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1 정책연구 산학협력 산학협력단세제개선방안연구보고서 연구기관 : 포스텍산학협력연구소연구책임자 : 김도경 ( 안진회계법인 )

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3 제출문 교육과학기술부귀하 본보고서를정책연구용역과제인 산학협력단세제개선방안연구보고서 의최종 보고서로제출합니다 년 7 월 연구기관명 : 포스텍산학협력연구소 연구책임자 : 김도경 ( 안진회계법인 ) 연구원 : 김은영 ( 포스텍산학협력연구소 ) 연구원 : 한창근 ( 인하공전산학협력단 ) 연구보조원 : 안영숙 ( 이화여대연구처 ) 연구보조원 : 엄혜진 ( 성균관대총무처 ) 연구보조원 : 노민선 ( 한국산업기술진흥협회 ) 연구보조원 : 윤지섭 ( 고려대산학협력단 ) 연구보조원 : 안광현 ( 서울대산학협력단 ) 연구보조원 : 김정선 ( 한양대산학협력단 ) 연구지원 : 김세현 ( 안진회계법인 ) 연구지원 : 이정우 ( 안진회계법인 ) 연구지원 : 정유상 ( 안진회계법인 ) 연구지원 : 김주훈 ( 안진회계법인 ) 연구지원 : 김설인 ( 안진회계법인 ) 본보고서의내용은정책연구용역과제연구팀의의견이며, 포스텍산학협력연구소의공식적인 견해와는다를수있습니다. - iii -

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5 목차 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 제1장산학협력단제도의개요및현황 3 Ⅰ. 산학협력단제도의개요 3 1. 산학협력단제도의의의및설립배경 3 2. 산학협력단의법적지위및역할 4 3. 산학협력단의수입과지출 7 4. 산학협력단의해산 7 Ⅱ. 산학협력기술지주회사의개요 8 1. 산학협력기술지주회사의개념과도입배경 8 2. 설립주체및인가요건 8 3. 업무범위 9 4. 주요내용 10 Ⅲ. 학교기업 학교기업의의의및지원취지 학교기업추진경과 학교기업의설치요건 학교기업의사업종목 주요내용 13 Ⅳ. 산학협력단의설립및운영현황 산학협력단설치현황 산학협력단의인력현황 산학협력단의회계운영내역 15 - v -

6 Ⅴ. 대학과산학협력단세목별과세현황비교 19 제2장산학협력단법인세일반 22 Ⅰ. 산학협력단의법인세법상지위 법인세법상비영리법인의개념 법인세법상산학협력단의지위와관련된규정 24 Ⅱ. 법인세신고및납부 산학협력단과세소득의범위 수익사업과고유목적사업의구분경리 고유목적사업준비금손금산입 토지등양도소득에대한법인세 42 제3장산학협력단부가가치세일반 44 Ⅰ. 과세대상 과세대상의범위 45 Ⅱ. 납세의무자 과세요건 47 Ⅲ. 사업자등록 사업자등록의의의 면세사업자의등록 51 Ⅳ. 면세 면세의의의 면세의포기 매입세액불공제 면세대상재화및용역의공급 면세대상재화의수입 조세특례제한법상면세 부수되는재화와용역의공급 71 - vi -

7 제4장산학협력단상속세및증여세일반 73 Ⅰ. 공익법인의개념 공익법인의범위 74 Ⅱ. 상속세및증여세법에의한지원 교육목적출연재산의상속세과세가액불산입 교육목적출연재산의증여세과세가액불산입 76 Ⅲ. 상속세및증여세법에의한공익법인의납세협력의무 보고서등제출의무 장부의작성 비치의무 외부전문가의세무확인및기준 외부회계감사를받아야할의무 전용계좌개설 사용의무 결산서류공시의무 기부금영수증발급내역작성 보관 제출의무 계산서합계표등자료제출의무 93 Ⅳ. 상속세및증여세법상공익법인이지켜야할일 출연재산의직접공익목적사업등에사용 출연재산매각금액의직접공익목적사업에사용 출연재산운용소득의직접공익목적에사용 주식취득및보유시의지켜야할일 출연자등의이사취임시지켜야할일 특정기업의광고등행위금지 자기내부거래 (Self-Dealing) 시지켜야할일 특정계층에만공익사업의혜택이제공될경우의불이익 공익법인해산시지켜야할일 공익법인의제출서류 vii -

8 제5장산학협력단지방세일반 122 Ⅰ. 지방세일반 지방세의분류 최근지방세개정내역 세목통폐합내용 123 Ⅱ. 세목별소개및산학협력단등에대한세제지원내역 취득세 등록면허세 재산세 주민세 자동차세 지역자원시설세 지방소득세 130 Ⅲ. 주요예규 판례 131 제6장산학협력단소득세일반 135 Ⅰ. 소득세일반 교수의연구용역소득에대한과세기준 직무발명보상금비과세 기부금지출대상법인 비과세근로소득 학교운영권포기대가 viii -

9 제 2 부산학협력단세제개선방안주요사안별연구검토 제1장법인세법상산학협력단관련주요검토사항 149 Ⅰ. 산학협력단과학교법인의부당행위계산부인 연구주제의의의 관련법령 산학협력단설치의법적근거 산학협력단의특성 산학협력단과학교법인의거래 부당행위계산부인의적용 대응방안마련의필요성 결론 155 Ⅱ. 연구용역의대가성에대한판단기준 연구주제의의의 현황 관련법령 검토내용 결론 161 Ⅲ. 고유목적사업준비금에산학협력단이적립하는기금의포함방안 연구주제의의의 현황 관련유권해석 검토내용및결론 166 Ⅳ. 기타수익사업에대한고유목적사업준비금 100% 설정일몰폐지 연구주제의의의 현황 관련법령및유권해석 검토내용 결론 ix -

10 Ⅴ. 서비스 R&D 조세지원범위의확대 연구주제의의의 현황 관련법령 검토내용 결론 175 Ⅵ. R&D 조세지원제도일몰기한연장 연구주제의의의 현황 문제점 개선방안 177 Ⅶ. 기술이전및취득에대한조세지원확대 연구주제의의의 현황 관련법령 검토내용 개선방안 180 Ⅷ. 대기업의공동 위탁 R&D에대한조세지원확대 연구주제의의의 현황 검토내용 개선방안 182 제2장부가가치세법상산학협력단관련주요검토사항 183 Ⅰ. 면세대상연구용역의범위명확화 연구주제의의의 현황 관련법령 관련유권해석 결론 x -

11 Ⅱ. 산학협력단이창업보육센터운영시발생하는세무상 RISK 연구주제의의의 현황 관련법령 결론 192 Ⅲ. 위탁연구개발비의부가가치세과세 연구주제의의의 현황 관련법령 관련유권해석 결론 참고사항 : 정부출연금등의세금계산서 / 계산서발급의무 197 Ⅳ. 기술지주회사에대한현물출자 연구주제의의의 현황 관련법령 결론 201 제3장상속세및증여세법상산학협력단관련주요검토사항 203 Ⅰ. 산학협력단의주식보유한도 연구주제의의의 현황 관련법령 검토내용 결론 205 제 4 장지방세법상산학협력단관련주요검토사항 206 Ⅰ. 지적재산권취득시등록면허세 연구주제의의의 xi -

12 2. 현황 관련법령 검토내용 결론 209 Ⅱ. 기술지주회사설립시법인등기등록면허세 연구주제의의의 관련법령 신청유형 신청절차및확인요건 211 Ⅲ. 지방소득세종업원분 연구주제의의의 현황 관련법령 검토내용및결론 214 제5장소득세법상산학협력단관련주요검토사항 216 Ⅰ. 연구참여자수당에대한소득구분 연구주제의의의 현황 관련법령 관련유권해석 검토내용 결론 221 Ⅱ. 직무발명보상금에대한소득구분및적용범위 연구주제의의의 현황 관련법령 관련유권해석 검토내용및결론 xii -

13 제6장기술지주회사관련주요검토사항 229 Ⅰ. 지분양도차익및배당소득에대한비과세 연구주제의의의 현황 관련법령 검토내용 결론 232 부록 233 Ⅰ. 산학협력단이당면하고있는세제관련구체적인문제사례 235 Ⅱ. 실무담당자의업무처리시현출된 Issue사항 235 Ⅲ. 산학협력단이요구하는추가적인세법개정 ( 안 ) 237 참고문헌 xiii -

14 표목차 < 표 1> 산학협력단의수입과지출 7 < 표 2> 학교기업추진경과 11 < 표 3> 학교기업의사업종목으로금지되는업종 (19개) 12 < 표 4> 대학별산학협력단설치현황 14 < 표 5-1> 임용주체별산학협력단인력현황 14 < 표 5-2> 담당업무별산학협력단인력현황 15 < 표 6-1> 2008~2010 산학협력단회계자금수입내역 15 < 표 6-2> 2008~2010 산학협력단회계자금지출내역 15 < 표 7> 산학협력단운영계산서 16 < 표 8-1> 산학협력단 2008년대차내역 17 < 표 8-2> 산학협력단 2009년대차내역 17 < 표 8-3> 산학협력단 2010년대차내역 18 < 표 9-1> 법인세법상대학과산학협력단비교 19 < 표 9-2> 부가가치세법상대학과산학협력단비교 20 < 표 9-3> 상속세및증여세 지방세 소득세법상대학과산학협력단비교 21 < 표 10> 산학협력단법인세요약 22 < 표 11> 자산, 부채및자본의구분경리 32 < 표 12> 손익의구분경리 32 < 표 13> 고유목적사업준비금설정대상소득 35 < 표 14> 산학협력단부가가치세요약 44 < 표 15> 산학협력단상속세및증여세요약 73 < 표 16> 공익법인의주식취득및보유시상속세및증여세과세구분 106 < 표 17> 상속세및증여세법상공익법인의제출서류 121 < 표 18> 산학협력단지방세요약 122 < 표 19> 지방세의분류 122 < 표 20> 지방세개정내역 xiv -

15 < 표 21> 산학협력단소득세요약 135 < 표 22> 교수의연구용역소득에대한소득세법상소득구분 136 < 표 23> 산학협력단관련법인세쟁점사항 149 < 표 24> 법인세법시행령제87조 ( 특수관계인의범위 ) 개정 155 < 표 25-1> 출연형태에따른분류 : 국고 / 민간경상 / 지자체보조금 158 < 표25-2> 출연형태에따른분류 : 국가연구개발사업 158 < 표 25-3> 출연형태에따른분류 : 정부기관 / 지자체의공공사업 159 < 표 25-4> 출연형태에따른분류 : 정부기관 / 민간연구용역 159 < 표 25-5> 출연형태에따른분류 : 민간기관 / 개인 160 < 표 26-1> 지원목적에따른구분 160 < 표 26-2> 지원형태에따른구분 160 < 표 27> 법인세법시행령제56조개정 167 < 표 28> 법인세법제29조개정 171 < 표 29> 조세특례제한법제74조개정 172 < 표 30> 조세특례제한법제9조및동법시행령별표6 개정 175 < 표 31> 일몰시한이 12년말인주요 R&D 조세지원제도 178 < 표 32> 조세특례제한법제12조개정 181 < 표 33> 산학협력단관련부가가치세쟁점사항 183 < 표 34> 부가가치세법시행령제37조개정안 197 < 표 35> 산학협력단관련상속세및증여세쟁점사항 203 < 표 36> 산학협력단관련지방세쟁점사항 206 < 표 37> 기술지주회사벤처유형확인요건 212 < 표 38> 산학협력단관련소득세쟁점사항 216 < 표 39> 기술지주회사관련쟁점사항 xv -

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17 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 제1장산학협력단제도의개요및현황제2장산학협력단법인세일반제3장산학협력단부가가치세일반제4장산학협력단상속세및증여세일반제5장산학협력단지방세일반제6장산학협력단소득세일반

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19 제 1 장산학협력단제도의개요및현황 Ⅰ. 산학협력단제도의개요 1. 산학협력단제도의의의및설립배경가. 산학협력단제도의의의와필요성 산학연협력 이란산업교육기관과국가, 지방자치단체, 연구기관및산업체등이상호협력하여산업체의수요와미래의산업발전에따르는인력을양성하고, 새로운지식 기술의창출및확산을위한연구 개발 사업화를하여산업체등으로의기술이전과산업자문및인력, 시설 장비, 연구개발정보등유형 무형의보유자원에대한공동활용등의활동을하는것을말함 ( 산업교육진흥및산학연협력촉진에관한법률제2조제6호 ). 위와같은산학협력을활성화시키고대학의산학협력에대한기반을제도적으로마련하기위하여 산업교육진흥및산학연협력촉진에관한법률 ( 이하 산촉법 ) 을제정하고, 동법에근거하여대학의산학협력을총괄조정하고지원하는전담조직으로서산학협력단을설립함. 오늘날대부분의핵심원천기술은조직화된집단에의해개발됨. 산업이고도화되고 이를뒷받침해주는기술이고도로복잡 다양해짐에따라새로운기술의개발은대규모 연구시설과인력, 막대한연구비의지원없이는불가능함. 산학협력단은기업체 연구집단 대학등이과학기술발전에서로협력하는모델로서 기능함. 나. 산학협력단의설립배경 - 산학협력단은대학에대한지원이개별적으로진행되면서발생하는중복을통 합적으로조정하기위해기존의연구처를확대개편한조직으로서설립됨. 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 3

20 - 대학은법인격이없어자기책임하에산학협력계약을체결하거나자기명의로지적재산권을취득할수없는문제를해소하기위해독립된법인격을갖춘조직이필요함. - 대학의복잡한회계체계에서연구및산학협력활동관련회계를운영하도록하고보다투명한회계체계를갖추기위한목적도있음. 2. 산학협력단의법적지위및역할가. 산학협력단의법적지위와현행세제상문제점 1) 산학협력단의법적지위대학은학교규칙으로정하는바에따라대학에산학연협력에관한업무를관장하는조직으로서산학협력단을둘수있고, 산학협력단은법인으로함 ( 산촉법제25조제1항, 제2항 ). 대학의장은산학협력단설립시다음의사항이포함된정관을작성함 ( 산촉법제26 조 ). 가 ) 목적나 ) 명칭다 ) 주된사무소의소재지라 ) 업무와그집행에관한사항마 ) 재산과회계에관한사항바 ) 하부조직의설치에관한사항사 ) 단장, 연구원및직원의임면에관한사항아 ) 단장의직무대행에관한사항자 ) 정관의변경에관한사항차 ) 해산에관한사항카 ) 공고의방법에관한사항 4 산학협력단세제개선방안연구보고서

21 산학협력단의단장은대학의장이임면하도록규정함 ( 산촉법제 28 조제 4 항 ). 산학협력단장은대학의장을대신하여국가, 지방자치단체, 정부출연기관, 산업체등 과산학연협력에관한계약을체결할수있고, 이경우산학협력단의단장은대학의장 의산학연협력계약에관한권한을위임받은것으로봄 ( 산촉법제 24 조제 2 항 ). 산학협력단은민법상의일반적법인과는달리주무관청의허가없이주된사무소소재지에등기함으로써성립하는특수법인이나, 학교의장의지도 감독을받는학교산하대학기구로서의역할도여전히담당하는이중적지위를가진다고보는것이대체적인견해임. 2) 산학협력단의이중적지위로인한세제상문제점산학협력단은본래대학이수행해오던산학협력활동을효율적으로운영 관리하기위해대학내에독립법인으로분리하여설립한것에불과하므로학교의고유목적인교육과연구활동이산학협력단의고유한사업목적이됨. 따라서특별한경우를제외하고는기본적으로영리성이없으며, 상속세및증여세법 시행령제 12 조에서도산학협력단을공익법인으로규정하고있음. 그러나현행세법에서는산학협력단의지위를명확히파악하지못해산학협력단이학교법인에비해세제상불합리한대우를받거나같은산학협력단이라하더라도국공립과사립여부에따라세무상차별적인대우를받는문제점이있음 ( 아래 대학과산학협력단관련세목별과세현황 참조 ). 나. 산학협력단의업무산촉법제27조및동법시행령제20조는산학협력단의업무를다음과같이명시하고있음. 1) 산학연협력계약의체결및이행 2) 산학연협력사업과관련한회계의관리 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 5

22 3) 지식재산권의취득및관리에관한업무 4) 대학의시설및운영의지원 5) 기술의이전과사업화촉진에관한업무 6) 직무발명과관련된기술을제공하는자및이와관련된연구를수행하는자에대한보상 7) 그밖에산학연협력과관련한사항으로서대통령령으로서정하는사항 - 대학내산학연협력총괄기획 조정 - 산업교원과학생의교내창업지원 - 산학연협력을통한학생의취업지원 - 해당대학안에설치 운영중인 중소기업창업지원법 제2조제7호에따른창업보육센터 ( 이하 창업보육센터 ) 와이에입주한기업등에대한지원 - 해당대학안에설치된 벤처기업육성에관한특별조치법 제2조제5항에따른실험실공장 ( 이하 실험실공장 ) 에대한지원 - 산학연협력수요및활동에대한정보의수집 제공및홍보 - 산학연협력사업관련업무담당자에대한교육 훈련 - 산학연협력과관련하여해당대학의소속교직원이소유하거나소속교직원과그외의자가공동으로소유하는지식재산권의수탁관리 - 해당대학과법제37조제1 항에따른협력연구소 ( 이하 협력연구소 ) 간의상호협력활동지원 - 산업기술단지지원에관한특례법 제2조제1호에따른산업기술단지 ( 이하 산업기술단지 ) 안에해당대학의전부또는일부가포함되어있는경우산업기술단지안에포함된대학의교지 ( 校地 ) 안에입주한기업과연구소등에대한지원 - 그밖에해당대학의교지안에설치 운영되는기업과연구소등에대한지원 6 산학협력단세제개선방안연구보고서

23 3. 산학협력단의수입과지출 산학협력단의수입과지출항목에대하여는산촉법제 31 조및제 32 조, 동법시행령 제 21 조및제 23 에서열거하고있음. < 표 1> 산학협력단의수입과지출 산학협력단의수입 1 국가나지방자치단체로부터의출연금및보조금 2 산학연협력계약에따른수입금, 유가증권, 그밖에재산적가치가있는물건 3 산학연협력성과에따른수익금, 유가증권, 그밖에재산적가치가있는물건 4 산학연협력에관하여접수한기부금품 5 국 공립대학또는산학협력단이설치한학교기업으로부터의운영수입금 6 기술지주회사로부터의배당및그밖의수익금 7 그밖에이자수입, 다른대학이나산업체등이활용하여지급하는해당산학협력단소유의연구시설및장비와실험 실습시설및장비의사용료 산학협력단의지출 1 산학협력단의관리 운영비 2 산학연협력계약의이행에필요한경비 3 대학의시설 운영지원비 4 산학협력단수입의 2~7 까지의재원수입에기여한교직원및학생에대한보상금 5 국 공립대학또는산학협력단이설치한학교기업의운영비 6 기술지주회사에대한출자 7 협의회등의사업비및운영지원비 8 그밖에산학연협력과관련되어필요하다고인정되는다음의업무를수행하는데에드는경비 - 지식재산권의취득과관리에관한업무 - 기술의이전과사업화촉진에관한업무 4. 산학협력단의해산 산학협력단이해산하는경우남은재산은해당학교의설립 경영자에게귀속. 이경 우학교법인에귀속하는남은재산은 사립학교법 제 29 조제 2 항에따른교비회계에편 입됨 ( 산촉법제 25 조제 2 항 ). 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 7

24 Ⅱ. 산학협력기술지주회사의개요 1. 산학협력기술지주회사의개념과도입배경가. 산학협력기술지주회사의의의 산학협력단또는연구기관이보유하고있는기술의사업화를목적으로다른회사의주식의소유를통하여그회사를지배하는회사를말함 ( 산촉법제2조제8호 ). 나. 도입배경 1) 연구계약과기술이전등을담당하는산학협력단제도의취지상학교기업의운영등을통한초기단계 Pilot Company 형태의기술사업화역할은가능하나, 적극적수익창출을목표로주식회사지분등을소유하기에는한계존재 2) 기존산학협력단의기술사업화한계점을극복하고기술사업화의전담기구로서주식회사형태의기술지주회사제도화추진 - 산학협력단에서출자하는산학협력기술지주회사를제도화함으로써대학연구의성과에대한사업화의선순환구조 ( 연구개발 기술이전 기술사업화 수익금환류 ) 창출 3) 기술지주회사설립을통한대학의직접사업운영에따른위험요인부담경감 - 대학이직접기업경영시발생할수있는기업채무에대한연대책임, 생산물의결함으로인한제조물책임법상의제조자책임등의문제를해결하면서기업활동을통한수익을비교적융통성있게확보가능 2. 설립주체및인가요건 가. 설립주체 : 산학협력단단독또는공동 ( 산촉법제 36 조의 2 제 1 항 ) 나. 인가요건 1) 주식회사일것 8 산학협력단세제개선방안연구보고서

25 2) 임원이국가공무원법제33조제1항각호에따른결격사유에해당하지아니할것 3) 산학협력단이자본금의 100분의 30을초과하여기술을현물출자하고, 발행주식총수의 100분의 50을초과하여보유할것 4) 그밖에대통령령으로정하는기준을갖출것 - 상근전문인력이 1명이상일것 - 전용공간을갖출것 3. 업무범위 기술지주회사는자회사의설립 경영관리및이에딸린업무와기술지주회사운영을위한다음의업무를함. 1) 자회사에대한기술및경영자문업무 2) 자회사의기업공개를지원하는업무 3) 자회사와다른회사간의합병, 자회사주식의전부또는일부매각, 자회사영업의전부또는일부양도, 자회사의분할등에관한업무 4) 자회사의재원조달을지원하는업무 5) 기술지주회사가보유한기술의자회사에대한이전 사업화및자회사가보유한기술의이전 사업화촉진에관한업무 6) 자회사의홍보, 교육 훈련, 마케팅에관한업무 7) 창업보육센터, 실험실공장, 법제37조제1항에따른협력연구소, 산업기술단지또는교지안에설치 운영되는기업및연구소와의상호협력업무 8) 기술지주회사가보유한기술을산업체로이전하는업무 9) 기술지주회사가보유하거나자회사에출자한기술의사업화를위한투자조합조성업무 10) 해당산업교육기관또는연구기관이보유한기술을산업체등으로이전하고사업화를중개하는업무 11) 해당산업교육기관과자회사외의다른산업교육기관및다른회사에대한기술 경영지원및교육 훈련지원업무 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 9

26 4. 주요내용가. 자회사의설립 1) 기술지주회사는자회사의의결권있는주식의 100분의 20 이상보유해야함. 2) 자회사의자기주식취득및기술지주회사의주식취득금지의무가있음. 나. 이익배당의사용제한 산학협력단이기술지주회사로부터받은배당이나그밖에수익금은산촉법제 27 조의 산학협력단고유업무와대학의연구활동에사용하여야함. 다. 교직원의겸직및휴직 대학의교직원및연구기관의직원은기술지주회사및자회사의대표자또는임직원 을겸직하거나대표자또는임직원이되기위하여휴직가능 라. 기술지주회사에대한시정명령 1) 설립인가요건을갖추지못하게된경우 2) 기술지주회사의고유업무이외의다른업무를한경우 3) 이익배당의사용제한을위반한경우 마. 기술지주회사에대한인가취소 1) 거짓이나그밖의부정한방법으로인가를받은경우 2) 시정명령을따르지아니한경우 10 산학협력단세제개선방안연구보고서

27 Ⅲ. 학교기업 1. 학교기업의의의및지원취지 산학협력단은학생과교원의현장실습교육과연구에활용하고, 산업교육기관에서개발된기술을민간부문에이전하여사업화를촉진하기위하여특정학과또는교육과정과연계하여직접물품의제조 가공 수선 판매, 용역의제공등을하는부서를둘수있는데 ( 산촉법제36조제1항 ), 이를학교기업이라함. 학교기업지원사업의취지는학생에게생산활동을통해타인에게상품 서비스를제공해주는경험을하게하여새로운학습효과를부여한다는의미와함께지식과이론위주의우리나라교육풍토에서직업생활과밀접한지식과이론을적용할기회를부여하고자함임. 2. 학교기업추진경과 < 표 2> 학교기업추진경과 구분 경과내용 산업교육및산학연협력촉진에관한법률및시행령 시행 학교기업의설치 운영에관한규정 ( 대통령령 ) 제정 학교기업회계처리규칙 ( 교육인적자원부고시 ) 제정 ~ 제1기학교기업지원사업추진 (50개기관 ) ~ 제2기학교기업지원사업추진 (50개기관 ) 학교기업지원사업전담기관변경 ( 한국직업능력개발원 한국산업기술재단 ) 년도학교기업협약체결및사업비지급 (48개기관 ) ~ 년도학교기업지원사업추진 (66개기관 ) 학교기업지원사업관리운영지침 개정 ~ 년도학교기업지원사업추진 (68개기관 ) 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 11

28 3. 학교기업의설치요건가. 학교기업설치 운영계획의수립 학교기업을설치하려는사업교육기관의장은다음의사항을포함한학교기업설치 운영계획을수립하여야함. 1) 학교기업의소재지 2) 사업종목, 관련학부 학과또는교육과정 3) 담당직원현황 4) 재정투자계획 5) 시설 설비및기자재운용방법 나. 학교기업의사업자등록학교기업을설치 운영하는경우에는학교기업의소재지를관할하는세무서장에게산업교육기관의장의명의로 부가가치세법 에서정하는바에따라사업자등록을해야함. 4. 학교기업의사업종목 산업교육기관이학교기업으로설치 운영할수있는사업종목은다음의종목을제외 한사업종목으로함. 이경우사업종목은해당산업교육기관에설치 운영되고있는특 정학부 학과또는교육과정의교육 연구활동과연계성을가져야함. < 표 3> 학교기업의사업종목으로금지되는업종 (19 개 ) 표준산업분류 업종분류 학교기업금지업종 ( 세세분류기준 ) 업종수 ( 개 ) 52 소매업 담배소매업 노점및유사이동판매업 2 개 여관업 55 숙박및 음식업종 일반유흥주점업 무도유흥주점업 4 개 간이부동산공급업 12 산학협력단세제개선방안연구보고서

29 70 부동산업 기타부동산임대업 주거용건물공급업 비주거용건물공급업 기타부동산공급업 4 개 경마및경주장운영업 88 오락, 문화및운동관련서비스업 전자게임장운영업 컴퓨터게임방운영업 노래방운영업 무도장운영업 6 개 도박장운영업 93 기타서비스 욕탕업 마사지업 점술업 3 개 5. 주요내용 가. 회계처리 학교기업의수입은사립학교의경우교비회계의수입으로, 국 공립대학의경우산학 협력단회계의수입으로하고있으며, 학교기업별로구분하여회계처리하도록함. 나. 지원조직 산업교육기관은그산업교육기관또는산학협력단에학교기업을지원하는조직을둘 수있으며, 지원조직에는연구원과직원을둘수있음. 다. 현장실습산업체선정및현장실습학점의인정학교기업을학생및교원의현장실습교육과연구에우선적으로활용하도록하는한편, 학교기업을직업교육훈련촉진법에의한현장실습산업체로선정할수있도록하고, 학교기업에서현장실습을학점으로인정. 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 13

30 Ⅳ. 산학협력단의설립및운영현황 1. 산학협력단설치현황 2003년이후 434개대학에서 344개대학이산학협력단이설치, 운영중에있음. 그중에서비중이높은일반대학은 183개대학중 160개대학, 전문대학은 147개중 146개대학이산학협력단을설치한것으로나타남. < 표 4> 대학별산학협력단설치현황 ( 기준 ) 구분 학교수산학협력단설치학교수비율 (%) 국립공립사립합계국립공립사립합계 합계 전문대학 교육대학 대학 방송통신대학 산업대학 기술대학 1 1 각종학교 사이버대학 원격대학 2 2 사내대학 2 2 전공대학 3 3 기능대학 대학원대학 산학협력단의인력현황가. 산학협력단의인력현황 1) 임용주체별 ( 소속별 ) 분류 < 표 5-1> 임용주체별산학협력단인력현황 구분 겸직교원 대학소속직원 산학협력단자체임용직원 합계 인원 1,135(22.2%) 1,472(28.6%) 2,526(49.2%) 5,133(100%) 14 산학협력단세제개선방안연구보고서

31 2) 담당업무별분류 < 표 5-2> 담당업무별산학협력단인력현황 구분연구기획연구관리산학연계기술이전 사업화 창업보육기타합계 인원 (13.1%) 1,251.4 (31.3%) 595 (14.9%) 262 (6.6%) 341 (8.5%) 1,024 (25.6%) 3,998 (100%) * 임용주체별인력현황에서겸직교원인원은제외 3. 산학협력단의회계운영내역가. 산학협력단의자금수입및지출현황 산학협력단의운영수입이점차증가함에따라자금수입및기말의자금이증가하는추세에있음. < 표 6-1> 2008~2010 산학협력단회계자금수입내역 ( 단위 : 천원 ) 구분 연도 자금수입총계 운영수입 자산부채수입 기초의자금 ,713,273,774 3,555,628, ,011,032 1,196,633,949 대학 ,599,179,553 4,246,688, ,300,729 1,756,190, ,381,060,470 4,659,761, ,235,566 1,887,063, ,725, ,639,236 43,839,031 85,247,319 전문 ,304, ,537,714 62,707,853 91,058, ,414, ,781,938 54,800,115 86,832,102 < 표 6-2> 2008~2010 산학협력단회계자금지출내역 ( 단위 : 천원 ) 구분연도자금지출총계운영지출자산부채지출기말의자금 대학 전문 ,713,273,774 3,270,028, ,895,406 1,729,350, ,599,179,553 3,940,078, ,748,333 1,907,352, ,381,060,470 4,356,120,653 1,004,610,116 2,020,329, ,725, ,380, ,467,356 94,878, ,304, ,297, ,463,424 89,542, ,414, ,821, ,872,152 83,720,282 * 위내역상기초자금과기말자금의불일치는각대학의자금현황파악오류에기인함 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 15

32 나. 연도별산학협력단재무제표내역 1) 2008~2010 산학협력단운영계산서최근 3년간산학협력수익은다소변동하는추세에있으나, 국가에서지원하는지원금수익은지속적으로증가하는것으로나타남. < 표 7> 산학협력단운영계산서 ( 단위 : 천원 ) 구분 항목 산학협력수익 1,051,636,593 1,230,984,971 1,005,997,944 지원금수익 2,359,041,051 2,911,787,520 3,570,114,047 전입및기부수익 110,470,818 99,614,147 49,398,776 운영외수익 92,475, ,413, ,016,598 운영수익총계 3,613,624,248 4,348,800,549 4,727,527,365 대학 산학협력비 934,479,272 1,029,388, ,578,198 지원금사업비 2,068,782,258 2,535,885,780 3,009,274,038 일반관리비 408,863, ,779, ,782,975 운영외비용 57,277,438 54,992,525 58,610,129 당기운영차손익 144,222, ,754, ,282,025 운영비용총계 3,613,624,248 4,348,800,549 4,727,527,365 산학협력수익 60,514,115 68,656,469 64,319,086 지원금수익 352,777, ,215, ,065,444 전입및기부수익 5,290,023 5,569,209 9,665,976 운영외수익 9,944,209 9,153,884 6,757,251 운영수익총계 428,525, ,595, ,807,757 전문 산학협력비 46,805,100 53,161,935 52,262,273 지원금사업비 222,717, ,278, ,076,003 일반관리비 109,774, ,307, ,730,903 운영외비용 9,686,923 11,951,887 7,830,615 당기운영차손익 39,541,771-10,104,843-92,037 운영비용총계 428,525, ,595, ,807,757 2) 2008~2010 산학협력단회계재무상태표 2008 년에서 2010 년까지전체대학산학협력단의차기이월운영차익과고유목적사업준 비금은점차증가하는추세를보이고있음. 16 산학협력단세제개선방안연구보고서

33 < 표 8-1> 산학협력단 2008 년대차내역 ( 단위 : 천원 ) 구분 자산 부채및자본 유동자산 1,793,877,311 유동부채 1,416,138,530 비유동자산 517,166,028 비유동부채 10,323,499 부채총계 1,426,462,029 출연기본금 27,444,337 대학 적립금 59,168,076 차기이월운영차손익 676,400,324 고유목적사업준비금 121,568,573 기본금총계 884,581,310 자산총계 2,311,043,339 부채와기본금총계 2,311,043,339 유동자산 97,533,338 유동부채 55,225,145 비유동자산 319,856,070 비유동부채 8,160,123 부채총계 63,385,268 출연기본금 4,134,350 전문 적립금 833,880 차기이월운영손익 339,976,790 고유목적사업준비금 2,059,120 기본금총계 354,004,140 자산총계 417,389,408 부채와기본금총계 417,389,408 < 표 8-2> 산학협력단 2009 년대차내역 ( 단위 : 천원 ) 구분자산부채및자본 대학 전문 유동자산 1,954,946,831 유동부채 1,493,628,969 비유동자산 529,051,007 비유동부채 13,610,751 부채총계 1,507,239,720 출연기본금 8,372,974 적립금 57,281,065 차기이월운영차손익 796,080,111 고유목적사업준비금 115,023,968 기본금총계 976,758,118 자산총계 2,483,997,838 부채와기본금총계 2,483,997,838 유동자산 86,310,087 유동부채 49,010,836 비유동자산 294,449,714 비유동부채 8,588,617 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 17

34 부채총계 57,599,453 출연기본금 4,344,393 적립금 1,063,148 차기이월운영손익 313,242,793 고유목적사업준비금 13,309,090 기본금총계 331,959,424 자산총계 380,759,801 부채와기본금총계 389,558,877 < 표 8-3> 산학협력단 2010 년대차내역 ( 단위 : 천원 ) 구분 자산 부채및자본 유동자산 2,117,466,732 유동부채 1,555,758,490 비유동자산 585,251,990 비유동부채 10,703,757 부채총계 1,566,462,247 출연기본금 8,811,907 대학 전문 적립금 58,083,600 차기이월운영차손익 944,324,045 고유목적사업준비금 125,036,923 기본금총계 1,136,256,475 자산총계 2,702,718,722 부채와기본금총계 2,702,718,722 유동자산 86,310,087 유동부채 49,458,365 비유동자산 294,449,714 비유동부채 5,435,153 부채총계 5,4893,518 출연기본금 4,688,011 적립금 1,147,348 차기이월운영손익 305,676,358 고유목적사업준비금 14,354,566 기본금총계 325,866,283 자산총계 380,759,801 부채와기본금총계 380,759, 산학협력단세제개선방안연구보고서

35 Ⅴ. 대학과산학협력단세목별과세현황비교 < 표 9-1> 법인세법상대학과산학협력단비교 관련법령대학교산학협력단개선안 법인세법제 3 조및 동법시행령제 2 조 교육서비스업이비수익사 업으로열거 언급없음 산학협력단이제공하 는교육용역을비수 익사업에추가 법인세법제 24 조법정기부금단체법정기부금단체 법인세법제 63 조중간예납대상법인에서제외 중간예납대상법인 에서제외 법인세법제55조의2 및동법시행령제92조의11 출연받은토지의경우비사업용토지로보지아니함 언급없음 산학협력단이출연받은토지에대해서도비사업용토지로보지아니하는규정추가 조세특례제한법제74조 수익사업 100% 고유목적사업준비금설정대상법인 수익사업 100% 고유 목적사업준비금설 정대상법인 조세특례제한법제104조의16 수익용기본재산매각후 1 년이내수익용기본재산취득시양도차익과세이연 언급없음 고유목적사업준비금 100% 설정으로실익없음 조세특례제한법제104조의16 학교가 50% 이상출자한법인이학교에출연시손금인정 언급없음 산학협력단추가 학교가산촉법에따라내 국인과계약으로교육과정 조세특례제한법제104조의18 을설치 운영하는경우해당내국인이운영비지출 언급없음 산학협력단추가 시연구및인력개발비세 액공제적용 내국인이학교에연구및 조세특례제한법제104조의18 인력개발시설기부시연구및인력개발설비투자 언급없음 산학협력단추가 세액공제적용 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 19

36 < 표 9-2> 부가가치세법상대학과산학협력단비교 관련법령대학교산학협력단비고 부가가치세법제12 조제1항제6호부가가치세법시행령제30조 부가가치세법시행령제30조에해당하여학교가제공하는교육용역면세 부가가치세시행령제 30조에해당하지아니하여산학협력단이제공하는교육용역과세 산학협력단은주무관청의허가또는인가를받거나주무관청에등록또는신고된단체가아님 * 학술연구기술연구 란새로운학술또는 부가가치세법제12 조제1항제17호부가가치세법시행령제37조제1의2호 대학교는학술연구또는기술연구 * 와관련하여공급하는재화및용역면세 산학협력단이제공하는연구용역 ** 의경우 2013 년 12월 31일까지제공하는경우면세 기술을개발하기위하여행하는새로운이론 방법 공법또는공식등에관한연구용역을말함 ** 연구용역에대한별 도의정의없음 부가가치세법시행령 제 41 조제 1 호적용 : 부가가치세법제12 조제2항제3호부가가치세법시행령제41조 진열하는표본및참고품 교육용의촬영된필름 슬라이드 레코드 테이프기타이와유사한매개체와 부가가치세법시행령제41조제2호적용 : 과학기술의연구개발에제공하기위하여수입하는물품 이러한시설에서사용 되는물품 20 산학협력단세제개선방안연구보고서

37 < 표 9-3> 상속세및증여세 지방세 소득세법상대학과산학협력단비교 < 상속세및증여세 > 세목대학교산학협력단관련법령 기업발행주식의 5% 초과보유분 면세여부 과세과세상증령제 42 조 공익법인포함여부포함포함상증령제 12 조 < 지방세 > 취득세 ( 목적사업 ) 비과세비과세 ( 부동산한정 ) 재산세 ( 목적사업 ) 비과세비과세 ( 부동산한정 ) 주민세 ( 목적사업, 재산분 ) 비과세비과세 지방소득세 ( 목적사업, 종업원분 ) 비과세비과세 지방세특례제한법 제 41 조및제 42 조 지역자원시설세 ( 목적사업 ) 비과세비과세 < 소득세 > 비과세되는기타소득의범위에대한대상기관포함여부 포함 ( 교원 ) 비포함 ( 연구원 ) 소득령제 18 조 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 21

38 제 2 장산학협력단법인세일반 < 표 10> 산학협력단법인세요약 소주제관련법령관련유권해석 법인세법상비영리법인의개념법인세법상산학협력단의지위와관련된규정산학협력단과세소득의범위수익사업과고유목적사업의구분경리고유목적사업준비금손금산입 법인세법제1조법인세법제29조조세특례제한법제74조법인세법제24조법인세법제3조법인세법제113조법인세법시행규칙제76조법인세법제29조법인세법제61조법인세법시행령제56조법인세법시행령제98조 법인세과-787, 법인세법기본통칙 법인세과-1378, 재법인-635, 서면2팀-862, 재법인-30, 재법인 , 서이 , 서이 , 법인 , 법인 , 재법인-667, 서면2팀-713, 법인세법기본통칙 법인세법기본통칙 법인세법기본통칙 법인세법기본통칙 법인세법기본통칙 국심2005부4085, 서면2팀-867, 법인세법기본통칙 법인세법기본통칙 법인세법기본통칙 법인 , 법인세과-24, 산학협력단세제개선방안연구보고서

39 서면2팀-341, 서면2팀-1370, 서면2팀-786, 재법인 , 서면2팀-1347, 서면2팀-1115, 서이 , 재법인 , 서면2팀 법인 , 서이 , 서면2팀-592, 법인 , 토지등양도소득에대한법인세 법인세법제 55 조의 2 법인세법시행령제 92 조의 11 Ⅰ. 산학협력단의법인세법상지위 1. 법인세법상비영리법인의개념 법인세법상비영리내국법인의정의는아래와같음. 관련법령 법인세법제1조 정의 이법에서사용하는용어의뜻은다음과같다. 2. " 비영리내국법인 " 이란내국법인중다음각목의어느하나에해당하는법인을말한다. 가. 민법 제32 조에따라설립된법인나. 사립학교법 이나그밖의특별법에따라설립된법인으로서 민법 제32조에규정된목적과유사한목적을가진법인 ( 대통령령으로정하는조합법인등이아닌법인으로서그주주 ( 株主 ) 사원또는출자자 ( 出資者 ) 에게이익을배당할수있는법인은제외한다 ) 다. 국세기본법 제13 조제4항에따른법인으로보는단체 ( 이하 " 법인으로보는단체 " 라한다 ) 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 23

40 상기법인세법상비영리내국법인에해당하면법인세법제 29 조에의거고유목적사업 준비금을손금으로계상할수있음. 관련법령 법인세법제29조 고유목적사업준비금의손금산입 1 비영리내국법인 ( 법인으로보는단체의경우에는대통령령으로정하는단체만해당한다 ) 이각사업연도에그법인의고유목적사업이나지정기부금 ( 이하이조에서 " 고유목적사업등 " 이라한다 ) 에지출하기위하여고유목적사업준비금을손금으로계상한경우에는다음각호의금액을합한금액의범위에서그사업연도의소득금액을계산할때이를손금에산입한다. 1. 소득세법 제16조제1항각호 ( 같은항제11 호에따른비영업대금의이익은제외한다 ) 에따른이자소득의금액 2. 소득세법 제17조제1항각호에따른배당소득의금액. 다만, 상속세및증여세법 제16조또는같은법제48조에따라상속세과세가액또는증여세과세가액에산입되거나증여세가부과되는주식등으로부터발생한배당소득금액은제외한다. 3. 특별법에따라설립된비영리내국법인이해당법률에따른복지사업으로서그회원이나조합원에게대출한융자금에서발생한이자금액 4. 제1호부터제3호까지에규정된것외의수익사업에서발생한소득에 100분의 50( 공익법인의설립 운영에관한법률 에따라설립된법인으로서고유목적사업등에대한지출액중 100분의 50 이상의금액을장학금으로지출하는법인의경우에는 100분의 80) 을곱하여산출한금액 2. 법인세법상산학협력단의지위와관련된규정 비영리내국법인의정의를규정한법인세법제1조와비영리내국법인의고유목적사업준비금설정을규정한동법제29조에서산학협력단을직접적으로언급하고있지않지만고유목적사업준비금의손금산입특례를규정한조세특례제한법제74조에서는특례대상법인의하나로산촉법에따른산학협력단을열거하고있음. 관련법령 조세특례제한법제74조 고유목적사업준비금의손금산입특례 1 다음각호의어느하나에해당하는법인에대해서는 2012 년 12월 31일이전에끝나는사업연도까지 법인세법 제29 조를적용하는경우같은조제1항제 4호에도불구하고해당법인의수익사업 ( 이항제4호및제5호의경우에는해당사업과해당사업시설에서그시설을이용하는자를대상으로하는수익사업만해당한다 ) 에서발생한소득을고유목적사업준비금으로손금에산입할수있다. 24 산학협력단세제개선방안연구보고서

41 1. 다음각목의어느하나에해당하는법인 가. 사립학교법 에따른학교법인 나. 산업교육진흥및산학연협력촉진에관한법률 에따른산학협력단 상기조문들을종합해보면, 법인세법제1조제2호나목에서 사립학교법 이나그밖의특별법에따라설립된법인으로 민법 제32조에규정된목적과유사한목적을가진법인을 비영리내국법인 의하나로규정하고있음. 민법 제32조는학술, 종교, 자선, 기예, 사교기타영리아닌사업을목적으로하는사단또는재단의법인설립허가와관련된조문임. 산학협력단의설립목적은 산업교육을진흥하고산학연협력 ( 産學硏協力 ) 을촉진하여교육과연구의연계를기반으로산업사회의요구에따르는창의적인산업인력을양성하며, 효율적인연구개발체제를구축하고, 나아가산업발전에필요한새로운지식 기술을개발 보급 확산 사업화함으로써지역사회와국가의발전에이바지 하는데있으며 ( 산촉법제1조 ), 산학협력단이해산하는경우잔여재산은당해학교의설립 경영자에게귀속되고, 이경우학교법인에귀속하는잔여재산은사립학교법제29조제2항에따른교비회계에편입한다고규정하고있음. 따라서산학협력단은영리법인과달리지분에의하여이익의배당또는잉여금을분배하지아니하는법인으로법인세법상비영리법인에해당함. 이러한점을반영하여조세특례제한법제74조에서고유목적사업준비금설정특례법인의하나로산학협력단을열거하고있으며, 법인세법제24조에서산학협력단의시설비 교육비 장학금또는연구비로지출하는금액은법정기부금으로서사립학교법에따른사립학교와동일한특혜를주고있음. 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 25

42 관련법령 법인세법제24조 기부금의손금불산입 2 제1항과제29조는다음각호의기부금 ( 이하 " 법정기부금 " 이라한다 ) 에대하여는적용하지아니한다. 다만, 법정기부금을합한금액이해당사업연도의소득금액에서제13조제1호의결손금을뺀후의금액에 100분의 50을곱하여산출한금액 ( 이하이조에서 " 법정기부금의손금산입한도액 " 이라한다 ) 을초과하는경우그초과하는금액은그사업연도의소득금액을계산할때손금에산입하지아니한다. 1. 국가나지방자치단체에무상으로기증하는금품의가액. 다만, 기부금품의모집및사용에관한법률 의적용을받는기부금품은같은법제5조제2항에따라접수하는것만해당한다. 2. 국방헌금과국군장병위문금품의가액 3. 천재지변으로생기는이재민을위한구호금품의가액 4. 다음각목의기관 ( 병원은제외한다 ) 에시설비 교육비 장학금또는연구비로지출하는기부금가. 사립학교법 에따른사립학교나. 비영리교육재단 ( 국립 공립 사립학교의시설비, 교육비, 장학금또는연구비지급을목적으로설립된비영리재단법인으로한정한다 ) 다. 근로자직업능력개발법 에따른기능대학라. 평생교육법 에따른원격대학형태의평생교육시설마. 경제자유구역및제주국제자유도시의외국교육기관설립 운영에관한특별법 에따라설립된외국교육기관바. 산업교육진흥및산학연협력촉진에관한법률 에따른산학협력단 Ⅱ. 법인세신고및납부 1. 산학협력단과세소득의범위 산학협력단은다음각호의소득에대해법인세납부의무가있음 ( 법인세법제 3 조 ). 가. 각사업연도의소득 나. 제 55 조의 2 및제 95 조의 2 에따른토지등양도소득 산학협력단의각사업연도의소득은다음각호의사업또는수익 ( 이하 수익사업 ) 에 서생기는소득으로함 ( 법인세법제 3 조제 3 항및동법시행령제 2 조 ). 26 산학협력단세제개선방안연구보고서

43 1. 제조업, 건설업, 도매업 소매업, 소비자용품수리업, 부동산 임대및사업서비스업등통계청장이고시하는한국표준산업분류 ( 이하 " 한국표준산업분류 " 라한다 ) 에의한각사업중수익이발생하는것을말한다. 다만, 다음의사업을제외한다. 사업서비스업중연구및개발업 ( 계약등에의하여그대가를받고연구및개발용역을제공하는사업을제외한다 ) 교육서비스업중 유아교육법 에따른유치원 초 중등교육법 및 고등교육법 에의한학교와 평생교육법 제31 조제4항에따른전공대학형태의평생교육시설및같은법제33조제 3항에따른원격대학형태의평생교육시설을경영하는사업 2. 소득세법 제16조제1항에따른이자소득 3. 소득세법 제17조제1항에따른배당소득 4. 주식 신주인수권 ( 新株引受權 ) 또는출자지분 ( 出資持分 ) 의양도로인하여생기는수입 5. 고정자산의처분으로인하여생기는수입 고정자산의처분일현재 3년이상계속하여법령또는정관에규정된고유목적사업 ( 제1호에따른수익사업은제외한다 ) 에직접사용한것은제외. 이경우해당고정자산의유지 관리등을위한관람료 입장료수입등부수수익이있는경우에도이를고유목적사업에직접사용한고정자산으로본다. 6. 소득세법 제94조제1항제2호및제4호에따른자산의양도로인하여생기는수입 부동산을취득할수있는권리 ( 건물이완성되는때에그건물과이에딸린토지를취득할수있는권리를포함한다 ) 지상권 전세권과등기된부동산임차권 사업용고정자산과함께양도하는영업권 이용권 회원권, 그밖에그명칭과관계없이시설물을배타적으로이용하거나일반이용자보다유리한조건으로이용할수있도록약정한단체의구성원이된자에게부여되는시설물이용권 ( 법인의주식등을소유하는것만으로시설물을배타적으로이용하거나일반이용자보다유리한조건으로시설물이용권을부여받게되는경우그주식등을포함한다 ) 7. 소득세법 제46조제1항에따른채권등 ( 그이자소득에대하여법인세가비과세되는것은제외한다 ) 을매도함에따른매매익 ( 채권등의매각익에서채권등의매각손을차감한금액을말한다 ) 산학협력단이수행하는국가연구개발사업의수익사업여부 ( 법인세과-787, ) 산촉법제25조에따라설립된산학협력단이 국가연구개발사업의관리등에관한규정 에따른국가연구개발사업과관련하여정부또는연구관리전문기관과협약을체결하고그연구개발사업의소요경비를용역제공에대한대가관계없이출연금형태로지급받는경우당해출연금은 법인세법 제3조제3항의수익사업에서생기는소득에해당하지아니하는것이며, 해당출연금에대하여는같은법제121조의규정에따른계산서작성 교부의무가없는것임. 이경우, 출연금의대가관계여부는협약내용에따라연구개발에대한대가로결과물의소유 권을출연금제공자가취득하는지여부등을고려하여사실판단할사항임. 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 27

44 관련유권해석 법인세법기본통칙 수익사업과비수익사업의구분 비영리내국법인의수익사업과비수익사업은해당사업또는수입의성질을기준으로구분한다. 수익사업에속하는것과비수익사업에속하는것을예시하면다음과같다. 1. 수익사업에속하는것가. 학교법인의임야에서발생한수입과임업수입나. 학교부설연구소의원가계산등의용역수입다. 학교에서전문의를고용하여운영하는의료수입라. 주무관청에등록된종교단체등의임대수입. 다만, 영제2조제1항제7호에해당되는경우는제외한다. 마. 전답을대여또는이용하게함으로써생긴소득바. 정기간행물발간사업. 다만, 특별히정해진법률상의자격을가진자를회원으로하는법인이그대부분을소속회원에게배포하기위하여주로회원의소식, 기타이에준하는내용을기사로하는회보또는회원명부 ( 이하 회보등 이라한다 ) 발간사업과학술, 종교의보급, 자선, 기타공익을목적으로하는법인이그고유목적을달성하기위하여회보등을발간하고이를회원또는불특정다수인에게무상으로배포하는것으로서통상상품으로판매되지아니하는것은제외한다. 사. 광고수입아. 회원에게실비제공하는구내식당운영수입자. 급수시설에의한용역대가로받는수입차. 운동경기의중계료, 입장료카. 회원에게대부한융자금의이자수입타. 유가증권대여로인한수수료수입파. 조합공판장판매수수료수입하. 교육훈련에따른수수료수입 2. 비수익사업에속하는것가. 징발보상금나. 일시적인저작권의사용료로받은인세수입다. 회원으로부터받는회비또는추천수수료 ( 간행물등의대가가포함된경우에는그대가상당액을제외한다 ) 라. 외국원조수입또는구호기금수입마. 업무와직접관계없이타인으로부터무상으로받은자산의가액 법인세법기본통칙 교육서비스업의범위 영제 2 조제 1 항제 3 호에서 유아교육법 에따른유치원 초 중등교육법 및 고등교육법 에의한학교와 평생교육법 에의한원격대학형태의평생교육시설을경영하는사업 이란같은법에의한교육과정에 28 산학협력단세제개선방안연구보고서

45 따라실시하는교육서비스업을말하는것으로 평생교육법 에의한학교부설평생교육기관인전산정보교 육원등의운영과관련된교육서비스업은이에해당되지아니한다. 법인세과-1378, 비영리내국법인의고정자산처분으로인하여생기는수입은 법인세법 제3조제3항제5호에의하여수익사업에해당되어법인세과세대상이나, 해당고정자산이처분일현재 3년이상계속하여법령또는정관에규정된고유목적사업 ( 수익사업은제외 ) 에직접사용한경우에는법인세과세대상이되지않는것으로이경우, 고정자산처분일현재 3년이상계속고유목적사업에직접사용여부는당해법인의사용기간을기준으로판단하는것임. 재법인-635, 과학기술기본법에따른국가연구개발사업을위하여국가와지방자치단체로부터받는출연금은법인세법제3조제2항에따른수익사업의소득이아니며, 정부출연연구기관및 OO( 주 ) 로부터받는출연금은같은법시행령제2조제1항제2호에따른수익사업의소득에해당함. 재법인-667, 비영리법인이연구및개발업을수행하면서용역대가없이지원받은정부출연금은수익사업에해당되지않으며, 동출연금으로취득한기계장치를수익사업에전입하고자본의원입으로경리한경우에는당해기계장치의감가상각비를손금에산입하는것임. 서면 2 팀 -862, , 재법인 -30, 비영리법인이부동산을고유목적사업에사용한기간은당해법인의취득일로부터기산하는것이며, 증여 로인한취득일경우소유권이전등기일이취득일임. 재법인 , 비영리내국법인이 3 년이상계속하여고유목적사업에직접사용하지않은토지의처분시, 정당한사유여 부에불구하고법인세과세대상이며, 소득금액의 50% 까지고유목적사업준비금계상가능함. 서이 , 특별법에의하여설립된비영리공익법인이법인세법시행령제2조의규정에의한수익사업과관련한재화또는용역의공급없이 보조금의예산및관리에관한법률 에의한국고보조금 ( 부동산을취득하여국가에기부채납하고동부동산에대한무상사용수익권을취득하는조건 ) 을수령하는경우동국고보조금은수익사업또는수익사업에서생긴소득에해당하지아니하는것임. 서이 , 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 29

46 사립대학을운영하는학교법인이청소년기본법제 26 조에규정된청소년수련시설을설치운영하고그이 용자로부터수련비용등을받는사업은법인세법시행령제 2 조에규정된수익사업에해당하는것임. 법인 , 비영리재단법인이간행물등을발간하여이를필요로하는단체또는개인에게판매하고받는대가상당액은법인세법제3조제2항의규정에의한수익사업또는수입에서발생한소득에해당하는것으로법인세의납세의무가있는것임. 법인 , 비영리내국법인이수익사업으로보지아니하는회보등을발간함에있어서동회보에광고를게재함으로써생기는광고수입은수익사업의수입금액으로보는것이며, 그회보발간비는광고수입에대응하는손금으로하고광고수입을초과하는회보발간비는비영리사업에속하는것으로하는것임. 이경우 " 수익사업으로보지아니하는회보 " 라함은학술, 종교의보급, 자선, 기타공익을목적으로하는법인이그고유목적을달성하기위하여회보등을발간하고이를회원또는불특정다수인에게무상으로배포하는것으로서통상상품으로판매되지아니하는것을말함. 서면2팀-713, 비영리법인이수익사업에사용하는건물의부수토지지하부분이지하철건설공사구간에편입됨으로인하여지방자치단체로부터당해토지지하에대한구분지상권설정에따라지급받는보상금은 법인세법 제3조제2항의규정에의한수익사업에해당됨. 2. 수익사업과고유목적사업의구분경리 산학협력단이수익사업을하는경우에는자산 부채및손익을그수익사업에속하는것과수익사업이아닌그밖의사업에속하는것을각각다른회계로구분하여기록하여야함 ( 법인세법제113조 ). 관련법령 법인세법시행규칙제 76 조 비영리법인의구분경리 1 비영리법인이법제 113 조제 1 항의규정에의하여구분경리하는경우수익사업과기타의사업에공통되 30 산학협력단세제개선방안연구보고서

47 는자산과부채는이를수익사업에속하는것으로한다. 2 비영리법인이구분경리를하는경우에는수익사업의자산의합계액에서부채 ( 충당금을포함한다 ) 의합계액을공제한금액을수익사업의자본금으로한다. 3 비영리법인이기타의사업에속하는자산을수익사업에지출또는전입한경우그자산가액은자본의원입으로경리한다. 이경우자산가액은시가에의한다. 4 비영리법인이수익사업에속하는자산을기타의사업에지출한경우그자산가액중수익사업의소득금액 ( 잉여금을포함한다 ) 을초과하는금액은자본원입액의반환으로한다. 이경우 조세특례제한법 제74조제1항제1호의규정을적용받는법인이수익사업회계에속하는자산을비영리사업회계에전입한경우에는이를비영리사업에지출한것으로한다. 5 비영리법인의경우법제112조의규정에의한장부의기장은제1항내지제4항의규정에의한다. 6 비영리법인이법제113조제1항의규정에의하여수익사업과기타의사업의손익을구분경리하는경우공통되는익금과손금은다음각호의규정에의하여구분계산하여야한다. 다만, 공통익금또는손금의구분계산에있어서개별손금 ( 공통손금외의손금의합계액을말한다. 이하이조에서같다 ) 이없는경우나기타의사유로다음각호의규정을적용할수없거나적용하는것이불합리한경우에는공통익금의수입항목또는공통손금의비용항목에따라국세청장이정하는작업시간 사용시간 사용면적등의기준에의하여안분계산한다. 1. 수익사업과기타의사업의공통익금은수익사업과기타의사업의수입금액또는매출액에비례하여안분계산 2. 수익사업과기타의사업의업종이동일한경우의공통손금은수익사업과기타의사업의수입금액또는매출액에비례하여안분계산 3. 수익사업과기타의사업의업종이다른경우의공통손금은수익사업과기타의사업의개별손금액에비례하여안분계산 7 제6항의규정에의한공통되는익금은과세표준이되는것에한하며, 공통되는손금은익금에대응하는것에한한다. 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 31

48 가. 자산, 부채및자본의구분경리 < 표 11> 자산, 부채및자본의구분경리 구분 방법 공통자산및부채수익사업에속하는것으로함. 수익사업의자본금기타사업에속하는자산을수익사업에지출또는전입한경우 ( 수익사업자본증가 ) 수익사업에속하는자산을기타사업에지출한경우 ( 수익사업자본감소 ) 수익사업의자산합계액 부채 ( 충당금포함 ) 합계액그자산가액을자본의원입으로경리함. 이경우자산가액은시가에의하며시가가불분명한경우에는법인세법시행령제8조제2항의규정을준용하여평가한가액에의함. 수익사업에속하는자산을비영리사업에지출한때에는당해자산가액을다음에규정하는순서대로상계처리하여야함. 1. 고유목적사업준비금중법제29조의규정에의하여손금산입된금액 ( 같은조제2항후단의금액을포함한다 ) 2. 고유목적사업준비금중손금부인된금액 3. 법인세과세후의수익사업소득금액 ( 잉여금을포함한다 ) 4. 자본의원입액 나. 손익의구분경리 < 표 12> 손익의구분경리 구분 방법 공통익금공통손금개별손금이없거나기타의사유로안분계산방법을적용할수없거나불합리한경우 수익사업과기타의사업의수입금액또는매출액에비례하여안분계산수익사업과기타의사업의업종이동일한경우 : 수익사업과기타의사업의수입금액또는매출액에비례하여안분계산수익사업과기타의사업의업종이다른경우 : 수익사업과기타의사업의개별손금액에비례하여안분계산 업종의구분 : 업종의구분은한국표준산업분류에의한소분류에의하되, 소분류에해당업종이없는경우에는중분류에의함공통익금의수입항목또는공통손금의비용항목에따라국세청장이정하는작업시간 사용시간 사용면적등의기준에의하여안분계산 ( 현재국세청장이정하는기준은없음 ) 32 산학협력단세제개선방안연구보고서

49 관련유권해석 법인세법기본통칙 비영리내국법인의급여액등의구분계산 수익사업과비영리사업을겸영하는경우종업원에대한급여상당액 ( 복리후생비, 퇴직금및퇴직급여충당금전입액을포함한다 ) 은근로의제공내용을기준으로구분한다. 이경우근로의제공이주로수익사업에관련된것인때에는이를수익사업의비용으로하고근로의제공이주로비영리사업에관련된것인때에는이를비영리사업에속한비용으로한다. 법인세법기본통칙 비영리내국법인의자본원입시의시가 규칙제 76 조제 3 항에규정된시가가불분명한경우의시가는영제 89 조제 2 항의규정을준용하여평가한 가액에의한다. 법인세법기본통칙 비영리법인의잉여금의범위 1 규칙제76조제4항의규정에서 잉여금 이라함은이미법인세가과세된소득 ( 법및조세특례제한법에의하여비과세되거나익금불산입된금액을포함한다 ) 으로서수익사업부문에유보되어있는금액을말한다. 2 규칙제76 조제4항의규정을적용함에있어비영리법인이수익사업에속하는자산을비영리사업에지출한때에는당해자산가액을다음각호에규정하는금액과순차적으로상계처리하여야한다. 1. 고유목적사업준비금중법제29조의규정에의하여손금산입된금액 ( 같은조제2항후단의금액을포함한다 ) 2. 고유목적사업준비금중손금부인된금액 3. 법인세과세후의수익사업소득금액 ( 잉여금을포함한다 ) 4. 자본의원입액 법인세법기본통칙 수익사업과비영리사업의구분경리 수익사업과비영리사업의구분경리는수익과비용에관한경리뿐만아니라자산과부채에관한경리를포 함하는것으로한다. 법인세법기본통칙 수개의업종을겸영하고있는법인의공통손익안분계산 수개의업종을겸영하고있는법인의공통손익은먼저업종별로안분계산하고다음에동일업종내의공통 손익을안분계산한다. 국심 2005 부 4085, 비영리법인의지출액중개별손금으로볼수있는금액이일부포함되어있으나구체적인금액을확인하 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 33

50 기어려우므로총지출액을전액공통손금으로보아수입금액에비례하여안분하는것이타당함. 서면 2 팀 -867, 수익사업과기타의사업에공통으로사용되는자산의처분으로인하여생기는손익은수익사업의개별손 익으로하는것임. 3. 고유목적사업준비금손금산입 산학협력단이그법인의고유목적사업또는지정기부금을지출하기위하여고유목적사업준비금을손금으로계상한경우에는일정한범위안에서소득금액계산상손금에산입할수있음 ( 법인세법제29조 ). 관련법령 법인세법제29조 고유목적사업준비금의손금산입 1 비영리내국법인 ( 법인으로보는단체의경우에는대통령령으로정하는단체만해당한다 ) 이각사업연도에그법인의고유목적사업이나지정기부금 ( 이하이조에서 " 고유목적사업등 " 이라한다 ) 에지출하기위하여고유목적사업준비금을손금으로계상한경우에는다음각호의금액을합한금액의범위에서그사업연도의소득금액을계산할때이를손금에산입한다. 1. 소득세법 제16조제1항각호 ( 같은항제11 호에따른비영업대금의이익은제외한다 ) 에따른이자소득의금액 2. 소득세법 제17조제1항각호에따른배당소득의금액. 다만, 상속세및증여세법 제16조또는같은법제48조에따라상속세과세가액또는증여세과세가액에산입되거나증여세가부과되는주식등으로부터발생한배당소득금액은제외한다. 3. 특별법에따라설립된비영리내국법인이해당법률에따른복지사업으로서그회원이나조합원에게대출한융자금에서발생한이자금액 4. 제1호부터제3호까지에규정된것외의수익사업에서발생한소득에 100분의 50( 공익법인의설립 운영에관한법률 에따라설립된법인으로서고유목적사업등에대한지출액중 100 분의 50 이상의금액을장학금으로지출하는법인의경우에는 100분의 80) 을곱하여산출한금액 2 비영리내국법인이제1항에따라손금으로계상한고유목적사업준비금을고유목적사업등에지출하는경우에는그금액을먼저계상한사업연도의고유목적사업준비금부터차례로상계 ( 相計 ) 하여야한다. 이경우직전사업연도종료일현재의고유목적사업준비금의잔액을초과하여해당사업연도의고유목적사업등에지출한금액이있는경우그금액은그사업연도에계상할고유목적사업준비금에서지출한 34 산학협력단세제개선방안연구보고서

51 것으로보아제1항을적용한다. 3 제1항에따라고유목적사업준비금을손금에산입한법인이사업에관한모든권리와의무를다른비영리내국법인에게포괄적으로양도하고해산하는경우에는해산등기일현재의고유목적사업준비금잔액은그다른비영리내국법인이승계할수있다. 4 제1항에따라손금에산입한고유목적사업준비금의잔액이있는비영리내국법인이다음각호의어느하나에해당하게된경우그잔액은해당사유가발생한날이속하는사업연도의소득금액을계산할때익금에산입한다. 1. 해산한경우 ( 제3항에따라고유목적사업준비금을승계한경우는제외한다 ) 2. 고유목적사업을전부폐지한경우 3. 법인으로보는단체가 국세기본법 제13조제3항에따라승인취소되거나거주자로변경된경우 4. 고유목적사업준비금을손금으로계상한사업연도의종료일이후 5년이되는날까지고유목적사업등에사용하지아니한경우 (5년내에사용하지아니한잔액으로한정한다 ) 5 제4항제4호에따라고유목적사업준비금의잔액을익금에산입하는경우에는대통령령으로정하는바에따라계산한이자상당액을해당사업연도의법인세에가산하여납부하여야한다. 6 제1항은이법이나다른법률에따라감면등을적용받는경우로서대통령령으로정하는경우에는적용하지아니한다. 7 제1항을적용받으려는비영리내국법인은대통령령으로정하는바에따라해당준비금의계상및지출에관한명세서를비치 보관하고이를납세지관할세무서장에게제출하여야한다. 8 제1항및제3항에따른고유목적사업의범위및승계, 수익사업에서발생한소득의계산등에관하여필요한사항은대통령령으로정한다. 가. 고유목적사업준비금설정대상소득 < 표 13> 고유목적사업준비금설정대상소득 구분이자소득 ( 비영업대금의이익제외 ) 배당소득특별법에따라설립된비영리내국법인이해당법률에따른복지사업으로서그회원이나조합원에게대출한융자금에서발생한이자금액상기에규정된것외의수익사업에서발생한소득 ( 기타의수익사업소득금액 ) 방법고유목적사업준비금 100% 설정고유목적사업준비금 100% 설정고유목적사업준비금 100% 설정고유목적사업준비금 50(60,80,100)% 설정 산학협력단의경우, 조세특례제한법제74 조에의거 2012년 12월 31일이전에끝나는사업연도까지 100% 설정 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 35

52 기타의수익사업소득금액산출방법 ( 음수일경우, 0 으로함 ) 당해사업연도의수익사업에서발생한소득금액 ( 고유목적사업준비금, 법정기부금및특례기부금을손금에산입하기전의소득금액 )* (-) 소득세법상이자소득 ( 비영리대금의이익제외 ) (-) 소득세법상배당소득금액 (-) 특별법인의융자금이자금액 (-) 이월결손금 (-) 법정기부금, 특례기부금 * 고유목적사업준비금중손금부인된금액및 5년내미사용하여익금에산입한금액이포함되어있는경우에는손금부인된금액과 5년내미사용하여익금에산입한금액을더하거나빼고소득금액산정 나. 고유목적사업준비금의세무조정 ( 원칙 : 결산조정, 외감법인은신고조정가능 ) 비영리법인이고유목적사업준비금을손금에산입하기위해서는법인의장부에손금으로계상하는것이원칙이지만, 외부감사를받는비영리법인의경우기업회계기준상고유목적사업준비금의설정이인정되지아니하므로예외적으로잉여금처분에의한신고조정으로손금산입할수있음. 산학협력단의경우산학협력단회계처리규칙에서결산조정이나신고조정을모두인 정하고있으므로선택하여적용할수있음. 관련법령 법인세법제 61 조 준비금의손금계상특례 1 내국법인이 조세특례제한법 에따른준비금을세무조정계산서에계상하거나 주식회사의외부감사에관한법률 제 3 조에따른감사인의회계감사를받는비영리내국법인이제 29 조에따른고유목적사업준비금을세무조정계산서에계상한경우로서그금액에상당하는금액이해당사업연도의이익처분에있어서그준비금의적립금으로적립되어있는경우그금액은손금으로계상한것으로본다. 2 제 1 항에따른준비금의손금계상및그금액의처리에필요한사항은대통령령으로정한다. 법인세법시행령제 98 조 준비금등에대한손금계상의특례 1 법제 61 조제 1 항의규정에의하여손금에산입한준비금은당해준비금을익금에산입할때그적립금을처분하여야한다. 이경우당해준비금을익금에산입하기전에그적립금을처분한경우에는동항의규정에의하여손금으로계상한것으로보지아니한다. 2 내국법인이이영또는 조세특례제한법시행령 에의한일시상각충당금또는압축기장충당금을제 산학협력단세제개선방안연구보고서

53 조제 3 항의규정에의한세무조정계산서에계상하고이를법인세과세표준신고시손금에산입한경우그금액은손금으로계상한것으로본다. 이경우각자산별로당해자산의일시상각충당금또는압축기장충당금과감가상각비에관한명세서를세무조정계산서에첨부하여제출하여야한다. 경정청구에의한추가설정가능여부고유목적사업준비금은결산상손금에계상한경우에손금산입하는것으로결산시동준비금을손금용인한도액에미달하게계상한경우에는그후국세기본법제45조의 2의규정에의한경정청구에의해서과소계상한준비금상당액을손금에산입할수없는것임 ( 법인 , ' ). 고유목적사업준비금한도초과액의처리법인세법제29조제1항규정의범위액을초과하여손금으로계상한고유목적사업준비금으로서각사업연도의소득금액계산시손금불산입된금액은그이후의사업연도에있어서이를손금으로추인할수없다. 다만, 동금액을환입하여수익으로계상한경우에는이를이월익금으로보아익금에산입하지아니한다 ( 법통칙 ). 다. 고유목적사업준비금의사용순서산학협력단이계상한고유목적사업준비금은먼저계상한준비금부터사용한것으로보며, 직전사업연도종료일현재의고유목적사업준비금잔액을초과하여지출한금액은이를당해사업연도에계상할고유목적사업준비금에서지출한것으로봄. 관련법령 법인세법제29조 고유목적사업준비금의손금산입 2 비영리내국법인이제1항에따라손금으로계상한고유목적사업준비금을고유목적사업등에지출하는경우에는그금액을먼저계상한사업연도의고유목적사업준비금부터차례로상계 ( 相計 ) 하여야한다. 이경우직전사업연도종료일현재의고유목적사업준비금의잔액을초과하여해당사업연도의고유목적사업등에지출한금액이있는경우그금액은그사업연도에계상할고유목적사업준비금에서지출한것으로보아제1항을적용한다. 라. 고유목적사업준비금의사용범위산학협력단이손금으로계상한고유목적사업준비금은당해산학협력단의법령또는정관에규정된설립목적을직접수행하는사업에사용하여야하며, 단법인세법시행령제2조제1항에규정된수익사업에해당하는사업은제외함. 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 37

54 관련법령 법인세법시행령제56조 고유목적사업준비금의손금산입 5 법제29조제1항에서 " 고유목적사업 " 이라함은당해비영리내국법인의법령또는정관에규정된설립목적을직접수행하는사업으로서제2조제 1항의규정에해당하는수익사업외의사업을말한다. 6 법제29 조제1항부터제4항까지의규정을적용할때다음각호의금액은고유목적사업에지출또는사용한금액으로본다. 1. 비영리내국법인이당해고유목적사업의수행에직접소요되는고정자산취득비용 ( 제31조제 2항에따른자본적지출을포함한다 ) 및인건비등필요경비로사용하는금액 2. 특별법에의하여설립된법인 ( 당해법인에설치되어운영되는기금중 국세기본법 제13조의규정에의하여법인으로보는단체를포함한다 ) 으로서건강보험 연금관리 공제사업및제2조제1항제8호에서규정된사업을영위하는비영리내국법인이손금으로계상한고유목적사업준비금을법령에의하여기금또는준비금으로적립한금액 마. 고유목적사업준비금익금산입사유 고유목적사업준비금은법인세법제 29 조제 4 항에규정한사유가발생한경우그사유 가발생한사업연도에익금에산입하여야함. 한편, 비영리법인이계상한고유목적사업준비금은당비영리법인이그사업에관한 모든권리와의무를다른비영리내국법인에게포괄적으로양도하고해산하는경우그 다른비영리내국법인이승계할수있음. 관련법령 법인세법제29조 고유목적사업준비금의손금산입 3 제1항에따라고유목적사업준비금을손금에산입한법인이사업에관한모든권리와의무를다른비영리내국법인에게포괄적으로양도하고해산하는경우에는해산등기일현재의고유목적사업준비금잔액은그다른비영리내국법인이승계할수있다. 4 제1항에따라손금에산입한고유목적사업준비금의잔액이있는비영리내국법인이다음각호의어느하나에해당하게된경우그잔액은해당사유가발생한날이속하는사업연도의소득금액을계산할때익금에산입한다. 38 산학협력단세제개선방안연구보고서

55 1. 해산한경우 ( 제3항에따라고유목적사업준비금을승계한경우는제외한다 ) 2. 고유목적사업을전부폐지한경우 3. 법인으로보는단체가 국세기본법 제13조제3항에따라승인취소되거나거주자로변경된경우 4. 고유목적사업준비금을손금으로계상한사업연도의종료일이후 5년이되는날까지고유목적사업등에사용하지아니한경우 (5년내에사용하지아니한잔액으로한정한다 ) 5 제4항제4호에따라고유목적사업준비금의잔액을익금에산입하는경우에는대통령령으로정하는바에따라계산한이자상당액을해당사업연도의법인세에가산하여납부하여야한다. 이자상당가산액이추징되는경우 ( 법인세법제29조제5항 ) 고유목적사업준비금을손금에산입한비영리법인이 5년내에고유목적사업등에사용하지아니하거나, 5년이되기전에당해준비금을환입하는경우에는이자상당액을당해사업연도의법인세에가산하여납부하여야함. ( 법인세법제29조제4항및동법기본통칙 에해당하는경우에만이자상당가산액추징 ) 관련유권해석 법인세법기본통칙 고유목적사업준비금의임의환입 1 법제29 조의규정에의한고유목적사업준비금을손금에산입한비영리내국법인이동조제3항제4호의기한이경과되기전에당해준비금을환입계상한경우에는이를환입한사업연도의익금으로본다. 2 제1항에서익금으로보는고유목적사업준비금환입액에대하여는법제29조제4항의규정을적용한다. 이자상당가산액의계산방법 ( 법인세법시행령제56조제7항 ) < 이자상당가산액 = 제1호 제2호 > - 제1호 : 당해고유목적사업준비금의잔액을손금에산입한사업연도에그잔액을손금에산입함에따라발생한법인세액의차액 - 제2호 : 손금에산입한사업연도의다음사업연도의개시일부터익금에산입한사업연도의종료일까지의기간에대하여 1일 1만분의 3의율 관련법령 법인세법시행령제 56 조 고유목적사업준비금의손금산입 7 법제 29 조제 5 항에서 " 대통령령으로정하는바에따라계산한이자상당액 " 이란제 1 호의금액에제 2 호의 율을곱하여계산한금액을말한다. 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 39

56 1. 당해고유목적사업준비금의잔액을손금에산입한사업연도에그잔액을손금에산입함에따라발생한법인세액의차액 2. 손금에산입한사업연도의다음사업연도의개시일부터익금에산입한사업연도의종료일까지의기간에대하여 1일 1만분의 3의율 관련유권해석 법인세법기본통칙 고유목적사업준비금의잔액을초과하여지출하는금액의처리 비영리내국법인이당해법인의고유목적사업이나지정기부금으로지출하는금액은법제29조제1항의규정에의하여계상한고유목적사업준비금과상계하여야한다. 이경우직전사업연도종료일현재의고유목적사업준비금의잔액을초과하여지출한금액은당해사업연도에계상할고유목적사업준비금에서지출한것으로보는것이므로, 당해사업연도의고유목적사업준비금의손금산입범위를초과하여지출하는금액은손금에산입하지아니한다. 법인세과-24, 사립학교법에의하여설립된학교법인이사학기관재무회계규칙에대한특례규칙제26 조에따라연구적립금등을적립하고그적립금에서발생된이자수익등을비영리사업회계인기금회계로전입한경우에는이를고유목적사업에사용한것으로보는것임. 서면2팀-341, , 서면2팀-1370, 등사립학교법에의한학교법인이수익사업회계에속하는자산을비영리사업회계에전출한경우에는이를비영리사업에지출한것으로보아법인세법제29조제2항의규정을적용하는것임. 다만, 당해전출의행위가명목뿐인경우로서당해재산을계속하여수익사업에사용하거나, 동자산이전출후에도수익사업과비영리사업에공통되는경우에는그전출이없는것으로보는것임. 서면 2 팀 -786, 의료업을영위하는비영리내국법인의범위에는사립학교법에의해설립된학교법인이운영하는대학병원 이포함됨. 재법인 , , 서면2팀-1347, 장학사업을고유목적으로하는비영리내국법인이수익사업에사용하던임대용부동산의처분으로인하여발생한수입을법법 291 의규정에의하여고유목적사업준비금을손금으로계상한후이를다시고유목적사업의기본재산 ( 수익용 ) 으로편입한경우에는이를고유목적사업에사용한것으로볼수없음. 40 산학협력단세제개선방안연구보고서

57 서면 2 팀 -1115, 비영리내국법인이고유목적사업에직접사용하기위해사무실을임차하고지급한임차보증금은고유목적 사업에지출또는사용한금액에해당함. 서이 , 비영리법인이수행하는사업이당해비영리법인의법령또는정관에규정된고유목적사업이라하더라도법인세법시행령제2조제1항에규정된수익사업에해당하는경우에는고정자산의취득등동수익사업을위하여지출하는금액 ( 의료법인의의료기기취득은제외 ) 은고유목적사업에사용한것으로보지않음. 재법인 , 비영리내국법인이조세특례제한법제 73 조제 1 항각호에해당하는기부금을지출하는경우법인세법제 29 조의규정에의한고유목적사업준비금과별도로손금에산입할수있는것임. 서면2팀 고유목적사업준비금을손금산입한비영리내국법인이특례기부금을지출하는경우각각의손금산입한도액은각사업연도소득금액계산순서에따라준비금한도액을먼저계산한후기부금한도액을계산하는것임. 법인 , , 서이 , 비영리내국법인이고유목적사업준비금을손금으로계상하지아니하고수익사업에서생긴소득을당해법인 의고유목적사업등에직접지출한경우에그금액은고유목적사업준비금을계상하여지출한것으로본다. 서면 2 팀 -592, 준비금을손금에산입한과세연도에동준비금을손금에산입하지아니한것으로하여계산한법인세액에 서준비금을손금에산입하여계산한법인세액을차감하여계산한금액을말하는것임. 법인 , 비영리내국법인이당해법인의수익사업회계에속하는차입금을상환하는금액은이를고유목적사업에 지출또는사용한것으로보니아니함. 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 41

58 4. 토지등양도소득에대한법인세 산학협력단이토지등을양도하는경우각사업연도소득에대한법인세를신고 납부하여야함은물론, 일정조건에해당하는경우이와별도로토지등양도소득에대한법인세를추가로납부하여야함. - 사립학교법에의한사립학교의경우에는출연받은토지를비사업용토지로보지않는다는규정이있으나, 산학협력단의경우에는예외규정없음. 관련법령 법인세법제55조의2 토지등양도소득에대한과세특례 1 내국법인이다음각호의어느하나에해당하는토지및건물 ( 건물에부속된시설물과구축물을포함하며, 이하이조및제95조의2에서 " 토지등 " 이라한다 ) 을양도한경우에는해당각호에따라계산한세액을토지등양도소득에대한법인세로하여제13조에따른과세표준에제55 조에따른세율을적용하여계산한법인세액에추가하여납부하여야한다. 이경우하나의자산이다음각호의규정중둘이상에해당할때에는그중가장높은세액을적용한다. 1. 다음각목의어느하나에해당하는부동산을 2012 년 12월 31일까지양도한경우에는그양도소득에 100분의 10을곱하여산출한세액가. 소득세법 제104조의2제 2항에따른지정지역에있는부동산으로서제2호에따른주택 ( 이에부수되는토지를포함한다. 이하이항에서같다 ) 나. 소득세법 제104조의2제 2항에따른지정지역에있는부동산으로서제3호에따른비사업용토지다. 그밖에부동산가격이급등하거나급등할우려가있어부동산가격의안정을위하여필요한경우에대통령령으로정하는부동산 2. 대통령령으로정하는주택 ( 이에부수되는토지를포함한다 ) 을양도한경우에는토지등의양도소득에 100분의 30( 미등기토지등의양도소득에대하여는 100분의 40) 을곱하여산출한세액 3. 비사업용토지를양도한경우에는토지등의양도소득에 100분의 30( 미등기토지등의양도소득에대하여는 100분의 40) 을곱하여산출한세액 3 제1항제3호를적용할때토지를취득한후법령에따라사용이금지되거나그밖에대통령령으로정하는부득이한사유가있어비사업용토지에해당하는경우에는대통령령으로정하는바에따라비사업용토지로보지아니할수있다. 6 토지등양도소득은토지등의양도금액에서양도당시의장부가액을뺀금액으로한다. 7 제1항부터제6항까지의규정을적용할때농지 임야 목장용지의범위, 주된사업의판정기준, 해당사업연도에토지등의양도에따른손실이있는경우등의양도소득계산방법, 토지등의양도에따른손익의귀속사업연도등에관하여필요한사항은대통령령으로정한다. 42 산학협력단세제개선방안연구보고서

59 8 토지등을 2012 년 12 월 31 일까지양도함으로써발생하는소득에대하여는제 1 항제 2 호및제 3 호를적용 하지아니한다. 비사업용토지로보지아니할수있는경우 ( 법인세법시행령제92조의11) 1. 토지를취득한날부터 3년이내에법인의합병또는분할로인하여양도되는토지 2. 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 및그밖의법률에따라협의매수또는수용되는토지로서사업인정고시일이 2006년 12월 31일이전인토지또는취득일이사업인정고시일부터 5년이전인토지 3. 법제55조의2제2항제1호나목에해당하는농지로서종중이소유한농지 (2005년 12월 31 일이전에취득한것에한한다 ) 4. 사립학교법 에따른학교법인이기부 ( 출연을포함한다 ) 받은토지 5. 그밖에공익, 기업의구조조정또는불가피한사유로인한법령상제한, 토지의현황 취득사유또는이용상황등을감안하여기획재정부령으로정하는부득이한사유에해당되는토지 토지등을 2012년 12월 31일까지양도함으로써발생하는소득에대하여는법인세법제55조의2 제1항제2호및제3호를적용하지아니함. 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 43

60 제 3 장산학협력단부가가치세일반 < 표 14> 산학협력단부가가치세요약 소주제관련법령관련유권해석 과세대상납세의무자 / 사업자등록면세 / 면세의포기 부가가치세법제1조부가가치세법시행령제1조, 제2조, 제3조부가가치세법제2조부가가치세법제5조부가가치세법시행령제7조부가가치세법제12조부가가치세법제11조부가가치세법시행령제34조부가가치세법시행령제35조부가가치세법시행령제37조 부가가치세과-370, 부가가치세법기본통칙 서면3팀-1748, 서면인터넷방문상담3팀-494, 서면인터넷방문상담3팀-1092, 서면인터넷방문상담3팀-1838, 법인세과-701, 서면인터넷방문상담3팀-2600, 대법원 선고2002두5146 판결심사부가 , 부가 , 매입세액불공제부가가치세법제 17 조서면 3 팀 -1748, 면세대상재화 용역의공급 부가가치세법시행령제30조부가가치세법시행령제37조부가가치세법제12조제1항제19호부가가치세법제39조 부가가치세과-82, 대법원 선고 2007두23255 판결서면인터넷방문상담3팀-1000, 서면인터넷방문상담3팀-1819, 서면인터넷방문상담3팀-1587, 서면인터넷방문상당3팀-759, 부가 , 부가가치세과-4622, 서면인터넷방문상담3팀-2965, 산학협력단세제개선방안연구보고서

61 면세대상재화의수입조세특례제한법상면세부수재화 용역의공급 부가가치세제12조제2항부가가치세법시행령제41조, 제42조조세특례제한법제106조부가가치세법제12조제3항 서면인터넷방문상담3팀-926, 서면인터넷방문상담3팀-3078, 서면인터넷방문상담3팀-1895, 제도 , 재소비 , 서면3팀-1067, 서면인터넷방문상담3팀-2413, 서면3팀-1440, 부가 , 서면인터넷방문상담3팀-957, 부가 , 서면인터넷방문상담3팀-780, 서면인터넷방문상담3팀-1744, 서면인터넷방문상담3팀-895, 서면인터넷방문상당3팀-1340, 부가 , Ⅰ. 과세대상 1. 과세대상의범위가. 재화또는용역의공급 재화 : 상품, 제품, 원료등의재고자산뿐만아니라기계, 건물과같은고정자산과기타모든유형적물건을포함한유체물과동력, 열과기타관리할수있는자연력및권리등으로서재산적가치가있는유체물이외에무체물을말하며단, 재산적가치가없는것은재화의범위에포함하지않음. 용역 : 재화외의재산가치가있는건설업, 숙박및음식점업, 운수업, 통신업, 금융 및보험업, 부동산업및임대업, 사업서비스업, 공공행정, 국방및사회보장행정, 교육 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 45

62 서비스업, 보건및사회복지사업, 오락 문화및운동관련서비스업, 기타공공, 수리및 개인서비스업, 보건및사회복지사업, 국제및외국기관의사업에해당하는모든역무 및그밖의행위를말함. 나. 부수재화및용역의범위주된거래인재화의공급에필수적으로부수 ( 附隨 ) 되는재화또는용역의공급은주된거래인재화의공급에포함되고, 주된거래인용역의공급에필수적으로부수되는재화또는용역의공급은주된거래인용역의공급에포함되는것임. 주된거래인재화또는용역의공급에포함되는것으로보는재화또는용역은다음에규정하는것으로함. 1. 당해대가가주된거래인재화또는용역의공급대가에통상적으로포함되어공급되는재화또는용역 2. 거래의관행으로보아통상적으로주된거래인재화또는용역의공급에부수하여공급되는것으로인정되는재화또는용역 3. 주된사업과관련하여우발적또는일시적으로공급되는재화또는용역 4. 주된사업과관련하여주된재화의생산에필수적으로부수하여생산되는재화 관련유권해석 부가가치세과-370, 혁신촉진법에의한 진흥원이그고유의사업목적을위하여사용하던건물을양도하는경우에는부가가치세법제1조제4항, 제12조제3항, 같은법시행령제3조 3호의규정에의하여부가가치세가면제되는것이나, 고유목적사업과과세사업에공통으로사용되는건물을양도하는경우에는부가가치세법시행령제48 조의 2 규정에따라과세표준을안분하여부가가치세가과세되는것임. 46 산학협력단세제개선방안연구보고서

63 Ⅱ. 납세의무자 1. 과세요건가. 영리목적유무 부가가치세법은간접세로서최종소비자에게그부담을지우는데목적이있으므로, 영리를목적으로하지아니하는사업자가제공하는과세대상재화또는용역의공급이라할지라도영리를목적으로하는다른사업자와동일하게부가가치세를납부하도록함으로써궁극적으로재화또는용역을공급받는최종소비자에게부가가치세를부담하도록하는데의의가있음. 나. 사업의범위사업의범위는부가가치세법에서는구체적으로언급되어있지않고있으나, 법인세법시행규칙제1조에서사업은그사업활동이각사업연도의전기간에걸쳐계속하여행하여지는사업외에상당기간에걸쳐계속적으로행하여지거나정기적또는부정기적으로상당횟수에걸쳐행하여지는사업을포함하는것으로정의하고있음. 관련법령 법인세법시행규칙제1조 수익사업의범위 법인세법시행령 ( 이하 영 이라한다 ) 제2조제1항본문의규정에의한사업은그사업활동이각사업연도의전기간에걸쳐계속하여행하여지는사업외에상당기간에걸쳐계속적으로행하여지거나정기적또는부정기적으로상당횟수에걸쳐행하여지는사업을포함하는것으로한다. 다. 독립적의의미사업과관련하여다른사업자에게종속또는고용되어있지아니하거나주된사업에부수되지아니하고대외적으로독립하여재화또는용역을공급하는것을말함. 사업상독립적으로재화또는용역을공급하는자 라함은부가가치를창출해낼수있는정도의사업형태를갖추고계속적이고반복적인의사로재화또는용역을공급하 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 47

64 는자를말하는것임 ( 대법원 누 6952 판결 ). 2. 사업자의범위납세의무자인사업자에는개인 국가 지방자치단체와지방자치단체조합을포함한모든법인과법인격없는사단 재단 기타단체를포함함. 그러나국가및지방자치단체와지방자치단체조합의경우에는당해법인이공급하는재화또는용역에대하여부가가치세법시행령제38조각호에서면세범위에서제외하는것이외의재화 용역의공급이모두면세에해당함. 관련법령 부가가치세법제 12 조 면세 1 다음각호의재화또는용역의공급에대하여는부가가치세를면제한다. 18. 국가, 지방자치단체또는지방자치단체조합이공급하는재화또는용역으로서대통령령으로정하는것 부가가치세법시행령제38조 국가 지방자치단체또는지방자치단체조합이공급하는재화또는용역에대한면세범위 법제12조제1항제18 호에서 대통령령으로정하는것 이란다음각호의재화또는용역을제외한것을말한다. 3. 부동산임대업, 도매및소매업, 음식점업 숙박업, 골프장 스키장운영업, 기타스포츠시설운영업. 다만, 다음각목의어느하나에해당하는경우는제외한다. 가. 국방부또는 국군조직법 에따른국군이 군인사법 제2조에따른군인, 군무원인사법 제2조에따른군무원그밖에이들의직계존비속등기획재정부령이정하는자에게제공하는재화또는용역나. 국가 지방자치단체또는지방자치단체조합이그소속직원의복리후생을위하여구내에서식당을직접경영하여공급하는음식용역 관련법령 부가가치세법기본통칙 납세의무 사업자가부가가치세가과세되는재화를공급하거나용역을제공하는경우에는해당사업자의사업자등록여부및공급시부가가치세의거래징수여부에불구하고해당재화의공급또는용역의제공에대하여부가가치세를신고 납부할의무가있음. 48 산학협력단세제개선방안연구보고서

65 서면3팀-1748, 산업교육진흥및산학협력촉진에관한법률제25조에의하여설립된산학협력단이영리목적유무에불구하고사업상독립적으로재화또는용역을공급하는경우에는부가가치세를거래징수하여납부할의무가있고, 면세여부는부가가치세법제12조및조세특례제한법제106조의규정에따라개별적으로판단할사항이며, 과세사업과관련된매입세액은부가가치세법제17조의규정에의거공제받을수있는것임. 서면인터넷방문상담3팀-494, 영리목적의유무에불구하고사업상독립적으로재화또는용역을공급하는자는부가가치세법제2조의규정에의하여부가가치세를납부할의무가있는것이며, 이경우에같은법제5조의규정에의하여사업자등록을하여야하는것이며, 또한이경우납세의무자로등록한사업자가재화또는용역을공급하는때에는부가가치세법제16조제1항의규정에의한세금계산서를당해재화또는용역을공급받는자에게교부하여야하는것임. 서면인터넷방문상담3팀-1092, 영리목적의유무에불구하고사업상독립적으로재화또는용역을공급하는자는부가가치세법제2조규정에의하여부가가치세를납부할의무가있는것이며, 이경우납세의무자에는개인 법인과법인격없는사단 재단 기타단체를포함하는것으로, 아파트의결기구인입주자대표회의에서아파트복리시설 ( 스포츠센타 ) 를설치하여이를입주민에게이용하게하고그이용자로부터회비명목의금전을받는경우에는당해입주자대표회의는부가가치세를납부할의무가있는것임. 서면인터넷방문상담3팀-1838, 협회등단체가용역을무상으로제공하거나재화의공급또는용역의제공에따른대가관계없이회원으로부터받는협회비 찬조비및특별회비등은부가가치세과세대상에해당하지아니하는것이나, 이에해당하는지여부는해당단체의회칙, 협회비의징수및지출내역등거래또는행위의실질내용을종합하여사실판단할사항임. 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 49

66 Ⅲ. 사업자등록 1. 사업자등록의의의 부가가치세의납세자및세원을파악하고, 납세의무자의상호, 성명, 주소, 주민등록번호및사업장소재지와사업의종류등의인적사항과사업의개시일, 기타과세자료를과세관청의대장에등재및수록하는것을말함. 신규로사업을개시하고자하는자로서법인의설립등기전또는사업의허가 등록 이나신고전에등록을하는때에는법인설립을위한사업허가신청서사본, 사업등록신 청서사본, 사업신고서사본이나사업계획서로관련서류에갈음할수있음. 관련법령 부가가치세법제5조 등록 1 사업자는사업장마다대통령령으로정하는바에따라사업개시일부터 20일이내에사업장관할세무서장에게등록하여야한다. 다만, 신규로사업을시작하려는자는사업개시일전이라도등록할수있다. 2 제1항에도불구하고둘이상의사업장이있는사업자는사업자단위로해당사업자의본점또는주사무소관할세무서장에게등록할수있다. 3 제1항에따라등록한사업자가사업자단위로등록하려면사업자단위과세사업자로적용받으려는과세기간개시 20일전까지등록하여야한다. 4 사업장관할세무서장 ( 제2항의경우에는본점또는주사무소관할세무서장을말한다. 이하같다 ) 은제1항부터제3항까지의규정에따라등록한사업자에게대통령령으로정하는바에따라등록번호가부여된등록증 ( 이하 사업자등록증 이라한다 ) 을발급하여야한다. 5 제1항부터제3항까지의규정에따라등록한사업자가휴업또는폐업하거나등록사항이변경된경우에는대통령령으로정하는바에따라지체없이사업장관할세무서장에게신고하여야한다. 제1항단서에따라등록한자가사실상사업을시작하지아니하게되는경우에도또한같다. 6 사업자가폐업하거나제1항단서에따라등록한후사실상사업을시작하지아니하게되는경우에는사업장관할세무서장은지체없이그등록을말소하여야한다. 7 사업장관할세무서장은필요하다고인정하면대통령령으로정하는바에따라사업자등록증을갱신발급할수있다. 8 제1항부터제7항까지에서규정한사항외에사업자등록, 사업자등록증발급, 등록변경 포기등에필요한사항은대통령령으로정한다. 50 산학협력단세제개선방안연구보고서

67 2. 면세사업자의등록 사업자등록은부가가치세법상납세의무자에게만등록의무가있으므로부가가치세납세의무자체가없는면세사업자는부가가치세의납세의무가배제되고그에따른의무도배제되므로부가가치세법에의한사업자등록의무가없음. 그러나소득세법제168조와법인세법제111조는소득세및법인세의납세의무자의지위에서사업자등록을하도록규정하고있으므로면세사업자도사업자등록을하여야함. * 면세사업을영위하는자가추가로과세사업을영위하고자하는경우에부가가치세법시행령제11조제1항에의거사업자등록정정신고서를제출하게되면등록신청을한것으로봄. 관련유권해석 대법원 선고 2002두5146 판결부가가치세면세사업자로등록한경우에부가가치세의납세의무있는사업자의사업자등록을한것으로볼수없으며면세사업자로사업자등록을하고있던기간중에발생한매입세액은등록을하기전의매입세액에해당하여이를매출세액에서공제할수없음. 법인세과 - 701, 수익사업을영위하는비영리내국법인이지점에대한사업자등록은당해지점의등기여부와는관계없이사업자등록신청서에당해법인의법인등기부등본및지점설치사실을확인할수있는이사회의사록을첨부하여지점관할세무서장에게신청할수있는것임. 또한본점의대표이사와지점의대표이사는달리선임하여등록할수있는것임. 서면인터넷방문상담3팀-2600, 사업자가사업자등록신청일부터역산하여 20일을초과하여재화나용역을공급받으면서수취한세금계산서상의매입세액을매출세액에서공제하여부가가치세를환급세액으로신고한경우당해매입세액은부가가치세법제17조제2항제5호및같은법시행령제60조제9항의규정에의하여불공제하는것이며, 이경우매입세액이전액불공제되어실제환급세액이 0 이되는경우에도같은법제22조제5항제1호의가산세 ( 신고불성실가산세 ) 가적용되는것임. 심사부가 , 사업자등록에관련된각규정의취지를종합하면부가가치세법제5조제 1항소정의사업자등록의무자는 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 51

68 부가가치세의납세의무있는사업자에한하고부가가치세면제사업자는그등록의무가없다고할것이므로, 같은법제17 조제2항제5호소정의 " 제5조제1항의규정에의한등록 " 이란부가가치세의납세의무있는사업자의사업자등록만을의미한다고할수있다하겠고, 부가가치세면제사업자가법인설립신고를하였다거나법인세법상의사업자등록증을교부받았다하더라도, 이는법인세법상의사업자등록으로서부가가치세법상의고유번호를부여받은것으로볼수있을뿐, 부가가치세법제5조제1항에서정한사업자등록을한것으로는볼수없으므로 ( 대법원 누 8492 판결외다수같은뜻 ) 등록전매입세액에대한환급신청에대해당초신고내용대로환급하였다가사후에이의잘못을발견하고추징한것은신의성실원칙에위배된것으로볼수없음. 부가 , 법인세법의규정에의하여면세사업자로사업자등록을한법인이부가가치세법제5조의규정에의하여사업자등록을하지아니하고재화또는용역을공급받으면서면세사업자등록번호로세금계산서를교부받은경우에당해세금계산서의매입세액은부가가치세법제17조제2항제5호의규정에의하여공제되지아니하는것임. Ⅳ. 면세 1. 면세의의의 부가가치세과세원칙에대한예외로서소비세로서의역진성을완화하거나또는사회 문화 공익및정책목적상특정한성격이나요건을갖춘재화나용역의공급과재화의수입에대하여부가가치세를면제함. 관련법령 부가가치세법제12조 면세 1 다음각호의재화또는용역의공급에대하여는부가가치세를면제한다. 1. 가공되지아니한식료품 [ 식용 ( 食用 ) 으로제공되는농산물, 축산물, 수산물과임산물을포함한다 ] 및우리나라에서생산되어식용으로제공되지아니하는농산물, 축산물, 수산물과임산물로서대통령령으로정하는것 2. 수돗물 52 산학협력단세제개선방안연구보고서

69 3. 연탄과무연탄 4. 여성용생리처리위생용품 5. 의료보건용역 ( 수의사의용역을포함한다 ) 으로서대통령령으로정하는것과혈액 6. 교육용역으로서대통령령으로정하는것 7. 여객운송용역. 다만, 항공기, 고속버스, 전세버스, 택시, 특수자동차, 특종선박 ( 特種船舶 ) 또는고속철도에의한여객운송용역으로서대통령령으로정하는것은제외한다. 8. 도서 ( 도서대여용역을포함한다 ), 신문, 잡지, 관보 ( 官報 ), 뉴스통신진흥에관한법률 에따른뉴스통신및방송으로서대통령령으로정하는것. 다만, 광고는제외한다. 9. 우표 ( 수집용우표는제외한다 ), 인지 ( 印紙 ), 증지 ( 證紙 ), 복권과공중전화 10. 담배사업법 제2조에따른담배로서다음각목의어느하나에해당하는것가. 담배사업법 제18조제1항에따른판매가격이대통령령으로정하는금액이하인것나. 담배사업법 제19조에따른특수용담배로서대통령령으로정하는것 11. 금융 보험용역으로서대통령령으로정하는것 12. 주택과이에부수되는토지의임대용역으로서대통령령으로정하는것 12의 2. 주택법 제44 조제2항에따른관리규약에따라같은법제2조제14호에따른관리주체또는같은법제43 조제3항에따른입주자대표회의가제공하는같은법제2조제9호에따른복리시설인공동주택어린이집의임대용역 13. 토지 14. 저술가 작곡가나그밖에대통령령으로정하는자가직업상제공하는인적 ( 人的 ) 용역 15. 예술창작품, 예술행사, 문화행사와아마추어운동경기로서대통령령으로정하는것 16. 도서관, 과학관, 박물관, 미술관, 동물원또는식물원에의입장 17. 종교, 자선, 학술, 구호 ( 救護 ), 그밖의공익을목적으로하는단체가공급하는재화또는용역으로서대통령령으로정하는것 18. 국가, 지방자치단체또는지방자치단체조합이공급하는재화또는용역으로서대통령령으로정하는것 19. 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합또는대통령령으로정하는공익단체에무상 ( 無償 ) 으로공급하는재화또는용역 2 다음각호의재화의수입에대하여는부가가치세를면제한다. 1. 가공되지아니한식료품 ( 식용으로제공되는농산물, 축산물, 수산물과임산물을포함한다 ) 으로서대통령령으로정하는것 2. 도서, 신문및잡지로서대통령령으로정하는것 3. 학술연구단체, 교육기관및 한국교육방송공사법 에따른한국교육방송공사또는문화단체가과학 교육 문화용으로수입하는재화로서대통령령으로정하는것 4. 종교의식, 자선, 구호, 그밖의공익을목적으로외국으로부터종교단체, 자선단체또는구호단체에기증되는재화로서대통령령으로정하는것 5. 외국으로부터국가, 지방자치단체또는지방자치단체조합에기증되는재화 6. 거주자가받는소액물품으로서관세가면제되는재화 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 53

70 7. 이사 이민또는상속으로인하여수입하는재화로서관세가면제되거나 관세법 제81 조제1항에따른간이세율이적용되는재화 8. 여행자의휴대품, 별송 ( 別送 ) 물품및우송 ( 郵送 ) 물품으로서관세가면제되거나해당간이세율이적용되는재화 9. 수입하는상품견본과광고용물품으로서관세가면제되는재화 10. 우리나라에서개최되는박람회, 전시회, 품평회, 영화제또는이와유사한행사에출품하기위하여무상으로수입하는물품으로서관세가면제되는재화 11. 조약 국제법규또는국제관습에따라관세가면제되는재화로서대통령령으로정하는것 12. 수출된후다시수입하는재화로서관세가감면되는것중대통령령으로정하는것. 다만, 관세가경감 ( 輕減 ) 되는경우에는경감되는부분만해당한다. 13. 다시수출하는조건으로일시수입하는재화로서관세가감면되는것중대통령령으로정하는것. 다만, 관세가경감되는경우에는경감되는부분만해당한다. 14. 제1항제10호에따른담배 15. 제6호부터제13 호까지의재화외에관세가무세 ( 無稅 ) 이거나감면되는재화로서대통령령으로정하는것. 다만, 관세가경감되는경우에는경감되는부분만해당한다. 3 제1항에따라면세되는재화또는용역의공급에필수적으로부수되는재화또는용역의공급은면세되는재화또는용역의공급에포함되는것으로본다. 4 사업자는제1항에따라부가가치세가면제되는재화또는용역의공급으로서제11 조에따라영세율적용의대상이되는것과제1항제12호 제 14호및제17 호의재화또는용역의공급에대하여는대통령령으로정하는바에따라부가가치세의면제를받지아니할수있다. 5 제1항과제2항에따른재화또는용역의범위에관하여필요한사항은대통령령으로정한다. 2. 면세의포기 면세를적용받는것보다과세를적용받음으로써최종소비자나공급자가유리할수 있는다음의경우에한하여면세를포기할수있음. 가. 부가가치세법제11조에의해영세율적용의대상이되는것나. 주택과이에부수되는토지의임대용역으로서동법시행령제34조에의한것다. 저술가 작곡가기타동법시행령제35조에의한자가직업상제공하는인적 ( 人的 ) 용역라. 종교, 자선, 학술, 구호 ( 救護 ), 그밖의공익을목적으로하는단체가공급하는재화또는용역으로서동법시행령제37조에의한것 54 산학협력단세제개선방안연구보고서

71 관련법령 부가가치세법제12조 면세 4 사업자는제1항에따라부가가치세가면제되는재화또는용역의공급으로서제11 조에따라영세율적용의대상이되는것과제1항제12호 제 14호및제17 호의재화또는용역의공급에대하여는대통령령으로정하는바에따라부가가치세의면제를받지아니할수있다. 부가가치세법제11조 영세율적용 1 다음각호의재화또는용역의공급에대하여는영 ( 零 ) 의세율을적용한다. 1. 수출하는재화 2. 국외에서제공하는용역 3. 선박또는항공기의외국항행용역 4. 제1호부터제3호까지의재화또는용역외에외화를획득하는재화또는용역으로서대통령령으로정하는것 2 제1항을적용할때사업자가비거주자또는외국법인인경우에는그외국에서대한민국의거주자또는내국법인 ( 內國法人 ) 에대하여동일한면세를하는경우에만영의세율을적용한다. 3 제1항의재화와용역의범위에관하여필요한사항은대통령령으로정한다. 부가가치세법제12조제1항 12. 주택과이에부수되는토지의임대용역으로서대통령령으로정하는것 14. 저술가 작곡가나그밖에대통령령으로정하는자가직업상제공하는인적 ( 人的 ) 용역 17. 종교, 자선, 학술, 구호 ( 救護 ), 그밖의공익을목적으로하는단체가공급하는재화또는용역으로서대통령령으로정하는것 부가가치세법시행령제34조 주택과이에부수되는토지의임대용역의범위 1 법제12 조제1항제12 호에규정하는주택과이에부수되는토지의임대는상시주거용 ( 사업을위한주거용의경우를제외한다 ) 으로사용하는건물 ( 이하 주택 이라한다 ) 과이에부수되는토지로서다음각호의면적중넓은면적을초과하지아니하는토지의임대를말하며, 이를초과하는부분은토지의임대로본다. 1. 주택의연면적 ( 지하층의면적, 지상층의주차용으로사용되는면적및 주택건설기준등에관한규정 제2조제3호의규정에따른주민공동시설의면적을제외한다 ) 2. 건물이정착된면적에 5배 ( 국토의계획및이용에관한법률 제6조의규정에따른도시지역밖의토지의경우에는 10배 ) 를곱하여산정한면적 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 55

72 부가가치세법시행령제35조 인적용역의범위 법제12조제1항제14호에규정하는인적용역은독립된사업 ( 여러개의사업을겸영하는사업자가과세사업에필수적으로부수되지아니하는용역을독립하여공급하는경우를포함한다 ) 으로공급하는다음각호에규정하는용역으로한다. 1. 개인이기획재정부령이정하는물적시설없이근로자를고용하지아니하고독립된자격으로용역을공급하고대가를받는다음에규정하는인적용역 ( 가 ) 저술 서화 도안 조각 작곡 음악 무용 만화 삽화 만담 배우 성우 가수와이와유사한용역 ( 나 ) 연예에관한감독 각색 연출 촬영 녹음 장치 조명과이와유사한용역 ( 다 ) 건축감독 학술용역과이와유사한용역 ( 라 ) 음악 재단 무용 ( 사교무용을포함한다 ) 요리 바둑의교수와이와유사한용역 ( 마 ) 직업운동가 역사 기수 운동지도가 ( 심판을포함한다 ) 와이와유사한용역 ( 바 ) 접대부 댄서와이와유사한용역 ( 사 ) 보험가입자의모집, 저축의장려또는집금등을하고실적에따라보험회사또는금융기관으로부터모집수당 장려수당 집금수당또는이와유사한성질의대가를받는용역과서적 음반등의외판원이판매실적에따라대가를받는용역 ( 아 ) 저작자가저작권에의하여사용료를받는용역 ( 자 ) 교정 번역 고증 속기 필경 타자 음반취입과이와유사한용역 ( 차 ) 고용관계없는자가다수인에게강연을하고강연료 강사료등의대가를받는용역 ( 카 ) 라디오 텔레비전방송등을통하여해설 계몽또는연기를하거나심사를하고사례금또는이와유사한성질의대가를받는용역 ( 타 ) 작명 관상 점술또는이와유사한용역 ( 파 ) 개인이일의성과에따라수당또는이와유사한성질의대가를받는용역 2. 개인 법인또는법인격없는사단 재단기타단체가독립된자격으로용역을공급하고대가를받는다음에규정하는인적용역 ( 가 ) 형사소송법 및 군사법원법 등의규정에의한국선변호인의국선변호와기획재정부령이정하는법률구조 ( 라 ) 기획재정부령이정하는학술연구용역과기술연구용역 ( 마 ) 직업소개소및그밖에기획재정부령이정하는상담소등을경영하는자가공급하는용역 ( 사 ) 장애인복지법 제40조에따른장애인보조견훈련용역 ( 아 ) 외국공공기관또는 국제금융기구에의가입조치에관한법률 제2조의규정에의한국제금융기구로부터받은차관자금으로국가또는지방자치단체가시행하는국내사업을위하여공급하는용역 ( 국내사업장이없는외국법인또는비거주자가공급하는것을포함한다 ). 부가가치세법시행령제 37 조 종교 자선 학술 구호단체등이공급하는재화등의범위 법제 12 조제 1 항제 17 호에서 대통령령으로정하는것 이란다음각호의것을말한다. 56 산학협력단세제개선방안연구보고서

73 1. 주무관청의허가또는인가를받거나주무관청에등록된단체로서 상속세및증여세법시행령 제12조각호의 1에규정하는사업또는기획재정부령이정하는사업을하는단체가그고유의사업목적을위하여일시적으로공급하거나실비또는무상으로공급하는재화및용역 1의 2. 학술연구단체또는기술연구단체가학술연구또는기술연구와관련하여공급하는재화및용역 ( 산업교육진흥및산학연협력촉진에관한법률 에따라설립된산학협력단이제공하는연구용역의경우에는 2013 년 12월 31일까지제공하는것에한정한다 ) 2. 문화재보호법 의규정에의한지정문화재 ( 지방문화재를포함하며, 무형문화재를제외한다 ) 를소유또는관리하고있는종교단체 ( 주무관청에등록된종교단체에한한다 ) 의경내지및경내지내의건물과공작물의임대용역 3. 공익을목적으로기획재정부령이정하는기숙사를운영하는자가학생또는근로자를위하여실비또는무상으로공급하는용역 ( 음식및숙박용역에한한다 ) 4. 저작권법 제105조제1항에따라문화체육관광부장관의허가를받아설립된저작권위탁관리업자로서기획재정부령이정하는사업자가저작권자를위하여실비또는무상으로공급하는신탁관리용역 5. 법인세법 제24 조제2항제4호나목에따른비영리교육재단이 초 중등교육법 제60조의 2 제1항에따른외국인학교의설립 경영사업을영위하는자에게제공하는학교시설이용등교육환경개선과관련된용역 면세포기신고절차는부가가치세법시행령제47조에서규정하고있고, 면세포기는신고일로부터유효하며신고일로부터 3년간은면세포기신고를한재화와용역에대하여과세로공급하여야함. 이후면세포기를신고한사업자가 3년기간경과후부가가치세의면제를받고자하는때에는면세적용신고서를사업자등록증과함께제출하여야하며, 면세적용신고서를제출하지아니한경우계속하여면세를포기한것으로봄. 산학협력단의면세의포기부가가치세법시행령제37조제1의2호에의해 2013년 12월 31일까지산촉법에따라설립된산학협력단이제공하는연구용역의경우면세포기가능함. 3. 매입세액불공제 부가가치세가면제되는재화또는용역을공급하는사업에관련된매입세액은매출세액에서공제되지아니함. 산학협력단의매입세액불공제산학협력단이제공하는연구용역은면세이므로연구용역관련매입세액은공제되지아니함. 제 1 부산학협력단세제개선방안세무일반 57