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1 법제17조 납부세액 1 사업자가납부하여야할부가가치세액 ( 이하 납부세액 이라한다 ) 은자기가공급한재화또는용역에대한세액 ( 이하 매출세액 이라한다 ) 에서다음각호의세액 ( 이하 매입세액 이라한다 ) 을공제한금액으로한다. 다만, 매출세액을초과하는매입세액은환급받을세액 ( 이하 환급세액 이라한다 ) 으로한다. ( 개정 ) 1. 자기의사업을위하여사용되었거나사용될재화또는용역의공급에대한세액 2. 자기의사업을위하여사용되었거나사용될재화의수입에대한세액 2 다음각호의매입세액은매출세액에서공제하지아니한다. ( 개정 ) 1. 제20조제1항및제2항에따라매입처별세금계산서합계표를제출하지아니한경우의매입세액또는제출한매입처별세금계산서합계표의기재사항중거래처별등록번호또는공급가액의전부또는일부가적히지아니하였거나사실과다르게적힌경우그기재사항이적히지아니한부분또는사실과다르게적힌부분의매입세액. 다만, 대통령령으로정하는경우의매입세액은제외한다. 2. 제16조제1항 제2항 제4 항및제5항에따른세금계산서를발급받지아니한경우또는발급받은세금계산서에제16조제 1항제1호부터제4호까지의규정에따른기재사항 ( 이하 필요적기재사항 이라한다 ) 의전부또는일부가적히지아니하였거나사실과다르게적힌경우의매입세액. 다만, 대통령령으로정하는경우의매입세액은제외한다. 3. 사업과직접관련이없는지출에대한매입세액 4. 개별소비세법 제1조제 2항제3호에따른자동차 ( 운수업, 자동차판매업등대통령령으로정하는업종에직접영업으로사용되는것은제외한다 ) 의구입과임차 ( 賃借 ) 및유지에관한매입세액 ( 개정 ) 5. 접대비및이와유사한비용으로서대통령령으로정하는비용의지출에관련된매입세액 6. 부가가치세가면제되는재화또는용역을공급하는사업 ( 부가가치세가과세되지아니하는재화또는용역을공급하는사업을포함한다 ) 에관련된매입세액 ( 투자에관련된매입세액을포함한다 ) 과대통령령으로정하는토지관련매입세액 ( 개정 ) 7. 제5조제1 항또는제2항에따른등록을하기전의매입세액. 다만, 대통령령으로정하는것은제외한다. 3 사업자가부가가치세를면제받아공급받은농산물 축산물 수산물또는임산물 ( 이하 면세농산물등 이라한다 ) 을원재료로하여제조 가공한재화또는창출한용역의 455

2 제 4 장과세표준과세액 공급에대하여과세되는경우 ( 제12조제4항에따라부가가치세를면제받지아니하기로하고, 제11조에따라영세율이적용되는경우는제외한다 ) 에는대통령령으로정하는바에따라계산한금액을매입세액으로공제할수있다. ( 개정 ) 4 제3항은사업자가제18조및제19조에따른신고와함께대통령령으로정하는바에따라면세농산물등을공급받은사실을증명하는서류를사업장관할세무서장에게제출하는경우에만적용한다. ( 개정 ) 5 제1항에따라매입세액이공제된재화를부가가치세가면제되는재화또는용역을공급하는사업 ( 부가가치세가과세되지아니하는재화또는용역을공급하는사업을포함한다 ) 이나그밖의목적을위하여사용하거나소비하는경우해당사업자는대통령령으로정하는바에따라납부세액또는환급세액을다시계산하여제19조에따른해당과세기간의확정신고 ( 確定申告 ) 와함께관할세무서장에게신고ㆍ납부하여야한다. ( 개정 ) 6 제2항제6 호에따라매입세액이공제되지아니한재화를과세사업에사용하거나소비하는경우그사업자는대통령령으로정하는바에따라계산한금액을그과세사업에사용하거나소비하는날이속하는과세기간의매입세액으로공제할수있다. ( 개정 ) 7 제2항에따라공제되지아니하는매입세액의범위에관하여필요한사항은대통령령으로정한다. ( 개정 ) Ⅰ. 납부세액의계산 1. 본조의개요납부세액=매출세액- 매입세액부가가치세납부세액의계산은전단계세액공제방법에따라사업자가공급한재화와용역의세액인매출세액에서재화와용역을공급받을때또는재화를수입할때징수당한세액인매입세액을공제하여계산한다. 이때매출세액을초과하는매입세액금액만큼은환급세액이된다. 매출세액에서매입세액을공제하여납부 ( 환급 ) 세액을계산하는과정에있어서매입세액으로서공제되기위하여는 ⅰ) 자기의사업을위하여사용되었거나사용될재화나용역에대한세액과 ⅱ) 자기의사업을위하여사용되었거나사 456

3 용될재화의수입에대한세액이어야하는데이러한공제가능매입세액의요건을충족하지못한경우는공제받지못하는바, 본조제2항은공제될수없는매입세액을개별적으로규정하고있다. 공제불능매입세액의종류매입세액으로공제가안되는것으로본조제2항이규정하는것은 ⅰ) 매입처별세금계산서합계표를제출안한매입세액, 매입처별합계표기재사항중거래처별등록번호, 공급가액전부 일부의미기재및오류기재된부분매입세액 ⅱ) 세금계산서를교부받지않은매입세액, 교부받은세금계산서의필요적기재사항전부나일부의미기재혹은사실과다르게기재된경우의매입세액 ⅲ) 사업과직접관련이없는지출에대한매입세액, ⅳ) 비영업용소형승용자동차의구입과임차및유지에관한매입세액, ⅴ) 접대비및이와유사한비용의지출에관련된매입세액, ⅵ) 면세되는재화또는용역을공급하는사업에관련된매입세액 ( 투자에관련된매입세액포함 ) 및토지조성관련매입세액, ⅶ) 사업자등록전매입세액 ( 사업개시후등록한사업자의경우등록신청일부터역산하며 20일이내의것은매입세액공제됨 ) 공제가능매입세액의유형 적법히교부받은세금계산서의매입처별세금계산서합계표를과세표준수정신고서와함께제출하는경우 경정에있어서교부받은세금계산서나신용카드매출전표및교부받은계산서를경정기관의확인을거쳐정부에제출하는경우 교부하였거나교부받은세금계산서의필요적기재사항중일부가착오로기재된경우라도사업자등록을신청한사업자가사업자등록증교부일까지의거래에대하여사업자나대표자의주민등록번호를기재하여교부받은경우와당해세금계산서의필요적기재사항이나임의적기재사항으로보아 457

4 제 4 장과세표준과세액 거래사실이확인되는경우 면세사업용감가상각자산을과세사업에사용하는경우등은매입세액공제가가능하다. 의제매입세액공제와재고매입세액공제납부세액이나환급세액의계산시원칙적으로세금계산서와부가가치세가별도로표시된금전등록기계산서상의매입세액만을공제할수있으나일반과세사업자가부가가치세의면제를받아공급받은농산물 축산물 수산물또는임산물을원재료로하여제조 가공한재화나창출한용역의공급이과세되는것이라면당해원재료가액에소정부가가치율을곱하여계산한금액을매입세액으로공제하는바, 이를 의제매입세액공제 라고한다. 또한간이과세자가일반과세자로변경되면변경일현재의상품 제품, 반제품, 재공품, 재료, 부재료등의재고품이나취득, 제작, 건설및신축후 2년 ( 건물 구축물의경우 10년 ) 이내인감가상각자산에대한매입세액을소정비율로곱하여매입세액으로공제하는데이를 재고매입세액공제 라한다. 공통매입세액안분계산과재계산과세사업과면세사업을겸업하는경우면세사업관련매입세액은공제되지않는데이러한매입세액계산은실질귀속에따르되과세사업과면세사업에공통으로사용되어실지귀속이구분되지않으면공급가액비율에의거안분계산한다. 그러나면세공급가액이당해과세기간총공급가액의 5% 미만 ( 공통매입세액이 500만원이상인경우제외 ) 인경우의공통매입세액, 재화를공급하는날이속하는과세기간에사업을신규로개시한경우의매입세액및당해과세기간중의공통매입세액이 5만원미만인경우의매입세액은전액공제되는매입세액으로한다. 또한상기와같이공통매입세액을안분계산후총공급가액중에서면세공급가액의비율이당해취득일이속하는과세기간비율보다증가된다면감가상각자산에대하여는납부세액이나환급세액을재계산한다. 458

5 2. 납부세액계산요소납부세액의개념납부세액이란사업자가정부에납부하여야할부가가치세액으로서당해사업자가공급한재화또는용역에대한세액인매출세액에서당해사업자가자기의사업을위하여사용되었거나사용될재화또는용역의공급에대한세액및재화의수입에대한세액인매입세액을공제한금액이다. 단, 납부세액이음 (-) 의값을갖는경우, 즉매입세액이매출세액을초과하는경우에는그초과하는금액은환급받을세액인환급세액이된다. 여기서본항의납부세액개념은실제로정부에납부해야할세액은아니다. 왜냐하면실제로정부에납부해야할세액은이와같은납부세액에본법제 22조규정의가산세를가산하고본법제32조제2항의금전등록기세액공제와예정신고기간의미환급세액을공제한금액으로계산되기때문이다. 납부세액=매출세액- 매입세액납부세액의개념을계산산식으로나타내면다음과같다. 납부세액=매출세액-매입세액 ( 매출세액매입세액 ) 환급세액=매입세액-매출세액 ( 매입세액매출세액 ) 전단계세액공제법에의한계산매출세액에서매입세액을공제하여납부세액을계산하고있는이유는현행우리나라의부가가치세법이과세방법으로서전단계세액공제법을채택하고있기때문이다. 반면에다른과세방법으로서전단계거래액공제법이나가산법을채택한다면부가가치액이직접계산되고이부가가치액에세율을적용하여납부세액을계산하게되므로이와같은과세방법하에서는매출세액이나매입세액과같은개념이불필요하게되는데, 현행전단계세액공제법하에서는과세기간동안창출된부가가치액을계산할필요없이매출세액과매입세액을집계계산한후매출세액에서매입세액을공제하여납부세액을계산하게된다. 459

6 제 4 장과세표준과세액 3. 매출세액매출세액=과세표준 세율매출세액이란사업자가공급한재화나용역에대한세액을말하는바, 각사업장에서예정신고기간이나확정과세기간중에거래시기가도래한부가가치세과세대상이되는재화나용역의공급가액의합계액인과세표준에부가가치세율을적용하여계산한금액을말한다. 거래징수세액과매출세액의차이유형매출세액은본법제15조의규정에의하여사업자가재화또는용역을공급할때거래상대방으로부터거래징수한세액의합계액이라고도할수있지만다음과같은이유로양자가반드시일치하는것은아니다. 거래상대방으로부터부가가치세를실제징수할수없는거래 ( 예를들어본법제6조제2항내지제4항의규정에의한간주공급에해당하는거래인경우에는매출세액은계상하여납부하여야하지만실제의거래징수세액은없음 ) 환입재화의계산상차이금액 ( 사업자가공급한재화의환입시그환입일이속하는예정신고기간이나과세기간의과세표준에서당해환입재화에대한공급가액을공제하여매출세액을계산하기때문에발생함 ) 거래인식시점에따른차이금액 ( 매출세액계산은당해예정신고기간이나과세기간중에거래시기가도래한재화또는용역의공급에대한과세표준인공급가액에세율을적용하도록하고있으므로거래상대방으로부터실제로부가가치세를영수하였는지여부에관계없이매출세액이계산됨 ) 거래금액과징수세액의단수차이금액 ( 거래징수세액이원미만이거나국고금단수계산법의적용대상이되는경우에공급가액과부가가치세액의합계액중 10원미만의금액이있으면그금액이나 10원미만의금액을절사하여거래징수하므로단수차이가발생할수있음 ) 460

7 4. 매입세액 1) 공제가능매입세액 (1) 공제가능매입세액의요건자기사업상의재화 용역매입세액매입세액이란 ⅰ) 자기의사업을위하여사용되었거나사용될재화또는용역의공급에대한세액또는 ⅱ) 자기의사업을위하여사용되었거나사용될재화의수입에대한세액을말한다. 즉, 자기의사업을위하여사용되었거나사용될재화또는용역을공급받을때본법제15조의규정에의해거래상대방으로부터거래징수당한부가가치세액과자기의사업을위하여사용되었거나사용될재화를수입하는때에본법제23조제2항의규정에의해세관장으로부터징수당한부가가치세액이공제가능한매입세액이된다. 따라서이와같은매입세액의요건을충족시키지못한경우에는거래시부가가치세가부담징수되었다하더라도부가가치세법상의매입세액으로서인정받지못한다. 자기의사업을위한사용이어야함자기의사업이란자기계산하에사업을영위하는것을의미하는바, 위탁매입이나대리매입과같은경우에는자기계산이아닌위탁자나본인의계산하에서거래가이루어지므로자기의사업이아니다. 여기서자기사업의범위에는과세사업만이해당되며면세사업은해당되지아니한다. 자기의사업을위한사용이란부가가치의창출을위한자기의사업과관련된것을의미한다. 따라서자기의개인적인사용소비나자기의사업과관련이없는사용소비를위해재화나용역을구입하는경우에부담하는부가가치세액은매입세액으로인정되지않는바, 이는매출세액에서공제가능한매입세액이안된다. 한편자기의사업과관련된사용인경우에는과세되는재화또는용역을생산하기위하여직접투입되거나사용되었는지의여부와는관계없으며단지과세사업과관련성이있는것만으로족하다. 461

8 제 4 장과세표준과세액 따라서재무회계상손익계산을위한수익 비용대응의원칙과는달리부가가치세법에서는매출세액에서매입세액을공제하여납부세액을계산함에있어서과세사업과의관련성만있으면되고반드시매출세액과매입세액의직접적대응이필요한것은아니다. 사용되었거나사용될재화 용역을포함함여기서 사용된재화나용역 의의미는자기계산에의한사업의부가가치창출과정에이미투입되어그사용이완료된재화나용역을의미하며 사용될재화나용역 의의미는향후과세사업에사용될것이예상되어있는재고상태에있는재화만을의미한다. 왜냐하면용역인경우는제공과사용소비가동시에이루어지기때문에향후사용될재고상태가있을수없기때문이다. 그러나과세기간중간시점에서미리과세기간만료후의일정시점까지공급될용역의대가를지불하면서당해부가가치세액을징수당할수있으며이러한경우과세기간만료후의일정시점까지에해당되는부분의매입세액도사용될용역의공급에대한매입세액에해당된다. 결국당해용역이아직사용되지않았더라도장차사용될것이예상되므로매입세액공제가가능하다. 반면에최종적으로사업에사용되지않는것이라면당해재화 용역의최종소비자적지위에서의재화나용역의사용과소비이므로매입세액공제가되지않는다. 재화 용역공급과재화수입세액 재화나용역의공급에대한세액 이란거래상대방으로부터재화나용역을공급받을때에본거래상대방에게거래징수되는부가가치세액을말하며 재화의수입에대한세액 이란재화수입시세관장이징수하는부가가치세액이다. (2) 공제가능매입세액의범위 적법히교부 제출된세금계산서 위에서해설한공제가능매입세액요건을충족시킨다하더라도과세거래에 462

9 대하여본법제9조에서규정하고있는적법거래시기에세금계산서를교부받아관할세무서에제출하여야매출세액에서공제한다. 금전등록기계산서를교부받은경우와대리납부하는경우에는거래특성상세금계산서를제출하지않아도매입세액공제가가능하다. 결국적법히교부 제출된세금계산서의매입세액만공제되는바, 세금계산서를교부받아정부에제출하였다하더라도부가가치세법상규정된제반의무를이행하지아니하였거나태만히한경우나거래성질상공제불능매입세액은매출세액에서공제하지않는다. 결국매입세액은자기의사업을위하여사용되었거나사용될재화나용역을공급받거나재화수입시거래상대방이나세관장에의하여징수당한부가가치세를말하되특정경우외에는반드시세금계산서를교부받아이를정부에제출하여야매입세액으로서매출세액에서공제된다. 면세포기자의영세율적용공급없는경우매입세액공제가능 면세사업자가면세포기후영세율로공급하거나공급이없는경우의매입세액도공제한다. 해저광물자원사업의영세율적용매입세액공제 해저광물탐사나채취사업관련재화용역도매입세액이공제된다. 공제가능한매입세액의유형본법제17조제2항제1호내지제5호에해당되지않은다음의세액 교부받은세금계산서에기재된세액 ( 신용카드매출표에기재 확인된것을포함한다 ) 중계무역, 위탁가공무역, 외국인도수출관련세액 대리납부한세액 금전등록기계산서에기재 확인된세액 간이과세자가일반과세자로변경시변경일현재의재고품이나감가상각자산가액에포함된재고매입세액 463

10 제 4 장과세표준과세액 또한특정한경우거래상대방이나세관장에의하여적극적으로부가가치세를거래징수되지는않았더라도당해거래금액안에포함되었다고인정되는부가가치세상당액인의제매입세액 면세사업용감가상각자산을과세사업으로전용시취득시에공제받지못했던매입세액도매출세액에서공제하는매입세액범위에포함된다. (3) 매입세액의공제사업자실제공급받은사업자재화나용역의공급에대한세액과재화수입에대한세액을매출세액에서공제가능한매입세액으로할수있는사업자는당해재화나용역을공급받거나재화를수입한바로그사업자이다. 2 이상의사업자가공동사용할재화등을한사업자명의로계약체결하여도공급받은각사업자는자기가부담한매입세액을각각공제받을수있다. 공동매입포괄세금계산서의분리재교부여러공동사업자에게포괄적용역등을제공하는사업자가각사업자별로세금계산서를교부하지않고계약을체결한사업자를공급받는자로하여세금계산서를교부하였다면시행규칙제18조의규정을준용하여계약을체결한사업자가실제용역을공급받는각사업자를공급받는자로하여실제공급받는금액만큼의세금계산서를교부하여매입세액을공제받는다. 타인명의거래시의명의위장사업자 타인의명의로사업자등록한후교부받는세금계산서의매입세액도실질과세원칙에따라타인이아니라당해명의위장사업자의매출세액에서공제한다. 사업양수 도시의사업양수자사업의양도시양도자와양수자는각각별개의납세의무자가되므로사업양수자는사업양도자가사업양도전에교부받은세금계산서의매입세액을공제받을수없다. 따라서사업양수후에사업양도자명의로교부받은세금계산서 464

11 의매입세액도공제받을수없음이원칙이다. 그러나사업양도시까지교부되지못한수입세금계산서를사업양수후사업양수자가사업양도자명의로교부받은경우에도당해수입세금계산서를교부받은과세기간에매입세액으로사업양수자가공제받을수있다고규정하고있다. 세금계산서를교부받은기존사업장재화나용역을공급받거나재화수입시교부받은세금계산서의매입세액은공급받는자로기재되어있는사업장의매입세액으로공제한다. 결국매입세액은당해재화나용역을실제사용소비하는사업장과는관계없이공급받는자로기재된자에게서주로공제된다는것이다. 이와관련한사례는다음과같다. 본사와제조장이분리되어있는경우에본사에서원자재등을구입하여이를제조장으로발송하면서제조장을공급받는자로하여세금계산서를교부받은때에는그제조장에서그재화에대한매입세액을공제받을수있음. 공장에서사용소비할재화를본사에서구입하고수송편의상당해재화를직접공장으로운송하는경우에본사명의로세금계산서를교부받을수있음. 2 이상의사업장에서공동으로부담해야할경비를어느한사업장에서지급하고세금계산서를교부받은경우당해세금계산서상의매입세액은그세금계산서를교부받은사업장의매입세액으로공제함. 본점이자기의사업을위하여설치한지점의임차료를지급하고본점명의로세금계산서를교부받은경우본점의매입세액으로공제됨. 사업장의이전 확장시의기존사업장사업규모를확장하거나사업장을이전하기위하여기존사업장이외에신규사업장을개설하거나설치하는경우당해신규사업장설치등과관련된재화나용역을기존사업장에서공급받고기존사업장을공급받는자로하여세금계산서를교부받은때에는기존사업장의매입세액으로공제된다. 만일신규사업장에대하여사업자등록을한이후에교부받는경우도기존사업장이교부받으면기존사업장에서공제된다. 신규사업장을공급받는자로하 465

12 제 4 장과세표준과세액 여세금계산서를교부받았다면신규사업장의매입세액으로공제된다. 이때기존사업장과신규사업장의업종이동일하지않은경우에는사업자등록정정신고를한경우에만기존사업장에서공제할수있는것으로유권해석되고있다. 사업자의사업장이전 상호변경 사업종류의변경등사업자등록정정사유발생시이를정정하지아니하고세금계산서를교부받은경우라면당해세금계산서의필요적기재사항이나임의적기재사항으로견주어보아그거래사실이확인된다면당해세금계산서의매입세액을매출세액에서공제할수있다. 따라서기존사업장에대한사업자등록증상에당해업종이기재되었는지의여부만을기준으로매입세액공제여부가결정되는것은과세형평상불합리하다. 대리납부시의사용및기재사업장 본법제34조에서규정하고있는대리납부세액은대리납부대상용역을공급받은사업장에서공제하는것이원칙이다. 의제매입시의공급 완성사업장본법제17조제3항에서규정하고있는의제매입세액은당해면세된원재료를공급받는사업장에서공제하는것이원칙이다. 그러나당해면세원재료를공급받는사업장과최종제품완성사업장이다르다면최종제품을완성하는사업장에서도의제매입세액을공제할수있다. (4) 매입세액의공제시기거래시기가속하는예정신고기간이나과세기간에공제함재화또는용역의공급에대한매입세액은당해재화또는용역을공급받은거래시기가속하는예정신고기간이나과세기간의매출세액에서공제한다. 즉당해재화또는용역의사용소비시기, 부가가치세액의지급시기 납부시기, 당해재화또는용역을사용소비하여생산한제품의공급시기와는관계없이공급받은재화나용역의거래시기가속하는예정신고기간이나과세기간의매출세액에서공제한다. 결국당해예정신고기간이나과세기간내에공제하므로예 466

13 정신고시공제되지아니한매입세액도예정신고기간이속하는과세기간의예정신고시공제할수있다. 그러나과세기간을달리하여공제할수는없는바, 과세기간을달리하더라도수정신고기한내에적법한수정신고를할경우에는매입세액을공제받을수있을것이다. 수입일이속하는예정신고기간또는과세기간에공제함재화의수입에대한매입세액은당해재화의수입일이속하는예정신고기간이나과세기간에공제하는것이나수입일이속하는과세기간이지난다음수입세금계산서를교부받으면교부받은날이속하는예정신고기간이나과세기간의매출세액에서공제할수있다. 또한폐업후에수입세금계산서를교부받는다면폐업일이속하는과세기간의매입세액으로공제받을수있다. 양도자명의계산서의사업양수이후의공제사업양도후사업양수자가사업양도자명의로수입세금계산서를교부받는다면사업양수자가당해수입세금계산서를교부받은과세기간에매입세액으로공제받는다. 사업폐업시의폐업자사업자란사업을영위하고있는자를말하므로폐업후에는매입세액을공제할수없다. 다만, 사업자가폐업일전에공급받은전력에대하여폐업일이후에교부받은세금계산서의매입세액은폐업일전에공급받은것이확인되는경우에는매입세액을매출세액에서공제할수있다. 또한수입재화에대한매출세액을신고 납부하고폐업한후에당해수입재화에대한수입세금계산서를교부받으면매입세액은폐업일이속하는과세기간의매출세액에서공제할수있다. (5) 매입세액의공제사업장 매입세액공제의사업장간접관련성 부가가치세는납세지인각사업장별로사업자등록, 과세표준의신고, 세액의 467

14 제 4 장과세표준과세액 납부등을하도록하고있다. 따라서사업자가 2 이상의사업장을가지고있는경우에도납부세액의계산은각사업장별로하여야한다. 일반적으로매출세액은출고및판매가명확하므로당해사업장의관련성이엄격한데반하여매출세액에서공제하는매입세액에대하여는그사용및소비의흐름이외관상혹은객관적으로명확하지않으므로사업장과의실질적관련성을그다지엄격하게요구하고있지는않다. 이하에서는이를세부적으로설명하도록한다. 2) 공제불능매입세액공제불능매입세액의유형공급받는자가부담한매입세액중비록거래상대방이나세관장에의하여부가가치세를징수당한사실이입증되거나자기의사업을위하여사용되었거나사용될경우라고하여도매출세액에서공제하지않는것이있는데이를공제불능매입세액이라한다. 공제불능매입세액은크게두가지로나누어볼수있는데 ⅰ) 부가가치세법상규정된제반의무를이행하지아니하였거나태만히함에따른공제불능매입세액으로서세금계산서의미수취 합계표미제출 부실기재시의매입세액및등록전매입세액이이에해당되며, ⅱ) 거래의성격에따른공제불능매입세액으로서사업과직접관련없는지출에대한매입세액, 비영업용소형승용자동차의구입과유지에관한매입세액, 접대비와이와유사한비용에대한매입세액, 면세사업관련매입세액과토지조성관련매입세액등이여기에해당한다. 이하에서는이를상설한다. (1) 매입처별세금계산서합계표또는신용카드매출전표등수취명세서미제출과부실기재분매입세액 1 매입처별세금계산서합계표또는신용카드매출전표수취명세서미제출시의매입세액교부받은세금계산서또는신용카드매출전표수취명세서미제출이는적법히교부받은세금계산서의매입처별세금계산서합계표또는신용 468

15 카드매출전표수취명세서를본법제20조제1항과제2항의규정에의하여사업장관할세무서장에게제출하지아니한경우를말한다. 일반적으로사업자는교부받은세금계산서의합계표또는신용카드매출전표수취명세서를당해예정신고기간이나과세기간의예정신고나확정신고시정부에제출하여야적법한제출이된다. 이러한확정신고기한까지도이를제출하지않으면교부받은세금계산서관련매입세액은공제받지못하는것이다. 수정신고 경정제출시공제가능규정그러나시행령제60조제1항이정하는바와같이수정신고나경정시혹은기한후과세표준신고시까지매입세금계산서합계표, 신용카드매출전표등수취명세서등을제출하면매입세액을공제받을수있다. 또한합계표가오류기재되어도사실확인되면공제된다. 수정신고제출시공제가능함매입처별세금계산서합계표또는신용카드매출전표등수취명세서 ( 또는전자계산조직에의하여처리된테이프나디스켓도포함함 ) 를예정신고또는확정신고시에는제출하지아니하고국세기본법상의과세표준수정신고기한내에과세표준수정신고서와함께제출하는경우에는수정신고를하기전에경정받은사실이있는경우에도가산세부담없이매입세액을공제받을수있다. 경정청구서와함께제출시경정기관의경정에서공제 매입처별세금계산서합계표또는신용카드매출전표등수취명세서를경정청구서와함께제출한경우경정기관의경정에있어서도매입세액을공제한다. 착오기재된것도세금계산서에의하여거래확인되면공제가능교부받은세금계산서에대한매입처별세금계산서합계표의거래처별등록번호또는공급가액이착오로인하여사실과다르게기재된경우라도교부받은세금계산서에의하여거래사실이확인되는경우에매입세액을공제받을수있다. 469

16 제 4 장과세표준과세액 경정기관확인제출시공제가능함정당하게교부받아보관하고있는세금계산서또는공급가액과세액이구분표시된이면확인금전등록기계산서및신용카드매출전표를부가가치세경정시경정기관의확인을거쳐제출하는경우에는매입세액을공제받을수있다 까지는재경정시에제출하는세금계산서의매입세액은공제받을수없도록규정하고있었으나 이후교부받은세금계산서의매입세액은재경정시에경정기관의확인을거쳐제출하는경우에도공제받을수있다. 따라서 90년 2기분이전과세기간에대한납부세액또는환급세액을경정하는경우에는종전의규정에의하여처리하여야한다. 그리고이렇게세금계산서를제출하여매입세액을공제받는경우에는미제출가산세를부과한다. 경정기관의확인을거쳐제출하는세금계산서란경정조사시경정담당공무원 ( 기관 ) 에게제출하여거래당시적법하게교부받은세금계산서로서당해공무원에의하여조사되고경정기관에의하여확인되는경우를말한다. 중계무역 위탁가공무역 해외인도수출등의매입세액공제중계무역 위탁가공무역또는외국인도수출등도부가세과세로영세율적용이되는경우여기에사용되었거나사용될재화또는용역의공급에대한세액과그사업을위하여사용되었거나사용될재화의수입에대한세액을공제받을수있다. 2 매입처별세금계산서합계표의부실기재분매입세액적법히작성 제출하는매입처별세금계산서합계표상에거래처별등록번호가사실과달리기재되거나, 합계표상의공급가액의전부나일부가미기재되거나사실과다르게기재된부분의매입세액도불공제한다. (2) 세금계산서의미수취 부실기재시의매입세액 ⅰ) 세금계산서를적법하게교부받지않거나 ( 미수취 ) ⅱ) 교부받은세금계산서에필요적기재사항의전부또는일부가기재되지아니하였거나그내용이사실과다른경우 ( 부실기재 ) 의매입세액을말한다. 470

17 이러한매입세액을매출세액에서공제하지못하도록규정한이유는현행부가가치세제의기본틀인세금계산서의적법한교부 수수및제출을확보하기위함이다. 1 세금계산서미수취시의매입세액적법세금계산서미수취이는본법제16조제1항과제3항의규정에의한적법세금계산서를교부받지아니한경우의매입세액을말하는바, 적법세금계산서이외에간이세금계산서나소득세법및법인세법규정에의한계산서그리고기타증빙서류를받더라도이들은세금계산서를교부받은것이아니므로매입세액을공제받지못한다. 그러나신용카드매출표등을교부받은경우로써부가가치세액이별도로기재되고신용카드매출전표등수취명세서를제출하는경우에는매입세액을매출세액에서공제할수있다. 적법공급시기와교부시기로된매입세액공제본법제16조제1항의규정에의한세금계산서란사업자가본법제9조제1항및제2항에서규정하고있는거래시기에교부한세금계산서를의미하므로이러한재화나용역의거래시기이후에세금계산서를교부받는경우에는원칙적으로매입세액을공제받을수없다. 그러나공급시기이후에교부받은세금계산서라도당해공급시기가속하는과세기간내에교부받은경우에는매입세액공제가가능하다. 공급시기기재가정확한매입세액공제대법원판례나국세심판례에서는공급시기나과세기간이경과한후에작성일자를적법공급시기로소급하여작성교부했다하더라도그세금계산서의제반기재사항으로당해거래사실이확인되면매입세액은공제가능하다는해석을하고있다. 이는세금계산서가부가가치세액을확정하기위한증빙서류이고이를재화 용역의거래시기에작성 교부하도록한것도사실은증빙서류의진실을 471

18 제 4 장과세표준과세액 확보하기위한것이므로세금계산서의기재사항에의해당해공급일자의거래사실이확인되기만한다면이는적법하게교부된세금계산서라는것에논거를두고있다. 즉세금계산서의주고받은날보다는실제의거래일자가기록되었는지가중요하며이밖에월합계세금계산서등을규정하고있는것으로보아기재의정확성이매입세액공제의여부를결정한다고본다. 공급시기전교부된세금계산서도공제가능함본법제9조제3항에서규정하고있는거래시기도래전에교부받은세금계산서도매입세액이공제가능하다. 왜냐하면본법제9조제3항의규정은본법제9조제1항또는제2항의시기도래전에세금계산서를교부하는경우그교부하는때를당해재화또는용역의공급시기로보도록규정하기때문에공급시기도래전에세금계산서를교부하는것도적법한것이며위장가공거래가아닌한매입세액공제가가능한것으로볼수있기때문이다. 적법한월합계세금계산서의인정본법시행령제54조의세금계산서의교부특례규정에의해사업자는거래처별로 1역월이나 1역월이내에서거래관행상정하여진기간의공급가액을합계하여당해월의말일자나당해기간의종료일자를발행일자로하여그다음달 10일까지세금계산서를교부할수있다. 그러나이러한특례규정을위배하여그다음달 10일이후에세금계산서를교부받은경우에는매입세액을공제받을수없다. 2 교부받은세금계산서부실기재시의매입세액 교부받은세금계산서의필요적기재사항의전부나일부가기재되지않은경우와기재내용이사실과다른경우의매입세액은매출세액에서공제하지않는다. 필요적기재사항의전부 일부미기재 필요적기재사항은본법제 16 조제 1 항제 1 호에서제 4 호까지규정된공급하는 472

19 사업자의등록번호와성명및명칭, 공급받는자의등록번호, 공급가액과부가가치세액및작성연월일을말하는것으로서이러한필요적기재사항의전부나일부가미기재되면매입세액공제가불가능하다. 사업자등록신청한사업자가사업자등록증교부일까지의거래에대하여당해사업자나대표자주민등록번호기재분등의경우는예외로하여공제한다. 교부사실확인되면공제됨전자세금계산서의경우에는전자세금계산서의교부일의다음날까지국세청장에게교부사실명세를전송하여야하는데, 교부사실명세를국세청장에게전송하지않았더라도그교부사실이확인되면적법한세금계산서로인정되어매입세액공제는가능하다. 일부착오기재시사실확인되면공제됨필요적기재사항의전부가기재되지않을경우에는당연히당해매입세액의공제가불가능하나일부기재가되지않은경우에는부담세액이당해세금계산서의다른작성사실내용에의하여확인된다면매입세액으로서공제하여준다. 이는세금계산서상의매입세액공제의본질이세액부담자체라기보다는부담한세액의증거로서의기능면에있기때문인바, 소비형부가가치세의일반이론상당연한것이다. 일부누락기재시사실확인되면공제함기재사항중일부가 착오기재 된경우만언급하고있으나이는예시적규정으로보아야할것이다. 왜냐하면 일부누락 인경우나 착오기재 된경우모두당해세금계산서에의하여는사실의거래내용을알수없다는점에서는동일하기때문이다. 결국다른필요적기재사항이나임의적기재사항에의거그거래내용을알수있다면부가가치세액을파악하여공제함의사실판단문제가확실하므로기재누락의경우도매입세액공제가능한세금계산서로볼수있다. 473

20 제 4 장과세표준과세액 사실과다른필요적기재사항내용교부받은세금계산서의기재내용에서필요적기재사항내용이사실과다른경우에매입세액공제를배제하고있는데이때세금계산서의필요적기재사항내용이사실과다르다는뜻은사실과다른기재내용때문에거래내용을확인할수없을정도까지라고볼수있다. 왜냐하면세금계산서의필요적기재사항내용이사실과다른경우를너무좁게해석하여사실과차이나게기재된모든세금계산서의매입세액을공제하지않는다면사업상의매입세액공제라는부가가치세법상의기본이념에도반하며납세자에게많은불이익이초래될것이기때문이다. 실무상으로도세금계산서의필요적기재사항이사실과불일치하여도다른기재사항에의거거래사실이확인되기만한다면매입세액을공제하여주고있으며판례등도그렇게나오고있다. 필요적기재사항오류의사례 공급사업자의등록번호 성명 명칭등이사실과다른경우의사례로는위장사업자인경우, 실제공급한사업장이아닌세금계산서, 사업자등록정정한경우등이있다. 공급받는자의등록번호오류기재로는위탁자 대리인 본인등간의착오기재, 개인구입재화의회사명의교부등이있다. 공급가액과부가가치세액의오류로는고의로과소기재한금액, 공급가액등의착오기재등이있으며작성연월일의오류로는공급시기이후에기재된날짜로교부받는경우, 월합계세금계산서의기재일자가관행상정해진날이아닌경우및발행일자를기재하지않은경우등이다. 이밖에가공거래나고의로정정한경우위조및변조등과허위기재등도모두매입세액공제가안되는경우들이다. 3 공급시기이후지만당과세기간내교부분도공제 재화 용역공급일자에교부되지않아도당해과세기간 (6개월) 에만날짜를맞추어작성교부된세금계산서매입세액도공제한다. 또한세금계산서발급 474

21 특례에따라발급된특례세금계산서의경우과세기간다음달 10일까지발급받아도매입세액공제가가능하다. (3) 사업무관지출매입세액 1 사업과직접관련없는지출의범위사업무관지출규정매출세액에서공제될수있는매입세액은사업자가자기의사업을위하여사용하였거나사용될재화나용역을공급받을때거래징수된세액이므로사업과직접관련없는지출에대한매입세액은매출세액에서공제되지아니한다. 사업과직접관련없는지출의범위에관하여는소득세법시행령제78조및법인세법시행령제48조, 제49조제3항및제50조에의한다. 업무무관지출의유형사업에의직접관련여부의판단은그지출에따른구체적효과가없다고하여일률적으로사업과관련이없다고판단하여서는아니되는것이며사업을전체적으로보아판단하여야하는바, 일반적으로는사업자가업무에관련이없는자산을취득관리함으로써발생하는매입세액, 공동비용중사업자의분담비율을초과하는지출비용, 사업자가직접사용하지아니하고타인 ( 사용인제외 ) 이주로사용하는장소 건물 물건등을유지 관리 사용함에따라발생하는매입세액및사업자의출자자 ( 소액주주제외 ) 나출연자인임원또는그친족이사용하고있는사택의유지 관리및사용에관련된매입세액등을말한다. 2 사업무관지출매입세액의사례사업상피해재산의복구관련매입세액공제함자기사업과관련하여타인재산에손해를입혀당해피해재산의수리에관련된매입세액은사업과관련된매입세액으로서매출세액에서공제한다. 475

22 제 4 장과세표준과세액 수탁지급매입세액은공제안됨여행알선용역에직접관련안된관광객의운송 숙박 식사등의매입세액은공제되지않는다. 따라서이를유추하면수탁자나본인이부담할지출과관련하여발생된부가가치세는수탁자나대리인의사업과직접관련하여발생한것이아니므로수탁자또는대리인의매입세액으로공제되지않는다는결론이된다. 그러나약정에의하여관광객의식사 운송 숙박등의업무를자기책임과계산으로제공하기로하고관광객으로부터대가로받는전체금액을자기의과세표준으로하였다면운송 숙박 식사등에관련된매입세액은공제된다. 자기사업상의기증용재화의매입세액공제함국가등에기증되는재화의매입세액이자기사업과관련되면공제되고자기사업과관련없으면공제되지않는다. 그러나본법제12조는사업자가국가나지방자치단체및지방자치단체조합등에재화를무상으로공급하는경우에부가가치세가면제된다고규정하고있는바, 이와관련된매입세액은면세사업에관련된매입세액에해당된다고보아무조건매입세액공제가배제되지는않고자기의사업과관련한구입여부에따라매입세액을공제한다. 사업장신설관련매입세액은기존사업장에서공제가능시설확장목적상기존사업장이외에별도의신설사업장을건설함에있어설비와동설비에대한설치용역의세금계산서를기존사업장의명의로교부받은경우동세금계산서의매입세액은기존사업장에서공제할수있다. 또한제조업을영위하는사업자의과세사업에사용될제조공장의신축부지조성에관련된매입세액도당해사업의매출세액에서공제할수있다. 본점에서지급한지점비용의매입세액공제가능 자연석을채취하여이를자기의지점에서판매하기위하여운송업자에게자기의지점으로운반케하고그운반비를본점에서지급하고본점명의로수취 476

23 한세금계산서도본점의매출세액에서공제받을수있다. 복지후생용도로사용되는재화의매입세액공제가능사업자가자기의사업과관련하여사업장내에서복지후생목적으로사용소비하기위하여자기의사용인에게무상으로공급하는작업복, 작업모, 작업화, 면장갑, 음식물에대하여는매입세액이공제되는것인바, 이경우복지후생목적의범위는소득세법시행령제8조및제12조의2와법인세법시행령제13조의규정에의한다. 또한사업자가사업상자기종업원에게식권을발행하여음식을제공하고당해요금을회사가부담하는경우그와관련된매입세액도공제받을수있다. 공동시설에관련된매입세액공제방법 2 이상의사업자가공동으로사용할사업부대시설공사를그중한사업자의명의로계약을체결한경우에당해설비건설용역을제공하는사업자는각사업자를공급받는자로하여세금계산서를교부할수있으며그용역을공급받은각사업자는자기가부담한매입세액을공제받을수있다. (4) 비영업용소형승용자동차관련매입세액비영업용소형승용자동차는사업을위하여사용하기도하나사업자또는그사용인의개인적목적으로사용하는경우도많고또한그사용구분도매우곤란하기때문에그구입과유지에관련된매입세액을일률적으로매출세액에서공제하지는아니한다. 1 비영업용소형승용자동차의범위여기서비영업용소형승용자동차라함은운수업에서와같이직접영업에사용하는것이아닌자동차로서개별소비세법에의한주로사람의운송만을목적으로제작된승용자동차를말한다. 477

24 제 4 장과세표준과세액 2 구입 유지관련매입세액의유형비영업용소형승용자동차의구입과유지에관한매입세액에는 ⅰ) 소형승용자동차의취득, 구입대가, 제반운영유지비 ( 수선비, 유류비 ) 등의차량구입및운행과관련한직접비용에대한매입세액이있고 ⅱ) 타인소유소형승용자동차를렌트나임대차하여비영업용으로사용하는경우의당해사용료나유지비용에대한매입세액이포함되고 ⅲ) 차량무선전화기등과같은부대시설을비영업용소형승용자동차에설치한경우나당해차량무선전화기구입에따른매입세액도해당되며 ⅳ) 비영업용소형승용자동차의주차장을임대차한경우의주차장임차료나관리비등과같은간접비용의매입세액도해당된다. 그러나차량전화요금에대한매입세액은법제17조제1항의규정에의하여매출세액에서공제한다. 즉차량전화요금은비영업용소형승용자동차의구입과유지에관한비용이라기보다는자기사업을위하여사용되는비용에해당된다고보아매입세액을공제받을수있다. (5) 접대비등의매입세액접대비의사업비관련성접대비및이와유사한지출에관련된매입세액도부가가치창출사업을위하여직접필연적으로발생된다고보지않아관련된지출의매입세액을공제하지아니한다. 접대비의범위접대비및이와유사한비용은소득세법제50조및법인세법제25조의규정에의하도록하고있다. 여기서본법상매입세액불공제되는접대비적성질의여부판단기준만을소득세법이나법인세법의규정에의하도록하는것이며접대비용인한도규정까지이들법규정을준용하지는않는다. 따라서접대비및이와유사한비용의지출과관련된매입세액은소득세법이나법인세법의접대비손금용인한도범위내금액뿐아니라범위초과액금액의매입세액도불공제된다. 478

25 (6) 면세사업토지조성관련매입세액 1 면세사업불공제개념과이유부가가치창출사용 소비에의공제본법상부가가치세가면제된다고규정된재화와용역의공급가액에는부가가치세가포함되어있지않는바, 이런면세재화 용역의공급과관련된매입세액은매출세액에서공제되지않는다. 결국본법상부가가치가창출되는재화와용역공급을위해사용소비되는경우만매입세액이공제된다는것이다. 만약사업자가과세사업과면세사업을겸영한다면면세사업에관련된매입세액의계산은매입금액사용및소비의실지귀속에따른다. 그러나과세사업과면세사업에공통으로사용되어실지귀속을구분할수없는공통매입세액은다음에서설명하는공통매입세액안분계산방법에의하여계산한다. 면세사업원가반영및부분과세면세사업자가공제받지아니하는부가가치세매입세액은소득과세에있어서원가에산입되는바, 소득계산상소득자의필요경비나법인의손금으로산입된다. 매입세액을부가가치세법상공제받지못하고이를원가에산입한다는것은그거래징수된부가가치세상당액을전전시키지못하거나원가의형태로전전시키되그만큼가격을인상시키는요인이될수있다. 결국면세사업재화는전액과세가아니고부분과세되는결과가된다. 면세사업자의매입세액필요경비등산입에관하여는소득세법제48조제8호의2 및법인세법제16조제3호에규정하고있다. 2 면세사업의범위와관련매입세액면세재화 용역의국내공급면세사업이란본법제12조제1항과조세특례제한법제106조제1항의규정에의거면세되는재화나용역을공급하는사업을말한다. 479

26 제 4 장과세표준과세액 면세공급을사업으로하는매입세액면세사업에관련된매입세액이란면세사업에사용되었거나사용될재화나용역에대한매입세액으로서투자에관련된매입세액도포함한다. 만일면세재화 용역의공급을사업으로하는경우가아니라특정한면세공급에관련된매입세액이라면매출세액에서공제된다. 예로과세사업과관련한매입상품을국가등에무상기증하거나과세사업상의토지에대한자본적지출에관련된매입세액등은매출세액에서공제된다. 왜냐하면이러한특정한행위가면세에해당된다하더라도이를사업으로하는것이아니므로면세사업에해당되지않고결국일반과세사업과관련된것으로보아공제되는것이다. 3 토지조성자본적지출매입세액토지는부가가치창출의기본요소로서토지공급은부가가치세가과세되지않는다. 따라서토지의조성등을위한자본적지출액의매입세액도부가세면세되는토지자체의공급원가이므로매입세액이공제되지않는바, ⅰ) 토지의취득및형질변경, 공장부지및택지의조성등에관련매입세액, ⅱ) 철거한건축물의취득및철거비용관련매입세액, ⅲ) 토지취득원가를구성하는비용관련매입세액등이있다. 그러나토지조성이아닌지출의매입세액, 수익적지출의매입세액은공제된다. (7) 등록전매입세액본법제5조제1항규정상의사업자등록을하기전의매입세액은매출세액에서공제하지않음이원칙이다. 여기서등록은등록신청일을기준으로한다. 그러나본법제5조가신규사업개시일부터 20일내에등록하여야하는규정과맞추어등록신청일부터역산하여 20일이내의것은매입세액공제된다. 역산하여도 20일초과된그전의매입세액은공제되지않는다. 등록신청일을기준으로함 사업자등록은본법상의사업사실의등록에불과하므로그신청은단순한사실의등록신청이라할것이며, 등록신청에의한등록증교부도사업사실이 480

27 등록되었다는사실을증명하는증서의교부에불과하다. 즉, 사업자등록이나등록증교부가사업자에게사업을허용한다든가사업경영의권리를인정하는것으로도볼수없는것이므로등록이나등록증교부는사업사실의등록이나등록사실의증서에불과하다. 결국허가나특허로볼수없으며납세자의편익은사실상반사적이익에불과한것이다. 이렇게볼때사업자등록은사업자등록신청이있고동신청이접수되면당해접수된날이곧등록일이된다. 결국신청접수된날이등록일이되고접수일이후관할세무서내의등록대장상기록여부등은관청내부의문제이지대외적효력문제는아닌것이다. 등록전매입세액중공제대상사업개시후에등록한사업자의등록하기전의매입세액은원칙적으로매출세액에서공제안된다. 그러나등록신청일부터역산하여 20일이내의매입세액에대하여는매출세액에서공제한다. 이는사업개시후 20일정도등록기간 ( 본법제5조규정 ) 을감안현실여건을수용한것으로보인다. 사업자등록미정정은등록전아님사업장주소이전이나상호변경등과같이사업자등록정정사유가발생하였으나사업자가이를정정하지아니하고세금계산서를교부받은경우도당해세금계산서의필요적기재사항이나임의적기재사항으로보아거래사실이확인된다면매입세액은공제받을수있는바, 본호의등록전매입세액으로보지않는다. 등록신청기간의대표자주민등록번호기재분공제가능함일반적으로사업자등록의신청일로부터사업자등록증교부일까지는사업자등록번호가파악되지않으므로이때까지의거래에대하여는사업자등록번호를기재할수없다. 따라서당해사업자나대표자의주민등록번호를기재하고세금계산서를교 481

28 제 4 장과세표준과세액 부받는데이렇게교부받은세금계산서도정부에제출하여매입세액으로공제받을수있다. 공급시기기준으로등록전여부판단세금계산서교부시점은공급시점인바, 등록전매입세액의판단에있어서계약시점이나대금지급시점이아니라공급시기를기준으로한다. 따라서사업자등록신청일전에계약을체결하였더라도사업자등록신청일이후에공급시기가도래하여세금계산서를교부받는다면당해매입세액은공제받을수있다. 그러나사업자등록신청일전에중간지급조건부등의계약에의거일부의공급시기가이미도래하였다면사업자등록신청일이후에대금지급하고세금계산서를교부받더라도사업자등록신청일전에이미공급시기가도래한부분은등록전매입세액이되고적법한매입세액으로공제받을수없다. 월합계세금계산서에포함된등록전매입세액공제안됨사업자가사업자등록신청일전에재화나용역을공급받고사업자등록신청일이후의거래분과함께교부받은월합계세금계산서에포함된등록전매입세액부분은공제하지않는다. 따라서월합계세금계산서의매입세액중등록신청일이전에공급된재화와용역가액을파악하여산출된금액의매입세액은공제하지않는다. (8) 기타공제불능매입세액본항이매입세액불공제항목으로열거한것은일반과세사업자가공급받은과세대상이되는재화나용역에대하여부가가치세를부담은하였으나불성실교부와사업비관련등의특정사유에해당되어공제되지아니하는것이다. 그러나본법상의과세사업자가아닌비사업자가부담한부가가치세나과세대상아닌거래에대하여부담한부가가치세등은본법의규정사항이아니므로면세되는재화나용역을공급받고이를과세되는것으로착오하여부가가치세를부담하고세금계산서를교부받은경우및본항에열거되지않더라도매입세액으로공제되지않음이당연하다. 482

29 왜냐하면본항은열거규정이므로본항의열거항목에엄격히해당되면불공제되며반대로명확히공제된다고한것이외에는모두불공제된다고본다. 5. 면세농산물등의의제매입세액공제 1) 의제매입세액공제의개념과공제사업장 (1) 의제매입세액공제제도 1차산물가공업의의제매입세액공제납부세액을계산함에있어매출세액에서공제되는매입세액은매입시에거래상대방으로부터부가가치세를거래징수당하고그에대한세금계산서를교부받아정부에제출한때에한한다. 그러나일반적으로매입세액공제의예외로서면세되는농산물 축산물 수산물 임산물등의면세농산물등을공급받아이를원재료로하여과세되는재화를생산 공급한때에는비록농산물등을공급받을때부가가치세가거래징수되지않아세금계산서를교부받지아니하였다하더라도일정액을매입세액으로공제하여준다. 이를의제매입세액공제제도라고한다. 면세효과유지와중복과세방지의제매입세액공제제도를두는이유는농산물등에대해이들의공급자에게면세로공급하는효과를유지시킴과동시에이를제조및가공하여과세재화등으로공급하는자들의중간거래단계면세에따른매입세액공제가안되어과세가중복되는효과도상쇄하기위함이다. (2) 의제매입세액공제사업장의제매입세액공제는사업장과세원칙에따라농산물등의면세원재료를구입하여사용하는당해사업장의매출세액에서공제함이원칙이다. 만일 2개이상의사업장을가진사업자가면세원재료를일괄적으로구입하고각사업장이나공장등에인도하는경우라면 ⅰ) 본사에서일괄구입하여공장에인도하는때에는본사와공장에서선택적으로공제받을수있으나 ⅱ) 공장명의로구 483

30 제 4 장과세표준과세액 입한경우에는당해공장에서만공제받을수있는것으로본다. 2) 의제매입세액공제의요건 (1) 농산물의과세재화용역창출에사용 1 국내에서과세되는재화 용역공급사업자면세농산물등을원재료로사용국내에서면세농산물등을원재료로하여과세되는재화를제조 가공하거나용역을창출하는모든사업자가의제매입세액을공제할수있다. 즉, 면세물로제조 가공한재화의공급이국내에서과세되는경우에한해의제매입세액을공제받을수있다. 따라서면세포기신고를한사업자가면세농산물을단순냉동하여수출하는거래는의제매입세액공제가적용되지않는다. 93년 12월 31일까지는제조업에한정하여의제매입세액의공제를인정하고있었기때문에음식 숙박업 서비스업 광산업등과같은제조업이외의사업영위자들은의제매입세액공제가불가능하였다. 즉, 농산물 축산물 수산물및임산물을가장많이사용하는음식점이라할지라도의제매입세액공제가인정되지않으므로중복과세문제가큰분야이었으나이를개선하였다. 일반과세사업자이어야함여기서사업자란적법한사업자등록을하고사업을영위하는일반과세사업자를말한다. 따라서사업자등록을하지않은자이거나간이과세자 ( 음식점제외 ) 인경우에는의제매입세액공제가인정되지않는다. 2 면세로공급받은농산물등원생산물 성장불변의 1차가공의제매입세액공제대상이되는농산물, 축산물, 수산물과임산물이란원생산물이원칙이다. 그러나시행령제62조제1항의규정은농 축 수 임산물등의원생산물을포함하여원생산물본래의성질이변하지아니하는정도의 1차가공을거쳐식용에공하는것과미가공식료품및소금까지포괄하는것으로규정하고있는 484

31 바, 반드시국내생산물에만한정하는것이아니라면세로수입한농산물등도포함된다. 미가공식료품의범위는본법시행령제28조에의한다. 면세공급받은 1차산물등의범위부가가치세를면제받아공급받은산물등의의미는농산물등의제1차산물을면세로공급받는경우와농산물등을면세로수입한경우및농산물 축산물과수산물또는임산물에해당하지아니하는재화이지만이러한면세재화공급에필수적으로부수되는재화를면세로공급받은경우등이모두해당된다. 3 면세농산물등을원재료로한제조 가공, 용역창출직접사용되는원료 재료 면세된농산물등을원재료로하여 란면세농산물등을사용소비하여과세재화나용역을생산한다는것이다. 본법제6조제2항의자가공급에있어서의직접사용소비만을말하고사업을위하여타인에게면세농산물등을사용소비하게하는사업상증여의경우에는의제매입세액공제대상은되지않는다할것이다. 또한용역창출직접사용원료 재료도공제된다. 제조 가공창출과정의경유제조란한국표준산업분류의개념에따라물질또는구성요소에물리적및화학적작용을가하여새로운재화로전환시키는작업을말한다. 가공 이란개념도제조와의균형에의거새로운형태의재화로전환시키는행위를말하는바, 가공에의해만들어진재화의인도가재화공급에해당되어야만의제매입세액을공제할수있다. 상대방으로부터인도받은재화에다른주요자재를부담하지않고서비스나가공만하여주는것은용역창출공급으로볼수있으며, 임가공도용역창출에해당한다. 자기가주요자재의전부나일부를부담하고상대방으로부터인도받은재화에공작을가하여새로운재화를만드는가공계약에의거재화를인도하거나 485

32 제 4 장과세표준과세액 양도하는것은재화의공급에해당하는가공이다. 4 제조 가공한재화와창출한용역공급의과세면세로공급받은농산물등으로제조 가공한재화나창출한용역이본법상의부가가치세의과세대상재화이어야의제매입세액이공제된다. 왜냐하면면세공급받은농산물등을원재료로하여제조 가공한재화나창출용역이역시부가가치세면세대상재화라면부가가치세의중복과세효과나환수효과내지누적효과가발생하지않기때문에과세되는경우만의제매입세액이공제된다. (2) 의제매입세액의공제시기원칙 ; 구입하는때임의제매입세액의공제는예정신고나과세기간별로면세원재료를구입한시점을기준으로하는것이며당해원재료를실제로과세재화의제조가공에사용하는때에이르러공제하는것은아니다. 따라서구입시에과세재화제조가공에투입할목적이라면일상적인계산상의제매입세액으로공제된다. 예외 ; 사용하는때임그러나직접재배 사육 양식하거나그과정에있는타인의면세원재료라면당해사업자가과세재화의제조와가공에사용하거나사용할수있는때를공제시기로한다. 수정신고에의한의제매입세액공제가능함의제매입세액공제는예정신고나확정신고뿐아니라수정신고시나경정기관확인서도공제가능하다. 또한사업자등록신청시부터교부일까지도대표자주민등록분은공제된다. 486

33 (3) 의제매입세액의공제신고 1 의제매입세액의공제신고서의제매입세액공제신고서의제출의무농어민에게서면세농산물을직접공급받는경우는의제매입세액공제신고서와매입처별계산서합계표 신용카드매출전표등수취명세서중어느하나의서류를제출하는경우에한하여공제가가능한데, 제조업영위사업자는의제매입세액공제신고서만을제출하면된다. 대법원판례에서는의제매입세액공제신고서의제출을의무화한시행령제62 조제3항은법률의직접적인위임에의하여규정된것이아니므로신고서제출은의제매입세액공제를위한필수적요건이라기보다는예시적절차규정이라고판결하여왔는바, 감면이나혜택이아니라납세의무자의당연한권리이므로신고서가제출안되어도공제의법적효력에는영향이없다고본다. 2 의제매입세액공제관련증빙서류계산서 간이계산서등의제매입세액공제를받기위하여는계산서및신용카드매출전표또는직불카드영수증 일반영수증등의관련증빙서류를갖추어야한다. 공제대상원재료수불부 의제매입세액공제대상원재료수불부양식은사업자가지켜야할사항의고시 ( 국세청고시제89-81호, ) 에서다음과같이정하고있다. 의제매입세액공제대상원재료수불부품목단위 : 출고연구입처입고잔고소계과세재화제조용면세재화제조용월소재상성수단금수단금수단금수단금수단금일재호명량가액량가액량가액량가액량가액 487

34 제 4 장과세표준과세액 3) 의제매입세액의계산과회계처리면세원재료가액 공제율의제매입세액의계산방법은다음의시행령에의하는바, 이를산식으로나타내면다음과같다. 의제매입세액=면세로공급받은농 축 수 임산물가액 공제율 (1) 면세공급받은 1 차산물 부가가치세를면제받아공급받은 1차산물의원재료인면세농산물등의가액은일반적으로원재료매입가액자체이다. 공급시의순수매입원가운임등의부대비용을제외한매입원가를원재료가액으로적용하는데, 당해부대비용의지출에대하여는세금계산서를교부받아일반매입세액으로공제받을수있기때문에부대비용을제외하고있다. 과세와면세겸영자의총취득가액과세사업과면세사업의겸영자는소득세법시행령제89조나법인세법시행령제72조규정에의거계산된취득가액을원재료가액으로적용한다. 소득세법시행령제89조 자산의취득가액등 1 법제39조제 2항의규정에의한자산의취득가액은다음각호의금액에의한다. 2. 자기가행한제조 생산또는건설등에의하여취득한자산은원재료비 노무비 운임 하역비 보험비 수수료 공과금 ( 취득세와등록세를포함한다 ) 설치비기타부대비용의합계액 법인세법시행령제72조 자산의취득가액등 2 법제41조제 1항및제2항에따른자산의취득가액은다음각호의금액으로한다. ( 개정 ) 2. 자기가제조 생산 건설기타이에준하는방법에의하여취득한자산 : 원재료비 노무비 운임 하역비 보험료 수수료 공과금 ( 취득세와등록세를포함한다 ) 설치비기타부대비용의합계액 488

35 수입시의관세과세가액 원재료인면세농산물등을수입하는경우에는관세의과세가격을원재료가격으로하여계산한다. (2) 의제매입세액계산공제율 2%(6%) 의공제율의제매입세액을계산하기위한공제율은시행령제62조에서정하고있는바, 농산물등의국내생산물여부, 종류및최종생산재화의종류와관계없이일괄 2%(2/102) 를적용한다. 그러나음식점업의경우에는 4%(4/104) 를적용하지만, 과세유흥장소외의음식점은공급받는면세농산물에대해서는 6/106( 개인사업자는 8/108) 을적용한다. (3) 의제매입세액의회계처리의제매입세액계산대상이되는면세농산물등의취득원가는취득대가에서의제매입세액공제상당액을차감한것이므로취득대가에서의제매입세액공제상당액을차감한금액을원재료가액으로한다. 이에따라의제매입세액공제상당액은일반매입세액과동일하게선납부가세계정등으로계상한다. 4) 의제매입세액의안분계산 (1) 안분계산의의의의제매입세액의계산에있어서과세사업과면세사업을겸영하는경우와의제매입세액공제율이다른경우가있는데면세되는당해원재료의용도가실지귀속이분명히구분된다면실지귀속에따라계산한다. 그러나공통으로사용되어실지귀속이구분되지않거나구분방법이타당하지않은경우면세원재료의매입가액을일정한방법에따라의제매입세액이공제되는가액과차등공제되는가액및공제불가능한가액으로각각안분하여계산하여야하는데이를의제매입세액의안분계산이라한다. 489

36 제 4 장과세표준과세액 (2) 의제매입세액의안분계산방법공통사용분실지귀속불분명시면세로공급받은농산물등의원재료를의제매입세액으로공제하는재화와당해공제를하지못하는재화의제조에공통으로사용한경우나면세로공급받은원재료가다음과세기간으로이월되어그사용의실지귀속이불분명한경우에는매입세액을안분계산한다. 이를산식으로나타내면다음과같다. 안분계산산식 의제매입세액=면세원재료가액 ( 의제매입세액이공제되는재화의공급가액 / 총공급가액 ) 공제율위산식에서총공급가액이란사업장에서당해과세기간에의제매입세액이공제되는재화의공급가액과의제매입세액이공제되지아니하는재화의공급가액의합계액을말한다. 건물신축시는예정사용면적비율우선적용 매입세액전액이공제되는경우당해과세기간의총공급가액중면세공급가액이 100분의 5 미만 ( 공통매입세액이 500만원이상제외 ) 인경우의공통매입세액이나당해과세기간중의공통매입세액이 5만원미만인경우는당해원재료가액전체에대하여의제매입세액을공제하며당해과세기간중공급가액이없거나어느한사업의공급가액이없으면안분계산을하지아니하고총매입가액에대한면세사업에관련된매입가액비율에의하여야한다. 겸업사업자의과세 면세비율산정 과세재화와면세재화의공급을겸영하는경우의의제매입세액계산산식은다음과같다. 490

37 의제매입세액=면세원재료가액 ( 과세재화용역공급가액 / 총액 ) 공제율 재화용역공급가 (3) 의제매입세액안분계산의과세기간정산예정신고시의의제매입세액안분계산은예정신고기간의공급가액을기준으로우선안분계산하고당해예정신고기간이속하는과세기간의공급가액이확정되는확정신고시에는당해과세기간의전체공급가액을기준으로재정산하여야한다. 왜냐하면안분계산은구분이불명확하거나구입, 사용소비시점과제조 가공시점이다른경우 3개월단위신고시마다편리한계산숫자를근거로안분하는것이므로좀더실제에가까운숫자의산출을위해서는각확정과세기간에걸쳐재정산하여야가능하기때문이다. 이밖에확정신고시공급가액기준으로계산하지않은경우에도확정신고시공급가액을기준으로계산할수있다면공급가액을기준으로정산하여야한다. 5) 의제매입세액의재계산 (1) 재계산의개념과이유의제매입세액공제의취소의제매입세액재계산이란취득시의제매입세액을계산하여매입세액으로이미공제한농산물과축산물및수산물또는임산물을그대로양도나인도하는경우와면세되는재화 용역공급사업등의목적을위하여사용하거나소비한다면매입세액공제의이유가없으므로이미의제매입세액으로매출세액에서공제한금액을예정신고기간이나과세기간의납부세액에가산하거나환급세액에서공제하는것이다. 최종소비시의세액부담전가의제매입세액은당해제조 가공재화가과세재화로다시공급될때중복과세의방지를위해특별히허용해주는공제금액인바, 과세재화로공급되지않는사유가발생되면적용하지말아야한다. 491

38 제 4 장과세표준과세액 일반적으로의제매입세액의공제시기는면세공급된원재료인제1차산물등을사용소비할수있는때에사용소비가예정된것으로간주되기때문에공제할수있다. 그러나과세재화제조에의예정사용과는달리과세재화를제조및가공하는원재료로사용하지아니하고그대로양도및인도하거나면세사업에사용및소비한다면의제매입세액공제의이유가없어지므로의제매입세액공제재계산제도는부가가치세의부담전가의정확성을위해필요한제도이다. (2) 재계산사유와재계산시기재계산사유인최종소비사용등다음의경우에는재계산을하여야한다. 면세공급된제1차산물등에대해의제매입세액이공제된후일부를면세사업이나기타의목적을위하여사용및소비한때 면세공급된제1차산물등에대해의제매입세액이공제된후일부를그대로양도및인도한때 구입시에의제매입세액공제를받은농산물등의일부만을과세재화의원재료로사용하고나머지는그대로양도 인도하는경우 전용한날이속하는신고기간에재계산의제매입세액을공제한농산물등을과세재화용역의원재료로사용하지아니하고면세사업을위하여전용한경우에그전용한날이속하는예정신고또는확정신고시추가납부하는데, 그대로양도나인도하거나기타의목적에사용및소비하는때에도당해전용한날이속하는예정신고나확정신고시재계산한금액을그기간의납부세액에가산하거나환급세액에서공제한다. 492

39 Ⅱ. 겸업사업자의납부세액계산 1. 공통매입세액의안분계산 1) 공통매입세액안분계산의의의와계산산식과세 면세사업겸영자의공통매입세액안분계산과세사업과면세사업을겸영하는사업자에게있어서과세사업에사용되었거나사용될재화나용역의매입세액은과세사업의매출세액에서공제하는반면면세사업에사용되었거나사용될재화나용역에대한매입세액은관련된매출세액이없으므로매입세액도공제되지않는다. 매입세액의정확한공제와관련하여과세사업과면세사업의사업내용및관련된매입부가가치와매출부가가치가명확히구분경리되어있다면투입과산출의명확한실지귀속에따라구분하면된다. 그러나사용소비등의실지귀속을명확히구분할수없다면매입세액중면세사업에관련된매입세액으로공제되지않는매입세액과과세사업에관련된매입세액으로공제되는매입세액을합리적인배분방법에따라배분결정하여야한다. 이와같이과세사업과면세사업에공통으로사용되었으나실지귀속을명확히구분할수없는매입세액과공통매입세액을면세사업의매출액에대응되어공제되지않고필요경비와손금에산입되는부분과과세사업의매출세액에서공제받을수있는부분으로구분하는계산과정을공통매입세액의안분계산이라한다. 안분계산대상매입세액공통매입세액의안분계산은공제가능매입세액중매출세액에서공제할것과공제하지않을것을구분하는것이므로안분계산대상인매입세액은본법에의거매출세액에서공제할수있는적법요건을구비하고있는것에한한다. 따라서불공제대상이되는매입세액은안분계산대상이될수없다. 493

40 제 4 장과세표준과세액 공통매입세액안분계산산식 사업자가과세사업과면세사업을겸영하는경우에면세사업에관련된매입세액의계산은실지귀속에따라하되, 과세사업과면세사업에공통으로사용되어실지귀속을구분할수없는매입세액은다음시행령이정하는바에따라면세공급가액의총공급가액에대한비율로배분결정된다. 시행령제 61 조 매입세액의안분계산 1 사업자가과세사업과면세사업을겸영하는경우에면세사업에관련된매입세액의계산은실지귀속에따라하되, 과세사업과면세사업에공통으로사용되어실지귀속을구분할수없는매입세액 ( 이하 공통매입세액 이라한다 ) 은다음산식에의하여계산한다. 다만, 예정신고를하는때에는예정신고기간에있어서총공급가액에대한면세공급가액의비율에의하여안분계산하고확정신고를하는때에정산한다. ( 단서신설 ) 면세사업에관련된매입세액 = 공통매입세액 면세공급가액총공급가액 통신사업자의공통매입세액안분계산 통신사업자의경우는과세 면세사업을겸업함이일반적이다. 공통매입세액의안분비율을적용함에있어서는개별사업상단위가아니고전체사업장의과세공급가액과면세공급가액의비율을적용한다. 시행령제 61 조 매입세액의안분계산 5 제 1 항을적용할때 전기통신사업법 에따른전기통신사업자및 한국철도공사법 에따른한국철도공사는실지귀속을구분하기어려운재화또는용역에대해서만다음산식에따라공통매입세액을안분계산할수있다. ( 개정 ) 면세사업에관련된매입세액 = 공통매입세액 전사업장의면세공급가액전사업장의총공급가액 2) 공통매입세액안분계산요건 (1) 과세사업과면세사업의겸영자동일한사업자가과세사업과면세사업을함께운영하는경우에야공통매입세액안분계산대상이된다. 494

41 그런데이겸영은사업장을기준으로하여동일한사업장에서함께운영해야하는것인지사업장을달리하여과세사업과면세사업을운영하는경우에공통매입세액이발생한경우에도안분계산을하여야하는지에대하여논란이있을수있으나매입세액공제사업장해설에서본바와같이그사업장한계내지사업장관련성을제한하고있지않는것과형평을유지하기위해서는공통매입세액의안분계산에있어서도사업장을기준으로한다는제약은없다고본다. 법문에서도사업장관련성을제약하고있는바는없다. (2) 과세사업과면세사업에의공통사용공통사용및사용예정사업과관련하여취득한재화가겸영하는과세사업및면세사업에공통사용되는경우에야공통매입세액안분계산대상이된다. 공통사용이라는조건의충족은취득시점의실지귀속에따라계산할수없다면공통사용을예정한것으로도충분하다고본다. 그러나실제의공통사용이아니고공통사용의예정으로매입세액을안분계산한다면그정확도가매우불안정하지만이러한부정확성을완화하기위하여 ⅰ) 시행령제61조제1항에의한예정신고기간의안분계산을확정신고시에재정산하는규정과 ⅱ) 시행령제 63조에의한감가상각자산에대한매입세액의재계산제도가있음으로써가능하다. 계산편의상공급가액기준일반적으로공통매입세액의안분계산에있어서과세사업의매출세액에서공제되는금액을정확하게산출할수는없지만계산의경제성등을고려하여생산결과인공급가액비율로하였는바, 공통사용시점을실제의사용시점에기준을두어안분계산을해야한다면매입세액을부담한재화등의생산공정투입여부와관계없이재화등을공급받은날이속하는과세기간에공제받을수있다고하는개념과맞지않는다. 결국예정신고기간에공통매입세액안분계산한것을확정신고할때정산해야한다는규정이나감가상각자산에대하여 2년간에걸쳐서매입세액을재계 495

42 제 4 장과세표준과세액 산하는규정등으로합리적보완이되는것이다. (3) 실지귀속의불분명실지귀속불분명한공통사용취득한재화등이과세사업에사용될것이명백하거나면세사업에사용될것이명백하게구분될경우에는매입세액계산이그실지귀속에따라산정되어공제되므로공통매입세액의안분계산에관한규정은구입한재화등이과세사업과면세사업에공통으로사용되어실지귀속을구분할수없는경우에만적용된다. 소비과정및사용량의불분명그런데실지귀속의구분이불분명하다는것은여러가지개념이있는바, 우선재화등의사용량불분명또는그사용량에대한공급가액의불분명의문제가있다. 즉, 재화의사용량을구분할수없다면사용가액을알수없으므로불분명이되고사용량은구분가능하여도그사용량가액이가격차이등으로알수없다면구분이불분명한것으로본다. 이밖에사용및소비과정상의불분명에대하여장차사용될재화의매입세액도공제하여주는개념에견준다면재화의매입당시뿐아니라재화의구입, 관리, 가공과정의투입, 제조, 제품생산관리등제반실태를고려하여각단계마다전체적으로명확히구분할수없다면불분명으로본다. 3) 안분계산방법과기준 (1) 공급가액비율계산원칙공급가액비율에의한안분계산원칙과세사업과면세사업에공통으로사용소비되어실제의귀속을명확히구분할수없는매입세액인공통매입세액은상기게기한시행령제61조제1항의규정에따라다음산식으로면세사업에관련된매입세액과과세사업에관련된매입세액으로안분한다. 면세사업에관련된매입세액=공통매입세액 ( 면세공급가액 / 총공급가액 ) 496

43 과세사업에관련된매입세액 = 공통매입세액 - 면세사업에관련된매입세액 공급가액과수입금액의합계액 상기산식에서의총공급가액과면세공급가액은공급가액및수입금액의합계액으로한다. 공통매입세액이관련된사업부문만안분계산됨여러유형의과세사업과여러면세사업을겸영하는사업자에게실지귀속을구분할수없는공통매입세액의안분계산에있어서특정과세사업과면세사업에관련된공통매입세액만의세분이가능하다면그공통매입세액만에관련된사업단위만으로구분하여안분계산하여야한다. 예를들어신문사가윤전기를매입하였을경우신문구독료와광고수입외에부동산임대수입도있다면윤전기매입세액은부동산임대수입에관련이없으므로제외하고공통으로관련된신문구독료와광고수입만을계산에반영한다. 결국과세사업과면세사업만에공통으로관련된매입대가의세액만을구분하여이를그공통매입세액에관련된사업부분만의당해과세기간의총공급가액에대한면세공급가액비율로계산하여야실지귀속에가장근접한안분계산방법이된다. 각사업장단위로안분계산함사업자가여러사업장을갖고있다면사업자의공통매입세액안분계산도사업장단위로계산함이원칙인바, 각사업장에걸쳐서공통으로사용된다면매입세액안분계산은해당되는사업장을모두합하여계산한다. 매입일이속하는신고기간에안분계산함공급가액에의거안분계산하더라도매입일이속하는과세기간에안분계산하여야하는바, 과세기간이란공통사용되었거나사용될재화나용역의매입일이속하는과세기간을뜻한다. 매입일의과세기간에계산하므로당해재화나용역의매입일의과세기간에사용및소비되었다면안분계산에문제가없으나매입일의과세기간에사용 497

44 제 4 장과세표준과세액 또는소비되지않는다면실제의정확한계산을위해서는문제가있다. 예를들어공통매입대가가실제는면세사업에전액사용되었다든가과세사업에전액사용된경우가있는데공급가액비율에의하므로당해과세기간에특별한재계산이유가없다면어쨌든안분계산되는모순이발생되나현행규정상불가피하다. 예정신고분의확정신고정산함그러나예정신고시에예정신고기간분공통매입세액에대하여만안분계산한후당해예정신고기간분의확정신고시재정산하도록하였는바, 예정신고시예정신고기간중에과세사업과면세사업의공급가액이없거나어느한사업의공급가액이없어다른방법에의하여안분계산하였어도당해과세기간의최종 3개월에과세사업과면세사업공급가액이있다면면세공급가액과총공급가액의비율로재정산한다. (2) 매입가액비율안분계산수입금액 공급가액없는경우과세기간중과세사업과면세사업의공급가액이없거나어느한쪽사업의공급가액이없다면다음의시행령에의거매입가액에의해공통매입세액을안분계산한다. 과 면세공통사용건물분공통매입세액을예정사용면적기준으로안분계산하여신고한경우로추후과 면세공급가액이확정된경우는확정사용면적기준으로정산한다. 시행령제61조 매입세액의안분계산 4 제1항의규정을적용함에있어서당해과세기간중과세사업과면세사업의공급가액이없거나그어느한사업의공급가액이없는경우에당해과세기간에있어서의안분계산은다음각호의순에의한다. 다만, 건물을신축또는취득하여과세사업과면세사업에제공할예정면적을구분할수있는경우에는제3호를제1호및제2호에우선하여적용한다. ( 단서신설 ) 1. 총매입가액 ( 공통매입가액을제외한다 ) 에대한면세사업에관련된매입가액의비율 2. 총예정공급가액에대한면세사업에관련된예정공급가액의비율 498

45 3. 총예정사용면적에대한면세사업에관련된예정사용면적의비율 6 제4항각호외의부분단서에따라토지를제외한건물등에대하여같은항제3 호를적용하여공통매입세액안분계산을하였을때에는그후과세사업과면세사업의공급가액이모두있게되어제1항의산식에따라공통매입세액을계산할수있는경우에도과세사업과면세사업의사용면적이확정되기전의과세기간까지는제4항제3호를적용하고, 과세사업과면세사업의사용면적이확정되는과세기간에제61조의2제2호에따라공통매입세액을정산한다. ( 신설 ) 공통매입세액의정산 매입세액을안분계산한후공급가액또는사용면적이확정되는과세기간의납부세액을확정신고하는때에정산한다고다음시행령이규정하고있다. 즉개략적안분후확정된후의과세기간에정산한다. 시행령제 61 조의 2 공동매입세액의정산 사업자가제61조제 4항의규정에의하여매입세액을안분계산한경우에는당해재화의취득으로과세사업과면세사업의공급가액또는과세사업과면세사업의사용면적이확정되는과세기간에대한납부세액을확정신고하는때에다음각호의산식에의하여정산한다. 다만, 예정신고를하는때에는예정신고기간에있어서총공급가액에대한면세공급가액의비율또는총사용면적에대한면세사용면적의비율에의하여안분계산하고확정신고를하는때에정산한다. ( 개정 ) 1. 제61조제4항제1 호및제2호의규정에의하여매입세액을안분계산한경우가산또는공제되는세액= 과세사업과면세사업의공급가액이확정되는 총공통 매입세액 (1- 과세기간의면세공급가액과세사업과면세사업의공급가액이확정되는과세기간의총공급가액 2. 제61조제4항제3호의규정에의하여매입세액을안분계산한경우가산또는공제되는세액= 과세사업과면세사업의사용면적이확정되는 총공통 매입세액 (1- 과세기간의면세사용면적과세사업과면세사업의사용면적이확정되는과세기간의총사용면적 )- 기공제세액 )- 기공제세액 499

46 제 4 장과세표준과세액 공통매입세액정산사업장부동산임대업과금융보험업을겸영하는법인사업자의지점건물신축에따른매입세액안분계산및공통매입세액정산은세금계산서를교부받은사업장이라면본점이나지점중어느쪽도가능하다. (3) 기타의경우합리적계산방법 1 안분계산방식에의한계산과세사업과면세사업에공통으로사용되는재화를공급하는경우의과세표준은직전과세기간중의과세와면세의공급가액비율로구분계산하므로그재화에대한매입세액의안분계산도당해계산공식에의한다. 겸영사업자신축건물매입세액의안분계산 과세사업과면세사업의겸영사업자의신축건물등에대한매입세액은사용면적등에의하여실지귀속이분명한경우에는그에따라계산한다. 실지귀속의분명여부면적에의한실지귀속이분명하면면적으로, 원가계산에의거실지귀속이분명하면원가로계산하는것이다. 반면에실지귀속이분명한경우란과세사업과면세사업에사용된수량이나금액으로귀속이명확히확인되는경우와과세사업과면세사업에사용될수량이나금액을구분하여계산할적법한기준이있는경우모두가해당된다. 결국안분계산할공통매입세액이란과세사업이나면세사업에관련된매입세액을구분계산할적법한기준이없는매입세액으로만해석하여야한다. 2 안분계산을하지않는경우경미 소액인경우의전액공제과세사업과면세사업에의공통매입세액인경우도면세공급가액이 5% 미만이거나공통매입세액이 5만원미만이면전액매입세액으로공제되도록한다. 이는안분계산의경제성과중요성을고려하여납부세액계산의편리성을도 500

47 모하기위한것이다. 이렇게매입세액의전액을공제받으면납부세액과환급세액재계산도적용되지않으며면세사업에사용하는경우의자가공급으로도보지않는다. 2. 납부세액과환급세액의재계산 1) 재계산개념과시기매입세액과다공제배제위한정산제사업자가과세사업을위하여사용되었거나사용될재화의매입세액은매출세액에서공제되며그러한재화를사용하는사업이과세사업과면세사업의겸영인경우의매입세액은안분계산에의하여매출세액에서공제된다. 그런데공통매입세액을당해과세기간의면세공급가액의총공급가액에대한비율인면세비율에의해안분계산하여매입세액을공제받은후에당해과세기간에면세비율이증가한경우에는당해안분계산에의한매입세액공제액이과다히공제된결과가된다. 특히당해사용재화가내구자본재라면그사용기간이여러과세기간에걸치므로이러한모순은현저한것인바, 본항의납부세액등재계산은매입세액공제의과다공제를배제하기위한정산제도이다. 면세비율증가시의재계산이유본법은매입세액이공제된재화등을면세사업에전용하는자가공급이나개인적으로소비하는개인적공급의경우에, 공급의제및관련과세표준계산규정에의거부가가치세매입세액공제를정산하도록하고있다. 결국공제한매입세액에다공급의제한과세표준이발생시키는매출세액을대응시키는방법으로조정하고있는바, 취득당시에이미과세 면세사업의공통사용재화로서매입세액을안분계산으로공제받고그후과세기간에계속공통사용하고있는내구자본재 ( 감가상각자산 ) 인경우그후과세기간에면세비율이증가했다고하여이를면세전용으로서공급의제하는것도불합리하다. 이를위해매입세액공제를정산하는절차로서납부세액등재계산제도를마련한것인바, 감가상각자산이공급의제에해당되어과세표준을계산하고매출세액을발생시킨경우라면납부세액등의재계산규정은적용하지않는다. 501

48 제 4 장과세표준과세액 확정신고시재계산함납부세액이나환급세액의재계산은그증가되는면세공급비율계산을각과세기간단위로하도록되어있으므로확정신고시에만납부세액이나환급세액의재계산을한다. 재계산에의한결과금액을과세기간의납부세액에가산하거나환급세액에서공제하면되는것으로서예정신고시에는납부세액이나환급세액재계산의필요가없다. 2) 납부 환급세액재계산요건면세비율증가한감가상각자산납부세액이나환급세액의재계산은면세공급가액비율이취득일의과세기간비율보다증가되거나감소되는모든경우로서기존에적용하였던비율의차이가 5% 이상인경우에해당된다. 5% 이상차이시재계산요약하면매입세액의안분계산에있어서면세공급비율이증가하거나감소한감가상각자산을말하는데, 이때그증가하거나감소한비율이취득일의과세기간비율보다 5% 이상증가하거나혹은감소된경우에한한다. 5% 미만증가 감소의경우는재계산할필요가없다. (1) 매입세액의안분계산과세사업과면세사업의겸영사업자가공통매입세액의실지귀속을알수없어안분계산하는경우에만한하여재계산한다. 매입세액을안분계산한경우이어야하므로전액매입세액공제되었던경우에는재계산대상이아니다. 또한실지귀속이명확하거나합리적인기준에의거과세사업과면세사업에관련된세액을계산하여납부하거나환급세액의계산후에기준이변경된경우라도안분계산을하지않는다. 502

49 (2) 면세비율의증가내지감소가 5% 이상인경우만재계산납세액증가내지감소시의재계산면세공급가액이총공급가액에서차지하는비율또는총면적사용에대한면세사용면적의비율이공통매입세액의당초안분계산시비율보다증가되거나감소된모든경우에재계산하되차이비율이 5% 이상인경우만재계산한다. 결국당해재화구입시공제받지못한매입세액보다더많은세액이공제되지않아야하는경우와면세비율이감소되어더많은매입세액을공제받게되는경우에재계산할수있다. 납세의무자입장에서납세부담액이증가되는경우뿐아니라감소되는경우에도가능하다는말이다. 따라서공급받은과세기간부터과세 면세사업에공통사용하면서도매입세액전액을면세사업에배분하여매입세액공제를받은일이없다면납부세액등재계산도할여지가없을것이다. 원칙적으로는공급받은과세기간에면세사업에만사용함으로써매입세액을공제받지아니하였더라도그후과세기간에과세사업에공통사용하면납부세액재계산을허용하여매입세액을추가로공제하도록해야부가가치세의본질에비추어합리적이고실체적진실에합당할것이나우리나라부가가치세법은면세사업에사용하던내구자본재를과세사업에전용할때매입세액을안분공제하는제도가없다. 매입세액의재계산의경우는면세공급가액의비율이증가하는경우뿐아니라감소하는경우에도허용하고있다. 단, 5% 이상차이있는경우만재계산한다. 면세비율의계산과수입금액기준면세비율계산시의계산요소인총공급가액과면세공급가액및총사용면적및면세사용면적에관하여다음의시행규칙이규정하고있다. 시행규칙제19조의2 납부세액또는환급세액의재계산 1 영제62조의 2제1항에서 총공급가액 이라함은당해재화에관련된과세기간의과세사업에대한공급가액과면세사업에대한수입금액의합계액을말하고, 면세공급가액 이라함은당해재화에관련된과세기간의면세사업에대한수입금액을말하며, 총사용면적 이라함은당해재화에관련된과세기간의과세사업에사용되는면적과면세사업에사용되는면적을합한면적을말하고, 면세사용면적 이라함은당해재화에관련된과세기간의면세사업에사용되는면적을말한다. ( 개정 ) 503

50 제 4 장과세표준과세액 면세비율증가판단기간면세비율의증가여부는 4개의과세기간인재계산기간에는계속비교하여야하며과세기간별면세공급가액의비율이취득일이속하는과세기간또는재계산한과세기간의면세공급가액비율보다높은경우에는재계산하여야한다. (3) 감가상각대상자산재계산은공통매입세액이공제된재화가계속적으로사용되는경우에당해자산의면세사업과과세사업에의사용정도에따라매입세액의공제범위를조정하려는것이므로재계산대상이되는재화는감가상각대상자산에한한다. 기타의재화는구입시에공제받지못하는매입세액을안분계산한것으로과세관계가종결된다. 여기서감가상각자산은본법시행령제49조제1항본문규정에따라소득세법시행령제62조나법인세법시행령제24조에규정하는일반적인의미의감가상각자산으로보면된다. 3) 재계산방법및재계산배제 (1) 이후취득한감가상각자산재계산관련규정납부세액가산및환급세액에서공제하는재계산의관련규정은다음과같다. 시행령제62조의2 납부세액또는환급세액의재계산 2 제1항의규정에의한납부세액또는환급세액의재계산에의하여납부세액에가산또는공제하거나환급세액에가산또는공제하는세액은다음각호의산식에의하여계산한금액으로한다. 이경우경과된과세기간의수에관하여는제49조제 1항본문후단의규정을준용한다. ( 개정 ) 1. 건물또는구축물 ( 개정 ) 가산또는공제되는세액= 증가되거나감소된면당해재화의매입세액 _ 1-5 경과된과세기간의수 세공급가액의비율또_ 100 는증가되거나감소된면세사용면적의비율 2. 기타의감가상각자산 ( 개정 ) 504

51 가산또는공제되는세액= 증가되거나감소된면당해재화의매입세액 _ 1-25 경과된과세기간의수 세공급가액의비율또_ 100 는증가되거나감소된면세사용면적의비율 3 제1항및제2항의규정을적용함에있어서당해취득일이속하는과세기간의총공급가액에대한면세공급가액의비율로안분계산한경우에는증가되거나감소된면세공급가액의비율에의하여재계산하고, 당해취득일이속하는과세기간의총사용면적에대한면세사용면적의비율로안분계산한경우에는증가되거나감소된면세사용면적의비율에의하여재계산한다. ( 개정 ) 5 제2항의규정에의한경과된과세기간의수를계산함에있어서과세기간의개시일후에감가상각자산을취득하거나당해재화가제1항의규정에해당하게된경우에는그과세기간의개시일에당해재화를취득하거나당해재화가제1항의규정에해당하게된것으로본다. ( 개정 ) 재계산산식건물및구축물과기타의감가상각자산으로구분하여다음의산식으로납부세액또는환급세액을재계산한다. 건물또는구축물의경우 재계산가산또는공제되는세액=당해재화의매입세액 [1-5/100 경과된과세기간의수 ] ( 증가되거나감소된면세공급가액의비율또는증가되거나감소된면세사용면적의비율 ) 기타의감가상각자산의경우 재계산가산또는공제되는세액=당해재화의매입세액 [1-25/100 경과된과세기간의수 ] ( 증가되거나감소된면세공급가액의비율또는증가되거나감소된면세사용면적의비율 ) 증가되거나감소된면세공급비율또는증가되거나감소된면세사용면적의비율안분계산시의면세공급비율보다그후의과세기간에계산한면세공급비율또는증가되거나감소된면세사용면적의비율이증가되거나감소된부분인바, 증가되거나감소된면세공급비율또는증가되거나감소된면세사용면적의비 505

52 제 4 장과세표준과세액 율은재계산하는당해과세기간별면세공급비율또는증가되거나감소된면세사용면적의비율에서취득일이속하는과세기간또는직전재계산한과세기간의면세공급비율또는증가되거나감소된면세사용면적의비율을차감하여계산하는것이지취득후재계산하는과세기간까지를누계하여계산한면세공급가액또는증가되거나감소된면세사용면적의비율의비율은아니다. 경과된과세기간수이경우경과된과세기간의수는본법제3조의규정에의한과세기간단위로계산하되건물또는구축물의경과된과세기간의수가 20을초과하는때에는 20으로, 기타의감가상각자산의경과된과세기간의수가 4를초과하는때에는 4로한다. 그리고경과된과세기간의수를계산함에있어서과세기간의개시일후에감가상각자산을취득하거나당해재화가재계산대상재화에해당하게된경우에는그과세기간의개시일에당해재화를취득하거나당해재화가재계산대상재화가된것으로본다. (2) 이전에취득한감가상각자산재계산산식납부세액에가산하거나환급세액에서공제하는세액의재계산은다음의산식에의하여계산한다. 추가납부세액=재계산대상재화의매입세액 취득일이후경과기간에따른비율 증가되거나감소된면세공급비율 취득일이후경과기간에따른비율일반적으로감가상각자산은여러과세기간에걸쳐서 1년이상사용되는것이므로잔존한감가상각자산가액에상응하는매입세액만을재계산대상금액으로삼는다. 그러나미상각가액을정확하게계산하기는어렵고계산경제성측면에서도타당성이없으므로간소화를위해다음과같이감가상각자산의실제내용연수에관계없이경과된기간만을기준으로매입세액을일률적으로감소시킨다. 506

53 경과기간 비율 경과기간 비율 취득일 ~6월내 6월경과~1년내 1년경과~1년 6개월 100% 75% 50% 1년 6월경과~2년내 2 년경과 25% 0 (3) 재계산배제감가상각자산의자가공급등과세사업에공하던감가상각자산이자가공급 개인적공급 사업상증여또는사업의폐지등으로공급이의제되는경우에는기간경과에따른체감률을적용하여과세표준을산정하는바, 매출세액이발생하며이것이이미공제받은매입세액을회수하는기능을하는것이므로이러한경우에는납부세액등의재계산을하지않는다. 공통사용감가상각자산의공급과세사업과면세사업에공통으로사용하던감가상각자산을공급하게되면시행령제48조의2의규정에의하여그공급일이속하는과세기간의직전과세기간공급가액의비율에따라그공급가액을면세와과세로안분계산하여과세표준을계산한다. 이때에도안분계산에의해공제받은매입세액과과세표준의안분계산에의해발생시킨매출세액은서로대응관련을가지게되는것이므로이러한경우에도납부세액등의재계산은할필요가없다. 3. 면세사업용감가상각자산의과세사업용전환시매입세액공제그동안사업자가면세사업을위해사용하던감가상각자산을과세사업에전환하여사용하는경우라도당해자산의취득시부담한매입세액이불공제되었다. 하지만과세사업에사용하던재화를면세사업에사용하는경우재화의공급으로보아과세하고있는것과의과세형평성차원에서, 사업자가면세사업을위하여사용하던감가상각자산을과세사업용으로전환하여사용하는경우에도 507

54 제 4 장과세표준과세액 해당자산의취득시공제받지못했던매입세액중일부를공제받을수있도록부가가치세법이개정되었다. 1) 면세사업용감가상각자산을과세사업에전환사용시매입세액공제과세사업용으로전환시매입세액공제액계산방법면세사업을위해취득했던감가상각자산을과세사업으로전환하여사용하는경우도해당자산의최초취득시불공제되었던매입세액에대해공제가가능한데, 건물또는구축물은취득일로부터 10년 ( 이전취득분 5년 ), 기타감가상각자산은취득일로부터 2년이내에적용이가능하다. 이때취득당시에불공제되었던매입세액의일부가공제되는데, 다음의계산산식에의해계산된범위내에서공제가가능하다. 건물과구축물의공제액 = 취득시당해재화의면세사업관련불공제매입세액 (1-5/100 경과된과세기간의수 ) 기타의감가상각자산공제액 = 취득시당해재화의면세사업관련불공제매입세액 (1-25/100 경과된과세기간의수 ) 2) 면세사업용자산을과세 면세사업에공통으로사용시매입세액공제과세와면세에공통사용시안분하여매입세액공제액계산매입세액이불공제되었던감가상각자산을과세사업에만전환하여사용하는것이아닌과세와면세사업에공통으로사용하는경우에는총공급가액대비과세공급가액비율로안분계산하여공제되는매입세액을구한다. 건물과구축물의공제액 = 취득시당해재화의면세사업관련불공제매입세액 (1-5/100 경과된과세기간의수 ) ( 과세사업에사용 소비한날이속하는과세기간의과세공급가액 / 과세사업에사용 소비한날이속하는과세기간의총공급가액 ) 508

55 기타의감가상각자산공제액 = 취득시당해재화의면세사업관련불공제매입세액 (1-25/100 경과된과세기간의수 ) ( 과세사업에사용 소비한날이속하는과세기간의과세공급가액 / 과세사업에사용 소비한날이속하는과세기간의총공급가액 ) 총공급가대비과세공급가액비율로안분계산함에있어서과세사업과면세사업의공급가액이없는경우는총매입가액에대한과세사업에관련된매입가액의비율, 총예정공급가액에대한과세사업에관련된예정공급가액의비율, 총예정사용면적에대한과세사업에관련된예정사용면적의비율의순서를적용하여안분계산한다. 이렇게안분계산된매입세액을공제한경우에는과세사업과면세사업의공급가액또는과세사업과면세사업의사용면적이확정되는과세기간에대한납부세액을확정신고하는때에정산하면된다. 3) 감가상각자산의전환사용에따른신고전환사용일이속하는확정신고시에과세사업전환감가상각자산신고서제출면세사업에사용하기위해취득했던매입세액이공제되지않은자산을과세사업에사용하는경우에는해당사용일또는소비일이속하는날이속하는과세기간의확정신고시에과세사업전환감가상각자산신고서를제출하여해당자산을과세사업용으로전환하여사용한다는사실을신고하여야한다. 감가상각자산전환사용시의과세기간계산면세사업용감가상각자산을과세사업용으로전환사용하는경우건물또는구축물은취득일로부터 10년 ( 이전취득분 5년 ), 기타감가상각자산은취득일로부터 2년이내에전환하여야매입세액적용이가능한데, 이때의과세기간수를계산함에있어과세기간개시일이후에감가상각자산을취득한경우에는그과세기간개시일에해당자산을취득한것으로본다. 509