mrna (messenger RNA) : 양이가장적다 ( 전체 RNA 중 5-10% 이하 ) : mrna의염기서열은단백질의아미노산순서를지정 : 성장하는세포는수많은다른단백질을필요로함으로 mrna가만들어져단백질이합성되게한후 nucleotide가재생될수있도록분해된다 (trna, rrna도재생 ) : 5 말단의끝이 7-methyl guanosine triphosphate cap에의해 capping화되어있음 이러한 cap은번역기구에의해 mrna임을인식하게함 : 5 exouclease로부터 cap이 mrna를보호하는것에의하여안정화되어짐 : 대부분의 mrna는 3말단에 adenylate 잔기의 polymer를가지고있음 (poly A-tail) : mrna의 5 말단과 3 말단에는비암호화 (non-coding) 염기서열이있으며이는번역되지않으며이부분을비번역부위 (untranslated region) 라고함 (5 -UTR, 3 -UTR) : 5 UTR과 3 UTR 사이에단백질합성을위한암호화된염기서열 (CDS coding sequence) 를가지고있음
trna (transfer RNA) : RNA 중가장크기가작음 : 여러가지다른유형의 trna 분자들이발견됨 각각의아미노산에적아도하나의tRNA가특이적으로결합 : nucleotide 잔기 73-94개로구성, 분자량 25,000 Da : trna 분자내사슬내에수소결합이형성, A형나선구조 : 2차구조클로버형 (stem : 수소결합 <A-U/G-C> 을이루고있는부분 ; loop 변형된염기구조에의해수소결합을이루고있지않은부분 ) : 아미노산을말단에공유결합시키는효소와 trna가상호작용을하기위해서는 trna는특별한 3차구조를가져야함 L형
trna 분자에는중요한 5개의특별한위치 ( 부분 ) 가있다. (15 ~ 20 % 정도는변형된뉴클레오티드 ) trna 사슬의 5 말단은인산화되어있으며보통은구아닌 (pg) 으로끝남 한가닥의뉴클레오티드사슬은몇부위에서구부러져있는데이것은 trna를구성하는염기의대부분이이곳에서염기쌍을이루어 2중나선형을하고있기때문이다ㄱ. 인수체줄기 ( accepter) 부위 : trna의양쪽끝이포함항상 CCA로끝나는 3말단이 5말단밖으로돌출 (A가아미노산의 carboxyl group과결합 ) 아미노산과결합된 trna를 aminoacyl trna라고부름 ㄴ. D 고리 (loop) : 변형된염기 (dihydrouridine) 로된고리 ( 아미노산. 활성화 ) 효소 (aminoacyl trna synthetase에 trna 인식부위제공 )
ㄷ. 안티코돈고리 (anticodon loop) : 인수체줄기의반대쪽에위치하여있고, mrna의코돈 (codon) 의을인지하는자리, mrna codon 염기서열에상보적결합이일어남 ( 수소결합 ) ㄹ. T 고리 (loop; TψC) : 변형된 nucleoside 인 pseudouridine(ψ) 을포함하는고리 5번째탄소에 ribose가연결 ( 리보소옴을인지 ) ㅁ. 가변성고리 (variable loop) : 안티코돈 고리와 T 고리사이에있는 4-13 개의뉴크 레오티드가연결
rrna (ribosomal RNA) : 분자의크기가큼 : ribosmoe에서 RNA 차지하는비율은 60-65% ( 나머지단백질 ) : 2개의소단위체로구성 : 작은소단위체는 1개의 RNA 분자와 20개의서로다른단백질로구성 : 큰소단위체는 2개 (Prokaryotic, Eukaryotic은 3개 ) RNA 분자와 35개 (Prokaryotic, Eukaryotic은 50개 ) 의단백질로구성 : ribosme 해리및재결합 / 자기조립 (self assembly of ribosome) : 침강계수 (sedimentation coefficient) 에따라입자의움직임이관찰됨 : 침강입자의분자량에따라 S 값은증가하지만정비례하지는않는다 입자모양때문에
불균일성 RNA (heterogenonus RNA, hnrna) : Eukaryotic에서 mrna는분균일성 RNA라고불리는커다란전구체를만듬 이후 RNA processing(splicing, capping, poly A tail) 의과정을통해 mrna를완성함 : 핵에서는서로다른크기의많은 mrna 만들어지나 hnrna의 75% 는핵에서파괴되어지고 25% 만이성숙한 mrna로만들어진다. snrna (small nuclear RNA) : 100-200 의 nucleotide 로구성되어있으며세포내에서단백질 과복합체를이루어핵의소형라이보핵단백질입자 (small nuclear ribonucleoprotein paticle) 를형성 snrnps[snrna+ 단백질 ( 스너프스 ) intron을제거하여 hnrna를 mrna로가공 ] 핵에서반출되어세포질에서단백질을합성할수있도록가공과정에참여 [mrna processing과유전자발현을조절 ]
mirna : translation silencing 모든유기체에존재하는짧은길이 (21-25개의 nucleotide로되어있음 ) 의비암호화 RNA 임 mirna는실제 mrna가 match 되는염기서열이 5-7bp 전사및전사후단계 (mrna의번역을방해, ribosome 결합방지 ) 에서유전자발현을억제하는기능 mrna의 3 -UTR에상보성을가짐으로 mrna 에 hybridization 하여 RNA-RNA duplex를형성하여 mrna의번역 (translation) 이이루어지지않게하여유전자의발현을조절 세포내재적유래 인간의모든유전자의절반정도가이러한경로를통해유전자의발현을조절 mirna 는생물체가가지고있는 DNA 로부터 RNA 를합성하면 ssrna 가생기게되는데, 이단 일가닥내에상보적인염기쌍들에의해 hairpin 구 조를형성하고 Drosha 에의해절단되어 dsrna 처럼물리적으로행동하는 ssrna 가핵밖으로 수송되어 Dicer 와 RISC 에의해조작되어생기는 것 https://www.youtube.co m/watch?v=_-9pronsd- A
sirna : transcript degradation RNAi (RNA interference) 기술의근거, 외부유래 특정단백질의 konok-down 이나발현수준을감소시키는데사용 외부유래유전자 ( 인위적으로외부에서넣어준다 ) mrna가이중가닥 RNA(double-stranded RNA) 를형성하도록 RNA의상보적인순서에맞춰염기쌍을형성한다. 그다음이러한이중가닥 RNA는세포로부터전령 RNA를제거함과동시에특수하게분해 (mrna 분해 ) sirna는핵속에서전사된것이아니라외부로부터유입된 RNA를말하는데, 이 sirna는보통 ssrna가아니라 dsrna https://www.youtube.com/ watch?v=fa4skybjhoi&in dex=3&list=pllmlvsdxs ohxk4hwadyyrlkuw_s CFMltb
1. Taq (Thermus aquaticus) Thermo stable pol. 2. Reaction buffer 3. primer 4. dntp 5. Template Polymerase Chain Reaction https://www.youtube. com/watch?v=iqsu3k z9nyo https://www.youtube.com/watch?v=o_0dfor_syw &feature=related
황기 [ 몽고황기, 막협황기 ] 구분을위한 SCAR marker 확립 : Random primer 선발 막협황기특위부위선정 pgemteasy vector cloning Sequencing specific primer design SCAR marker A. Membranaceus (Fisch.) Bge. var. mongholicus (Bge.) Hsiao A. membranaceus (Fisch.) Bge JIN-Q3 JIN-4 CGCTACAACCTTGCTTTAAT AGAACATACAACTTTCCTCATGTA Anneling temp : 45 440bp