Simple, Fast, Powerful SMARTer Solution for NGS 다카라코리아바이오메디칼
1 페이지 표지분석 NGS Library 제작시의어려움을, SMARTer 기술로극복! FFPE Sample 과같은 Low input, degraded RNA 로부터 Sequencing 을가능하게! Single Cell sample 로부터 Library 를제작할수있는! SMARTer 제품 = NGS Library 제작키트 1 페이지
2 페이지 Next Generation Sequencing (NGS)? 차세대염기서열분석 (Nest Generation Sequencing; NGS) 2, 3 세대시퀀싱기법 - 짧은시간내에대량의병렬데이터를저비용으로분석 - DNA 서열을증폭하고형광표식을캡쳐하여 Reading 하는방식 DNA-Seq RNA-Seq RNA-Seq * Cost-effect * Fast * Ultra throughput * Cloning free * Short read DNA Whole Genome ChiP DNA Targeted DNA RNA mrna (PolyA+RNA) Total RNA Non-coding RNA Non-coding RNA Small RNA, microrna DNA
2 페이지 Next Generation Sequencing (NGS)? NGS Platform Illumina : MiSeq, HiSeq, NextSeq Thermo Fisher: Ion torrent-proton, PGM Pacific Biosciences: PACBIO RS II SOLiD sequencing Roche GS Junior Illumina MiSeq Ion torrent PGM PacBio RSII NGS 는 Sanger sequencing 에비하여저렴한비용으로더빠르고더많은 sequencing 데이터를생산할수있다.
2 페이지 Next Generation Sequencing (NGS)? <Library 제작의어려움 > 1. DNA, RNA의양이매우적을경우 (Low input, Ultra Low Input) 2. 샘플이매우희귀한경우 (Single Cell, Ultra Low Input) 3. 샘플의 Quality가좋지않을경우 (RIN<2)
2 페이지 왜 SMART 기술이필요한가? Low-Input sample 에최적이다! NGS Library 제작의한계 * 적은량의 mrna 또는 Total RNA * Adaptor 를부착해야한다 (Ligation) 극복! Clontech SMARTer 는,, Simple Powerful Quality * 피코그람수준의 RNA 로부터 cdna 합성 * Full length 의 cdna 획득 * Ligation 과정없이 Adaptor 부착 ( 고효율 )
2 페이지 SMARTer Technology for NGS Simple 1-tube cdna 합성 Linkers/Adapters ligation 불필요 Total RNA 로실험진행 Powerful full-length cdna transcripts 소량의 total RNA 로실험가능 Quality Full length cdna 조제
2 페이지 SMARTer Technology for NGS Full length cdna 를합성하기위한 Clontech 의독자적기술 - Switching Mechanism At 5 -end of RNA Transcript - 나노그람 (ng) 수준의 total RNA 로부터고품질의 cdna 를합성 Terminal Transferase ( 말단전이활성 ) Template Switching ( 주형전환활성 ) LD-PCR by Advantage 2 Polymerase Simple 1-tube cdna 합성 linkers/adapters ligation 불필요 Total RNA 로실험진행 Powerful full-length cdna transcripts 소량의 total RNA 로실험가능 Quality Full length cdna 조제
Clontech 중점제품 For low-input sample, The Transcriptome (RNA-Seq) ChIP-Seq (DNA-Seq)
3 페이지 SMARTer Selection Guide Total RNA from prokaryote ( 원핵생물 ) from eukaryote ( 진핵생물 ) mrna (PolyA+ RNA) from eukaryote ( 진핵생물 ) Universal Low : 상태가좋지않은 RNA (RIN 2-3) :FFPE, LCM 등의샘플일때 : 원핵생물로부터유래된 RNA ( 박테리아, 고세균등 ) Stranded : RNA strand 정보 ( 방향성 ) 유지 : cdna 합성과 Illumina 용 NGS Library 제작을동시에가능! Ultra Low : pg 수준의극소량 RNA 샘플 : Single Cell NGS : 진핵생물로부터유래된 mrna (Human, rat, mouse 등 ) NGS 분석 : Illumina Miseq, Hiseq 등 : Ion torrent PGM, : PacBio platform Low Input DNA 샘플용, SMARTer 제품도있다!
4 페이지 SMARTer Selection Guide for NGS Platform Illumina Full Line! - NGS 강자! Illumina 의선택은 SMARTer System - Clontech 의 SMARTer 제품은모두 Illumina 대응 - Stranded RNA-Seq 제품을사용하면, cdna 합성과 Library 제작을동시에! - Illumina 용 Library 제작, 정량키트도있어요 ~ Ion Torrent - Portable 기기, Ion torrent - Universal & Ultra Low 제품! - Library kit 는별도구매! PacBio (Pacific Bioscience) - Next Next Generation sequencer - Long read sequencing 에는 SMARTer 일반 cdna 제품으로!
브로셔자세히뜯어보기 [1] SMARTer Library Preparation Kit for NGS Ultra Low input Kit Universal Low Input Kit PCR/Pico PCR cdna Kit RNA cdna 합성 Library 제작 Library 정량 NGS DATA 분석 Stranded RNA-Seq Kit
5 페이지 Tip. 브로셔보는방법 제품의이름 Key Point! 제품의주요특징 어떤샘플이필요한가? 어느정도의양이필요? 적용 NGS 기기의종류본제품으로합성한 cdna 는어떤기기에적용가능한가? cdna 합성프라이머의종류 Oligo dt (Eukaryote) 인지? Random (Prokaryote) 인지? 제품의특징을가장잘나타낼수있는데이터 & 그림 본기술을적용한 SMARTer 제품리스트
5 페이지 SMARTer Ultra Low Input v3 [Remember] Ultra Low = Pico gram(pg) & Single Cell Illumina 의강력추천! Illumina NGS 프로토콜있음 PolyA+ RNA 만가능해요! ( 진핵세포유래 )
5 페이지 SMARTer Ultra Low Input v3 [Remember] Ultra Low = Pico gram(pg) & Single Cell * Single Cell ( 단일세포 )? - Single cell( 단일세포 ) 수준에서의연구가증가추세 : growing number of publications, conference, etc. Single cells provide prognostic information regarding survival for metastatic breast, colon and prostate cancer patients Might lead to personalized medical decisions for cancer therapy Provide insights into the biological processes involved in metastasis New cell type identification Developmental biology cell lineage study Stem cells and ips- cell lineage studies Understanding regulatory pathways * Single cell 을어떻게연구할수있나? Fludigim C1 In Single tube assays - After FACS sorting - After dispersion of cells of tissue
5 페이지 SMARTer Ultra Low Input v3 [Remember] Ultra Low = Pico gram(pg) & Single Cell SMARTer Ultra Low Input-v3 를사용하면, Single Cell 에서효율적인 NGS 분석이가능하다.
5 페이지 SMARTer Ultra Low Input v3 [Remember] Ultra Low = Pico gram(pg) & Single Cell Illumina & Ion Torrent Platform Ultra Low sample 을위한 Clontech 의최신작! Auto Library Prep kit for Fluidigm C1 system 아래와같은과정을기기내에서자동으로수행 - Single Cell 분리 - SMARTer cdna 합성 - Library 제작 NGS 분석은 Illumina 기기로!
6 페이지 SMARTer Stranded RNA-Seq [Remember] Stranded = maintain mrna information Only Illumina! cdna 합성 ~Illumina library 까지 4 시간! Random primer 니까 ~ 박테리아도가능하겠죠?^^ Illumina library 까지한번에! cdna 합성과정에서 Illumina adaptor 부착
6 페이지 SMARTer Stranded RNA-Seq [Remember] Stranded = maintain mrna information Random priming 에 rrna 제거는필수니까! SMARTer 시리즈라고 Low Input 만있는것은아니다! High Input (100ng~1ug) 샘플에추천!
6 페이지 SMARTer Stranded RNA-Seq 신제품. SMARTer Stranded Total RNA Sample Prep Kit - HI Mammalian Mammalian total RNA : 100 ng to 1ug (High Input) Mammalian RNA of either low or high quality (RIN 3-10) Seamless integration of rrna removal and cdna synthesis used on any Illumina platform Faster workflow with good value SMARTer Stranded Total RNA Sample Prep Kit HI Mammalian 실험과정 A. RiboGone을이용하여 Total RNA로부터 rrna 제거 B. Illumina Read Primer 1, 2 + SMART 기술로 First-strand cdna 합성 C. PCR 증폭을이용하여 Illumina index primer가포함된 double strand cdna 증폭
7 페이지 SMARTer Universal Low Input [Remember] Universal Low = degraded Total RNA (FFPE, LCM, RIN<2-3) Random primer 니까 ~ 박테리아도가능!! ^^
7 페이지 SMARTer Universal Low Input [Remember] Universal Low = degraded Total RNA (FFPE, LCM, RIN<2-3) FFPE sample 과같이분해된 RNA 샘플에서도신뢰성높은 Sequnce 결과를보인다. 100pg 수준의적은양의 RNA 일지라도, 신뢰성높은결과 Clontech 의 Low Input Library Prep kit 가있어요! Illumina 용 Library 제작키트입니다 ^^
8 페이지 SMARTer PCR/Pico kit 어디에나고효율로두루두루사용할수있는, * 일반적인용도의 cdna 합성제품 (cdna library 제작등 ) * NGS Platform 이 Pacific BioScience 일경우추천가능 ^^ * Cloning, cdna library 제작등에도물론최고효율로적용!
8 페이지 SMARTer RACE 5 /3 Kit * 미지의서열 (5 or 3 ) 을 cdna 합성후, Sequencing 에이용
브로셔자세히뜯어보기 [2] NGS 액세서리제품! 액세서리지만필수적인 ~ RiboGone-Mammalian Library Quantification RNA cdna 합성 Library 제작 Library 정량 NGS DATA 분석 Low Input Library Prep Kit
9 페이지 Low Input Library Prep Kit Illumina 용 Library 제작제품각 NGS Platform 에맞는 Library kit 사용
9 페이지 RiboGone-Mammalian Random priming cdna 합성에반드시필요! Total RNA 에서 rrna 제거에이용 - SMARTer Universal Low Input - SMARTer Stranded RNA-Seq
10 페이지 NGS Library Quantification Kit
10 페이지 DNA SMART ChIP-Seq Kit ChIP 실험으로부터얻은 DNA 는매우소량이거나저품질의상태 Low Input sample 에최적인 SMARTer 를이용하면해결!
10 페이지 DNA SMART ChIP-Seq Kit 신기하게도! 역전사효소가 DNA 로부터 DNA 를합성한다!
11 페이지 NuGEN NGS Portolio 2015 Focus!
이번시간을마치며
Clontech SMARTer 제품군 Clontech SMARTer 는,, * 피코그람수준의 RNA 로부터 cdna 합성 * Full length 의 cdna 획득 * Ligation 과정없이 Adaptor 부착 ( 고효율 ) Simple Powerful Quality 극소량 (Low Input) Sample 로부터 NGS 용 Library 제작에최적! 다수의 NGS Platform 이인정한최고의제품 일반 SMARTer cdna 합성제품도 NGS 고객에게추천가능! SMARTer PCR cdna Synthesis Kit (code 634925, 634926) SMARTer RACE 5'/3' Kit (code 634858, 634859)
SMARTer 선택가이드
기기별선택가이드 아래의기기를보셨다면! 제품추천은이렇게! Illumina MiSeq, HiSeq. Ion torrent PGM Fluidigm C1 PacBio RSII Single cell & mrna Ultra Low Input-v3 Ultra Low Input-v3 Ultra Low RNA Kit for the Fluidigm C1 Total RNA Universal Low Input stranded RNA-Seq Universal Low Input cdna Synthesis kit (634925, 634926) ChIP DNA DNA ChIP-Seq Kit Library quantification Kit