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준수 유
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1 사용설명서 Ion S5 Sequencer Ion S5 XL Sequencer 제품정보 모델명 : Ion S5 Sequencer, Ion S5 XL Sequencer 품목명 : 유전자서열검사기 [2 등급 ] 인증번호 : 수인 호사용목적 : 유전자 (DNA 또는 RNA) 의특정여러위치에서변이등을검출하기위하여차세대염기서열분석법 (NGS, Next-generation sequencing) 으로유전자서열검사에사용하는장치포장단위 : 1 set

2 1. 사용전준비사항 1) 장비와도구들을준비한다. 2) 제품을사용전에사용설명서를숙지한다. 2. 사용방법 가. Run plan 생성및 parameter 설정 1) Torrent Server를통해 Torrent Browser를열어 Plan 탭하부메뉴중 Templates를클릭한다. 2) 아래그림과같이 Plan New Run을클릭하여새로운 Run Plan을만들거나, Gear 탭에서드롭다운메뉴인 Plan Run을눌러기존에제공되는템플릿을선택한다. 3) IonReporter 와 Application 단계를검토한후, Kits 탭에서 Template Kit 옵션을아래그림과같이 Ion Chef 로선택하 고, 선택한 Chip 과 Kit Type 에맞춰각각의옵션을선택한다.

3 Kit Type Sequencing type Number of Flows 200-base-read 500 Ion 540 Kit-Chef 150-base-read base-read 260 Ion 520 & 530 Kit-Chef 400-base-read base-read 500 4) 실험할조건에맞게끔빈칸을채우고 Sample Tube Label 항목은 Ion Chef Library Sample Tubes 의바코드를스캔하 여입력한다. 2 개의샘플이름을구별하기위해서는 Number of chips 에 2 를입력한후체크마크버튼을누르면된 다. 5) 모든양식이완성되면 Plan 탭화면오른쪽밑에있는 Plan Run 을클릭하여저장한다. 나. Ion Chef system 셋업및 Run 실행 1) Ion Chef Reagent Cartridge를사용하기전박스에서꺼내약 45분동안실온에둔다. 2) Ion Chef Library Sample Tube에희석한각각의 library를 25μL씩피펫으로주입한다. 만약 control library를시험코자한다면, 1ul control library를 540chip을사용할경우 24ul Nuclease-free water에희석하여사용하고, 520chip 또는 530chip을사용할경우 52ul Nuclease-free water에희석하여사용한다. 3) Ion chef 장비에 load하기전까지희석된 DNA library들은튜브캡을닫고얼음위에보관한다. 4) Ion Chef consumable을모두장착한후, Ion Chef의터치스크린에서을누르고, Ion Chef 장비의문을위로들어올린다.

5) Used Pipette Tip 위치에빈 pipette tip rack

4 5) Used Pipette Tip 위치에빈 pipette tip rack 을장착하고, 글러브를교체한다. 6) Catch 를앞으로당긴후 Bracket 을들어올린후, New Pipette Tip 위치에새로운 Tip cartridge v2 를장착한뒤에 Bracket 을내려놓고 Catch 를뒤로밀어 cartridge 를잠근다. 7) PCR plate 를 thermal cycler sample block 에장착하면, automated heated cover 의하부에있는 Frame Seal v2 가내 려오게된다.

8) 선택한 Chip 과 Kit type 에따라, Ion 520&530 Chef

Library 를 reagent cartridge 의 A 위치, B 위치에로 딩한다.

5 8) 선택한 Chip 과 Kit type 에따라, Ion 520&530 Chef Reagents Cartridge 또는 Ion 540 Chef Reagents Cartridge 와 희석된 library 를 Reagent 구역에장착한다. 9) 2 개의 Library Sample Tube 의뚜껑을열고 25μL 씩희석된각각의 Library 를 reagent cartridge 의 A 위치, B 위치에로 딩한다. C 위치의 NaOH 튜브와 D 위치의빈튜브의뚜껑을연다. 10) Ion S5 Chef Solutions Cartridge 를 Solution 구역에장착한다.

6 11) Recovery Centrifuge 에각각여섯개의 Recovery Tubes(v2) 를장착한다. 12) Recovery Station Disposable Lid v2 를아래그림과같이 Port 가장비의뒤쪽을향하도록 centrifuge 위에올려놓고 뚜껑을덮는다. 13) Enrichment Cartridge v2 에적힌글자 (lettering) 가오른쪽옆을향하도록하여장착한다.

14) 준비된 Ion Chip 을 Bucket 에장착하고 Chip adapter

(A 위치 Chip 에는 reagent cartridge 의 A 위치에서처리된

7 14) 준비된 Ion Chip 을 Bucket 에장착하고 Chip adapter 를부착하여조립한다. 15) 조립이완성된 Chip 을 Chip-loading Centrifuge 에장착하고뚜껑을닫는다. (A 위치 Chip 에는 reagent cartridge 의 A 위치에서처리된 ISP(Ion Sphere Particle) 가로딩되고, B 위치 Chip 에는 reagent cartridge 의 B 위치에서처리된 ISP 가로딩된다.) 16) 셋업이끝나면, Ion Chef 장비홈화면에서 Set up run 을터치한다.

8 17) Step by Step 을터치하여장비를셋업하거나 Quick Start 를터치하여셋업과정을넘어갈수있다. 18) 장비의문이닫히면 Start check 를터치하여 Deck scan 을시작하고, 스캔이완료되면 Next 를터치하여 Data Destination 화면으로넘어간다. 19) Kit Type, Chip Type 등의설정이맞는지확인하고 Next 를터치한후, Run option 설정이필요할경우설정하고 Start run 을터치한다.

20) Run 이완료되면 chip 을 Ion Chef 장비에서분리하여즉시 Sequencing 과정으로넘어간다.

Ion S5 XL Sequencer 를 initialize 시 킨다.) 다.

9 20) Run 이완료되면 chip 을 Ion Chef 장비에서분리하여즉시 Sequencing 과정으로넘어간다. (Ion Chef system chip loading 과정이끝나기약 40 분전에 Ion S5 Sequencer 또는 Ion S5 XL Sequencer 를 initialize 시 킨다.) 다. Ion S5 Initialize 및 Sequencing run 1) 메인메뉴에서 Initialize 를터치하여 Initialize 과정을진행한다. 2) 사용된 chip 을 Chip clamp 에서제거하고샘플이 loading 된 chip 을넣어준다. 3) 터치스크린메인메뉴에서 Run 을터치하여설정이제대로되었는지확인하고이상이없으면 Start run 을터치하여 sequencing run 을시작한다.

10 4) Sequencing run 이완료되면, 자동으로 cleaning 절차가진행되고 cleaning 완료후메인화면으로돌아오게된다. 결 과는 Torrent Browser 에서검토한다. 5) Sequencing time, Analysis time 은각각아래와같다. 구분 내용 Sequencing time a) 520 chip 530 chip 2.5 시간 Ion S5 540 chip 520 chip 5 시간 Analysis time b) 530 chip 8 시간 540 chip 16.5 시간 520 chip Sequencing time a) 530 chip 2.5 시간 Ion S5 xl 540 chip 520 chip 1 시간 Analysis time b) 530 chip 2.5 시간 540 chip 5 시간 a) 200bp sequencing 기준 b) 200bp BAM file 생성기준 3. 사용후보관및관리방법 장비안또는위에시약을쏟거나흘릴경우, 아래와같은단계로세척한다. a. Ion S5 Wash Solution bottle을꺼내고, waste reservoir를꺼내서비운다. b. Ion S5 Sequencing Reagents cartridge를꺼낸다. c. 눈으로오염물질 /nucleotide 시약흘림을확인한다. d. 흡수성타월을이용해서액체류를충분히흡수하여닦아낸후, 10% 표백제를이용하여주위를닦아낸다. e. 70% IPA를이용하여표면을닦아낸후, 건조시킨다.

11 4. 사용시주의사항 1) 본제품은반드시제품사용방법을숙지하고교육받은전문가에한해사용되어야한다. 2) 제품에알맞은전원을공급하여사용해야한다. 3) 실험실레이아웃을설계할때, 증폭전후작업을위한공간분리의필요성을고려해야한다. 실험실비품및 / 또는장치를적절한공간에분리배치하여오염가능성을최대한줄인다. 4) 제품을설치하거나이동시킬시엔, 적절히교육된서비스직원이수행하여야한다. 5) 실험실규정에따라교차오염을최소화해야한다. 6) Sequencing running 도중장비에진동이가해질경우, 측정치에영향을줄수있다. 장비는가능한냉장고 / 펌프등과떨어진, 진동이없는 bench에설치되어야한다. 7) 각실험유형에알맞으며, 유효기간이지나지않고올바른환경조건에서보관된시약을사용한다. 8) 이전시험에서사용한 DNA샘플조각이시험코자하는증폭 DNA시료내로교차오염되지않도록주의한다. 9) 각각의 dntp 튜브를취급하면서장갑을교체하는등, dntp 튜브간의교차오염에주의한다. 10) 시약을다룰때, 보호장비 ( 장갑, 옷, 안경등 ) 을착용하여시약과의직접적인접촉을주의한다. 11) 실험실규정에따라쓰고난시약및튜브등은적절히폐기되어야한다. 본제품은의료기기입니다.

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뉴스레터6호F?2??訝 February 2009 No.06 Roche Diagnostics Korea Co., Ltd. Focus Tech EDITORIAL February 2009 No.06 Contents Editorial 03 Focus 04 Product 10 Talk 12 Tech 14 Activity 19 Style 22 February 2009 No.06 02 03 FOCUS