임상검사와정도관리 : 제 25 권제 1 호 2003 J. Lab. Med. & Quality Assuarance 2003:25:189-193 189 BacLink 2 를이용한 Microscan 의데이터변환과항균제내성률통계분석 김재석 이영경 박지영 강희정 강성하 김영철 조현찬 한림대학교의과대학진단검사의학교실 Database Conversion and Analysis of Antimicrobial Resistance Profile for Microscan using BacLink 2 Software Jae-Seok Kim, Young Kyung Lee, Ji-Young Park, Hee Jung Kang, Sung Ha Kang, Young-Chul Kim, and Hyoun Chan Cho Department of Laboratory Medicine, Hallym University College of Medicine Background:In hospital laboratory using Microscan, the search for an isolate or the analysis for antimicrobial susceptibility rates were obtained by the Data Management System (DMS) software. However, it is hard to convert DMS database to other file formats in addition to some limitation in using the database. We applied BacLink 2 and WHONET 5.1 softwares to convert and analyse DMS database for the utilization of the isolate profiles and the antimicrobial resistance rates. Methods:Specimen and microbial data were printed as 'Short report form', an ASCII text file, from Microscan DMS. BacLink 2 software was used to convert the printed file to dbase format file. Statistical analyses were performed using WHONET 5.1 software. Results:Data of isolates were obtained as 'Short report form' in one month intervals. This file could be converted to other database file using BacLink 2 software. The antimicrobial resistant profiles were obtained, and the susceptibility, intermediate resistant, and resistant rates for each isolates could be analyzed. Conclusions:In this study, BacLink 2 and WHONET 5.1 software were successfully applied for the conversion of the database. Analysis of isolate profiles and antimicrobial resistant rates could be performed in other personal computer systems. The database management by BacLink 2 and WHONET 5.1 software could be applicable for the convenient statistical analysis in microbiology laboratories using Microscan. Key Words:BacLink 2, WHONET 5.1, Antimicrobial susceptibility testing, Microscan 서 미생물동정및항균제감수성검사자동화장비인 Microscan (Dade Behring Inc., West Sacremento, USA) 는 Data Management System (DMS) 이라는자체내장프로그램을이용하여각균주의통계나전체적인항균제감수 교신저자 : 강희정우 ) 431-070 경기도안양시동안구평촌동 896 한림대학교성심병원진단검사의학과전화 :031-380-3929, FAX:031-380-3934 E-mail:kangheejung@hallym.or.kr 론 성통계를낼수있다. 그렇지만, 균주의중등도내성률이나내성률처럼일반적으로는많이사용되나 DMS 에서제공하지않는통계를산출하기에는상당한노력이들며한계가많다. 또한 Microscan 의 DMS 에내장된통계분석도구는제한된분석결과만얻을수있어다양한통계처리에제한점이있다. WHONET 소프트웨어는미생물검사실의결과처리와항균제감수성결과의분석을위해세계보건기구에서개발한분석도구이다. 이를이용하면검사실에서분리된세균의동정및감수성결과를입력한후필요로하는정보를손쉽게얻을수있다. 일정기간에분리된세균의통계를산출하거
190 김재석 이영경 박지영 강희정 강성하 김영철 조현찬 Microscan DMS ASCII text file (*.PRN) dbase file (*.dbf) Statistical data Test BacLink 2 WHONET 5 Fig. 1. A flow chart of microbiological data aquisition in Microscan using BacLink 2 and WHONET 5 software. Data can be saved as 'Short report form' in DMS of Microscan and printed as ASCII text file, *.PRN. BacLink 2 can convert this ASCII text file into dbase file format. Statistical analysis can be done with WHONET 5 software. 나, 특정균주의항균제내성률, 내성률추세등의통계분석에유용한소프트웨어로사용할수있다 [1]. WHONET 은전세계적인항균제감수성통계를분석하는데에도유용하게사용되고있다 [2]. WHONET 개발자들은 BacLink 2라는보조적인소프트웨어를통해자동화된기기나다른데이터베이스형태로된자료들도분석할수있게하였다. Microscan 기기에서는 DMS 내의결과를 short report 형태로변환시킨후 WHONET 으로분석할수있다. 저자들은 BacLink 2를이용하여 Microscan 의균주정보를받아 WHONET 5.1으로분석함으로써비교적편리하게분리균주의통계분석과항균제내성률통계분석을하고자하였다. 방 1. Microscan 의데이터추출강동성심병원과한림대성심병원미생물검사실의 Microscan 에부속된컴퓨터의 Data Management System (DMS, ver. 24.10) 에서 2002 년 1-3 월사이에분리된균동정결과및항균제감수성결과를 WHO 에서제공하는 BacLink 2 소프트웨어의사용자지침서에따라파일로변환시켰다. BacLink 2로입력하는정보는 Short report form 으로하였으며, Microscan 에서제공하는 DMS 를이용하여 SGPRINT.PRN' 라는 ASCII 텍스트파일을생성한후인쇄방향을파일로하였다 (Fig. 1). 구체적인조건은아래에기술하였다. DMS의운용은제조사가제공하는사용자지침서를토대로하였다 [4]. 1) Printer 설정변경먼저 main menu 에서 5. customize system, 8. 법 hardware configuration 을선택하고, 1. printer 를선택하였다. option 1. change the printer port 를선택한후 console 을선택하였다. Print port 는 15를지정하여하드디스크에파일형태로저장하였다. 2) SGPRINT0.PRN 파일생성 Main Menu 에서 3. Labels, Logs, Patient Reports, Epidemiology, 2. Print Labels, Logs Menu, 2. Range of Test Dates 를선택하였다. 프린트할양식으로 6 Patient Report Short Form 를지정하고 1. Specimen Number, 1. All result 를선택하였다. 6. Print Labels, Logs or Patient Reports menu 에서데이터를받기원하는날짜를입력하였다. 7. Review or Print menu 에서 1. Print Selected Data, Patient Report Short Form 을선택한후프린트를시작하여 SGPRN- T0.PRN 파일을생성하였다. Console 을 1번을사용하는곳은 SGPRINT0.PRN 이, console 2를사용하는곳은 SGPRINT1.PRN 이만들어졌다. 2. BacLink 2와 WHONET 5.1 의설정과내성률분석 BacLink 2 프로그램과 WHONET 5.1 프로그램은 WHO의인터넷사이트 (http://www.who.int/emc/wh- ONET/WHONET.html) 에서받아컴퓨터에설치하였다. 여기서제공한사용자지침서에따라 BacLink 2와 WHO- NET 5.1 의설정을마쳤으며각검사실의사정에따라세부적인사항을설정하였다. 1) BacLink 2 설정 BacLink 2의설정파일은 Table 1과같이입력하였다. BacLink 2로 SGPRINT0.PRN 파일을변환하였는데, 사용되는코드는자동으로설정해주는기능을이용하였다. Location, Specimen type, Organism 코드에서는 Short report form 으로변환하는과정에서새로운데이터필드에대한코드를직접지정해줄것을요구하는화면이생성되었고, 이를하나씩확인하면서지정하였다. 그러나 Antibiotic 코드의경우 BacLink 2에내장된코드집을수정하여사용하였다. Machine directory 아래에 TransDrug.mic를선택하여각각의코드를수정하였으며 Short report form 에는있으나코드집에없는약제에대해서는새로입력하였다 (Fig. 2). 이경우 Local antibiotic code 에는 Microscan 의 short report 에서사용하고있는약자를입력하고, Antibiotic name 에는항생제의이름을입력하였다 ( 예. QDA15, SYN, Quinupristin/ Dalfopristin [NCCLS-15 ug]). 위의코드들을새로지정한후에는 SGPRINT0.PRN 파일을다시 BacLink 2로변환시켜 dbase 파일형태로저장하였다. 2) WHONET 5.1의설정 WHONET 5.1 을실행한후검사실환경을설정하였다. 국가, 검사실이름, 검사실코드를입력한후 Antibiotic
BacLink 2 를이용한 Microscan 의데이터변환과항균제내성률통계분석 191 Fig. 2. Insertion of a new antibiotic code in BacLink 2 software. Fig. 3. Statistical analysis as 'one per patient' option using WHONET software. Table 1. Configuration of BacLink 2 for the analysis of Microscan 'Short report form' data. Menu Title Input File structure File structure Microscan [Report] File location C:\Whonet5\Data\ File name sgprint*.prn File origin DOS [ASCII] Configure antibiotics Guidelines NCCLS Codes and dates Dates M/D/Y or Y/M/D Code dictionaries Location C:\Whonet5\TranLoc.pyo Specimen type C:\Whonet5\TranSpec.pyo Organism C:\Whonet5\TranOrg.mip.pyo Antibiotic C:\Whonet5\TranDrug.mic.pyo configuration 항목에서현재검사하는항균제를선택하였고용량은 NCCLS 에서권장한대로하였다. Location, Data fields 등의항목을수정한다음, 균종에따라 MIC 해석범위가다른경우 Antibiotic breakpoints 항목에서 Species-specific 을선택하여확인하였다 ( 예. Oxacillin MIC; General S 0.25, R 0.5, S. aureus S 2, R 4). 설정이끝난후에는통계를내고자하는균주에대한내성률분석을시행하였다. 분석시 one per patient 항목에서 by patient 를설정하여전체균주중한환자에서중복되어분리된균주를제외시켰으며 (Fig. 3), option 항목에서 % resistant 를선택하여분석하고자하는세균의내성률을구하였다. 또한, 주요한균종의경우각각분리율과내성률을구했다. 결과 1. Microscan 에서 'Short report form' 데이터추출 Microscan 의 DMS에저장된 2002 년 1월, 2월, 3월의데이터를분석한결과분리균주는강동성심병원이 805, 747, 993 균주였으며, 한림대성심병원은 602, 565, 609 균주였다. 이를 Short report form 으로저장하여 282 -
192 김재석 이영경 박지영 강희정 강성하 김영철 조현찬 WHONET 5.1 의 one per patient 기능을이용하여분석함에따라전체균주중한환자에서중복분리된균주를제외하고분석할수있었다. 또한, 균주의항균제내성통계를 감수성, 중등도내성, 내성 으로나누어서얻을수있었다 (Fig. 4). 1개월단위의내성률도 WHONET 5.1 의항균제내성률분석기능을이용하여얻을수있었다 (Fig. 4). 고 찰 Fig. 4. Analysis results of antimicrobial resistance profile of S. aureus in a month using WHONET software. 356 kb 범위의 ASCII text 파일이출력되어서 1,000 균주당약 455 kb 크기의파일이생성되었다. 데이터추출시 Microscan 에입력되지않은날짜, 병동등의몇몇데이터들은소실되었으나균종분석과내성률분석에필요한 Short report form 의기본적인정보를받을수있었다. 2. BacLink 2를이용한데이터전환 BacLink 2를이용하여 Location, Specimen type, Organism 코드집은자동적으로코드설정이되었다. Antibiotic 코드의경우 BacLink 2에내장된코드집을받아수정하여사용하였다. 변환된데이터는 dbase 파일로전환가능하였으며, 엑셀등에서이용할수있는형태로도저장할수있었다. 대부분의데이터의경우전환이되었으나새로운항균제나균주가분리된병동의경우변환에어려움이있었다. 항균제의경우데이터전환이안된경우로는, synercid 가있었는데이약제는초기데이터코드에값이없어처음변환시에는변환이되지않았으나 Antibiotic 코드집에서직접해당사항을입력한후변환을시킬수있었다. 또한, 역학적인목적으로도이용하기위해환자의병동정보가필요하였는데강동성심병원의데이터에서는변환되지않았다. 이는 Microscan 에입력시본원에서는기초정보입력시 Specimen information 부분의 Ward of isolation 란에입력을하였기때문에 BacLink 2에서인식하지못했기때문이었다. 이오류는 BacLink 2에서수정하지는못했으므로, DMS 상의병동정보를 Patient information 부분의 Ward 란에입력하도록수정하였다. 3. WHONET 5.1 을이용한통계분석 Microscan 장비는미생물동정과항균제감수성검사에사용되는자동화장비로서많은미생물검사실에서사용하고있다. Microscan 의 DMS 를사용하면내부의통계프로그램을이용하여항균제감수성통계를얻을수있지만, 이프로그램은분석이제한적이고데이터베이스를구축하는데에도한계가있다. 병원전산화시스템이이러한데이터베이스를분석할수있는도구를제공하지못하는병원에서는 Microscan DMS 의데이터로세균의분리율이나내성률결과에대해유용한정보를얻기어렵다. 저자들은 Bac- Link 2 프로그램을이용하여 Microscan 의데이터베이스에서 Short report form 만을추출하여 DBF 파일형태의데이터베이스로변환시켰다. 이를 WHONET 5.1 프로그램을이용함으로써 Microscan 에서자료를받아균주의분리율과내성률에대한통계분석을할수있었다. 프로그램을사용할경우몇가지옵션의선택에주의를기울여야하며, BacLink 2 변환과정에서데이터가소실되지않는지확인이필요하다. 이를위해 WHONET 5.1 으로데이터를분석할수있도록 WHONET 5.1 프로그램의설정을세밀히하는것도중요하며, 변환된데이터베이스파일을다른프로그램을이용해서확인하는것도좋다. 데이터변환시에도주의해야하는데예를들면, Microscan 결과를 DMS 에서 finalize 를하지않은검사실에서는프린트할양식을 1. All result 대신 3. Finalized Results Only 로선택하면 SGPRINT0.PRN 파일생성시대부분의결과를얻을수가없게된다. 그리고, SGPRINT0. PRN 파일은플로피디스크에복사한후반드시 Microscan 내에서삭제해야하는데삭제를하지않으면다음에데이터를받을때기존의파일위에덧씌울수가없어새로운파일을작성할수없다. BacLink 2를이용하면균종의분석과, 항균제내성률조사, 분리된병동별통계등검사실에서유용하게사용할수있는통계의경우대부분은편리하게사용할수있다. 그렇지만, 내성률데이터변환이가능하더라도 BacLink 2 에서는 'Short report form' 내의데이터만데이터베이스파일로변환할수있으므로, 분석가능한정보의양에한계가있으며 DMS 내의입력란의차이에의해상당한양의환자정보를소실할수도있다. 따라서, 이를이용하는검사실에서는 BacLink 2의변환능력을잘이해하고데이터를
BacLink 2 를이용한 Microscan 의데이터변환과항균제내성률통계분석 193 입력하고확인하는과정이필요하다. WHONET 프로그램은균종의통계나항균제내성률조사등에사용할수있는분석도구로서유용하게사용되고있고, 환자정보, 균주정보, 항균제내성정보등을직접입력할수도있다. 또한여러기관에서수집된결과를통합할수도있는데, 전세계적인항균제내성정보를수집하고분석하기도하며 [2], 국내에서는정윤섭등이이프로그램을이용하여 1995 년전국 66개병원에서수집한결과로그람음성간균의내성률분석을시행한바있다 [3]. BacLink 2 프로그램은 Microscan 이외에도전세계적으로다양한종류의미생물자동화장비에저장된데이터를변환할수있도록개발된프로그램이다. 또한각기기에고유한데이터베이스에서 dbase, ASCII 텍스트, MS- Excel, MS-Access 등의파일로도변환이가능하므로각개인의컴퓨터에서직접검색을하거나, 통계분석, 인쇄작업등을할수있다. Microscan 을사용하고있으나통계처리가전산화되지않은검사실에서는 BacLink 2를이용하면, 비교적편리하게미생물의동정및항균제내성에대한통계작업을할수있을것으로생각된다. 또한, WHONET 5.1 프로그램과병행하여사용하면항균제내성률의추세분석뿐만아니라감염관리에도도움이될것으로생각된다. 요약배경 : 미생물검사자동화장비인 Microscan 을사용하고있는검사실에서는기기에부속되어있는 Data Management System (DMS) 을이용하여미생물의검색이나항균제감수성통계등을구할수있지만, DMS 만으로는데이터베이스활용에한계가있고, 다른데이터베이스로변환하기도어렵다. 저자들은 BacLink 2 프로그램과 WHO- NET 5.1 프로그램을이용하여 Microscan 에저장된미생물검사결과를변환하고분석하여미생물분리율및항균제내성률통계에이용하려고하였다. 방법 :Microscan 의 DMS 를이용하여 ASCII 파일인 Short report form 으로검체와균주정보를얻었다. 파일로인쇄된데이터를 BacLink 2를이용하여 dbase 파일형태로변환시켰다. 변환된파일은 WHONET 5.1 을이용하여미생물분리율과항균제내성률등의통계를산출하였다. 결과 :Microscan 에저장된데이터를 1개월간격으로 Short report form 으로저장하였고, BacLink 2를이용하여 dbase 파일로변환시킬수있었다. WHONET 5.1 프로그램의분석기능을이용하여각균주별로항균제의내성, 중등도내성, 감수성에대한각각의통계결과를얻을수있었으며, 주요균주의내성률추세를구할수있었다. 결론 :BacLink 2를이용하여 Microscan 기기의데이터베이스를다른프로그램에서도사용가능한형태로변환시킴으로써, 분리균주의통계와항균제내성률통계등다양한미생물결과의통계분석이가능하였다. Microscan DMS 를사용하고있는검사실에서는 BacLink 2와 WHONET 5.1 을사용하면미생물분포및내성률조사등의통계분석을더욱편리하게시행할수있을것이다. 참고문헌 1. Stelling JM, O'Brien TF. Surveillance of antimicrobial resistance: the WHONET program. Clin Infect Dis 1997;24(S 1):S157-68. 2. Tenover FC, Mohammed MJ, Stelling J, O'Brien TO, Williams R. Ability of laboratories to detect emerging antimicrobial resistance: proficiency testing and quality control results from the World Health Organization's external quality assurance system for antimicrobial susceptibility testing. J Clin Microbiol 2001;39:241-50. 3. 정윤섭, 이경원, 서진태, 김의종, 배직현, 이규만, 최태열. 전국주요병원에서분리된호기성그람음성간균의항균제감수성. 감염 1996;28:131-41. 4. Dade Behring Inc. Operator's manual. Data management system West Sacramento. 2001.