System Biology Core

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나운 주
6 years ago
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1 System Biology Core 연세의생명연구원연구지원부 _ 연세유전체센터

2 The RNAi Consortium (TRC) shrna 안내 Ⅰ. MISSION shrna 의설계 MIT 와 Harvard 의 Broad Institute 의 The RNAi Consortium (TRC) 에서설계하고개발한 MISSION shrna clones 는 21 base stem 과 6 base loop 로이루어진 hairpin sequence 를포함 shrna sequence 는 plko.1 vector (TRC1, TRC1.5), TRC2-pLKO vector (TRC2) 에삽입된형태로각표적유전자당최소 3-5 개의 shrna 를제작하여 mrna 의다양한부분을표적으로하여, knockdown 을유도함 1 Figure 1. TRC shrna 의구조 2 Ⅱ. MISSION shrna Bacterial Glycerol Stock 연세유전체센터는약 20,000 개의 human genes 을표적으로하는약 130,000 개 shrna clones 로이루어진 MISSION human shrna library 를 bacterial glycerol stock 형태로보유 shrna plasmid DNA 의 purification 을위해, glycerol stock 을 bacterial culture 로증폭시킨후, 정제된 plasmid 를표적세포에 transfection 시켜, 일시적또는장기적으로 gene silencing 을유도 또는, packaging cell (HEK293T) 에 packaging plasmids 와 co-transfection 하여, 자가증식이불가능한바이러스입자를생성가능 각 MISSION shrna 는 plko.1-puro 또는 TRC2- plko-puro 와같은, lentivirus plasmid vector 에삽입된후, Escherichia coli 에 transformation 된형태로존재 두 vector 는 bacterial (ampicillin) and mammalian (puromycin) antibiotic resistance genes 을포함 3

3 TRC1 과 TRC1.5 libraries TRC1 과 TRC1.5 libraries 는 human genes 에대한 shrna 가 lentiviral plasmid vector 인 plko.1-puro vector 에삽입되어 bacterial glycerol stock 에 transformation 된형태로존재 Figure 2. TRC1 and TRC1.5 Lentiviral Plasmid Vector 의구조 3 TRC2 library TRC2 library 는역시 human genes 에대한 shrna 가 TRC2-pLKO-puro vector (plko.5-puro vector) 에삽입되어, bacterial glycerol stock 에 transformation 된형태로존재 WPRE (Woodchuck Hepatitis Post-Transcriptional Regulatory Element) 라는추가적인요소로 lentiviral vector 에의해전달된 transgenes 의발현을향상시키는역할 Figure 3. TRC2 Lentiviral Plasmid Vector 의구조 3

Ⅲ. TRC shrna control vectors 연세유전체센터보유 shrna control vectors TRC_ID GENE_SYMBOL Insert Vector SHC001 No hairpin plko.1 SHC201 No hairpin plko.5 SHC002 Non human or mouse shrna plko.

4 Ⅲ. TRC shrna control vectors 연세유전체센터보유 shrna control vectors TRC_ID GENE_SYMBOL Insert Vector SHC001 No hairpin plko.1 SHC201 No hairpin plko.5 SHC002 Non human or mouse shrna plko.1 SHC202 Non human or mouse shrna plko.5 SHC003 TurboGFP plko.1 SHC203 TurboGFP plko.5 SHC004 shrna targeting TurboGFP plko.1 SHC204 shrna targeting TurboGFP plko.5 SHC005 shrna targeting egfp plko.1 SHC016 Non-target shrna plko.1 SHC216 Non-target shrna plko.5 TRCN GFP shrna targeting GFP plko.1 TRCN GFP shrna targeting GFP plko.1 TRCN GFP shrna targeting GFP plko.1 TRCN GFP shrna targeting GFP plko.1 TRCN GFP shrna targeting GFP plko.1 TRCN GFP shrna targeting GFP plko.1 TRCN GFP shrna targeting GFP plko.1 TRCN GFP shrna targeting GFP plko.1 TRCN GFP shrna targeting GFP plko.1 TRCN GFP shrna targeting GFP plko.1 TRCN GFP shrna targeting GFP plko.1 TRCN GFP shrna targeting GFP plko.1 TRCN GFP shrna targeting GFP plko.1 TRCN GFP shrna targeting GFP plko.1 TRCN GFP shrna targeting GFP plko.1 TRCN GFP shrna targeting GFP plko.1 TRCN GFP shrna targeting GFP plko.1 TRCN GFP shrna targeting GFP plko.1 TRCN GFP shrna targeting GFP plko.1 TRCN GFP shrna targeting GFP plko.1 TRCN GFP shrna targeting GFP plko.1 TRCN GFP shrna targeting GFP plko.1 TRCN GFP shrna targeting GFP plko.1 Control Selection guide 3

각 shrna clone 에대한정보는 < http://www.broadinstitute.

5 Ⅳ. TRC shrna clone 정보검색 연구지원부홈페이지의서식자료실에서다운받을수있는 연세유전체센터 TRC shrna clones 엑셀파일에서 target gene 에해당하는 shrna clone 을찾을수있습니다. 각 shrna clone 에대한정보는 < > site 에접속후, 1 -> 2 -> 3 의순서로실행했을때, 다음페이지의예시와같이확인할수있습니다

6 Target gene 에대한 shrna 의정보검색결과예시 Percent match of the "Specificity-Defining Region" of the hairpin target sequence to transcript RNA sequence. The SDR is defined as the initial 19 bases of the (21mer) target sequence. 84% = 16/19 89% = 17/19 95% = 18/19 100% = 19/19 Also called "original score", this assesses the target sequence for predicted cloneability and knockdown performance. Also called "specificity score", this is a function of the intrinsic score and thespecificity factor. Ⅴ. 참고자료및 protocols 1. site 2. site 3. site 4. 연구지원부사이트서식자료실 연세유전체센터 TRC shrna Protocols 파일

7 TRC shrna Service 의뢰안내 연세유전체센터를통하여 TRC shrna service 를제공받고자하시는연구자께서는제공 되는양식에따라접수하여주시고, 제공받는날 LB (ampicillin) agar plate 를준비해오시 기바랍니다. 서식자료실에서 연세유전체센터 TRC shrna clones 엑셀파일다운로드 Target gene 에해당하는 shrna clone 의 TRC_ID 검색 shrna clone 선택 ( Ⅳ. TRC shrna clone 정보검색 참조 ) TRC shrna service 의뢰싞청서작성후, 로접수 제공받는날짜및개수확인 shrna clone 제공 ( 사용자가 LB (ampicillin) agar plates 준비 ) 최종견적서송부 청구서발행 담당자및연락처 System Biology Core ABMRC 614 호 구분이름 내선번호 박사과정윤현주 sero87@daum.net 80918

8 TRC shrna Service 수가 ( 단위 : 원 ) 수가코드수가명수가세부내용단위내부수가 HTS01 TRC Human shrna Single Clone TRC Human shrna Single Clone 을 bacteria cell에 transformation 되어있는형태로제공 ( 기관내연구자에게만실비제공 ) clone 77,200 청구비용결제안내 의뢰하싞연구지원서비스가완료되면연세유전체센터에서발행한최종견적서와연세 의생명연구원에서발행하는청구서에서청구한비용을확인하싞후에 ABMRC 1 층 104 호 행정지원팀을방문하셔서결제를진행하시면됩니다.

9 TRC shrna Service 의뢰싞청서 연구의뢰자 성명 연락처 소속 연구책임자 성명 소속 연락처 *** shrna clone 개수가 10개이상이면엑셀파일로첨부해주시기바랍니다. 의뢰내용 shrna clone 총개수 TRC_ID GENE_SYMBOL 비고 의뢰항목 본 TRC shrna library는구입시, 외부와공유하지않는조건하에서 license가도입되었기때문에, 분양된 TRC shrna clone을해당연구실외의다른연구실또는다른기관에서사용할수없습니다. 분양받은연구자는이를준수하고, 위반할경우발생하는모든책임을질것에동의합니다. 위와같이연구를의뢰합니다. 동의함 동의하지않음 ( 사유 : ) 상기사안은원칙적으로동의함을기준으로하며, 정당한사유없이동의를거부하는경우, 의뢰가진행되지않을수있습니다 연세유전체센터 System Biology Core 장귀하 년월일싞청자소속 : 이름 : ( 서명 ) 연구책임교수소속 : 이름 : ( 서명 ) Core 장이름 : ( 서명 )

Chapter 26

Chapter 26 11 주 RNA 합성 11.1 DNA-dependent synthesis of RNA: Bacteria에서의 transcription l RNA polymerase (5 subunits로구성 : 2α, β, β, σ) l 효소에의한 RNA 합성의특징 - Complementary sequence to template DNA - RNA chain의합성방향 : 5