FSequencing 01. DNA sequencing Phone: 1588-9788 (ext.4 4) E-mail: sequencing@bioneer.co.kr
01. 242 FAQs 247
개요 상세 설명 바이오니아는 국내 최초로 를 시작하였으며, 매년 개선된 high-throughput sequencing service를 제공하고 있습니다. Plasmid DNA, PCR product 등을 비롯하여 다양한 종류의 template sequencing이 가능한 유전자 자동 분석장비인 ABI3730XL 및 전문 인력 등의 인프라를 보유하여 연구자들에게 신뢰도 높은 data를 제공합니다. 또한, 바이오니아만의 합성유전자 기술을 적용하여 와 Oligo Synthesis Service를 동시에 이용함으로써 빠른 시간 내에 DNA sequence 결과를 얻을 수 있습니다. 특히 primer walking, virus/ vector sequence validation을 빠르게 서비스해 드리고 있습니다. 고 객의 sample을 소중한 고객자산으로 인식하여 요구 사항에 부합할 수 있도록 정확한 결과를 약속된 시간 내에 전달한다는 서비스 철학을 가 지고 더 높은 품질의 유전자 분석 서비스를 제공하기 위해 최선을 다하 고 있습니다. 바이오니아의 는 고객이 분석하고자 하는 template DNA를 의뢰 받아 Automatic DNA Analyzer를 이용하여 접수 시점으로부터 24 시간 이내에 신뢰도 높은 염기서열 분석 결과(Phred Score (QV): 20, Guaranteed read lengths: 700 bp)를 제공해 드 리는 서비스입니다. 특장점 정확한 분석 결과 분석하고자 하는 다양한 샘플에 대해 최적화된 조건으로 수행되며, 자동 화 프로세스를 통한 고품질의 data를 제공합니다(Phred Score 20, Guaranteed read lengths 700 bp). 합리적인 가격/빠른 소요 시간 접수 시간 Data 전송 10:00 AM 당일 19:00 PM 18:00 PM 익일 09:00 AM 다양한 Primer 무상 제공 사용 빈도가 높은 universal primer를 제공하며, 주문 시 선택 가능합니다. 242 BIONEER
서비스과정 Sample 샘플준비 주문및발송 Sequencing Data 제공 샘플준비 Sample Plasmid DNA (150~200 ng/µl, vol. 10~15 µl) Purified PCR product (50 ng/µl, vol. 10~15 µl) Non-purified PCR product (20 µl 이상 ) Primer : 5 pmole/µl (5 µm), universal primer 제공, oligo synthesis 동시주문가능 온라인주문후샘플발송 주문및발송 접수시간 : 당일서비스 10 시 / 원데이서비스 18 시 서비스소요시간 : 접수후 24 시간이내 ( 모바일 SMS 안내 ) Sample purity 및 yield 확인 Sequencing BigDye Terminator Cyclic Sequencing Reaction 수행 Sequencing PCR product clean-up ABI3730XL running Data 제공 Phred score (QV) 20 이상, read length 보장범위 700 bp 이상 3가지 format (ab1, seq, PDF file) 과 text file 및분석 report 발송 www.bioneer.co.kr 243
Sequencing 서비스안내 1. Standard Plasmid/PCR product 를분석하고자하는 primer 를이용하여고객이원하는 region 을분석하는서비스이며, 대부분의 normal 샘플에대해최적화되어있습니다. 2. Full length Sequencing (primer walking) Service 길이가긴 insert 를포함한 plasmid 혹은 PCR product 를 primer walking 으로분석하는서비스입니다. 3 kb 기준으로약 1 주일소요되며, size 에따라추가기간이발생됩니다. 서비스완료후 data 는각 single data 및 assemble 후 contig file 형식으로제공되며, primer 는디자인된 primer 정보와함께건조된상태로발송됩니다. 3. Difficult GC/AT rich, repeat sequence, secondary structure 등의 standard sequencing 으로는분석이어려운 structure 를가지고있는 template 를대상으로하는서비스입니다. Difficult sequencing process 는바이오니아만의노하우로최적화되어있으며, standard sequencing 과는다른분석조건및시약이사용됩니다. 4. End BAC, Fosmid, Cosmid DNA 등 large construct 를대상으로한서비스입니다. 5. Ready-to-load (without editing) DNA Analyzer (ABI 3730XL) running 이전단계까지준비된샘플을대상으로한서비스입니다 (dry 또는 Hi-Di formamide 에 elution 된상태로접수가능, 단 BigDye V3.1 만가능 ). 6. Custom DNA PCR product 의 direct sequencing 시 high quality data 를얻기위해서는 PCR optimization 이수행되어야합니다. 이에당사에서는다량의샘플에대해최상의맞춤서비스를제공하며, genomic DNA 와세부의뢰정보를보내주시면 primer design 을포함하여 PCR 조건최적화및 sequencing 까지일련의과정을서비스합니다. 부가서비스 (Additional Service) 안내 의뢰샘플의종류에따라선택적으로부가서비스를이용하실수있으며, 부가서비스에사용되는모든 material 은당사제품으로서비스하고있습니다. Colony / Cell stock Cell stock Cultured Cell Plasmid DNA Genomic DNA PCR Non-purified PCR product PCR purification / Agarose gel extraction Purified PCR product Genomic DNA Primer design PCR optimization PCR Non-purified PCR product PCR purification/agarose gel extraction Purified PCR product: Custom Sequencing 1. Plasmid DNA Extraction 액체배지에배양된 cell 을보내주시면 plasmid DNA extraction 을수행합니다. Agar plate 혹은 cell stock 형태로의주문도가능하며, 별도의배양비용이추가됩니다. 2. Purification PCR product 의 direct sequencing 시에는반드시 product 내의불순물을제거하기위한 purification 과정이선행되어야합니다. 특히 high quality data 를얻기위해서는 non-specific band 를제거하는것이중요합니다. 1 PCR Purification: 일반적으로 spin column 을이용한정제방법으로서 non-specific band 가존재하지않을경우적합하며, 당사제품인 PCR Purification Kit (AccuPrep PCR/Gel Purification Kit, Cat. No. K-3037) 을사용합니다. 2 Agarose Gel Extraction: Agarose gel 에서원하는 band 만분리하여추출하는방법으로서 PCR product 내 non-specific band 가존재할경우적합하며, 당사제품인 PCR Purification Kit (AccuPrep PCR/Gel Purification Kit, Cat. No. K-3037) 을사용합니다. 3. PCR & Purification 최적화된 PCR 조건, product size 등의정보와함께 genomic DNA 및 specific primer 를보내주시면 PCR 후 size 확인과 purification 을수행합니다. 본서비스과정에는당사제품인 high fidelity PCR premix (AccuPower ProFi Taq PCR PreMix, Cat. No. K-2631) 및 PCR Purification Kit (AccuPrep PCR/Gel Purification Kit, Cat. No. K-3037) 를사용합니다. 244 BIONEER
주문정보 카탈로그번호 서비스명 Unit Sequencing 서비스 S-3010-1 Standard <96 rxn S-3010-2 Standard 96 rxn S-3010-6 Full Length bp S-3010-8 Ready-to-load rxn 카탈로그번호 서비스명 Unit 부가서비스 S-3010-0 Plasmid DNA Extraction ea S-3010-3 PCR Purification ea S-3010-4 Agarose Gel Extraction ea S-3010-5 PCR & Purification ea S-3010-12 End rxn S-3010-13 Difficult rxn S-3010-7 Custom Sequencing Primer Synthesis Service(25 nmol 기준 ) mer Custom 서비스 S-3010-11 Custom DNA ea 서비스이용안내 온라인주문후아래안내사항에따라 sample 및 primer 를준비하셔서보내주시면됩니다. 1. 온라인주문방법안내 1 반드시로그인을먼저하신후작성해주셔야저장이됩니다. 2 Sample 및 primer name 은알파벳, 숫자, 괄호, 하이픈 (-) 을사용하여간단하게기입해주시기바랍니다. 3 필수항목을모두입력하신후결제완료까지진행하시면주문완료상태가됩니다. * 접수및분석완료시입력하신모바일로 SMS 수신이되며, 진행상황을실시간모니터링하실수있습니다. 2. Sample 및 primer 준비안내 ( 최적적정조건 : 1 rxn 기준 ) 1 Sample 준비 Type Concentration Volume/rxn Purity Plasmid DNA 100 ng/µl 10 µl PCR product 50 ng/µl 10 µl Non-purified PCR product 50 ng/µl 20 µl Genomic DNA 30 ng/µl 30 µl A260/280: ~ 1.8 A260/230: 2.0 ~ 2.2 * 1rxn 기준이며, 샘플은 1.5 ml tube 혹은 plate 로준비해주시고, 재분석에필요한샘플양을감안하여충분한양을보내주시기바랍니다. 2 Primer 준비 Type Concentration Volume/rxn 세부안내 Universal primer 무료프라이머를사용하실수있습니다. Specific primer 5 pmol/µl (5 µm) 5 µl Sequencing primer 적정조건 : 18~22 mer, TM 50~56 C Ordered primer Sequencing 과 Oligo 를동시에주문하실수있습니다. 3. 샘플형태에따른준비사항 1 Single tube 형태 : 1.5 ml microcentrifuge tube 로준비하실경우상단에기재된샘플이름과 order sheet 에기재하신샘플이름을동일하게적어주시기바랍니다. 2 Plate 형태 : V-type bottom 의 96 well plate 에각 well 순서에맞도록넣어주시고, cross-contamination 이되지않도록 cap 을이용하여 sealing 하시길권장합니다. www.bioneer.co.kr 245
4. 배송안내 1 샘플박스에소속기관과의뢰자명을정확히기입하시고, 아래의당사연계배송회사를통하여 sample 및 primer 를배송하시면됩니다. ( 실의뢰자명기재 ) 2 택배발송 ( 롯데택배, 1588-2121) 보내실곳 : 대전광역시대덕구문평서로 8-11 바이오니아 Sequencing 팀 (Tel: 042-930-8550) 3 배송비정책 - 10 rxn 이상당사부담 - 10 rxn 미만고객부담 4 고객님의샘플을해당지역의서울 / 대구 / 부산지사나대리점을확인하시어보내주시면빠르고편하게이용하실수있습니다. 5. BIONEER 보유 universal primer list Primer name Sequence (5' 3') Length [bases] T7 promoter TAA TAC GAC TCA CTA TAG GG 20 T7 terminator GCT AGT TAT TGC TCA GCG G 19 T3 AAT TAA CCC TCA CTA AAG GG 20 SP6 ATT TAG GTG ACA CTA TAG 18 EBV-R GTG GTT TGTCCA AAC TCA TC 20 BGH-rev CTA GAA GGC ACA GTC GAG GC 20 M13F(-40) GTT TTC CCA GTC ACG AC 17 M13R(-40) CAG GAA ACA GCT ATG AC 17 M13F(-20) GTA AAA CGA CGG CCA GT 17 M13R(-20) GCG GAT AAC AAT TTC ACA CAG G 22 pgex5 GGC AAG CCA CGT TTG GTG 18 pgex3 GAG CTG CAT GTG TCA GAG G 19 pqe-forward CCC GAA AAG TGC CAC CTG 18 pqe-reverse GTT CTG AGG TCA TTA CTG G 19 EGFP-C CAT GGT CCT GCT GGA GTT CGT G 22 EGFP-N CGT CGC CGT CCA GCT CGA CCA G 22 RVprimer3 CTA GCA AAA TAG GCT GTC CC 20 RVprimer4 GAC GAT AGT CAT GCC CCG CG 20 GLprimer1 TGT ATC TTA TGG TAC TGT AAC TG 23 GLprimer2 CTT TAT GTT TTT GGC GTC TTC CA 23 CMV-F CGC AAA TGG GCG GTA GGC GTG 21 CMV30 AAT GTC GTA ATA ACC CCG CCC CGT TGA CGC CMV24 TAT TAG GAC AAG GCT GGT GGG CAC 24 Gal4AD TAC CAC TAC AAT GGA TG 17 Gal4BD-F TCA TCG GAA GAG AGT AG 17 Gal4BD-R TTT CTT TGG AGC ACT TGA GC 20 MATCHMAK- ER3 GTG AAC TTG CGG GGT TTT TCA GTA TCT ACG AT pbad-for ATG CCA TAG CAT TTT TAT CC 20 pbad-rev GAT TTA ATC TGT ATC AGG 18 30 32 SV40-pArev CCT CTA CAA ATG TGG TAT GG 20 SV40-pAF AAA TAA AGC AAT AGC ATC AC 20 malef GGT CGT CAG ACT GTC GAT GAA GCC 24 pcold-f ACG CCA TAT CGC CGA AAG G 19 pcold-r TCC CCG CCA AAT GGC AGG GA 20 3AOX GCA AAT GGC ATT CTG ACA TCC 21 5AOX GAC TGG TTC CAA TTG ACA AGC 21 pbabe-f TGA CCT GGG AAG CCT TGG CT 20 pbabe-r TTG CTG ACT AAT TGA GAT GCA TGC TTT V5_Reverse ACC GAG GAG AGG GTT AGG GA 20 pjet1.2f CGA CTC ACT ATA GGG AGA GCG GC 23 pjet1.2r AAG AAC ATC GAT TTT CCA TGG CAG 24 27F AGA GTT TGA TCM TGG CTC AG 20 1492R TAC GGY TAC CTT GTT ACG ACT T 22 518F CCA GCA GCC GCG GTA ATA C 19 800R TAC CAG GGT ATC TAA TCC 18 ITS1 TCC GTA GGT GAA CCT GCG G 19 ITS2 GCT GCG TTC TTC ATC GAT GC 20 ITS3 GCA TCG ATG AAG AAC GCA GC 20 ITS4 TCC TCC GCT TAT TGA TAT GC 20 ITS5 GGA AGT AAA AGT CGT AAC AAG G 22 LCO1490 HCO2198 pet-upstream GGT CAA CAA ATC ATA AAG ATA TTG G TAA ACT TCA GGG TGA CCA AAA AAT CA 27 25 26 ATG CGT CCG GCG TAG A 16 pba-f ATT GTC TCA TGA GCG GAT AC 20 pbh-r GCG TTA TCC CCT GAT TCT GT 20 pbic_f CTC ATG AGC GGA TAC ATA TTT G 22 pbic_r GCC GCA GCC GAA CGA CCG AG 20 상담안내 대표전화 : 1588-9788 ( 고객지원팀 ) 접수문의 : 042-930-8550 (Sequencing 팀 ) 학술문의 : 042-930-8553 (Sequencing 팀 ) 상담시간 : 평일오전 9:00 ~ 오후 6:00 ( 주말, 휴일휴무 ) E-mail: sequencing@bioneer.co.kr 246 BIONEER
FAQs 접수 1. Sequencing 의뢰를할때필요한것이무엇인가요? 온라인주문을하신 sample 과 primer 를준비하여보내주시면됩니다. 2. 바이오니아에서제공하는 universal primer 는무엇이있나요? Universal primer list 를참조하여주시기바랍니다. 3. Sequencing 에사용할 Oligo 를함께주문할수있나요? 가능합니다. Sequencing order 페이지에서함께주문할수있으며, 합성완료후 sequencing 에바로사용됩니다. 4. 배송방법과배송료에대해설명해주세요. 아래주소로배송하여주시고, 본사및서울 / 대구 / 부산지사영업사원혹은바이오니아지역대리점을통해샘플을보내주시면됩니다. 배송료는 10 rxn 미만 - 고객부담, 10 rxn 이상 - 당사부담입니다. ( 보내실곳 : 대전광역시대덕구문평동문평서로 8-11 바이오니아 Sequencing 팀 ) 5. 재분석접수 (re-reaction) 란무엇인가요? 재분석접수 (re-reaction) 는기존에분석한동일 sample 및동일 primer 에대해 sequencing 결과를좀더개선할필요가있는건에한하여 1 회무상으로자동접수됩니다. 무상으로진행되는 data 는 sequencing report 에기재되어확인하실수있으며, 분석결과를수령하신후 2 일이내에재분석결과를받아보실수있습니다. 6. 추가분석과재분석 (re-reaction) 의차이점이무엇인가요? 추가분석이란 sequencing 에사용된샘플을다른 primer 에사용해 sequencing 하는것으로, 동일샘플을사용하더라도서비스비용이발생합니다. 회사에서보증하고있는 700 base 이상 reading 이되지않은경우무상으로 1 회에한하여 sequencing 반응을반복시행하는재분석 (re-reaction) 과는차이가있으므로서비스이용에유의하시기바랍니다. 7. 추가분석을의뢰하고싶습니다. 보관된 sample 의잔량확인이필요합니다. 초기접수번호를 Comment 에기재해주시거나, reaction information 입력시 [ 이전주문샘플검색 ] 을통해주문이가능합니다. 8. 이전에사용했던 primer 를이용하여 sequencing 을의뢰하고싶습니다. 주문하실때별도로보관요청을하지않으면 1 개월후폐기합니다. 보관요청한 primer 의경우선택박스를클릭하시면이전에분석하였던 primer 선택이가능합니다. 결과 1. Sequencing service 를통해얻을수있는 read length 가얼마나되나요? single extension 의경우일반적으로약 1.2 kb 까지분석되며, 당사 guarantee 범위는 700 bp 입니다. 양방향분석시약 1.4 kb 의 high quality data 를받아보실수있습니다. 2. 결과는어떤형태로제공되나요? single extension 당 3 가지 format (ab1/ seq/ PDF file) 과 seq merge text file 및 report 가발송됩니다. - Ab1 file: Electropherogram file 로, viewer 프로그램으로확인하실수있습니다. - Seq file: base calling 된 file 로, text file 입니다. - PDF file: Ab1 file 을 PDF 형태로변환한 file 입니다. - Seq merge text file: 의뢰하신모든샘플의분석된 sequence 를 text file 로통합한 file 입니다. - Report: 결과분석및개선방법에대한정보및전달사항을포함한보고서입니다. 3. Sequencing report 상에 group a, b, c, d 가뭔가요? Low quality data 를 data 양상에따라 group 으로나누어이해가쉽도록하였습니다. a QV 값이낮은 data 에해당합니다. 재분석을통해개선의여지가있어, 1 회에한하여무료로자동접수됩니다. b Electropherogram 이나타나지않은경우로, 1 회에한해무료로재분석을해드립니다. c DNA sequence 의구조적원인에의한 sequencing 반응이잘안되는 data 에해당하며, 결과개선이되지않으므로재분석을진행하지않습니다. d Primer mis-match 등기타원인으로인하여동일분석으로는결과개선이되지않으므로재분석을진행하지않습니다. 4. Data 관련등학술문의는어떻게해야하나요? Sequencing 학술문의는 042-930-8553 으로문의바랍니다. 결제 1. 결제관련문의는어디로연락하나요? 온라인 / 지로 / 기관결제가가능하며자세한사항은고객지원센터 (1588-9788) 로문의바랍니다. 2. 견적서를받아볼수있을까요? 온라인주문시바로출력이가능하며, 별도발행을원하신다면고객지원센터 (1588-9788) 로요청하여주시기바랍니다. 대량건의경우가격조정이가능하므로담당영업사원과상담하여주시기바랍니다. www.bioneer.co.kr 247
FAQs 기타 1. 분석소요시간은얼마나걸리나요? 접수시간기준으로아래와같으며, 접수가완료되면서비스실시간현황및결과발송예정시각을 SMS 를통해알려드립니다. 접수시간 Data 전송 10:00 AM 당일 19:00 PM 18:00 PM 익일 09:00 AM 2. 의뢰한샘플의보관기간은어떻게되나요? 주문날짜기준최대 1 개월보관합니다. Primer 의경우장기보관이가능하나장기보관에따른 degradation 으로인한문제는책임지지않으므로, primer 를장기적으로사용하실경우에는 1 개월을주기로교체하시길권장합니다. 3. 부가서비스이용은어떻게하나요? 온라인주문시의뢰하실샘플 type 에따른서비스를선택하실수있습니다. 4. 결과분석후남은 sample 회수가능한가요? 네, 가능합니다. 5. 사용되는시약및기기에대해알고싶습니다. 아래내용을참고하여주시기바랍니다. Sequencing Process Information 1) Material & Instruments 1 AllInOneCycler 96 well PCR system (Block PCR 장비, Bioneer 사 ) 2 BigDye Terminator V3.1 sequencing kit (Applied Biosystems, USA) 3 ABI3730XL (Applied Biosystems, USA) 2) Method 1 Sequencing PCR Cyclic <PCR 에사용된 template 양은아래표를참조하시면됩니다.> - DNA size/ DNA amount Template DNA amount PCR product 100~200 bp 5~10 ng 200~500 bp 10~20 ng 500 bp~1 kb 20~50 ng 1~2 kb 50~100 ng 2 kb 100~200 ng Double strand 200~500 ng Cosmid, BAC 300~600 ng Genomic DNA 2~3 µg 2 Purification 3 ABI3730XL Running 248 BIONEER