발생 나. 질의내용 적립금에서발생된이자 배당수입등을다시적립금으로적립한경우고유목적사업준비금을사용한 것으로볼수있는지여부 2. 질의내용에대한자료가. 관련조세법령 ( 법, 시행령, 시행규칙 ) 법인세법제29 조 고유목적사업준비금의손금산입 1 비영리내국법인 ( 법인으로보는단체의경우에는대통령령이정하는단체에한한다 ) 이각사업년도에그법인의고유목적사업또는지정기부금 ( 이하이조에서고유목적사업등이라한다 ) 에지출하기위하여고유목적사업준비금을손금으로계상한경우에는다음각호의금액을합한금액의범위안에서당해사업년도의소득금액계산에있어서이를손금에산입한다. 1. 소득세법 제16조제1항제1호부터제11호까지의이자소득의금액 2. 소득세법 제17 조제1 항제1 호 제 2호 제 5호및제6호의배당소득의금액. 다만, 상속세및증여세법 제16조또는같은법제48조의규정에의하여상속세또는증여세과세가액에산입되거나증여세가부과되는주식등으로부터발생한배당소득금액을제외한다. 3. 특별법에의하여설립된비영리내국법인이당해법률에의한복지사업으로서그회원또는조합원에게대출한융자금에서발생한이자금액 4. 제1호내지제3호외의수익사업에서발생한소득에 100분의 50( 공익법인의설립 운영에관한법률 에의하여설립된법인으로서고유목적사업등에대한지출액중 100분의 50 이상의금액을장학금으로지출하는법인의경우에는 100분의 80) 을곱하여산출한금액 법인세법시행령제56 조 고유목적사업준비금의손금산입 1 법제29 조제1항본문중대통령령이정하는단체라함은다음각호의 1에해당하는단체를말한다. 1. 제36 조제1항제1호에해당하는단체 3. 법령에의하여설치된기금 6 법제29조제1항내지제3항의규정을적용함에있어서다음각호의금액은고유목적사업에지출또는 제 2 부산학협력단세제개선방안주요사안별연구검토 163

180 사용한금액으로본다. 1. 비영리내국법인이당해고유목적사업의수행에직접소요되는고정자산취득비용및인건비등필요경비로사용하는금액 2. 특별법에의하여설립된법인 ( 당해법인에설치되어운영되는기금중 국세기본법 제13조의규정에의하여법인으로보는단체를포함한다 ) 으로서건강보험 연금관리 공제사업및제2조제1항제8호에서규정된사업을영위하는비영리내국법인이손금으로계상한고유목적사업준비금을법령에의하여기금또는준비금으로적립한금액 3. 의료업을영위하는비영리내국법인 ( 이하이조에서의료법인이라한다 ) 이의료기기등기획재정부령이정하는고정자산을취득하기위하여지출하는금액 4. 농업협동조합법 에의한농업협동조합중앙회가법제61조제 1항의규정에의하여계상한고유목적사업준비금을회원에게무상으로대여하는금액 5. 농업협동조합법 에의한농업협동조합중앙회가 농업협동조합의구조개선에관한법률 에의한상호금융예금자보호기금에출연하는금액 6. 수산업협동조합법 에의한수산업협동조합중앙회가 수산업협동조합의구조개선에관한법률 에의한상호금융예금자보호기금에출연하는금액 7. 신용협동조합법 에의한신용협동조합중앙회가동법에의한신용협동조합예금자보호기금에출연하는금액 8. 새마을금고법 에의한새마을금고연합회가동법에의한예금자보호준비금에출연하는금액 9. 산림조합법 에의한산림조합중앙회가동법에의한상호금융예금자보호기금에출연하는금액 사학기관재무회계규칙에대한특례규칙제26조 적립금의적립및사용 1 이사장및학교의장은자금예산서및자금계산서의지출란에자금의지출로계상하여원금보존적립금과임의적립금으로구분하고, 그성격에따라연구적립금, 건축적립금, 장학적립금, 퇴직적립금및기타적립금으로적립할수있다. 2 학교회계는등록금회계와기금회계로구분한다. 3 제2항의기금회계는제1항의연구적립금, 건축적립금, 장학적립금, 퇴직적립금및기타적립금으로구성하며, 기금회계의적립금은그상당액을기금으로예치하여관리하여야한다. 4 이사장및학교의장은적립금을사용하고자할때에는자금예산서및자금계산서의기금회계의수입및지출에계상하여사용하되, 적립목적에한하여사용하여야한다. 산학협력단회계처리규칙제21조 적립금의적립, 제22 조 적립금에대한기금의예치및사용 제21조 ( 적립금의적립 ) 산학협력단의단장은산학협력단의운영차익에서향후특정용도에사용하기위하여다음각호와같이각종적립금을적립할수있다. 1. 연구적립금 2. 건축적립금 3. 장학적립금 164 산학협력단세제개선방안연구보고서

181 4. 기타적립금제22조 ( 적립금에대한기금의예치및사용 ) 1 산학협력단의단장은특정기금을금융기관에별도로예치하여관리하여야하며예치된기금은투자자산의연구기금, 건축기금, 장학기금, 기타기금등의과목으로기재한다. 2 제1항의규정에따라기금을예치한산학협력단의단장이기금을사용하고자하는경우에는관련기금에서먼저인출하여사용하여야한다. 3 적립금은정관상의예 결산자문기구의조언을받아적립목적에맞게사용하여야한다. 산업교육및산학연협력촉진에관한법률제27조 산학협력단의업무 1 산학협력단은다음각호의업무를수행한다. 1. 산학연협력계약의체결및이행 2. 산학연협력사업과관련한회계의관리 3. 지식재산권의취득및관리에관한업무 4. 대학의시설및운영의지원 5. 기술의이전과사업화촉진에관한업무 6. 직무발명과관련된기술을제공하는자및이와관련된연구를수행하는자에대한보상 7. 그밖에산학연협력과관련한사항으로서대통령령으로정하는사항 2 국 공립대학은제1항제 5호의업무를전담하는조직을 기술의이전및사업화촉진에관한법률 제11 조제1항및제2항에도불구하고제29조에따라산학협력단의하부조직으로둘수있다. 이경우 발명진흥법 제10조제2항단서를적용할때에는그산학협력단을 기술의이전및사업화촉진에관한법률 제11조에따른전담조직으로본다. 나. 관련예규 ( 예규, 해석사례, 심사, 심판 ) 서면2팀-1370, 사립학교법에의하여설립된학교법인이수익사업에대한각사업연도소득금액계산시 법인세법 제29 조의규정에의하여손금으로계상한고유목적사업준비금을비영리사업회계에전출하는경우에는전출시점에서고유목적사업에사용한것으로보는것임. 서면2팀-1135, 사립학교법에의하여설립된학교법인이수익사업에대한각사업연도소득금액계산시법인세법제29조의규정에의하여손금으로계상한고유목적사업준비금을비영리사업회계에전출하는경우에는전출시점에서고유목적사업에사용한것으로보는것임 ( 같은뜻법인 , , 법인 , , 법인 , ). 제 2 부산학협력단세제개선방안주요사안별연구검토 165

182 서이 , 수익사업과수익사업이아닌기타의사업 ( 이하 ' 비수익사업 ' 이라함 ) 을영위하는비영리법인이수익사업에사용하던자산을비수익사업에전출하는경우에는당해자산의시가상당액을기준으로법인세법기본통칙 제2항의규정을적용하는것이며, 비수익사업으로의전출당시당해자산에대한감가상각부인액 ( 유보 ) 이있는경우동부인액은그전출일이속하는사업연도의소득금액계산시손금에산입 ( 유보) 하는것임. 서면2팀-2386, 사립학교법에의하여설립된학교법인이차입한자금으로고유목적사업의수행에직접소요되는고정자산취득비용및인건비등필요경비로사용한경우 법인세법시행령 제56조의규정에의하여고유목적사업준비금에지출또는사용한금액으로보는것임. 법인 , 사립학교법에의한학교법인이수익사업회계에속하는자산을비영리사업회계에전출한경우에는이를비영리사업에지출한것으로보아법인세법제29조제2항의규정을적용하는것임. 다만, 당해전출의행위가명목뿐인경우로서당해재산을계속하여수익사업에사용하거나, 동자산이전출후에도수익사업과비영리사업에공통되는경우에는그전출이없는것으로보는것임. 4. 검토내용및결론 법인세법시행령 제56조제6항에따르면현재교직원공제회, 군인공제회등은해당공제회법에의해적립하도록되어있는기금을적립하기만하면고유목적사업준비금을다사용한것으로보고있음. 따라서동시행령제 56조제6항에산학협력단을포함시켜서고유목적사업준비금을산학협력단회계처리규칙제21조 ( 적립금의적립 ) 및제22조 ( 적립금에대한기금의예치및사용 ) 에따른적립금으로적립하고, 적립금에서발생한이자를적립금에적립하여사용할경우고유목적사업에사용한것으로볼수있도록세제개선이필요함. 166 산학협력단세제개선방안연구보고서

183 < 표 27> 법인세법시행령제 56 조개정 현행법령개정법령 ( 안 ) 제56조 고유목적사업준비금의손금산입 6 법제29조제1항부터제4항까지의규정을적용할때다음각호의금액은고유목적사업에지출또는사용한금액으로본다. 10. 제주특별자치도설치및국제자유도시조성을위한특별법 제261조에따라설립된제주국제자유도시개발센터가같은법제265조제1항제1호, 같은항제2호라목 마목 ( 관련토지의취득 비축을포함한다 ) 및같은항제3호의업무에지출하는금액 제56조 고유목적사업준비금의손금산입 6 법제29조제1항부터제4항까지의규정을적용할때다음각호의금액은고유목적사업에지출또는사용한금액으로본다. 10. 제주특별자치도설치및국제자유도시조성을위한특별법 제261조에따라설립된제주국제자유도시개발센터가같은법제265조제1항제1호, 같은항제2호라목 마목 ( 관련토지의취득 비축을포함한다 ) 및같은항제3호의업무에지출하는금액 11. 산업교육진흥및산학협력촉진에관한법률 에따라설치된산학협력단이같은법에따라적립한연구적립금적립액 추가적으로, 현행산촉법제27조 ( 산학협력단의업무 ) 는실제산학협력단에서수행하고있는업무범위를현실적으로반영하지못하고있음. 따라서대부분의산학협력단에서수행하고있는대학의연구활동지원업무등을동법제27조에포함시켜서산학협력단의업무범위를넓혀야만산학협력단회계처리규칙제21조에따라적립한기금을고유목적사업에사용한것으로볼수있는근거가마련되므로이를위한산촉법의개정이필요함. Ⅳ. 기타수익사업에대한고유목적사업준비금 100% 설정 일몰폐지 1. 연구주제의의의 학교및산학협력단의고유목적사업준비금손금산입한도는조세특례제한법에규정 되어있어서일몰시한이존재함. 제 2 부산학협력단세제개선방안주요사안별연구검토 167

184 2. 현황 산학협력단은고유목적사업준비금을수익사업소득의 100% 범위내에서손금산입할수있으나이는법인세법에명문화되어있는것이아니라조세특례제한법에한시적으로규정되어있음. 현재 3 년정도의주기로조세특례제한법상고유목적사업준비금손금산입특례규정이 연장되고있어서법개정시마다연장여부를주시해야되는상황임. 또한일몰시한은학교및산학협력단의회계연도를고려하지않은 12 월 31 일까지로 규정되어있음. 3. 관련법령및유권해석 조세특례제한법제74조 고유목적사업준비금의손금산입특례 1 다음각호의어느하나에해당하는법인에대해서는 2012 년 12월 31일이전에끝나는사업연도까지 법인세법 제29조를적용하는경우같은조제1항제4호에도불구하고해당법인의수익사업 ( 이항제4호및제5호의경우에는해당사업과해당사업시설에서그시설을이용하는자를대상으로하는수익사업만해당한다 ) 에서발생한소득을고유목적사업준비금으로손금에산입할수있다. 1. 다음각목의어느하나에해당하는법인가. 사립학교법 에따른학교법인나. 산업교육진흥및산학연협력촉진에관한법률 에따른산학협력단 법인세법제29조 고유목적사업준비금의손금산입 1 비영리내국법인 ( 법인으로보는단체의경우에는대통령령으로정하는단체만해당한다 ) 이각사업연도에그법인의고유목적사업이나지정기부금 ( 이하이조에서 " 고유목적사업등 " 이라한다 ) 에지출하기위하여고유목적사업준비금을손금으로계상한경우에는다음각호의금액을합한금액의범위에서그사업연도의소득금액을계산할때이를손금에산입한다. 1. 소득세법 제16조제1항각호 ( 같은항제11 호에따른비영업대금의이익은제외한다 ) 에따른이자소득의금액 2. 소득세법 제17조제1항각호에따른배당소득의금액. 다만, 상속세및증여세법 제16조또는같은법제48조에따라상속세과세가액또는증여세과세가액에산입되거나증여세가부과되는주식등으로부터발생한배당소득금액은제외한다. 168 산학협력단세제개선방안연구보고서

185 3. 특별법에따라설립된비영리내국법인이해당법률에따른복지사업으로서그회원이나조합원에게대출한융자금에서발생한이자금액 4. 제1호부터제3호까지에규정된것외의수익사업에서발생한소득에 100분의 50( 공익법인의설립 운영에관한법률 에따라설립된법인으로서고유목적사업등에대한지출액중 100분의 50 이상의금액을장학금으로지출하는법인의경우에는 100분의 80) 을곱하여산출한금액 4. 검토내용가. 법인세법상고유목적사업준비금손금산입제도의취지 비영리법인은각사업연도에그법인의고유한목적사업등을위하여준비금을설정할수있음. 법인세법상고유목적사업준비금손금산입범위액은수익사업에서발생한소득금액 의 50% 수준으로설정되어있음. 하지만조세특례제한법에서는특정비영리법인 ( 학교법인등 ) 에한하여높은한도액 을규정하여고유목적사업을지원하고있음. 나. 산학협력단에대한고유목적사업준비금손금산입특례규정의취지 학교법인에대한고유목적사업준비금손금산입특례규정은 2000 년이전조세특례제 한법제정당시부터존재하였음. 산학협력단은학교법인과구분되는비영리법인이나산학연구기능을전담하는대학교하부조직으로서종전의대학내산학연구와동일한기능을수행한다는점을인정받아 2003년조세특례제한법개정을통하여고유목적사업준비금손금산입특례를적용하게되었음. 다. 산학협력단의고유목적사업준비금손금산입특례규정의연혁 2006 년 12 월 31 일이전에종료하는사업연도까지산학협력단수익사업소득의 100% 를손금산입할수있도록함 ( 조세특례제한법 2003 년 12 월 30 일개정 ). 제 2 부산학협력단세제개선방안주요사안별연구검토 169

186 2009 년 12 월 31 일이전에종료하는사업연도까지전액손금산입을연장 ( 조세특례제한 법 2006 년 10 월 4 일개정 ) 2012 년 12 월 31 일이전에종료하는사업연도까지전액손금산입을연장 ( 조세특례제한 법 2010 년 1 월 1 일개정 ) 라. 현재특례규정의문제점대학의산학연구기능을활성화하고자산학협력단이수익사업소득의 100% 를고유목적사업준비금으로손금산입가능한특례규정을도입하였지만, 이는일몰시한이있는한시규정임. 산학협력단에대한손금산입특례규정의취지는수익사업소득중산학협력단이연 구개발등의고유목적사업에지출한금액에대하여과세유보를통하여대학의연구개 발을활성화한다는데있음. 따라서고유목적사업준비금 100% 손금산입규정은대학의연구개발을활성화하려는계속적인목적이있는것으로조세특례제한법에서한시적으로규정할성격이아님. 결론적으로손금산입특례규정을법인세법으로명문화하여산학협력단이본연의업무에충실할수있도록지원해야함. 또한현재특례규정의일몰시한은산학협력단의회계연도를고려하지않은 12 월 31 일까지종료하는사업연도로규정되어있음. 현재 2012학년도의경우 2013년세법개정시일몰규정이연장되어야 2012학년도고유목적사업준비금의손금산입이가능함. 특례규정을 12월 31일에종료하는사업연도가아니라 12월 31일이전에시작하는사업연도까지로개정하여예측가능성을보장해야할것임. 170 산학협력단세제개선방안연구보고서

187 5. 결론가. 학교및산학협력단의손금산입한도를다음과같이법인세법으로명문화해야함. < 표 28> 법인세법제 29 조개정 현행법령개정법령 ( 안 ) 법인세법제29조 고유목적사업준비금의손금산입 비영리내국법인 ( 법인으로보는단체의경우에는대통령령으로정하는단체만해당한다 ) 이각사업연도에그법인의고유목적사업이나지정기부금 ( 이하이조에서 " 고유목적사업등 " 이라한다 ) 에지출하기위하여고유목적사업준비금을손금으로계상한경우에는다음각호의금액을합한금액의범위에서그사업연도의소득금액을계산할때이를손금에산입한다. 4. 제1호부터제3호까지에규정된것외의수익사업에서발생한소득에 100분의 50( 공익법인의설립 운영에관한법률 에따라설립된법인으로서고유목적사업등에대한지출액중 100분의 50 이상의금액을장학금으로지출하는법인의경우에는 100분의 80) 을곱하여산출한금액 법인세법제29조 고유목적사업준비금의손금산입 비영리내국법인 ( 법인으로보는단체의경우에는대통령령으로정하는단체만해당한다 ) 이각사업연도에그법인의고유목적사업이나지정기부금 ( 이하이조에서 " 고유목적사업등 " 이라한다 ) 에지출하기위하여고유목적사업준비금을손금으로계상한경우에는다음각호의금액을합한금액의범위에서그사업연도의소득금액을계산할때이를손금에산입한다. 4. 제1호부터제3호까지에규정된것외의수익사업에서발생한소득에 100분의 50( 공익법인의설립 운영에관한법률 에따라설립된법인으로서고유목적사업등에대한지출액중 100분의 50 이상의금액을장학금으로지출하는법인의경우에는 100분의 80을곱하여산출한금액 5. 산업교육진흥및산학연협력촉진에관한법률 에따른산학협력단의경우이항제4 호의규정에도불구하고제1호부터제3호까지에규정된것외의수익사업에서발생한소득 나. 상기와같이법인세법으로명문화가되지않는다면특례규정상일몰시한으로규정되어있는사업연도를학교법인및산학협력단의회계연도에맞게조정하여산학협력단구성원의예측가능성을보장해야할것임. 제 2 부산학협력단세제개선방안주요사안별연구검토 171

188 < 표 29> 조세특례제한법제 74 조개정 현행법령개정법령 ( 안 ) 조세특례제한법제 74 조 고유목적사업준비금의손금산입특례 1 다음각호의어느하나에해당하는법인에대해서는 2012 년 12 월 31 일이전에끝나는사업연도까지 법인세법 제 29 조를적용하는경우같은조제 1 항제 4 호에도불구하고해당법인의수익사업 ( 이항제 4 호및제 5 호의경우에는해당사업과해당사업시설에서그시설을이용하는자를대상으로하는수익사업만해당한다 ) 에서발생한소득을고유목적사업준비금으로손금에산입할수있다. 1. 다음각목의어느하나에해당하는법인가. 사립학교법 에따른학교법인나. 산업교육진흥및산학연협력촉진에관한법률 에따른산학협력단 조세특례제한법제 74 조 고유목적사업준비금의손금산입특례 1 다음각호의어느하나에해당하는법인에대해서는 2012 년 12 월 31 일이전에끝나는사업연도까지 법인세법 제 29 조를적용하는경우같은조제 1 항제 4 호에도불구하고해당법인의수익사업 ( 이항제 4 호및제 5 호의경우에는해당사업과해당사업시설에서그시설을이용하는자를대상으로하는수익사업만해당한다 ) 에서발생한소득을고유목적사업준비금으로손금에산입할수있다. 다만, 이항제 1 호가목및나목의경우에는 2012 년 12 월 31 일이전에시작하는사업연도까지로적용한다. 1. 다음각목의어느하나에해당하는법인가. 사립학교법 에따른학교법인나. 산업교육진흥및산학연협력촉진에관한법률 에따른산학협력단 Ⅴ. 서비스 R&D 조세지원범위의확대 1. 연구주제의의의 현재자체연구개발비에한해 R&D 조세지원을해주고있는서비스분야 R&D에대해서도과학기술분야 R&D와마찬가지로공동 위탁개발비를 연구 인력개발준비금손금산입 및 연구 인력개발비세액공제 등 R&D 조세지원대상에포함하여야함. 2. 현황 가. 주요국가들은기술경쟁력을제고하고 R&D의외연을확대하기위해서비스산업 R&D를위한지원노력을강화하고있음. 172 산학협력단세제개선방안연구보고서

189 독일은 90 년이후 R&D 지원액의 15% 를서비스산업혁신을위해지원 ( 현대경제연구 원, 10) - 사업서비스수지 : ( 00 년 ) 80.1 억달러 ( 08 년 ) 억달러 중국은 과학기술발전제 12 차 5 개년계획 ( 11 15) 에서고부가가치서비스업관련과 학기술혁신활동을중점추진분야로지정 ( 중국과학기술부, 11) 나. 2011년이후정부는서비스 R&D 활성화를위해다양한지원제도를도입하여운영하기시작함. 의료및보건, 교육, 문화서비스등 11개산업을대상으로기업연구소인정제도를도입 ( 11.07) 조세특례제한법상 연구개발 의범위에 서비스및서비스전달체계를개발하기위한 활동 을추가하여 R&D 조세지원의대상에서비스분야를포함 ( 11.12) 3. 관련법령 조세특례제한법제9조 연구 인력개발준비금의손금산입 1 내국인이 2013 년 12월 31일이전에끝나는과세연도까지연구개발및인력개발 ( 이하 " 연구 인력개발 " 이라한다 ) 에필요한비용에충당하기위하여연구 인력개발준비금을적립한경우에는해당과세연도의수입금액 ( 법인세법 제43조의기업회계기준에따라계산한매출액을말한다. 이하제10조에서같다 ) 에 100분의 3을곱하여산출한금액의범위에서해당과세연도의소득금액을계산할때해당금액을손금에산입한다. 2 제1항에따라손금에산입한연구 인력개발준비금은다음각호에따라익금에산입한다. 1. 해당준비금을손금에산입한과세연도가끝나는날이후 3년이되는날이속하는과세연도가끝나는날까지연구 인력개발에필요한비용 ( 새로운서비스및서비스전달체계를개발하기위한연구개발의경우자체연구개발에필요한비용만해당한다 ) 중대통령령으로정하는비용 ( 이하 " 연구 인력개발비 " 라한다 ) 에사용한금액에상당하는준비금은그 3년이되는날이속하는과세연도부터각과세연도의소득금액을계산할때그준비금을 36으로나눈금액에해당과세연도의개월수를곱하여산출한금액을익금에산입한다. 5 제1항에따른연구개발은과학적또는기술적진전을이루기위한활동과새로운서비스및서비스전달체계를개발하기위한활동을말하고, 인력개발은내국인이고용하고있는임원또는사용인을교 제 2 부산학협력단세제개선방안주요사안별연구검토 173

190 육 훈련시키는활동을말하며그구체적인범위는대통령령으로정한다. 조세특례제한법시행령제 8 조 연구및인력개발준비금의범위등 1 법제 9 조제 2 항제 1 호에서 " 대통령령으로정하는비용 " 이란법제 9 조제 5 항에따른연구개발및인력개발 을위한비용으로서별표 6 의비용을말한다. 별표 6 연구 인력개발비세액공제를적용받는비용 ( 제8조제1항관련 ) 1. 연구개발나. 위탁및공동연구개발 1) 다음의기관에과학기술분야의연구개발용역을위탁 ( 재위탁을포함한다 ) 함에따른비용 ( 전사적기업자원관리설비등시스템개발을위한위탁비용은제외한다. 이하이목에서같다 ) 및이들기관과의공동연구개발을수행함에따른비용가 ) 고등교육법 에따른대학또는전문대학나 ) 국공립연구기관다 ) 정부출연연구기관라 ) 국내외의비영리법인 ( 비영리법인에부설된연구기관을포함한다 ) 마 ) 국내외기업의연구기관또는전담부서등 ( 신성장동력산업연구개발업무또는원천기술연구개발업무의경우기획재정부령으로정하는전담부서등만해당한다 ) 바 ) 산업기술연구조합육성법 에따른산업기술연구조합사 ) 국가과학기술경쟁력강화를위한이공계지원특별법 에따른연구개발서비스업을영위하는기업아 ) 산업교육진흥및산학연협력촉진에관한법률 에따른산학협력단자 ) 한국표준산업분류표상기술시험 검사및분석업을영위하는기업 4. 검토내용가. 서비스분야 R&D의경우자체연구개발비에한해 R&D 조세지원이가능하며, 공동 위탁연구개발비에대해서는조세지원범위에서배제 1) 대학, 연구기관, 산업기술연구조합, 연구개발서비스업 * 등다양한전문기관과의공동 위탁연구시조세지원불가능 * 연구개발활동이원활하게수행되도록연구개발기획및타당성조사, 연구개발, 기술의사업화등을지원하여 R&D활동의성공률과결과물의수준제고에기여 174 산학협력단세제개선방안연구보고서

191 2) 서비스분야 R&D를수행하는기업의 R&D역량강화를위해서는외부전문기관과의다양한교류를통한지식의확산 (Knowledge Spillover) 활동이필수적임. - 흡수능력 *(Absorptive Capacity) 과혁신역량 **(Innovative Capability) 은급격하게변하는기업환경에서도태되지않고생존할수있는기업의핵심요소로간주 (Calantone et al., 2002; Cohen and Levinthal, 1990) * 기업이새로운지식과정보를체화시켜서실제상품화할수있도록적용할수있는능력 * 기업들의지속적인변화관리능력 5. 결론 서비스분야의공동 위탁 R&D에대해서도 연구 인력개발준비금손금산입 및 연구 인력개발비세액공제 등 R&D 조세지원을허용하는세제개선이필요함. < 표 30> 조세특례제한법제 9 조및동법시행령별표 6 개정 현행법령개정법령 ( 안 ) 조세특례제한법제9조제2항제1호 2 ( 생략 ) 1.. 연구 인력개발에필요한비용 ( 새로운서비스및서비스전달체계를개발하기위한연구개발의경우자체연구개발에필요한비용만해당한다 ) 중대통령령으로정하는비용. 조세특례제한법시행령 [ 별표 6] 1. 연구개발나. 위탁및공동연구개발 1) 다음의기관에과학기술분야의연구개발용역을위탁 ( 재위탁을포함한다 ) 함에따른비용. 조세특례제한법제9조제2항제1호 2 ( 현행과같음 ) 1.. 연구 인력개발에필요한비용중대통령령으로정하는비용. 조세특례제한법시행령 [ 별표 6] 1. 연구개발나. 위탁및공동연구개발 1) 다음의기관에연구개발용역을위탁 ( 재위탁을포함한다 ) 함에따른비용. 제 2 부산학협력단세제개선방안주요사안별연구검토 175

192 Ⅵ. R&D 조세지원제도일몰기한연장 1. 연구주제의의의 R&D 조세지원제도의상당수가일몰규정을적용받아폐지될위기에놓였는바, 이에 대한일몰연장등의조치가필요함. 2. 현황가. OECD 회원국중 R&D 조세지원제도를운영하고있는국가수와지원규모가확대되는추세임. 1) R&D 조세지원제도운영 (OECD) : 12 개국 ( 95) 18 개국 ( 04) 20 개국 ( 08) 2) 미국의 2012년도예산 ( 안 ) 에따르면 R&D세액공제를영구화하고, 대체간소화공제비율을 14% 17% 까지확대할계획 (U.S. Department of Treasury, '11) - 향후 10년간 ( 12 21) 1,060억달러규모의조세지원혜택을제공하고, 매년미국내 R&D활동이 100억달러이상추가로투자될것으로기대 3) 일본은제4차과학기술기본계획 ( 11 15) 에서 R&D투자확대를위해서추가세제우대조치를검토 나. 대부분의연구에서 R&D 조세지원이기업의 R&D투자확대에긍정적인영향을미치고있음을실증하고있음. R&D 세액공제로조세수입이 1달러줄어들때마다기업들은 R&D를위해 1달러이상투자한다는점에서효과적 (Center for American Progress, '12) 우리나라의경우이만우외 (2000), 손원익 (2002), 원종학 (2005), 김상헌 손원익 (2006), 김학수 (2007), 송종국 김혁준 (2009) 등다양한연구에서조세지원이 R&D 투자확대에긍 정적영향을미치고있음을실증함. 176 산학협력단세제개선방안연구보고서

193 다. 또한기업들은 R&D 활성화를위한조세지원을다른지원제도에비해선호하고있는것으로나타남. 기업 R&D 지원제도중에서조세지원제도의인지도가가장높게나타남 ( 산기협, 10). 중소제조업의 R&D 지원제도활용률은조세지원이 19.2% 로가장높았으며, 필요성의 경우자금지원다음으로높게나타남 ( 중기청, 11). 중소기업은조세지원의활용도와효과제고를위해 지원대상확대 를가장크게요구 함 ( 중소기업중앙회, 10). 3. 문제점 정부는비과세 감면제도의경우일몰이도래하는감면을우선적으로정비할계획을 밝히고있음 ( 기획재정부, 11; 행정안전부, 11). 이에따라 2012 년 12 월말기준으로 R&D 조세지원제도상당수가일몰 (Sunset) 규정을 적용받아폐지될위기에놓여있음. 4. 개선방안가. 기한이도래한 R&D조세지원제도에대해 2015년 12월 31일까지일몰연장을하도록세법개정건의 미국의 R&D 세액공제는 1981년이후 14번이나임시적으로연장되었으나, 불확실성등의이유로인센티브효과가크게떨어짐 ( 미국 KPMG, '11). 제 2 부산학협력단세제개선방안주요사안별연구검토 177

194 < 표 31> 일몰시한이 12 년말인주요 R&D 조세지원제도 제도명 < 조세특례제한법 > 신성장동력산업및원천기술 R&D 세액공제 ( 제 10 조 ) 연구개발관련출연금등과세특례 ( 제 10 조의 2) R&D 설비투자세액공제 ( 제 11 조 ) 기술취득금액에대한세액공제 ( 제 12 조 ) 연구개발특구첨단기술기업등에대한법인세등감면 < 지방세특례제한법 > 기업부설연구소용부동산지방세면제 ( 제 46 조제 1 항 ) 연구개발용수입자동차취득세면제 ( 제 46 조제 2 항 ) 주요내용 신성장동력산업및원천기술에대한연구개발비지출시해당연구개발비의 20%( 중소기업 30%) 세액공제 연구개발출연금은당해연도소득에포함시키지않고, 추후연구개발비로지출한연도에소득에포함 연구시험용시설, 직업훈련용시설, 신기술기업화사업용자산등에대한투자금액의 10% 세액공제 중소기업이취득하는특허권, 실용신안권, 기술비법또는기술취득금액의 7% 세액공제 R&D특구에입주한첨단기술기업등의사업소득에대해 3년간 100%, 이후 2년간 50% 세액감면 기업부설연구소가취득하는부동산에대한취득세면제, 사용하는부동산에대한재산세면제 기업부설연구소또는연구개발전담부서가있는기업이연구개발을위해수입하는자동차에대해서취득세면제 Ⅶ. 기술이전및취득에대한조세지원확대 1. 연구주제의의의 기술이전활성화를위한조세지원확대 2. 현황 가. 기업의기술거래실적이적으며, 산-학협력유형중에서기술이전이차지하는비중이낮게나타남. 178 산학협력단세제개선방안연구보고서

195 1) 산학협력기업의 4.7% 만이기술이전경험 ( 산기협, 11) - 대기업 : 4.6%, 중소기업 : 4.8% 2) 기업의 84.6% 가최근 3년간기술이전, 기술취득등의기술거래경험이없다고응답함 (KIAT, '09). 3) 중소기업의 89.4% 가공동연구및기술이전에대한조세지원확대필요성을제기함 ( 산 기협, 12). 나. 지식기반경제 (Knowledge Based Economy) 하에서기업경쟁력의핵심인무형자산 ( 지식, 기술 ) 의사업화를촉진하기위해최근유럽을중심으로 Patent Box* 조세지원제도운영. * 일정요건을충족하는지식재산 (IP) 의거래에의해발생하는소득에대해법인세율을인하시켜주는조세지원제도 [ 프랑스, 벨기에, 네덜란드, 룩셈부르크, 스페인, 스위스, 중국, 영국 ( 13년도입예정 ) 등에서실시중임 ] 다. 우리나라는중소기업의기술취득에한해조세지원제도를운영하고있음 1) 중소기업이내국인으로부터특허권등을취득한경우취득금액의 100분의 7에상당하는금액을법인세등에서공제 2) 한도 : 해당과세연도의소득세또는법인세의 100분의 10 3) 일몰기한 : 2012년 12월 31일 2009년말세제개편에따라대기업에대한세액공제 (100분의 3) 는폐지 3. 관련법령 조세특례제한법제12조 기술취득금액에대한과세특례 1 삭제 2 중소기업이특허권, 실용신안권, 대통령령으로정하는기술비법또는대통령령으로정하는기술 ( 이하이조에서 " 특허권등 " 이라한다 ) 을설정등록, 보유및연구 개발한내국인으로부터 2012 년 12월 31일까지특허권등을취득 ( 대통령령으로정하는특수관계인으로부터취득한경우는제외한다 ) 한경우에는 제 2 부산학협력단세제개선방안주요사안별연구검토 179

196 취득금액의 100 분의 7 에상당하는금액을해당과세연도의소득세 ( 사업소득에대한소득세만해당한 다 ) 또는법인세에서공제한다. 이경우공제받을수있는금액은해당과세연도의소득세또는법인세 의 100 분의 10 을한도로한다. 4. 검토내용가. 기업의기술거래관련조세지원제도가매우취약한것이현실 1) 기술이전소득에대한과세특례 (2005년말폐지 ) - 특허권, 실용신안권, 대통령령이정하는기술, 기술비법을양도또는대여함으로써발생하는소득에대한소득세또는법인세의 50% 감면 2) 중소기업의기술취득에대한조세지원미흡 - 중소기업이특허권, 실용신안권, 대통령령이정하는기술, 기술비법을취득한취득금액의 7% 세액공제 - 11년기준기술취득에대한조세지원금액은 4억원에불과 ( 기재부, 11) 5. 개선방안가. 대기업휴면특허의중소기업으로의이전을위해기술이전소득에대한과세특례제도재도입 등록특허등일정요건 * 을갖춘지식재산의이전 처분시발생하는소득에대한세액감면허용 * 특허, 실용신안, 소프트웨어저작권등으로대상을제한 ( 상표, 디자인제외 ) 하거나, 또는국가연구개발과제로부터발생한특허로지원대상을한정 나. 중소기업의기술취득시세액공제비율을현행 7% 에서연구 인력개발비세액공제율 (25%) 수준으로확대하고, 2015년 12월 31일까지일몰연장가능하다면중소기업의기술취득금액을연구 인력개발비세액공제적용비목으로포함시키는방안도검토할수있을것임. 180 산학협력단세제개선방안연구보고서

197 < 표 32> 조세특례제한법제 12 조개정 현행법령개정법령 ( 안 ) 제12조 ( 기술취득금액에대한과세특례 ) 1 ( 삭제 ) 2 중소기업이특허권등을설정등록, 보유및연구 개발한내국인으로부터 2012년 12월 31일까지특허권등을취득한경우에는취득금액의 100분의 7에상당하는금액을해당과세연도의소득세또는법인세에서공제한다. 제12조 ( 기술취득금액에대한과세특례 ) 1 기술이전소득에대하여는특허, 실용신안, 소프트웨어저작권에한해당해소득에대한소득세또는법인세의 100분의 50에상당하는세액을감면한다 년 12월 31일까지 분의 25에 Ⅷ. 대기업의공동 위탁 R&D 에대한조세지원확대 1. 연구주제의의의 상대적으로연구개발투자자원이풍부한대기업 ( 중견기업포함 ) 을중심으로한산학 연, 대 중소기업간협동연구및기술이전활성화를위한조세지원확대가필요. 2. 현황가. 개방형혁신의가속화와 R&D 활동의진화에따라독자적기술개발이한계에직면하고, 산학연연계와네트워킹의중요성이증가함. - 기업의신기술흡수적극성 : 8 위 (WEF, '11) 나. 국내연구개발주체간실질적협력활성화미흡 1) 기업 R&D 의대학, 출연 ( 연 ) 지원비율은계속해서감소 ( 교과부, 각년도 ) - 기업 대학 : 2.4%( 01) 1.9%( 09) 제 2 부산학협력단세제개선방안주요사안별연구검토 181

198 - 기업 출연 ( 연 ) : 1.4%( 01) 0.5%( 09) 2) 중소기업의경우 31.4% 가가장중요한 R&D 협력대상으로기업을꼽음 ( 교과부, 10). 다. 상대적으로연구개발투자자원이풍부한대기업을중심으로한산학연, 대 중소기업간협동연구활성화가필요 1) 대기업의유보율 * 은사상최대치를기록하고있음 ( 한국거래소 ) - 상장기업 : 717%( 09) 770%( 10) - 상위 10대기업 : 1,122%( 09) 1,219%( 10) * 유보율은잉여금을자본금으로나눈비율을의미하며, 유보율 1,000% 는자본금보다약10배많은잉여금을보유하고있다는사실을의미함 2) 대기업의경우조세지원이 1% 이루어지는경우 R&D투자를거의단위 (Unit) 탄력적 (0.99%) 으로증가시킴 3. 검토내용가. 대기업에대한대학 중소기업공동연구개발투자유인부족 1) 2009년까지대기업이대학 중소기업에위탁연구개발비로지출한비용에대해세액공제우대를적용함으로써공동연구를지원 2) 2009년말세제개편에따라동우대조항 * 삭제 * 대기업위탁비용발생액에대한증가분방식세액공제율을 10% 우대 (40% 50%) 4. 개선방안가. 대기업이지출하는공동 위탁R&D투자에대해세액공제율을증가분에한하여중소기업과동일하게적용 - 증가분 : 40% 50% 182 산학협력단세제개선방안연구보고서

199 제 2 장부가가치세법상산학협력단관련주요검토사항 < 표 33> 산학협력단관련부가가치세쟁점사항 주제현황개선방안 면세대상연구용역의명확화 산학협력단이창업보육센터운영시발생하는세무상 RISK 위탁연구개발비의부가세과세 부가가치세법상부가가치세면제대상용역중에산학협력단이제공하는연구용역 ( 이하 연구용역 ) 이포함되어있으나해당연구용역의정의가존재하지않음. 창업보육센터가산학협력단산하에포함될경우부가가치세법상문제점발생 산학협력단 ( 이하 주관연구기관 ) 이국가연구개발사업에참여하여연구용역을수행하는경우참여기업이산학협력단에게받은위탁연구즉, 동일한연구과제로수행자만다를뿐동일한실질의용역을제공하는경우에도부가가치세가과세되는경우가발생하여과세형평성문제가대두되고있으며, 일부에서는세금계산서또는계산서적용문제로혼란이야기되고있음. 산촉법상산학협력단의업무내용을구체적으로명시하여 ( 연구용역등 ) 부가가치세면세범위를명확히하고이와더불어부가가치세법상면세대상연구용역등의범위확대가필요함. 임대료에대하여부가가치세신고의무가있으며별도의임대료를수취하지않고보증금만을수취하였다면부가가치세법상간주임대료규정에의하여해당금액을부가가치세신고하여야함. 산학협력단과공동으로수행하고있는참여기업에대한동일연구용역에대해서는조세형평성차원에서면세적용범위의통일화 개정법령예시부가가치세법시행령제 37 조 1 의 2. 학술연구단체또는기술연구단체가학술연구또는기술연구와관련하여공급하는재화및용역 ( 산업교육진흥및산학연협력촉진에관한법률 에따라설립된산학협력단이제공하는연구용역및공동연구협약등에의하여해당연구용역에공동으로참여하는기업이산학협력단에제공하는위탁연구용역의경우에는 2013 년 12 월 31 일까지제공하는것에한정한다 ) 제 2 부산학협력단세제개선방안주요사안별연구검토 183

200 기술지주회사현물출자 기술지주회사지분의대부분을산학협력단이소유하고있으며산학협력단은기술지주회사운영비에대한지출뿐만아니라보유기술이전을통한현물출자가이루어짐에따라이에대한부가가치세신고납부의무가발생함. 산촉법에의하면산학협력단이기술지주회사로부터받은배당이나그밖의수익금은산학협력단의고유업무와대학의연구활동등에사용하여야하므로기술지주회사의설립목적상영리행위를목적으로할수없음. 따라서그실질이산학협력단과동일한공익법인이므로산학협력단에서기술지주회사로의출자는부가가치세를과세할실익이없음. Ⅰ. 면세대상연구용역의범위명확화 1. 연구주제의의의가. 현행부가가치세법상부가가치세면제대상용역중에산학협력단이제공하는연구용역 ( 이하 연구용역 ) 이포함되어있으나해당연구용역의정의가존재하지않음. - 부가가치세법시행령제37조제1의 2호 : 학술연구단체또는기술연구단체가학술연구또는기술연구와관련하여공급하는재화및용역 ( 산촉법에따라설립된산학협력단이제공하는연구용역의경우에는 2013년 12월 31일까지제공하는것에한정한다 ) 나. 산학연협력을촉진하기위하여산학협력단이수행하는교육용역등이부가가치세면제대상연구용역에포함되는지여부가불분명함. - 산학협력단은산촉법상산학협력단의고유업무에는나열되어있지않으나동법제2장 ( 산업교육의진흥 ) 에의거단기산업교육시설의설치 운영, 특별과정의설치 운영, 계약에의한직업교육훈련과정등의설치 운영, 산업자문등, 산업기술인력의양성의업무를수행할수있음. 184 산학협력단세제개선방안연구보고서

201 다. 부가가치세면제대상인산학협력단이제공하는연구용역의범위를명확히하여산학협력단이제공하는교육용역등이면세용역에포함되는지여부를명확히할필요가있음. 2. 현황 대학이제공하는연구용역중부가가치세법상면세대상용역은학술연구용역과기술연구용역으로이는새로운학술또는기술을개발하기위하여행하는새로운이론 방법 공법또는공식등을말하는것임. 그러나산학협력단이제공하는연구용역의경우별도의정의가없으며산촉법에서도 별도로부가가치세법상면세대상인산학협력단이제공하는연구용역에대한정의를준 용할만한규정이없음. 3. 관련법령 부가가치세법제12조 면세 1 다음각호의재화또는용역의공급에대하여는부가가치세를면제한다. 14. 저술가 작곡가나그밖에대통령령으로정하는자가직업상제공하는인적 ( 人的 ) 용역 17. 종교, 자선, 학술, 구호 ( 救護 ), 그밖의공익을목적으로하는단체가공급하는재화또는용역으로서대통령령으로정하는것 부가가치세법시행령제35조 인적용역의범위 법제12조제1항제14호에규정하는인적용역은독립된사업 ( 여러개의사업을겸영하는사업자가과세사업에필수적으로부수되지아니하는용역을독립하여공급하는경우를포함한다 ) 으로공급하는다음각호에규정하는용역으로한다. 2. 개인 법인또는법인격없는사단 재단기타단체가독립된자격으로용역을공급하고대가를받는다음에규정하는인적용역 ( 라 ) 기획재정부령이정하는학술연구용역과기술연구용역 부가가치세법시행규칙제 11 조의 3 인적용역의범위 3 영제 35 조제 2 호라목에서 " 기획재정부령이정하는학술연구용역과기술연구용역 " 이라함은새로운학술 제 2 부산학협력단세제개선방안주요사안별연구검토 185

202 또는기술을개발하기위하여행하는새로운이론 방법 공법또는공식등에관한연구용역을말한다. 부가가치세법시행령제37조 종교 자선 학술 구호단체등이공급하는재화등의범위 법제12조제1항제17 호에서 대통령령으로정하는것 이란다음각호의것을말한다. 1의 2. 학술연구단체또는기술연구단체가학술연구또는기술연구와관련하여공급하는재화및용역 ( 산업교육진흥및산학연협력촉진에관한법률 에따라설립된산학협력단이제공하는연구용역의경우에는 2013년 12월 31일까지제공하는것에한정한다 ) 산업교육진흥및산학연협력촉진에관한법률제27조 산학협력단의업무 1 산학협력단은다음각호의업무를수행한다. 1. 산학연협력계약의체결및이행 2. 산학연협력사업과관련한회계의관리 3. 지식재산권의취득및관리에관한업무 4. 대학의시설및운영의지원 5. 기술의이전과사업화촉진에관한업무 6. 직무발명과관련된기술을제공하는자및이와관련된연구를수행하는자에대한보상 7. 그밖에산학연협력과관련한사항으로서대통령령으로정하는사항 2 국 공립대학은제1항제 5호의업무를전담하는조직을 기술의이전및사업화촉진에관한법률 제11 조제1항및제2항에도불구하고제29조에따라산학협력단의하부조직으로둘수있다. 이경우 발명진흥법 제10조제 2항단서를적용할때에는그산학협력단을 기술의이전및사업화촉진에관한법률 제11조에따른전담조직으로본다. 산업교육진흥및산학연협력촉진에관한법률시행령제20조 산학협력단의업무 법제27조제1항제7호에서 대통령령으로정하는사항 이란다음각호의사항을말한다. 다만, 산학협력단은산학협력단의연구원과직원의수, 사무소위치등을고려하여정관에서정하는바에따라제8호부터제11호까지의사항의전부또는일부를산학협력단의업무로하지아니할수있다. 1. 대학내산학연협력총괄기획 조정 2. 산업교원과학생의교내창업지원 3. 산학연협력을통한학생의취업지원 4. 해당대학안에설치 운영중인 중소기업창업지원법 제2조제 7호에따른창업보육센터 ( 이하 창업보육센터 라한다 ) 와이에입주한기업등에대한지원 5. 해당대학안에설치된 벤처기업육성에관한특별조치법 제2조제5항에따른실험실공장 ( 이하 실험실공장 이라한다 ) 에대한지원 6. 산학연협력수요및활동에대한정보의수집 제공및홍보 186 산학협력단세제개선방안연구보고서

203 7. 산학연협력사업관련업무담당자에대한교육 훈련 8. 산학연협력과관련하여해당대학의소속교직원이소유하거나소속교직원과그외의자가공동으로소유하는지식재산권의수탁관리 9. 해당대학과법제37조제 1항에따른협력연구소 ( 이하 협력연구소 라한다 ) 간의상호협력활동지원 10. 산업기술단지지원에관한특례법 제2조제1호에따른산업기술단지 ( 이하 산업기술단지 라한다 ) 안에해당대학의전부또는일부가포함되어있는경우산업기술단지안에포함된대학의교지 ( 校地 ) 안에입주한기업과연구소등에대한지원 11. 그밖에해당대학의교지안에설치 운영되는기업과연구소등에대한지원 4. 관련유권해석 부가가치세법통칙 학술. 기술연구용역의면세범위 영제35조제2호 ( 라 ) 의독립된사업으로제공되는학술또는기술연구용역은새로운학술이나기술을개발하기위하여새로운이론, 방법, 공법또는공식등을연구하는것이므로신제품을개발하거나제품의성능이나질 용도등을개선시키는연구용역에대하여는면제한다. 재부가 [ 질의내용 ] 대통령령이제19330 호에이하여개정된 부가가치세법시행령 제37조제1호의 2와관련하여산학협력단이제공하는연구용역의면세범위는. - 산학협력단이 산업교육진흥및산학협력에관한법률 제27조에규정하는업무를제공하는경우당해용역에대하여부가가치세가면제되는것인지, 부가가치세법시행규칙 제11 조의 3 제3항의규정에의한학술 기술연구용역에해당되는경우에만부가가치세가면제되는지의여부 갑설 산학협력단이그고유의목적사업으로제공하는모든연구용역에대하여부가가치세면제 을설 산학협력단이제공하는 부가가치세법시행규칙 제11조의 3 제3항규정의학술 기술연구용역에대하여만부가가치세면제 병설 산학협력단이그고유의사업목적으로제공하는모든용역에대하여부가가치세면제 [ 회신 ] 산학협력단이 산업교육진흥및산학협력에관한법률 제 27 조에규정하는업무를제공하는경우그고유 의목적사업으로제공하는모든연구용역에대하여부가가치세면제하는것입니다. 제 2 부산학협력단세제개선방안주요사안별연구검토 187

204 부가가치세과 [ 제목 ] 부가가치세가면제되는학술연구용역에해당하는지여부 [ 회신 ] 부가가치세가면제되는학술연구용역은 부가가치세법 제12조제1항제13호및같은법시행령제35조제 2호라목의규정에의하여새로운학술을개발하기위하여행하는새로운이론 방법 공법또는공식등에관한연구용역을말하는것이므로면세되는학술연구용역에의해당여부는용역의내용을종합적으로고려하여사실판단할사항임 부가, 조심2011중0461, [ 제목 ] 기술을개발하기위하여행하는새로운이론 방법 공법또는공식등에관한연구용역은부가가치세면제대상에해당하는것임. [ 요지 ] 청구법인이수행한쟁점용역은그내용이카메라모듈의렌즈해상력편차개선및이물이나스크래치등을미연에방지하여제품의성능등을개선하기위한것으로서제품의성능이나질 용도등을개선시키는연구용역에해당하고, 이는새로운학술또는기술을개발하기위하여행하는새로운이론 방법 공법또는공식등에관한연구용역으로부가가치세면제대상에해당하는것으로판단됨. 부가, 조심2011서0689, [ 제목 ] 쟁점용역은기존의조사와통계이론을단순히응용한것일뿐새로운이론을적용한것으로볼수없으므로부가가치세가면제되는기술연구용역에해당되지않음 [ 요지 ] 청구법인은설문조사를통해자료를수집한후기존의통계방법으로그결과를분석하여계획을수립하는등기존의이론을적용한것이며, 실비산정내역에대한구체성이없고적립된이익금의규모를볼때쟁점용역을실비로제공한것으로보기어려움 5. 결론 산촉법상산학협력단의업무내용을구체적으로명시하여 ( 연구용역등 ) 부가가치세면세범위를명확히하고이와더불어부가가치세법상면세대상연구용역등의범위확대가필요함. 188 산학협력단세제개선방안연구보고서

205 과세관청의유권해석에의하면부가가치세가면제되는산학협력단이제공하는연구 용역의범위는산학협력단의고유목적사업으로제공하는모든용역에해당함. 그러므로 1 산학협력단의고유목적사업을규정할수있는산촉법제27조 ( 산학협력단의업무 ) 에산학협력단이제공하는교육용역 산업체등의기술이전용역 산업자문등의내용을구체화하여부가가치세법상해당교육용역등을면세용역의범위에포함하여기존유권해석의적용을받거나, 2 부가가치세법시행규칙을신설 ( 부가가치세법시행령제37조제1의2호에규정하는 산학협력단이제공하는연구용역 이란 산업교육진흥및산학연협력촉진에관한법률 제27조 ( 산학협력단의업무 ) 에열거된업무를말하는것임 ) 한후산촉법제27조 ( 산학협력단의업무 ) 에해당교육용역등을명시할필요가있음. Ⅱ. 산학협력단이창업보육센터운영시발생하는세무상 RISK 1. 연구주제의의의 창업보육센터가산학협력단산하에포함될경우법인세법과부가가치세법상문제점발생 - 해당건물의소유권이학교법인에있음에도불구하고산촉법에의거창업보유센터를산학협력단이운영함에따라창업보육센터입주하는벤처기업등에대하여임대용역을제공하고임대수익이발생하게됨. - 그러나해당건물에대한소유권이산학협력단이아닌학교법인에있는관계로산학협력단은무상으로건물을임차하여임대료수익이발생하는구조가성립하게되고학교법인과산학협력단은법인세법상특수관계에해당하여세무상문제점이발생함. 2. 현황 창업보육센터의업무는크게중기청등관련연구과제관리와외부기업체에게건물 ( 학교소유의벤처관등 ) 임대후임대수익창출로나눌수있음. 제 2 부산학협력단세제개선방안주요사안별연구검토 189

206 창업보육센터의고유업무인연구과제관리가산학협력단의설립목적및고유목적 사업에부합하므로최근많은대학에서학교의기관으로분류되던창업보육센터를산 학협력단산하로이관하는추세임. 창업보육센터가산학협력단산하로들어올경우, 임대하는건물의소유는대학이지 만임대료수익은산학협력단회계로계상됨. 전대라할지라도, 임대차계약체결이없거 나임대료지급이없는경우가대부분임. 산학협력단이제공하는임대용역에관하여는산학협력단이제공하는연구용역에해 당하지않으므로부가가치세가면제되지않고부가가치세가과세됨에도불구하고일부 대학에서는면세혹은기부처리하는경우가발생하고있음. 3. 관련법령 산업교육진흥및산학연협력촉진에관한법률제 27 조 산학협력단의업무 1 산학협력단은다음각호의업무를수행한다. 7. 그밖에산학연협력과관련한사항으로서대통령령으로정하는사항 산업교육진흥및산학연협력촉진에관한법률시행령제20조 산학협력단의업무 법제27조제1항제7호에서 대통령령으로정하는사항 이란다음각호의사항을말한다. 4. 해당대학안에설치 운영중인 중소기업창업지원법 제2조제7호에따른창업보육센터 ( 이하 창업보육센터 라한다 ) 와이에입주한기업등에대한지원 법인세법제52조 부당행위계산의부인 1 납세지관할세무서장또는관할지방국세청장은내국법인의행위또는소득금액의계산이대통령령으로정하는특수관계인 ( 이하 특수관계인 이라한다 ) 과의거래로인하여그법인의소득에대한조세의부담을부당하게감소시킨것으로인정되는경우에는그법인의행위또는소득금액의계산 ( 이하 부당행위계산 이라한다 ) 에관계없이그법인의각사업연도의소득금액을계산할수있다. 법인세법시행령제 78 조 특수관계인의범위 1 법제 52 조제 1 항에서 대통령령으로정하는특수관계인 이란법인과다음각호의어느하나의관계에 있는자 ( 이하 특수관계인 이라한다 ) 를말한다. 이경우본인도 국세기본법 제 2 조제 20 호각목외 190 산학협력단세제개선방안연구보고서

207 의부분후단에따라특수관계인의특수관계인으로본다. 4. 해당법인이직접또는그와제 1 호부터제 3 호까지의관계에있는자를통하여어느법인의경영에대하 여지배적인영향력을행사하고있는경우그법인 법인세법시행령제88조 부당행위계산의유형등 1 법제52조제1항에서 조세의부담을부당하게감소시킨것으로인정되는경우 란다음각호의어느하나에해당하는경우를말한다 6. 금전, 그밖의자산또는용역을무상또는시가보다낮은이율 요율이나임대료로대부하거나제공한경우 법인세법시행령제89조 시가의범위등 4 제88조제1항제6호및제7호의규정에의한자산 ( 금전을제외한다 ) 또는용역의제공에있어서제1항및제2항의규정을적용할수없는경우에는다음각호의규정에의하여계산한금액을시가로한다. 1. 유형또는무형의자산을제공하거나제공받는경우에는당해자산시가의 100분의 50에상당하는금액에서그자산의제공과관련하여받은전세금또는보증금을차감한금액에정기예금이자율을곱하여산출한금액 부가가치세법제7조 용역의공급 3 사업자가대가 ( 對價 ) 를받지아니하고타인에게용역을공급하는것은용역의공급으로보지아니한다. 다만, 사업자가대통령령으로정하는특수관계에있는자에게사업용부동산의임대용역등대통령령으로정하는용역을공급하는경우에는그러하지아니하다. 부가가치세법시행령제 19 조 용역의자가공급 3 법제7조제3항단서에서 " 대통령령으로정하는특수관계에있는자 " 란 소득세법시행령 제98조제1항또는 법인세법시행령 제87조제1항각호에규정된자 ( 이하 " 특수관계에있는자 " 라한다 ) 를말한다. 부가가치세법제13조 과세표준 1 재화또는용역의공급에대한부가가치세의과세표준은다음각호의가액 ( 價額 ) 을합한금액 ( 이하 공급가액 이라한다 ) 으로한다. 다만, 부가가치세는포함하지아니한다. 4. 용역의공급에대하여부당하게낮은대가를받거나대가를받지아니하는경우 : 자기가공급한용역의시가 부가가치세법시행령제 50 조 시가의기준 1 법제 13 조제 1 항각호에규정하는시가는다음각호에정하는가격으로한다. 제 2 부산학협력단세제개선방안주요사안별연구검토 191

208 1. 사업자가그와특수관계에있는자외의자와해당거래와유사한상황에서계속적으로거래한가격또는제3자간에일반적으로거래된가격 2. 제1호의가격이없는경우에는사업자가그대가로받은재화또는용역의가격 ( 공급받은사업자가그와특수관계에있는자외의자와해당거래와유사한상황에서계속적으로거래한재화및용역의가격또는제3자간에일반적으로거래된가격을말한다 ) 3. 제1호및제2호에따른가격이없거나시가가불분명한경우에는 소득세법시행령 제98조제3항및제4항또는 법인세법시행령 제89 조제2항및제4항의규정에의한가격 부가가치세법시행령제49조의 2 부동산임대용역에대한과세표준계산의특례 1 사업자가부동산임대용역을공급하고전세금또는임대보증금을받는경우에는법제13 조제1항제2 호에규정하는금전이외의대가를받는것으로보아다음산식에의하여계산한금액을과세표준으로한다. ( 당해기간의전세금또는임대보증금 ) ( 과세대상기간의일수 ) [ 계약기간 1년의정기예금이자율 ( 당해예정신고기간또는과세기간종료일현재 )] / 365( 윤년의경우에는 366) 부가가치세법시행규칙제15조 토지또는건물가액등의계산 1 영제49 조의2 제1항산식에따른계약기간 1년의정기예금이자율은 1,000분의 40으로한다. 4. 결론 가. 창업보육센터의운영은산학협력단업무에포함됨 산촉법시행령제 20 조 ( 산학협력단의업무 ) 제 4 항에의거운영가능. 나. 창업보육센터운영에따른세무 RISK 1) 창업보육센터가산학협력단산하에포함될경우학교법인소유의건물에대한임대수익을산학협력단에서인식하게되므로학교법인이산학협력단에게제공한건물임대용역에대한대가를수취하여야함. 대가미지급혹은대가가시가에미달하여부당행위계산부인적용시발생하는세무문제 ( 학교법인-산학협력단 : 특수관계자가정 ) - 법인세법 ( 학교법인 ) : 특수관계에있는자와의거래로인하여그법인의소득에대한조세의부담을부당하게감소시킨것으로인정되어법인세법상임대용역의시가 ( 혹은시가와의차이금액 ) 상당금액을익금산입하여야함. 192 산학협력단세제개선방안연구보고서

209 - 부가가치세법 ( 학교법인 ) : 일반적으로용역의무상공급은부가가치세법상거래에해당하지아니하나, 특수관계자간거래의경우무상제공되는용역일지라도과세되는용역의공급에해당하여부가가치세법에따른시가를과세표준으로하는부가가치세납부의무있음. 2) 산학협력단에서제공하는임대료, 관리비, 시설사용료등에대하여는부가가치세면세조항이없으나일부대학에서는면세혹은기부처리하는경우가있음. - 법인세법 ( 산학협력단 ) : 임대료소득등은법인세법상수익사업소득이므로법인세과세표준에포함됨. - 부가가치세법 ( 산학협력단 ) : 해당임대료에대하여부가가치세신고의무가있으며별도의임대료를수취하지않고보증금만을수취하였다면부가가치세법상간주임대료규정에의하여해당금액을부가가치세신고하여야함. 3) 상기세무 RISK 해소를위하여관련법령에의하여창업보육센터의소속이산학협력단산하에포함된다면학교법인이해당창업보육센터임대에대하여산학협력단에게정당한대가 ( 시가 ) 를수취하여야함. Ⅲ. 위탁연구개발비의부가가치세과세 1. 연구주제의의의 산학협력단이제공하는연구용역은부가가치세법상부가가치세면제대상용역이나, 산학협력단이공동으로연구를수행하고있는연구과제에대하여참여기업등에게연구용역등을위탁하는경우해당참여기업이산학협력단에게용역을제공하고수취하는위탁연구개발비는부가가치세과세대상임. 산학협력단 ( 이하 주관연구기관 ) 이국가연구개발사업에참여하여연구용역을수행하는경우참여기업이산학협력단에게받은위탁연구즉, 동일한연구과제로수행자만다를뿐동일한실질의용역을제공하는경우에도부가가치세가과세되는경우가발생하여과세형평성문제가대두되고있으며, 일부에서는세금계산서또는계산서적용문제로혼란이야기되고있음. 제 2 부산학협력단세제개선방안주요사안별연구검토 193

210 산학협력단의연구용역을공동으로수행하고있는참여기업에대한면세조항적용 및이를위한부가가치세법개정필요성여부를검토함. 2. 현황 부가가치세법제12조 ( 면세 ) 제1항제17호및동법시행령제37조 ( 종교 자선 학술 구호단체등이공급하는재화등의범위 ) 제1호의 2에의거하여산촉법에따라설립된산학협력단이제공하는연구용역에대해서면세조항을적용하고있음. 국가연구개발사업에산학협력단과공동으로연구용역을수행하고있는참여기업에대한부가가치세과세 ( 산학협력단이지급하는위탁용역개발비 ) 로인하여용역사업비정산문제가발생하고있음. - 정부및지방자치단체등의국책연구개발과제에대한연구용역수행기관인산학협력단이제공하는연구용역에대해서는부가가치세가면제되고있으나, 산학협력단과용역계약에따라공동으로용역을수행하고있는참여기업에대한산학협력단의위탁연구개발비는현재부가가치세를과세하고있어용역사업비정산시에총투자액부족등정산차액이발생하여일부산학협력단과참여기업사이에세금계산서또는계산서교부문제가발생하고있음. 3. 관련법령 부가가치세법제12조 면세 1 다음각호의재화또는용역의공급에대하여는부가가치세를면제한다. 17. 종교, 자선, 학술, 구호 ( 救護 ), 그밖의공익을목적으로하는단체가공급하는재화또는용역으로서대통령령으로정하는것 부가가치세법시행령제37조 종교 자선 학술 구호단체등이공급하는재화등의범위 법제12조제1항제17 호에서 대통령령으로정하는것 이란다음각호의것을말한다. 1의 2. 학술연구단체또는기술연구단체가학술연구또는기술연구와관련하여공급하는재화및용역 ( 산업교육진흥및산학연협력촉진에관한법률 에따라설립된산학협력단이제공하는연구용역의경우에는 2013 년 12월 31일까지제공하는것에한정한다 ) 194 산학협력단세제개선방안연구보고서

211 부가가치세법제13조 과세표준 1 재화또는용역의공급에대한부가가치세의과세표준은다음각호의가액 ( 價額 ) 을합한금액 ( 이하 " 공급가액 " 이라한다 ) 으로한다. 다만, 부가가치세는포함하지아니한다. 2 다음각호의금액은과세표준에포함하지아니한다. 4. 국고보조금과공공보조금 부가가치세법시행령제48조 과세표준의계산 1 법제13 조제1 항에규정하는과세표준에는거래상대자로부터받은대금 요금 수수료기타명목여하에불구하고대가관계에있는모든금전적가치있는것을포함한다. 10 법제13조제2항제4호에규정하는국고보조금과공공보조금은재화또는용역의공급과직접관련되지아니하는국고보조금과공공보조금으로한다. 국가연구개발사업의관리등에관한규정제12조 연구개발비의지급및관리 1 중앙행정기관의장은연구개발비의전부또는일부를출연할수있다. 2 대학, 정부출연연구기관및특정연구기관등비영리법인이주관연구기관, 협동연구기관또는공동연구기관인경우에는해당비영리법인이연구개발비를부담하게하여서는아니된다. 다만, 비영리법인이연구개발비를부담하는것이필요하다고인정되는연구개발과제로서다음각호의연구개발과제의경우에는그러하지아니하다. 5 중앙행정기관의장이지급하는연구개발비의비목은인건비 직접비 위탁연구개발비및간접비로구성하며, 각비목별계상기준은별표 2와같다. 다만, 주관연구기관이국외연구기관인경우중앙행정기관의장은협약으로정하는바에따라각비목별계상기준의일부를달리적용할수있다. 10 주관연구기관의장은제5항의연구개발비중인건비또는위탁연구개발비를제8조제1항에따라제출한연구개발계획서 ( 다년도협약과제의경우해당연도의연차실적 계획서를말한다 ) 상의금액보다 20 퍼센트이상늘리려는경우에는중앙행정기관의장또는전문기관의장의승인을받아야한다. 16 제5항에따른연구개발비는주관연구기관의장이직접집행하되, 직접비및위탁연구개발비는주관연구책임자의발의를거쳐집행하여야한다. 기초연구진흥및기술개발지원에관한법률시행령제21조 출연금등의사용및실적보고등 1 주관연구기관의장은법제14조제2항에따라출연금등을받았을때에는다음각호의용도에만사용하여야한다. 1. 연구원의인건비 2. 해당연구사업의수행과관련된여비 9. 위탁연구개발비 제 2 부산학협력단세제개선방안주요사안별연구검토 195

212 4. 관련유권해석 부가가치세과-1269, [ 제목 ] 참여기업이지급받는정부출연금의부가가치세과세표준포함여부 [ 회신 ] 귀질의의경우, 사실관계등질의내용이불분명하여명확한답변을하기어려우나, 정부출연금의부가가치세과세표준포함여부와관련하여서는기존해석사례 ( 서면3팀-1661, ) 를참조하시기바람. 서면3팀-1661, 사업자 ( 이하 주관기관 이라한다 ) 가정부또는정부의위임을받은기관 ( 이하 전담기관 이라한다 ) 과기술개발협약을체결하여참여기업 ( 주관기관과공동연구개발을수행하는자 ) 과공동기술개발을수행하고개발된지적재산권, 실시권등을주관기관및참여기업에귀속시키는경우당해기술개발과관련하여정부또는전담기관으로부터지원되는정부출연금은 부가가치세법 제13 조제2항제4호및같은법시행령제48조제10항의규정에의하여부가가치세과세표준에서제외되는것이며, 이경우주관기관이교부받은정부출연금을용역의공급등에대한대가관계없이분담비율에따라다시참여기업에배정하는경우및참여기업이나주관기관이소유한개발결과물을자기의사업에사용하면서정부출연금의일정금액을기술료로납부하는경우에는 부가가치세법 제1조의규정에의한부가가치세과세대상에해당하지아니하는것임. 법규부가 [ 요지 ] 국가등과기술연구개발협약상연구개발수행결과물을연구개발자에게귀속하는경우국가등으로부터받는출연금은과세표준에포함되지아니함. [ 답변내용 ] 귀공사와정부의위임을받은 평가원이기술연구개발협약을체결한후귀공사단독또는다른기업 ( 참여기업 이라함 ) 과공동으로기술연구개발을수행하고그연구개발의결과물 ( 지적재산권, 실시권등 ) 을귀공사또는참여기업에귀속시키는경우당해기술연구개발과관련하여국토해양부또는 평가원으로부터지급받는정부출연금은 부가가치세법 제13 조제2항제4호및같은법시행령제48 조제10 항에따라부가가치세과세표준에포함하지아니하는것입니다. 196 산학협력단세제개선방안연구보고서

213 5. 결론 산학협력단과공동으로수행하고있는참여기업에대한동일연구용역에대해서는조세형평성차원에서면세적용범위의통일화를위해부가가치세법시행령제37조 ( 종교 자선 학술 구호단체등이공급하는재화등의범위 ) 의개정이필요함. < 표 34> 부가가치세법시행령제 37 조개정안 현행법령개정법령 ( 안 ) 부가가치세법시행령제 37 조 ( 종교 자선 학술 구호단체등이공급하는재화등의범위 ) 법제 12 조제 1 항제 17 호에서 대통령령으로정하는것 이란다음각호의것을말한다. 1 의 2. 학술연구단체또는기술연구단체가학술연구또는기술연구와관련하여공급하는재화및용역 ( 산업교육진흥및산학연협력촉진에관한법률 에따라설립된산학협력단이제공하는연구용역의경우에는 2013 년 12 월 31 일까지제공하는것에한정한다 ) 부가가치세법시행령제 37 조 ( 종교 자선 학술 구호단체등이공급하는재화등의범위 ) 법제 12 조제 1 항제 17 호에서 대통령령으로정하는것 이란다음각호의것을말한다. 1 의 2. 학술연구단체또는기술연구단체가학술연구또는기술연구와관련하여공급하는재화및용역 ( 산업교육진흥및산학연협력촉진에관한법률 에따라설립된산학협력단이제공하는연구용역및공동연구협약등에의하여해당연구용역에공동으로참여하는기업이산학협력단에제공하는위탁연구용역의경우에는 2013 년 12 월 31 일까지제공하는것에한정한다 ) 6. 참고사항 : 정부출연금등의세금계산서 / 계산서발급의무 가. 현황산촉법제25조에따라설립된산학협력단은 국가연구개발사업의관리등에관한규정 에따른국가연구개발사업과관련하여정부또는연구관리전문기관과협약을체결하고그연구개발사업의소요경비를출연금형태로지급받고있음. 나. 정부출연금등에대한과세관청의입장 상기출연금에대하여교과부는국세청에법령해석을요청하여하기와같은회신을 받았으며그내용은다음과같음. 제 2 부산학협력단세제개선방안주요사안별연구검토 197

214 국세청회신내용요약 산업교육진흥및산학협력촉진에관한법률 제25조에따라설립된산학협력단은 국가연구개발사업의관리등에관한규정 에따른국가연구개발사업과관련하여정부또는연구관리전문기관과협약을체결하고그연구개발사업의소요경비를용역제공에대한대가관계없이출연금형태로지급받는경우당해출연금은법인세법제3조제3항의수익사업에서생기는소득에해당하지아니하는것이며, 해당출연금에대하여는같은법인세법제121조의규정에따른계산서작성 교부의무가없는것임. 이경우, 출연금의대가관계여부는협약내용에따라연구개발에대한대가로결과물의소유권을출연금제공자가취득하는지여부등을고려하여사실판단할사항임 다. 상기유권해석에대한해석및결론법인세법제121조는 재화 * 와 용역 ** 의공급에대한계산서발급의무를명시하고있음. 따라서정부등의출연금 *** 을지급받은후산학협력단에서수행하는연구용역이전술한재화와용역의공급에해당하는지여부를판단하여야함. * 재화의정의 : 재산가치가있는모든유체물과무체물 ( 부가가치세법제1조 ) ** 용역의정의 : 재화외의재산가치가있는모든역무및그밖의행위 ( 부가가치세법제1조 ) *** 출연금의정의 : 출연금 이란국가연구개발사업의목적을달성하기위하여국가가반대급부없이예산이나기금등에서연구수행기관에게지급하는연구소요경비 ( 국가연구개발사업의관리등에관한규정 ) 산학협력단의용역의경우, 국가연구개발사업의관리등에관한규정 제15조 ( 연구개발에따른결과물의소유 ) 에의하면 1 국가연구개발사업의수행결과로얻어지는연구기자재 연구시설및시작품등유형적결과물은협약이정하는바에따라주관연구기관 ( 세부과제의경우에는협동연구기관 ) 의소유로하고, 2 국가연구개발사업의수행결과로얻어지는지식재산권, 연구보고서의판권등무형적결과물은협약에서정하는바에따라주관연구기관 ( 세부과제의경우에는합동연구기관 ) 의소유로하고있으므로, 협약에의해해당연구결과물에대한소유권이연구기관에귀속된다면공급이발생하지않은것으로해석할수있으며, 국세청의질의회신에서 대가관계없이 라는용어는용역결과물이국가등의출연금지급자에게 ( 출연금의반대급부로해당용역의결과물이 ) 귀속 ( 소유 ) 되지않음을의미하는것이라판단됨. 198 산학협력단세제개선방안연구보고서

215 그러므로산학협력단이지급받은출연금이상기정의에의한출연금이고, 연구개발용역의협약서내지계약서상에용역의결과물이당해산학협력단에귀속되는것이명확할경우, 해당출연금에대하여법인세법제121조의계산서발급의무는없는것으로보이며, 이와관련하여서는다음과같은유형이있을수있음. Case 1) 전담기관의출연금을분담비율대로지급하고용역의결과물 ( 지적재산권등 ) 을 분담비율대로소유 - 부가가치세과세없음. Case 2) 용역의결과물을산학협력단이모두소유 참여기업은용역을제공하고대가 를받았으므로해당거래는부가가치세과세대상임. Case 3) 정부가아닌사업자간의연구개발지원금지원 지원금을지급하는사업자가 결과물에대한권리를취득하지않거나결과물을공동으로취득하면부가가치세 과세대상아님. Case 4) 산학협력단이연구개발을위탁했을경우 위탁기업은대가를받고용역을수 행하기때문에부가가치세과세대상임. Ⅳ. 기술지주회사에대한현물출자 1. 연구주제의의의 주요대학을중심으로기술지주회사설립이진행중임. 기술지주회사지분의대부분을산학협력단이소유하고있으며, 산학협력단은기술지 주회사운영비에대한지출뿐만아니라보유기술이전을통한현물출자가이루어짐에 따라이에대한부가가치세신고납부의무가발생함. 제 2 부산학협력단세제개선방안주요사안별연구검토 199

216 2. 현황 산학협력단과기술지주회사는법적으로별도의법인이지만, 산학협력단입장에서는내부부서와다름없는기술지주회사에양질의특허를넘겨주면서 ( 현물출자 ) 아직은수익성이없는기술지주회사의지분을소유함. 해당현물출자시매수법인인기술지주회사로부터부가가치세를징수해야하지만설립초기기술지주회사는손실만발생하는상황으로기술지주회사보유현금은대부분산학협력단전출금으로충당하므로부가가치세액만큼추가전출이필요함. 3. 관련법령 산업교육진흥및산학연협력촉진에관한법률제36조의 2 기술지주회사의설립 운영 1 산학협력단은단독으로또는다음각호의어느하나에해당하는기관과공동으로기술지주회사를설립할수있다. 1. 다른대학의산학협력단 2. 학교법인 ( 그학교에산학협력단이없는경우만해당한다 ) 3. 연구기관 2 기술지주회사는다음각호의요건을갖추어교육과학기술부장관의설립인가를받아야한다. 설립인가에필요한절차에관하여는교육과학기술부령으로정한다. 1. 주식회사일것 2. 임원이 국가공무원법 제33조제1항각호에따른결격사유에해당하지아니할것 3. 산학협력단 ( 제1항각호의기관과공동으로기술지주회사를설립하는경우에는제1항각호의기관을포함한다. 이하같다 ) 이자본금의 100분의 30을초과하여기술을현물출자하고, 발행주식총수의 100 분의 50을초과하여보유할것 4. 그밖에대통령령으로정하는기준을갖출것 3 산학협력단이기술지주회사에기술을현물출자하는경우에 기술의이전및사업화촉진에관한법률 제35 조제1항에따라지정된기술평가기관이그가치를평가하여법원에보고한경우에는이로써 상법 제299 조, 제299 조의2 및제310조에따른조사 보고또는감정을갈음할수있다. 기술의이전및사업화촉진에관한법률제 35 조 기술평가기관의지정등 1 관계중앙행정기관의장은기술이전 사업화의촉진을위하여기술평가를위한전담인력및관리조직 200 산학협력단세제개선방안연구보고서

217 등대통령령으로정하는기준을갖춘기관을기술평가기관으로지정할수있다. 2 제1항에따라지정을받은기술평가기관 ( 이하 기술평가기관 이라한다 ) 은다음각호의사업을한다. 1. 기술평가 2. 기술평가수요의조사및분석 3. 기술평가정보의수집 분석 유통및관련정보망구축 4. 기술평가정보의공동활용및확산을위한사업 기술의이전및사업화촉진에관한법률시행령제32조 ( 기술평가기관의지정기준등 ) 1 법제35조제 1항에서 기술평가를위한전담인력및관리조직등대통령령으로정하는기준을갖춘기관 이란다음각호의요건을모두갖춘법인을말한다. 1. 다음각목의전문가모두를상시고용할것가. 기술거래사, 변호사, 변리사, 공인회계사, 감정평가사또는기술사자격을취득한사람으로서법제35 조제2항각호에따른사업 ( 이하이조에서 기술평가사업 이라한다 ) 에종사할수있는전문가 3명이상나. 기술평가사업에 5년이상종사한전문가 7명이상 2. 기술평가사업을수행하기위한관리조직을가지고있을것 3. 지식경제부장관이정하여고시하는기준에따른기술평가모델을보유할것 4. 지식경제부장관이정하여고시하는기준에따른기술평가에관한정보의수집 관리 유통등을위한정보망을보유할것 부가가치세법제 6 조 ( 재화의공급 ) 1 재화의공급은계약상또는법률상의모든원인에의하여재화를인도 ( 引渡 ) 또는양도 ( 讓渡 ) 하는것으로한다. 부가가치세법시행령제 14 조 ( 재화공급의범위 ) 1 법제6조제1항에규정하는재화의공급은다음각호에규정하는것으로한다. 4. 경매 수용 현물출자기타계약상또는법률상의원인에의하여재화를인도또는양도하는것 4. 결론 산촉법에따르면산학협력단은자본금의 100분의 30을초과하여기술을현물출자하고, 발행주식총수의 100분의 50을초과하여보유하여야하므로현물출자의목적물인재화를인도하는때또는등기 등록기타권리의설정또는이전에필요한경우는이에 제 2 부산학협력단세제개선방안주요사안별연구검토 201

218 관한서류를완비하여발급하는때를공급시기로하여평가금액에해당하는금액의 10% 를세금계산서발급후신고 / 납부하여야함. 따라서최소총자본금의 5% 이상을설립과동시에부가가치세로부담하게됨. 산학협력단이설립하는기술지주회사는기술을평가받아출자함으로인하여부가가 치세를부담하기어려운상황임. 기술지주회사는그실질이산학협력단과동일한공익법인이므로산학협력단에서기 술지주회사로의출자는부가가치세를과세할실익도없음. 따라서산학협력단이기술 지주회사에현물출자하는경우에는부가가치세를면세하는입법개선이필요함. 202 산학협력단세제개선방안연구보고서

219 제 3 장상속세및증여세법상산학협력단관련주요 검토사항 < 표 35> 산학협력단관련상속세및증여세쟁점사항 주제현황개선방안 산학협력단의주식보유 한도 산학협력단의경우에도다른 공익법인과동일하게 5% 초과 주식보유시증여세과세 산학협력단의경우예외적으로 벤처기업의주식취득을허용할 수있도록법개정이필요함 Ⅰ. 산학협력단의주식보유한도 1. 연구주제의의의 산학협력단은그설립취지에따라산학연협력을촉진하여실제교육과연구의연계 를기반으로효율적연구체제와인력양성그리고산업발전을위한지식과기술의개 발 보급 확산의선순환구조를구축하는데중요한역할을수행해오고있음. 이러한설립취지는경영권지배를목적으로하지않으며, 연구성과의결과물을현물 로취득하는경우상증세법시행령제 37 조에명시된한도를초과하여주식을보유하는 경우가발생할수있으며, 이를위한주식보유한도의완화가필요한시점임. 2. 현황 산학협력단이대학이보유한기술과현금을출자하여주식회사형태의기술지주회사를설립하여공익을목적으로연구성과의결과물로주식을현물로취득하는경우상증세법조항에명시된한도를충족시키지못하고주식을보유하는경우주식보유한도의완화가필요함. 제 2 부산학협력단세제개선방안주요사안별연구검토 203

220 3. 관련법령 상속세및증여세법제48조 공익법인등이출연받은재산에대한과세가액불산입등 2 세무서장등은제1항및제16조제1항에따라재산을출연받은공익법인등이다음제1호부터제4호까지및제6호의어느하나에해당하는경우에는대통령령으로정하는가액을공익법인등이증여받은것으로보아즉시증여세를부과하고, 제5호에해당하는경우에는제78조제9항에따른가산세를부과한다. 다만, 불특정다수인으로부터출연받은재산중출연자별로출연받은재산가액을산정하기어려운재산으로서대통령령으로정하는재산은제외한다. 2. 출연받은재산 ( 그재산을수익용또는수익사업용으로운용하는경우및그운용소득이있는경우를포함한다 ) 을내국법인의주식등을취득하는데사용하는경우로서그취득하는주식등과다음각목의어느하나의주식등을합한것이그내국법인의의결권있는발행주식총수등의 100분의 5( 성실공익법인등에해당하는경우에는 100분의 10) 를초과하는경우. 다만, 제49조제1항각호외의부분단서에해당하는것으로서상호출자제한기업집단과특수관계에있지아니한공익법인등이그공익법인등의출연자와특수관계에있지아니한내국법인의주식등을취득하는경우로서대통령령으로정하는경우와 산업교육진흥및산학연협력촉진에관한법률 에따른산학협력단이대통령령으로정하는주식등을취득하는경우는제외한다. 가. 취득당시해당공익법인등이보유하고있는동일한내국법인의주식등나. 해당내국법인과특수관계에있는출연자가해당공익법인등외의다른공익법인등에출연한동일한내국법인의주식등 상속세및증여세법시행령제37조 내국법인주식등의초과보유계산방법등 6 법제48조제2항제2호각목외의부분단서에서 산학협력단이대통령령으로정하는주식등을취득하는경우 란다음각호의요건을모두갖춘경우를말한다. 1. 산업교육진흥및산학연협력촉진에관한법률 에따른산학협력단 ( 이하 산학협력단 이라한다 ) 이보유한기술을출자하여같은법에따른기술지주회사 ( 이하이조에서 기술지주회사 라한다 ) 또는 벤처기업육성에관한특별조치법 에따른신기술창업전문회사 ( 이하이조에서 신기술창업전문회사 라한다 ) 를설립할것 2. 산학협력단이출자하여취득한주식등이기술지주회사인경우에는발행주식총수의 100분의 50 이상, 신기술창업전문회사인경우에는발행주식총수의 100분의 30 이상일것 3. 기술지주회사또는신기술창업전문회사는자회사외의주식등을보유하지아니할것 4. 검토내용 산학협력단이고유목적사업의수행을위해안정적재원조달이반드시부수되어야하는데이를위하여우량기업의배당가능유가증권의소유를통해안정적인배당소득을수취하여사업수행의자금을원활히하는것은바람직한방법임. 204 산학협력단세제개선방안연구보고서

221 산학협력단에대해특수관계법인의주식보유한도를 5% 로제한한것은그규정을폐지할필요가있음. 공익법인을통한대기업의부당한계열사지배를막기위한방법으로반드시보유지분의제한에만의존할필요는없으며, 만약보유지분의제한을두지않는다하더라도주식등을 5% 초과보유한경우의결권행사에대한권리를 5% 까지만인정하여제한하는등의방법을고려할수있음. 이러한제도를둘경우공익법인의재원조달과관계가없는계열기업의지배권행사를위해주식등을과다취득하는것을충분히방지할수있음. 공익법인등이특수관계에있는내국법인의주식등을보유하는경우로서당해내국법인의주식등의가액이총재산가액의 100분의 30을초과하는때에도초과하여보유하는주식등의시가에 100분의 5에상당하는가산세를부과하는바, 이러한제한을완화하여도상기와같이초과지분의소유에대한규제를적용하게되면공익법인을통한계열기업의지배나공익법인의지주회사화를방지할수있음. 현행의주식보유에대한제한규정을상증세법제49조및동시행령제42조규정의성실공익법인등과같이완화하면현행법에서의도하고있는대기업의공익법인을통한계열기업의지배나공익법인의지주회사화를방지함과동시에공익법인에대한기부를유도하여부의사회환원역할과공익법인의설립을지원하는효과도나타날수있음. 5. 결론 만약주식한도를높이는방법이변칙증여의우려가있다고본다면, 5% 초과주식에대한학교법인의의결권행사를제한하거나출연과경영의분리를위해주식을출연하는개인및특수관계자가학교법인의임원으로취임할수없도록하는방법을고려해볼수있음. 공익법인이출연받은재산으로주식을 5% 이상보유할시불이익을주는것은출연자가공익법인을지주회사화함으로써부당한경제적이익을얻을가능성을막기위해도입하는것임. 그러나주식의출연이경제력집중및세습과무관하다는부분을적극적으로입증함으로써예외조항을두도록하는것이바람직함. 제 2 부산학협력단세제개선방안주요사안별연구검토 205

222 제 4 장지방세법상산학협력단관련주요검토사항 < 표 36> 산학협력단관련지방세쟁점사항 주제현황개선방안 지적재산권취득시등록면허세기술지주회사설립시법인등기등록면허세지방소득세종업원분 학교의경우등록면허세면제규정이있으나산학협력단의경우그렇지않음. 창업중소기업등은설립시법인등기등록면허세가면제되고있음. 지방세특례제한법에따른면제규정이 2012년 12월말로일몰도래함. 산학연활성화를위해산학협력단의지적재산권취득시등록면허세면제규정신설이필요산학협력단을위한별도의면제규정은없으나, 예비벤처기업으로서의등록면허세면제혜택신청가능일몰기한의연장또는일몰규정삭제가필요함. Ⅰ. 지적재산권취득시등록면허세 1. 연구주제의의의 비영리공익법인의공익목적사업을활성화하고이를확산시키기위해산학협력단이 기술지주회사에기술과관련된특허권등의산업재산권을현물출자할경우소요되는 등록면허세의면세조치가필요함. 현행지방세특례제한법제42조제3항에의하면산학협력단이그고유업무에직접사용하기위해취득하는부동산에대한취득세 ( 취득관련등록세포함 ) 만이면세되고있음. 즉대학의산학협력단이기술지주회사의설립으로인해기술등을현물출자할때발생하는특허권등산업재산권등록에대하여는등록면허세가과세되고있는것임. 206 산학협력단세제개선방안연구보고서

223 산촉법이개정됨에따라각대학의산학협력단이기술지주회사에기술등을현물출자할수있는법적근거는마련되었으나, 현물출자의복제물인산업재산권의등록에대하여등록세가면제되지못하고있으므로이를면제할수있도록관련법률의개정조치가필요함. 2. 현황 현재산학협력단이고유업무에직접사용하기위하여취득하는부동산에대하여는관련지방세를면제 (2012년 12월 31일일몰도래 ) 하고있으나, 특허권등의등록 ( 신규취득과이전에따른등록포함 ) 시에등록면허세를과세하고있음. 반면, 학교의경우그사업에직접사용하기위한면허에대하여는등록면허세를면제하는규정을두고있음. 그동안산학협력단과관련한지방세중업무용으로취득하여사용하기위한부동산관련취득세, 등록세, 재산세, 도시계획세및공동시설세와주민세 ( 균등할 ) 는면세조치가되고있음. 학교의경우에는지방세법시행령제79조 ( 비영리사업자의범위 ) 에포함되어면세혜택을받고있음. 산학협력단의사업소세및면허세에대해면제되지못하고있으며, 이들의면세가가 능하도록개정조치가필요함. 3. 관련법령 지방세특례제한법제42조 기숙사등에대한감면 3 산업교육진흥및산학협력촉진에관한법률 제25조에따라설립 운영하는산학협력단이그고유업무에직접사용하기위하여취득하는부동산에대하여는취득세를, 과세기준일현재그고유업무에직접사용하는부동산에대하여는재산세 ( 지방세법 제112조에따른부과액을포함한다 ) 및 지방세법 제 146조제2항에따른지역자원시설세를각각 2012 년 12월 31일까지면제한다. 4 제3항에따른산학협력단에대하여는 2012 년 12월 31일까지주민세및지방소득세종업원분을면제한다. 다만, 수익사업에관계되는대통령령으로정하는주민세재산분및지방소득세종업원분은면제하지아니한다. 지방세법시행령제 22 조 비영리사업자의범위 제 2 부산학협력단세제개선방안주요사안별연구검토 207

224 법제11조제1항제2호단서및같은항제4호단서에서 대통령령으로정하는비영리사업자 란각각다음각호의어느하나에해당하는자를말한다. 1. 종교및제사를목적으로하는단체 2. 초 중등교육법 및 고등교육법 에따른학교, 경제자유구역및제주국제자유도시의외국교육기관설립 운영에관한특별법 또는 기업도시개발특별법 에따른외국교육기관을경영하는자및 평생교육법 에따른교육시설을운영하는평생교육단체 3. 사회복지사업법 에따라설립된사회복지법인 4. 양로원 보육원 모자원 한센병자치료보호시설등사회복지사업을목적으로하는단체및한국한센복지협회 5. 정당법 에따라설립된정당 지방세특례제한법제41조 학교및외국교육기관에대한면제 1 초 중등교육법 및 고등교육법 에따른학교, 경제자유구역및제주국제자유도시의외국교육기관설립 운영에관한특별법 또는 기업도시개발특별법 에따른외국교육기관을경영하는자 ( 이하이조에서 학교등 이라한다 ) 가해당사업에사용하기위하여취득하는부동산에대하여는취득세를 2012 년 12월 31일까지면제한다. 다만, 다음각호의어느하나에해당하는경우그해당부분에대해서는면제된취득세를추징한다. 1. 정당한사유없이그취득일부터 3년이경과할때까지해당용도로직접사용하지아니하는경우 2. 해당용도로직접사용한기간이 2년미만인상태에서매각 증여하거나다른용도로사용하는경우 2 학교등이과세기준일현재해당사업에직접사용하는부동산 ( 대통령령으로정하는건축물의부속토지를포함한다 ) 에대하여는재산세 ( 지방세법 제112조에따른부과액을포함한다 ) 및 지방세법 제146 조제2항에따른지역자원시설세를각각 2012 년 12월 31일까지면제한다. 다만, 수익사업에사용하는경우와해당재산이유료로사용되는경우의그재산및해당재산의일부가그목적에직접사용되지아니하는경우의그일부재산에대하여는면제하지아니한다. 3 학교등이그사업에직접사용하기위한면허에대한등록면허세와학교등에대한주민세재산분및지방소득세종업원분을각각 2012 년 12월 31일까지면제한다. 다만, 수익사업에관계되는대통령령으로정하는주민세재산분및지방소득세종업원분은면제하지아니한다. 4 학교등에생산된전력등을무료로제공하는경우그부분에대하여는 지방세법 제146조제1항에따른지역자원시설세를 2012 년 12월 31일까지면제한다. 5 사립학교법 에따른학교법인과국가가국립대학법인으로설립하는국립학교의설립등기및합병등기에대해서는등록면허세를, 그학교에대해서는주민세균등분을각각 2012 년 12월 31일까지면제한다. 208 산학협력단세제개선방안연구보고서

225 4. 검토내용 회계상으로산학협력단이대학회계와는별도구분되는법인회계로되어있지만, 현재대학의조직체계로봤을때대학의부설기관형식으로편제되어있음. 산학협력단의업무시설도대부분대학의시설을무상으로사용하고있고, 업무수행에서도대학의장으로부터감독을받는형태를취함. 따라서대학과산학협력단은하나의뿌리에서파생된형태로조세의형평성이확립되어야함. 산학협력단이기술지주회사에기술등을현물출자한경우재화나용역에대한부가 세를면세받을수있는여건의조성이필요 ( 현재법률개정을통해대학기술지주회사 의기술현물출자의무한도비율을 50%~30% 로완화 ) 함. 5. 결론 지방세법시행령제 207 조제 79 조에비영리사업자의범위 2 항에초 중등교육법및고 등교육법에따른학교, 산촉법에의하여설립된산학협력단을포함시키는것이타당함. 대학산학협력단의기술지주회사에대한출자에등록세면세규정을추가 - 대학산 학협력단이설립한기술지주회사에차별적인현물출자등을유도하기위해서는초기인 현재시점에서등록세면세조치가필요함 ( 관련법령 - 지방세법제 288 조제 4 항 ). 기술지주회사의경우대학의연구성과를사업화하는과정을통해얻은수익을대학의연구지원을위해사용하기에등록세감면조치는필요함. 이러한산학협력단의기술지주회사설립에따른각종기술등의등록시발생하는등록세의면제를통하여산학협력단의산학협력사업활성화에기여할것으로전망됨. 제 2 부산학협력단세제개선방안주요사안별연구검토 209

226 Ⅱ. 기술지주회사설립시법인등기등록면허세 1. 연구주제의의의 창업중소기업및창업벤처중소기업의경우 벤처기업육성에관한특별조치법 제 2 조 의 2 제 1 항제 2 호다목에따라등록면허세가면제됨. 2. 관련법령 벤처기업육성에관한특별조치법제2조의 2 벤처기업의요건 1 벤처기업은다음각호의요건을갖추어야한다. 1. 중소기업기본법 제2조에따른중소기업 ( 이하 " 중소기업 " 이라한다 ) 일것 2. 다음각목의어느하나에해당할것다. 다음각각의요건을모두갖춘기업 [ 창업하는기업에대하여는 (3) 의요건만적용한다 ] (1) 기술신용보증기금법 에따른기술신용보증기금 ( 이하 " 기술신용보증기금 " 이라한다 ) 이보증 ( 보증가능금액의결정을포함한다 ) 을하거나, 중소기업진흥에관한법률 제68조에따른중소기업진흥공단 ( 이하 " 중소기업진흥공단 " 이라한다 ) 등대통령령으로정하는기관이개발기술의사업화나창업을촉진하기위하여무담보로자금을대출 ( 대출가능금액의결정을포함한다 ) 할것 (2) (1) 의보증또는대출금액과그보증또는대출금액이기업의총자산에서차지하는비율이각각대통령령으로정하는기준이상일것 (3) (1) 의보증또는대출기관으로부터기술성이우수한것으로평가를받을것 2 제1항제2호나목및다목 (3) 에따른평가기준과평가방법등에관하여필요한사항은대통령령으로정한다. 3. 신청유형 산학협력단기술지주회사의경우 4가지벤처유형 ( 유형 1: 벤처투자기업, 유형 2: 연구개발기업, 유형 3: 기술평가보증 ( 대출 ) 기업, 유형 4: 예비벤처기업 ) 중벤처유형 4로인증신청을할수있고기술신용보증기금의보증획득후벤처기업의면세혜택을받을수있음. 210 산학협력단세제개선방안연구보고서

227 * 지원제도 ο 벤처기업에대한기금의투자 ( 기금관리기본법 ) 에따른자금조달및금융지원 ο 법인세 ( 설립후 3년내벤처인증시이익발생시점부터 5년간법인세, 소득세 50% 감면 ), 등록세 ( 창업벤처중소기업이벤처확인일로부터 4년이내에취득하는사업용재산등기에대한등록세면제 ), 재산및종합토지세 ( 당해사업을영위하기위해소유하는사업용재산에대해 5년간 50% 감면 ), 농어촌특별세 ( 면제 ) 등세제혜택 ο 연구소설립조건완화 ( 연구전담요원 2명이상시인정 ) ο 기술인력지원, 코스닥상장심사시우대 ( 기술성인정된경우경영성과요건미적용 ) ο 정부과제신청자격 ( 선도과제 ) 및가점부여 ( 이노비즈기업과유사 ) ο TV, 라디오광고시광고료 70% 할인혜택 ο 기타, 각종수상 / 인증등신청시가점부여 ο 병역특례업체신청기회 2회부여 ( 일반기업은 1회 ), 특허우선심사등 4. 신청절차및확인요건 가. 신청절차 제 2 부산학협력단세제개선방안주요사안별연구검토 211