Real Time System II www.takara.co.kr
높은정량성과재현성및신속성을기반으로하는 Real Time PCR은유전자발현해석및유전자검사에최적인방법입니다. 다파장모델 (Multi-Channel) 다카라바이오에서는 Real Time PCR용시약이나프라이머 (Perfect Real Time Support System) 와함께 96 well plate 적용이가능한 Real Time PCR 장치 Thermal Cycler Dice 를출시하여판매하고있다. 본기기는컴팩트한사이즈로, 고성능하드웨어와사용하기쉬운소프트웨어를장착한연구자의사용편리성을고려한 Real Time PCR 기기이다. 기본적으로동 ( 銅 ) 으로만든블록을장착한신규다파장모델과, 심플한 1 파장모델 ( 기존타입 ) 이있다. 복수의 plate 를이용해야하는다검사대상물체 다유전자해석이나복수 reference 유전자를이용한보정을간단하게할수있는상대정량해석소프트웨어 Multiplate RQ 가포함된모델도있어, 목적에맞게선택할수있다. 2 종류의형광필터를장착한표준장비 FAM TM /SYBR Green I ROX TM /Texas Red 옵션필터추가장착가능 HEX/VIC Cy TM 5 열전도율이높은동 ( 銅 ) 으로만든블록을장착하여리뉴얼 높은정량성, 높은재현성 편리한소프트웨어 MIQE 가이드라인에준한최신소프트웨어 (Software Ver.4) 96 well plate format 1 파장모델 (Single- Channel) SYBR Green I 검출 / FAM TM 표지 probe 검출에특화된단일파장모델 다양한검출방법이나해석방법적용가능 좁은공간에도설치가능한컴팩트한사이즈 복수의 plate 에서얻은 data 를한번에분석하는상대정량해석소프트웨어
Standard Model Real Time System II Code TP900 Multiplate RQ 장착 Model Real Time System II MRQ Code TP960 Standard Model Real Time System Single Code TP850 Multiplate RQ 장착 Model Real Time System Single MRQ Code TP870 Multiplate RQ Code TP840 본소프트웨어는 Thermal Cycler Dice 전용입니다. www.takara.co.kr I Tel. 02.2081.2510 I support@takara.co.kr
고성능하드웨어를이용한고 ( 高 ) 정밀도 Real Time PCR 가능 안정된온도제어와광학시스템 본시리즈의가열냉각시스템은현재 Thermal Cycler Dice 시리즈 (conventional PCR) 로판매되고있는 peltier device를사용하고있어, well 간의온도오차를최소한으로억제하고있다. 광원으로는할로겐램프를사용하며, 위에서 96 well을동시에측정하는카메라촬영방식으로, 측정시간의차이없이형광을검출하기때문에 well 간의검출오차가거의없다. 그결과, well간 실험간에높은균일성및재현성있는결과를얻을수있다. 다파장모델 (Code TP900/TP960) 은동 ( 銅 ) 블록을사용하여, 열전도율을한층더향상시켰다. 반응및검출에서최고의균일성 96 well로동일한반응후, Threshold Cycle(Ct값 ) 을측정하여반응및검출에서뛰어난균일성을확인했다 (N=96) 평균 Ct값 =22.7 표준편차 =0.0544 변동계수 (%CV)=0.24 주형 : Mouse cdna 1 ng 시약 : SYBR Premix Ex Taq II(Perfect Real Time)(Code RR081A/B) 2배의농도차를확실히검출정밀도가높은 Real Time PCR 해석을위해서는기기와시약둘다높은성능이필요하다. TAKARA BIO의 SYBR Premix Ex Taq Ⅱ(Perfect Real Time), SYBR Premix Ex Taq(Perfect Real Time) 과본기기장치를이용하면 2배의농도차이도해석가능하다. 주형 : Mouse total RNA 1.562 ng~50 ng 양에해당하는 cdna(2배희석, 6단계, N=3) 타겟 : Actb 유전자 SYBR Green I 검출, probe 검출등여러가지케미스트리 ( 분석 ) 에대응 다파장모델 (Code TP900/TP960) 은 FAM TM /SYBR Green I, ROX TM /Texas Red 를검출할수있는 2 종류의형광필터를장착한표준장비로, SYBR Green I 검출이나각종형광표식 probe(cycling probe, TaqMan probe) 를이용한검출이가능한 Real Time PCR 기기이다. ROX를보정에사용하지않기때문에, ROX channel도검출용파장으로활용할수있다. FAM TM 표식 probe와 ROX TM 표식 probe를이용한 multiplex PCR도가능하다. 옵션으로 HEX/VIC 과 Cy TM 5 2 종류필터를별도장착할수있어최대 4 종류까지형광필터를장착할수있다. 1 파장모델 (Code TP850/TP870) 은 FAM TM /SYBR Green I 을검출할수있는형광필터만을장착한기기로 SYBR Green I의검출이나 FAM TM 표식 probe 검출에특화되어있다. 주의 : 1 파장모델은필터를추가장착할수없습니다. 공간절약설계 본기기는할로겐램프를옆쪽으로설치하고, 전면슬라이드리드에거울을내장하여, 하드웨어전체를컴팩트하게설계했다. 본체는선반에수납가능하며, 좁은공간에도설치가능하다. 거울 (mirror) 내장형슬라이드리드 (Slide lid)
Software Ver.4 ; 편리한기능이가득한소프트웨어 최신기능을탑재하여편리하게사용할수있는프로그램 본기기의소프트웨어는 5개의화면으로구성되어있으며, plate 및 PCR 프로토콜셋업부터결과해석까지처음하는사람이라도손쉽게조작이가능하도록설계하였다. Experiment Options Absolute Quantification, Relative Quantification, Plus/Minus Assay, SNP Genotyping Assay의 4 종류의 Experiment Type을선택할수있으며, Run 종료후에도필요에따라 Experiment Type을변경할수도있다. Plate Setup Renewal New 보다간단하게샘플정보를설정할수있도록, Target, Sample을 1차리스트로만든후, 이리스트를불러와 plate를 setup 하는설정방법을사용한다. 체계적인 Plate Setup이가능하여, 많은검체를이용한분석시에도매우편리하게사용가능하다. Result/Analysis 아래위로나누어진 2개의해석화면을독립적으로조작할수있으므로, 동일실험을여러가지방법으로한번에분석할수있다. Output Setup New 간단한조작으로 RDML 파일을작성하기위한각종텍스트파일을출력할수있다. Thermal Profile Setup Pull-down 메뉴를이용해실험조건을간단히셋업할수있다. 전에사용했던 run file에서데이터를불러올수있어사용하기에편리하다. * 편리기능 Perfect Real Time Support System을사용할경우, primer 정보파일을시스템에서바로다운로드하여 Target list로 import 가능. MIQE 가이드라인에근거한소프트웨어로 RDML 파일출력이가능 Real Time PCR 데이터표시방법의통일을목표로세계적프로젝트가진행중이다. MIQE(Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments) 는 Real Time PCR 실험에관하여최소한으로필요한정보를가이드라인으로정하였으며, 향후 Real Time PCR의데이터표기시이기준이요구될것으로예상된다. RDML(Real-time PCR Data Markup Language) 은 MIQE로정해진정보를기재하기위해서고안된포맷으로, PCR 조건과프라이머서열등의실험조건이외에 Ct값, Tm값등의실험데이터도아울러기술할수있다. RDML 파일은 XML 형식이므로, 논문투고에사용할수있으며연구자간의데이터교환시활용가능하다. 본소프트웨어를이용하면간단한조작으로 RDML 파일을작성하기위한각종텍스트파일을출력할수있다. 리포트기능에충실 Excel 과 Word는물론 PDF 등여러가지형식으로출력가능하므로, 목적에따라필요한파일형식으로리포트작성이가능하다. 해석결과를리포트화하면시간절약은물론, 해석마다데이터관리시유용하게사용할수있다. 출력가능형식 Microsoft Word (.docx) Microsoft Excel (.xlsx) Microsoft PowerPoint (.pptx) PDF (.pdf), Comma-separated values (.csv) Text file (.txt) Bitmap (.bmp)
간편한소프트웨어로다양한 Real Time PCR 해석 다양한 Application 에대응가능 연구자가필요로하는여러가지해석방법으로대응가능. 1. Ct값 (Threshold Cycle) 산출방법 Crossing Point법증폭곡선 (Primary Curve) 과 Threshold와의교차점으로부터 Ct값을산출하는방법으로, threshold의설정에의해 Ct값이변경가능하다. 2nd Derivative Maximum법증폭속도의변화율이최대가되는 cycle 수를 Ct값으로하는방법으로, 검출오차의영향을받지않으므로, well간에형광값을보정할필요가없다. Crossing Point법과같이 threshold의설정에의해 Ct값이변하는경우가없으므로, 실험간재현성도높다. 2. 정량해석 :Absolute Quantification( 절대정량 ), Relative Quantification( 상대정량 ) 검량선표시검량선은절대정량, 상대정량의모두에서사용한다. 검량선에는 PCR 증폭효율과결정계수 ( 상관계수의제곱 ) 가표시되어실험의신뢰성을판단하는지표로사용할수있다. 상대정량결과의표시검량선또는 ΔΔCt( 비교 Ct) 값에따라상대정량해석을하면, 결과는 control 샘플을 1 로한막대그래프로표시가능하다. 3. 정성해석 :SNP Genotyping Assay, Plus/Minus Assay Scatter Plot 측정치의분포를 Scatter Plot으로표시한다. 결과를시각적으로파악하는데최적이다. Plate Format 각필터에서검출한결과를종합적으로판단하여, 자동으로 Plus/Minus 혹은 SNP Genotype 판정을실시한다. Control 반응의성공여부나위험성의가능성등을한눈에확인할수있다. (NTC:No Template Control) Internal control 과 target 판정 종합판정 SNP Genotyping Assay(Scatter Plot) SNP Genotyping Assay(Plate Format)
복수의플레이트데이터를한꺼번에상대정량가능 상대정량해석소프트웨어 Multiplate RQ Code TP840 Multiplate RQ는 Real Time PCR 실험의반응수증가와복수의 reference 유전자를이용한보정등많은수의샘플을분석하기위하여개발된상대정량해석소프트웨어이다. 복수의 reference 유전자 (housekeeping 유전자등 ) 를이용한보정이가능하다. 복수의플레이트에다검체, 다유전자에대한상대정량해석을간단하게실시할수있다. PrimerArray를이용한해석도편리하게적용가능하다. 복수의실험결과파일을한번에정리하여해석할수있다. 검량선법과 ΔΔCt법, 모두에적용가능하며, 그래프표시나다양한형식으로출력이가능하다. 식품환경검사용소프트웨어 Ver.1( 일본어버전 ) 품질관리등식품환경검사현장에서편리하게사용할수있는소프트웨어도설치가능하다 ( 일본어버전, 옵션소프트웨어 ). 이소프트웨어역시 Real Time PCR을처음하는연구자도편하게사용할수있다. Setup 부터결과해석까지한눈에내용을파악할수있게설계된편리한소프트웨어이므로, 간편하게 Real Time PCR 해석이가능하다. 샘플설정반응조건설정결과 / 해석 * 검사목적에따라 5종류중해석타입선택가능 1) +/- 판정 (Cycleave PCR Kit) : TAKARA BIO의 Cycleave PCR Kit 시리즈전용모드. 2) +/- 판정 : Target, Internal control 의결과를조합하여자동으로 +/- 종합판정실시. 3) 절대정량 4) 상대정량 5) SNPs Typing Perfect Real Time Support System(PRTSS) SYBR Green I 을이용한검출 : Real Time RT-PCR Primer 검색서비스 Perfect Real Time Support System (PRTSS) Perfect Real Time Support System은 intercalator법 (SYBR Green I검출 ) 을이용한 Real Time RT-PCR에최적화된 primer를검색 주문하기위한시스템이다. Human, mouse, rat, dog, bovine, chicken의 RefSeq 등록유전자에대해서전반적인 Real Time RT-PCR 용 primer를설계할수있다. 목적유전자를검색한후원하는 primer set를선택하면간단하게온라인으로주문할수있으며, 번거로운 primer 설계와반응조건최적화과정은불필요하다. sirna 효과확인, DNA Microarray 해석결과의검증등유전자발현정량이나유전자검출에이용할수있다. Human, Mouse, Rat, Dog, Bovine, Chicken의 Refseq 등록유전자에대한 primer 서열보유 온라인으로간편하게검색, 주문가능 : 주문완료후 primer 서열이메일로전달 TAKARA Real Time PCR reagent [SYBR Premix 시리즈 ] 와사용하면반응조건의최적화과정불필요 전용 URL http://www.takara.co.kr/prtss