DNA sequencing Phone: 1588-9788 (ext.4->4) Email: sequencing@bioneer.co.kr
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Overview 바이오니아는국내최초로 를시작하였으며, 매년개선된 high-throughput sequencing service 를제공하고있습니다. Plasmid DNA, PCR product 등을비롯하여다양한종류의 template sequencing 이가능한유전자자동분석장비인 ABI3730XL 및전문인력등의인프라를보유하여연구자들에게신뢰도높은 data 를제공합니다. 또한, 바이오니아만의합성유전자기술을적용하여 와 Oligo Synthesis Service 를동시에이용함으로써빠른시간내에 DNA sequence 결과를얻을수있습니다. 특히 primer walking, virus/vector sequence validation 을빠르게서비스해드리고있습니다. 고객의 sample 을소중한고객자산으로인식하여요구사항에부합될수있도록정확한결과를약속된시간내에전달한다는서비스철학을가지고더높은품질의유전자분석서비스를제공하기위해최선을다하고있습니다. Description 바이오니아의 는고객이분석하고자하는 template DNA 를의뢰받아 Automatic DNA Analyzer 를이용하여접수시점으로부터 24 시간이내에신뢰도높은염기서열분석결과 (Phred Score (QV): 20, Guaranteed read lengths: 700 bp) 를제공해드리는서비스입니다. Features and Benefits High-reliable sequence analysis: 분석하고자하는다양한샘플에대해최적화된조건으로수행되며, 자동분석장비를이용하여 Phred Score (QV): 20, Guaranteed read lengths: 700 bp를제공합니다. Fast turnaround time: 분석시간은접수시점으로부터 24 시간이내로소요됩니다. Convenience - universal primer is provided for free: 다양한 universal primer를무료로제공합니다. Competitive pricing: 합리적인서비스가격으로이용할수있습니다. www.bioneer.co.kr 3
BIONEER Procedure Sample 및 Primer 준비 Sample Plasmid DNA (150~200 ng/μl, vol. 10~15 μl) Purified PCR product (50 ng/μl, vol. 10~15 μl) Non-purified PCR product (20 μl 이상 ) Primer : 5 pmole/μl (5 μm), universal primer 제공, oligo synthesis 동시주문가능 주문접수 Order sheet 작성후 e-mail (sequencing@bioneer.co.kr) 접수 접수시간 : 10 시, 15 시, 21 시 ( 샘플도착기준 ) Working day: 접수후 24 hour service Sequencing Sample purity 및 yield 확인 BigDye Terminator Cyclic Sequencing Reaction 수행 Sequencing PCR product clean-up ABI3730XL running Data 분석 및발송 Phred score (QV) 20 이상, read length 보장범위 700 bp 이상 3 가지 format (ab1, seq, PDF file) 과 text file 및분석 report 발송 BIONEER 4
Sequencing 서비스안내 1. Standard Plasmid/PCR product를분석하고자하는 primer를이용하여고객이원하는 region을분석하는서비스이며, 대부분의 normal 샘플에대해최적화되어있습니다. 2. Full length sequencing (primer walking) 길이가긴 insert를포함한 plasmid 혹은 PCR product를 primer walking으로분석하는서비스입니다. 3 kb 기준으로약 1주일소요되며, size에따라추가기간이발생됩니다. 서비스완료후 data는각 single data 및 assemble 후 contig file 형식으로제공되며, primer는 design된 primer 정보와함께 dry된상태로발송됩니다. 3. Difficult sequencing GC/AT rich, repeat sequence, secondary structure 등의 standard sequencing으로는분석이어려운 structure를가지고있는 template 를대상으로하는서비스입니다. Difficult sequencing process는바이오니아만의노하우로최적화되어있으며, standard sequencing과는다른분석조건및시약이사용됩니다. 4. End sequencing BAC, Fosmid, Cosmid DNA 등 large construct를대상으로한서비스입니다. 5. Ready-to-load (without editing) DNA Analyzer (ABI 3730XL) running 이전단계까지준비된샘플을대상으로한서비스입니다 (dry 또는 Hi-Di TM formamide 에 elution된상태로접수가능, 단 BigDye V3.1 만가능 ). 6. Custom Sequencing Sequencing을위한 total service를제공합니다. 프로젝트목적에따라 DNA/RNA 추출부터 primer design을포함하여 PCR optimization 및 sequencing까지일련의과정을맞춤서비스합니다. 당사 Cloning Service를연계서비스로이용하실수도있습니다. 서비스단가및세부진행과정은상담을통해결정됩니다. 부가서비스 (Additional Service) 안내 의뢰샘플의종류에따라선택적으로부가서비스를이용하실수있으며, 부가서비스에사용되는모든 material은당사제품으로서비스하고있습니다. Colony/Cell stock Cell stock Cultured Cell Plasmid DNA Genomic DNA Non-purified PCR product Purified PCR product 1. Plasmid DNA extraction 액체배지에서배양된 cell을보내주시면 plasmid DNA extraction 을수행합니다. Agar plate 혹은 cell stock 형태로의주문도가능하며, 별도의배양비용이추가됩니다. 2. PCR clean-up 1 PCR purification: PCR product의 direct sequencing시에는반드시 product 내불순물을제거하기위한 PCR clean up 과정이선행되어야하며, high quality data를얻기위해서는 non-specific band를제거하는것이중요합니다. 일반적으로 spin column을이용한정제는 non-specific band 가존재하지않을경우적합하며, 당사제품인 PCR Purification Kit (AccuPrep PCR Purification Kit) 을사용합니다. 2 Agarose gel extraction: Agarose gel에서원하는 band만분리하여추출하는방법으로서 PCR product내 non-specific band가존재할경우적합하며, 당사제품인 PCR Purification Kit (AccuPrep Gel Purification Kit) 을사용합니다. 3. PCR & Purification 최적화된 PCR 조건, product size 등의정보와함께 genomic DNA 및 specific primer를보내주시면 PCR 후 size 확인과 purification을수행하며, 당사 Pimer Synthesis Service도이용가능합니다. 본서비스과정에는당사제품인 high fidelity PCR premix (AccuPower ProFi Taq PCR PreMix) 및 PCR Purification Kit를사용합니다. www.bioneer.co.kr 5
Ordering Information Cat. no. Service Description Unit S-3010-1 Standard Sequencing <96 rxn S-3010-2 Standard Sequencing 96 rxn S-3010-6 Full Length Sequencing kb S-3010-8 Ready-to-load Service rxn S-3010-13 Difficult rxn S-3010-14 End rxn S-3010-11 Custom DNA rxn Cat. no. Service Description Unit Additional service S-3010-0 Plasmid DNA Preparation rxn S-3010-3 PCR Purification rxn S-3010-4 Agarose Gel Extraction rxn S-3010-5 PCR & Purification rxn S-3010-7 Custom Sequencing Primer Synthesis (25 nmol기준 ) mer 서비스이용안내바이오니아 Order Sheet를작성하신후아래안내사항에따라 sample 및 primer를준비하셔서보내주시면됩니다. 1. Sequencing order sheet 작성안내 1 Order sheet를다운받으셔서고객정보및샘플정보등해당사항을기입해주시면됩니다. 2 Sample 및 primer name은알파벳, 숫자, 괄호, 하이픈 (-) 을사용하여간단하게기입해주시기바랍니다. 3 작성하신의뢰서는 e-mail (sequencing@bioneer.co.kr) 로보내시면접수가됩니다. 2. Sample 및 primer 준비안내 ( 최적적정조건 : 1 rxn 기준 ) 1 Sample 준비 Type Concentration Volume/rxn Purity Plasmid DNA 100 ng/μl 10 μl PCR product 50 ng/μll 10 μl Non-purified PCR product 50 ng/μl 20 μl A260/280: ~ 1.8 A260/230: 2.0 ~ 2.2 Genomic DNA 30 ng/μl 30 μl * 1 rxn 기준이며, 샘플은 1.5 ml tube 혹은 plate로준비해주시고, 재분석에필요한샘플양을감안하여충분한양을보내주시기바랍니다. 2 Primer 준비 Type Concentration Volume/rxn 세부안내 Universal primer 무상제공 - 당사보유 universal primer를사용하실경우 name만기재해주시면됩니다. Sequencing primer 적정조건 : Specific primer 5 pmol/μl (5 μm) 5 μl 18~22 mer, TM 50~56 Ordered primer 당사홈페이지온라인주문을하시면생산된올리고의일부는바로 sequencing 에사용됩니다. 3. 샘플형태에따른준비사항 1 Single tube 형태 : 1.5 ml microcentrifuge tube 로준비하실경우상단에기재된샘플이름과 order sheet 에기재하신샘플이름을동일하게적어주시기바랍니다. 2 Plate 형태 : V-type bottom 의 96 well plate 에각 well 순서에맞도록넣어주시고, cross-contamination 이되지않도록 cap 을이용하여 sealing 하시길권장합니다. BIONEER 6
4. 배송안내 1 샘플박스에소속기관과의뢰자명을정확히기입하시고, 아래의당사연계배송회사를통하여 sample 및 primer를배송하시면됩니다. ( 실의뢰자명기재 ) 2 택배발송 ( 현대택배, 1588-2121), 퀵서비스 ( 대전지역에한함, 스피드퀵, 042-524-8114) { 보내실곳 : 대전시대덕구문평서로 8-11 바이오니아 Sequencing팀 (TEL: 042-930-8550)} 3 배송비정책 - 10 rxn 이상당사부담 - 10 rxn 미만고객부담 4 고객님의샘플을해당지역의지사나대리점을확인하시어보내주시면빠르고편하게이용하실수있습니다. 5. BIONEER 보유 universal primer list Primer name Sequence (5 -> 3 ) Length [bases] T7 promoter TAATACGACTCACTATAGGG 20 T7 terminator GCTAGTTATTGCTCAGCGG 19 T3 AATTAACCCTCACTAAAGGG 20 SP6 ATTTAGGTGACACTATAG 18 EBV-R GTGGTTTGTCCAAACTCATC 20 BGH-rev CTAGAAGGCACAGTCGAGGC 20 M13F(-40) GTTTTCCCAGTCACGAC 17 M13R(-40) CAGGAAACAGCTATGAC 17 M13F(-20) GTAAAACGACGGCCAGT 17 M13R(-20) GCGGATAACAATTTCACACAGG 22 pgex5 GGCAAGCCACGTTTGGTG 18 pgex3 GAGCTGCATGTGTCAGAGG 19 pqe-forward CCCGAAAAGTGCCACCTG 18 pqe-reverse GTTCTGAGGTCATTACTGG 19 EGFP-C CATGGTCCTGCTGGAGTTCGTG 22 EGFP-N CGTCGCCGTCCAGCTCGACCAG 22 RVprimer3 CTAGCAAAATAGGCTGTCCC 20 RVprimer4 GACGATAGTCATGCCCCGCG 20 GLprimer1 TGTATCTTATGGTACTGTAACTG 23 GLprimer2 CTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCA 23 CMV-F CGCAAATGGGCGGTAGGCGTG 21 CMV30 AATGTCGTAATAACCCCGCCCC GTTGACGC 30 CMV24 TATTAGGACAAGGCTGGTGGG CAC 24 Gal4AD TACCACTACAATGGATG 17 Gal4BD-F TCATCGGAAGAGAGTAG 17 Gal4BD-R TTTCTTTGGAGCACTTGAGC 20 MATCHMAKER 3 GTGAACTTGCGGGGTTTTTCA GTATCTACGAT pbad-for ATGCCATAGCATTTTTATCC 20 pbad-rev GATTTAATCTGTATCAGG 18 SV40-pArev CCTCTACAAATGTGGTATGG 20 SV40-pAF AAATAAAGCAATAGCATCAC 20 32 malef GGTCGTCAGACTGTCGATGAA GCC 24 pcold-f ACGCCATATCGCCGAAAGG 19 pcold-r TCCCCGCCAAATGGCAGGGA 20 3AOX GCAAATGGCATTCTGACATCC 21 5AOX GACTGGTTCCAATTGACAAGC 21 pbabe-f TGACCTGGGAAGCCTTGGCT 20 pbabe-r TTGCTGACTAATTGAGATGCAT GCTTT 27 V5_Reverse ACCGAGGAGAGGGTTAGGGA 20 pjet1.2f CGACTCACTATAGGGAGAGCGG C 23 pjet1.2r AAGAACATCGATTTTCCATGGC AG 24 27F AGAGTTTGATCMTGGCTCAG 20 1492R TACGGYTACCTTGTTACGACTT 22 518F CCAGCAGCCGCGGTAATAC 19 800R TACCAGGGTATCTAATCC 18 ITS1 TCCGTAGGTGAACCTGCGG 19 ITS2 GCTGCGTTCTTCATCGATGC 20 ITS3 GCATCGATGAAGAACGCAGC 20 ITS4 TCCTCCGCTTATTGATATGC 20 ITS5 GGAAGTAAAAGTCGTAACAA GG 22 LCO1490 GGTCAACAAATCATAAAGATA TTGG 25 HCO2198 TAAACTTCAGGGTGACCAAAA AATCA 26 기술지원및서비스문의 Tel: 1588-9788 (4번-4번) 또는 042) 930-8550,3 상담시간 : 평일오전 9:00 ~ 오후 6:00 ( 주말, 휴일휴무 ) E-mail: sequencing@bioneer.co.kr www.bioneer.co.kr 7
FAQ [ 접수 ] Q: Sequencing 의뢰를할때필요한것이무엇인가요? A: 의뢰하고자하는 sample 과 primer 를준비하여보내주시고, sequencing order sheet 를다운받아작성하신후 sequencing@ bioneer.co.kr 로메일을보내주시면샘플이도착하는즉시접수가이루어집니다. Q: Order sheet는어디서받을수있나요? A: 바이오니아홈페이지에서다운받아사용하시면됩니다. (http://www.bioneer.co.kr/products/genomics/ SequencingService-overview.aspx) Q: 바이오니아에서제공하는 universal primer는무엇이있나요? A: 서비스이용안내에기재된 universal primer list를참조하여주시기바랍니다. Q: 바이오니아에서주문한올리고를 sequencing 하고싶습니다. A: 바이오니아올리고서비스를이용하여주문하시되, comment 란에 sequencing에사용해주세요 와같이기재하시면, primer 합성후 sequencing team으로전달되어쉽게동시주문하실수있습니다. Q: 의뢰샘플의배송방법과배송료에대해설명해주세요. A: 아래주소로배송하여주시고, 본사및서울지사영업사원혹은바이오니아지역대리점을통해샘플을보내주시면됩니다. 배송료는 10 rxn 미만-고객부담, 10 rxn 이상-당사부담입니다. ( 주소- 대전광역시대덕구문평동문평서로 8-11 바이오니아 Sequencing팀 ) Q: 재반응접수란무엇인가요? A: 재반응접수는초기반응과동일 sample 및동일 primer에대해결과개선의여지가있는건에한하여 1회무료로자동접수됩니다. 이는결과보고에기재되어확인가능하며, 결과발송 2일이내에재반응결과를받아보실수있습니다. Q: 추가반응과재반응의차이점이무엇인가요? A: 추가반응이란초기반응샘플을다른 primer를사용해 sequencing 하는것으로, 동일샘플을사용하더라도서비스비용이부가됩니다. 결과개선의여지가있어무료로 1회에한하여초기반응을반복시행하는재반응과는차이가있으므로서비스이용에유의하시기바랍니다. high quality data 를받아보실수있습니다. Q: 분석소요시간은얼마나걸리나요? A: 접수후 24시간이내에결과를받아보실수있습니다. 접수가완료되면접수메일이발송되고결과발송예정시각을알려드립니다. Q: 결과는어떤형태로제공되나요? A: Single extension당 3가지 format (ab1/ seq/ PDF file) 과 seq merge text file 및 report가발송됩니다. - Ab1 file: Chromatogram file로서, chromas/ Finch TV 등의 viewer 프로그램으로확인하실수있습니다. - Seq file: 염기서열을나열한 file로, 메모장을통해확인하실수있습니다. - PDF file: 염기서열을나타내는 signal을손쉽게확인할수있도록 - PDF 형태로변환한 file입니다. - Seq merge text file: 의뢰하신모든샘플의분석된 sequence를 text file로통합한 file입니다. - Report: 결과분석및개선방법에대한정보및전달사항을포함한보고서입니다. Q: Sequencing report상에 group a, b, c, d 가뭔가요? A: Low quality data를 data 양상에따라 group으로나누어이해가쉽도록하였습니다. a 재반응을통해개선의여지가있는그룹입니다. 1회에한하여무료로자동접수됩니다. b 분석되지않은경우로재반응을통해확인할필요성이있습니다. 1 회에한해무료로자동접수됩니다. c 샘플의구조적원인에의해분석저해를받아동일반응으로는결과개선이되지않으므로재반응을진행하지않습니다. d 기타원인으로인하여, 동일반응으로는결과개선이되지않으므로재반응을진행하지않습니다. [ 결제 ] Q: 결제관련문의는어디로연락하나요? A: 온라인 / 지로 / 기관결제가가능하며자세한사항은고객지원센터 (1588-9788) 로문의하시면친절히답변해드리겠습니다. Q: 견적서를받아볼수있을까요? A: 가격정보는 ordering information을참조하여주시고, 견적서발행을원하신다면고객지원센터 (1588-9788) 로요청하여주시기바랍니다. 대량건의경우가격조정이가능하므로담당영업사원과상담하여주시기바랍니다. BIONEER Q: 추가반응을의뢰하고싶습니다. A: Sequencing order sheet 내에초기반응샘플의접수번호를 comment란에기재하셔서접수하시고, 추가의뢰 primer를보내주시면됩니다. [ 결과 ] Q: Sequencing service를통해얻을수있는 read length가얼마나되나요? A: Single extension의경우일반적으로약 1.2 kb까지분석되며당사 guarantee 범위는 700 bp 입니다. 양방향분석시약 1.2 kb의 [ 기타 ] Q: 서비스진행후샘플을보관하나요? 보관한다면보관기간은어떻게되나요? A: 네. Sample 및 primer 모두접수번호로구분하여최대 1 개월보관합니다. 이기간내에추가반응접수를원하신다면초기접수번호를 order sheet에기재해주시면됩니다. 장기보관에따른 degradation으로인한문제는책임지지않으므로, primer를장기보관하실경우에는 1개월을주기로교체하시길권장합니다. 8
Q: 부가서비스이용은어떻게하나요? A: Order sheet 의 order information 에체크하여주시면됩니다. Sheet 가구버전일경우 comment 란에기재하여주시기바랍니다. Q: 사용되는시약및기기에대해알고싶습니다. A: 아래 Information을참고하여주시기바랍니다. Sequencing Process Information 1) Material & Instruments 1 AllInOneCycler TM 96 well PCR system (Block PCR 장비, Bioneer 사 ) 2 BigDye Terminator V3.1 sequencing kit (Applied Biosystems, USA) 3 ABI3730XL (Applied Biosystems, USA) 2) Method 1 Sequencing PCR <PCR 에사용된 template 양은아래표를참조하시면됩니다.> DNA size/ DNA amount Template DNA amount PCR product 100~200 bp 5~10 ng 200~500 bp 10~20 ng 500 bp~1 kb 20~50 ng 1~2 kb 50~100 ng 2 kb 100~200 ng Double strand 200~500 ng Cosmid, BAC 300~600 ng Genomic DNA 2~3 μg 2 Purification 3 ABI3730XL Running www.bioneer.co.kr 9